M*****n
发帖数: 16729 | 1 MCBJC Discussion for the week of 4/21
Sonic Hedgehog: A Morphogen and Axonal Guidance Cue
Hedgehog is probably the most well-known morphogen in embryo development. As a
multifunctional molecule involved in cell differentiation, cell proliferation
and tissue patterning, hedgehog's functions as a morphogen have been
extensively studied. However, recent studies about another morphogen - BMP
family revealed its involvement in repelling spinal cord commissural axons.
Thus the possibility that Sonic H |
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c*********r
发帖数: 1312 | 2 不好意思可能会让你失望了，Wnt的diffusion和我们的实验体系其实不太相关，所以我
不太了解，具体怎么测量还真不了解，做immunostaining？in situ？GFP tag？
不过Wnt的diffusion和果蝇胚胎发育早期经典的bicoid、hunchback等morphogen的
diffusion有所不同。bicoid、hunchback等好像都是transcription factor，果蝇早期
的胚胎是合胞体，一个细胞膜内N多核，转录因子直接通过扩散可以如何，调控基因表
达；Wnt是ligand，要和细胞表面的受体结合后经过复杂的信号传导后才有beta-
catenin，c-jun等入核调节基因表达或者有细胞骨架的变化，所以Wnt的diffusion应该
还受到受体分布和下游信号传导的制约的。
我们做的海胆胚胎，早期是没有localized Wnt ligand，只有Wnt下游的蛋白，比如
Dishevelled，是localized，但却足以激活并限制Wnt信号通路只在局部进行。稍晚一
些Wnt8表达，加强了这种效果。
另外关于Morphogen diffus... 阅读全帖 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 3 >【 在 neverthink (nevernetbug) 的大作中提到: 】
同意 too
plus Alan Turing Reaction–diffusion system 这个理论
how to merge it to RNA and DNA NGS 2.0 or 3.0 data mining ?
for example:
果蝇胚胎发育 WNT system
发信人: cellcreator (cellcreator), 信区: Biology
标 题: Re: 你们经常浏览science和nature杂志不？
发信站: BBS 未名空间站 (Tue Apr 5 10:28:25 2011, 美东)
不好意思可能会让你失望了，Wnt的diffusion和我们的实验体系其实不太相关，所以我
不太了解，具体怎么测量还真不了解，做immunostaining？in situ？GFP tag？
不过Wnt的diffusion和果蝇胚胎发育早期经典的bicoid、hunchback等morphogen的
diffusion有所不同。bicoid、hunchback等好像都是tra... 阅读全帖 |
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l***l
发帖数: 240 | 4 我在美国拿了一个Chemical and Biomolecular Engineering的master，准备接着读Phd
。现在问问选advisor是时候选哪个方向好。
因为本人master的时候做的是bio方向的，而且自己也比较喜欢这一类的，所以打算还
选bio。master做的是morphogen gradients，gene pattern formation这些东西。现在
考虑是不是选protein engineering那块更好找biotechnology industry的工作？
谢谢大家了。 |
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d*****r
发帖数: 2583 | 5 this issue of Cell, two beautiful papers by computational neuroscientists:
I think this is the True "systems Biology" in my heart...
Stability and Nuclear Dynamics of the Bicoid Morphogen Gradient
T. Gregor, E.F. Wieschaus, A.P. McGregor, W. Bialek, and D.W. Tank
Probing the Limits to Positional Information
T. Gregor, D.W. Tank, E.F. Wieschaus, and W. Bialek
The structure of multicellular organisms is determined during early
embryonic development by spatially and temporally changing patterns of |
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H******e
发帖数: 100 | 6 Nature. 2010 Apr 22;464(7292):1143-8. Epub 2010 Apr 7.
Generation of a novel wing colour pattern by the Wingless morphogen.
Werner T, Koshikawa S, Williams TM, Carroll SB.
我觉得Sean Carroll的这篇文章很有意思。 |
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c*********r
发帖数: 1312 | 7 一直想把Modelling和发育联系起来，比如说morphogen和胚胎发育的关系。好像也有很
多这方面的文章，可惜没多看过。。。什么时候能不但能通过实验来验证模型，还能通
过模型来推测、预测生物过程就好了。
自己 |
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a********k
发帖数: 2273 | 8 genetic screen对3dpf之前的发育有局限，因为有maternal RNA的存在，所以找到的大
多是morphogene，因为这玩意靠gradient影响。对5dpf之后的东西也有局限，因为无数
基因会影响鱼鳔的发育，影响游泳，8dpf之后就死了。死之前的secondary自然不属于
genetic screen感兴趣的了。作为basic research的用途，我同意你关于epigenetics
的意见。epigentics对早期发育，至少在我看来，只有fish能解决。
screen |
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b*****l
发帖数: 9499 | 9 赞！能不能评价一下 Wnt 的 diffusion？比如说如何测量 Wnt 在不同组织沿不同方向
的 diffusivity，Dkk diffusion 在空间上对 Wnt signaling 的调控，等等。对
morphogen diffusion and distribution 很感兴趣。。。 |
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b*****l
发帖数: 9499 | 10 多谢多谢！现在正在做一个基于 Fisher/Turing 的 model，也看了一些相关文献，比
如说那篇毛发的 pattern 的模型(Wnt vs Dkk)。感觉这类文章普遍缺乏对 morphogen
的比较好的 in site visualization & quantitative assay。 |
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u**********d
发帖数: 573 | 11 KISS I神经元刺激下丘脑的GnRH释放，后者刺激垂体，垂体再给性腺发育的信号。看文
章上说耗子KISS I神经元会在青春期前有一个稳定的指数增长期，这倒的确有可能是在
感受端粒长度。也有可能是类似于morphogen那样的浓度梯度感受机制来感受局部组织
的大小，以推断时间信息。
不过在耗子里KISS I的指数增加是在出生15天后，需要estrogen。KISS I达到一定水平
就开始通过上述的神经内分泌通路进一步促进estrogen的释放，estrogen又反过来促进
KISS I释放，最终建立正反馈，正式进入青春期。
http://endo.endojournals.org/content/150/7/3214.long
接下来的问题：
是estrogen的水平变化促进了KISS I神经元的增加么？那谁控制estrogen？
这个15天又是怎么精确控制的？ |
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m******g
发帖数: 467 | 12 Science 14.04.04
推荐：
1. Designer Chromosome
Total Synthesis of a Functional Designer Eukaryotic Chromosome
稍微了解一下：
1. Many individual stories for scientists
2. Designer Embryo
Construction of a Vertebrate Embryo from Two Opposing Morphogen Gradients
Nodal and BMP in Zebrafish
小知识：
1. Engineering Larger DNA Structures
Polyhedra Self-Assembled from DNA Tripods and Characterized with 3D DNA-
PAINT |
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l********e
发帖数: 415 | 13 干细胞治疗从来都是扯淡 ... 少数有效的例子，其实不是干细胞本身有用，而是它释
放的morphogen或者secreted molecule在起作用。 |
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