s******9
发帖数: 283 | 1 统计问题纠结了好久，想咨询一下：
以前做biochemistry，用纯化样品，比如酶，triplicate结果就可以发表了，大家一般
就做个standard deviation的error bar。
现在类似的实验，检测single-molecule信号。比如挑5000个分子，然后算出有信号的
比例（不好简单地估计standard deviation）。我现在的操作也是也triplicate，然后
算出error bar。
我的问题是，有没有必要算confidence interval？比如用Student’s t test，n=3，
confidence interval用实验的standard deviation算，感觉就像是个redundant的值。
不知道这种基于单分子平均信号的数据，有没有标准的处理？ |
s****n
发帖数: 234 | 2 Assuming you have done three independent data collections, each of which
contains dataset from 5000 molecules, I would analyze the data in two
different ways:
(1) calculate the statistics (mean velocity, mean FRET efficiency or ...)
for each 5000-molecule dataset, calculate the standard deviation of the mean
of the three statistical values (SEM), and present the data as
+ SEM;
Or
(2) pool all the data from three data collections and calculate the mean
statistics +/- Standard Error or Standard Deviation if the distribution of
the observable is of normal distribution in nature.
Hope this would help.
【在 s******9 的大作中提到】
: 统计问题纠结了好久，想咨询一下：
: 以前做biochemistry，用纯化样品，比如酶，triplicate结果就可以发表了，大家一般
: 就做个standard deviation的error bar。
: 现在类似的实验，检测single-molecule信号。比如挑5000个分子，然后算出有信号的
: 比例（不好简单地估计standard deviation）。我现在的操作也是也triplicate，然后
: 算出error bar。
: 我的问题是，有没有必要算confidence interval？比如用Student’s t test，n=3，
: confidence interval用实验的standard deviation算，感觉就像是个redundant的值。
: 不知道这种基于单分子平均信号的数据，有没有标准的处理？
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s******9
发帖数: 283 | 3 谢谢！
第一种处理, 是不是SEM做error bar要比用standard deviation注明n=3要好？我感觉
都一样。
mean
Observable>
【在 s****n 的大作中提到】
: Assuming you have done three independent data collections, each of which
: contains dataset from 5000 molecules, I would analyze the data in two
: different ways:
: (1) calculate the statistics (mean velocity, mean FRET efficiency or ...)
: for each 5000-molecule dataset, calculate the standard deviation of the mean
: of the three statistical values (SEM), and present the data as
: + SEM;
: Or
: (2) pool all the data from three data collections and calculate the mean
: statistics +/- Standard Error or Standard Deviation if the distribution of
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s******y
发帖数: 28562 | 4 我得先问问你是打算做什么的。如果是两组数据进行比较的话，那么就要计算SEM,
而且第一种比较好，但是我建议不要直接写n=3因为这个有歧义。我的建议是
分组做SEM, 然后/sqrt(3) 计算pooled SEM， 最后在数据后面注明说你重复了三次试
验，每次采样5000个。
但是如果你是为了测量数值的话（比方说测量某个分子的速度）而不进行任何比较的话
就应该用STD。 在这个情况下，应该是把三个STD分开算，然后再依照某个公式来算总的
STD （这个不是SEM!!!!!)。 这个怎么算我不知道。。。
【在 s******9 的大作中提到】
: 谢谢！
: 第一种处理, 是不是SEM做error bar要比用standard deviation注明n=3要好？我感觉
: 都一样。
:
: mean
: Observable>
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l**********1
发帖数: 5204 | 5 LZ can try
stepwise selection method:
1
先單獨計算各X變項的p-value
2
逐一選出p-value<.05
3
加入model
4
進入model後再檢查ㄧ次p-value
5
Entry prob=0.05 or more
6
Removal prob=0.05 or less
cited from
one tw online ppt slide show:
//www.docstoc.com/docs/23426602/Essentials-of-Writing-Biomedical-Research-
Papers-Results-and
original
please go to
//www.stanford.edu/~kcobb/courses/hrp258/index.html
then click this one:
April 25: Statistical Inference I: CLT, confidence intervals, p-values
got that 80s page PPT file.
总的
【在 s******y 的大作中提到】
: 我得先问问你是打算做什么的。如果是两组数据进行比较的话，那么就要计算SEM,
: 而且第一种比较好，但是我建议不要直接写n=3因为这个有歧义。我的建议是
: 分组做SEM, 然后/sqrt(3) 计算pooled SEM， 最后在数据后面注明说你重复了三次试
: 验，每次采样5000个。
: 但是如果你是为了测量数值的话（比方说测量某个分子的速度）而不进行任何比较的话
: 就应该用STD。 在这个情况下，应该是把三个STD分开算，然后再依照某个公式来算总的
: STD （这个不是SEM!!!!!)。 这个怎么算我不知道。。。
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l**********1
发帖数: 5204 | 6 LZ can go to
//www.stanford.edu/~kcobb/hrp259/
lecture11.ppt 09-Nov-2009 482K
then click this one:
title:
Introduction to sample size and power calculations
then refer it.
plus one online free book:
//www.docstoc.com/docs/23426602/Essentials-of-Writing-Biomedical-Research-
Papers-Results-and
【在 s******9 的大作中提到】
: 统计问题纠结了好久，想咨询一下：
: 以前做biochemistry，用纯化样品，比如酶，triplicate结果就可以发表了，大家一般
: 就做个standard deviation的error bar。
: 现在类似的实验，检测single-molecule信号。比如挑5000个分子，然后算出有信号的
: 比例（不好简单地估计standard deviation）。我现在的操作也是也triplicate，然后
: 算出error bar。
: 我的问题是，有没有必要算confidence interval？比如用Student’s t test，n=3，
: confidence interval用实验的standard deviation算，感觉就像是个redundant的值。
: 不知道这种基于单分子平均信号的数据，有没有标准的处理？
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s****n
发帖数: 234 | 7 I want to clarify that in the first approach it should be "calculate the
error of the mean of the three statistical values (SEM)" instead of "
calculate the standard deviation of the mean of the three statistical values
(SEM)"
My apology for the confusion, and I would specify the # of experiment repeat
(n=3 in your case) for both SEM and SD.
【在 s******9 的大作中提到】
: 谢谢！
: 第一种处理, 是不是SEM做error bar要比用standard deviation注明n=3要好？我感觉
: 都一样。
:
: mean
: Observable>
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s******9
发帖数: 283 | |
