n**********u 发帖数: 77 | 1 http://www.illumina.com/systems/sequencing.ilmn
HiSeq 2500/2000 包一个lane 大概有30G的通量,0.3billion的reads,里面可以加
muliplexing index barcode 用来区分每一个样品,如果加一百个barcode的话,理论
上每个样品就有3million个reads,如果我这个是针对16sRNA 全长测序的话(比如说700
好了),也足够放在一起overlap成数量可观的tags了(有人有经验吗?3million
reads 可以reconstruct into how many tags?)但是 barcode 测序有偏向性的风险,
实际上如 10 个 barcode样品,一共测 1G 数据量,并不能保证每个 barcode 样品数
据均为 100M。 Barcode 越多,样品越混乱,越容易产生 Bias。有做过的人吗? 包
lane的话最多能放进几个barcode呢? |
y*****3 发帖数: 961 | 2 用dual index可以pool 96个不同的barcodes
pool的时候仔细一点,基本可以让数据差不太多 |
n**********u 发帖数: 77 | 3 单的行不行?他们用的是Multiplexing Sample Preparation
Oligonucleotide Kit,这个好像只能够singal index, 但是他说:
The Multiplexing Sample Preparation Oligonucleotide Kit contains 12 unique
oligonucleotides to tag libraries for pooling in one flow cell lane. Up to
96 samples can be sequenced on a single flow cell in a fully automated way.
一个flow cell是八个lane, 那么一个lane就只能cover 12 samples.
dual indices 就能在一个lane里面cover 96 samples吗?
【在 y*****3 的大作中提到】 : 用dual index可以pool 96个不同的barcodes : pool的时候仔细一点,基本可以让数据差不太多
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c***3 发帖数: 251 | 4 16s得话,你这reads长度够么?一般现在不还都是454么?至少要MiSeq吧
700
【在 n**********u 的大作中提到】 : http://www.illumina.com/systems/sequencing.ilmn : HiSeq 2500/2000 包一个lane 大概有30G的通量,0.3billion的reads,里面可以加 : muliplexing index barcode 用来区分每一个样品,如果加一百个barcode的话,理论 : 上每个样品就有3million个reads,如果我这个是针对16sRNA 全长测序的话(比如说700 : 好了),也足够放在一起overlap成数量可观的tags了(有人有经验吗?3million : reads 可以reconstruct into how many tags?)但是 barcode 测序有偏向性的风险, : 实际上如 10 个 barcode样品,一共测 1G 数据量,并不能保证每个 barcode 样品数 : 据均为 100M。 Barcode 越多,样品越混乱,越容易产生 Bias。有做过的人吗? 包 : lane的话最多能放进几个barcode呢?
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y*****3 发帖数: 961 | 5 单的好像最多只能24/lane
dual index是一个lane里可以96个样品
【在 n**********u 的大作中提到】 : 单的行不行?他们用的是Multiplexing Sample Preparation : Oligonucleotide Kit,这个好像只能够singal index, 但是他说: : The Multiplexing Sample Preparation Oligonucleotide Kit contains 12 unique : oligonucleotides to tag libraries for pooling in one flow cell lane. Up to : 96 samples can be sequenced on a single flow cell in a fully automated way. : 一个flow cell是八个lane, 那么一个lane就只能cover 12 samples. : dual indices 就能在一个lane里面cover 96 samples吗?
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p******b 发帖数: 379 | 6 我有5个样品, 1个control, 4个knockdown, 我想对比四个knockdown和control的差
异表达基因,用hiseq2000的话, 把5个样品放在一个lane测应该没有问题吧?
我这里的facility说如果我只想看差异表达基因的话, 推荐我用miseq,是不是说
miseq得到的reads就足够提供我所需要的信息了啊?
谢谢! |
n**********u 发帖数: 77 | 7 reads 是不够长,但是可以assembly 到700左右,V3-V6区
【在 c***3 的大作中提到】 : 16s得话,你这reads长度够么?一般现在不还都是454么?至少要MiSeq吧 : : 700
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