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发帖数: 13035 | 1 经常有这个需要，比如做population stratefication或者其他molecular profiling的
时候，
1. 有10000个点，每个点有x, y ，可以在2D plot上显示出来。
2. 有或者没有一些已知classification的点，比如1000个点，知道population的分类，
可以通过不同的颜色在2D plot上显示
需要可以通过鼠标在plot选不同的区域用人眼classify，然后最后告诉我每个点在那个
cluster.
我知道有些R/python可视化package应该可以实现这个，不过有没有具体的sample code。
如果有现成的工具或者网站那就更好了。
另外，就population stratefication来说，有没有啥根据smartpca好的classifier?
我试了
一下knn, 对1kg的选择还行，对我的population assignment看起来有很多不对的地方。
感觉上可能手动更加准一点，也在看看tsne等其他方法，大家有推荐方法么？ | g*********3
发帖数: 177 | 2 你的问题是：有10k个data points，需要做cluster analysis？feature只有x&y？
你的数据是label-free的？KNN数据量太大了之后运行很慢。而且bio不比其他的数据，
如果知道来自三个ethnic group，你的k就限定了，不能随便制定K值。 |
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