i********y
发帖数: 23 | 1 哪位大侠能否帮我看看这个DNA shear/sonicating之后的跑胶图。用的ladder是100bp
的ladder.我有两个问题：
1. 前三个的bandsize是不是太小了？我用的protocol上说sonicate后至少要750-250bp.
2. 后三个究竟是under-shearing还是over-shearing?
我从来没做过CHIP,所处的实验室也不是做这个的。
P.S.前三个和后三个是不同的细胞系。 |
i********y
发帖数: 23 | 2 胶图在这
100bp
250bp.
【在 i********y 的大作中提到】
: 哪位大侠能否帮我看看这个DNA shear/sonicating之后的跑胶图。用的ladder是100bp
: 的ladder.我有两个问题：
: 1. 前三个的bandsize是不是太小了？我用的protocol上说sonicate后至少要750-250bp.
: 2. 后三个究竟是under-shearing还是over-shearing?
: 我从来没做过CHIP,所处的实验室也不是做这个的。
: P.S.前三个和后三个是不同的细胞系。
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i********y
发帖数: 23 | 3 我跑胶的时候没有reverse cross-link, 也没有proteinase K处理。但我用了RNAase.
这些我的protocol上都没说，后来我自己在网上找才知道需要这些步骤。 |
f****e
发帖数: 679 | 4 一个Nucleosome的大小是大约247bp，从你的胶图来看，应该大部分都shear成单个
nucleosome的片段了。sonication条件应该还可以，但是还是建议你要做reverse X-
link和Proteinase K digestion before running agarose gel.
后三个lane感觉是上样量不够，多跑几微升试试 |
i********y
发帖数: 23 | 5 Thank you so much!
【在 f****e 的大作中提到】
: 一个Nucleosome的大小是大约247bp，从你的胶图来看，应该大部分都shear成单个
: nucleosome的片段了。sonication条件应该还可以，但是还是建议你要做reverse X-
: link和Proteinase K digestion before running agarose gel.
: 后三个lane感觉是上样量不够，多跑几微升试试
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f****e
发帖数: 679 | 6 you are welcome
【在 i********y 的大作中提到】
: Thank you so much!
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