s********n 发帖数: 248 | 1 知道protein A的一段氨基酸序列可能和protein B相结合,但是不知道这段氨基酸是在
蛋白的内部,还是暴露在表面。请问那个网站可以查询?能具体说一下如何操作么?
多谢了先! |
p****s 发帖数: 3153 | 2 我就不要包子了,就有一个问题,既然能和另一个蛋白结合,那这段序列怎么可能在A
蛋白内部呢?表面积多少算内部呀?
【在 s********n 的大作中提到】 : 知道protein A的一段氨基酸序列可能和protein B相结合,但是不知道这段氨基酸是在 : 蛋白的内部,还是暴露在表面。请问那个网站可以查询?能具体说一下如何操作么? : 多谢了先!
|
f**********e 发帖数: 1994 | 3 use rasmol
open molecule
(in console)
select 103-107 (if the segment is AA 103-107)
color red
then you can see the segment colored in red, then you can tell |
s********n 发帖数: 2939 | 4 你可以下载一个3D structure的viewer,如PyMol, foldit都可以,导入你的蛋白A的结
构,然后显示那段序列就可以了。 |
j****x 发帖数: 1704 | 5 有一种可能:
Induced Conformational Change
A
【在 p****s 的大作中提到】 : 我就不要包子了,就有一个问题,既然能和另一个蛋白结合,那这段序列怎么可能在A : 蛋白内部呢?表面积多少算内部呀?
|
s********n 发帖数: 2939 | 6 如果tunnel算内部的话...
A
【在 p****s 的大作中提到】 : 我就不要包子了,就有一个问题,既然能和另一个蛋白结合,那这段序列怎么可能在A : 蛋白内部呢?表面积多少算内部呀?
|
z********8 发帖数: 818 | 7 怎么预测两个蛋白可能相互作用? 谢谢!
【在 s********n 的大作中提到】 : 知道protein A的一段氨基酸序列可能和protein B相结合,但是不知道这段氨基酸是在 : 蛋白的内部,还是暴露在表面。请问那个网站可以查询?能具体说一下如何操作么? : 多谢了先!
|
j****x 发帖数: 1704 | 8 bioinfor目前的未解难题之一,各种水这么多年倒是来来回回灌了很多,但结果基本靠蒙
【在 z********8 的大作中提到】 : 怎么预测两个蛋白可能相互作用? 谢谢!
|
s*******e 发帖数: 1010 | 9 有结构的蛋白好办,结构没发表的蛋白还是靠生化实验证据吧,计算恐怕还是不可靠的 |
n******7 发帖数: 12463 | 10 知道结构吗?
知道的话,直接算下solvent accessible area
不知道就只能根据seq预测了
【在 s********n 的大作中提到】 : 知道protein A的一段氨基酸序列可能和protein B相结合,但是不知道这段氨基酸是在 : 蛋白的内部,还是暴露在表面。请问那个网站可以查询?能具体说一下如何操作么? : 多谢了先!
|
s********n 发帖数: 248 | 11 知道结构,在pubmed上能看到。怎么算啊?
多谢!
【在 n******7 的大作中提到】 : 知道结构吗? : 知道的话,直接算下solvent accessible area : 不知道就只能根据seq预测了
|
s********n 发帖数: 248 | 12 哦,对不起啊,我没说清楚,是预测的两个蛋白可能结合,初步的生化实验也证实了,
现在就是想确定是哪段序列。用软件预测是有两段可能结合,我不知道它们是不是在蛋
白内部。
A
【在 p****s 的大作中提到】 : 我就不要包子了,就有一个问题,既然能和另一个蛋白结合,那这段序列怎么可能在A : 蛋白内部呢?表面积多少算内部呀?
|