s******n
发帖数: 175 | 1 两组老鼠，同一种类型的肿瘤，一组的肿瘤环境里额外引入了一个致癌基因，所以不奇
怪这一组的肿瘤长得快，而另一组慢一点。可是去RNA测序做GSEA后，发现长得慢的肿
瘤里面反而和癌症相关的各种通路更高enrichment，咋解释？ |
s******s
发帖数: 13035 | 2 长得快的基因呢？
没啥不正常的，你这两个都是肿瘤，发生啥都可能
【在 s******n 的大作中提到】
: 两组老鼠，同一种类型的肿瘤，一组的肿瘤环境里额外引入了一个致癌基因，所以不奇
: 怪这一组的肿瘤长得快，而另一组慢一点。可是去RNA测序做GSEA后，发现长得慢的肿
: 瘤里面反而和癌症相关的各种通路更高enrichment，咋解释？
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s******n
发帖数: 175 | 3 做了两个gene set collections, hallmark and c2, 这两个collection一共好几千个
gene sets，长的快的肿瘤就压根没有一个significant enrichment.
老板说exciting data, 可是解释起来很难啊。
【在 s******s 的大作中提到】
: 长得快的基因呢？
: 没啥不正常的，你这两个都是肿瘤，发生啥都可能
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F******p
发帖数: 2099 | 4 这不是很正常的现象吗？ organic的东西当然比fertilizer 吹大的各方面要条件更成
熟些。 |
s******n
发帖数: 175 | 5 不是用fertilizer催大，是genetically 在tumor associated fibroblasts里引入了一
个致癌基因，导致肿瘤生长更快，但这个肿瘤却没有任何促进肿瘤生长的gene sets的
enrichment,反而是对照里有。
【在 F******p 的大作中提到】
: 这不是很正常的现象吗？ organic的东西当然比fertilizer 吹大的各方面要条件更成
: 熟些。
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B****t
发帖数: 278 | 6 实事胜于假设，机体各种网罗错综复杂，相服影响和制约，表型就是最终相服作用的结
果。比如快速增长的肿瘤，可引起更强烈炎症反应（炎症通路激活），导致肿瘤组织坏
死，可能富集更多免疫淋巴细胞，产生大量r-干扰素，诱导PD-L1表达增高，反过来抑
制对肿瘤免疫杀伤（免疫低下）。这一高一低不是也可能吗？为什么要定义一刀切，非
黑即白呢？ |
s******n
发帖数: 175 | 7 是。但奇怪的是，我们长得快的肿瘤里，三四千个gene sets,居然没有富集一个gene
set。倒是对照组里有几百个，大部分都是促进肿瘤生长的。 感觉tumor associated
fibroblasts里面的 oncogene把所有的信号通路都消声了，然后这肿瘤还长得快。诡异呀
【在 B****t 的大作中提到】
: 实事胜于假设，机体各种网罗错综复杂，相服影响和制约，表型就是最终相服作用的结
: 果。比如快速增长的肿瘤，可引起更强烈炎症反应（炎症通路激活），导致肿瘤组织坏
: 死，可能富集更多免疫淋巴细胞，产生大量r-干扰素，诱导PD-L1表达增高，反过来抑
: 制对肿瘤免疫杀伤（免疫低下）。这一高一低不是也可能吗？为什么要定义一刀切，非
: 黑即白呢？
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z********8
发帖数: 818 | |
B****t
发帖数: 278 | 9 我们研究发现长的快的肿瘤，PI3K 和AHR signal pathway都高，
如果target FGFR drug治疗，肿瘤慢慢缩小甚至消失，
停药后又慢慢反弹。 |
B****t
发帖数: 278 | 10 是的，长的快的大的肿瘤，中间组织坏死明显
【在 z********8 的大作中提到】
: 涨得快的肿瘤有很多坏死细胞吗？ 中间有脓水吗？
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c****1
发帖数: 1095 | 11 这是好事情。要清楚一点，这些gene set都是人为定义的。你们可以基于你们的发现再
弄一个gene set. |
z********8
发帖数: 818 | 12 所以你应该在不同时间收组织。太晚了，就不对了，比如这些中间坏死的细胞明显细胞
状态和边上的不同的。
【在 B****t 的大作中提到】
: 是的，长的快的大的肿瘤，中间组织坏死明显
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A*****n
发帖数: 243 | 13 感觉大部分得到的基因应该反应的是cell population在不同环境下的差别，和信号通
路没有直接关系。
【在 B****t 的大作中提到】
: 是的，长的快的大的肿瘤，中间组织坏死明显
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B****t
发帖数: 278 | 14 是的，我们去掉坏死组织，
只取形态好的肿瘤组织
【在 z********8 的大作中提到】
: 所以你应该在不同时间收组织。太晚了，就不对了，比如这些中间坏死的细胞明显细胞
: 状态和边上的不同的。
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y******m
发帖数: 143 | 15 基因分析的时候有去掉batch effect？样本收集有考虑统计差异？ |
y******m
发帖数: 143 | 16
这明显没有设计好实验，建议对比分析好各个时间点肿瘤的大小重量和病理学分析，在
确定RNA-seq样本收集
【在 B****t 的大作中提到】
: 是的，我们去掉坏死组织，
: 只取形态好的肿瘤组织
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B****t
发帖数: 278 | 17 Yes, your suggestions are right, thanks
【在 y******m 的大作中提到】
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: 这明显没有设计好实验，建议对比分析好各个时间点肿瘤的大小重量和病理学分析，在
: 确定RNA-seq样本收集
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J*****w
发帖数: 1 | 18 你也要检查一下GSEA的过程。我遇到过有人把GSEA分析的input里面的值搞反了。
【在 s******n 的大作中提到】
: 两组老鼠，同一种类型的肿瘤，一组的肿瘤环境里额外引入了一个致癌基因，所以不奇
: 怪这一组的肿瘤长得快，而另一组慢一点。可是去RNA测序做GSEA后，发现长得慢的肿
: 瘤里面反而和癌症相关的各种通路更高enrichment，咋解释？
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J*****w
发帖数: 1 | 19 挑两个基因看看。看看RNA－seq里面的变化方向，然后再看看你GSEA的方向。
【在 J*****w 的大作中提到】
: 你也要检查一下GSEA的过程。我遇到过有人把GSEA分析的input里面的值搞反了。
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y******m
发帖数: 143 | 20 也许可能是取DE list时候，设置coef的时候对照和实验组设置相反了。不过从他叙述
来看，他的实验条件没有摸好 |
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p*******k
发帖数: 1 | |
d***w
发帖数: 1209 | 22 什么时候做的GSEA？能不能说说你用什么caller？怎么得到的RNA？ |
l**1
发帖数: 64 | 23 个人一点小建议。
一般的RNA-Seq分析的默认是不同样本的RNA总量是一致的。
不过在强大致癌基因（比如说Myc）驱动下，可能的结果是癌症细胞转录本总量per
cell可能要显著多于没有过表达oncogene，这是一个可能导致转录本总量相差很多。这
种情况下可以考虑用外源ERCC spikein来校准化不同样本的RNA总量差别，然后再看
GSEA的结果。
不过并不确定这个可以帮助解决这个问题。 |
