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Biology版 - 请教!!!!!!!!! ChIP中formaldehyde crosslink的问题
相关主题
再次弱问一个关于chip抗体的问题想做CHIP-seq,先做什么预实验?
求教ChIP crosslink问题: 细胞formaldehyde固定结团有人同觉得chip-seq比chip-pcr好做么?
急求,如何用Western blot confirm pull down effeciency of crosslinked samples请教Sanger sequencing的问题
Co-IP 如何cross-link?怎么做crosslinking?
郁闷之极,求教CHIP关于co-ip的!
ChIP Assay请教问个IP/ID的实验技术问题
再问两个关于ChIP的问题DNA/oligo/primer和抗体crosslink
大侠们做chip是用sonicator还是用MNase digest?Crosslinked的蛋白可以做MASS-spec分析吗?
相关话题的讨论汇总
话题: crosslink话题: chip话题: ch2话题: reverse
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1 (共1页)
s*********i
发帖数: 53
1
刚开始学ChIP,查了很多资料也还没搞明白formaldehyde crosslink究竟是怎么回事。很多比较老的书里边说是形成了-CH2-键,或者是-NH-CH2-键。但是如果是这两个键,那65度5小时的reverse crosslink是不太可能的吧?
另在某些论坛上看到有人说是形成了amid bonds, 这样就是加热可逆的。可以理解。(但是reference????)
另外,Ren et al.2000年的Science paper 并没有写有reverse crosslink, 难道是后来人家补充上去的?ChIP时crosslink的程度和reverse的情况还是蛮关键的吧。所以想弄清楚怎么回事,然后选择formaldehyde的浓度和fix的时间。
大家帮忙看看!!多谢~~~
z*******a
发帖数: 175
2
又来一sunnyweiwei。
我猜呀,是sunnyday的人气闹的吧。
来一大胆假设,有那末一天,sunnyday呢,贡献过大,功高震主,得一斩立决,就再也没有sunny啥啥的出没了。
然后呢 sunney xie同志受了惊吓,更名换姓,摇身一变成园丁,学Frederick Sanger的啦,很没创意。
sunnyweiwei 呀,听老衲慢慢道来。从前有一小朋友叫zhugeceba,老师说,两点成一线,三点成一面,是公理,不须
证明。小朋友想啊,哇老师厉害,什么都知道。
后来呢,得知有一陈呆子辛苦一辈子论证1+1=2,因而zhugeceba糊涂了好一阵。
此处略除一万字。
再..........再后来呢,学习进化论,感觉有意思,来美,上教会,教徒们成天专门针对进化论耐心替我洗脑,---更糊涂
啦。
一而再,再而三。
zhugeceba就改名糊涂一世啦
头像是谁呀?拜托赐教
d****7
发帖数: 109
3
书里都是那么说的,具体细节我估计没人清楚。而且formaldehyde crosslink protein
-dna只是理论上的,如果你看最早的那篇发明ChIP的文章,文章里说,在in vitro的情
况下,formaldehyde只能有效的crosslink nuceosome-dna interaction,但是却不能
crosslink TF-DNA (他们似乎只测试了lacz)。
另外,modENCODE的Julie Ahringer跟我们说,她和Steven Henikoff都觉得
formaldehyde不能有效的crosslink protein-dna,而大家在做ChIP的时候,只是将
nucleosome crosslink到DNA上,然后其他的TF只是crosslink到nuclesome上了,间接
的crosslink到DNA上。
对于reverse crosslink,只是习惯性的加热overnight。
formaldehyde的浓度,大家用的差别还是挺大的,有些人用1%,有些人用1.5%,有些人
室温crosslink,有些人37度,有些人在formaldehyde之前还用其他crosslinker(e.g.
EGS, DSG, DMA),然后reverse crosslink基本上都是65度overnight。

。很多比较老的书里边说是形成了-CH2-键,或者是-NH-CH2-键。但是如果是这两个键
,那65度5小时的reverse crosslink是不太可能的吧?
(但是reference????)
后来人家补充上去的?ChIP时crosslink的程度和reverse的情况还是蛮关键的吧。所以
想弄清楚怎么回事,然后选择formaldehyde的浓度和fix的时间。

【在 s*********i 的大作中提到】
: 刚开始学ChIP,查了很多资料也还没搞明白formaldehyde crosslink究竟是怎么回事。很多比较老的书里边说是形成了-CH2-键,或者是-NH-CH2-键。但是如果是这两个键,那65度5小时的reverse crosslink是不太可能的吧?
: 另在某些论坛上看到有人说是形成了amid bonds, 这样就是加热可逆的。可以理解。(但是reference????)
: 另外,Ren et al.2000年的Science paper 并没有写有reverse crosslink, 难道是后来人家补充上去的?ChIP时crosslink的程度和reverse的情况还是蛮关键的吧。所以想弄清楚怎么回事,然后选择formaldehyde的浓度和fix的时间。
: 大家帮忙看看!!多谢~~~

s*********i
发帖数: 53
4
太高深了,看不懂哎。
不过还是要谢谢你,
头像是画。

也没有sunny啥啥的出没了。
Sanger的啦,很没创意。
一线,三点成一面,是公理,不须
针对进化论耐心替我洗脑,---更糊涂

【在 z*******a 的大作中提到】
: 又来一sunnyweiwei。
: 我猜呀,是sunnyday的人气闹的吧。
: 来一大胆假设,有那末一天,sunnyday呢,贡献过大,功高震主,得一斩立决,就再也没有sunny啥啥的出没了。
: 然后呢 sunney xie同志受了惊吓,更名换姓,摇身一变成园丁,学Frederick Sanger的啦,很没创意。
: sunnyweiwei 呀,听老衲慢慢道来。从前有一小朋友叫zhugeceba,老师说,两点成一线,三点成一面,是公理,不须
: 证明。小朋友想啊,哇老师厉害,什么都知道。
: 后来呢,得知有一陈呆子辛苦一辈子论证1+1=2,因而zhugeceba糊涂了好一阵。
: 此处略除一万字。
: 再..........再后来呢,学习进化论,感觉有意思,来美,上教会,教徒们成天专门针对进化论耐心替我洗脑,---更糊涂
: 啦。

s*********i
发帖数: 53
5
多谢!
我还看到有人在做reverse crosslink的那步加盐,不知道是什么作用。。
因为实验室木有人做ChIP要自己学,所以好多都不懂。。

protein

【在 d****7 的大作中提到】
: 书里都是那么说的,具体细节我估计没人清楚。而且formaldehyde crosslink protein
: -dna只是理论上的,如果你看最早的那篇发明ChIP的文章,文章里说,在in vitro的情
: 况下,formaldehyde只能有效的crosslink nuceosome-dna interaction,但是却不能
: crosslink TF-DNA (他们似乎只测试了lacz)。
: 另外,modENCODE的Julie Ahringer跟我们说,她和Steven Henikoff都觉得
: formaldehyde不能有效的crosslink protein-dna,而大家在做ChIP的时候,只是将
: nucleosome crosslink到DNA上,然后其他的TF只是crosslink到nuclesome上了,间接
: 的crosslink到DNA上。
: 对于reverse crosslink,只是习惯性的加热overnight。
: formaldehyde的浓度,大家用的差别还是挺大的,有些人用1%,有些人用1.5%,有些人

t*d
发帖数: 1290
6
不带这么吓人的。敢情 ChIP 是个比中国房地产还大的 bubble。

protein

【在 d****7 的大作中提到】
: 书里都是那么说的,具体细节我估计没人清楚。而且formaldehyde crosslink protein
: -dna只是理论上的,如果你看最早的那篇发明ChIP的文章,文章里说,在in vitro的情
: 况下,formaldehyde只能有效的crosslink nuceosome-dna interaction,但是却不能
: crosslink TF-DNA (他们似乎只测试了lacz)。
: 另外,modENCODE的Julie Ahringer跟我们说,她和Steven Henikoff都觉得
: formaldehyde不能有效的crosslink protein-dna,而大家在做ChIP的时候,只是将
: nucleosome crosslink到DNA上,然后其他的TF只是crosslink到nuclesome上了,间接
: 的crosslink到DNA上。
: 对于reverse crosslink,只是习惯性的加热overnight。
: formaldehyde的浓度,大家用的差别还是挺大的,有些人用1%,有些人用1.5%,有些人

m******i
发帖数: 73
7
check this paper.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20178313
the -CH2- is weak for the crosslink induced by formaldehyde.

。很多比较老的书里边说是形成了-CH2-键,或者是-NH-CH2-键。但是如果是这两个键
,那65度5小时的reverse crosslink是不太可能的吧?
(但是reference????)
后来人家补充上去的?ChIP时crosslink的程度和reverse的情况还是蛮关键的吧。所以
想弄清楚怎么回事,然后选择formaldehyde的浓度和fix的时间。

【在 s*********i 的大作中提到】
: 刚开始学ChIP,查了很多资料也还没搞明白formaldehyde crosslink究竟是怎么回事。很多比较老的书里边说是形成了-CH2-键,或者是-NH-CH2-键。但是如果是这两个键,那65度5小时的reverse crosslink是不太可能的吧?
: 另在某些论坛上看到有人说是形成了amid bonds, 这样就是加热可逆的。可以理解。(但是reference????)
: 另外,Ren et al.2000年的Science paper 并没有写有reverse crosslink, 难道是后来人家补充上去的?ChIP时crosslink的程度和reverse的情况还是蛮关键的吧。所以想弄清楚怎么回事,然后选择formaldehyde的浓度和fix的时间。
: 大家帮忙看看!!多谢~~~

s*********i
发帖数: 53
8
谢谢啊 :)

【在 m******i 的大作中提到】
: check this paper.
: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20178313
: the -CH2- is weak for the crosslink induced by formaldehyde.
:
: 。很多比较老的书里边说是形成了-CH2-键,或者是-NH-CH2-键。但是如果是这两个键
: ,那65度5小时的reverse crosslink是不太可能的吧?
: (但是reference????)
: 后来人家补充上去的?ChIP时crosslink的程度和reverse的情况还是蛮关键的吧。所以
: 想弄清楚怎么回事,然后选择formaldehyde的浓度和fix的时间。

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