r**********e
发帖数: 587 | 1 本人搞disease genomics/bioinformatics的，理想是搞这方面研究（不管在学术界还
是业界）；PhD一开始无非就是测序/计算发现一些mutation，做的挺开心。但老板后来
就要我开始做mutation的各种功能实验。硬着头皮做了一些，现在真是越来越反感。
老板优点是MD大牛，影响力/关系；但影响力应该还是在医院药厂方面，在我喜欢的基
因组/生物信息方面他完全白痴，也不知道是否有connection。然后为人很nice，从来
不push
但这种优点也成了缺点，就是不太懂science，夸夸其谈，很难得预约见到面，不记得
我的工作，每次talk都是凭当时的感觉和热情，过了就忘了。然后lab里基本没什么帮
手可以帮我做bench。前段时间聊，居然还在安排我做各种bench，非常反感。
所以现在的局面非常尴尬，老板的兴趣点和我的兴趣爱好，完全不在一条线上。加上他
管的又不严，我也没啥动力，所以PhD毕业遥遥无期。而且bench占用我大量时间，搞的
我的computational training我觉得不够，未来找工作没底气！
我现在能想到的办法是，尽量去做他要我做的bench，同时暗地里赶紧自己找
computational方面的工作以及self-training；因为他比较好说话，而且忘性大，最后
我就可以死皮赖脸的要求毕业？（反正做不出来）。。。也有人说可以直接quit PhD，
但实在不划算啊。而且是不是未来在genomics/bioinformatics领域有个PhD比一个
master还是强的多？
求大家的建议，该怎么办
谢谢。 |
i********y
发帖数: 23 | 2 看到这我真的笑了。wet lab当然比dry lab苦逼一万倍了。而且wet lab做出来的东西
也不见得比dry lab牛逼到哪去。
前段时间碰到一个computer science的phd,第一年用寒假的时间蹭蹭的出了两篇paper.
再看看咱们。。。
PhD一开始无非就是测序/计算发现一些mutation，做的挺开心。但老板后来就要我开始
做mutation的各种功能实验。硬着头皮做了一些，现在真是越来越反感。
【在 r**********e 的大作中提到】
: 本人搞disease genomics/bioinformatics的，理想是搞这方面研究（不管在学术界还
: 是业界）；PhD一开始无非就是测序/计算发现一些mutation，做的挺开心。但老板后来
: 就要我开始做mutation的各种功能实验。硬着头皮做了一些，现在真是越来越反感。
: 老板优点是MD大牛，影响力/关系；但影响力应该还是在医院药厂方面，在我喜欢的基
: 因组/生物信息方面他完全白痴，也不知道是否有connection。然后为人很nice，从来
: 不push
: 但这种优点也成了缺点，就是不太懂science，夸夸其谈，很难得预约见到面，不记得
: 我的工作，每次talk都是凭当时的感觉和热情，过了就忘了。然后lab里基本没什么帮
: 手可以帮我做bench。前段时间聊，居然还在安排我做各种bench，非常反感。
: 所以现在的局面非常尴尬，老板的兴趣点和我的兴趣爱好，完全不在一条线上。加上他
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g*******7
发帖数: 21 | 3 首先要认清的现实是，你的研究方向很大程度上取决于你所在lab的平台，也就是你老
板的兴趣和经费来源，而不是反过来。所以出现现在的情况只能说明你当年选lab欠考
虑。
既然已经这样了，我认为你要主动。比如，你可以礼貌地向老板提出，想在继续当前课
题的基础上获得一些计算方面的training，看看老板是否能帮助联系这样的机会。一般
而言医院产生的数据还是很多的。重要的是你向老板提出想法的时候要想办法体现出你
很重视，对自己想做的课题有了一定程度的规划，并且想办法把你的想法和老板的兴趣
联系起来。MD都不太会放很多精力在bench上，所以不能指望老板能指导你的学术， 但
反过来你也相对比较自由，他的network也是你的机会。nice的老板应该会帮忙协调你
的兴趣和他的研究的。 |
e*******o
发帖数: 4654 | 4 re
在老板的框架内 搞 讨好老板 大牛要是青睐你 你学术界好混一些 不少pi到了
professor 一样拍大牛马屁
如果不想烂圈混 看看能不能搞个cs ms
【在 g*******7 的大作中提到】
: 首先要认清的现实是，你的研究方向很大程度上取决于你所在lab的平台，也就是你老
: 板的兴趣和经费来源，而不是反过来。所以出现现在的情况只能说明你当年选lab欠考
: 虑。
: 既然已经这样了，我认为你要主动。比如，你可以礼貌地向老板提出，想在继续当前课
: 题的基础上获得一些计算方面的training，看看老板是否能帮助联系这样的机会。一般
: 而言医院产生的数据还是很多的。重要的是你向老板提出想法的时候要想办法体现出你
: 很重视，对自己想做的课题有了一定程度的规划，并且想办法把你的想法和老板的兴趣
: 联系起来。MD都不太会放很多精力在bench上，所以不能指望老板能指导你的学术， 但
: 反过来你也相对比较自由，他的network也是你的机会。nice的老板应该会帮忙协调你
: 的兴趣和他的研究的。
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g*****x
发帖数: 3283 | 5 你都高年级phd了，还指着老板亲自花时间教你？
【在 r**********e 的大作中提到】
: 本人搞disease genomics/bioinformatics的，理想是搞这方面研究（不管在学术界还
: 是业界）；PhD一开始无非就是测序/计算发现一些mutation，做的挺开心。但老板后来
: 就要我开始做mutation的各种功能实验。硬着头皮做了一些，现在真是越来越反感。
: 老板优点是MD大牛，影响力/关系；但影响力应该还是在医院药厂方面，在我喜欢的基
: 因组/生物信息方面他完全白痴，也不知道是否有connection。然后为人很nice，从来
: 不push
: 但这种优点也成了缺点，就是不太懂science，夸夸其谈，很难得预约见到面，不记得
: 我的工作，每次talk都是凭当时的感觉和热情，过了就忘了。然后lab里基本没什么帮
: 手可以帮我做bench。前段时间聊，居然还在安排我做各种bench，非常反感。
: 所以现在的局面非常尴尬，老板的兴趣点和我的兴趣爱好，完全不在一条线上。加上他
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D*a
发帖数: 6830 | 6 忽悠老板找两个wet lab的博士/博士后/硕士/summer student然后合作发两篇paper不
就结了 |
r**********e
发帖数: 587 | 7 说明你当年选lab欠考虑
你说的很对，其实一言难尽，我当年也是"利用"这个机会开始学生物信息。另外还有一
点就是人的兴趣是在不停变化的
我的MD老板实在是太不懂science了，太不能给我指导了。但如果没有老板的指导，我
要如何发paper？进行我的research？一个人太艰难，心里会有怨恨
【在 g*******7 的大作中提到】
: 首先要认清的现实是，你的研究方向很大程度上取决于你所在lab的平台，也就是你老
: 板的兴趣和经费来源，而不是反过来。所以出现现在的情况只能说明你当年选lab欠考
: 虑。
: 既然已经这样了，我认为你要主动。比如，你可以礼貌地向老板提出，想在继续当前课
: 题的基础上获得一些计算方面的training，看看老板是否能帮助联系这样的机会。一般
: 而言医院产生的数据还是很多的。重要的是你向老板提出想法的时候要想办法体现出你
: 很重视，对自己想做的课题有了一定程度的规划，并且想办法把你的想法和老板的兴趣
: 联系起来。MD都不太会放很多精力在bench上，所以不能指望老板能指导你的学术， 但
: 反过来你也相对比较自由，他的network也是你的机会。nice的老板应该会帮忙协调你
: 的兴趣和他的研究的。
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l******o
发帖数: 2649 | 8 就是发现一些mutation，感觉是比较低级的bioinformatics，还做了什么？要真的做到
很牛的，却是跟MD老板是学不来的，自学几年也往往比不过专业生物信息实验室出来的
和CS出来的。
这种文章可以发，但是要发好的，却是要wet lab
所以如果实验室有ms学生本科生什么的，最好搞合作。实验太难他们也搞不定你就必须
找collaborator来验证。 |
r**********e
发帖数: 587 | 9 不想混烂圈了
一定要搞计算
【在 e*******o 的大作中提到】
: re
: 在老板的框架内 搞 讨好老板 大牛要是青睐你 你学术界好混一些 不少pi到了
: professor 一样拍大牛马屁
: 如果不想烂圈混 看看能不能搞个cs ms
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r**********e
发帖数: 587 | 10 当然不是简单的run一下GATK找SNP，RNA-seq, exome, WGS, ChIP-seq, ENCODE,
1000genome, Haploreg都有接触
不过也就是跑别人的软件分析遗传学数据
请定义下何为高级bioinformatics？自己写软件？
【在 l******o 的大作中提到】
: 就是发现一些mutation，感觉是比较低级的bioinformatics，还做了什么？要真的做到
: 很牛的，却是跟MD老板是学不来的，自学几年也往往比不过专业生物信息实验室出来的
: 和CS出来的。
: 这种文章可以发，但是要发好的，却是要wet lab
: 所以如果实验室有ms学生本科生什么的，最好搞合作。实验太难他们也搞不定你就必须
: 找collaborator来验证。
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d********m
发帖数: 3662 | 11 你的computational到了一个什么水准？本科是搞计算的科班出身还好说，如果本科是
生物的，到了博士临时搞所谓的计算，你的"computation"技能根本不能作数啊。
还是建议PHD阶段再去读个统计或计算机，好多学校对自己的PHD应该都是免费的，不然
这种不三不四的计算技能说实话还不如老老实实纯化蛋白的同学们强。 |
w********i
发帖数: 76 | 12
【在 r**********e 的大作中提到】
: 当然不是简单的run一下GATK找SNP，RNA-seq, exome, WGS, ChIP-seq, ENCODE,
: 1000genome, Haploreg都有接触
: 不过也就是跑别人的软件分析遗传学数据
: 请定义下何为高级bioinformatics？自己写软件？
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w********i
发帖数: 76 | 13 你说的这些真的不足以找个bioinformatics的工作。
你要会算法，会写软件包括web application等。等你找工组就知道了。小公司需要你
什么都会，大公司是看不上你这个level的。
不要生气，这都是现实。
【在 r**********e 的大作中提到】
: 当然不是简单的run一下GATK找SNP，RNA-seq, exome, WGS, ChIP-seq, ENCODE,
: 1000genome, Haploreg都有接触
: 不过也就是跑别人的软件分析遗传学数据
: 请定义下何为高级bioinformatics？自己写软件？
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s******y
发帖数: 17729 | 14 跑个程序分析一下遗传数据大部分捞DNA和跑胶的都会，你说这种生物信息赶脚不出三五
年，就会像现在市场上南方杂交，北方杂交一样，自己掂量着来吧。
【在 r**********e 的大作中提到】
: 当然不是简单的run一下GATK找SNP，RNA-seq, exome, WGS, ChIP-seq, ENCODE,
: 1000genome, Haploreg都有接触
: 不过也就是跑别人的软件分析遗传学数据
: 请定义下何为高级bioinformatics？自己写软件？
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r**********e
发帖数: 587 | 15 不生气
我只想请教下您说的“算法”以及“web application”,能否举几个例子？
我的体会是bioinformatics怎么是越来越偏向biology，计算无非是个手段。
需要会的：
1，计算基本是linux，python和R；至少入门是挺容易的。很少人写C/java；除非你自
己做GATK一样的软件。如何在high-throuput cluster上跑big data， 如何
parallelization
2，各种NGS各种测序的原理
3，目前主流还是基因组研究，所以各种软件：BLAST/BLAT, bwa/bowtie, samtools,
GATK, Annovar, velvet, 转录组的tophat, cufflinks, RSEM, ChIP-seq的比如MACS，
这些现有软件学会用精就很不易了，大部分人也就是用用这些，你自己去写，写的过
Broad Institute么？写出来也就是junk paper，没有用户群
4，各种public data； UCSC, uniprot, GOterm, ENCODE, 1000Genome,
EpigenomeRoadmap...
5， 比较高级的还是算法/machine learning/statistics当然是灵魂,k-means, linear
regression, PCA, SVM...；这个很需要学习。不过machine learning学的很精，直接
就可以找工作了。不用搞什么生物信息了。这也是我未来的目标，如果我不做基因组了
就去搞data science.
6, 最重要的还是本身的biology
还真是没听说过需要web application的
以上个人见解
【在 w********i 的大作中提到】
: 你说的这些真的不足以找个bioinformatics的工作。
: 你要会算法，会写软件包括web application等。等你找工组就知道了。小公司需要你
: 什么都会，大公司是看不上你这个level的。
: 不要生气，这都是现实。
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d********m
发帖数: 3662 | 16 你老板让你做bench是完全正确的。都高年级了，别眼高手低，咬牙好好做点实验出来
毕业才是王道 |
W***o
发帖数: 6519 | 17 楼猪在这种md lab这样训练出来的生物信息计算能力，其实大部分就是自学或者平时上
一些课或者workshop上学来的皮毛而已，因为真正的训练应该是来自老板指导的
projects，发paper这些。课本上学来的皮毛到最后也就是三脚猫的功夫，到最后工作
市场上的竞争还是处于高不成低不就的尴尬。
明智一点的应该是去读个cs或stats硕士，这样会让楼主更加的marketable；多做wet
lab benchwork 只会让楼主走下坡路走的更快一些 |
w********i
发帖数: 76 | 18 本来生物信息工作要求都很变态， 大部分都是cs毕业的在做。
你年轻的话，就读个cs。
【在 r**********e 的大作中提到】
: 不生气
: 我只想请教下您说的“算法”以及“web application”,能否举几个例子？
: 我的体会是bioinformatics怎么是越来越偏向biology，计算无非是个手段。
: 需要会的：
: 1，计算基本是linux，python和R；至少入门是挺容易的。很少人写C/java；除非你自
: 己做GATK一样的软件。如何在high-throuput cluster上跑big data， 如何
: parallelization
: 2，各种NGS各种测序的原理
: 3，目前主流还是基因组研究，所以各种软件：BLAST/BLAT, bwa/bowtie, samtools,
: GATK, Annovar, velvet, 转录组的tophat, cufflinks, RSEM, ChIP-seq的比如MACS，
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w********i
发帖数: 76 | 19 If you can join big company like Illumina and PacBio, you don't need to know
something like web application.
but if you want to join a small startup company, you need to know everything
because the whole company relies on you
【在 r**********e 的大作中提到】
: 不生气
: 我只想请教下您说的“算法”以及“web application”,能否举几个例子？
: 我的体会是bioinformatics怎么是越来越偏向biology，计算无非是个手段。
: 需要会的：
: 1，计算基本是linux，python和R；至少入门是挺容易的。很少人写C/java；除非你自
: 己做GATK一样的软件。如何在high-throuput cluster上跑big data， 如何
: parallelization
: 2，各种NGS各种测序的原理
: 3，目前主流还是基因组研究，所以各种软件：BLAST/BLAT, bwa/bowtie, samtools,
: GATK, Annovar, velvet, 转录组的tophat, cufflinks, RSEM, ChIP-seq的比如MACS，
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N******n
发帖数: 3003 | 20 你用的是GATK的Mutect 1 or 2 for mutation call?
【在 r**********e 的大作中提到】
: 不生气
: 我只想请教下您说的“算法”以及“web application”,能否举几个例子？
: 我的体会是bioinformatics怎么是越来越偏向biology，计算无非是个手段。
: 需要会的：
: 1，计算基本是linux，python和R；至少入门是挺容易的。很少人写C/java；除非你自
: 己做GATK一样的软件。如何在high-throuput cluster上跑big data， 如何
: parallelization
: 2，各种NGS各种测序的原理
: 3，目前主流还是基因组研究，所以各种软件：BLAST/BLAT, bwa/bowtie, samtools,
: GATK, Annovar, velvet, 转录组的tophat, cufflinks, RSEM, ChIP-seq的比如MACS，
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a******r
发帖数: 786 | 21 无脑quit
想做生信不要再这种lab里呆
去dry lab，或者是lab 里有专门杀老鼠养细胞的，而且老板要懂行
我master 的老板就是这样，业界大牛，不懂生信，念的磕磕绊绊。主要是环境不好学
的慢 |
D******d
发帖数: 476 | 22 他们说的算法应该是指CS的算法 排序啊 遍历二叉树之类的
我跟楼主很类似 做genomics 但是偏统计分析全基因组 sequencing 数据 自己有时候
写点小程序处理处理数据 linux/R/SAS 之类用的很溜 但是远远不够 因为毕竟半路出
家 老板对编程一窍不通 统计到能教不少 反正就觉得自己学成了四不像 半吊子 所以
我一直在phd期间修计算机系的基础课 然后申请了本校的CS master, 免费 两个学位一
起搞 如果老板不怎么管 完全能handle的过来 建议楼主早做准备
【在 r**********e 的大作中提到】
: 不生气
: 我只想请教下您说的“算法”以及“web application”,能否举几个例子？
: 我的体会是bioinformatics怎么是越来越偏向biology，计算无非是个手段。
: 需要会的：
: 1，计算基本是linux，python和R；至少入门是挺容易的。很少人写C/java；除非你自
: 己做GATK一样的软件。如何在high-throuput cluster上跑big data， 如何
: parallelization
: 2，各种NGS各种测序的原理
: 3，目前主流还是基因组研究，所以各种软件：BLAST/BLAT, bwa/bowtie, samtools,
: GATK, Annovar, velvet, 转录组的tophat, cufflinks, RSEM, ChIP-seq的比如MACS，
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e*********6
发帖数: 3453 | 23 应该不是这种刷题级别的算法，应该是更复杂的。至少是到smithwaterman这种，或者
更高级的类似高通量mapping一类的
【在 D******d 的大作中提到】
: 他们说的算法应该是指CS的算法 排序啊 遍历二叉树之类的
: 我跟楼主很类似 做genomics 但是偏统计分析全基因组 sequencing 数据 自己有时候
: 写点小程序处理处理数据 linux/R/SAS 之类用的很溜 但是远远不够 因为毕竟半路出
: 家 老板对编程一窍不通 统计到能教不少 反正就觉得自己学成了四不像 半吊子 所以
: 我一直在phd期间修计算机系的基础课 然后申请了本校的CS master, 免费 两个学位一
: 起搞 如果老板不怎么管 完全能handle的过来 建议楼主早做准备
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r**********e
发帖数: 587 | 24 那敢问您后来的去向是？
重新转了一个新的dry lab？
【在 a******r 的大作中提到】
: 无脑quit
: 想做生信不要再这种lab里呆
: 去dry lab，或者是lab 里有专门杀老鼠养细胞的，而且老板要懂行
: 我master 的老板就是这样，业界大牛，不懂生信，念的磕磕绊绊。主要是环境不好学
: 的慢
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r**********e
发帖数: 587 | 25 已经临近毕业，来不及了
以后博士后期间是否有机会读这样的免费本校cs master？
另外，我并不想完全随大流一样去读一个CS master彻底转行，我只是不想做wet，喜欢
dry，喜欢disease genomics
【在 D******d 的大作中提到】
: 他们说的算法应该是指CS的算法 排序啊 遍历二叉树之类的
: 我跟楼主很类似 做genomics 但是偏统计分析全基因组 sequencing 数据 自己有时候
: 写点小程序处理处理数据 linux/R/SAS 之类用的很溜 但是远远不够 因为毕竟半路出
: 家 老板对编程一窍不通 统计到能教不少 反正就觉得自己学成了四不像 半吊子 所以
: 我一直在phd期间修计算机系的基础课 然后申请了本校的CS master, 免费 两个学位一
: 起搞 如果老板不怎么管 完全能handle的过来 建议楼主早做准备
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e*********6
发帖数: 3453 | 26 在你自身条件一定的情况下，你想做喜欢的事情就要放弃高薪。就像游戏公司的马工相
对工资比较低一样。
【在 r**********e 的大作中提到】
: 已经临近毕业，来不及了
: 以后博士后期间是否有机会读这样的免费本校cs master？
: 另外，我并不想完全随大流一样去读一个CS master彻底转行，我只是不想做wet，喜欢
: dry，喜欢disease genomics
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k***a
发帖数: 636 | 27 楼主坚持一下，一定要拿到phd，尤其是你想要在这个行当继续做的话。
bioinfo在SF和boston找人都还是挺多的， 大公司入门会比较难。加油吧 |
m********o
发帖数: 98 | 28 一直想搞清像楼主这种背景，想去大公司又不想做大公司的博后的话，是应该找个hard
core的bioinformatics的学术界博后实验室做个两三年好呢，还是进start up边赚钱
边学、攒点经验好？两种option都有的话
【在 k***a 的大作中提到】
: 楼主坚持一下，一定要拿到phd，尤其是你想要在这个行当继续做的话。
: bioinfo在SF和boston找人都还是挺多的， 大公司入门会比较难。加油吧
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