j*********g
发帖数: 463 | 1 以前我做ChIP-seq都有size selection这一步，最早是切胶，后来用Ampure XP beads。
现在的测序facility说他们都不做这一步，只要shearing的还行的话，没必要。
请问是这样吗？ |
l******r
发帖数: 18699 | 2 凡是要选size的都是伪科学
beads。
【在 j*********g 的大作中提到】
: 以前我做ChIP-seq都有size selection这一步，最早是切胶，后来用Ampure XP beads。
: 现在的测序facility说他们都不做这一步，只要shearing的还行的话，没必要。
: 请问是这样吗？
|
f*******e
发帖数: 354 | 3 不能这么说，这size不是真正意义上的selection，比如next500，基本500bp以上的都
会丢失掉，放在里面只是浪费了loading的量而已
: 凡是要选size的都是伪科学
: beads。
【在 l******r 的大作中提到】
: 凡是要选size的都是伪科学
:
: beads。
|
j*********g
发帖数: 463 | 4 也就是说如果shearing的好 就不用做size selection？
[在 finixtree (alix) 的大作中提到：]
:不能这么说，这size不是真正意义上的selection，比如next500，基本500bp以上的都
:会丢失掉，放在里面只是浪费了loading的量而已
:<br>: 凡是要选size的都是伪科学
:<br>: beads。
:<br> |
y*********u
发帖数: 183 | 5 have you ever done any chip seq?
【在 l******r 的大作中提到】
: 凡是要选size的都是伪科学
:
: beads。
|
j*********g
发帖数: 463 | 6 ?
[在 yiersanmumu (一二三木木) 的大作中提到：]
:have you ever done any chip seq? |
y*********u
发帖数: 183 | 7 最好要size selection
对判断peak summit也有帮助
Chip-Seq和RNA-Seq analyzing principle不一样，没分析过的人下意识地以为size
selection会损坏信息的保真度，其实selection后信息保真度更高。
你shear完的size和chip后的size以及最后effective建库的size根本不是一回事
最科学的做法是adaptor ligation完做size selection再library amplify
【在 j*********g 的大作中提到】
: 也就是说如果shearing的好 就不用做size selection？
: [在 finixtree (alix) 的大作中提到：]
: :不能这么说，这size不是真正意义上的selection，比如next500，基本500bp以上的都
: :会丢失掉，放在里面只是浪费了loading的量而已
: :<br>: 凡是要选size的都是伪科学
: :<br>: beads。
: :<br>
|
j*********g
发帖数: 463 | 8 你说的很对，recommended的protocol都是size selection。但是我们的facility坚持
认为没必要，他不size selection，测序前library跑的bioanalyzer是个100bp到1kb的
宽峰…
怎么说服他做size selection？
话说为什么size selection 保真度更高？
[在 yiersanmumu (一二三木木) 的大作中提到：]
:最好要size selection
:对判断peak summit也有帮助
:Chip-Seq和RNA-Seq analyzing principle不一样，没分析过的人下意识地以为size
:selection会损坏信息的保真度，其实selection后信息保真度更高。
:你shear完的size和chip后的size以及最后effective建库的size根本不是一回事
:最科学的做法是adaptor ligation完做size selection再library amplify |
f*******e
发帖数: 354 | 9 size selection也可以在建库完成后。如果用的是hi seq，1kb也没有什么问题。传统
的用truseq kit建rna seq库，一般是没有必要size selection的，镁离子化学断裂非
常的好。chipseq ip的大小一般会比input大一点，如果是sonication shear的不好的
话，ip下来的片段就可能会大很多，但是mnase digestion好的话的基本pattern不会变
，也就是如果超声shear的好的话确实不需要选择，因为大片段本来就不多。测序时到
flow cell 上cluster的时候也就都丢了，无所谓。
: 你说的很对，recommended的protocol都是size selection。但是我们的
facility坚持
: 认为没必要，他不size selection，测序前library跑的bioanalyzer是个100bp
到1kb的
: 宽峰…
: 怎么说服他做size selection？
: 话说为什么size selection 保真度更高？
: [在 yiersanmumu (一二三木木) 的大作中提到：]
: :最好要size selection
: :对判断peak summit也有帮助
: :Chip-Seq和RNA-Seq analyzing principle不一样，没分析过的人下意识地以为
size
: :selection会损坏信息的保真度，其实selection后信息保真度更高。
【在 j*********g 的大作中提到】
: 你说的很对，recommended的protocol都是size selection。但是我们的facility坚持
: 认为没必要，他不size selection，测序前library跑的bioanalyzer是个100bp到1kb的
: 宽峰…
: 怎么说服他做size selection？
: 话说为什么size selection 保真度更高？
: [在 yiersanmumu (一二三木木) 的大作中提到：]
: :最好要size selection
: :对判断peak summit也有帮助
: :Chip-Seq和RNA-Seq analyzing principle不一样，没分析过的人下意识地以为size
: :selection会损坏信息的保真度，其实selection后信息保真度更高。
|
X*******8
发帖数: 3895 | 10 现在难道不都是测全长以防漏掉splicing variants吗？
100bp
【在 f*******e 的大作中提到】
: size selection也可以在建库完成后。如果用的是hi seq，1kb也没有什么问题。传统
: 的用truseq kit建rna seq库，一般是没有必要size selection的，镁离子化学断裂非
: 常的好。chipseq ip的大小一般会比input大一点，如果是sonication shear的不好的
: 话，ip下来的片段就可能会大很多，但是mnase digestion好的话的基本pattern不会变
: ，也就是如果超声shear的好的话确实不需要选择，因为大片段本来就不多。测序时到
: flow cell 上cluster的时候也就都丢了，无所谓。
:
:
: 你说的很对，recommended的protocol都是size selection。但是我们的
: facility坚持
:
: 认为没必要，他不size selection，测序前library跑的bioanalyzer是个100bp
|
j*********g
发帖数: 463 | 11 测全长是什么意思？最长也就2*150吧，而且谁会测那么长呢？
[在 Xiaotan98 (笑谈) 的大作中提到：]
:现在难道不都是测全长以防漏掉splicing variants吗？ |
X*******8
发帖数: 3895 | 12 好像是说要检测splicing variants. 我前几天看到的。
【在 j*********g 的大作中提到】
: 测全长是什么意思？最长也就2*150吧，而且谁会测那么长呢？
: [在 Xiaotan98 (笑谈) 的大作中提到：]
: :现在难道不都是测全长以防漏掉splicing variants吗？
|
f*******e
发帖数: 354 | 13 你们学校用的什么平台，你找他家的kit看看就知道了
: 好像是说要检测splicing variants. 我前几天看到的。
【在 X*******8 的大作中提到】
: 好像是说要检测splicing variants. 我前几天看到的。
|
