请教ChIPseq的技术问题 - Biology版 - 未名存档

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Biology版 - 请教ChIPseq的技术问题

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● 请教RNA-seq里面,reads是怎么计数的	● How the human penis lost its spikes
● mouse的ChIPseq结果却map到human基因组，咋回事？	● 请教一个关于cell受损的问题
● 请问一般ChIPseq应该有多少peaks？	● 脑片培养，记录神经元没有spikes是什么原因。

相关话题的讨论汇总
话题: chipseq话题: covaris话题: biorupter话题: spiked话题: 问题

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R*********e 发帖数: 53	1 1. 现在做ChIPseq是不是都得做重复？记得前几年的ChIPseq，都是一次实验，就可以。 2. 现在做ChIPseq，spiked－in 是必须的吗？ 3. biorupter和covaris，哪个好？为什么？谢谢！
R*********e 发帖数: 53	2 还有，测序深度的问题。 histone marker 测多少reads？TF测多少reads？谢谢！
k*****n 发帖数: 323	3 至少两个重复，样品特难搞的一次还勉强说得过去。看你想address什么问题了，一般 20-40m够用，但越深越好
k*****n 发帖数: 323	4 spike in 不是必要的，而且你打算怎么spike in? c容易over shearing，条件摸好后估计会很稳定，b开始做比较好，但是用久了机子会搞幺蛾子，个人还是觉得Branson好……
R*********e 发帖数: 53	5 https://www.activemotif.com/catalog/1091/chip-normalization 用这个啊【在 k*****n 的大作中提到】 : spike in 不是必要的，而且你打算怎么spike in? : c容易over shearing，条件摸好后估计会很稳定，b开始做比较好，但是用久了机子会 : 搞幺蛾子，个人还是觉得Branson好……

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