c***y
发帖数: 615 | 1 最近比较6个样本的老鼠RNAseq数据，有些基因 (200 左右)，和17个transcription
factor 表达高度相关 （pearson correlation >0.98）。 但是，各类transcription
factor binding 数据库都无法表明any of those transcription factors has
binding site a the promoter of those 200 genes. 该如何解释这种情况呢？
多谢了！！ |
s*****k
发帖数: 15 | |
c***y
发帖数: 615 | 3 我倒是在想，这些binding element database, 到底有多完整呢？
【在 s*****k 的大作中提到】
: 只是凑巧而已吧
|
f*****n
发帖数: 499 | 4 TF binding属于epigenetics的一部分。既然是epigenetics，和timing，context很有
关系。你换个cell line，或者不同组织，在不同发育阶段，环境下，都会变化。
而这些所谓的database，包括ENCODE，就算都是真的，最多也就代表人家那个timing&
context的情况，换做你自己做的完全不同。所以哪怕是ENCODE project，我相信它的
accuracy，但是作为database对我们研究的帮助，其实不大。
总之，我个人完全不太相信这些online database；还是要相信自己的data。当然了，
正好碰到overlap的可以提出来，编编故事。仅此而已。
【在 c***y 的大作中提到】
: 我倒是在想，这些binding element database, 到底有多完整呢？
|
