j*****4 发帖数: 43 | 1 我们正在研究的一个课题发现一个基因有polymorphism,但离那个基因的3’端有几十
kb。这个polymorphism与该基因的表达有紧密关系(有些突变会高度上调这个基因的
mRNA和蛋白水平)。我所知道的polymorphism一般在基因的转录调控区域或外显子内含
子之类的,这样的话调控基因的表达比较解释得通。但在距3‘端这么远的
polymorphism怎么调节基因的mRNA水平我就不知道了。有没有可能是因为DNA的三级结
构受到突变的影响?或者是epigenetics的变化引起的?我没有genomic和epigenetic的
背景,诚心向大虾们求教~ 不胜感激~~~ |
b****r 发帖数: 17995 | |
l**********1 发帖数: 5204 | 3 C elegans RNA-binding proteins (RBPs) POS-1 and GLD-1 both proteins
recognize the glp-1 3' untranslated region (UTR) through adjacent,
overlapping binding sites and that POS-1 binding excludes GLD-1 binding.
PMID 23034181
by Farley BM et al.
POS-1 and GLD-1 repress glp-1 translation through a conserved binding-site
cluster. (2012).
Mol Biol Cell. 23: 4473-83.
web link:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23034181
【在 j*****4 的大作中提到】 : 我们正在研究的一个课题发现一个基因有polymorphism,但离那个基因的3’端有几十 : kb。这个polymorphism与该基因的表达有紧密关系(有些突变会高度上调这个基因的 : mRNA和蛋白水平)。我所知道的polymorphism一般在基因的转录调控区域或外显子内含 : 子之类的,这样的话调控基因的表达比较解释得通。但在距3‘端这么远的 : polymorphism怎么调节基因的mRNA水平我就不知道了。有没有可能是因为DNA的三级结 : 构受到突变的影响?或者是epigenetics的变化引起的?我没有genomic和epigenetic的 : 背景,诚心向大虾们求教~ 不胜感激~~~
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b****r 发帖数: 17995 | 4 你这是UTR,LZ的都基因下游几十K了
那我也举个不一定恰当的例子吧,比如IGF2下游若干Kb的CpG island (IC1)就影响
IGF2的表达
【在 l**********1 的大作中提到】 : C elegans RNA-binding proteins (RBPs) POS-1 and GLD-1 both proteins : recognize the glp-1 3' untranslated region (UTR) through adjacent, : overlapping binding sites and that POS-1 binding excludes GLD-1 binding. : PMID 23034181 : by Farley BM et al. : POS-1 and GLD-1 repress glp-1 translation through a conserved binding-site : cluster. (2012). : Mol Biol Cell. 23: 4473-83. : web link: : http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23034181
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l**********1 发帖数: 5204 | 5 how about COL4A1 ?
PMID 22253229
Assadian S et al.
p53 inhibits angiogenesis by inducing the production of Arresten. (2012).
Cancer Res. 72: 1270-9.
cited
p53 directly activated transcription of the COL4A1 gene by binding to an
enhancer region 26 kbp downstream of its 3' end
PubMed link:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22253229
【在 b****r 的大作中提到】 : 你这是UTR,LZ的都基因下游几十K了 : 那我也举个不一定恰当的例子吧,比如IGF2下游若干Kb的CpG island (IC1)就影响 : IGF2的表达
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g*******r 发帖数: 129 | 6 I think you should look into microRNA-based regulation. |
M*P 发帖数: 6456 | 7 去查查high c之类的数据库八,应该是染色体结构相关。
【在 j*****4 的大作中提到】 : 我们正在研究的一个课题发现一个基因有polymorphism,但离那个基因的3’端有几十 : kb。这个polymorphism与该基因的表达有紧密关系(有些突变会高度上调这个基因的 : mRNA和蛋白水平)。我所知道的polymorphism一般在基因的转录调控区域或外显子内含 : 子之类的,这样的话调控基因的表达比较解释得通。但在距3‘端这么远的 : polymorphism怎么调节基因的mRNA水平我就不知道了。有没有可能是因为DNA的三级结 : 构受到突变的影响?或者是epigenetics的变化引起的?我没有genomic和epigenetic的 : 背景,诚心向大虾们求教~ 不胜感激~~~
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s******s 发帖数: 13035 | 8 我觉得你考虑这些东西之前,先去看看你这个cell的genome browser这个位置有没有表
达,比如你这个基因,其他基因,ncRNA等等。当然,你说的这些都有可能
【在 j*****4 的大作中提到】 : 我们正在研究的一个课题发现一个基因有polymorphism,但离那个基因的3’端有几十 : kb。这个polymorphism与该基因的表达有紧密关系(有些突变会高度上调这个基因的 : mRNA和蛋白水平)。我所知道的polymorphism一般在基因的转录调控区域或外显子内含 : 子之类的,这样的话调控基因的表达比较解释得通。但在距3‘端这么远的 : polymorphism怎么调节基因的mRNA水平我就不知道了。有没有可能是因为DNA的三级结 : 构受到突变的影响?或者是epigenetics的变化引起的?我没有genomic和epigenetic的 : 背景,诚心向大虾们求教~ 不胜感激~~~
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s******y 发帖数: 28562 | 9 也有可能是间接关系啊。比方说那个区域其实影响的是另外一个蛋白(或者RNA),然后
通过那个蛋白(or RNA)来影响你感兴趣的基因。
【在 j*****4 的大作中提到】 : 我们正在研究的一个课题发现一个基因有polymorphism,但离那个基因的3’端有几十 : kb。这个polymorphism与该基因的表达有紧密关系(有些突变会高度上调这个基因的 : mRNA和蛋白水平)。我所知道的polymorphism一般在基因的转录调控区域或外显子内含 : 子之类的,这样的话调控基因的表达比较解释得通。但在距3‘端这么远的 : polymorphism怎么调节基因的mRNA水平我就不知道了。有没有可能是因为DNA的三级结 : 构受到突变的影响?或者是epigenetics的变化引起的?我没有genomic和epigenetic的 : 背景,诚心向大虾们求教~ 不胜感激~~~
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D****g 发帖数: 275 | 10 Here is another possibility.
Controlling long-range genomic interactions at a native locus by targeted
tethering of a looping factor
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22682246
【在 j*****4 的大作中提到】 : 我们正在研究的一个课题发现一个基因有polymorphism,但离那个基因的3’端有几十 : kb。这个polymorphism与该基因的表达有紧密关系(有些突变会高度上调这个基因的 : mRNA和蛋白水平)。我所知道的polymorphism一般在基因的转录调控区域或外显子内含 : 子之类的,这样的话调控基因的表达比较解释得通。但在距3‘端这么远的 : polymorphism怎么调节基因的mRNA水平我就不知道了。有没有可能是因为DNA的三级结 : 构受到突变的影响?或者是epigenetics的变化引起的?我没有genomic和epigenetic的 : 背景,诚心向大虾们求教~ 不胜感激~~~
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j*****4 发帖数: 43 | 11
这就是有意思的地方,这个多态性在另一个基因的5‘端,可对那个基因的表达却没什
么影响,那个基因也不是转录因子什么的。可能还是与RNA或染色体结构有关。
【在 s******y 的大作中提到】 : 也有可能是间接关系啊。比方说那个区域其实影响的是另外一个蛋白(或者RNA),然后 : 通过那个蛋白(or RNA)来影响你感兴趣的基因。
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j*****4 发帖数: 43 | 12
这个有点像,谢谢大虾提供的宝贵文献。
【在 l**********1 的大作中提到】 : how about COL4A1 ? : PMID 22253229 : Assadian S et al. : p53 inhibits angiogenesis by inducing the production of Arresten. (2012). : Cancer Res. 72: 1270-9. : cited : p53 directly activated transcription of the COL4A1 gene by binding to an : enhancer region 26 kbp downstream of its 3' end : PubMed link: : http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22253229
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j*****4 发帖数: 43 | 13
有道理,我先去查查看,多谢!!
【在 s******s 的大作中提到】 : 我觉得你考虑这些东西之前,先去看看你这个cell的genome browser这个位置有没有表 : 达,比如你这个基因,其他基因,ncRNA等等。当然,你说的这些都有可能
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l**********1 发帖数: 5204 | 14 De rien
btw, just little shrimp not king lobster
【在 j*****4 的大作中提到】 : : 有道理,我先去查查看,多谢!!
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