x********6
发帖数: 986 | 1 最近计划要开始做一个project是用几个deep sequencing方法来检测一种先天遗传疾病
（已被辨认是由一个控制染色体重构的单基因突变造成的）的基因组层面的缺陷（包括
甲基化，乙酰化，长距离转录等等）， 刚从其他搞临床的实验室获得了三个不同病人
（分别具有该基因的不同突变位点）的细胞样品。
这几天阅读了几篇发表在genome research和Nucleic Acids Research的几篇类似的文
章发现这些工作都测了大概几十个病人的样品。一方面由于我们实验室是一个basic
research lab，无法获得更多的人类临床样本，另外一方面目前的funding也不能支持
做太多样品的deep sequencing。
因此想请教一下各位大侠想genome research， Nucleic Acids Research， genome
biology或者Human Mutation这些期刊对于这种疾病基因组学的研究有没有相关的要求
一定要多少病人的样本才可以接受，或者用我们手上这三种细胞做就可以有足够的代表
性了？ 先谢谢大家啦！ |
u*********1
发帖数: 2518 | 2 我做ALS的，比如我们要identify一个新的ALS gene，可能需要screen几百甚至上千个
sample
当然我的问题和你的不同，因为这里的screen hundreds samples基本上还是用sanger
sequencing去测某几个位点（当然也在策划deep sequencing）；而且问题是ALS属于
complex disease，找到的基因都只可能是account for 1% of all samples
所以我好奇的是你这种疾病是不是monogenic disease；如果是的话就相对好办吧，哪
怕你只有三个sample，但assumption是所有的病人的致病机理是一样的，你先做着这三
个sample也总是可以发现点规律。当然我不知道甲基化，乙酰化的deep sequencing的
成本，但我相信总归算target sequencing，算算exome sequencing现在的成本降低的
厉害，所以我猜想你的这个也不会太贵吧？
做这种研究的思路我觉得一般都是用deep sequencing测序一部分的重要的样本，找到
一些有趣的candidate，你就可以设计专门的primer去到更多的样本里检测这一小段的
序列。当然什么甲基化是否有别的要求，我不懂。
当然了，你还要想想你的领域里是否有大牛。大牛可能有很多银子，比如人家可以同时
做NNN多的deep sequencing，同时有很多样本。那么你要想想如何对付人家
最后，如果你的这个疾病是multiplgenic，情况就更复杂了。。。
【在 x********6 的大作中提到】
: 最近计划要开始做一个project是用几个deep sequencing方法来检测一种先天遗传疾病
: （已被辨认是由一个控制染色体重构的单基因突变造成的）的基因组层面的缺陷（包括
: 甲基化，乙酰化，长距离转录等等）， 刚从其他搞临床的实验室获得了三个不同病人
: （分别具有该基因的不同突变位点）的细胞样品。
: 这几天阅读了几篇发表在genome research和Nucleic Acids Research的几篇类似的文
: 章发现这些工作都测了大概几十个病人的样品。一方面由于我们实验室是一个basic
: research lab，无法获得更多的人类临床样本，另外一方面目前的funding也不能支持
: 做太多样品的deep sequencing。
: 因此想请教一下各位大侠想genome research， Nucleic Acids Research， genome
: biology或者Human Mutation这些期刊对于这种疾病基因组学的研究有没有相关的要求
|
x********6
发帖数: 986 | 3 非常感谢您的指教，受益匪浅。我所研究的疾病是一种罕见的先天退化症，病人总数就
很少，关注的人也不多，自从10年前确认是这个单基因突变导致后至今也没再发现其他
的突变基因，已经构建相同突变的果蝇和小鼠模型也可以完全复制了病人的缺陷表型。
我已经做了一些前期试验发现了几个相关的基因组调节因素h3k4me3和imprinted gene
以及其他一些epigenetic modification的alterations, 所以正如您所言，我们的设想
就是用这几个有代表性的样本来assumpt这种疾病的普遍的致病机理。根据我们的初步
结果，exome sequencing是一个比较好的方法来进行基因组缺陷的多角度分析。不过我
们这种小lab无法像大牛那样做海量的样品和大规模的分析，只能根据自己现有的资源
，资金和实验室条件量力而行。依您看像这类的工作适合投什么样的杂志好？自己以前
主要做表型分析多，对这种基因组学的文章确实没什么经验。
sanger
【在 u*********1 的大作中提到】
: 我做ALS的，比如我们要identify一个新的ALS gene，可能需要screen几百甚至上千个
: sample
: 当然我的问题和你的不同，因为这里的screen hundreds samples基本上还是用sanger
: sequencing去测某几个位点（当然也在策划deep sequencing）；而且问题是ALS属于
: complex disease，找到的基因都只可能是account for 1% of all samples
: 所以我好奇的是你这种疾病是不是monogenic disease；如果是的话就相对好办吧，哪
: 怕你只有三个sample，但assumption是所有的病人的致病机理是一样的，你先做着这三
: 个sample也总是可以发现点规律。当然我不知道甲基化，乙酰化的deep sequencing的
: 成本，但我相信总归算target sequencing，算算exome sequencing现在的成本降低的
: 厉害，所以我猜想你的这个也不会太贵吧？
|
l**********1
发帖数: 5204 | 4 Please contact to
post-Qin-dynastry western part major city likes Xi-an or Cheng Du Top
Hospital Tumor department/s their PI/Boss for seeking 几个有代表性的样本来
assumpt这种疾病的普遍的致病机理....
gene
【在 x********6 的大作中提到】
: 非常感谢您的指教，受益匪浅。我所研究的疾病是一种罕见的先天退化症，病人总数就
: 很少，关注的人也不多，自从10年前确认是这个单基因突变导致后至今也没再发现其他
: 的突变基因，已经构建相同突变的果蝇和小鼠模型也可以完全复制了病人的缺陷表型。
: 我已经做了一些前期试验发现了几个相关的基因组调节因素h3k4me3和imprinted gene
: 以及其他一些epigenetic modification的alterations, 所以正如您所言，我们的设想
: 就是用这几个有代表性的样本来assumpt这种疾病的普遍的致病机理。根据我们的初步
: 结果，exome sequencing是一个比较好的方法来进行基因组缺陷的多角度分析。不过我
: 们这种小lab无法像大牛那样做海量的样品和大规模的分析，只能根据自己现有的资源
: ，资金和实验室条件量力而行。依您看像这类的工作适合投什么样的杂志好？自己以前
: 主要做表型分析多，对这种基因组学的文章确实没什么经验。
|
D********0
发帖数: 409 | 5 个人觉得如果认为是single gene，真没必要做deep sequencing...想研究上下游的完
全可以构建model来用microarray等方法。
至于调控，通常都得回到functional experiments上面。
complexity diseases，比如骨质疏松症，糖尿病，deep sequencing只有都是要有上千
的samples来validation （SNPs), etc. raw data还是能发掘出来不少东西的，但前提
条件 sample size够大。
不知道有没有用。 |
x********6
发帖数: 986 | 6 多谢您的建议：）
【在 D********0 的大作中提到】
: 个人觉得如果认为是single gene，真没必要做deep sequencing...想研究上下游的完
: 全可以构建model来用microarray等方法。
: 至于调控，通常都得回到functional experiments上面。
: complexity diseases，比如骨质疏松症，糖尿病，deep sequencing只有都是要有上千
: 的samples来validation （SNPs), etc. raw data还是能发掘出来不少东西的，但前提
: 条件 sample size够大。
: 不知道有没有用。
|
s******a
发帖数: 252 | 7 Could you also run your seq expt on the fly/mouse models?
If you find concordant results in both human and the animal model, you can
get a nice paper with small N. |
