c***y
发帖数: 615 | 1 working on mouse data. Would like to integrate information from refseq, ucsc
genome browser, GO consortium, and uniprotkb. They all have different IDs.
Is there an easy way to convert those IDs across different database?
Thank you very much for any inputs! |
F********3
发帖数: 256 | 2 no
ucsc
.
【在 c***y 的大作中提到】
: working on mouse data. Would like to integrate information from refseq, ucsc
: genome browser, GO consortium, and uniprotkb. They all have different IDs.
: Is there an easy way to convert those IDs across different database?
: Thank you very much for any inputs!
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j*********g
发帖数: 463 | 3 试试R 里面的几个包：
org.Mm.eg.db （老鼠；或者其他物种自己找）
AnnotationDbi
BiomaRt
但是都不容易，格式转换是最头疼的一件事。
ucsc
.
【在 c***y 的大作中提到】
: working on mouse data. Would like to integrate information from refseq, ucsc
: genome browser, GO consortium, and uniprotkb. They all have different IDs.
: Is there an easy way to convert those IDs across different database?
: Thank you very much for any inputs!
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c***t
发帖数: 146 | |
n******7
发帖数: 12463 | 5 biomart用起来比较简单
但是我喜欢下了mapping file自己处理 |
a******r
发帖数: 786 | 6 table$entrez = mapIds(org.Hs.eg.db,
keys=row.names(res),
column="ENTREZID",
keytype="ENSEMBL",
multiVals="first")
大概这样子的，你可以去用 ？mapids 去看看具体说明
需要load org.Hs.eg.db or org.Mm.eg.db
Hs 就是人的
Mm 就是老鼠
以此类推
【在 j*********g 的大作中提到】
: 试试R 里面的几个包：
: org.Mm.eg.db （老鼠；或者其他物种自己找）
: AnnotationDbi
: BiomaRt
: 但是都不容易，格式转换是最头疼的一件事。
:
: ucsc
: .
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c***y
发帖数: 615 | 7 where to find the mapping file please?
Thanks a lot!
【在 n******7 的大作中提到】
: biomart用起来比较简单
: 但是我喜欢下了mapping file自己处理
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c***y
发帖数: 615 | 8 mapids 是哪个包里的?
多谢了!!
【在 a******r 的大作中提到】
: table$entrez = mapIds(org.Hs.eg.db,
: keys=row.names(res),
: column="ENTREZID",
: keytype="ENSEMBL",
: multiVals="first")
: 大概这样子的，你可以去用 ？mapids 去看看具体说明
: 需要load org.Hs.eg.db or org.Mm.eg.db
: Hs 就是人的
: Mm 就是老鼠
: 以此类推
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a******r
发帖数: 786 | 9 library("AnnotationDbi")
你看一下这个，有enrichment 也有 id 转换
https://www.r-bloggers.com/tutorial-rna-seq-differential-expression-pathway-
analysis-with-sailfish-deseq2-gage-and-pathview/
【在 c***y 的大作中提到】
: mapids 是哪个包里的?
: 多谢了!!
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j*********g
发帖数: 463 | 10 AnnotationDbi?
：mapids 是哪个包里的?
：多谢了!!
【在 c***y 的大作中提到】
: mapids 是哪个包里的?
: 多谢了!!
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n******7
发帖数: 12463 | 11 ucsc 的 table browser里面很多mapping table
每种ID自己的官方站点是一般也都有很external ID的mapping
【在 c***y 的大作中提到】
: where to find the mapping file please?
: Thanks a lot!
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c***y
发帖数: 615 | 12 我在那搜过，但是没有GO mapping， uniprotkb mapping。
【在 n******7 的大作中提到】
: ucsc 的 table browser里面很多mapping table
: 每种ID自己的官方站点是一般也都有很external ID的mapping
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n******7
发帖数: 12463 | 13 go mapping就是go term association吧
这个要去go网站找
【在 c***y 的大作中提到】
: 我在那搜过，但是没有GO mapping， uniprotkb mapping。
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c***y
发帖数: 615 | 14 是。 但是go 网站自己的mapping file各种的ID,好像不是很规律
【在 n******7 的大作中提到】
: go mapping就是go term association吧
: 这个要去go网站找
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n******7
发帖数: 12463 | 15 go注释是按物种的，不同物种由不同的组织维护
【在 c***y 的大作中提到】
: 是。 但是go 网站自己的mapping file各种的ID,好像不是很规律
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c***y
发帖数: 615 | 16 go annotation常规pipeline是什么？
最近用interproscan (one of GO website recommended tools) annotated mm10
proteins and then compared with MGI mm annotation file. 结果是很大的不同啊 .
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【在 n******7 的大作中提到】
: go注释是按物种的，不同物种由不同的组织维护
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