s*********i 发帖数: 53 | 1 刚开始学ChIP,查了很多资料也还没搞明白formaldehyde crosslink究竟是怎么回事。很多比较老的书里边说是形成了-CH2-键,或者是-NH-CH2-键。但是如果是这两个键,那65度5小时的reverse crosslink是不太可能的吧?
另在某些论坛上看到有人说是形成了amid bonds, 这样就是加热可逆的。可以理解。(但是reference????)
另外,Ren et al.2000年的Science paper 并没有写有reverse crosslink, 难道是后来人家补充上去的?ChIP时crosslink的程度和reverse的情况还是蛮关键的吧。所以想弄清楚怎么回事,然后选择formaldehyde的浓度和fix的时间。
大家帮忙看看!!多谢~~~ |
z*******a 发帖数: 175 | 2 又来一sunnyweiwei。
我猜呀,是sunnyday的人气闹的吧。
来一大胆假设,有那末一天,sunnyday呢,贡献过大,功高震主,得一斩立决,就再也没有sunny啥啥的出没了。
然后呢 sunney xie同志受了惊吓,更名换姓,摇身一变成园丁,学Frederick Sanger的啦,很没创意。
sunnyweiwei 呀,听老衲慢慢道来。从前有一小朋友叫zhugeceba,老师说,两点成一线,三点成一面,是公理,不须
证明。小朋友想啊,哇老师厉害,什么都知道。
后来呢,得知有一陈呆子辛苦一辈子论证1+1=2,因而zhugeceba糊涂了好一阵。
此处略除一万字。
再..........再后来呢,学习进化论,感觉有意思,来美,上教会,教徒们成天专门针对进化论耐心替我洗脑,---更糊涂
啦。
一而再,再而三。
zhugeceba就改名糊涂一世啦
头像是谁呀?拜托赐教 |
d****7 发帖数: 109 | 3 书里都是那么说的,具体细节我估计没人清楚。而且formaldehyde crosslink protein
-dna只是理论上的,如果你看最早的那篇发明ChIP的文章,文章里说,在in vitro的情
况下,formaldehyde只能有效的crosslink nuceosome-dna interaction,但是却不能
crosslink TF-DNA (他们似乎只测试了lacz)。
另外,modENCODE的Julie Ahringer跟我们说,她和Steven Henikoff都觉得
formaldehyde不能有效的crosslink protein-dna,而大家在做ChIP的时候,只是将
nucleosome crosslink到DNA上,然后其他的TF只是crosslink到nuclesome上了,间接
的crosslink到DNA上。
对于reverse crosslink,只是习惯性的加热overnight。
formaldehyde的浓度,大家用的差别还是挺大的,有些人用1%,有些人用1.5%,有些人
室温crosslink,有些人37度,有些人在formaldehyde之前还用其他crosslinker(e.g.
EGS, DSG, DMA),然后reverse crosslink基本上都是65度overnight。
。很多比较老的书里边说是形成了-CH2-键,或者是-NH-CH2-键。但是如果是这两个键
,那65度5小时的reverse crosslink是不太可能的吧?
(但是reference????)
后来人家补充上去的?ChIP时crosslink的程度和reverse的情况还是蛮关键的吧。所以
想弄清楚怎么回事,然后选择formaldehyde的浓度和fix的时间。
【在 s*********i 的大作中提到】 : 刚开始学ChIP,查了很多资料也还没搞明白formaldehyde crosslink究竟是怎么回事。很多比较老的书里边说是形成了-CH2-键,或者是-NH-CH2-键。但是如果是这两个键,那65度5小时的reverse crosslink是不太可能的吧? : 另在某些论坛上看到有人说是形成了amid bonds, 这样就是加热可逆的。可以理解。(但是reference????) : 另外,Ren et al.2000年的Science paper 并没有写有reverse crosslink, 难道是后来人家补充上去的?ChIP时crosslink的程度和reverse的情况还是蛮关键的吧。所以想弄清楚怎么回事,然后选择formaldehyde的浓度和fix的时间。 : 大家帮忙看看!!多谢~~~
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s*********i 发帖数: 53 | 4 太高深了,看不懂哎。
不过还是要谢谢你,
头像是画。
也没有sunny啥啥的出没了。
Sanger的啦,很没创意。
一线,三点成一面,是公理,不须
针对进化论耐心替我洗脑,---更糊涂
【在 z*******a 的大作中提到】 : 又来一sunnyweiwei。 : 我猜呀,是sunnyday的人气闹的吧。 : 来一大胆假设,有那末一天,sunnyday呢,贡献过大,功高震主,得一斩立决,就再也没有sunny啥啥的出没了。 : 然后呢 sunney xie同志受了惊吓,更名换姓,摇身一变成园丁,学Frederick Sanger的啦,很没创意。 : sunnyweiwei 呀,听老衲慢慢道来。从前有一小朋友叫zhugeceba,老师说,两点成一线,三点成一面,是公理,不须 : 证明。小朋友想啊,哇老师厉害,什么都知道。 : 后来呢,得知有一陈呆子辛苦一辈子论证1+1=2,因而zhugeceba糊涂了好一阵。 : 此处略除一万字。 : 再..........再后来呢,学习进化论,感觉有意思,来美,上教会,教徒们成天专门针对进化论耐心替我洗脑,---更糊涂 : 啦。
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s*********i 发帖数: 53 | 5 多谢!
我还看到有人在做reverse crosslink的那步加盐,不知道是什么作用。。
因为实验室木有人做ChIP要自己学,所以好多都不懂。。
protein
【在 d****7 的大作中提到】 : 书里都是那么说的,具体细节我估计没人清楚。而且formaldehyde crosslink protein : -dna只是理论上的,如果你看最早的那篇发明ChIP的文章,文章里说,在in vitro的情 : 况下,formaldehyde只能有效的crosslink nuceosome-dna interaction,但是却不能 : crosslink TF-DNA (他们似乎只测试了lacz)。 : 另外,modENCODE的Julie Ahringer跟我们说,她和Steven Henikoff都觉得 : formaldehyde不能有效的crosslink protein-dna,而大家在做ChIP的时候,只是将 : nucleosome crosslink到DNA上,然后其他的TF只是crosslink到nuclesome上了,间接 : 的crosslink到DNA上。 : 对于reverse crosslink,只是习惯性的加热overnight。 : formaldehyde的浓度,大家用的差别还是挺大的,有些人用1%,有些人用1.5%,有些人
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t*d 发帖数: 1290 | 6 不带这么吓人的。敢情 ChIP 是个比中国房地产还大的 bubble。
protein
【在 d****7 的大作中提到】 : 书里都是那么说的,具体细节我估计没人清楚。而且formaldehyde crosslink protein : -dna只是理论上的,如果你看最早的那篇发明ChIP的文章,文章里说,在in vitro的情 : 况下,formaldehyde只能有效的crosslink nuceosome-dna interaction,但是却不能 : crosslink TF-DNA (他们似乎只测试了lacz)。 : 另外,modENCODE的Julie Ahringer跟我们说,她和Steven Henikoff都觉得 : formaldehyde不能有效的crosslink protein-dna,而大家在做ChIP的时候,只是将 : nucleosome crosslink到DNA上,然后其他的TF只是crosslink到nuclesome上了,间接 : 的crosslink到DNA上。 : 对于reverse crosslink,只是习惯性的加热overnight。 : formaldehyde的浓度,大家用的差别还是挺大的,有些人用1%,有些人用1.5%,有些人
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m******i 发帖数: 73 | 7 check this paper.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20178313
the -CH2- is weak for the crosslink induced by formaldehyde.
。很多比较老的书里边说是形成了-CH2-键,或者是-NH-CH2-键。但是如果是这两个键
,那65度5小时的reverse crosslink是不太可能的吧?
(但是reference????)
后来人家补充上去的?ChIP时crosslink的程度和reverse的情况还是蛮关键的吧。所以
想弄清楚怎么回事,然后选择formaldehyde的浓度和fix的时间。
【在 s*********i 的大作中提到】 : 刚开始学ChIP,查了很多资料也还没搞明白formaldehyde crosslink究竟是怎么回事。很多比较老的书里边说是形成了-CH2-键,或者是-NH-CH2-键。但是如果是这两个键,那65度5小时的reverse crosslink是不太可能的吧? : 另在某些论坛上看到有人说是形成了amid bonds, 这样就是加热可逆的。可以理解。(但是reference????) : 另外,Ren et al.2000年的Science paper 并没有写有reverse crosslink, 难道是后来人家补充上去的?ChIP时crosslink的程度和reverse的情况还是蛮关键的吧。所以想弄清楚怎么回事,然后选择formaldehyde的浓度和fix的时间。 : 大家帮忙看看!!多谢~~~
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s*********i 发帖数: 53 | 8 谢谢啊 :)
【在 m******i 的大作中提到】 : check this paper. : http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20178313 : the -CH2- is weak for the crosslink induced by formaldehyde. : : 。很多比较老的书里边说是形成了-CH2-键,或者是-NH-CH2-键。但是如果是这两个键 : ,那65度5小时的reverse crosslink是不太可能的吧? : (但是reference????) : 后来人家补充上去的?ChIP时crosslink的程度和reverse的情况还是蛮关键的吧。所以 : 想弄清楚怎么回事,然后选择formaldehyde的浓度和fix的时间。
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