h********n
发帖数: 4079 | 1 我们有个KO老鼠, 把一个gene的exon 5 切掉, 引起frame shift(exon 6开始不远的地
方出现stop codon), 结果homozygous KO胚胎致死; 而同样这个gene, 把exon 4切掉
引起frame shift(exon 5开始不远的地方出现stop codon), homozygous KO胚胎一点问
题都没有, 老鼠长得很好.
各位觉得会是啥问题呢?
谢谢 |
y******8
发帖数: 1764 | 2 which is the first coding exon? Is there any conserved domain before exon 6
or 5? |
D*a
发帖数: 6830 | |
o**i
发帖数: 1165 | 4 最简单的解释是
有gene的alternative的splice form 里面没有exon4 功能照常
或者你们的exon4的那个construct设计错了
【在 h********n 的大作中提到】
: 我们有个KO老鼠, 把一个gene的exon 5 切掉, 引起frame shift(exon 6开始不远的地
: 方出现stop codon), 结果homozygous KO胚胎致死; 而同样这个gene, 把exon 4切掉
: 引起frame shift(exon 5开始不远的地方出现stop codon), homozygous KO胚胎一点问
: 题都没有, 老鼠长得很好.
: 各位觉得会是啥问题呢?
: 谢谢
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h********n
发帖数: 4079 | 5 exon 4 deletion应该没错, 两个实验室验证了.
alternatice splice, 怎么验证?
【在 o**i 的大作中提到】
: 最简单的解释是
: 有gene的alternative的splice form 里面没有exon4 功能照常
: 或者你们的exon4的那个construct设计错了
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n**8
发帖数: 221 | |
m*p
发帖数: 226 | 7 Dominant negative isoform from the fist KO? |
Z**********g
发帖数: 222 | 8 可能是该基因通过alternatice splice产生至少两种mRAN,一种mRNA包含exon4,其编码
蛋白不是发育必需;另一种mRNA包含exon5,其编码蛋白为胚胎发育必需.所以确认一下该
基因可能的alternatice splice. |
m***o
发帖数: 272 | 9 做没做western Blot看看到底蛋白表达还有没有，这两种不同knockout的的老鼠之间仔
细比较有没有多出来什么条带。 |
s******r
发帖数: 2876 | 10 不如先RT，western看看还有没有转录和表达。
exon 4 deletion应该没错, 两个实验室验证了.
alternatice splice, 怎么验证?
【在 h********n 的大作中提到】
: exon 4 deletion应该没错, 两个实验室验证了.
: alternatice splice, 怎么验证?
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D****g
发帖数: 275 | 11 与下游的gene远不远，会不会切掉EXON5同时把下游的gene的promoter切掉了？
【在 h********n 的大作中提到】
: 我们有个KO老鼠, 把一个gene的exon 5 切掉, 引起frame shift(exon 6开始不远的地
: 方出现stop codon), 结果homozygous KO胚胎致死; 而同样这个gene, 把exon 4切掉
: 引起frame shift(exon 5开始不远的地方出现stop codon), homozygous KO胚胎一点问
: 题都没有, 老鼠长得很好.
: 各位觉得会是啥问题呢?
: 谢谢
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h********n
发帖数: 4079 | 12 没有能识别exon 1-3的抗体.
【在 m***o 的大作中提到】
: 做没做western Blot看看到底蛋白表达还有没有，这两种不同knockout的的老鼠之间仔
: 细比较有没有多出来什么条带。
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h********n
发帖数: 4079 | 13 恩, 我准备做RT看看含有exon 1-3的mRNA 是否存在.
【在 s******r 的大作中提到】
: 不如先RT，western看看还有没有转录和表达。
:
: exon 4 deletion应该没错, 两个实验室验证了.
: alternatice splice, 怎么验证?
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h********n
发帖数: 4079 | 14 怎么确认可能的alternative splicing? RT-PCR以后测序吗?
【在 Z**********g 的大作中提到】
: 可能是该基因通过alternatice splice产生至少两种mRAN,一种mRNA包含exon4,其编码
: 蛋白不是发育必需;另一种mRNA包含exon5,其编码蛋白为胚胎发育必需.所以确认一下该
: 基因可能的alternatice splice.
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y******8
发帖数: 1764 | 15 Have you tried to get the hets of Del E4/Del E5? |
y******8
发帖数: 1764 | 16 If P32 is not a problem, Northern should be better.
【在 h********n 的大作中提到】
: 怎么确认可能的alternative splicing? RT-PCR以后测序吗?
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s******y
发帖数: 28562 | 17 对，RT 之后测个序
【在 s******r 的大作中提到】
: 不如先RT，western看看还有没有转录和表达。
:
: exon 4 deletion应该没错, 两个实验室验证了.
: alternatice splice, 怎么验证?
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i*****n
发帖数: 53 | 18 做RT-PCR ? 看产物有多少个？ 5‘ RACE， 看transcription 起点？ |
h********n
发帖数: 4079 | 19 yes, it is viable.
【在 y******8 的大作中提到】
: Have you tried to get the hets of Del E4/Del E5?
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h********n
发帖数: 4079 | 20 P32 is not problem, 娃已经两岁多了.....
【在 y******8 的大作中提到】
: If P32 is not a problem, Northern should be better.
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y******8
发帖数: 1764 | 21 Then, dominant negative form is less likely.
Northern or RTPCR-sequencing should work.
【在 h********n 的大作中提到】
: yes, it is viable.
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h********n
发帖数: 4079 | 22 thank you.
【在 y******8 的大作中提到】
: Then, dominant negative form is less likely.
: Northern or RTPCR-sequencing should work.
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i*****g
发帖数: 11893 | 23 我第一反应也是alternative splicing and exon6 required
RT-sequencing.
问题是，如果这种isoform只是发育某个阶段表达，说不定简单RT 找不到
还有个解释是，exon5 对应的domain是毒性的，平时是masked,,, 下面不用我多说了 |
