s*****5 发帖数: 52 | 1 问版上做质谱的行家,有重复过Josh coon几年前发表的那个ETD/CID decision tree的
方法吗?就是用ETD碎裂高电荷低M/Z的precursor,其他的用CID. 我最近在Orbitrap
Fusion上试图重复,发现ETD使CID的scan数也减少了很多,最后还不如只用CID。只用
ETD得到的蛋白数比CID少非常多,觉得可能是反应时间设的过长,但是设的短谱图质量
看起来很低。顺便求问如何优化ETD的参数及注意事项等,谢谢! |
s******a 发帖数: 252 | 2 Fusion is a quite different instrument. |
y*****i 发帖数: 23 | 3 建议使用HCD,一级二级均是Orbitrap高精度扫描。
对磷酸化样品好处更多。
你可以自己比较看看。 |
s*****5 发帖数: 52 | 4
我们现在的常规方法就是把fusion当做Q-exative用使用,因为这样file size小很多,
mass accuracy高了之后database search的分数高。但是现在我就是想试试这个
decision tree,因为ETD,CID是比较complementary,希望对提高sequence coverage有
帮助
【在 y*****i 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 建议使用HCD,一级二级均是Orbitrap高精度扫描。 : 对磷酸化样品好处更多。 : 你可以自己比较看看。
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s*****5 发帖数: 52 | 5 你好,能具体说说这个不同具体造成的影响吗?前端多了个Q,然后ion trap放后面了
,在IT里面做的MS2检测和原来有很大不同?
【在 s******a 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : Fusion is a quite different instrument.
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r*****m 发帖数: 3619 | 6 CID 的缺点一个是看不到小于 precursor ion MW 三分之一的 fragment ion, 另一个
是容易打掉蛋白的修饰基团,对修饰基团的定位带来困难。
ETD 可以克服above两个问题,但是对sample的纯度和用量,都比 CID 高。
Fusion 真正高级的地方,是在做HCD时可以连续把 MSn 做下去。 |
K******S 发帖数: 10109 | 7 ETD sensitivity/efficiency比CID低是肯定的
CID在ION TRAP里还是最快的
FUSION叫TRIBRID是你可以同时做3件事情.我觉得如何利用这个优势更重要.比如在
ORBITRAP做MS1或者HCD的时候别让ION TRAP闲着.
CID FRAGMENT的时候是M/Z FOCUS的,意味着如果PEPTIDE上的修饰容易掉的话,就不会有
很好的BACKBONE FRAGMENTS (因为修饰掉了M/Z就变了), ETD可以解决这个. 但现在有
HCD了,是QUADRUPOLE FRAGMENTATION (修饰掉了还可以继续FRAGMENTATION),对修饰的
PEPTIDE效果也不错.
尤其FUSION的速度太快了,15HZ ORBITRAP, 20HZ ION TRAP. 那这个当QE使唤有些大材
小用了.
【在 s*****5 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 你好,能具体说说这个不同具体造成的影响吗?前端多了个Q,然后ion trap放后面了 : ,在IT里面做的MS2检测和原来有很大不同?
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s*****5 发帖数: 52 | 8 您说的很对,所以我之前试着搞了一个既用HCD-OT又用CID-IT的method,但是发现对
proteomics蛋白数检测提升不多,所以才想着看看能不能把ETD整进来,提高对高电荷
(>=+4)ion的coverage,因HCD/CID不容易碎裂高电荷的ion.不知道您对这个有没有什么
建议~
至于拿Fusion当做QE使,其实主要是data analysis方面有瓶颈,我们一般是做大批量
的label-free(30~40个LC-MS run),如果MS2 scan太多了,data processing就会很困难
. 因为Orbi做MS2 scan速度慢,scan数低,谱图信息也少却更精确,所以才选择这种模
式作为常规检测。自从FUSION出来之后,感觉大部分实验室结果是Ion trap做HCD效果
最好,这也是只有fusion才能实现的。
感觉您是真正的行家,希望有机会可以好好请教,我刚接触Fusion不久
【在 K******S 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : ETD sensitivity/efficiency比CID低是肯定的 : CID在ION TRAP里还是最快的 : FUSION叫TRIBRID是你可以同时做3件事情.我觉得如何利用这个优势更重要.比如在 : ORBITRAP做MS1或者HCD的时候别让ION TRAP闲着. : CID FRAGMENT的时候是M/Z FOCUS的,意味着如果PEPTIDE上的修饰容易掉的话,就不会有 : 很好的BACKBONE FRAGMENTS (因为修饰掉了M/Z就变了), ETD可以解决这个. 但现在有 : HCD了,是QUADRUPOLE FRAGMENTATION (修饰掉了还可以继续FRAGMENTATION),对修饰的 : PEPTIDE效果也不错. : 尤其FUSION的速度太快了,15HZ ORBITRAP, 20HZ ION TRAP. 那这个当QE使唤有些大材 : 小用了.
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s*****5 发帖数: 52 | 9 谢谢回复,现在一些paper讲MS3,MS4,这个具体有什么benefit呢?感觉MS2基本满足
大多数要求。。。
【在 r*****m 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : CID 的缺点一个是看不到小于 precursor ion MW 三分之一的 fragment ion, 另一个 : 是容易打掉蛋白的修饰基团,对修饰基团的定位带来困难。 : ETD 可以克服above两个问题,但是对sample的纯度和用量,都比 CID 高。 : Fusion 真正高级的地方,是在做HCD时可以连续把 MSn 做下去。
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w********2 发帖数: 632 | 10 Nice talk.
How about IRMPD on Fusion? Also Orbi on Fusion has 15 hz at which resolution?
What is the major new mode (selling point) for Fusion? Iontrap-HCD-Orbi at
MSn can be realized by Orbi Elit (LTQ Orbi), no need for Fusion.Just need
direct infusion to have enough sensitivity.
Maybe use Q as the mass filter to get rid of sample matrix, then IT-CID-Orbi
? But then it is not unsupervised anymore.If Q after IT as the IT-Q-CID-Orbi
, seems not much benefit gained. |
|
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w********2 发帖数: 632 | 11 If the major advantage is to have parallel running for Q IT Orbi, then the
idea is similar to the latest version of LTQ (LXQ?) with two ITs. Then, in
this case, maybe next model of Fusion will have two ITs, two Qs, one or two
Orbi. Seems benefit gain is diminishing exponentially. |
K******S 发帖数: 10109 | 12 行家不敢当,能买得起FUSION的都是牛LAB,我特喜欢QE,有FUSION的钱我会买2个QE
我觉得你蛋白检测数目提高不多是因为FUSION太快了,样品里该检测到的都几乎检测到
了.
我个人对ETD不感冒,因为我上学时候做的东西不用ETD,拿高电荷的肽段来说,>4+的肽段
的比例可以忽略不计,就算你把那些肽段打断了,你的MS2有足够的RESOLUTION吗?
MASCOT/SEQUEST/ANDROMEDA 这些检索工具能有效识别高电荷的FRAGMENTS吗? 很多人实
际上只用1-4+. 所以要想增加总蛋白检测数量,我认为ETD在FUSION上不会帮太大的忙.(
说错了的话还请ETD的高手见谅)
实际上你可以做个Hz vs Time的PLOT,看看你是不是已经检测到了样品里所有的肽段. (
如果饱和了的话你的Hz会接近最大值)如果没有接近最大值,你就根本不用担心增加蛋白
检测量这个问题了.
文件大小确实是个问题,但我的观点是软件/计算机硬件终归会赶上来的,现在这些最新
仪器上面下来的结果有的是可以有永久保存的价值的.
【在 s*****5 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 您说的很对,所以我之前试着搞了一个既用HCD-OT又用CID-IT的method,但是发现对 : proteomics蛋白数检测提升不多,所以才想着看看能不能把ETD整进来,提高对高电荷 : (>=+4)ion的coverage,因HCD/CID不容易碎裂高电荷的ion.不知道您对这个有没有什么 : 建议~ : 至于拿Fusion当做QE使,其实主要是data analysis方面有瓶颈,我们一般是做大批量 : 的label-free(30~40个LC-MS run),如果MS2 scan太多了,data processing就会很困难 : . 因为Orbi做MS2 scan速度慢,scan数低,谱图信息也少却更精确,所以才选择这种模 : 式作为常规检测。自从FUSION出来之后,感觉大部分实验室结果是Ion trap做HCD效果 : 最好,这也是只有fusion才能实现的。 : 感觉您是真正的行家,希望有机会可以好好请教,我刚接触Fusion不久
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r*****m 发帖数: 3619 | 13 大分子不光是蛋白。脂类,复合糖类,药物中间体,多数不是MS2 能解决的。ion trap
这个技术的贡献,绝不亚于 MALDI 和 ESI,是发奖时故意漏掉了。
【在 s*****5 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 谢谢回复,现在一些paper讲MS3,MS4,这个具体有什么benefit呢?感觉MS2基本满足 : 大多数要求。。。
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r*****m 发帖数: 3619 | 14 是的,Fusion 允许你在CID,HCD,ETD 自由切换,做MSn 时一下子多了几个手段
.(
(
【在 K******S 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 行家不敢当,能买得起FUSION的都是牛LAB,我特喜欢QE,有FUSION的钱我会买2个QE : 我觉得你蛋白检测数目提高不多是因为FUSION太快了,样品里该检测到的都几乎检测到 : 了. : 我个人对ETD不感冒,因为我上学时候做的东西不用ETD,拿高电荷的肽段来说,>4+的肽段 : 的比例可以忽略不计,就算你把那些肽段打断了,你的MS2有足够的RESOLUTION吗? : MASCOT/SEQUEST/ANDROMEDA 这些检索工具能有效识别高电荷的FRAGMENTS吗? 很多人实 : 际上只用1-4+. 所以要想增加总蛋白检测数量,我认为ETD在FUSION上不会帮太大的忙.( : 说错了的话还请ETD的高手见谅) : 实际上你可以做个Hz vs Time的PLOT,看看你是不是已经检测到了样品里所有的肽段. ( : 如果饱和了的话你的Hz会接近最大值)如果没有接近最大值,你就根本不用担心增加蛋白
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K******S 发帖数: 10109 | 15 IRMPD比较小众吧? 我还没用过COMMERCIAL的
15 Hz 是30K Resolution的时候,就算是最高的RESOLUTION 450K, 也是 < 1 Hz
以前THERMO的ORBITRAP都是放在仪器的最末段,FUSION把ORBITRAP放在了最前面,所以整
个仪器就变得非常灵活,可以真正做到同时干3样事情,这样DUTY CYCLE就很快.速度快这
一点就有用
我觉得主要的卖点是速度(比以前的ORBITRAP快2-4倍), High Field Orbitrap加上更好
的灵敏度(QE/Fusion上的前端ION TRANSFER效率要高很多) 最新的QqQ 仪器(Quantiva)
的Ion Transfer Tube已经不是一个小孔了,而是一个大裂缝了.坏处就是如果仪器脏的
快,需要更频繁的清理.
resolution?
Orbi
Orbi
【在 w********2 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : Nice talk. : How about IRMPD on Fusion? Also Orbi on Fusion has 15 hz at which resolution? : What is the major new mode (selling point) for Fusion? Iontrap-HCD-Orbi at : MSn can be realized by Orbi Elit (LTQ Orbi), no need for Fusion.Just need : direct infusion to have enough sensitivity. : Maybe use Q as the mass filter to get rid of sample matrix, then IT-CID-Orbi : ? But then it is not unsupervised anymore.If Q after IT as the IT-Q-CID-Orbi : , seems not much benefit gained.
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K******S 发帖数: 10109 | 16 Wolfgang Paul 拿过了
trap
【在 r*****m 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 大分子不光是蛋白。脂类,复合糖类,药物中间体,多数不是MS2 能解决的。ion trap : 这个技术的贡献,绝不亚于 MALDI 和 ESI,是发奖时故意漏掉了。
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w********2 发帖数: 632 | 17 Insightful answer. I remembered that when Fusion just came out, a Thermo
sales director from UK came to US to help to promote. He told me that Fusion
can do 21 MS2, whereas Orbi Elite can do only about 5 MS2. That confirms
your point.
But with more and more people favor data independent CID, maybe Fusion's
advantage is not so apparent?
Quantiva)
【在 K******S 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : IRMPD比较小众吧? 我还没用过COMMERCIAL的 : 15 Hz 是30K Resolution的时候,就算是最高的RESOLUTION 450K, 也是 < 1 Hz : 以前THERMO的ORBITRAP都是放在仪器的最末段,FUSION把ORBITRAP放在了最前面,所以整 : 个仪器就变得非常灵活,可以真正做到同时干3样事情,这样DUTY CYCLE就很快.速度快这 : 一点就有用 : 我觉得主要的卖点是速度(比以前的ORBITRAP快2-4倍), High Field Orbitrap加上更好 : 的灵敏度(QE/Fusion上的前端ION TRANSFER效率要高很多) 最新的QqQ 仪器(Quantiva) : 的Ion Transfer Tube已经不是一个小孔了,而是一个大裂缝了.坏处就是如果仪器脏的 : 快,需要更频繁的清理. :
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s*****5 发帖数: 52 | 18 我们试过,Fusion最多可以达到40个MS2. 我看到Mol Cell Proteomics刚出来一篇data
independent acquisition on Orbitrap.感觉做的也蛮好的,不过个人感觉这个跟
SWATH还是不好横向比吧。
Fusion
【在 w********2 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : Insightful answer. I remembered that when Fusion just came out, a Thermo : sales director from UK came to US to help to promote. He told me that Fusion : can do 21 MS2, whereas Orbi Elite can do only about 5 MS2. That confirms : your point. : But with more and more people favor data independent CID, maybe Fusion's : advantage is not so apparent? : : Quantiva)
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s*****5 发帖数: 52 | 19 我们lab比较幸运刚好拿到一笔钱买fusion.
都检测到倒是不大可能,因为前面离子化效率是个很大的瓶颈,之前听说只有<30%的肽
能被离子化。还有个问题就是我们用的是Data dependent scan, 过于low abundant的
肽还是没机会被检测到,特别是对复杂的样品。MS2如果用Orbitrap scan(30K),
resolution可能不是个问题, 但是orbitrap的sensitivity相对于ion trap是个短板,
scan speed也是个短板。
搜索工具的话,个人感觉SEQUEST的确对高电荷的肽不友好,但是用MSGF+会多一些。您
说的这个倒是提醒了我是不是应该把scan charge设成+2-+4,也许这样结果会好一些。
比较小白的问一下,您说的这个Hz vs time的plot用什么工具能做呢?
.(
(
【在 K******S 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 行家不敢当,能买得起FUSION的都是牛LAB,我特喜欢QE,有FUSION的钱我会买2个QE : 我觉得你蛋白检测数目提高不多是因为FUSION太快了,样品里该检测到的都几乎检测到 : 了. : 我个人对ETD不感冒,因为我上学时候做的东西不用ETD,拿高电荷的肽段来说,>4+的肽段 : 的比例可以忽略不计,就算你把那些肽段打断了,你的MS2有足够的RESOLUTION吗? : MASCOT/SEQUEST/ANDROMEDA 这些检索工具能有效识别高电荷的FRAGMENTS吗? 很多人实 : 际上只用1-4+. 所以要想增加总蛋白检测数量,我认为ETD在FUSION上不会帮太大的忙.( : 说错了的话还请ETD的高手见谅) : 实际上你可以做个Hz vs Time的PLOT,看看你是不是已经检测到了样品里所有的肽段. ( : 如果饱和了的话你的Hz会接近最大值)如果没有接近最大值,你就根本不用担心增加蛋白
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w********2 发帖数: 632 | 20 When you do 40 dd MS2,what is the typical peak width (in seconds)? Are you
using Orbi or IT as the detector? Seems to me you can try data independent
MS2, may give you more hits. However, dues to the loss of specificity of
swath, maybe specific search algorithm is needed?
data
【在 s*****5 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 我们试过,Fusion最多可以达到40个MS2. 我看到Mol Cell Proteomics刚出来一篇data : independent acquisition on Orbitrap.感觉做的也蛮好的,不过个人感觉这个跟 : SWATH还是不好横向比吧。 : : Fusion
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r*****m 发帖数: 3619 | 21 是的,但是业内对 Orbitrap 的理念和设计的评价都是非常高的
【在 K******S 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : Wolfgang Paul 拿过了 : : trap
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w********2 发帖数: 632 | 22 The Russian guy will get the prize, sooner or later.
【在 r*****m 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 是的,但是业内对 Orbitrap 的理念和设计的评价都是非常高的
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K******S 发帖数: 10109 | 23 Hz就是个频率的感念,每秒多少个MS2
就可以做MS2的数目和HPLC Retention Time的Plot就可以
【在 s*****5 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 我们lab比较幸运刚好拿到一笔钱买fusion. : 都检测到倒是不大可能,因为前面离子化效率是个很大的瓶颈,之前听说只有<30%的肽 : 能被离子化。还有个问题就是我们用的是Data dependent scan, 过于low abundant的 : 肽还是没机会被检测到,特别是对复杂的样品。MS2如果用Orbitrap scan(30K), : resolution可能不是个问题, 但是orbitrap的sensitivity相对于ion trap是个短板, : scan speed也是个短板。 : 搜索工具的话,个人感觉SEQUEST的确对高电荷的肽不友好,但是用MSGF+会多一些。您 : 说的这个倒是提醒了我是不是应该把scan charge设成+2-+4,也许这样结果会好一些。 : 比较小白的问一下,您说的这个Hz vs time的plot用什么工具能做呢? :
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K******S 发帖数: 10109 | 24 好多人作DIA认为就用一个通用的方法分析所有的样品就行,其实DIA的方法一样需要优
化.
SWATH一般用比较宽的Isolation Window, 25 Th左右, Thermo管他们家的DIA叫Psmart,
一般用窄的Isolation Window, 5-10 Th. Isolation Window越宽,灵敏度和肽段的坚定
就越差,但是可以很快地覆盖整个Mass Range. 窄的Isolation Window可以增加灵敏度
和坚定的成功率,但需要很多的Scan才能覆盖整个Mass Range. 定量的时候用AUC比用
Intensity要好,要得到好的AUC的话需要至少7-10个Data Points覆盖真个LC PEAK. 所
以实际上DIA要根据LC PEAK WIDTH, Mass Range和DIA Isolation Window, Duty Cycle
Time什么的作优化. Fusion的速度肯定会有很大的帮助,而且High Field Orbitrap会
在肽段鉴定的时候有帮助(因为现在DIA大多数时候是和Spectral Library Match,不是
去蛋白序列库里去找.)
Thermo在软件上很不厚道,可能是为了把FUSION和QE分开档次,在QE上的软件被阉
割了,所以做DIA的时候方法设定很Tricky
Fusion
【在 w********2 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : Insightful answer. I remembered that when Fusion just came out, a Thermo : sales director from UK came to US to help to promote. He told me that Fusion : can do 21 MS2, whereas Orbi Elite can do only about 5 MS2. That confirms : your point. : But with more and more people favor data independent CID, maybe Fusion's : advantage is not so apparent? : : Quantiva)
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r*****m 发帖数: 3619 | 25 不大可能,和元素周期表一样。俄罗斯和老欧洲的积怨太深了。
【在 w********2 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : The Russian guy will get the prize, sooner or later.
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w********2 发帖数: 632 | 26 Very nice.
If next version of Orbi Elite has two IT (LTQ XL) plus one orbi cell, how do
you think if that compares to the current Fusion with one IT one Q and one
orbi cell? My friend told me that the latest version of LTQ with two ITs is
not more sensitive than the old versions, but faster.
Psmart,
Cycle
【在 K******S 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 好多人作DIA认为就用一个通用的方法分析所有的样品就行,其实DIA的方法一样需要优 : 化. : SWATH一般用比较宽的Isolation Window, 25 Th左右, Thermo管他们家的DIA叫Psmart, : 一般用窄的Isolation Window, 5-10 Th. Isolation Window越宽,灵敏度和肽段的坚定 : 就越差,但是可以很快地覆盖整个Mass Range. 窄的Isolation Window可以增加灵敏度 : 和坚定的成功率,但需要很多的Scan才能覆盖整个Mass Range. 定量的时候用AUC比用 : Intensity要好,要得到好的AUC的话需要至少7-10个Data Points覆盖真个LC PEAK. 所 : 以实际上DIA要根据LC PEAK WIDTH, Mass Range和DIA Isolation Window, Duty Cycle : Time什么的作优化. Fusion的速度肯定会有很大的帮助,而且High Field Orbitrap会 : 在肽段鉴定的时候有帮助(因为现在DIA大多数时候是和Spectral Library Match,不是
|
r*****m 发帖数: 3619 | 27 定量还是用 triple quadrupole 做真正的 precursor ion scanning,拿标准品建立
multiple reaction monitoring
Psmart,
Cycle
【在 K******S 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 好多人作DIA认为就用一个通用的方法分析所有的样品就行,其实DIA的方法一样需要优 : 化. : SWATH一般用比较宽的Isolation Window, 25 Th左右, Thermo管他们家的DIA叫Psmart, : 一般用窄的Isolation Window, 5-10 Th. Isolation Window越宽,灵敏度和肽段的坚定 : 就越差,但是可以很快地覆盖整个Mass Range. 窄的Isolation Window可以增加灵敏度 : 和坚定的成功率,但需要很多的Scan才能覆盖整个Mass Range. 定量的时候用AUC比用 : Intensity要好,要得到好的AUC的话需要至少7-10个Data Points覆盖真个LC PEAK. 所 : 以实际上DIA要根据LC PEAK WIDTH, Mass Range和DIA Isolation Window, Duty Cycle : Time什么的作优化. Fusion的速度肯定会有很大的帮助,而且High Field Orbitrap会 : 在肽段鉴定的时候有帮助(因为现在DIA大多数时候是和Spectral Library Match,不是
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K******S 发帖数: 10109 | 28 好多的实验都不知道找的是什么,需要global quant.
MRM是下游的事情了。
立
【在 r*****m 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 定量还是用 triple quadrupole 做真正的 precursor ion scanning,拿标准品建立 : multiple reaction monitoring : : Psmart, : Cycle
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K******S 发帖数: 10109 | 29 我以为thermo不会在LTQ-ORBITRAP系列上下太多的功夫了,价钱上比fusion便宜不了多
少,比它便宜的QE多好用啊。 灵敏度还要看前面的ion optics和后面的detector.
对thermo的仪器很容易识别,用s-lens的肯定比用skimmer的灵敏度高,呵呵
【dete2012 (whoami2012) 的大作中提到: 】
do
one
is |
w********2 发帖数: 632 | 30 Thermo sales told me that S lens is thermo version of ion funnel, 98%
transmission rate.QE is pretty good and affordable. 95% job can be done with
QE, about 4% more complex jobs for Orbi Elite, the final 1% complex task
for Fusion.LTQ FT was actually the king of MS at the time, like Fusion now.
【在 K******S 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 我以为thermo不会在LTQ-ORBITRAP系列上下太多的功夫了,价钱上比fusion便宜不了多 : 少,比它便宜的QE多好用啊。 灵敏度还要看前面的ion optics和后面的detector. : 对thermo的仪器很容易识别,用s-lens的肯定比用skimmer的灵敏度高,呵呵 : 【dete2012 (whoami2012) 的大作中提到: 】 : do : one : is
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f*******K 发帖数: 34 | 31 用于常规蛋白质组研究,QE HF的performance已经完全可以和fusion媲美了。fusion的
优势在于选择灵活性和MS3 or 4用于修饰基团分析,比如glycans等,我们实验室
Fusion主要用于method development |
w********2 发帖数: 632 | 32 Good hands on experience.
Other than being fast and can do MSn, what else feature do you think is
unique for Fusion?
【在 f*******K 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 用于常规蛋白质组研究,QE HF的performance已经完全可以和fusion媲美了。fusion的 : 优势在于选择灵活性和MS3 or 4用于修饰基团分析,比如glycans等,我们实验室 : Fusion主要用于method development
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s*****5 发帖数: 52 | 33 40个是用IT做的MS2, peak width在60s左右,但是我们当时只是看最多能做多少MS2,
其实很多MS2 spectrum质量都太低了没有价值了,match不到有效的peptide。DIA还没
试过,不过希望以后能有机会试试,reproducibility肯定比现在好很多
【在 w********2 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : When you do 40 dd MS2,what is the typical peak width (in seconds)? Are you : using Orbi or IT as the detector? Seems to me you can try data independent : MS2, may give you more hits. However, dues to the loss of specificity of : swath, maybe specific search algorithm is needed? : : data
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s*****5 发帖数: 52 | 34 您有没有在Fusion上设过DIA的方法?效果如何?
Psmart,
Cycle
【在 K******S 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 好多人作DIA认为就用一个通用的方法分析所有的样品就行,其实DIA的方法一样需要优 : 化. : SWATH一般用比较宽的Isolation Window, 25 Th左右, Thermo管他们家的DIA叫Psmart, : 一般用窄的Isolation Window, 5-10 Th. Isolation Window越宽,灵敏度和肽段的坚定 : 就越差,但是可以很快地覆盖整个Mass Range. 窄的Isolation Window可以增加灵敏度 : 和坚定的成功率,但需要很多的Scan才能覆盖整个Mass Range. 定量的时候用AUC比用 : Intensity要好,要得到好的AUC的话需要至少7-10个Data Points覆盖真个LC PEAK. 所 : 以实际上DIA要根据LC PEAK WIDTH, Mass Range和DIA Isolation Window, Duty Cycle : Time什么的作优化. Fusion的速度肯定会有很大的帮助,而且High Field Orbitrap会 : 在肽段鉴定的时候有帮助(因为现在DIA大多数时候是和Spectral Library Match,不是
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w********2 发帖数: 632 | 35 You are right. I used first gen LTQ Orbi, when it was over 3 DDA MS2, the
peak did not show smoothness. Now with third gen, 5-6 may be the maixum. So
I think that UK Thermo sales told me the right thing, 20 MS2 on Fusion with
a certain quality is already pretty good for a peak of 60s.
【在 s*****5 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 40个是用IT做的MS2, peak width在60s左右,但是我们当时只是看最多能做多少MS2, : 其实很多MS2 spectrum质量都太低了没有价值了,match不到有效的peptide。DIA还没 : 试过,不过希望以后能有机会试试,reproducibility肯定比现在好很多
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k****o 发帖数: 728 | 36 首先,ETD的optimized reaction time是proportional to 1/z2。ETD有利于high
charge state(CS>=+3)。不知道你的peptide大都是多少CS。对于tryptic peptides,
基本都是+2-+3,所以大多CID比ETD效果好。而现在越来越多地用到其他酶解的peptide
比如Lys-C, Glu-C等产生long peptide,那ETD的优势就很明显了。
Fusion用的软件比前几代仪器在data-dependent MS2的设计上有很多优化。你可以针对
不同的CS设定适合各自的CID或ETD(包括ETD的reaction time)。比如+2只用CID,+3和
+4的用both CID and ETD。高于+4的只用ETD。ETD对+3CS可以用60ms,+4就是60 * (3/
4)2= 34ms。其他对于>+3 CS的ETD time以此类推。
最后,不知道你对于MS2是用IT检测(低resolution)还是Orbitrap FT检测(high
resolution)。后者有利于看清long peptide(high CS)产生的high CS的fragment。
最最后,不要忘记你data search的参数,对ETD是否公平。这个也很讲究的。大多
search parameter是优化于small peptide by CID的。
【在 s*****5 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 问版上做质谱的行家,有重复过Josh coon几年前发表的那个ETD/CID decision tree的 : 方法吗?就是用ETD碎裂高电荷低M/Z的precursor,其他的用CID. 我最近在Orbitrap : Fusion上试图重复,发现ETD使CID的scan数也减少了很多,最后还不如只用CID。只用 : ETD得到的蛋白数比CID少非常多,觉得可能是反应时间设的过长,但是设的短谱图质量 : 看起来很低。顺便求问如何优化ETD的参数及注意事项等,谢谢!
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k****o 发帖数: 728 | 37 什么叫“对sample的纯度和用量,都比 CID 高”?
做MS2之前都是要isolate precursor ions。
【在 r*****m 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : CID 的缺点一个是看不到小于 precursor ion MW 三分之一的 fragment ion, 另一个 : 是容易打掉蛋白的修饰基团,对修饰基团的定位带来困难。 : ETD 可以克服above两个问题,但是对sample的纯度和用量,都比 CID 高。 : Fusion 真正高级的地方,是在做HCD时可以连续把 MSn 做下去。
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k****o 发帖数: 728 | 38 Fusion的速度相当的快,我MS2用FT scan,15000的resolution足够得到很好的fragment
ion resolution,这时用ETD分析large peptide (CS>4)的优势就很明显了。
.(
(
【在 K******S 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 行家不敢当,能买得起FUSION的都是牛LAB,我特喜欢QE,有FUSION的钱我会买2个QE : 我觉得你蛋白检测数目提高不多是因为FUSION太快了,样品里该检测到的都几乎检测到 : 了. : 我个人对ETD不感冒,因为我上学时候做的东西不用ETD,拿高电荷的肽段来说,>4+的肽段 : 的比例可以忽略不计,就算你把那些肽段打断了,你的MS2有足够的RESOLUTION吗? : MASCOT/SEQUEST/ANDROMEDA 这些检索工具能有效识别高电荷的FRAGMENTS吗? 很多人实 : 际上只用1-4+. 所以要想增加总蛋白检测数量,我认为ETD在FUSION上不会帮太大的忙.( : 说错了的话还请ETD的高手见谅) : 实际上你可以做个Hz vs Time的PLOT,看看你是不是已经检测到了样品里所有的肽段. ( : 如果饱和了的话你的Hz会接近最大值)如果没有接近最大值,你就根本不用担心增加蛋白
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k****o 发帖数: 728 | 39 ion trap是analyzer(你可以拿它和TOF, Orbitrap等比),而MALDI与ESI是soft
ionization。他们是质谱技术不同的两大块。
trap
【在 r*****m 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 大分子不光是蛋白。脂类,复合糖类,药物中间体,多数不是MS2 能解决的。ion trap : 这个技术的贡献,绝不亚于 MALDI 和 ESI,是发奖时故意漏掉了。
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k****o 发帖数: 728 | 40 不要追求多MS2。如果你只ID到+2,+3的peptide,那原因就在于MS2的resolution低了。
大的peptide(大多+4以上)需要用15,000 resolution Orbitrap扫MS2。
尤其是如果你的酶是Lys-C一类single amino acid residue cleavage的,那主要就
digest出large peptide了。而large peptide对于protein ID的命中率也高于small
peptide。
【在 s*****5 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 40个是用IT做的MS2, peak width在60s左右,但是我们当时只是看最多能做多少MS2, : 其实很多MS2 spectrum质量都太低了没有价值了,match不到有效的peptide。DIA还没 : 试过,不过希望以后能有机会试试,reproducibility肯定比现在好很多
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k****o 发帖数: 728 | 41 Fusion和Elite都是dual pressure ITs了,Velos好像也是。
一个high pressure做CID,一个low pressure做analyzer.
do
one
is
【在 w********2 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : Very nice. : If next version of Orbi Elite has two IT (LTQ XL) plus one orbi cell, how do : you think if that compares to the current Fusion with one IT one Q and one : orbi cell? My friend told me that the latest version of LTQ with two ITs is : not more sensitive than the old versions, but faster. : : Psmart, : Cycle
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w********2 发帖数: 632 | 42 I know Velos is dual IT. Nice to know that Fusion and Elite are dual IT.
【在 k****o 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : Fusion和Elite都是dual pressure ITs了,Velos好像也是。 : 一个high pressure做CID,一个low pressure做analyzer. : : do : one : is
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K******S 发帖数: 10109 | 43 Fusion上设定DIA方法很灵活,因为每一个SCAN EVENT都是独立的,在Q
E上,软件控制被阉割了,所有的SCAN EVENT只能用一个INCLUSIO
N LIST。我们FIGURE OUT了如何设定不同的DIA WINDOWS
和插入TARGET MS2(PRM)但很繁琐。FUSION上简单多了。
【在 s*****5 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 您有没有在Fusion上设过DIA的方法?效果如何? : : Psmart, : Cycle
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r*****m 发帖数: 3619 | 44 ETD 对 precursor ion 的 ion abundance 要求高
【在 k****o 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 什么叫“对sample的纯度和用量,都比 CID 高”? : 做MS2之前都是要isolate precursor ions。
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r*****m 发帖数: 3619 | 45 是的,我因为还做一点高级药厂里的中级管理的工作,对NMR 和 质谱都很重视,以解
决具体项目为目标,所以看问题有些宏观化,MALDI,ESI 和 NMR 还真的三个人分了同
一个奖。
【在 k****o 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : ion trap是analyzer(你可以拿它和TOF, Orbitrap等比),而MALDI与ESI是soft : ionization。他们是质谱技术不同的两大块。 : : trap
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k****o 发帖数: 728 | 46 看你怎么看了。ETD确实是charge assumption的技术。如果想把precursor全部与ETD
reagent anion反应完,则需要比理论optimized reaction更多的时间,而这也同时带
来使First-generation fragment ions继续与reagent ion react产生internal
fragments和更多的small N- and C-term fragment ions。对于不大的peptide(比如
3000 Da以下的),延长reaction time来提高fragment intensity没什么大问题,因为
靠+1, +2 fragments你就能ID或characterize peptide了。 而对于大的peptide,这
样做会产生internal fragmentation(这些internal fragment你是看不到的,他们“
沉淀”成为MS2 background),会让比较small的terminal fragment ions增多(
signal增强),你只能得到比较好的terminal sequence.
而对于CID,虽然你能看到比较strong的b, y ions,但他们之所以strong是因为CID的
fragmentation时biased,是preferrably dissociate一些amide bond。这也是人们常
说的ETD的fragmentation更random一些(得到全面的c, z ions,sequence coverage高
,但每个fragment ion intensity不如CID的强),而CID让某些b, y ions很强,但
sequence coverage不高。另外,b, y ion会有很多neutral loss of H2O, NH3,让MS2
spectrum复杂。
所以,对于小peptide来说(尤其是CS=<3),ETD的优势不如CID和HCD明显,而对于long
peptide或者有PTM的peptide,ETD还是好些。
【在 r*****m 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : ETD 对 precursor ion 的 ion abundance 要求高
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k****o 发帖数: 728 | 47 MALDI那个,最近Angew Chime又吐槽颁奖颁错了,不该给田中耕一,应该给他们德国大
哥(刚去世)。呵呵。
【在 r*****m 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 是的,我因为还做一点高级药厂里的中级管理的工作,对NMR 和 质谱都很重视,以解 : 决具体项目为目标,所以看问题有些宏观化,MALDI,ESI 和 NMR 还真的三个人分了同 : 一个奖。
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k****o 发帖数: 728 | 48 Fusion在method方面确实很smart和灵活,很赞。QE没用过,只看过界面,确实和LTQ
Orbitrap系列不同。搞不清Thermo在软件设计上的concept是啥。按说应该越一致越好。
【在 K******S 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : Fusion上设定DIA方法很灵活,因为每一个SCAN EVENT都是独立的,在Q : E上,软件控制被阉割了,所有的SCAN EVENT只能用一个INCLUSIO : N LIST。我们FIGURE OUT了如何设定不同的DIA WINDOWS : 和插入TARGET MS2(PRM)但很繁琐。FUSION上简单多了。
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r*****m 发帖数: 3619 | 49 是的,胡耀邦等亲日派执政的时候,中日每年都开一个质谱的联合会议,田中是一个本
科学历的企业科学家,初级职称,我当时都是中级职称。人的机遇,平台,和道路,就
是这样。我今年退休后,还想再干一场,专攻大分子。
【在 k****o 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : MALDI那个,最近Angew Chime又吐槽颁奖颁错了,不该给田中耕一,应该给他们德国大 : 哥(刚去世)。呵呵。
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K******S 发帖数: 10109 | 50 It's quite understandable. Thermo wants to separate QE with Fusion as much
as possible so that Fusion deserves the high end status while QE is the main
street version.
好。
【在 k****o 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : Fusion在method方面确实很smart和灵活,很赞。QE没用过,只看过界面,确实和LTQ : Orbitrap系列不同。搞不清Thermo在软件设计上的concept是啥。按说应该越一致越好。
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k****o 发帖数: 728 | 51 赞!敬仰。
Karas和Hillenkamp的那篇90年左右的经典AC老老实实地引用了田中的那个中日联合会
议简报(那年在大连化物所开,大概是1989或1988的样子)。从这点上说,到也自己承
认了田中领先一筹。放今天,还有几个人引用会议abstract。
【在 r*****m 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 是的,胡耀邦等亲日派执政的时候,中日每年都开一个质谱的联合会议,田中是一个本 : 科学历的企业科学家,初级职称,我当时都是中级职称。人的机遇,平台,和道路,就 : 是这样。我今年退休后,还想再干一场,专攻大分子。
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k****o 发帖数: 728 | 52 受教!
main
【在 K******S 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : It's quite understandable. Thermo wants to separate QE with Fusion as much : as possible so that Fusion deserves the high end status while QE is the main : street version. : : 好。
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f*******K 发帖数: 34 | 53 这篇文章是我们丹麦这边Peter Roepstorff老先生写的,我和他讨论个两次关于这个问
题,我觉得他说的是对的。田中耕一的方法几乎没什么应用,相比较而言。
【在 k****o 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : MALDI那个,最近Angew Chime又吐槽颁奖颁错了,不该给田中耕一,应该给他们德国大 : 哥(刚去世)。呵呵。
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r*****m 发帖数: 3619 | 54 发奖委员会的解释是,理论的提出和验证成功是最重要的,在这个事情上,田中提出了
一个设计,只要做一个实验,重复三次,发表,证明这个设计就成功了。
【在 f*******K 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 这篇文章是我们丹麦这边Peter Roepstorff老先生写的,我和他讨论个两次关于这个问 : 题,我觉得他说的是对的。田中耕一的方法几乎没什么应用,相比较而言。
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s*****5 发帖数: 52 | 55 谢谢你的建议,非常详细。 我打算不同的charge设置不同的reaction time试一下。看
您的意思是用OT做ETD的MS2 scan比较好,但是我的一个concern是这样会不会浪费时间
?因为ETD fragmentation是在ion trap里面做的,用OT扫描还要再运到c-trap。还有
一个问题想请教的是,ETD 搜库用什么软件比较好?感觉sequest对ETD的谱打分不太
friendly。
peptide
3/
【在 k****o 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 首先,ETD的optimized reaction time是proportional to 1/z2。ETD有利于high : charge state(CS>=+3)。不知道你的peptide大都是多少CS。对于tryptic peptides, : 基本都是+2-+3,所以大多CID比ETD效果好。而现在越来越多地用到其他酶解的peptide : 比如Lys-C, Glu-C等产生long peptide,那ETD的优势就很明显了。 : Fusion用的软件比前几代仪器在data-dependent MS2的设计上有很多优化。你可以针对 : 不同的CS设定适合各自的CID或ETD(包括ETD的reaction time)。比如+2只用CID,+3和 : +4的用both CID and ETD。高于+4的只用ETD。ETD对+3CS可以用60ms,+4就是60 * (3/ : 4)2= 34ms。其他对于>+3 CS的ETD time以此类推。 : 最后,不知道你对于MS2是用IT检测(低resolution)还是Orbitrap FT检测(high : resolution)。后者有利于看清long peptide(high CS)产生的high CS的fragment。
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s*****5 发帖数: 52 | 56 data dependent scan的话, 会选取一些最abundant的precursor做MS2.如果您说的是
targeted scan,的确对样品中目标肽的要求高。
【在 r*****m 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : ETD 对 precursor ion 的 ion abundance 要求高
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k****o 发帖数: 728 | 57 如果你的peptide比较长,以至于产生很多+3--+5甚至更高的fragment ions,那么无论
对于ETD还是CID,在OT里做high resolution的MS2都更有利。而ETD是有利于high
charge state,long peptide的fragmentation。所以,如果你的样品确实有很多long
peptide的话(你去raw data file,average一段MS1的data就有底了),用OT scan
MS2会让搜索效果更好。你搜索时记得把fragment ions的error window舍得很窄,这样
才起到high resolution的效果。比如10 or 20ppm,或者0.01 m/z,取决于你具体的
accuracy。你可以试试MS2用15000 resolution with 20 ppm error window。
关于省时间的问题。诚然IT确实比OT省时间,如果你用老一代的LTQ Orbitrap,这个确
实是个大concern。但技术在进步,Orbitrap Fusion已经在设计上提供了比过去快得多
的ion transmission和OT扫速做MS2。花那么多钱买的不就是这个吗。你需要得到的是
有效果的ID,而不是低效的IT快扫。对于MS2,没必要用太高resolution,用15000足够
伺候+4,+5的fragments了。
至于软件,我用OMSSA,ProSightPC,用的人可能不多呵呵。其他软件我还真不清楚。
【在 s*****5 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 谢谢你的建议,非常详细。 我打算不同的charge设置不同的reaction time试一下。看 : 您的意思是用OT做ETD的MS2 scan比较好,但是我的一个concern是这样会不会浪费时间 : ?因为ETD fragmentation是在ion trap里面做的,用OT扫描还要再运到c-trap。还有 : 一个问题想请教的是,ETD 搜库用什么软件比较好?感觉sequest对ETD的谱打分不太 : friendly。 : : peptide : 3/
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k****o 发帖数: 728 | 58 忘记问了,你precursor isolation用的是quadrupole isolation吧。别用IT
isolation。OF用quadrupole isolation是Thermo建议的,原因这里就不细说了。跟过
去变化很大。
【在 s*****5 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 谢谢你的建议,非常详细。 我打算不同的charge设置不同的reaction time试一下。看 : 您的意思是用OT做ETD的MS2 scan比较好,但是我的一个concern是这样会不会浪费时间 : ?因为ETD fragmentation是在ion trap里面做的,用OT扫描还要再运到c-trap。还有 : 一个问题想请教的是,ETD 搜库用什么软件比较好?感觉sequest对ETD的谱打分不太 : friendly。 : : peptide : 3/
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s*****5 发帖数: 52 | 59 对,是quadrupole isolation,这个也是fusion的优势. window size 1.6 Da,之前去
开会有的组说0.7好,但是我们这仪器完全没效果,不知道咋回事
【在 k****o 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 忘记问了,你precursor isolation用的是quadrupole isolation吧。别用IT : isolation。OF用quadrupole isolation是Thermo建议的,原因这里就不细说了。跟过 : 去变化很大。
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k****o 发帖数: 728 | 60 确实没必要太push到极致,那些都是厂商吹嘘的。我们仔细研究过quadropole iso和IT
iso的效果,虽然quadrupole能到0.7那么窄,但也会损失isolation efficiency。IT
的isolation效果更差,具体原因不确定(--可能也是为何Thermo那么推荐quadrupole
isolation的原因),毕竟整体ion transmission的结构于过去有了巨变。很多时候要
看你的样品真有那么复杂吗,是否值得用那么窄的window去isolate。 1.6 m/z的iso比
较靠谱。
【在 s*****5 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 对,是quadrupole isolation,这个也是fusion的优势. window size 1.6 Da,之前去 : 开会有的组说0.7好,但是我们这仪器完全没效果,不知道咋回事
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w********2 发帖数: 632 | 61 quadruple is passthrough isolation. IT is insitu isolation. IT is dirtier/
noiser.
it seems q-exatvie is better than elite if msn is not needed.
IT
IT
quadrupole
【在 k****o 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 确实没必要太push到极致,那些都是厂商吹嘘的。我们仔细研究过quadropole iso和IT : iso的效果,虽然quadrupole能到0.7那么窄,但也会损失isolation efficiency。IT : 的isolation效果更差,具体原因不确定(--可能也是为何Thermo那么推荐quadrupole : isolation的原因),毕竟整体ion transmission的结构于过去有了巨变。很多时候要 : 看你的样品真有那么复杂吗,是否值得用那么窄的window去isolate。 1.6 m/z的iso比 : 较靠谱。
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w********2 发帖数: 632 | 62 also, it seems fusion has not much advantage over qe for ms2
【在 w********2 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : quadruple is passthrough isolation. IT is insitu isolation. IT is dirtier/ : noiser. : it seems q-exatvie is better than elite if msn is not needed. : : IT : IT : quadrupole
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k****o 发帖数: 728 | 63 How about speed? OFusion can take many more MS2 scans compared to previous
LTQ Orbitrap series. Not sure about the speed for QE, no experience with QE
.
【在 w********2 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : also, it seems fusion has not much advantage over qe for ms2
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k****o 发帖数: 728 | 64 你说的有道理。不过我们发现OF里IT isolation比传统LTQ sereis仪器里的IT的
isolation差很多。尤其是如果做data-dependent MS2,对于最abundant的ions,IT效
果还可以。但对于low abundant ions的isolation,虽然表观上达到了设定的MSn
target,但实际isolate的量远低于那个target,所以MS2也很差。具体原因我们有自己
的猜测,不好说。不确定是OF本身设计带来的缺陷,还是只是我们的这台有问题。弄了
很久了,不过好在主要用Quad iso。
【在 w********2 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : quadruple is passthrough isolation. IT is insitu isolation. IT is dirtier/ : noiser. : it seems q-exatvie is better than elite if msn is not needed. : : IT : IT : quadrupole
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w********2 发帖数: 632 | 65 Theoretically, the ion
path of MS2 in QE is q filterting, then HCD frag, then in C trap, then in
OT. Q is very fast at isolation, much better than IT. So theoretically, QE
will have no problem at many MS2 scans. The only bottleneck will be OT.
That was why I was confused before about Fusion. How can it do 20 MS2 with
IT. Now I understand that it must be HCD-Q path. If so, it is basically
working as an QE. Of course, Fusion can do MS3 much faster, because it has
two ITs. But at the MS2 level, I really doubt that Fusion beats QE. Just my
2 cents without any experiment yet.
previous
QE
【在 k****o 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : How about speed? OFusion can take many more MS2 scans compared to previous : LTQ Orbitrap series. Not sure about the speed for QE, no experience with QE : .
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s*****5 发帖数: 52 | 66 On fusion, if use Orbi to do MS2 scan(just as what's going on QE), on
average we got 10-15 MS2 scans, which is definitely slower than using IT to
do the MS2 scan. Another limitation of QE is ETD can't be achieved.Orbi-
Fusion is better in terms of PTM analysis and targeted quantitation than QE.
No doubt that the cost performance of QE is much better than fusion.
in
QE
my
【在 w********2 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : Theoretically, the ion : path of MS2 in QE is q filterting, then HCD frag, then in C trap, then in : OT. Q is very fast at isolation, much better than IT. So theoretically, QE : will have no problem at many MS2 scans. The only bottleneck will be OT. : That was why I was confused before about Fusion. How can it do 20 MS2 with : IT. Now I understand that it must be HCD-Q path. If so, it is basically : working as an QE. Of course, Fusion can do MS3 much faster, because it has : two ITs. But at the MS2 level, I really doubt that Fusion beats QE. Just my : 2 cents without any experiment yet. :
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w********2 发帖数: 632 | 67 Maybe on fusion the IT is after q and ot, so the ion path is longer than
elite.ltq ft was about 100 times less sensitive than ltq ot because of
longer ion path.
【在 k****o 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 你说的有道理。不过我们发现OF里IT isolation比传统LTQ sereis仪器里的IT的 : isolation差很多。尤其是如果做data-dependent MS2,对于最abundant的ions,IT效 : 果还可以。但对于low abundant ions的isolation,虽然表观上达到了设定的MSn : target,但实际isolate的量远低于那个target,所以MS2也很差。具体原因我们有自己 : 的猜测,不好说。不确定是OF本身设计带来的缺陷,还是只是我们的这台有问题。弄了 : 很久了,不过好在主要用Quad iso。
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w********2 发帖数: 632 | 68 Theoretically qe can have etd in addition to hcd. Maybe the next model of qe
will have it. Irmpd can also be put in qe's ot.
to
QE.
【在 s*****5 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : On fusion, if use Orbi to do MS2 scan(just as what's going on QE), on : average we got 10-15 MS2 scans, which is definitely slower than using IT to : do the MS2 scan. Another limitation of QE is ETD can't be achieved.Orbi- : Fusion is better in terms of PTM analysis and targeted quantitation than QE. : : No doubt that the cost performance of QE is much better than fusion. : : in : QE : my
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w********2 发帖数: 632 | 69 Also for lc ms coupling, there is really no scan time for ms3 or more. So qe
is really good enough for lc ms ms2. |
k****o 发帖数: 728 | 70 QE是让旧时王谢堂前燕飞入寻常百姓家,是这个意思吧。如果以后百姓想要ETD了,就
会添上。
qe
【在 w********2 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : Theoretically qe can have etd in addition to hcd. Maybe the next model of qe : will have it. Irmpd can also be put in qe's ot. : : to : QE.
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w********2 发帖数: 632 | 71 Fusion may need another two or three major generations hardware redesigning
to emphasize its
unique selling points. Seems current bestbuy for lc ms ms2 is qe, chip based
esi/maldi msn is elite. |