s********n
发帖数: 248 | 1 知道protein A的一段氨基酸序列可能和protein B相结合，但是不知道这段氨基酸是在
蛋白的内部，还是暴露在表面。请问那个网站可以查询？能具体说一下如何操作么？
多谢了先！ |
p****s
发帖数: 3153 | 2 我就不要包子了，就有一个问题，既然能和另一个蛋白结合，那这段序列怎么可能在A
蛋白内部呢？表面积多少算内部呀？
【在 s********n 的大作中提到】
: 知道protein A的一段氨基酸序列可能和protein B相结合，但是不知道这段氨基酸是在
: 蛋白的内部，还是暴露在表面。请问那个网站可以查询？能具体说一下如何操作么？
: 多谢了先！
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f**********e
发帖数: 1994 | 3 use rasmol
open molecule
(in console)
select 103-107 (if the segment is AA 103-107)
color red
then you can see the segment colored in red, then you can tell |
s********n
发帖数: 2939 | 4 你可以下载一个3D structure的viewer，如PyMol, foldit都可以，导入你的蛋白A的结
构，然后显示那段序列就可以了。 |
j****x
发帖数: 1704 | 5 有一种可能：
Induced Conformational Change
A
【在 p****s 的大作中提到】
: 我就不要包子了，就有一个问题，既然能和另一个蛋白结合，那这段序列怎么可能在A
: 蛋白内部呢？表面积多少算内部呀？
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s********n
发帖数: 2939 | 6 如果tunnel算内部的话...
A
【在 p****s 的大作中提到】
: 我就不要包子了，就有一个问题，既然能和另一个蛋白结合，那这段序列怎么可能在A
: 蛋白内部呢？表面积多少算内部呀？
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z********8
发帖数: 818 | 7 怎么预测两个蛋白可能相互作用？ 谢谢！
【在 s********n 的大作中提到】
: 知道protein A的一段氨基酸序列可能和protein B相结合，但是不知道这段氨基酸是在
: 蛋白的内部，还是暴露在表面。请问那个网站可以查询？能具体说一下如何操作么？
: 多谢了先！
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j****x
发帖数: 1704 | 8 bioinfor目前的未解难题之一，各种水这么多年倒是来来回回灌了很多，但结果基本靠蒙
【在 z********8 的大作中提到】
: 怎么预测两个蛋白可能相互作用？ 谢谢！
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s*******e
发帖数: 1010 | 9 有结构的蛋白好办，结构没发表的蛋白还是靠生化实验证据吧，计算恐怕还是不可靠的 |
n******7
发帖数: 12463 | 10 知道结构吗？
知道的话，直接算下solvent accessible area
不知道就只能根据seq预测了
【在 s********n 的大作中提到】
: 知道protein A的一段氨基酸序列可能和protein B相结合，但是不知道这段氨基酸是在
: 蛋白的内部，还是暴露在表面。请问那个网站可以查询？能具体说一下如何操作么？
: 多谢了先！
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s********n
发帖数: 248 | 11 知道结构，在pubmed上能看到。怎么算啊？
多谢！
【在 n******7 的大作中提到】
: 知道结构吗？
: 知道的话，直接算下solvent accessible area
: 不知道就只能根据seq预测了
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s********n
发帖数: 248 | 12 哦，对不起啊，我没说清楚，是预测的两个蛋白可能结合，初步的生化实验也证实了，
现在就是想确定是哪段序列。用软件预测是有两段可能结合，我不知道它们是不是在蛋
白内部。
A
【在 p****s 的大作中提到】
: 我就不要包子了，就有一个问题，既然能和另一个蛋白结合，那这段序列怎么可能在A
: 蛋白内部呢？表面积多少算内部呀？
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