c*********r
发帖数: 181 | 1 最近在做密码子优化，原核的，几个人给了不同的建议，出来的结果也不同。
请问大家有什么好的建议？
谢谢！ | L*****t
发帖数: 56 | 2 CCC最好不要动，脯氨酸有两种构象，肽链合成太快的话容易折叠失败。其他的密码子
都可以改，尤其是AGG/AGA
还有就是遇到CCCC这种连续的，容易形成二级结构的序列最好能想办法打断它 | c*********r
发帖数: 181 | | h**********r
发帖数: 671 | 4 直接把你的AA序列发给公司，像genscript.然后就可以拿到quote,保含cia,gc content
， mRNA二级结构，这一步是free的。
再决定要合成不。
avoid after initiating met: vla, lys, leu, tyr, arg, phe ,trp
best codons in e. coli: ala (gcg), gly (ggc, ggu)
也可以看看老paper:
Expression of Mammalian Cytochromes P450 in Yeast
Expression of Eukaryotic Cytochromes P450 in E. coli
虽然讲的是p450,有些策略还是可以借鉴的。
可以看下新的paper:
Design Parameters to Control Synthetic Gene Expression in Escherichia coli
Kudla, G. et al. Coding-sequence determinants of gene expression in
Escherichia coli. Science 324, 255–258 (2009)
反正paper是很多很多的，表达不出来的基因还是表达不出来。 |
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