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Programming版 - 癌症的攻克也卡在算法上,除非天才码工降临
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搞了个logo大家看咋样你们有空自己搞个OS,搞个framework??
How does matlab optimization deal with singular matrix?王银也就是个比较孤傲的NERD
a MatLab questionR语言,小笔记本,如何调参?
问个简单的matrix变换的问题,包子答谢老生常谈,民科问应该如何处理分类(categorical)变量?
我不太理解unit testable,有人能解释一下什么是unit testable吗?民科一把当今无人车吧
日本人做科研的style (转载)转行马工有无可能牛逼
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话题: 基因话题: 数据话题: oct话题: 卡在
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1 (共1页)
n******e
发帖数: 163
1
癌变跟基因表达有关,基因信息科学领域花费巨额资金,企图搞清楚基因3D结构,因为
基因表达跟这个结构有关,过去曾一直以为只是基因序列在起作用。挑战的地方是,从
实验得到的海量数据中发现启动子与增强子的全程作用关系非常困难,实验测出的数据
非常大,有几十Gb,甚至上百Gb,只有天才码工出现才能帮助攻克这个难关。
n******7
发帖数: 12463
2
这个。。
首先机制跟治疗差很远
而机制也不是你说得这么简单

【在 n******e 的大作中提到】
: 癌变跟基因表达有关,基因信息科学领域花费巨额资金,企图搞清楚基因3D结构,因为
: 基因表达跟这个结构有关,过去曾一直以为只是基因序列在起作用。挑战的地方是,从
: 实验得到的海量数据中发现启动子与增强子的全程作用关系非常困难,实验测出的数据
: 非常大,有几十Gb,甚至上百Gb,只有天才码工出现才能帮助攻克这个难关。

n******e
发帖数: 163
3
Crispr/Cas9 Genome Editing 已经很成熟,现在只差搞清楚哪里需要编辑。
n******7
发帖数: 12463
4
越扯越民科了
就跟我审烂稿子一样,槽点太多,都不知道从哪里说起了

【在 n******e 的大作中提到】
: Crispr/Cas9 Genome Editing 已经很成熟,现在只差搞清楚哪里需要编辑。
n******e
发帖数: 163
5
打蛇打七寸,槽点多总该有个死穴吧。爱因斯坦之前就是民科,何况这观点不是出自名
校专业人士我也编不出来。
n******7
发帖数: 12463
6
现在还差的远,你这思路跟小灵通漫游未来差不多
crispr是很牛逼,但也不是万能的基因编辑工具。我接触这个算晚的,组里有个crispr
相关的实验专利,最近几个月我开始做一些计算方面的东西,要利用这个技术达到我们
的目的还是很挑战的
至于检测体细胞突变,算是癌症研究里面最简单直接的了。找driver mutation有些说
道,不过有不少公认的关键突变,现在正火靶向药物就是做用于这种突变。而这几年兴
起的液体活检,一块重要应用就是监测突变位点。
真的挑战很多,比如如何靶向癌细胞。我也民科一把,只要这个问题能解决,随便送点
啥给癌细胞就搞定了。

【在 n******e 的大作中提到】
: 打蛇打七寸,槽点多总该有个死穴吧。爱因斯坦之前就是民科,何况这观点不是出自名
: 校专业人士我也编不出来。

n******t
发帖数: 4406
7
趕緊的。

【在 n******e 的大作中提到】
: 癌变跟基因表达有关,基因信息科学领域花费巨额资金,企图搞清楚基因3D结构,因为
: 基因表达跟这个结构有关,过去曾一直以为只是基因序列在起作用。挑战的地方是,从
: 实验得到的海量数据中发现启动子与增强子的全程作用关系非常困难,实验测出的数据
: 非常大,有几十Gb,甚至上百Gb,只有天才码工出现才能帮助攻克这个难关。

c*********e
发帖数: 16335
8
引力质量 和 惯性质量 是相等的。。。
爱因斯坦 之后 是哪个?

【在 n******e 的大作中提到】
: 打蛇打七寸,槽点多总该有个死穴吧。爱因斯坦之前就是民科,何况这观点不是出自名
: 校专业人士我也编不出来。

W***o
发帖数: 6519
9
作为一个曾经的生物千老,我觉得楼猪的话很让人振粪!
看来cs不仅能发财致富,还能治愈癌症,这让不分昼夜奋斗在杀老鼠第一线的千老们情
何以堪?
n******e
发帖数: 163
10
去了解看看哈佛哪个lab在烧钱搞这个,花了多少钱。

【在 W***o 的大作中提到】
: 作为一个曾经的生物千老,我觉得楼猪的话很让人振粪!
: 看来cs不仅能发财致富,还能治愈癌症,这让不分昼夜奋斗在杀老鼠第一线的千老们情
: 何以堪?

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n******e
发帖数: 163
11
基因大数据怎么来的?不就是搞生物的做了很多实验,让基因测序机器没日没夜折腾出
来的大数据吗?结果怎样,做数据挖掘,靠什么挖?算法呀!问题就来了,什么算法才
能挖掘出真正有意义的发现来?
d******c
发帖数: 2407
12
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n******e
发帖数: 163
13
到底是花了巨额资金的生物基因数据烂,还是算法太烂?
g*****s
发帖数: 1288
14
说“爱因斯坦之前就是民科”不是给你找抽吗?人家物理PhD 到专利局混口饭吃,到你
这就成了民科。

【在 n******e 的大作中提到】
: 打蛇打七寸,槽点多总该有个死穴吧。爱因斯坦之前就是民科,何况这观点不是出自名
: 校专业人士我也编不出来。

n******e
发帖数: 163
15
他在专利局的研究是没有立项经费的私下研究。你搞个民营企业跟你学历学位没毛关系
,你可以没学历学位在国营企业混。

【在 g*****s 的大作中提到】
: 说“爱因斯坦之前就是民科”不是给你找抽吗?人家物理PhD 到专利局混口饭吃,到你
: 这就成了民科。

p**r
发帖数: 5853
16
楼主跑错地方了,
码农有不少都是走投无路的千老改行的。
你聊聊技术还可能混过去,
你聊生物,那真的是板门弄斧了。
n******e
发帖数: 163
17
没那个啥弄斧的意思,是着急啊。连理论物理学们最近都按耐不住大谈量子生物学了。
都希望singularity nearer.

【在 p**r 的大作中提到】
: 楼主跑错地方了,
: 码农有不少都是走投无路的千老改行的。
: 你聊聊技术还可能混过去,
: 你聊生物,那真的是板门弄斧了。

g**********y
发帖数: 423
18
马云最近演讲说癌症大概15年就要攻克了,都是大数据的功劳。
n******e
发帖数: 163
19
How Microsoft computer scientists and researchers are working to ‘solve‘
cancer
https://news.microsoft.com/stories/computingcancer/

【在 g**********y 的大作中提到】
: 马云最近演讲说癌症大概15年就要攻克了,都是大数据的功劳。
j******r
发帖数: 3327
20
房顶不好骗了。还是民科靠谱,自带干粮

【在 n******e 的大作中提到】
: 没那个啥弄斧的意思,是着急啊。连理论物理学们最近都按耐不住大谈量子生物学了。
: 都希望singularity nearer.

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转行马工有无可能牛逼师傅们指点一下码工防老的出路吧!!!
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n******e
发帖数: 163
21
crazy 的idea往往得不到房顶,有房顶的肯定不如没房顶的人着急。
c****3
发帖数: 10787
22
千老不是一贯相信生物是布朗运动出奇迹。
不要逆向工程了,把电脑放在野地,等着闪电击中电脑出奇迹,总有一天,自动给你生
成DNA解码手册。

【在 n******e 的大作中提到】
: 癌变跟基因表达有关,基因信息科学领域花费巨额资金,企图搞清楚基因3D结构,因为
: 基因表达跟这个结构有关,过去曾一直以为只是基因序列在起作用。挑战的地方是,从
: 实验得到的海量数据中发现启动子与增强子的全程作用关系非常困难,实验测出的数据
: 非常大,有几十Gb,甚至上百Gb,只有天才码工出现才能帮助攻克这个难关。

n******e
发帖数: 163
23
Quantum biology
Neill Lambert, Yueh-Nan Chen, Yuan-Chung Cheng, Che-Ming Li,
Guang-Yin Chen & Franco Nori
http://www.nature.com/nphys/journal/v9/n1/full/nphys2474.html
之前有人在买卖提上说上帝就是个码工,我老当时就觉得很shocked,真想知道他怎么
想到的。
B*********a
发帖数: 6244
24
只有民科才会说爱因斯坦是民科,就像基轮总是说爱因斯坦是基轮
n******e
发帖数: 163
25
Michael Faraday 算民科不?争论爱因斯坦成名前算不算民科也没啥意思,倒想希望在
世的哪一位放点料出来,好让大家仰望一番,实在是想提提神,从小就迷恋科学的觉得
有点boring 了。
p**********j
发帖数: 30
26
GB.....我们搞的数据都是TB....
g**********y
发帖数: 423
27
我现在做的就是这个,能够大幅度提高生存率,但是完全治愈所有患者太难了。
n******e
发帖数: 163
28
这个信息让人鼓舞,大数据帮助人类活得像巴马人那样健康,都不闹大病比试图治愈更
有意义。

【在 g**********y 的大作中提到】
: 我现在做的就是这个,能够大幅度提高生存率,但是完全治愈所有患者太难了。
n******e
发帖数: 163
29
现在的手段采集健康状态下的基因大数据以及发病后的大数据,甚至后来又幸存下来的
基因大数据都能做到,超级计算机及大规模集群计算资源也不是问题,就差正确有效的
算法。
L****8
发帖数: 3938
30
数据呢 给个链接

【在 n******e 的大作中提到】
: 现在的手段采集健康状态下的基因大数据以及发病后的大数据,甚至后来又幸存下来的
: 基因大数据都能做到,超级计算机及大规模集群计算资源也不是问题,就差正确有效的
: 算法。

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g**********y
发帖数: 423
31
要拿到质量好和完整的临床数据也很难。
f**d
发帖数: 177
32
赞 私信一下你们公司的名字?

【在 g**********y 的大作中提到】
: 我现在做的就是这个,能够大幅度提高生存率,但是完全治愈所有患者太难了。
n******7
发帖数: 12463
33
太难了
即使所谓的public data,也有各种协议要签
我估计个人是没资格签的

【在 g**********y 的大作中提到】
: 要拿到质量好和完整的临床数据也很难。
n******e
发帖数: 163
34
你得有在这个领域的朋友提供友情帮助,不然根本搞不明白那些数据,尽管说public
数据可以free download 。

【在 L****8 的大作中提到】
: 数据呢 给个链接
g**********y
发帖数: 423
35
下面是我刚做的对544个胃癌病人的综合分析:
544个胃癌病人的5年生存率:
基因分型 无化疗 化疗药物(5-FU)
Subtype1 30% 46%
Subtype2 53% 54%
Subtype3 33% 78%
n******e
发帖数: 163
36
可见基因分型意义重大,分类算法就是重点,药物就是要有的放矢。
1 (共1页)
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