f********n
发帖数: 6465 | 1 提问XFEL的最新进展怎么样了?
1 XFEL到底有多容易,或者比原来的方法容易多少就可以提取到蛋白质的结构信息呢?
2 XFEL还要朝哪个方向革新呢?估计要花多少年?
3 美国普通的研究室,都可以申请利用这个仪器提取蛋白质结构信息?普及还要花多少年?
4 日本欧洲都有了,中国不是说不差钱吗?不差钱差什么啊?什么时候才能有呢?
谢谢各位前辈了.
2005年11月24日，中国加入了位于汉堡的德国电子同步加速器（Deutsches E1ectron
Synchrotron，DESY）中心的X射线自由电子激光（X-ray Free-electron Laser，XFEL
）项目，成为该项目的第一位非欧洲成员国。
中国是不是不准备自己搞了啊? | f********n
发帖数: 6465 | 2 有人看不懂日语,我只是简单的翻译一下哦.我翻译得不好.
XFELは、これまでにない非常に強い光で、超高速のパルス光であるという利点があり
ます。 原子や分子といった極めて微細なものが、非常に速く変化する様子をコマ送
りのように詳しく連続的に観察することが期待されています。 現在考えられている
XFELを利用した研究の一部を紹介します。XFEL是一种很强高速的光,可以观测原子分
子的连续变化.
(1)極短時間反応の観察
XFELは非常に短い時間で起こる現象を観察できます。 そのため、現在の科学では「
反応前」と「反応後」しか観察できない反応も、「反応中」の物質を直接観察できる
と考えられています。 例えば、現在地球上には6億台以上の自動車が存在しますが、
そこから排出される排気ガスは膨大な量になり、地球温暖化の要因になっています。
自動車には廃棄ガスを浄化するために触媒がついていますが、XFELを用いて触媒が
どのように排気ガスを浄化しているのかを直接観察できれば、まったく新しいアプロ
ーチから触媒の開発が可能になると考えられます。 その結果、環境問題にも貢献で
きることでしょう。很多反应只能知道反应前和反应后的结果,用XFEL可以追踪变化的
每一个过程,这样就可以制造出新型的催化剂等,净化汽车尾气.
(2)創薬のスピードアップと効率化
今日市販されている薬の60％以上が膜タンパク質に作用する物質であることから、膜
タンパク質の解析が新薬開発の成否を握っています。 タンパク質の構造を調べる代
表的な方法として、タンパク質を結晶化しSPring-8などの放射光（強力なX線）が使
われています。 しかし膜タンパク質は結晶化が極めて難しく、構造を解明し機能を
理解するまでに数年から10年以上かかったり、結晶化ができないために解析そのもの
が不可能であったりするために、新薬開発が遅々として進まないというのが現状です
。 ところがXFELは、光の波が揃っている上にSPring-8の10億倍も明るいため、結晶
化が不要でタンパク質１分子があれば構造が解析できると考えられています。 この
ようにXFELは国民の健康に対しても大きな貢献ができるものと期待されています。蛋
白质的结构结晶等要花10年才能搞清楚,用我们的XFEL,只要一个蛋白质分子就可以解析
他们的结构,无须结晶,推进制药业的发展.
(3)まったく新しい素材の研究開発
温度やpH（酸性⇔アルカリ性を表す）の変化は、物質の性質（＝物性）も変化
させます。 紫外線などに代表される光も、温度やpHと同様に物性を変化させます。
SPring-8とXFELが同一キャンパスに存在するメリットを活かせば、非常に強いXFELの
光を様々な材料に照射して、その物性が変化する様子を、SPring-8からの放射光を使
って観察するという実験が考えられます。 これにより現在知られていない、全く新
しい性質をもった材料の研究が進むでしょう。 XFELと放射光という２つの異なる最
先端の光源を利用した実験が可能なのは、世界で唯一、播磨科学公園都市だけです。
SPring-8和XFEL在同一个科学园中,用XFEL照射的变化过程,用SPring-8来分析,可以知
道现在不知的物质的新的性质,为新素材的发明提供可能性,这个是世界唯一的,只有在
日本的这个科学园才能实现的哦.
【在 f********n 的大作中提到】
: 提问XFEL的最新进展怎么样了?
: 1 XFEL到底有多容易,或者比原来的方法容易多少就可以提取到蛋白质的结构信息呢?
: 2 XFEL还要朝哪个方向革新呢?估计要花多少年?
: 3 美国普通的研究室,都可以申请利用这个仪器提取蛋白质结构信息?普及还要花多少年?
: 4 日本欧洲都有了,中国不是说不差钱吗?不差钱差什么啊?什么时候才能有呢?
: 谢谢各位前辈了.
: 2005年11月24日，中国加入了位于汉堡的德国电子同步加速器（Deutsches E1ectron
: Synchrotron，DESY）中心的X射线自由电子激光（X-ray Free-electron Laser，XFEL
: ）项目，成为该项目的第一位非欧洲成员国。
: 中国是不是不准备自己搞了啊?
| f********n
发帖数: 6465 | 3 日本人在美国之后,世界上第二个做出来了700米的X線自由電子LASER,世界最短波长0.
06nm,现在募集名称中.
http://www.riken.jp/XFEL/jpn/news/20101001/aisyo_chirashi.pdf
p**********[email protected]
•応募資格：個人であればどなたでも応募可。なお、お一人様複数の応募も可
能です。
•〆切：2010年11月30日（火）17:00 必着 2011年1月中旬頃、結果を発表さ
せていただく予定です。
请大家踊跃报名哦.
•XFELの加速エネルギーは8GeV(80億電子ボルト※)、レーザーの最短波長は0.
06ナノメートル※(世界最短波長)となる予定です。 | i***a
发帖数: 11095 | | T*********r
发帖数: 11175 | 5 同步辐射光源？
中国很多啊
北京，合肥，上海都有
高能所，科学院上海光源都有这个吧
年?
XFEL
【在 f********n 的大作中提到】
: 提问XFEL的最新进展怎么样了?
: 1 XFEL到底有多容易,或者比原来的方法容易多少就可以提取到蛋白质的结构信息呢?
: 2 XFEL还要朝哪个方向革新呢?估计要花多少年?
: 3 美国普通的研究室,都可以申请利用这个仪器提取蛋白质结构信息?普及还要花多少年?
: 4 日本欧洲都有了,中国不是说不差钱吗?不差钱差什么啊?什么时候才能有呢?
: 谢谢各位前辈了.
: 2005年11月24日，中国加入了位于汉堡的德国电子同步加速器（Deutsches E1ectron
: Synchrotron，DESY）中心的X射线自由电子激光（X-ray Free-electron Laser，XFEL
: ）项目，成为该项目的第一位非欧洲成员国。
: 中国是不是不准备自己搞了啊?
| f********n
发帖数: 6465 | 6 全世界只有美国,日本,欧洲有!!!
0.1nm以下の波長でのSASEを目指したFEL（XFEL)は、2008年の時点において、米国（SLAC Linac Coherent Light Source LCLS）、日本（理化学研究所）、ヨーロッパ（European XFEL）で建設が進められている。
ところがXFELは、光の波が揃っている上にSPring-8の10億倍も明るいため、結晶
化が不要でタンパク質１分子があれば構造が解析できると考えられています。
【在 T*********r 的大作中提到】
: 同步辐射光源？
: 中国很多啊
: 北京，合肥，上海都有
: 高能所，科学院上海光源都有这个吧
:
: 年?
: XFEL
| f********n
发帖数: 6465 | 7 那里只会傻用,不太懂这个.
我们这里不是有物理,化学等专家吗?
【在 i***a 的大作中提到】
: 靠，一稿多投
| T*********r
发帖数: 11175 | 8 上海光源应该就是紧随其后而已
中国搞电子回旋加速器也快三十年了
技术上没差太远
同步辐射的波长和亮度，无非就是加速器能量和弯曲弧度的区别
（SLAC Linac Coherent Light Source LCLS）、日本（理化学研究所）、ヨーロッパ
（European XFEL）で建設が進められている。
【在 f********n 的大作中提到】
: 全世界只有美国,日本,欧洲有!!!
: 0.1nm以下の波長でのSASEを目指したFEL（XFEL)は、2008年の時点において、米国（SLAC Linac Coherent Light Source LCLS）、日本（理化学研究所）、ヨーロッパ（European XFEL）で建設が進められている。
: ところがXFELは、光の波が揃っている上にSPring-8の10億倍も明るいため、結晶
: 化が不要でタンパク質１分子があれば構造が解析できると考えられています。
| c****s
发帖数: 1427 | 9 高能所的太难约了
上海那个也是 上次一个哥们去 背着一大套附件 结果干了一天就出问题了
然后又去nist做，再次悲剧，指望这东西写paper要运气好才行
【在 T*********r 的大作中提到】
: 上海光源应该就是紧随其后而已
: 中国搞电子回旋加速器也快三十年了
: 技术上没差太远
: 同步辐射的波长和亮度，无非就是加速器能量和弯曲弧度的区别
:
: （SLAC Linac Coherent Light Source LCLS）、日本（理化学研究所）、ヨーロッパ
: （European XFEL）で建設が進められている。
| T*********r
发帖数: 11175 | 10 上海开了没多久吧
怎么就老坏
上次看新闻，胡和谐还去过一次，江大公子全程陪同解说
【在 c****s 的大作中提到】
: 高能所的太难约了
: 上海那个也是 上次一个哥们去 背着一大套附件 结果干了一天就出问题了
: 然后又去nist做，再次悲剧，指望这东西写paper要运气好才行
| | | f********n
发帖数: 6465 | 11 同步辐射的波长和亮度，无非就是加速器能量和弯曲弧度的区别
差别大了.就说蛋白质的结晶吧,原来的老方法需要结晶10年都结晶不好,
结晶一个蛋白质,要养无数老博士后,开销很大很大.
现在只要一个蛋白质分子就可以搞清楚结构,不需要花费这么人力物力去结晶了.
区别就在于,日本人马上可以知道的蛋白质结构,中国人要结晶10年,也不知道搞得出来
搞不出来.
而这些蛋白质很多都是药物的靶点,知道了就可以加速药物的研发,为治疗疾病提供新的
可能性.
【在 T*********r 的大作中提到】
: 上海开了没多久吧
: 怎么就老坏
: 上次看新闻，胡和谐还去过一次，江大公子全程陪同解说
| T*********r
发帖数: 11175 | 12 你说中国的同步辐射装置看不了蛋白质结构？
不至于吧
我刚google了下上海光源
就看到一条新闻
http://www.sinap.ac.cn/content/ShowDetail.aspx?id=bff52e3d-f489-4555-a58c-337c1f1ab17f
上海光源（SSRF）生物大分子晶体学线站用户、清华大学医学院教授颜宁领导的研究组
与生命学院王佳伟博士、龚海鹏博士，合作开展大肠杆菌岩藻糖（L-fucose）转运蛋白
（FucP）结构与功能的研究，揭示了FucP在底物识别和转运，以及质子传递偶联过程中
起关键作用的残基D46和E135，为理解MFS家族提供了一个新的重要研究系统。相关论文
于9月27日在线发表在Nature杂志。文章报道两个结构，其中一个结构（FucP-N162A）
的数据完全在SSRF上收集。
FucP从属于Major Facilitator Superfamily (MFS)超家族。MFS超家族转运蛋白是
一类非常古老、在各个物种中都起着重要作用的转运蛋白，目前已知一级序列的家族成
员超过一万个，它们在营养物质和代谢产物的转运、细菌抗药性以及神经信号传导等各
种生理过程中起着重要作用。由于MFS转运蛋白的重要生理功能，它们的结构与功能受
到了广泛的关注。然而迄今为止，这个家族中只有三个蛋白的结构被报道，并且观测到
的仅有向胞内开放与两端封闭两种构象。一直以来，为了证明最基本的转运原理适用于
MFS家族，本领域迫切希望获得向胞外开放的MFS转运蛋白的构象。
为理解MFS蛋白的工作机理，颜宁研究组选择了糖转运蛋白的代表FucP作为研究对
象， FucP是一类依赖于质子梯度的同向共转运蛋白（Proton Symporter），具有高度
的底物特异性。经过一年半的探索，2009年秋 分别在日本SPring-8和SSRF生物大分子
晶体学线站（BL17U）上获得了FucP在3.1埃分辨率的晶体结构。此结构显示FucP处于向
胞外开放的构象，这是第一个MFS家族的此类结构，原则上证明了MFS家族两个构象互变
以转运底物的猜想。FucP分为N和C两个结构域，转运通道一目了然。
膜蛋白的结构生物学研究一直以来是结构生物学领域公认的重点及难点。上海同步
辐射光源的投入使用，使中国结构生物学家的数据收集变得及时迅速，为我国结构生物
学家提供了关键的技术支持。
【在 f********n 的大作中提到】
: 同步辐射的波长和亮度，无非就是加速器能量和弯曲弧度的区别
: 差别大了.就说蛋白质的结晶吧,原来的老方法需要结晶10年都结晶不好,
: 结晶一个蛋白质,要养无数老博士后,开销很大很大.
: 现在只要一个蛋白质分子就可以搞清楚结构,不需要花费这么人力物力去结晶了.
: 区别就在于,日本人马上可以知道的蛋白质结构,中国人要结晶10年,也不知道搞得出来
: 搞不出来.
: 而这些蛋白质很多都是药物的靶点,知道了就可以加速药物的研发,为治疗疾病提供新的
: 可能性.
| T*********r
发帖数: 11175 | 13 这新闻至少说明两件事
第一中国的光源可以测蛋白质结构
第二中国的生物学家也可以使用日本的开放的facility做研究
所以你说的中国科学家做十年不知道结构是什么的scenario根本就不成立。。。。。
【在 T*********r 的大作中提到】
: 你说中国的同步辐射装置看不了蛋白质结构？
: 不至于吧
: 我刚google了下上海光源
: 就看到一条新闻
: http://www.sinap.ac.cn/content/ShowDetail.aspx?id=bff52e3d-f489-4555-a58c-337c1f1ab17f
: 上海光源（SSRF）生物大分子晶体学线站用户、清华大学医学院教授颜宁领导的研究组
: 与生命学院王佳伟博士、龚海鹏博士，合作开展大肠杆菌岩藻糖（L-fucose）转运蛋白
: （FucP）结构与功能的研究，揭示了FucP在底物识别和转运，以及质子传递偶联过程中
: 起关键作用的残基D46和E135，为理解MFS家族提供了一个新的重要研究系统。相关论文
: 于9月27日在线发表在Nature杂志。文章报道两个结构，其中一个结构（FucP-N162A）
| f********n
发帖数: 6465 | 14 测蛋白质早就可以了.
你没有搞清出,测之前对蛋白质样品的结晶程度的区别.
原来对蛋白质结晶颗粒要求大,有的蛋白质结晶要10年左右都搞不定,很难很难.
现在却不需要高质量的结晶颗粒,测定样品很容易就可以稍微结晶就可以得到.
至少节约几年的时间.而且很多蛋白,例如我自己做的一个就是个膜蛋白,非常难得到高
质量的结晶蛋白.而且绝大部分的药物靶点都是膜蛋白,都很不好得到大的结晶颗粒,表
达量少,而且不稳定. | T*********r
发帖数: 11175 | 15 生物我是外行
我就说你说要测这结晶程度要求什么
波长？
同步辐射的意思就是波长可以控制
我的意思就是中国有类似的facility，
或者完全有可能做你说的事情
或者哪怕现有的比如特定波长的亮度不够，但是如果有需要，国内肯定也可以建，
因为这技术根本不是瓶颈。。。。。
这里所需要的加速器物理是三十年前粒子物理试验就玩剩下的东西。。。。
【在 f********n 的大作中提到】
: 测蛋白质早就可以了.
: 你没有搞清出,测之前对蛋白质样品的结晶程度的区别.
: 原来对蛋白质结晶颗粒要求大,有的蛋白质结晶要10年左右都搞不定,很难很难.
: 现在却不需要高质量的结晶颗粒,测定样品很容易就可以稍微结晶就可以得到.
: 至少节约几年的时间.而且很多蛋白,例如我自己做的一个就是个膜蛋白,非常难得到高
: 质量的结晶蛋白.而且绝大部分的药物靶点都是膜蛋白,都很不好得到大的结晶颗粒,表
: 达量少,而且不稳定.
| s******m
发帖数: 58 | |
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