D*a
发帖数: 6830 | 1 最近找到的一本的书，看了之后很有想法，正好看到这个基因网络的帖子，遂来分享一
下。我可能入戏比较慢，前面跟生物学无关的铺垫可能长一点，希望能有人看得下去。
如果我说错了经济学和物理学的东西，欢迎指出来，这些知识我也只是从科普里面学的。
另外也是看到大家一直在讨论生物学的进步有赖于技术进步，显微镜，GWAS, etc，心
里想想好像确实是这样，但是又觉得不甘心。现在看到一本书讲生物学如何启发经济学
家，物理学家，感觉这应该就是我找的回答了吧。
很多人名我不熟，我也不知道他们是谁。。。
开头是说一个经济学家，阿瑟，他当时的环境是古典经济学完美无缺的时候，有点像十
九世纪的经典物理学，大家认为经济学至善至美了，修修补补就可以了。（下面这句是
大家熟知的高中经济课本的废话，但是为了引出生物不得不表。）当时的主要观点是市
场可以自己调控，自由经济应该是一切（供求）平衡，如果有点不平衡，比如有人看到
一个供不应求的挣钱的机会，那么因为大家都是理性的，大家都过来挣钱，报酬递减，
不平衡在大局势下会重新平衡。这样下去，供求永远平衡，完美无缺。
他就偏不服，认为现实中经济学有的现象表明很多孤立事件并不会被消亡，相反却会被
放大。他称之为报酬递增率。但是这个观点受到当时经济学主流观点排斥，他也不知道
怎么能说服大家。
后来有一天他去海滩看闲书，创世的第八天，讲生物学的。他被震惊了。
他很震惊，因为他头一次知道生物学不是讲生物里有这个蛋白和那个蛋白，而是讲在所
有细胞共有的基因组上，只要小小的调控开关不同，只要一个或几个输入的分子不同，
就会形成不同的细胞，形成蓝眼睛和黑眼睛。
后来他读到操纵子，他发现在生物里的级联反应或者feedback其实像经济学的“报酬递
增率”，一个受精卵里面，一个分子调控另外的分子，另外的分子又调控另外的分子，
这些分子产生新的细胞类型，新的细胞类型又作用于周围的环境（按:niche？），产生
更多的细胞类型。最终，新的稳态会达到，但不是原来的稳态。
后来他发现凝聚态物理学好像也有类似的机制，虽然物理学的分子比生物简单的多，但
是大量简单的分子受到扰动也会产生令人震惊的复杂行为。少量物质可以产生无穷无尽
的复杂行为。
然后有一个普里戈金的说其实大自然到处都充满了结构（生物体，飓风），虽然整体看
来是热力学第二定律描述的熵增和腐朽。
因为正反馈的存在，在有限的区域里面，这种正反馈导致的自组织可以扭转第二定律形
成复杂的有秩序的结构。其实经济也可以是一个自组织的结构: 在有些条件下，微小的
事件会被扩大和发展，而不是趋于消失。
阿瑟现在终于知道如何描述他长久以来模糊不清的想法了。新经济学的理论应该建立在
生物学理论之上，也就是建立在结构之上，自组织 self-organization，生命周期。经
济学是有生命的。
后来这本书又开始写物理学。
很多物理学家被薛定谔的生命是什么吸引到生物学。考温说，物理学家对探索世界的“
软科学”，比如社会学和心理学的轻蔑是众所周知的，但他们无法对生物学也这样，因
为它是“对复杂到不可思议的活系统的描述，这些有生命的系统受着深层规律的支配”。
一些物理学家致力于发现深层规律，认为只有基本法则是值得研究的对象。甚至连属于
物理学的理论比如凝聚态物理学都被人斥之为“脏态物理学”，安德森认为这无法忍受
，他说，“具有将所有东西都还原到最简单的基本规律的能力，并不意味着具有能从这
些最简单的基本规律着手重构宇宙的能力。”
科学家们认识到这种复杂系统只能用非线性的混沌来描述，幸好他们这个时候有了计算
机。
这本书的结构太混乱了，一会写这个一会写那个，虽然都很有意思。总之，终于开始跟
生物学有关了。
阿瑟在一个桑塔费研究所，遇到了考夫曼（Stuart Kauffman）（按:好歹出来个搞生物
的我还是不认识...查了一下，理论生物学家，主要观点是self-organisation很可能在
进化中发挥重要作用。）
to be continued |
x*******i
发帖数: 819 | 2 很有意思。谢谢分享。书名是什么，可以给个链接么？
的。
【在 D*a 的大作中提到】
: 最近找到的一本的书，看了之后很有想法，正好看到这个基因网络的帖子，遂来分享一
: 下。我可能入戏比较慢，前面跟生物学无关的铺垫可能长一点，希望能有人看得下去。
: 如果我说错了经济学和物理学的东西，欢迎指出来，这些知识我也只是从科普里面学的。
: 另外也是看到大家一直在讨论生物学的进步有赖于技术进步，显微镜，GWAS, etc，心
: 里想想好像确实是这样，但是又觉得不甘心。现在看到一本书讲生物学如何启发经济学
: 家，物理学家，感觉这应该就是我找的回答了吧。
: 很多人名我不熟，我也不知道他们是谁。。。
: 开头是说一个经济学家，阿瑟，他当时的环境是古典经济学完美无缺的时候，有点像十
: 九世纪的经典物理学，大家认为经济学至善至美了，修修补补就可以了。（下面这句是
: 大家熟知的高中经济课本的废话，但是为了引出生物不得不表。）当时的主要观点是市
|
w******e
发帖数: 1187 | 3 先顶后看
的。
【在 D*a 的大作中提到】
: 最近找到的一本的书，看了之后很有想法，正好看到这个基因网络的帖子，遂来分享一
: 下。我可能入戏比较慢，前面跟生物学无关的铺垫可能长一点，希望能有人看得下去。
: 如果我说错了经济学和物理学的东西，欢迎指出来，这些知识我也只是从科普里面学的。
: 另外也是看到大家一直在讨论生物学的进步有赖于技术进步，显微镜，GWAS, etc，心
: 里想想好像确实是这样，但是又觉得不甘心。现在看到一本书讲生物学如何启发经济学
: 家，物理学家，感觉这应该就是我找的回答了吧。
: 很多人名我不熟，我也不知道他们是谁。。。
: 开头是说一个经济学家，阿瑟，他当时的环境是古典经济学完美无缺的时候，有点像十
: 九世纪的经典物理学，大家认为经济学至善至美了，修修补补就可以了。（下面这句是
: 大家熟知的高中经济课本的废话，但是为了引出生物不得不表。）当时的主要观点是市
|
D***r
发帖数: 7511 | 4 好像就是系统、网络的概念
最近这些东西在各个领域都很火
的。
【在 D*a 的大作中提到】
: 最近找到的一本的书，看了之后很有想法，正好看到这个基因网络的帖子，遂来分享一
: 下。我可能入戏比较慢，前面跟生物学无关的铺垫可能长一点，希望能有人看得下去。
: 如果我说错了经济学和物理学的东西，欢迎指出来，这些知识我也只是从科普里面学的。
: 另外也是看到大家一直在讨论生物学的进步有赖于技术进步，显微镜，GWAS, etc，心
: 里想想好像确实是这样，但是又觉得不甘心。现在看到一本书讲生物学如何启发经济学
: 家，物理学家，感觉这应该就是我找的回答了吧。
: 很多人名我不熟，我也不知道他们是谁。。。
: 开头是说一个经济学家，阿瑟，他当时的环境是古典经济学完美无缺的时候，有点像十
: 九世纪的经典物理学，大家认为经济学至善至美了，修修补补就可以了。（下面这句是
: 大家熟知的高中经济课本的废话，但是为了引出生物不得不表。）当时的主要观点是市
|
d*****r
发帖数: 2583 | 5 其实就是systems biology
的。
【在 D*a 的大作中提到】
: 最近找到的一本的书，看了之后很有想法，正好看到这个基因网络的帖子，遂来分享一
: 下。我可能入戏比较慢，前面跟生物学无关的铺垫可能长一点，希望能有人看得下去。
: 如果我说错了经济学和物理学的东西，欢迎指出来，这些知识我也只是从科普里面学的。
: 另外也是看到大家一直在讨论生物学的进步有赖于技术进步，显微镜，GWAS, etc，心
: 里想想好像确实是这样，但是又觉得不甘心。现在看到一本书讲生物学如何启发经济学
: 家，物理学家，感觉这应该就是我找的回答了吧。
: 很多人名我不熟，我也不知道他们是谁。。。
: 开头是说一个经济学家，阿瑟，他当时的环境是古典经济学完美无缺的时候，有点像十
: 九世纪的经典物理学，大家认为经济学至善至美了，修修补补就可以了。（下面这句是
: 大家熟知的高中经济课本的废话，但是为了引出生物不得不表。）当时的主要观点是市
|
i*****g
发帖数: 11893 | |
a****d
发帖数: 1919 | 7 《复杂》这本书我10年前看过，非常不错的著作，大力推荐 |
D*a
发帖数: 6830 | 8 也没有必要所有的帖子都扯到劝退上去吧
【在 i*****g 的大作中提到】
: 8-10年前看过了
: del
|
a****d
发帖数: 1919 | 9 《创世纪的第八天》也非常经典，Poo总是推荐这本书 |
d*****r
发帖数: 2583 | 10 看到原来帖子这个日期，才发现9年已经过去了。
十年一觉生物梦。
发信人: mckinsey (千亿个星辰), 信区: LifeScience
标 题: 复杂-作者：米歇尔·沃尔德罗普
发信站: BBS 水木清华站 (Wed Jul 10 11:11:46 2002)
概述
第一章 爱尔兰理念的英雄(1)
第一章 爱尔兰理念的英雄(2)
第二章 老帅倒戈(1)
第二章 老帅倒戈(2)
第三章 造物主的秘密(1)
第三章 造物主的秘密(2)
第四章 "你们真的相信这套？"
第五章 游戏高手(1)
第五章 游戏高手(2)
第六章 混沌边缘的生命(1)
第六章 混沌边缘的生命(2)
第七章 玻璃房中的农民经济（1）
第七章 玻璃房中的农民经济（2）
第八章 等待卡诺(1)
第八章 等待卡诺(2)
第九章 乘胜前进（1）
第九章 乘胜前进（2）
概述
这是一本关于复杂性科学的书——这门学科还如此之新，其范围又如此之广，以至
于还无人完全知晓如何确切地定义它，甚至还不知道它的边界何在。然而，这正是它的
全部意义之所在。如果说，复杂性科学的研究领域目前尚显得模糊不清，那便是因为这
项研究正在试图解答的是一切常规学科范畴无法解答的问题。比如：
为什么苏联对东欧四十年的统治会在1989年的几个月之内轰然坍塌？为什么苏联自
身也在其后不到两年的时间内分崩离析？这些当然与名叫戈尔巴乔夫和叶利钦的两个人
有一定的关系。但即使是这两个人自己，也像是被他们完全无法控制的事件席卷裹挟而
不能自已。这是否是因为有某种全球性的、超越个人能量的原因在起作用？
为什么股票市场会在1987年10月的一个星期一这一天之中猛跌五百多个百分点？很
多评论将之归咎于股票生意的计算机化。但计算机的应用已有多年，有没有任何答案可
以解释为什么股票偏偏在那个特殊的星期一狂跌不已？
根据化石标本的记载，古代物种和生态系统常常稳定地保持了几百万年，而后却在
地质期的某一瞬间灭种或演变为新的物种，这是为什么呢？也许恐龙是因为小行星的影
响而遭到灭绝，但那时并没有那么多的小行星，还有其它因素在起作用吗？
为什么在孟加拉这样的国家，即使在实行免费节育措施之后，农村家庭仍然平均要
生七个孩子？甚至村民们似乎完全清楚，由于他们的国家人口过多和发展停滞，他们正
蒙受着怎样的苦难。为什么他们仍要明知故犯他要沿袭这种行为方式，使自己陷入灾难
深重的境况呢？
原始的液态氨基酸和其它简单的分子是如何在四十亿年前转化为最初的活细胞的？
分子是不可能随机地组合在一起的，但生命起源学家们却又津津乐道地说，不发生这样
的情形是荒谬的。难道生命的起源竟是一个奇迹？抑或是液态氨基酸中有我们至今尚不
知晓的致因？
为什么单个细胞在六亿年前开始组合，从而形成像海藻、水母、昆虫，最后到人类
这样的多细胞生物体？而人类又为什么要耗费这么多的时间和这么大的力气来把自己组
成家庭、部落、社团、民族及各种类型的社会？如果进化（或资本主义自由市场）真是
完全由适者生存法则决定的，那么为什么又会发生一些与人际之间残酷竞争毫不相关的
事情呢？在这个好人经常无法坚持到底的世界上，为什么又有像信任与合作这样的事？
为什么尽管有各种各样的情况，但信任与合作却不但存在，而且还会发扬、昌盛？
达尔文的自然选择论如何解释像眼睛和肾脏这样精妙复杂的结构？难道我们在生命
体上所发现的这些精妙得令人无法相信的组织，真的仅仅是随机进化的偶然结果吗？抑
或在四十亿年前还有什么别的、达尔文所不了解的因素在发生作用？
生命究竟是什么？难道生命无非是一种特殊而复杂的碳水化合物？还是某种更微妙
的东西？我们制造出来的像计算机病毒这样的东西究竟是什么？它们仅仅是恼人的生命
的仿造品吗？或者，从最根本的意义上来说，它们真是活物吗？
脑子是什么？大脑这个普普通通的三磅重的团块，是如何产生像感情、思想、目的
和意识这样不可言喻的特征的？
也许最根本的是，为什么总是有而不是无？宇宙始于大爆炸后一片潮湿的混沌，然
而至此开始，就像热力学的第二定律所形容的那样，宇宙就受制于某种不屈不挠地趋于
混乱、解体和衰败的倾向力。但它同时又无处不产生着结构：银河、恒星、行星、细菌
、植物、动物和大脑。这又是怎么回事呢？是因为永恒趋于混乱的强制力与同样强大的
趋于秩序、结构和组织的强制力之间有某种抗衡的力量？如果是这样的话，这两种力量
是如何同时发生作用的呢？
乍一看，这些问题只有唯一一个共同点，那就是，它们都有一个共同的答案："无人
知晓"。有些问题看上去甚至根本就不是科学问题。但当你进一步研究它们时，你就会发
现，这些问题其实有许多共同之处。比如，它们都属于一个系统，即复杂系统。也就是
说，许许多多独立的因素在许许多多方面进行着相互作用。比如千百万个蛋白、脂肪和
细胞核酸相互产生化学作用，从而组成了活细胞；又比如由几十亿万个相互关联的神经
细胞组成的大脑，以及由成千上万个相互依存的个人组成的人类社会。
而且，在每种情况中，这些无穷无尽的相互作用使每个系统作为一个整体产生了自
发性的自组织。人们在力图满足自己的物质需要的过程中，通过无数个人的买卖行为，
无意识地将自己组成了某种经济体制，就属于这种情况。这并非是在有人负责或有意识
地计划下发生的情形。又比如，基因在一个不断发展的胚胎中以一种方式将自己组合成
肝脏细胞，又以另一种方式将自己组合成肌肉细胞；飞鸟顺应邻居的行为而无意识地将
自己聚集成群；生物体经常相互适应而得以进化，从而将自己组合成为精巧协调的平衡
系统；原子通过相互化合得以找到最小的能量状态，从而使自己形成被称之为分子的结
构。在所有这些情形中，一组组单个的动因在寻求相互适应与自我延续中或这样、或那
样地超越了自己，从而获得了生命、思想、目的这些作为单个的动因永远不可能具有的
集成的特征。
更进一步的是，这些复杂的、具有自组织性的系统是可以自我调整的。在这种自我
调整中，它们并不像地震中的滚石那样仅仅只是被动地对所发生的事件作出反应。它们
积极试图将所发生的一切都转化为对自己有利。因而人类的大脑经常在组织和重组它几
十亿个神经联系，以吸取经验（总之有时是这样的）；物种为在不断变化的环境中更好
地生存而进化——在企业和工业领域的情形也是如此。市场对消费口味和生活方式的变
化，对移民、技术发展。原材料价格的变化和其它一系列因素的变化不断地作出反应。
最后一点，每一个这样自组织的、自我调整的复杂系统都具有某种动力。这种动力
使它们与计算机集成电路块和雪花这类仅仅只是复杂的物体有着本质上的区别。复杂系
统比它们更具自发性，更无秩序，也更活跃。然而与此同时，这种特殊的动力对离奇古
怪的、无法预测的螺旋运转，即被称之为混沌的状态，却还相距遥远。在近二十年中，
混沌理论已经动摇了科学的根基，它使人们认识到，极其简单的动力规律能够导致极其
复杂的行为表现，譬如无数细小的碎片所产生的整体美感，或无数翻沫所形成的汹涌的
河流。然而混沌理论本身仍然无法解释结构和内聚力、以及复杂性系统自我组织的内聚
性。
但复杂性系统却具有将秩序和混沌融入某种特殊的平衡的能力。它的平衡点——即
常被称为混沌的边缘——便是一个系统中的各种因素从无真正静止在某一个状态中，但
也没有动荡至解体的那个地方。混沌的边缘就是生命有足够的稳定性来支撑自己的存在
，又有足够的创造性使自己名副其实为生命的那个地方；混沌的边缘是新思想和发明性
遗传基因始终一点一点地蚕食着现状的边缘的地方。在这个地方，即使是最顽固的保守
派也会最终被推翻。混沌的边缘是几个世纪的奴隶制和农奴制突然被五十年代和六十年
代的人权运动所取代的时刻；是长达七十年的苏维埃突然被政治动乱所取代的时刻；是
进化过程中万古不变的稳定性突然被整个物种的演变所取代的时刻。混沌的边缘是一个
经常变换在停滞与无政府两种状态之间的战区，这便是复杂性系统能够自发地调整和存
活的地带。
在混沌边缘发生的复杂、调整和剧变——这些共同的特征是如此显著，以至于越来
越多的科学家相信，在一系列仅仅是顺理成章的科学类推之外肯定还有更多的东西存在
。这场科学运动的神经中枢便是被称之为桑塔费研究所的智囊机构。这个研究所创建于
八十年代中期，最初坐落在坎杨路桑塔费艺术区中一个租来的女修道院里（举办学术讨
论会的地方过去是一个小教堂）。聚集在这里的研究人员虽然来自不同的阶层和背景，
包括从梳着马尾巴发型的研究生到像物理学家马瑞·盖尔曼（MurrayGellMann）、菲利
普·安德森（PhilipAnderson）和经济学家肯尼思·阿罗（KennethArrow）这样的诺贝
尔桂冠得主，但他们都达到了一个基本的共识，那就是，他们都坚信一个将普照自然和
人类的新科学——复杂性理论。他们相信，近二十年来的知识热潮在神经网络、生态平
衡、人工智能和混沌理论这样一些领域所取得的成果已经助使他们掌握了建立这个复杂
性理论框架的数学工具。他们相信，对这些新思想的运用使他们得以从过去无人知晓的
角度和深度来认识这个自发、自组的动力世界。这一认识将对经济和商业行为，甚至政
治行为发生潜在的巨大影响。他们相信，他们正在凌厉地冲破自牛顿时代以来一直统治
着科学的线性的、还原论的思维方式。他们的突破已经能够使他们面对当今世界的最重
大的问题。他们相信，他们正在开创的是，套句桑塔费研究所创始人乔治·考温（Geor
geCowan）的话，"二十一世纪的科学"。
这本书就是关于他们的故事。 |
|
|
c**y
发帖数: 2282 | 11 亲耳听到某人工智能的大牛说，所有人工智能都是牛粪
【在 i*****g 的大作中提到】
: 8-10年前看过了
: del
|
i*****g
发帖数: 11893 | 12 那是我们这个时代的 ‘人工智能’，如果连一个单细胞都摸不清楚的时代，却去想搞
清楚脑的作用，那是YY
【在 c**y 的大作中提到】
: 亲耳听到某人工智能的大牛说，所有人工智能都是牛粪
|
D*a
发帖数: 6830 | 13 现在我们仍然不完全清楚单细胞，脑的功能倒清楚了不少。
^_^
【在 i*****g 的大作中提到】
: 那是我们这个时代的 ‘人工智能’，如果连一个单细胞都摸不清楚的时代，却去想搞
: 清楚脑的作用，那是YY
|
i*****g
发帖数: 11893 | 14 那个清楚不叫清楚，你要越出我们这个时代的生物思维。我们推测的是诸神的事情
那本书，或者说目前的主流方案其实是 过去的延伸，解一些奇怪的方程。1993年我看
一本物理科普书，叫混沌物理学，也是这个思路
或许整个科学思路要改变，重新塑造整个背景也很正常，
或许大背景不改了，但要重新创立一套数学工具，犹如牛顿之后时代创了一套东西，把
中古时代的数学抛在脑后了
这里面涉及无数的问题，每一个问题都是大哲人大科学家才能解决的
鄙人智浅德薄，无能为力，我也不相信任何人能解决这些问题
于是大家还是洗洗睡了，多赚钱，包几个2奶完事 |
D*a
发帖数: 6830 | 15 继续一点儿。本文讨论生物，不是讨论千老。劝退的就算了吧。
这个考夫曼呢，他兴趣广泛，一开始想写剧本，剧本变成了几个人喋喋不休讨论生命意
义，他就去学哲学去了。后来他觉得自己思维太天马行空了，又去学医学院，要学习一
下大量的事实。
他接触到了发育生物学。他被强烈震撼了。
一个受精卵分裂成成千上万的细胞，包括上百种不同的细胞。“奇怪的不是生而缺憾的
悲剧常有发生，而是大多新生命一出生就完美无缺。”基因组上的调节元件开放和关闭
就有点像生化计算机。而不同的组合又演变成不同的秩序（各种细胞和器官）。
他发现，许多的基因并不像人的计算机那样逐步执行指令，而是同步，平行的执行大多
数指令。如果是这样的话，那么重要的不在于一个基因精确的按照界定好的顺序激活了
另一个基因，而是整体的基因组能否将活性基因组合成一个稳定的，自我连贯的形态。
单个的基因组应该能有很多种稳态，也许这就是发育过程种能产生许多不同细胞类型的
原因。
下面就是self-organisation和进化了。我研究研究，免得写错了。 |
s******y
发帖数: 28562 | 16 嗯，很有意思，其中很多概念和想法我觉得在进化领域里面一直都有，但是
实在是复杂。
的。
【在 D*a 的大作中提到】
: 最近找到的一本的书，看了之后很有想法，正好看到这个基因网络的帖子，遂来分享一
: 下。我可能入戏比较慢，前面跟生物学无关的铺垫可能长一点，希望能有人看得下去。
: 如果我说错了经济学和物理学的东西，欢迎指出来，这些知识我也只是从科普里面学的。
: 另外也是看到大家一直在讨论生物学的进步有赖于技术进步，显微镜，GWAS, etc，心
: 里想想好像确实是这样，但是又觉得不甘心。现在看到一本书讲生物学如何启发经济学
: 家，物理学家，感觉这应该就是我找的回答了吧。
: 很多人名我不熟，我也不知道他们是谁。。。
: 开头是说一个经济学家，阿瑟，他当时的环境是古典经济学完美无缺的时候，有点像十
: 九世纪的经典物理学，大家认为经济学至善至美了，修修补补就可以了。（下面这句是
: 大家熟知的高中经济课本的废话，但是为了引出生物不得不表。）当时的主要观点是市
|
D*a
发帖数: 6830 | 17 诸神和时代的界限在哪里？
以前也有人认为太阳和月亮是诸神的事，有人认为基因组是诸神的事。什么是这个时代
不能研究的事情？
哪个孩子出生的时候脑门上刻着大哲学家大科学家？
相信这些问题是只有天才才能解决的，同时不相信任何人能解决，这本身就是矛盾。
解决什么问题非要一步登天，不能发现宇宙终极规律的努力就都是白费？
你要包二奶就请便吧。
【在 i*****g 的大作中提到】
: 那个清楚不叫清楚，你要越出我们这个时代的生物思维。我们推测的是诸神的事情
: 那本书，或者说目前的主流方案其实是 过去的延伸，解一些奇怪的方程。1993年我看
: 一本物理科普书，叫混沌物理学，也是这个思路
: 或许整个科学思路要改变，重新塑造整个背景也很正常，
: 或许大背景不改了，但要重新创立一套数学工具，犹如牛顿之后时代创了一套东西，把
: 中古时代的数学抛在脑后了
: 这里面涉及无数的问题，每一个问题都是大哲人大科学家才能解决的
: 鄙人智浅德薄，无能为力，我也不相信任何人能解决这些问题
: 于是大家还是洗洗睡了，多赚钱，包几个2奶完事
|
i*****g
发帖数: 11893 | 18 你完全不知道，这里面要涉及多少问题，这根本不是我们这些喘气的能做的事情
【在 D*a 的大作中提到】
: 诸神和时代的界限在哪里？
: 以前也有人认为太阳和月亮是诸神的事，有人认为基因组是诸神的事。什么是这个时代
: 不能研究的事情？
: 哪个孩子出生的时候脑门上刻着大哲学家大科学家？
: 相信这些问题是只有天才才能解决的，同时不相信任何人能解决，这本身就是矛盾。
: 解决什么问题非要一步登天，不能发现宇宙终极规律的努力就都是白费？
: 你要包二奶就请便吧。
|
s******y
发帖数: 28562 | 19 有一个关键是，作为一个self-organizing system, 只要某几个因素达到了一个
阈值，就能高速的往某个方向迁移。
在进化史上，表现就是进化经常是跃迁的，而不是渐进的。
而原始的那个“生化汤”，在积累到了一定程度，当每个基本因素（复制因素，
催化因素）都包含了之后，就成了生物了。
【在 D*a 的大作中提到】
: 继续一点儿。本文讨论生物，不是讨论千老。劝退的就算了吧。
: 这个考夫曼呢，他兴趣广泛，一开始想写剧本，剧本变成了几个人喋喋不休讨论生命意
: 义，他就去学哲学去了。后来他觉得自己思维太天马行空了，又去学医学院，要学习一
: 下大量的事实。
: 他接触到了发育生物学。他被强烈震撼了。
: 一个受精卵分裂成成千上万的细胞，包括上百种不同的细胞。“奇怪的不是生而缺憾的
: 悲剧常有发生，而是大多新生命一出生就完美无缺。”基因组上的调节元件开放和关闭
: 就有点像生化计算机。而不同的组合又演变成不同的秩序（各种细胞和器官）。
: 他发现，许多的基因并不像人的计算机那样逐步执行指令，而是同步，平行的执行大多
: 数指令。如果是这样的话，那么重要的不在于一个基因精确的按照界定好的顺序激活了
|
s******y
发帖数: 28562 | 20 你低估了现代系统生物学的发展速度了。
【在 i*****g 的大作中提到】
: 你完全不知道，这里面要涉及多少问题，这根本不是我们这些喘气的能做的事情
|
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t*******o
发帖数: 424 | 21 那你来讲讲，这里面大概都涉及到哪些问题呢？
【在 i*****g 的大作中提到】
: 你完全不知道，这里面要涉及多少问题，这根本不是我们这些喘气的能做的事情
|
D*a
发帖数: 6830 | 22 是呀，你这个说法跟kauffman的想法很像，他的主要观点就是原始汤里面的偶然的几个
分子催化了其他分子，然后又有其他分子，和其他分子，这样说不定又favor了一开始
那几个分子，链式来链式去就出现了生命了。
某种生命的出现又让其他生命更容易生存，这样也是链式反应。
我才是刚知道有这么个人， 我这里说的还是主要这本书上的东西，wiki了一下他，被
称作理论生物学家，据说理论生物学家不怎么受实验生物学家待见的，呵呵。
我最近看了一些aging的theory。有一个williams，他说，当一个“senescence gene”
出现以后（他在那篇paper里混用了senescence和aging，这里是aging的意思），就
favor了其他gene的出现，这样其他的aging 的基因也就安下家了。我看这本书的时候
就不由得又想起这篇paper。
【在 s******y 的大作中提到】
: 有一个关键是，作为一个self-organizing system, 只要某几个因素达到了一个
: 阈值，就能高速的往某个方向迁移。
: 在进化史上，表现就是进化经常是跃迁的，而不是渐进的。
: 而原始的那个“生化汤”，在积累到了一定程度，当每个基本因素（复制因素，
: 催化因素）都包含了之后，就成了生物了。
|
s******y
发帖数: 28562 | 23 经典实验生物学家过于关注实验上的细节，对一些宏观上的问题关注不多。
而大部分理论生物学家都不是生物班科出身，对一些细节上的问题没有了解，
有时候提出的一些假说要么就是和细节mechanism 不符合，要么就是
类似于异想天开。所以这双方经常互相看不起。
我有时候经常想做一些连接这两个方面的工作，遗憾的是我因为数学不好，
这辈子是没有希望的了。不过我还是很关注这个领域的进展。
生物的进化在某一方面很像人类历史的进化，首先是系统本身的弹性来容忍
各种条件的改变，但是在内部和外部压力达到一定程度之后（天灾人祸，
民怨沸腾等等），往往就是因为一个偶发事情（一个内部的noise, 或者一个
在平时会被视为不是很靠谱的基因）而导致了系统的迁移。
【在 D*a 的大作中提到】
: 是呀，你这个说法跟kauffman的想法很像，他的主要观点就是原始汤里面的偶然的几个
: 分子催化了其他分子，然后又有其他分子，和其他分子，这样说不定又favor了一开始
: 那几个分子，链式来链式去就出现了生命了。
: 某种生命的出现又让其他生命更容易生存，这样也是链式反应。
: 我才是刚知道有这么个人， 我这里说的还是主要这本书上的东西，wiki了一下他，被
: 称作理论生物学家，据说理论生物学家不怎么受实验生物学家待见的，呵呵。
: 我最近看了一些aging的theory。有一个williams，他说，当一个“senescence gene”
: 出现以后（他在那篇paper里混用了senescence和aging，这里是aging的意思），就
: favor了其他gene的出现，这样其他的aging 的基因也就安下家了。我看这本书的时候
: 就不由得又想起这篇paper。
|
M*P
发帖数: 6456 | 24 建议多看uptodate的书。
的。
【在 D*a 的大作中提到】
: 最近找到的一本的书，看了之后很有想法，正好看到这个基因网络的帖子，遂来分享一
: 下。我可能入戏比较慢，前面跟生物学无关的铺垫可能长一点，希望能有人看得下去。
: 如果我说错了经济学和物理学的东西，欢迎指出来，这些知识我也只是从科普里面学的。
: 另外也是看到大家一直在讨论生物学的进步有赖于技术进步，显微镜，GWAS, etc，心
: 里想想好像确实是这样，但是又觉得不甘心。现在看到一本书讲生物学如何启发经济学
: 家，物理学家，感觉这应该就是我找的回答了吧。
: 很多人名我不熟，我也不知道他们是谁。。。
: 开头是说一个经济学家，阿瑟，他当时的环境是古典经济学完美无缺的时候，有点像十
: 九世纪的经典物理学，大家认为经济学至善至美了，修修补补就可以了。（下面这句是
: 大家熟知的高中经济课本的废话，但是为了引出生物不得不表。）当时的主要观点是市
|
t*******e
发帖数: 119 | 25 赞艳阳天的态度。知道有所不为才能有所为。马上就要成为faculty了，相信你会和其
它领域的专家讨
论过程中，会找到合作伙伴，做到优势互补。
【在 s******y 的大作中提到】
: 经典实验生物学家过于关注实验上的细节，对一些宏观上的问题关注不多。
: 而大部分理论生物学家都不是生物班科出身，对一些细节上的问题没有了解，
: 有时候提出的一些假说要么就是和细节mechanism 不符合，要么就是
: 类似于异想天开。所以这双方经常互相看不起。
: 我有时候经常想做一些连接这两个方面的工作，遗憾的是我因为数学不好，
: 这辈子是没有希望的了。不过我还是很关注这个领域的进展。
: 生物的进化在某一方面很像人类历史的进化，首先是系统本身的弹性来容忍
: 各种条件的改变，但是在内部和外部压力达到一定程度之后（天灾人祸，
: 民怨沸腾等等），往往就是因为一个偶发事情（一个内部的noise, 或者一个
: 在平时会被视为不是很靠谱的基因）而导致了系统的迁移。
|
s******y
发帖数: 28562 | 26 不要赞我，我其实对什么东西都是一知半解，这个也不知道算是优势还是劣势。
好处是我和什么人都能谈起来，坏处就是我到目前为止，做的大部分项目都
做不了特别深，因为我根本不知道那些领域里面最需要解决的是什么东西，
以及用什么方法最合适。
如果能找到合适的人合作当然是最好了。
【在 t*******e 的大作中提到】
: 赞艳阳天的态度。知道有所不为才能有所为。马上就要成为faculty了，相信你会和其
: 它领域的专家讨
: 论过程中，会找到合作伙伴，做到优势互补。
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W*******a
发帖数: 1769 | 27 您也太年轻了吧，这本书国内96还是97年就有中译本了，
的。
【在 D*a 的大作中提到】
: 最近找到的一本的书，看了之后很有想法，正好看到这个基因网络的帖子，遂来分享一
: 下。我可能入戏比较慢，前面跟生物学无关的铺垫可能长一点，希望能有人看得下去。
: 如果我说错了经济学和物理学的东西，欢迎指出来，这些知识我也只是从科普里面学的。
: 另外也是看到大家一直在讨论生物学的进步有赖于技术进步，显微镜，GWAS, etc，心
: 里想想好像确实是这样，但是又觉得不甘心。现在看到一本书讲生物学如何启发经济学
: 家，物理学家，感觉这应该就是我找的回答了吧。
: 很多人名我不熟，我也不知道他们是谁。。。
: 开头是说一个经济学家，阿瑟，他当时的环境是古典经济学完美无缺的时候，有点像十
: 九世纪的经典物理学，大家认为经济学至善至美了，修修补补就可以了。（下面这句是
: 大家熟知的高中经济课本的废话，但是为了引出生物不得不表。）当时的主要观点是市
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S**I
发帖数: 15689 | 28 三联书店出的一个系列里的，我还看过许靖华的《古海荒漠》和《大灭绝》，后面一本
里一个地质学家对进化论的歪论比较让人无语。
【在 W*******a 的大作中提到】
: 您也太年轻了吧，这本书国内96还是97年就有中译本了，
:
: 的。
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e****e
发帖数: 3450 | 29 也是１０几年前在大学时候看的
【在 d*****r 的大作中提到】
: 看到原来帖子这个日期，才发现9年已经过去了。
: 十年一觉生物梦。
: 发信人: mckinsey (千亿个星辰), 信区: LifeScience
: 标 题: 复杂-作者：米歇尔·沃尔德罗普
: 发信站: BBS 水木清华站 (Wed Jul 10 11:11:46 2002)
: 概述
: 第一章 爱尔兰理念的英雄(1)
: 第一章 爱尔兰理念的英雄(2)
: 第二章 老帅倒戈(1)
: 第二章 老帅倒戈(2)
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c*******n
发帖数: 671 | 30 说得这么复杂，不就是相变么
【在 s******y 的大作中提到】
: 经典实验生物学家过于关注实验上的细节，对一些宏观上的问题关注不多。
: 而大部分理论生物学家都不是生物班科出身，对一些细节上的问题没有了解，
: 有时候提出的一些假说要么就是和细节mechanism 不符合，要么就是
: 类似于异想天开。所以这双方经常互相看不起。
: 我有时候经常想做一些连接这两个方面的工作，遗憾的是我因为数学不好，
: 这辈子是没有希望的了。不过我还是很关注这个领域的进展。
: 生物的进化在某一方面很像人类历史的进化，首先是系统本身的弹性来容忍
: 各种条件的改变，但是在内部和外部压力达到一定程度之后（天灾人祸，
: 民怨沸腾等等），往往就是因为一个偶发事情（一个内部的noise, 或者一个
: 在平时会被视为不是很靠谱的基因）而导致了系统的迁移。
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D*****e
发帖数: 761 | 31 英文书名是什么？complexity?
的。
【在 D*a 的大作中提到】
: 最近找到的一本的书，看了之后很有想法，正好看到这个基因网络的帖子，遂来分享一
: 下。我可能入戏比较慢，前面跟生物学无关的铺垫可能长一点，希望能有人看得下去。
: 如果我说错了经济学和物理学的东西，欢迎指出来，这些知识我也只是从科普里面学的。
: 另外也是看到大家一直在讨论生物学的进步有赖于技术进步，显微镜，GWAS, etc，心
: 里想想好像确实是这样，但是又觉得不甘心。现在看到一本书讲生物学如何启发经济学
: 家，物理学家，感觉这应该就是我找的回答了吧。
: 很多人名我不熟，我也不知道他们是谁。。。
: 开头是说一个经济学家，阿瑟，他当时的环境是古典经济学完美无缺的时候，有点像十
: 九世纪的经典物理学，大家认为经济学至善至美了，修修补补就可以了。（下面这句是
: 大家熟知的高中经济课本的废话，但是为了引出生物不得不表。）当时的主要观点是市
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k***n
发帖数: 11247 | |
D*a
发帖数: 6830 | |
D*****e
发帖数: 761 | |
s******y
发帖数: 28562 | 35 有没有新一点的，综合进了近年的系统生物学进展的类似的书？
推荐一下吧
【在 D*****e 的大作中提到】
: 92年的！还讲chaos呢。。。这个题材真的有点老了。
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y***i
发帖数: 11639 | 36 呵呵，我倒是两个学位都有，我的理解是：彻底没戏。进一个死一个，进两个死一双
。理论生物学，和建模的系统生物学，除了骗子没人能生存。
【在 s******y 的大作中提到】
: 经典实验生物学家过于关注实验上的细节，对一些宏观上的问题关注不多。
: 而大部分理论生物学家都不是生物班科出身，对一些细节上的问题没有了解，
: 有时候提出的一些假说要么就是和细节mechanism 不符合，要么就是
: 类似于异想天开。所以这双方经常互相看不起。
: 我有时候经常想做一些连接这两个方面的工作，遗憾的是我因为数学不好，
: 这辈子是没有希望的了。不过我还是很关注这个领域的进展。
: 生物的进化在某一方面很像人类历史的进化，首先是系统本身的弹性来容忍
: 各种条件的改变，但是在内部和外部压力达到一定程度之后（天灾人祸，
: 民怨沸腾等等），往往就是因为一个偶发事情（一个内部的noise, 或者一个
: 在平时会被视为不是很靠谱的基因）而导致了系统的迁移。
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d*****r
发帖数: 2583 | 37 I like Uri Alon's book,
http://www.amazon.com/Introduction-Systems-Biology-Mathematical
Computational/dp/1584886420
it's already 5 years old.
【在 s******y 的大作中提到】
: 有没有新一点的，综合进了近年的系统生物学进展的类似的书？
: 推荐一下吧
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d*****r
发帖数: 2583 | 38 it's ok, you can do something else to make living, and in spare time work
on modeling part. The cost is minimal, if you really like it.
【在 y***i 的大作中提到】
: 呵呵，我倒是两个学位都有，我的理解是：彻底没戏。进一个死一个，进两个死一双
: 。理论生物学，和建模的系统生物学，除了骗子没人能生存。
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y***i
发帖数: 11639 | 39 我被系统生物学的大拿的CNS文章坑过几次。我本来是对这个很怀疑，看文章写得有
模有样的还真信了，跟了一把。编了几个月的程，分析了结果以后咬牙切齿的退出来了。
【在 d*****r 的大作中提到】
: it's ok, you can do something else to make living, and in spare time work
: on modeling part. The cost is minimal, if you really like it.
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P**l
发帖数: 3722 | 40 这书上中学时候语文老师提到过说不错，当时还想着有机会看看，转眼这么多年过去了
，早忘到一边去了 |
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s******y
发帖数: 28562 | 41 很多系统生物学的大拿，都是在没有数据的情况下，或者缺乏可以放在一起的数据的情
况下乱编东西在CNS上灌水。比方说有些不同实验系统做出来的数据他们居然也敢合在
一起用来收敛一个方程式什么的。所以我现在看到那种用不是自己试验室做出来的数据
搞什么系统生物学的文章统统直接忽略。
不过领域里还是有一些真正的牛人的，比方说谢晓亮前一阵子的报告里提到他们在单分
子水平上测量细菌里面的蛋白合成动态，我觉得非常的好，属于一些非常基础非常有意
义的工作（虽然会上好多人睡得特别香）
了。
【在 y***i 的大作中提到】
: 我被系统生物学的大拿的CNS文章坑过几次。我本来是对这个很怀疑，看文章写得有
: 模有样的还真信了，跟了一把。编了几个月的程，分析了结果以后咬牙切齿的退出来了。
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y***i
发帖数: 11639 | 42 trick不在数据上。建模型的时候可以动手脚的地方太多了。他参数，方法差一点，结
果可以完全不同。然后找个和实验相符合的模型，写文章的时候说我建立了模型，然后
“被实验验证”。这种东西，再认真的reviewer，再内行都看不出来，除非是象我一样
花时间跟着做一遍。投这种东西，简直是在比谁更没良心。
这种乱七八糟太多了。都是垃圾，不用看。谢晓亮不是系统生物学，是bench work上
的数据，不一样。
【在 s******y 的大作中提到】
: 很多系统生物学的大拿，都是在没有数据的情况下，或者缺乏可以放在一起的数据的情
: 况下乱编东西在CNS上灌水。比方说有些不同实验系统做出来的数据他们居然也敢合在
: 一起用来收敛一个方程式什么的。所以我现在看到那种用不是自己试验室做出来的数据
: 搞什么系统生物学的文章统统直接忽略。
: 不过领域里还是有一些真正的牛人的，比方说谢晓亮前一阵子的报告里提到他们在单分
: 子水平上测量细菌里面的蛋白合成动态，我觉得非常的好，属于一些非常基础非常有意
: 义的工作（虽然会上好多人睡得特别香）
:
: 了。
|
s******y
发帖数: 28562 | 43 天哪。。。
纯建模的人看来是骗子居多
【在 y***i 的大作中提到】
: trick不在数据上。建模型的时候可以动手脚的地方太多了。他参数，方法差一点，结
: 果可以完全不同。然后找个和实验相符合的模型，写文章的时候说我建立了模型，然后
: “被实验验证”。这种东西，再认真的reviewer，再内行都看不出来，除非是象我一样
: 花时间跟着做一遍。投这种东西，简直是在比谁更没良心。
: 这种乱七八糟太多了。都是垃圾，不用看。谢晓亮不是系统生物学，是bench work上
: 的数据，不一样。
|
D*a
发帖数: 6830 | 44 这本书老么，我不懂chaos呀
话说回来，进化论发表了也有些年头了。。。 |
c********i
发帖数: 1489 | 45 我记得有个概念“临界质量” critical mass,
用于智能领域，讲的是个体聚集的总和怎样有着智能上的质的变化。
大概是用于蚂蚁，细胞，网络，诸此之类的。
Self-organizing, 不仅仅是生物，好像很多纳米小球和表面化学的东西也有这种现象
，那个叫Self-assembly.
听起来好像是，系统上Entropy减小，有序度增加了，“自发产生”的有序度，等等。 |
D*a
发帖数: 6830 | 46 我觉得建模是挺好玩的，可惜大家都不把条件说清楚，就忽悠说我建了个nb模型啥都能
干，这就很讨厌了。
【在 s******y 的大作中提到】
: 天哪。。。
: 纯建模的人看来是骗子居多
|
c********r
发帖数: 1125 | 47
比较讽刺得是大家都宣称自己的算法／模拟／公式比前人都合理。。但是同一个问题会
出现无数文章。。。欺负我们做生物
的不懂你的算法啊。。
所以我还是相信算法／模拟＋实验数据的文章，尤其是可以去利用公式计算去在实验重
perturb生物过程的文章，至少我看
到你说得“背景”，“噪声”或者“模式”真实出现了。。。
相比下那些处理海量数据的比较基因组，把几百个蛋白用不同颜色的圈圈和线条连接起
来的或者看个生物过程就妄想写个公
式搞定其本质的的。。我觉得还是synthetic biology比较对我的胃口。
【在 D*a 的大作中提到】
: 我觉得建模是挺好玩的，可惜大家都不把条件说清楚，就忽悠说我建了个nb模型啥都能
: 干，这就很讨厌了。
|
d*****r
发帖数: 2583 | 48 Let me speak for the modelers.
The modeler's problem is, bench data are far from enough to make
meaningful models. Most of the time, the data-generating process
require so much more labor than simulation on computers. And modelers
often require strict time points, strict location points, strict dose
points, to fit into differential equations or machine learning models.
With the current imaging or chemical tools, it's almost impossible.
That's why they have to make too many compromises, like fitting a curve
with only 3 data points. Of course this will generate crap models.
That's why technology people like Zhuang Xiaowei, Sunny Xie, Roger Tsien
etc will have much more edge now.
The point is, it's still TOO EARLY to seriously think of modeling in
BIology. Just wait for people like Feng Zhang to work out the
engineering and chemistry to make high speed data-generating machine
first.
At the meantime, modelers should just jump to other fields like
financial markets or social networks where there are enough data to play
with (Well, I guess you may need to be the core team in Facebook to play
with social network data...).
了。
【在 y***i 的大作中提到】
: trick不在数据上。建模型的时候可以动手脚的地方太多了。他参数，方法差一点，结
: 果可以完全不同。然后找个和实验相符合的模型，写文章的时候说我建立了模型，然后
: “被实验验证”。这种东西，再认真的reviewer，再内行都看不出来，除非是象我一样
: 花时间跟着做一遍。投这种东西，简直是在比谁更没良心。
: 这种乱七八糟太多了。都是垃圾，不用看。谢晓亮不是系统生物学，是bench work上
: 的数据，不一样。
|
k*****1
发帖数: 454 | 49
还有一个原因，就是 生物本身的数据就不可信，基于生物数据的模型又如何可信？
比如说测一个离子通道的kinetics，每一篇文章都是一套参数，你要我去信哪个？
【在 d*****r 的大作中提到】
: Let me speak for the modelers.
: The modeler's problem is, bench data are far from enough to make
: meaningful models. Most of the time, the data-generating process
: require so much more labor than simulation on computers. And modelers
: often require strict time points, strict location points, strict dose
: points, to fit into differential equations or machine learning models.
: With the current imaging or chemical tools, it's almost impossible.
: That's why they have to make too many compromises, like fitting a curve
: with only 3 data points. Of course this will generate crap models.
: That's why technology people like Zhuang Xiaowei, Sunny Xie, Roger Tsien
|
d*****r
发帖数: 2583 | 50 It's exactly because people saw the problems in systems biology that
synthetic biology came out hot. So the rise and fall of systems biology
did contribute to the consensus of the importance of synthetic biology.
Sometimes science take time to progress. It's not rare that the whole
world may take 10 years to figure out the right direction to proceed. But
our own lives maybe too short to sacrifice.
【在 c********r 的大作中提到】
:
: 比较讽刺得是大家都宣称自己的算法／模拟／公式比前人都合理。。但是同一个问题会
: 出现无数文章。。。欺负我们做生物
: 的不懂你的算法啊。。
: 所以我还是相信算法／模拟＋实验数据的文章，尤其是可以去利用公式计算去在实验重
: perturb生物过程的文章，至少我看
: 到你说得“背景”，“噪声”或者“模式”真实出现了。。。
: 相比下那些处理海量数据的比较基因组，把几百个蛋白用不同颜色的圈圈和线条连接起
: 来的或者看个生物过程就妄想写个公
: 式搞定其本质的的。。我觉得还是synthetic biology比较对我的胃口。
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d*****r
发帖数: 2583 | 51 it's still the same problem, we don't have enough trustworthy data, far
from enough, far far far... far from enough.
SO why not just do something else for now.
【在 k*****1 的大作中提到】
:
: 还有一个原因，就是 生物本身的数据就不可信，基于生物数据的模型又如何可信？
: 比如说测一个离子通道的kinetics，每一篇文章都是一套参数，你要我去信哪个？
|
d*****r
发帖数: 2583 | 52 ye, there're three levels of problems here:
1. lack of data points to fit a curve.
2. limit of current models, like you said, high-dimension curse, and
something like NP-hard. Is statistic (machine learning) models better
or PDE (kinetical, finite elements, etc) models better?
3. Is current mathematical tools enough?
we are already stuck in level 1, so don't even need to think of level 2,
or 3. So just 洗洗睡吧.
统计背景，但
是每
不够，任何统
计结
能表现出一
维空
1000个...
就是说
分布。
【在 k*****1 的大作中提到】
:
: 还有一个原因，就是 生物本身的数据就不可信，基于生物数据的模型又如何可信？
: 比如说测一个离子通道的kinetics，每一篇文章都是一套参数，你要我去信哪个？
|
k*****1
发帖数: 454 | 53
刚刚把回帖都删掉了，web 下的格式真是把我快逼疯了。
重新贴一下
======================================================================
关于数据质量，其实我觉得不仅仅是实验手段的问题，还有一个方法学的问题。
有一个很奇特的现象，就是做生物实验的特别喜欢用各种统计方法去分析数据。我有统
计背景，但是每次看生物文章都觉得特别摇头。统计方法最重要的是哪个因素？样本数量。
数量不够，任何统计结果都没有意思。
这里还有有一个重要的概念，叫做 curse of dimensionality. 简单来说，一个系统的
复杂度（变量数目）越高， 对数据量的要求就越大。比如说，假设 用10个sample就能
表现出一维空间（单变量）的统计分布规律，那么对于二维空间，就需要100个sample，
三维就是1000个... 就是说如果你研究的系统变量越多，你就需要产生几何级数的增长
数据来描绘出完整的统计分布。这就是为什么工程学上的统计模型都是以海量数据为前提。
生物的文章经常喜欢一篇文章研究好几个问题，或者假设某种现象是有好几种因素合成
的，如果真的满足统计规律的话，每篇文章都需要成白上千的数据来支持。
【在 d*****r 的大作中提到】
: ye, there're three levels of problems here:
: 1. lack of data points to fit a curve.
: 2. limit of current models, like you said, high-dimension curse, and
: something like NP-hard. Is statistic (machine learning) models better
: or PDE (kinetical, finite elements, etc) models better?
: 3. Is current mathematical tools enough?
: we are already stuck in level 1, so don't even need to think of level 2,
: or 3. So just 洗洗睡吧.
:
: 统计背景，但
|
d*****r
发帖数: 2583 | 54 man, the reason is very simple:
1. every lab needs to get money to survive.
2. to get money you need high profile papers.
3. to get high profile papers you need solve big problems
4. most people most of the time cannot solve big problems, to keep
publishing CNS, they have to over-state their findings and data
5. if everyone else in the field over-state their findings and data,
then you have to overstate too, unless 1), you are big enough you don't
care, or 2), you want to be wiped out of this field
6. finally all big papers looks similar in the field, which is what you
complain about.
【在 k*****1 的大作中提到】
:
: 刚刚把回帖都删掉了，web 下的格式真是把我快逼疯了。
: 重新贴一下
: ======================================================================
: 关于数据质量，其实我觉得不仅仅是实验手段的问题，还有一个方法学的问题。
: 有一个很奇特的现象，就是做生物实验的特别喜欢用各种统计方法去分析数据。我有统
: 计背景，但是每次看生物文章都觉得特别摇头。统计方法最重要的是哪个因素？样本数量。
: 数量不够，任何统计结果都没有意思。
: 这里还有有一个重要的概念，叫做 curse of dimensionality. 简单来说，一个系统的
: 复杂度（变量数目）越高， 对数据量的要求就越大。比如说，假设 用10个sample就能
|
z*******a
发帖数: 175 | 55 aglee
【在 y***i 的大作中提到】
: trick不在数据上。建模型的时候可以动手脚的地方太多了。他参数，方法差一点，结
: 果可以完全不同。然后找个和实验相符合的模型，写文章的时候说我建立了模型，然后
: “被实验验证”。这种东西，再认真的reviewer，再内行都看不出来，除非是象我一样
: 花时间跟着做一遍。投这种东西，简直是在比谁更没良心。
: 这种乱七八糟太多了。都是垃圾，不用看。谢晓亮不是系统生物学，是bench work上
: 的数据，不一样。
|
M*P
发帖数: 6456 | 56 工程上用的那套数学工具需要非常精准的数据。但是生物不需要精准的参数就能生存。
所以我倾向于认为生物所需要的数学和基于微分方程的数学不一样
【在 d*****r 的大作中提到】
: it's still the same problem, we don't have enough trustworthy data, far
: from enough, far far far... far from enough.
: SO why not just do something else for now.
|
k****o
发帖数: 589 | 57
那么正确的研究思路是否应该是先用实验确定参数，然后再建模搞fitting？
【在 y***i 的大作中提到】
: trick不在数据上。建模型的时候可以动手脚的地方太多了。他参数，方法差一点，结
: 果可以完全不同。然后找个和实验相符合的模型，写文章的时候说我建立了模型，然后
: “被实验验证”。这种东西，再认真的reviewer，再内行都看不出来，除非是象我一样
: 花时间跟着做一遍。投这种东西，简直是在比谁更没良心。
: 这种乱七八糟太多了。都是垃圾，不用看。谢晓亮不是系统生物学，是bench work上
: 的数据，不一样。
|
k****o
发帖数: 589 | 58 记得刚接触系统生物那会儿特别兴奋，不过文章一篇篇读下来发现确实有点还没学会走
路就想跑步的味道。
同意demoner说的，技术手段是瓶颈。没有精确的动力学数据，什么都免谈。 |
a******e
发帖数: 7 | 59 非常同意yuuli。想想那些所谓的大拿刚开始强调模型的力量倒也不算过分，但是他们
发现审稿人或编辑非常享受他们这种模型+试验（实际上绝大多数是模型硬凑到试验结
果）的模式后，就上瘾了！最典型的例子就是BU的James Collins。
了。
【在 y***i 的大作中提到】
: trick不在数据上。建模型的时候可以动手脚的地方太多了。他参数，方法差一点，结
: 果可以完全不同。然后找个和实验相符合的模型，写文章的时候说我建立了模型，然后
: “被实验验证”。这种东西，再认真的reviewer，再内行都看不出来，除非是象我一样
: 花时间跟着做一遍。投这种东西，简直是在比谁更没良心。
: 这种乱七八糟太多了。都是垃圾，不用看。谢晓亮不是系统生物学，是bench work上
: 的数据，不一样。
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n******7
发帖数: 12463 | 60 确实。包括数据的pre-processing，在“合理”范围内用不同的方法和参数，最后结果
可以长的很不一样。很多东西就是看结果来选参数方法了。
【在 y***i 的大作中提到】
: trick不在数据上。建模型的时候可以动手脚的地方太多了。他参数，方法差一点，结
: 果可以完全不同。然后找个和实验相符合的模型，写文章的时候说我建立了模型，然后
: “被实验验证”。这种东西，再认真的reviewer，再内行都看不出来，除非是象我一样
: 花时间跟着做一遍。投这种东西，简直是在比谁更没良心。
: 这种乱七八糟太多了。都是垃圾，不用看。谢晓亮不是系统生物学，是bench work上
: 的数据，不一样。
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C*******I
发帖数: 151 | 61 还好，才浪费几个月。你要是浪费个几年，会不会是咬牙切齿地把做得玩意儿打包发表
作个交代？然后又有一个后来者会花几个月或几年的时间编程......甚至还发文章印证
这些的结果呢:-)
了。
【在 y***i 的大作中提到】
: trick不在数据上。建模型的时候可以动手脚的地方太多了。他参数，方法差一点，结
: 果可以完全不同。然后找个和实验相符合的模型，写文章的时候说我建立了模型，然后
: “被实验验证”。这种东西，再认真的reviewer，再内行都看不出来，除非是象我一样
: 花时间跟着做一遍。投这种东西，简直是在比谁更没良心。
: 这种乱七八糟太多了。都是垃圾，不用看。谢晓亮不是系统生物学，是bench work上
: 的数据，不一样。
|
B******o
发帖数: 496 | 62 俺支持你，呵呵。好多这类的CNS paper原始数据分析出来根本和文中的不一样
就是些骗子，当然，说不定真有啥稀有的人是实实在在的
了。
【在 y***i 的大作中提到】
: trick不在数据上。建模型的时候可以动手脚的地方太多了。他参数，方法差一点，结
: 果可以完全不同。然后找个和实验相符合的模型，写文章的时候说我建立了模型，然后
: “被实验验证”。这种东西，再认真的reviewer，再内行都看不出来，除非是象我一样
: 花时间跟着做一遍。投这种东西，简直是在比谁更没良心。
: 这种乱七八糟太多了。都是垃圾，不用看。谢晓亮不是系统生物学，是bench work上
: 的数据，不一样。
|
I*******6
发帖数: 361 | |
f********n
发帖数: 6465 | 64 你不是说自己闭关的呢？怎么又爬出来了？
【在 s******y 的大作中提到】
: 你低估了现代系统生物学的发展速度了。
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u**********d
发帖数: 573 | 65 呵呵，感觉是从一个极端跳向了另一个极端
【在 i*****g 的大作中提到】
: 那是我们这个时代的 ‘人工智能’，如果连一个单细胞都摸不清楚的时代，却去想搞
: 清楚脑的作用，那是YY
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l**********1
发帖数: 5204 | 66 东西双雄 Uri Alon & Wendel Lim 进两个死一双?!
so what are below UCSF and Harvard this Feb report?
almost contents of it are trash?
//synberc.org/sites/default/files/vol2%202012-02-23.pdf
//synberc.org/sites/default/files/vol1_2012-02-24.pdf
Uri Alon:
HTTPS://dev.sysbio.med.harvard.edu/faculty/alon/index.html
Wendel Lim:
//limlab.ucsf.edu/people/wendell.html
【在 y***i 的大作中提到】
: trick不在数据上。建模型的时候可以动手脚的地方太多了。他参数，方法差一点，结
: 果可以完全不同。然后找个和实验相符合的模型，写文章的时候说我建立了模型，然后
: “被实验验证”。这种东西，再认真的reviewer，再内行都看不出来，除非是象我一样
: 花时间跟着做一遍。投这种东西，简直是在比谁更没良心。
: 这种乱七八糟太多了。都是垃圾，不用看。谢晓亮不是系统生物学，是bench work上
: 的数据，不一样。
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l**********1
发帖数: 5204 | 67 both may be similar:
I mean single cell and Mouse/Rat/Homo sapiens
if with RNA-Seq 10^g data by Illumina NGS or even ION platform:
98% Junk Homo sapiens Genomic sequence might hold similar biological functions
with dinoflagellate those Junk genomic sequence.
please refer one 2009 PhD Dissertation from KATHOLIEKE UNIVERSITEIT LEUVEN
FTP://ftp.esat.kuleuven.be/pub/sista/vdbulcke/reports/PhD_thesis_
TimVandenBulcke.pdf
file size: 15.6 MB
and
//www.affymetrix.com/support/technical/index.affx
【在 u**********d 的大作中提到】
: 呵呵，感觉是从一个极端跳向了另一个极端
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l**********1
发帖数: 5204 | 68 Please refer 3 papers:
No. 1
Age, sex, density, winter weather, and population crashes in Soay sheep.
(2001)
Science 292:1528-1531.
PubMed link:
//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/11375487
and full text link:
//eaton.math.rpi.edu/CSUMS/Papers/Ecostability/coulsonweathersheep.pdf
No2.
//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/15451687
No.3
//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/12948681
plus one 2009 book from @Springer
"Real World Ecology”
ShiLi Miao et al. Editors
//www.crc.uqam.ca/Publication/Real%20World%20Ecology.pdf
file size: about 6.9 MB
it noted Climate Noise may drive ecological chaotic pattern shifting within evolutionary ecology.
【在 D*a 的大作中提到】
: 这本书老么，我不懂chaos呀
: 话说回来，进化论发表了也有些年头了。。。
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f**********e
发帖数: 1994 | 69 這本書很老了，和 Chaos 這本書是一個時代的。這兩本書看了都會很有想法，感覺恍
然大悟，但是十幾年過去了，複雜系統的想法並沒有具體解決什麼事，提供什麼洞見。
我個人認為那本書裡的想法基本都快要死了，或是已經死了。裡面的 Stuart kaufmann
的老闆是我 LD 的博導。
的。
【在 D*a 的大作中提到】
: 最近找到的一本的书，看了之后很有想法，正好看到这个基因网络的帖子，遂来分享一
: 下。我可能入戏比较慢，前面跟生物学无关的铺垫可能长一点，希望能有人看得下去。
: 如果我说错了经济学和物理学的东西，欢迎指出来，这些知识我也只是从科普里面学的。
: 另外也是看到大家一直在讨论生物学的进步有赖于技术进步，显微镜，GWAS, etc，心
: 里想想好像确实是这样，但是又觉得不甘心。现在看到一本书讲生物学如何启发经济学
: 家，物理学家，感觉这应该就是我找的回答了吧。
: 很多人名我不熟，我也不知道他们是谁。。。
: 开头是说一个经济学家，阿瑟，他当时的环境是古典经济学完美无缺的时候，有点像十
: 九世纪的经典物理学，大家认为经济学至善至美了，修修补补就可以了。（下面这句是
: 大家熟知的高中经济课本的废话，但是为了引出生物不得不表。）当时的主要观点是市
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d*****r
发帖数: 2583 | 70 有同感。
我觉得主要问题还是现有的数学方法不够：
1. 基本上可以认为所有稍微复杂一点点地PDE/SDE都没有解析解，这个意味着我们可能
永远无法预测复杂系统的规律，除非我们发明能够取代微分方程的数学。
2. 这十几年来计算机的飞速发展让我们可以simulate一些复杂系统，但是一旦涉及到
自然系统，变量太多，稍微复杂一点的东西就无法simulate，计算机的速度又受量子极
限限制。
3. 某些过程是否可以用现有的数学模拟，本身就是一个根本问题，一些生物系统，人
的行为，这个涉及到所有的social network, trading systems.
4. 现在研究复杂的系统，基本上还是统计方法，离爱因斯坦的理想还差很远，他不相
信随机是最根本的东西。但是即使是用现有的随机分析方法，面对自然的复杂系统，还
是太原始，PDE都解决不了，更不用谈SDE.
kaufmann
【在 f**********e 的大作中提到】
: 這本書很老了，和 Chaos 這本書是一個時代的。這兩本書看了都會很有想法，感覺恍
: 然大悟，但是十幾年過去了，複雜系統的想法並沒有具體解決什麼事，提供什麼洞見。
: 我個人認為那本書裡的想法基本都快要死了，或是已經死了。裡面的 Stuart kaufmann
: 的老闆是我 LD 的博導。
:
: 的。
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M*P
发帖数: 6456 | 71 理论的话，够用就成了。理论预测再复杂，你无法测到数据也是白搭。
【在 d*****r 的大作中提到】
: 有同感。
: 我觉得主要问题还是现有的数学方法不够：
: 1. 基本上可以认为所有稍微复杂一点点地PDE/SDE都没有解析解，这个意味着我们可能
: 永远无法预测复杂系统的规律，除非我们发明能够取代微分方程的数学。
: 2. 这十几年来计算机的飞速发展让我们可以simulate一些复杂系统，但是一旦涉及到
: 自然系统，变量太多，稍微复杂一点的东西就无法simulate，计算机的速度又受量子极
: 限限制。
: 3. 某些过程是否可以用现有的数学模拟，本身就是一个根本问题，一些生物系统，人
: 的行为，这个涉及到所有的social network, trading systems.
: 4. 现在研究复杂的系统，基本上还是统计方法，离爱因斯坦的理想还差很远，他不相
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y**********n
发帖数: 478 | |
b******s
发帖数: 1089 | 73 时间过得好快，这贴都发表一周年了。
希望生物版能多一些这样的帖子，少一些戾气贴。
的。
【在 D*a 的大作中提到】
: 最近找到的一本的书，看了之后很有想法，正好看到这个基因网络的帖子，遂来分享一
: 下。我可能入戏比较慢，前面跟生物学无关的铺垫可能长一点，希望能有人看得下去。
: 如果我说错了经济学和物理学的东西，欢迎指出来，这些知识我也只是从科普里面学的。
: 另外也是看到大家一直在讨论生物学的进步有赖于技术进步，显微镜，GWAS, etc，心
: 里想想好像确实是这样，但是又觉得不甘心。现在看到一本书讲生物学如何启发经济学
: 家，物理学家，感觉这应该就是我找的回答了吧。
: 很多人名我不熟，我也不知道他们是谁。。。
: 开头是说一个经济学家，阿瑟，他当时的环境是古典经济学完美无缺的时候，有点像十
: 九世纪的经典物理学，大家认为经济学至善至美了，修修补补就可以了。（下面这句是
: 大家熟知的高中经济课本的废话，但是为了引出生物不得不表。）当时的主要观点是市
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n*********b
发帖数: 140 | 74 二十多年前他就在宾大讲Chaos, the Edge of Chaos. 那可是one gene one protein
的年代。还出一本小册子，很抽象，不能指导但总是可以解释新发现。
的。
【在 D*a 的大作中提到】
: 最近找到的一本的书，看了之后很有想法，正好看到这个基因网络的帖子，遂来分享一
: 下。我可能入戏比较慢，前面跟生物学无关的铺垫可能长一点，希望能有人看得下去。
: 如果我说错了经济学和物理学的东西，欢迎指出来，这些知识我也只是从科普里面学的。
: 另外也是看到大家一直在讨论生物学的进步有赖于技术进步，显微镜，GWAS, etc，心
: 里想想好像确实是这样，但是又觉得不甘心。现在看到一本书讲生物学如何启发经济学
: 家，物理学家，感觉这应该就是我找的回答了吧。
: 很多人名我不熟，我也不知道他们是谁。。。
: 开头是说一个经济学家，阿瑟，他当时的环境是古典经济学完美无缺的时候，有点像十
: 九世纪的经典物理学，大家认为经济学至善至美了，修修补补就可以了。（下面这句是
: 大家熟知的高中经济课本的废话，但是为了引出生物不得不表。）当时的主要观点是市
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n******7
发帖数: 12463 | 75 哪里有真实数据？
估计怎么定义真实都不好办
【在 y**********n 的大作中提到】
: 基于真实数据的建模才是王道
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d*****r
发帖数: 2583 | 76 可是老的水木清华bbs已经被和谐了...我的id早没了。 |
d*****r
发帖数: 2583 | 77 其实这个关于《复杂》的故事还有另一本书，最早这几个在桑塔菲搞混沌系统的人，
他们一开始就想要利用混沌系统的研究搞金融交易，他们早在1991年的时候就创办了
一个公司叫Prediction Company，做automatic trading system，当年效仿著名的
LTCM(Long Term Capital Investment)希望用数学在金融市场套利，但是LTCM挂了，
Prediction Company还在，被瑞士银行(UBS)收购，成为瑞银系统的一部分，但是
公司地点还是在桑塔菲，公司的领导层还是当年那几个搞复杂系统的科学家。
他们是最早用算法搞高频交易的公司之一，只不过那些混沌理论能不能在华尔街
赚到钱就只有天知道了。
有一本书写这个事情，Google Books上面有节选：
http://books.google.com/books/about/The_Predictors.html?id=MQ-x
The Predictors
How a band of maverick physicists used chaos theory to trade their way to
fortune on Wall Street.
How could a couple of rumpled physicists in sandals and Eat the Rich T-
shirts, piling computers into an adobe house in Santa Fe, hope to take on
the Masters of the Universe from Goldman Sachs? Doyne Farmer and Norman
Packard may never have read The Wall Street Journal, but they happen to be
among the founders of the new sciences of chaos and complexity. Who better
to try to find order in the apparently unreasoned chaos of the global
financial markets? Thomas Bass first made readers aware of Farmer and
Packard in The Eudaemonic Pie, in which he chronicled their assault on the
casinos of Las Vegas. Here, Bass takes us inside their start-up company, at
first a motley collection of long-haired Ph.D.s, nervously testing their
computer forecasting models. As confidence builds, Farmer and Packard make
their way to the centers of financial power, where they find investors and
ultimately go live with real money. Once they are off and running, The
Predictors becomes a dizzying, often hilarious tale of genius and greed,
power brokers and rebels, as well as a brisk education in chaos, complexity,
and the world financial markets.
的。
【在 D*a 的大作中提到】
: 最近找到的一本的书，看了之后很有想法，正好看到这个基因网络的帖子，遂来分享一
: 下。我可能入戏比较慢，前面跟生物学无关的铺垫可能长一点，希望能有人看得下去。
: 如果我说错了经济学和物理学的东西，欢迎指出来，这些知识我也只是从科普里面学的。
: 另外也是看到大家一直在讨论生物学的进步有赖于技术进步，显微镜，GWAS, etc，心
: 里想想好像确实是这样，但是又觉得不甘心。现在看到一本书讲生物学如何启发经济学
: 家，物理学家，感觉这应该就是我找的回答了吧。
: 很多人名我不熟，我也不知道他们是谁。。。
: 开头是说一个经济学家，阿瑟，他当时的环境是古典经济学完美无缺的时候，有点像十
: 九世纪的经典物理学，大家认为经济学至善至美了，修修补补就可以了。（下面这句是
: 大家熟知的高中经济课本的废话，但是为了引出生物不得不表。）当时的主要观点是市
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D*a
发帖数: 6830 | 78 其实我到现在还木有看完这本书，哪天有时间把坑填了。。。。。。 |
t*****6
发帖数: 75 | 79 谁能科普下复杂这个领域的大牛和现在的分支以及应用？ |
h**********8
发帖数: 650 | 80 多谢分享， mark一下， 尽管有些东西不是一下消化的了
的。
【在 D*a 的大作中提到】
: 最近找到的一本的书，看了之后很有想法，正好看到这个基因网络的帖子，遂来分享一
: 下。我可能入戏比较慢，前面跟生物学无关的铺垫可能长一点，希望能有人看得下去。
: 如果我说错了经济学和物理学的东西，欢迎指出来，这些知识我也只是从科普里面学的。
: 另外也是看到大家一直在讨论生物学的进步有赖于技术进步，显微镜，GWAS, etc，心
: 里想想好像确实是这样，但是又觉得不甘心。现在看到一本书讲生物学如何启发经济学
: 家，物理学家，感觉这应该就是我找的回答了吧。
: 很多人名我不熟，我也不知道他们是谁。。。
: 开头是说一个经济学家，阿瑟，他当时的环境是古典经济学完美无缺的时候，有点像十
: 九世纪的经典物理学，大家认为经济学至善至美了，修修补补就可以了。（下面这句是
: 大家熟知的高中经济课本的废话，但是为了引出生物不得不表。）当时的主要观点是市
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