r******y
发帖数: 21907 | 1 就知道是膜蛋白，ER膜上的，blast任何生物里都没有相近的，用结构查也没有相近的
，只跟细菌里的某段有不到40%相似度，不知道该如何下手了。是不是可以y2h co-ip什
么的找找相互作用的基因看看可能会做什么？有人遇到过这种蛋白吗？-- |
a****d
发帖数: 1919 | 2 Is it a ubiquitous expressed protein, or cell type specific?
knock down to check any loss of function phenotype? If you haven't done that
yet. The phenotype may give you some clue of this protein's binding
partners/associated pathways. |
r******y
发帖数: 21907 | 3 只在ER膜上，是植物蛋白，而且还只在单子叶植物里。mutant也有phenotype，但是还
是搞不懂到底做什么。【 在 atwood (aries-haunter) 的大作中提到: 】
that |
w******n
发帖数: 767 | 4 根据序列设计兼并引物pcr碰碰运气。
【在 r******y 的大作中提到】
: 就知道是膜蛋白，ER膜上的，blast任何生物里都没有相近的，用结构查也没有相近的
: ，只跟细菌里的某段有不到40%相似度，不知道该如何下手了。是不是可以y2h co-ip什
: 么的找找相互作用的基因看看可能会做什么？有人遇到过这种蛋白吗？--
|
r******y
发帖数: 21907 | 5 这样会扩出啥咚咚？
【在 w******n 的大作中提到】
: 根据序列设计兼并引物pcr碰碰运气。
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b****r
发帖数: 17995 | 6 这样的东西做出来不知道得要多少实验，而且我觉得什么都做不出来的可能性很高，我
觉得根本 不应该碰
当然，你要做这个蛋白总有原因吧，如果能从你没有告诉我们的这个初始原因入手，可
能又不一样 |
b*******1
发帖数: 127 | 7 Check public gene expression data. Every gene has tons of gene expression
data on thousands of clinical conditions. Interaction is any easy way. |
y******8
发帖数: 1764 | 8 If the phenotype is overwhelmingly strong, then it will be worth to bet your
whole career on it and do whatever you could do.
Otherwise, move on.
【在 r******y 的大作中提到】
: 只在ER膜上，是植物蛋白，而且还只在单子叶植物里。mutant也有phenotype，但是还
: 是搞不懂到底做什么。【 在 atwood (aries-haunter) 的大作中提到: 】
: that
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K**4
发帖数: 1015 | 9 how big? What is the secondary structure? What is the species distribution.
Many of those information will give a clue.
【在 r******y 的大作中提到】
: 就知道是膜蛋白，ER膜上的，blast任何生物里都没有相近的，用结构查也没有相近的
: ，只跟细菌里的某段有不到40%相似度，不知道该如何下手了。是不是可以y2h co-ip什
: 么的找找相互作用的基因看看可能会做什么？有人遇到过这种蛋白吗？--
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j****x
发帖数: 1704 | 10 “用结构查也没有相似的只是跟细菌里某段有40%相似度”
既然都没有同源基因，你这里的结构是哪儿来的？即便是植物基因，在近源物种中也找
不到任何相近的序列？
如果真的是传说中的orphan gene，其实际意义和价值大多有限。
BTW，从bioinfor的角度，有几种不依赖于同源序列（比对）的蛋白功能预测方法，比
如下面这个：
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17520486
【在 r******y 的大作中提到】
: 就知道是膜蛋白，ER膜上的，blast任何生物里都没有相近的，用结构查也没有相近的
: ，只跟细菌里的某段有不到40%相似度，不知道该如何下手了。是不是可以y2h co-ip什
: 么的找找相互作用的基因看看可能会做什么？有人遇到过这种蛋白吗？--
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p*****m
发帖数: 7030 | 11 good point
your
【在 y******8 的大作中提到】
: If the phenotype is overwhelmingly strong, then it will be worth to bet your
: whole career on it and do whatever you could do.
: Otherwise, move on.
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r******y
发帖数: 21907 | 12 是先有突变体，有表型，然后我就克隆出了基因，结果姥姥不疼奶奶不爱跟谁都不亲，
只知道在ER膜上，在特定细胞里表达，可能有2个TM domain但是第一个很可能被cleave
掉。
【在 b****r 的大作中提到】
: 这样的东西做出来不知道得要多少实验，而且我觉得什么都做不出来的可能性很高，我
: 觉得根本 不应该碰
: 当然，你要做这个蛋白总有原因吧，如果能从你没有告诉我们的这个初始原因入手，可
: 能又不一样
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r******y
发帖数: 21907 | 13 植物阿，咩有clinical purpose....
【在 b*******1 的大作中提到】
: Check public gene expression data. Every gene has tons of gene expression
: data on thousands of clinical conditions. Interaction is any easy way.
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r******y
发帖数: 21907 | 14 272 aa 不大，只在禾本科里有。
【在 K**4 的大作中提到】
: how big? What is the secondary structure? What is the species distribution.
: Many of those information will give a clue.
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r******y
发帖数: 21907 | 15 我就用ncbi blastp选那个pdb搜的
这篇看不大懂。。。
【在 j****x 的大作中提到】
: “用结构查也没有相似的只是跟细菌里某段有40%相似度”
: 既然都没有同源基因，你这里的结构是哪儿来的？即便是植物基因，在近源物种中也找
: 不到任何相近的序列？
: 如果真的是传说中的orphan gene，其实际意义和价值大多有限。
: BTW，从bioinfor的角度，有几种不依赖于同源序列（比对）的蛋白功能预测方法，比
: 如下面这个：
: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17520486
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K**4
发帖数: 1015 | 16 Oh. It is hard to say if it only contains two TM region.
Could you also check its conservation pattern? Does it contain any conserved
acidic or basic residues?
【在 r******y 的大作中提到】
: 272 aa 不大，只在禾本科里有。
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W*********e
发帖数: 247 | 17 选nr或者refseq_protein呢?
【在 r******y 的大作中提到】
: 我就用ncbi blastp选那个pdb搜的
: 这篇看不大懂。。。
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b******s
发帖数: 1089 | 18 做生物的如果按部就班得做，其实就那么几板斧。
你做的是不是Brachypodium?还是水稻？都已经有表型了，应该很好做了。
可以从表型分析开始，根据你对project的期望来做。决定生物表型的已经因素并不太
多。最容易着手的是plant hormone。有表型的，hormone多少会有反应。
如果是直接的，恭喜你，你有cns的潜力。间接的，也可能发个小文章。
具体做法无非是首先从生理上确定有没有hormone involvement，然后genetics杂交，
然后做到细胞学的机理。
从表型开始做，需要很多genetics和physiology的经验。
要么从gene本身做起。你已知蛋白是ER膜定位，那就看其在secretion或者protein
trafficking中有没有作用。整个secretion system有很多marker可供细胞学研究。也
可以做parmacological的实验，看看有没有哪个pathway被影响了。下面的手段根据实
验室条件，要是细胞学强，可以多做细胞学，要是生化强，可以做blot。从gene本身开
始还可以，如你说的，Y2H screen这个蛋白的作用蛋白，或者做一个inducible的系统
，做micrarray，寻找作用物。
其实没有近似的蛋白更好，如果有的话，你的文章发不高。而且没有近似说明不属于大
的蛋白家族，避免了很多redundancy的问题。
【在 r******y 的大作中提到】
: 就知道是膜蛋白，ER膜上的，blast任何生物里都没有相近的，用结构查也没有相近的
: ，只跟细菌里的某段有不到40%相似度，不知道该如何下手了。是不是可以y2h co-ip什
: 么的找找相互作用的基因看看可能会做什么？有人遇到过这种蛋白吗？--
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r******y
发帖数: 21907 | 19 这个conservation residues如何查？貌似c-terminal的EAFI片断有些conserve，不过
我也怕我没看对地方。
conserved
【在 K**4 的大作中提到】
: Oh. It is hard to say if it only contains two TM region.
: Could you also check its conservation pattern? Does it contain any conserved
: acidic or basic residues?
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r******y
发帖数: 21907 | 20 没试过，一会儿瞧瞧去
【在 W*********e 的大作中提到】
: 选nr或者refseq_protein呢?
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G***7
发帖数: 28 | 21 I used to work on an bacterial orphan gene. Overall, nothing you can get out
from the comparative genomic analysis,,, only thing you can do is to look
at the individual amino acid residues. I suggest you do a systemic
phenotypical analysis of the mutant, and then move on. My paper was finally
published in Plos one,,,,, |
r******y
发帖数: 21907 | 22 这个激素问题很麻烦，从表型看貌似跟谁都没关系，关键是并不太影响生长，没有形态
学上的异常。查了genvestigator了，比较混乱。。。对了，你的protoplast咋样了？
我也要开始做BiFC了。
【在 b******s 的大作中提到】
: 做生物的如果按部就班得做，其实就那么几板斧。
: 你做的是不是Brachypodium?还是水稻？都已经有表型了，应该很好做了。
: 可以从表型分析开始，根据你对project的期望来做。决定生物表型的已经因素并不太
: 多。最容易着手的是plant hormone。有表型的，hormone多少会有反应。
: 如果是直接的，恭喜你，你有cns的潜力。间接的，也可能发个小文章。
: 具体做法无非是首先从生理上确定有没有hormone involvement，然后genetics杂交，
: 然后做到细胞学的机理。
: 从表型开始做，需要很多genetics和physiology的经验。
: 要么从gene本身做起。你已知蛋白是ER膜定位，那就看其在secretion或者protein
: trafficking中有没有作用。整个secretion system有很多marker可供细胞学研究。也
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n********k
发帖数: 2818 | 23 bateria may be a totally different situation when come to comparative
genomics...depending on what bacteria you are working on, genomically it
could be in a space nothing known so far...Craig Venter was saying they have
sequenced many microbes and came across countless stuff never seen in the
existing domains...
out
finally
【在 G***7 的大作中提到】
: I used to work on an bacterial orphan gene. Overall, nothing you can get out
: from the comparative genomic analysis,,, only thing you can do is to look
: at the individual amino acid residues. I suggest you do a systemic
: phenotypical analysis of the mutant, and then move on. My paper was finally
: published in Plos one,,,,,
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r******y
发帖数: 21907 | 24 也不错啊，systemic phenotypical analysis of the mutant，你是如何做的？能看看
你的paper么？虽然俺不是细菌帮的。。。
out
finally
【在 G***7 的大作中提到】
: I used to work on an bacterial orphan gene. Overall, nothing you can get out
: from the comparative genomic analysis,,, only thing you can do is to look
: at the individual amino acid residues. I suggest you do a systemic
: phenotypical analysis of the mutant, and then move on. My paper was finally
: published in Plos one,,,,,
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y******8
发帖数: 1764 | 25 Then you might want to wrap it up as soon as possible.
【在 r******y 的大作中提到】
: 这个激素问题很麻烦，从表型看貌似跟谁都没关系，关键是并不太影响生长，没有形态
: 学上的异常。查了genvestigator了，比较混乱。。。对了，你的protoplast咋样了？
: 我也要开始做BiFC了。
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r******y
发帖数: 21907 | 26 已经发了，就是还想继续研究到底干嘛的。。。。。
【在 y******8 的大作中提到】
: Then you might want to wrap it up as soon as possible.
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b******s
发帖数: 1089 | 27 我的植物正在长，过阵子就试试。
有一些mutant在正在状态下表型不明显。但是遇到stress，会有明显表型。尤其是你这
种可能跟secretion system有关的gene。
【在 r******y 的大作中提到】
: 这个激素问题很麻烦，从表型看貌似跟谁都没关系，关键是并不太影响生长，没有形态
: 学上的异常。查了genvestigator了，比较混乱。。。对了，你的protoplast咋样了？
: 我也要开始做BiFC了。
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r******y
发帖数: 21907 | 28 我这个maize里有表型，at里那个也许homolog的没有，准备冷冻 干旱 涝 热都试试看
。。
【在 b******s 的大作中提到】
: 我的植物正在长，过阵子就试试。
: 有一些mutant在正在状态下表型不明显。但是遇到stress，会有明显表型。尤其是你这
: 种可能跟secretion system有关的gene。
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c********b
发帖数: 363 | 29 我觉得知道表型还好说一些,现有的信息什么都说明不了,因为ER影响的东西太多了.
maize的话应该有KO line吧,不过就怕遗传背景不纯.
ER上的蛋白,怎么也该做做细胞学实验吧,就像你前面提到的,看看seretion之类.最关键
的key experiment估计还是得根据表型来设计.
你在尝试protoplast?推荐这个protocol,成功率超级高,而且非常简单.
Tape-Arabidopsis Sandwich - a simpler Arabidopsis protoplast isolation
method
【在 b******s 的大作中提到】
: 我的植物正在长，过阵子就试试。
: 有一些mutant在正在状态下表型不明显。但是遇到stress，会有明显表型。尤其是你这
: 种可能跟secretion system有关的gene。
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G***7
发帖数: 28 | 30 http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.p
By the way, I used to work on a bZIP transcription factor in maize. Good
luck with your research!
【在 r******y 的大作中提到】
: 也不错啊，systemic phenotypical analysis of the mutant，你是如何做的？能看看
: 你的paper么？虽然俺不是细菌帮的。。。
:
: out
: finally
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r******y
发帖数: 21907 | 31 谢谢谢谢 倒数2 3老板俺还认识，哈哈！
【在 G***7 的大作中提到】
: http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.p
: By the way, I used to work on a bZIP transcription factor in maize. Good
: luck with your research!
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A*******e
发帖数: 284 | 32 既然突变体有表型，那还不好说。应该恭喜你，你发现了一个全新基因控制某个表型，
novelty足够。若是表型重要，做做互补，互补成功了，基本文章就有一个轮廓了，剩
下的就是大小的问题了。如果机理做清楚了，如果这个表型很重要，很有可能发大。首
先我觉得你可以做表达谱分析，看这个基因突变在表达水平上影响了那些基因，说不定
里面能找到线索。其次是从表型入手，这个实际上是最重要的，我不知道你的表型是什
么样子的，不知道是否有类似的突变表型发表过，有的话就好，看看这些已经发表的
pathway是否被影响。扣住表型是重中之重，机理做清楚不容易，要是你的表型重要，
你克隆基因互补成功再加一个功能试验，已经组成一篇很不错的paper了 |
