B*******y
发帖数: 17 | 1 最近做了wild-type和一个mutant的RNA-seq，分析找到了一些differentially
expressed genes，尝试用GO term, 比如说DAVID，但是得出来的结果感觉不是很有提
示性，都是一些很泛泛的名词，例如morphogenesis，development等。后来我自己看了
这些基因，发现有些WNT pathway的基因被up-regulated，有些其他signaling的
components被down-regulated。请问有什么网站或者哪种分析方法可以专门分析这些
DEGs属于哪些signaling pathways吗？
同时我也发现某些mesoderm的基因有被up-regulated，另外有些endoderm的基因有被
down-regulated，请问有什么网站或者哪种分析方法可以专门分析这些DEGs属于哪个
germ layers吗？
谢谢大家！ |
t*******n
发帖数: 2 | |
Z******5
发帖数: 435 | |
B*******y
发帖数: 17 | 4
试了一下分析pathway，挺不错的，继续摸索。非常非常感谢！
【在 t*******n 的大作中提到】
: 在线工具的话，可以试试这个：http://www.webgestalt.org/
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B*******y
发帖数: 17 | 5 摸索完WebGestalt 就摸索GSEA，非常非常感谢！
【在 Z******5 的大作中提到】
: 再试一下GSEA
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B*******y
发帖数: 17 | 6 非常喜欢这个在线工具，是目前我用过的最好和感觉最靠谱的。非常感谢 tangboyun (
TBY) 的帮助。
【在 t*******n 的大作中提到】
: 在线工具的话，可以试试这个：http://www.webgestalt.org/
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