怎样避免细胞核内的转录蛋白 - Biology版 - 未名存档

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Biology版 - 怎样避免细胞核内的转录蛋白

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g*********3 发帖数: 177	1 在做针对TF的IP时，大多数方法没有排除那些细胞核内游离的（未和DNA结合的TF）TF ，与DNA结合的TF可能比游离的TF更有意义，有没有什么protocol可以特定的 immunoprecipitate与DNA结合的TF. 谢谢各位~
h****n 发帖数: 2552	2 你说的是CHIP?
u**********d 发帖数: 573	3 我猜想你的意思是说一个TF的complex可能在DNA上才最终完成装配。不管怎样，之前大家做IP都是用WCE或者NE，那么调查TF在chromatin上的相互作用蛋白至少是方法上有创新的，而且原理上我认为也是很有意义的。如果你的TF和DNA结合弱，那么最好cross-link一下，提取细胞核，破核膜（可以简单超声或者过注射器针头），得到chromatin沉淀，这样里面残留的游离TF就很少了，然后用MNase或者超声得到单个nucleosome或者很短的chromatin片段，然后IP。这个方法的问题也是很大的，就是chromatin上面蛋白太多，要设置好的对照，确保找到的相互作用蛋白是特异地由你的TF决定才出现在那里，而不是chromatin上的常规蛋白。找到的candidate也很难进一步做相互作用的验证，in vitro chromatin assembly 这些实验没有一定的积累难以完成。 TF 【在 g*********3 的大作中提到】 : 在做针对TF的IP时，大多数方法没有排除那些细胞核内游离的（未和DNA结合的TF）TF : ，与DNA结合的TF可能比游离的TF更有意义，有没有什么protocol可以特定的 : immunoprecipitate与DNA结合的TF. : 谢谢各位~

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