s****p
发帖数: 1087 | 1 你们经常浏览science和nature杂志不？
现在突然喜欢起读里面的文章。 |
n***w
发帖数: 2405 | 2 I set them as the top sites in my web browser. |
c*********r
发帖数: 1312 | 3 我是用自己的钱订了Nature，有空瞄几眼感兴趣的。
现在大多数杂志都可以订阅email alert，会把每期的目录摘要什么的发到邮箱，有感
兴趣的同学们可以把相关领域的杂志订阅了，keep updated。有好文章刚出来还可以发
给老板show off一下，增加老板对你的好感和信任感，当然如果老板吃这招的话。^_^ |
c*********r
发帖数: 1312 | 4 你竟然比我还快，呵呵。^_^
【在 n***w 的大作中提到】
: I set them as the top sites in my web browser.
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n***w
发帖数: 2405 | 5 I subscribe science by having the AAAS student membership.
You can sign up for F1000 so you can receive your interested sections.
And you can set up reminder from PubMed to keep updated.
There are just too many papers coming out daily... :-/
我最喜欢cell，因为颜色好看，看着舒服～
【在 c*********r 的大作中提到】
: 我是用自己的钱订了Nature，有空瞄几眼感兴趣的。
: 现在大多数杂志都可以订阅email alert，会把每期的目录摘要什么的发到邮箱，有感
: 兴趣的同学们可以把相关领域的杂志订阅了，keep updated。有好文章刚出来还可以发
: 给老板show off一下，增加老板对你的好感和信任感，当然如果老板吃这招的话。^_^
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c*********r
发帖数: 1312 | 6 我也喜欢cell纸版，无意中搞到一个免费的，Cell Press的似乎都看着很舒服；AAAS是
系里给的membership，最大好处就是看提前发表的文章。F1000和PubMed订阅没试过，
以后试试。我喜欢用ISI里的citation track，每周更新一次新引用你感兴趣的文章，
稍有滞后，数量不会太多，还能看得过来。^_^
【在 n***w 的大作中提到】
: I subscribe science by having the AAAS student membership.
: You can sign up for F1000 so you can receive your interested sections.
: And you can set up reminder from PubMed to keep updated.
: There are just too many papers coming out daily... :-/
: 我最喜欢cell，因为颜色好看，看着舒服～
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n***w
发帖数: 2405 | 7 我只能去系里看纸质的。。。lol
我们系里只给SfN的membership。。。
我下次试试ISI的citation track好了～
谢谢喽～
【在 c*********r 的大作中提到】
: 我也喜欢cell纸版，无意中搞到一个免费的，Cell Press的似乎都看着很舒服；AAAS是
: 系里给的membership，最大好处就是看提前发表的文章。F1000和PubMed订阅没试过，
: 以后试试。我喜欢用ISI里的citation track，每周更新一次新引用你感兴趣的文章，
: 稍有滞后，数量不会太多，还能看得过来。^_^
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c*********r
发帖数: 1312 | 8 也谢谢你啊！交流一下总有收获！^_^
【在 n***w 的大作中提到】
: 我只能去系里看纸质的。。。lol
: 我们系里只给SfN的membership。。。
: 我下次试试ISI的citation track好了～
: 谢谢喽～
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c*********r
发帖数: 1312 | 9 http://www.mitbbs.com/article0/Biology/31461447_0.html
ISI的关键词搜索也可以搞Alert的。
【在 n***w 的大作中提到】
: 我只能去系里看纸质的。。。lol
: 我们系里只给SfN的membership。。。
: 我下次试试ISI的citation track好了～
: 谢谢喽～
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n***w
发帖数: 2405 | |
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c*********r
发帖数: 1312 | 11 是的。老板及其合作者首先发现了nuclear beta-catenin在胚胎发育里的重要性。^_^
【在 n***w 的大作中提到】
: 你做Wnt signaling？
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n***w
发帖数: 2405 | 12 厉害。
我对这个也比较感兴趣。
主要关注的是其在angiogenesis的作用以及一些signaling pathway cross-talk。
以后和你多聊～
【在 c*********r 的大作中提到】
: 是的。老板及其合作者首先发现了nuclear beta-catenin在胚胎发育里的重要性。^_^
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c*********r
发帖数: 1312 | 13 这个通路和其它通路的cross talk太多了，几乎什么都扯上那么点儿关系。
现在我比较感兴趣的是canonical wnt(Wnt/beta-catenin)和Non-canonical Wnt(主要
是Wnt/PCP)之间的相互作用和联系。个人感觉，一般前者和细胞增殖和分化相关，后者
和细胞极性和形态发生相关，二者往往是相辅相成但又有拮抗作用的。二者之间的调控
又和cilia相关，cilia的作用最近几年以来一直在升温。Wnt在胚胎发育、心脏肾脏等
器官的发育和修复、某些疾病和癌症里都有很重要的作用。像一个大谜团，很有挑战性
。。。
我继续准备周三的口试了，改天好好聊。^_^
【在 n***w 的大作中提到】
: 厉害。
: 我对这个也比较感兴趣。
: 主要关注的是其在angiogenesis的作用以及一些signaling pathway cross-talk。
: 以后和你多聊～
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n***w
发帖数: 2405 | 14 哈哈。加油。我是周五oral exam。
【在 c*********r 的大作中提到】
: 这个通路和其它通路的cross talk太多了，几乎什么都扯上那么点儿关系。
: 现在我比较感兴趣的是canonical wnt(Wnt/beta-catenin)和Non-canonical Wnt(主要
: 是Wnt/PCP)之间的相互作用和联系。个人感觉，一般前者和细胞增殖和分化相关，后者
: 和细胞极性和形态发生相关，二者往往是相辅相成但又有拮抗作用的。二者之间的调控
: 又和cilia相关，cilia的作用最近几年以来一直在升温。Wnt在胚胎发育、心脏肾脏等
: 器官的发育和修复、某些疾病和癌症里都有很重要的作用。像一个大谜团，很有挑战性
: 。。。
: 我继续准备周三的口试了，改天好好聊。^_^
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c*********r
发帖数: 1312 | 15 哈哈哈~ 加油！^_^
【在 n***w 的大作中提到】
: 哈哈。加油。我是周五oral exam。
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b*****l
发帖数: 9499 | 16 赞！能不能评价一下 Wnt 的 diffusion？比如说如何测量 Wnt 在不同组织沿不同方向
的 diffusivity，Dkk diffusion 在空间上对 Wnt signaling 的调控，等等。对
morphogen diffusion and distribution 很感兴趣。。。
【在 c*********r 的大作中提到】
: 这个通路和其它通路的cross talk太多了，几乎什么都扯上那么点儿关系。
: 现在我比较感兴趣的是canonical wnt(Wnt/beta-catenin)和Non-canonical Wnt(主要
: 是Wnt/PCP)之间的相互作用和联系。个人感觉，一般前者和细胞增殖和分化相关，后者
: 和细胞极性和形态发生相关，二者往往是相辅相成但又有拮抗作用的。二者之间的调控
: 又和cilia相关，cilia的作用最近几年以来一直在升温。Wnt在胚胎发育、心脏肾脏等
: 器官的发育和修复、某些疾病和癌症里都有很重要的作用。像一个大谜团，很有挑战性
: 。。。
: 我继续准备周三的口试了，改天好好聊。^_^
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p*******r
发帖数: 4048 | 17
嗯，我的厕所读物。
【在 s****p 的大作中提到】
: 你们经常浏览science和nature杂志不？
: 现在突然喜欢起读里面的文章。
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D*a
发帖数: 6830 | 18 听podcast也不错，就是受英语水平和domain所限，得集中精力，走神了，回过神来的时候就跳
过一大段了。。。 |
c*********r
发帖数: 1312 | 19 不好意思可能会让你失望了，Wnt的diffusion和我们的实验体系其实不太相关，所以我
不太了解，具体怎么测量还真不了解，做immunostaining？in situ？GFP tag？
不过Wnt的diffusion和果蝇胚胎发育早期经典的bicoid、hunchback等morphogen的
diffusion有所不同。bicoid、hunchback等好像都是transcription factor，果蝇早期
的胚胎是合胞体，一个细胞膜内N多核，转录因子直接通过扩散可以如何，调控基因表
达；Wnt是ligand，要和细胞表面的受体结合后经过复杂的信号传导后才有beta-
catenin，c-jun等入核调节基因表达或者有细胞骨架的变化，所以Wnt的diffusion应该
还受到受体分布和下游信号传导的制约的。
我们做的海胆胚胎，早期是没有localized Wnt ligand，只有Wnt下游的蛋白，比如
Dishevelled，是localized，但却足以激活并限制Wnt信号通路只在局部进行。稍晚一
些Wnt8表达，加强了这种效果。
另外关于Morphogen diffusion和patterning的形成，强烈建议了解一下图灵
(Alan Turing)几十年前就建立的Reaction–diffusion system和这个理论现在在
Morphogen patterning里的作用，有很多modeling的工作很强大。
【在 b*****l 的大作中提到】
: 赞！能不能评价一下 Wnt 的 diffusion？比如说如何测量 Wnt 在不同组织沿不同方向
: 的 diffusivity，Dkk diffusion 在空间上对 Wnt signaling 的调控，等等。对
: morphogen diffusion and distribution 很感兴趣。。。
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c*********r
发帖数: 1312 | 20 尤其喜欢Science的podcast，还有transcript，听不懂还能看。
还有一个60 second science，短小精干，曾经上下学堵车时候就听这个。
http://www.scientificamerican.com/podcast/podcasts.cfm?type=60-
可惜都很久没听了。。。
的时候就跳
【在 D*a 的大作中提到】
: 听podcast也不错，就是受英语水平和domain所限，得集中精力，走神了，回过神来的时候就跳
: 过一大段了。。。
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D*a
发帖数: 6830 | 21 多谢！加到iphone里了～
【在 c*********r 的大作中提到】
: 尤其喜欢Science的podcast，还有transcript，听不懂还能看。
: 还有一个60 second science，短小精干，曾经上下学堵车时候就听这个。
: http://www.scientificamerican.com/podcast/podcasts.cfm?type=60-
: 可惜都很久没听了。。。
:
: 的时候就跳
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c*********r
发帖数: 1312 | 22 看到一篇这个：http://www.sciencemag.org/content/314/5804/1447
【在 b*****l 的大作中提到】
: 赞！能不能评价一下 Wnt 的 diffusion？比如说如何测量 Wnt 在不同组织沿不同方向
: 的 diffusivity，Dkk diffusion 在空间上对 Wnt signaling 的调控，等等。对
: morphogen diffusion and distribution 很感兴趣。。。
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g*****e
发帖数: 209 | 23 how about this one
http://www.cell.com/abstract/S0092-8674(07)00051-7
【在 c*********r 的大作中提到】
: 不好意思可能会让你失望了，Wnt的diffusion和我们的实验体系其实不太相关，所以我
: 不太了解，具体怎么测量还真不了解，做immunostaining？in situ？GFP tag？
: 不过Wnt的diffusion和果蝇胚胎发育早期经典的bicoid、hunchback等morphogen的
: diffusion有所不同。bicoid、hunchback等好像都是transcription factor，果蝇早期
: 的胚胎是合胞体，一个细胞膜内N多核，转录因子直接通过扩散可以如何，调控基因表
: 达；Wnt是ligand，要和细胞表面的受体结合后经过复杂的信号传导后才有beta-
: catenin，c-jun等入核调节基因表达或者有细胞骨架的变化，所以Wnt的diffusion应该
: 还受到受体分布和下游信号传导的制约的。
: 我们做的海胆胚胎，早期是没有localized Wnt ligand，只有Wnt下游的蛋白，比如
: Dishevelled，是localized，但却足以激活并限制Wnt信号通路只在局部进行。稍晚一
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b*****l
发帖数: 9499 | 24 多谢多谢！现在正在做一个基于 Fisher/Turing 的 model，也看了一些相关文献，比
如说那篇毛发的 pattern 的模型(Wnt vs Dkk)。感觉这类文章普遍缺乏对 morphogen
的比较好的 in site visualization & quantitative assay。
【在 c*********r 的大作中提到】
: 不好意思可能会让你失望了，Wnt的diffusion和我们的实验体系其实不太相关，所以我
: 不太了解，具体怎么测量还真不了解，做immunostaining？in situ？GFP tag？
: 不过Wnt的diffusion和果蝇胚胎发育早期经典的bicoid、hunchback等morphogen的
: diffusion有所不同。bicoid、hunchback等好像都是transcription factor，果蝇早期
: 的胚胎是合胞体，一个细胞膜内N多核，转录因子直接通过扩散可以如何，调控基因表
: 达；Wnt是ligand，要和细胞表面的受体结合后经过复杂的信号传导后才有beta-
: catenin，c-jun等入核调节基因表达或者有细胞骨架的变化，所以Wnt的diffusion应该
: 还受到受体分布和下游信号传导的制约的。
: 我们做的海胆胚胎，早期是没有localized Wnt ligand，只有Wnt下游的蛋白，比如
: Dishevelled，是localized，但却足以激活并限制Wnt信号通路只在局部进行。稍晚一
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b*****l
发帖数: 9499 | 25 啊，就是这篇，呵呵。是 proof of concept 的那种。作者在 SOM 里说：
Here it should be noted that the actual parameter values are arbitrary and
not based on experimentally measured quantities. However, the system is
robust to parameter variations and the actual values do not affect the
qualitative behavior of the system. In fact, in reaction-diffusion equations
a non-dimensionalization and rescaling of time and space can transform one
pattern density into another (4).
这个就是我头大的地方。怕到时候 reviewer 说 parameter estimation 不靠谱，要我
们补实验，又要折腾。
【在 c*********r 的大作中提到】
: 看到一篇这个：http://www.sciencemag.org/content/314/5804/1447
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b*****l
发帖数: 9499 | 26 赞！打下来正在细读。并且在想我的模型是哪种，貌似是 receptor saturation。。。
对了，貌似最近 Cell 的 paper 总是存不下来 pdf 文件啊。。。打印倒是没问题。用
得是 Acrobat Reader 10.0.1 + Firefox 4.0 or Chrome。。。哪位也遇到类似问题过？
【在 g*****e 的大作中提到】
: how about this one
: http://www.cell.com/abstract/S0092-8674(07)00051-7
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b*****l
发帖数: 9499 | 27 啊，同事找到 bug 了：要选择 Full text... 那项，之后的 pdf link 就可以存下来
了。直接点开的 pdf 不能存盘。
过？
【在 b*****l 的大作中提到】
: 赞！打下来正在细读。并且在想我的模型是哪种，貌似是 receptor saturation。。。
: 对了，貌似最近 Cell 的 paper 总是存不下来 pdf 文件啊。。。打印倒是没问题。用
: 得是 Acrobat Reader 10.0.1 + Firefox 4.0 or Chrome。。。哪位也遇到类似问题过？
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c*********r
发帖数: 1312 | 28 我个人觉得现在的基础科研还不足，实际数据比较少，modeling不得不把实际
signaling中的很多步骤都简化了，不然很难做。很多参数也是估计出来或者是反向试
出来使model和实际的pattern更相似。。。这是不得不接受的现状，如果能测出一些参
数（或相对变化）并且在modeling中有相应的体现，当然更有说服力。
我想要是有一天某个pathway的所有component和相互作用都知道了，参数也知道了，那
么在计算机上就可以模拟各种各样的perturbation，就不用knowout、over expression
。。。现阶段最好可能就是结合modelling和基础研究一步一步往前走。
我其实没怎么做过modeling，就是看了几篇paper站着说话不腰疼。呵呵。
BTW，不知道你看过Hans Meinhardt的文章没，他系统的做modeling好多年了，很喜欢
他的这篇review：
goo.gl/pR9fq
equations
one
【在 b*****l 的大作中提到】
: 啊，就是这篇，呵呵。是 proof of concept 的那种。作者在 SOM 里说：
: Here it should be noted that the actual parameter values are arbitrary and
: not based on experimentally measured quantities. However, the system is
: robust to parameter variations and the actual values do not affect the
: qualitative behavior of the system. In fact, in reaction-diffusion equations
: a non-dimensionalization and rescaling of time and space can transform one
: pattern density into another (4).
: 这个就是我头大的地方。怕到时候 reviewer 说 parameter estimation 不靠谱，要我
: 们补实验，又要折腾。
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b*****l
发帖数: 9499 | 29 能给个文章的 title 么？link 貌似不管用。。。
我觉得要是细节都知道了，固然可以更容易更准确的模拟了，但做模型的意义也就不大
了。
从某些方面说，模型的价值正是在于当 wet lab 做出一些数据的碎片，尚不能拼出有
意义的 picture 时，就事先 generate hyp，估计各个 hyp 的可能性，以及推出可以
证实或者证伪这些 hyp 的关键实验该是什么。从另一个方面说，当各个系统都堆积了
海量数据时，用数学工具抽提出貌似不同的系统的相似的 underlying principles，使
得我们可以 get insights into 纷繁的数据。
nnd，看着俺中英文混杂的句子，很脸红啊。。。
expression
【在 c*********r 的大作中提到】
: 我个人觉得现在的基础科研还不足，实际数据比较少，modeling不得不把实际
: signaling中的很多步骤都简化了，不然很难做。很多参数也是估计出来或者是反向试
: 出来使model和实际的pattern更相似。。。这是不得不接受的现状，如果能测出一些参
: 数（或相对变化）并且在modeling中有相应的体现，当然更有说服力。
: 我想要是有一天某个pathway的所有component和相互作用都知道了，参数也知道了，那
: 么在计算机上就可以模拟各种各样的perturbation，就不用knowout、over expression
: 。。。现阶段最好可能就是结合modelling和基础研究一步一步往前走。
: 我其实没怎么做过modeling，就是看了几篇paper站着说话不腰疼。呵呵。
: BTW，不知道你看过Hans Meinhardt的文章没，他系统的做modeling好多年了，很喜欢
: 他的这篇review：
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c*********r
发帖数: 1312 | 30 试一下这个链接：goo.gl/pR9fq
文章标题：Models of Biological Pattern Formation: From Elementary Steps to
the Organization of Embryonic Axes
这篇文章所在的那本书都是讲模型的，这是其中的第一篇。
同意你说的，模型和实验相互推进，来一步步揭示整个的picture。这也是我为什么当
时想选一些有关modeling的课程的原因，虽然我是做benchwork的。^_^
说起中英文夹杂，出国前我听着一些海归们中英文夹杂的讲座，痛不欲生。下决心尽量
不要让我的中文退化到和我的英文一个水平，就尽可能只用中文，虽然有时候真的好难
。。。^_^
【在 b*****l 的大作中提到】
: 能给个文章的 title 么？link 貌似不管用。。。
: 我觉得要是细节都知道了，固然可以更容易更准确的模拟了，但做模型的意义也就不大
: 了。
: 从某些方面说，模型的价值正是在于当 wet lab 做出一些数据的碎片，尚不能拼出有
: 意义的 picture 时，就事先 generate hyp，估计各个 hyp 的可能性，以及推出可以
: 证实或者证伪这些 hyp 的关键实验该是什么。从另一个方面说，当各个系统都堆积了
: 海量数据时，用数学工具抽提出貌似不同的系统的相似的 underlying principles，使
: 得我们可以 get insights into 纷繁的数据。
: nnd，看着俺中英文混杂的句子，很脸红啊。。。
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b*****l
发帖数: 9499 | 31 多谢多谢！正在看。做得很接近，所以很多地方可以借鉴和引用。
【在 c*********r 的大作中提到】
: 试一下这个链接：goo.gl/pR9fq
: 文章标题：Models of Biological Pattern Formation: From Elementary Steps to
: the Organization of Embryonic Axes
: 这篇文章所在的那本书都是讲模型的，这是其中的第一篇。
: 同意你说的，模型和实验相互推进，来一步步揭示整个的picture。这也是我为什么当
: 时想选一些有关modeling的课程的原因，虽然我是做benchwork的。^_^
: 说起中英文夹杂，出国前我听着一些海归们中英文夹杂的讲座，痛不欲生。下决心尽量
: 不要让我的中文退化到和我的英文一个水平，就尽可能只用中文，虽然有时候真的好难
: 。。。^_^
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