d***y
发帖数: 8536 | 1 这个最近炒的热的一塌糊涂。我看了一些文章，感觉就是直接合成DNA 或者 RNA 而不
是用传统的方法来获得这些片断，然后能随自己意愿改造序列。对这些工作，还是感到
没有从根本上有所突破。大家都怎么看？ |
k*****o
发帖数: 1486 | 2 工程的人在搞model，想用数学公式解决问题，画条抛物线求最高点。
本质上就是利用biochemistry和enzymology的知识来工业化小分子的生产，个人感觉离
技术成熟还早，因为未知因素实在太多。 |
X******n
发帖数: 914 | 3 这只是synthetic biology的一部分。另一个重要方面是“understand by building”
：其理念是：what I can not create， I can not understand。如果我们看有机化学
的发展历史，最早的化学很象现在的生物学，是纯粹的天然产物化学。直到有机合成的
发展，化学取得了突飞猛进地发展。如果synthetic biology也能发展到有机合成的水
平，估计就可以彻底改变生物学的现状。
很想跳这个坑，可惜没人要啊。
【在 k*****o 的大作中提到】
: 工程的人在搞model，想用数学公式解决问题，画条抛物线求最高点。
: 本质上就是利用biochemistry和enzymology的知识来工业化小分子的生产，个人感觉离
: 技术成熟还早，因为未知因素实在太多。
|
d***y
发帖数: 8536 | 4 synthetic的G点就在，能随心所欲的合成核酸吧。我感觉这个学科是分子的一个分支而
已，它的产生完全是因为化学合成进步的结果， 如果要改变生物现状，能量远远不够。
【在 X******n 的大作中提到】
: 这只是synthetic biology的一部分。另一个重要方面是“understand by building”
: ：其理念是：what I can not create， I can not understand。如果我们看有机化学
: 的发展历史，最早的化学很象现在的生物学，是纯粹的天然产物化学。直到有机合成的
: 发展，化学取得了突飞猛进地发展。如果synthetic biology也能发展到有机合成的水
: 平，估计就可以彻底改变生物学的现状。
: 很想跳这个坑，可惜没人要啊。
|
n*********b
发帖数: 140 | |
k*****o
发帖数: 1486 | 6 所以说知识结构还远远不够，想在十分复杂生物体内optimize一个简单的反应，不是意
见容易的事情。不过话说回来，干什么都不容易，要不就不要搞science了
【在 X******n 的大作中提到】
: 这只是synthetic biology的一部分。另一个重要方面是“understand by building”
: ：其理念是：what I can not create， I can not understand。如果我们看有机化学
: 的发展历史，最早的化学很象现在的生物学，是纯粹的天然产物化学。直到有机合成的
: 发展，化学取得了突飞猛进地发展。如果synthetic biology也能发展到有机合成的水
: 平，估计就可以彻底改变生物学的现状。
: 很想跳这个坑，可惜没人要啊。
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k*****o
发帖数: 1486 | 7 他们什么都想合成，核酸 蛋白质 油 石油...
够。
【在 d***y 的大作中提到】
: synthetic的G点就在，能随心所欲的合成核酸吧。我感觉这个学科是分子的一个分支而
: 已，它的产生完全是因为化学合成进步的结果， 如果要改变生物现状，能量远远不够。
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d*****r
发帖数: 2583 | 8 想法不错，Wendell Lim曾经在Nature Chemical Biology上面写了一篇Commentary:
Synthetic biology: lessons from the history of synthetic organic chemistry
http://limlab.ucsf.edu/papers/pdfs/bjy_2007b.pdf
做synthetic biology就要跟Wendell Lim做。
【在 X******n 的大作中提到】
: 这只是synthetic biology的一部分。另一个重要方面是“understand by building”
: ：其理念是：what I can not create， I can not understand。如果我们看有机化学
: 的发展历史，最早的化学很象现在的生物学，是纯粹的天然产物化学。直到有机合成的
: 发展，化学取得了突飞猛进地发展。如果synthetic biology也能发展到有机合成的水
: 平，估计就可以彻底改变生物学的现状。
: 很想跳这个坑，可惜没人要啊。
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l*********1
发帖数: 351 | 9 Wendell Lim做得很性感,不过理论性稍微强了点,实际应用不给力啊.我觉着还是做代谢
工程的那帮子靠谱点.keasling,liao,stephanopoulos,nielsen之类的 |
k*****o
发帖数: 1486 | 10 能大致点评一下后两位吗？如果四位一起更好.thanks
【在 l*********1 的大作中提到】
: Wendell Lim做得很性感,不过理论性稍微强了点,实际应用不给力啊.我觉着还是做代谢
: 工程的那帮子靠谱点.keasling,liao,stephanopoulos,nielsen之类的
|
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|
d*****r
发帖数: 2583 | 11 I think it's because he is aiming for big.
He tries to systematically establish the foundation of "synthetic
biology", not just a bunch of CNS papers. You can feel that ambition in
the Nature Chemical Biology paper when he compares synthetic biology with
synthetic organic chemistry.
man, he even named his lab as "Cell Propulsion Lab", think about the "Jet
Propulsion Lab" in 1940-50s...
【在 l*********1 的大作中提到】
: Wendell Lim做得很性感,不过理论性稍微强了点,实际应用不给力啊.我觉着还是做代谢
: 工程的那帮子靠谱点.keasling,liao,stephanopoulos,nielsen之类的
|
d***y
发帖数: 8536 | 12 也没见他们有啥产品应用了.keasling从盖茨基金会搞了那么多钱整青蒿素，好像基本
上还在试验阶段。 Liao的那些higher alcohols的产量都低得很。stephanopoulos不大
懂了，好像啥都整，不过随便弄个idea就上CNS了。Nielsen感觉还是做模型拿手些，最
近也不知道整出啥东西来了。我一个师兄在nielsen那干访问学者，对他那现状不敢恭
维。
【在 l*********1 的大作中提到】
: Wendell Lim做得很性感,不过理论性稍微强了点,实际应用不给力啊.我觉着还是做代谢
: 工程的那帮子靠谱点.keasling,liao,stephanopoulos,nielsen之类的
|
h**********r
发帖数: 671 | 13 我老觉得还是已经故去的James Bailey才是真正的NB！后来从Caltech去了ETH，挺多8g
可以8的。虽然做的没那么fancy，还是挺牛的。他老去世的时候，BB也是出了专刊的，
鼓励他这一辈子在辛勤地在BB上灌了上百篇水。liao也写了篇回忆的文章。那一期BB上
还有个进化树，Bailey就是树根，好像中国大陆出来的就有一个真正是Bailey的学生。
liao还是不错的，也算受过挺正统的ME的熏陶，然后逮着一个pathway往死里整，最近
又灌了个NB。让我们这些土鳖烂校千老情何以堪内牛满面！不过人家也想develop一点
新工具的。
keasling：亲爱的你慢慢吹，小心前面带刺的XXX～～～战略忽悠据K局长。
另外Daniel I.C. Wang也挺NB的，不像这些个哥们儿往死里吹。也是默默地在BB上灌水
，在其80大寿的时候，BB也是发过专刊的。stephanopoulos和Nielsen常常往中国跑，
不知道算不算中国人民的老朋友。stephanopoulos感觉挺依赖手下一干postdoc的灵光
一现的，一会儿干个NCS然后就没下文了。Nielsen可能不该从DTU去瑞典吧。感觉做
metabolic engineering的还是要生化的底子好，触类旁通物我两忘菌人合一。Nielsen
有时候用力太过。做ME的人有时候认识事物太僵化太机械。高通量啊XX组啊XX芯片啊，
“五色、令人目盲。五音、令人耳聋。五味、令人口爽”。还是佩服整俩基因画俩
curve，发个CNS的。当然我不是说systems不重要。抓不住本质P都不是啊都不是啊都不
是啊都不是啊！ |
x********u
发帖数: 430 | 14 I am now trying to switch my PhD project to SynBio area. My current work
focus on creating the best phenotype or genetic background to maximize
carbons flux towards an important intermediate metabolites and ulitmately we
are going to overproduce some natural products. Currently, the volumetric
production of one of our major products has reached 2 g/l.
Although traditional metabolic engineering or metabolic network modeling
holds great promise to engineer better industrially-revelant phenotype, gene
overexpression/silencing/knockout or flux balance models can not lead to
ideal strains for industrial application. Novel approaches such as SynBio
wich aims to harness/unleash the regulatory controls over a specific
phenotype, should have better chance to win this field. Genetic circuit,
synthetic sensors or valves with tunable or reprogrammable characteristics
should be incorporated according to basic engineering principles. A good
example for this subject is a paper published on Nature Biotechnology in
2009 authored by James Collins. They have constructed a genetic circuit form
which they can controlthe timing of yeast sedimentation, an important
phenotype responsible for the types of beer you get.If you like larger beer,
bottom-fermenting yeast or fast-sedimenting yeast strains should be used
for your brewing; otherwise top-fermenting yeast will give you ale beer
which contains more aromatic flavors and tastes totally different. |
x********u
发帖数: 430 | 15 Stephanopoulos is a very nice person. My ShiXiong is now working as a pre-
postdoc in his lab. Peoples in his lab can manage his funding account and
get reimbursement for anything (eating outside) and he never asked it. He is
old (61) but sitll very ambitious. Now most of his energy is focused on the
taxol project. Last October they had a paper published on Science about
cost-efficient produciton of taxadiene, a precursor for taxol. But they
still have a long way from taxol. |
d***y
发帖数: 8536 | 16 分析的深入，俺震精了！
8g
【在 h**********r 的大作中提到】
: 我老觉得还是已经故去的James Bailey才是真正的NB！后来从Caltech去了ETH，挺多8g
: 可以8的。虽然做的没那么fancy，还是挺牛的。他老去世的时候，BB也是出了专刊的，
: 鼓励他这一辈子在辛勤地在BB上灌了上百篇水。liao也写了篇回忆的文章。那一期BB上
: 还有个进化树，Bailey就是树根，好像中国大陆出来的就有一个真正是Bailey的学生。
: liao还是不错的，也算受过挺正统的ME的熏陶，然后逮着一个pathway往死里整，最近
: 又灌了个NB。让我们这些土鳖烂校千老情何以堪内牛满面！不过人家也想develop一点
: 新工具的。
: keasling：亲爱的你慢慢吹，小心前面带刺的XXX～～～战略忽悠据K局长。
: 另外Daniel I.C. Wang也挺NB的，不像这些个哥们儿往死里吹。也是默默地在BB上灌水
: ，在其80大寿的时候，BB也是发过专刊的。stephanopoulos和Nielsen常常往中国跑，
|
d***y
发帖数: 8536 | 17 Really? It's amazing.
is
the
【在 x********u 的大作中提到】
: Stephanopoulos is a very nice person. My ShiXiong is now working as a pre-
: postdoc in his lab. Peoples in his lab can manage his funding account and
: get reimbursement for anything (eating outside) and he never asked it. He is
: old (61) but sitll very ambitious. Now most of his energy is focused on the
: taxol project. Last October they had a paper published on Science about
: cost-efficient produciton of taxadiene, a precursor for taxol. But they
: still have a long way from taxol.
|
h**********r
发帖数: 671 | 18 您P挨着地了灌水更勤了吧。You guys are so young and have a very good starting
point~~! Anyway, stay in touch!
【在 d***y 的大作中提到】
: 分析的深入，俺震精了！
:
: 8g
|
s*******s
发帖数: 623 | 19 这个帖子可以加精了！
超赞12，13，14，15楼的！
收藏了！
谢谢！ |
h**********r
发帖数: 671 | 20 谢谢demoner，收到包子了。
唉，刚刚还后悔要不要把自己的post删了呢，觉得有点粪青了，还是潜伏着比较好。波
大儿的 James Collins就是牛啊，絮凝酵母floc基因多少年的玩意儿了整整就发NB了。
我老也还真看了点这方面的paper.
microbial flocculation挺有意思的，我们小lab老中也就想克隆个gene表达在不同的
promoter不同的菌里面下干个AEM，看看人家，Genetic and Epigenetic Regulation
of the FLO Gene Family Generates Cell-Surface Variation in Yeast， Cell, Vol
. 116, 405–415, February 6, 2004
FLO1 Is a Variable Green Beard Gene that Drives Biofilm-like Cooperation in
Budding Yeast, Cell 135, 726–737, November 14, 2008 |
|
|
x********u
发帖数: 430 | 21 Jay Bailey可以称得上现代生化工程的鼻祖，去年AIChE年会上Bailey Awards授给了
Berkeley的Harvey blanch，他把一整套化学工程(动力学，物质传递)/数学分析的方法
用在了生化系统. 以前获得过此奖的人还有Gregory Stephanopoulos, Jay Keasling and
James Liao.
Keasling及门生都玩的很玄乎，smolke在做adaptmer， MIT的Jones Prather做的比较
实在。题外话，keasling实验室没有中国学生，不知道什么原因。此外 keasling是少
数公开的G-professor.
Nielsen也市领域中的牛人，书架还有他老人家的Bioreaction Engineering
Principles，虽然没怎么翻过(汗)。
遗憾的是james liao(台湾人)去年院士评选时没有通过，Keasling则蟾宫折桂，毕竟是
美国白人。Liao做院士也是早晚的事儿。Stepah早已是院士，整天忙得不亦乐乎。很明显
keasling和stepha是最大的两家，徒子徒孙打得很厉害。keasling守着西海岸，威霸UC
系统，而且向东边进军(Prather MIT)，Stepha则稳据东海岸，门生遍布Top30化工系。
8g
【在 h**********r 的大作中提到】
: 我老觉得还是已经故去的James Bailey才是真正的NB！后来从Caltech去了ETH，挺多8g
: 可以8的。虽然做的没那么fancy，还是挺牛的。他老去世的时候，BB也是出了专刊的，
: 鼓励他这一辈子在辛勤地在BB上灌了上百篇水。liao也写了篇回忆的文章。那一期BB上
: 还有个进化树，Bailey就是树根，好像中国大陆出来的就有一个真正是Bailey的学生。
: liao还是不错的，也算受过挺正统的ME的熏陶，然后逮着一个pathway往死里整，最近
: 又灌了个NB。让我们这些土鳖烂校千老情何以堪内牛满面！不过人家也想develop一点
: 新工具的。
: keasling：亲爱的你慢慢吹，小心前面带刺的XXX～～～战略忽悠据K局长。
: 另外Daniel I.C. Wang也挺NB的，不像这些个哥们儿往死里吹。也是默默地在BB上灌水
: ，在其80大寿的时候，BB也是发过专刊的。stephanopoulos和Nielsen常常往中国跑，
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s*******s
发帖数: 623 | 22 我开始崇拜你了！
and
【在 x********u 的大作中提到】
: Jay Bailey可以称得上现代生化工程的鼻祖，去年AIChE年会上Bailey Awards授给了
: Berkeley的Harvey blanch，他把一整套化学工程(动力学，物质传递)/数学分析的方法
: 用在了生化系统. 以前获得过此奖的人还有Gregory Stephanopoulos, Jay Keasling and
: James Liao.
: Keasling及门生都玩的很玄乎，smolke在做adaptmer， MIT的Jones Prather做的比较
: 实在。题外话，keasling实验室没有中国学生，不知道什么原因。此外 keasling是少
: 数公开的G-professor.
: Nielsen也市领域中的牛人，书架还有他老人家的Bioreaction Engineering
: Principles，虽然没怎么翻过(汗)。
: 遗憾的是james liao(台湾人)去年院士评选时没有通过，Keasling则蟾宫折桂，毕竟是
|
s**********e
发帖数: 2888 | 23 what is G-professor?
and
【在 x********u 的大作中提到】
: Jay Bailey可以称得上现代生化工程的鼻祖，去年AIChE年会上Bailey Awards授给了
: Berkeley的Harvey blanch，他把一整套化学工程(动力学，物质传递)/数学分析的方法
: 用在了生化系统. 以前获得过此奖的人还有Gregory Stephanopoulos, Jay Keasling and
: James Liao.
: Keasling及门生都玩的很玄乎，smolke在做adaptmer， MIT的Jones Prather做的比较
: 实在。题外话，keasling实验室没有中国学生，不知道什么原因。此外 keasling是少
: 数公开的G-professor.
: Nielsen也市领域中的牛人，书架还有他老人家的Bioreaction Engineering
: Principles，虽然没怎么翻过(汗)。
: 遗憾的是james liao(台湾人)去年院士评选时没有通过，Keasling则蟾宫折桂，毕竟是
|
x********u
发帖数: 430 | 24 同志
【在 s**********e 的大作中提到】
: what is G-professor?
:
: and
|
h**********r
发帖数: 671 | 25 对的，K就一个中国postdoc,现在已经faculty了。 |
h**********r
发帖数: 671 | 26 http://stkarnick.com/culture/2011/03/21/national-science-founda
On the February 23rd broadcast, a synthetic biologist from Nebraska named
Jay Keasling was profiled. Keasling’s interests are currently focused on
synthetic biofuels research and, it’s made abundantly clear, having sex
with other men.
Jay Keasling
Keasling admits he’s gay, but because of peer pressure in the Bible-belt
Midwest he didn’t “come out” until he moved to Berkeley to do research.
His father, in a brief insert, says he accepts his son’s orientation.
Why it was necessary even to mention Keasling’s homosexuality in the
context of a science program isn’t clear at all. If he were studying sexual
orientation instead of “designer” microbes, then his gayness might have
some relevance.
One may conclude that this was just one more attempt to mainstream the gay
agenda aimed at young people while using tax payer money. |
d***y
发帖数: 8536 | 27 听过jim collins一个研究生的报告，水平很了得。我们组的人羡慕啊。
Vol
in
【在 h**********r 的大作中提到】
: 谢谢demoner，收到包子了。
: 唉，刚刚还后悔要不要把自己的post删了呢，觉得有点粪青了，还是潜伏着比较好。波
: 大儿的 James Collins就是牛啊，絮凝酵母floc基因多少年的玩意儿了整整就发NB了。
: 我老也还真看了点这方面的paper.
: microbial flocculation挺有意思的，我们小lab老中也就想克隆个gene表达在不同的
: promoter不同的菌里面下干个AEM，看看人家，Genetic and Epigenetic Regulation
: of the FLO Gene Family Generates Cell-Surface Variation in Yeast， Cell, Vol
: . 116, 405–415, February 6, 2004
: FLO1 Is a Variable Green Beard Gene that Drives Biofilm-like Cooperation in
: Budding Yeast, Cell 135, 726–737, November 14, 2008
|
d***y
发帖数: 8536 | 28 您老是我版学术8g的rising star.
and
【在 x********u 的大作中提到】
: Jay Bailey可以称得上现代生化工程的鼻祖，去年AIChE年会上Bailey Awards授给了
: Berkeley的Harvey blanch，他把一整套化学工程(动力学，物质传递)/数学分析的方法
: 用在了生化系统. 以前获得过此奖的人还有Gregory Stephanopoulos, Jay Keasling and
: James Liao.
: Keasling及门生都玩的很玄乎，smolke在做adaptmer， MIT的Jones Prather做的比较
: 实在。题外话，keasling实验室没有中国学生，不知道什么原因。此外 keasling是少
: 数公开的G-professor.
: Nielsen也市领域中的牛人，书架还有他老人家的Bioreaction Engineering
: Principles，虽然没怎么翻过(汗)。
: 遗憾的是james liao(台湾人)去年院士评选时没有通过，Keasling则蟾宫折桂，毕竟是
|
x********u
发帖数: 430 | 29 承蒙抬爱。不过纠正一下，Keasling实验室中国学生寥寥无几，YinJie Tang (U
Washington)是他的postdoc,现在我知道UCLA Yi Tang (师从Francis Arnold)门下一学
生在Keasling门下做postdoc，以后也会是学术牛人
【在 d***y 的大作中提到】
: 您老是我版学术8g的rising star.
:
: and
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C*******e
发帖数: 4348 | 30 谢谢分享好文！
【在 d*****r 的大作中提到】
: 想法不错，Wendell Lim曾经在Nature Chemical Biology上面写了一篇Commentary:
: Synthetic biology: lessons from the history of synthetic organic chemistry
: http://limlab.ucsf.edu/papers/pdfs/bjy_2007b.pdf
: 做synthetic biology就要跟Wendell Lim做。
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h**********r
发帖数: 671 | 31 Wilfred Chen,原来也是啊!后来看他玩的不是这套就秒杀了。而且不知道他跑到U.
Delaware了。Ruizhen倒是知道的。 |
X******n
发帖数: 914 | 32 把你的thesis发来拜读一下？我这个synthetic bio的门外汉只有读paper来enjoy其中
的乐趣了。不象这里科班出生的牛人，知道好多内幕。羡慕啊。。。 |
h**********r
发帖数: 671 | 33 赶明儿做个列表，把这帮家伙来个大起底。比如说university of wisconsin madison
的，UIUC的，RICe，MIT,哈佛的，dartmouth,UC系统的，德州系统的，宾州的，GIT的
，明尼苏达的，加州的还有别的地儿的～
Very yellow, very violent! |
h**********r
发帖数: 671 | 34 我也是门外汉，跟的老板不是化工就是发酵的，系里的seminar不是农业自动化就是食
品包装。可怜啊！！
老板让做strain improvement,都不知道哪儿来的野菌，要不就来个巨robust的真菌，
MD,连个基因转化的paper都没有。
每每看到XXX人又发牛文，心痛啊！真是羡慕啊！没办法，科研血统不行。 |
I*****h
发帖数: 470 | 35 您真是高屋建瓴啊，这么多牛人都被你镇住了！
你的那两篇Science和Nature的paper怎么样了？
听说编辑被你拒了？
.
1186 |
d***y
发帖数: 8536 | 36 说起来是跨学科的系，其实是两眼一行泪啊，俺深有感触。
【在 h**********r 的大作中提到】
: 我也是门外汉，跟的老板不是化工就是发酵的，系里的seminar不是农业自动化就是食
: 品包装。可怜啊！！
: 老板让做strain improvement,都不知道哪儿来的野菌，要不就来个巨robust的真菌，
: MD,连个基因转化的paper都没有。
: 每每看到XXX人又发牛文，心痛啊！真是羡慕啊！没办法，科研血统不行。
|
x********u
发帖数: 430 | 37 我猜你是做生物能源相关的。
【在 h**********r 的大作中提到】
: 我也是门外汉，跟的老板不是化工就是发酵的，系里的seminar不是农业自动化就是食
: 品包装。可怜啊！！
: 老板让做strain improvement,都不知道哪儿来的野菌，要不就来个巨robust的真菌，
: MD,连个基因转化的paper都没有。
: 每每看到XXX人又发牛文，心痛啊！真是羡慕啊！没办法，科研血统不行。
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h**********r
发帖数: 671 | 38 对的，算是搞biofuel的吧。唉，可惜真的伤不起啊～～～对了，这个会议有人去吧。
33rd Symposium on Biotechnology for Fuels and Chemicals
May 2-5, 2011
Sheraton Seattle
Seattle, WA
到时候好好向大家学习学习。如果版上那位老兄faculty了，跟着做做postdoc.好好过
过metabolic engineering/synthetic biology的瘾。 |
h**********r
发帖数: 671 | |
I*****h
发帖数: 470 | 40 大家敢做敢当吗
发了帖子又删了干嘛？
搞得人家回帖的有一头没一头的 |
|
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s********n
发帖数: 2939 | 41 Keasling青蒿素产率很高，已经很成熟了，不过这东东本来就不贵，社会影响大于经济
考虑；
Liao最近有一片文号称能到达30 g/l的butanol，已经很高了；
感觉stephanopoulos现在不是很活跃了，不过是老资格了，大家都卖面子；
nielsen主要做yeast，应用好像还不错。
【在 d***y 的大作中提到】
: 也没见他们有啥产品应用了.keasling从盖茨基金会搞了那么多钱整青蒿素，好像基本
: 上还在试验阶段。 Liao的那些higher alcohols的产量都低得很。stephanopoulos不大
: 懂了，好像啥都整，不过随便弄个idea就上CNS了。Nielsen感觉还是做模型拿手些，最
: 近也不知道整出啥东西来了。我一个师兄在nielsen那干访问学者，对他那现状不敢恭
: 维。
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s********n
发帖数: 2939 | 42 个人比较喜欢Cris voigt的风格，他也算是新星了，今年就要转去MIT。 |
s********n
发帖数: 2939 | 43 Harvey Blanch最近没有什么好文章了，但是社会活动超多；
Keasling现在处于铺摊子，占地盘的阶段，所以很多pathway都不是很深入有，但现在
他老人家也占地盘站的差不多了，开始发力了；
Liao水品很不错，但感觉他的表达能力不行，可能是大多数中国（台湾）PI的通病。
and
【在 x********u 的大作中提到】
: Jay Bailey可以称得上现代生化工程的鼻祖，去年AIChE年会上Bailey Awards授给了
: Berkeley的Harvey blanch，他把一整套化学工程(动力学，物质传递)/数学分析的方法
: 用在了生化系统. 以前获得过此奖的人还有Gregory Stephanopoulos, Jay Keasling and
: James Liao.
: Keasling及门生都玩的很玄乎，smolke在做adaptmer， MIT的Jones Prather做的比较
: 实在。题外话，keasling实验室没有中国学生，不知道什么原因。此外 keasling是少
: 数公开的G-professor.
: Nielsen也市领域中的牛人，书架还有他老人家的Bioreaction Engineering
: Principles，虽然没怎么翻过(汗)。
: 遗憾的是james liao(台湾人)去年院士评选时没有通过，Keasling则蟾宫折桂，毕竟是
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s********n
发帖数: 2939 | 44 现在不少的，包括香港，台湾，ABC和大陆的有5，6个学生。
【在 x********u 的大作中提到】
: 承蒙抬爱。不过纠正一下，Keasling实验室中国学生寥寥无几，YinJie Tang (U
: Washington)是他的postdoc,现在我知道UCLA Yi Tang (师从Francis Arnold)门下一学
: 生在Keasling门下做postdoc，以后也会是学术牛人
|
x********u
发帖数: 430 | 45 不错不错，感谢及时更正信息。
【在 s********n 的大作中提到】
: 现在不少的，包括香港，台湾，ABC和大陆的有5，6个学生。
|
M*****n
发帖数: 16729 | 46 最近Bill Gates好像要投资到synthetic biology.
每个grant $1M |
I*****h
发帖数: 470 | 47 版上几个大牛可以联合请缨弄一个
【在 M*****n 的大作中提到】
: 最近Bill Gates好像要投资到synthetic biology.
: 每个grant $1M
|
s********n
发帖数: 2939 | 48 Keasling就是靠Gates的funding发家的，呵呵！
【在 M*****n 的大作中提到】
: 最近Bill Gates好像要投资到synthetic biology.
: 每个grant $1M
|
l*********1
发帖数: 351 | 49 关键是青蒿素本来就是给亚非穷兄弟用的,传统的生物提取还是鬼.keasling自称通过他
的方法降低成本到原来的1/10,功德还是有的.
觉着代谢工程么还是盯着香料,药物中间体这种高附加值的东东,短期内更用应用前景点
. |
a********k
发帖数: 2273 | 50 传统青蒿素每片成本都到7美分了吧，如果我没记错的话。Keasling的那个成本是他自
己YY的，基本，反正没有公司做过。不知道厂房，发酵罐，物流加起来是不是比中国大
田种植的要便宜。关键大田种植的成本是看土地和人工的，中国现在土地价值也越来越
高。
【在 l*********1 的大作中提到】
: 关键是青蒿素本来就是给亚非穷兄弟用的,传统的生物提取还是鬼.keasling自称通过他
: 的方法降低成本到原来的1/10,功德还是有的.
: 觉着代谢工程么还是盯着香料,药物中间体这种高附加值的东东,短期内更用应用前景点
: .
|
|
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d***y
发帖数: 8536 | 51 发酵过程中加那么多IPTG，这价格就不可能太便宜。
【在 a********k 的大作中提到】
: 传统青蒿素每片成本都到7美分了吧，如果我没记错的话。Keasling的那个成本是他自
: 己YY的，基本，反正没有公司做过。不知道厂房，发酵罐，物流加起来是不是比中国大
: 田种植的要便宜。关键大田种植的成本是看土地和人工的，中国现在土地价值也越来越
: 高。
|
x********u
发帖数: 430 | 52 The only downside of large-scale fermentation is the energy input.
For a typical 30,000L aerobic fermenter, the motor (agitator) will consume
more than a few hundred thousand Watts, not to mention the downstream
purification process.
IPTG is prohibitivly expensive to be used for large scale fermentaion, some
alternative inducers such as lactose or arabinose will be used.
【在 d***y 的大作中提到】
: 发酵过程中加那么多IPTG，这价格就不可能太便宜。
|
h***e
发帖数: 146 | 53 为啥不用constitutive promoter？
【在 d***y 的大作中提到】
: 发酵过程中加那么多IPTG，这价格就不可能太便宜。
|
s********n
发帖数: 2939 | 54 真正工业化生产不可能用IPTG的，IPTG只是在实验室水平用的。
【在 d***y 的大作中提到】
: 发酵过程中加那么多IPTG，这价格就不可能太便宜。
|
s********n
发帖数: 2939 | 55 他的这个项目根本就没有商业化，其政治（或者说社会）效益远大于经济效益，后面忽
悠的funding那是滚滚的。
就连他的上市公司7年来也没真正赚到钱（股市的不算）。
【在 l*********1 的大作中提到】
: 关键是青蒿素本来就是给亚非穷兄弟用的,传统的生物提取还是鬼.keasling自称通过他
: 的方法降低成本到原来的1/10,功德还是有的.
: 觉着代谢工程么还是盯着香料,药物中间体这种高附加值的东东,短期内更用应用前景点
: .
|
h**********r
发帖数: 671 | 56 Keasling主要是在yeast中玩的，再说了K先生组在e. coli中偏好arabionose
inducible的Pbad,早期Keasling在这个promoter上花了不少功夫包括模型和实验。
最近WHO已经发现青蒿素的耐药性出现了。这个比较搞，synthetic biology还没有搞好
，人家那边耐药性已经出现了。其实这工作也就这种大组有稳定的funding能玩玩儿。
不过说不定有些enzyme能对前体物修饰，一定程度上对抗这种耐药机制。
以前有篇报道，说这种pathway组装，需要大量的人力来完成（千老的作用显现出来了
），说Keasling的工作（从基因到产量）需要多少个postdoc 50年完成（数字不记得了
）。现在也有人在想发明更高效的pathway assembling的过程。keasling的工作有点像
是“炮轰”式，遇到问题了一堆人来做mutant克服inhibition啊尝试不同的表达量啊。
不喜欢思考形而上学的东东。这么些年来，其实让人印象深刻的东西不太多(scaffold
上蛋白的表达synthetic operon等)。去年发的那篇nature关于e. coli产fatty-acid-
derived的fuel的，其实就是综合了以前的别人发在AEM,metabolic egineering,
microbiology上的文章。如果他不是K，真的很难想象能灌这个水。 |
X******n
发帖数: 914 | 57 150个postdoc一年的工作量。
scaffold
【在 h**********r 的大作中提到】
: Keasling主要是在yeast中玩的，再说了K先生组在e. coli中偏好arabionose
: inducible的Pbad,早期Keasling在这个promoter上花了不少功夫包括模型和实验。
: 最近WHO已经发现青蒿素的耐药性出现了。这个比较搞，synthetic biology还没有搞好
: ，人家那边耐药性已经出现了。其实这工作也就这种大组有稳定的funding能玩玩儿。
: 不过说不定有些enzyme能对前体物修饰，一定程度上对抗这种耐药机制。
: 以前有篇报道，说这种pathway组装，需要大量的人力来完成（千老的作用显现出来了
: ），说Keasling的工作（从基因到产量）需要多少个postdoc 50年完成（数字不记得了
: ）。现在也有人在想发明更高效的pathway assembling的过程。keasling的工作有点像
: 是“炮轰”式，遇到问题了一堆人来做mutant克服inhibition啊尝试不同的表达量啊。
: 不喜欢思考形而上学的东东。这么些年来，其实让人印象深刻的东西不太多(scaffold
|
h**********r
发帖数: 671 | 58 Thank you for pointing out!
发信人: XBaldwin (Baldwin), 信区: Biology
标 题: Re: 大家讨论一下synthetic biology吧
发信站: BBS 未名空间站 (Fri Apr 1 17:01:26 2011, 美东)
150个postdoc一年的工作量。 |
d***y
发帖数: 8536 | 59 最贵的是蒸汽吧。我在发酵厂实习过的，蒸汽的成本非常高。
some
【在 x********u 的大作中提到】
: The only downside of large-scale fermentation is the energy input.
: For a typical 30,000L aerobic fermenter, the motor (agitator) will consume
: more than a few hundred thousand Watts, not to mention the downstream
: purification process.
: IPTG is prohibitivly expensive to be used for large scale fermentaion, some
: alternative inducers such as lactose or arabinose will be used.
|
s******9
发帖数: 283 | 60 呵呵，老板私底下对他研究有相似的评价。想当初联系他postdoc的时候email，mail都
石沉大海。现在一看见人说用bacteria合成pharmaceutical，biofuel就觉得boring。
scaffold
【在 h**********r 的大作中提到】
: Keasling主要是在yeast中玩的，再说了K先生组在e. coli中偏好arabionose
: inducible的Pbad,早期Keasling在这个promoter上花了不少功夫包括模型和实验。
: 最近WHO已经发现青蒿素的耐药性出现了。这个比较搞，synthetic biology还没有搞好
: ，人家那边耐药性已经出现了。其实这工作也就这种大组有稳定的funding能玩玩儿。
: 不过说不定有些enzyme能对前体物修饰，一定程度上对抗这种耐药机制。
: 以前有篇报道，说这种pathway组装，需要大量的人力来完成（千老的作用显现出来了
: ），说Keasling的工作（从基因到产量）需要多少个postdoc 50年完成（数字不记得了
: ）。现在也有人在想发明更高效的pathway assembling的过程。keasling的工作有点像
: 是“炮轰”式，遇到问题了一堆人来做mutant克服inhibition啊尝试不同的表达量啊。
: 不喜欢思考形而上学的东东。这么些年来，其实让人印象深刻的东西不太多(scaffold
|
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h**********r
发帖数: 671 | 61 其实我哪有资格评价他老啊！还是相当NB的！
【在 s******9 的大作中提到】
: 呵呵，老板私底下对他研究有相似的评价。想当初联系他postdoc的时候email，mail都
: 石沉大海。现在一看见人说用bacteria合成pharmaceutical，biofuel就觉得boring。
:
: scaffold
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s********n
发帖数: 2939 | 62 其实Keasling的NB之处不在于他的学术水平有多高，而在于他的Social的能力顶尖。
【在 h**********r 的大作中提到】
: 其实我哪有资格评价他老啊！还是相当NB的！
|
s******y
发帖数: 28562 | 63 合成Taxol 其实更重要，不过这个难度挺高。
scaffold
【在 h**********r 的大作中提到】
: Keasling主要是在yeast中玩的，再说了K先生组在e. coli中偏好arabionose
: inducible的Pbad,早期Keasling在这个promoter上花了不少功夫包括模型和实验。
: 最近WHO已经发现青蒿素的耐药性出现了。这个比较搞，synthetic biology还没有搞好
: ，人家那边耐药性已经出现了。其实这工作也就这种大组有稳定的funding能玩玩儿。
: 不过说不定有些enzyme能对前体物修饰，一定程度上对抗这种耐药机制。
: 以前有篇报道，说这种pathway组装，需要大量的人力来完成（千老的作用显现出来了
: ），说Keasling的工作（从基因到产量）需要多少个postdoc 50年完成（数字不记得了
: ）。现在也有人在想发明更高效的pathway assembling的过程。keasling的工作有点像
: 是“炮轰”式，遇到问题了一堆人来做mutant克服inhibition啊尝试不同的表达量啊。
: 不喜欢思考形而上学的东东。这么些年来，其实让人印象深刻的东西不太多(scaffold
|
s********n
发帖数: 2939 | 64 ms植物细胞培养的产率也很高了现在，而且直接得到产物，现在E. coli的只是前体。
【在 s******y 的大作中提到】
: 合成Taxol 其实更重要，不过这个难度挺高。
:
: scaffold
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l*********1
发帖数: 351 | 65 不做pharma,不做biofuel,那做啥呢?如果能分享一下心得的话.做biological tools满
足好奇心?
【在 s******9 的大作中提到】
: 呵呵，老板私底下对他研究有相似的评价。想当初联系他postdoc的时候email，mail都
: 石沉大海。现在一看见人说用bacteria合成pharmaceutical，biofuel就觉得boring。
:
: scaffold
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h**********r
发帖数: 671 | 66 也说不上太boring吧。大多数人不都得这么折腾嘛～～
【在 s******9 的大作中提到】
: 呵呵，老板私底下对他研究有相似的评价。想当初联系他postdoc的时候email，mail都
: 石沉大海。现在一看见人说用bacteria合成pharmaceutical，biofuel就觉得boring。
:
: scaffold
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m***c
发帖数: 177 | 67 I am not a synthetic biology guy. By saying that, my work is not even close
to synthetic biology although we may share tools or knowledge in many
aspects of biological base.
Here are my $0.02.
1. Key difference between traditional molecular biologist or genetist:
Synthetist like to put genetic components into a bulk system to see how the
components work or if a living system can be created, while molecular
biologist uses 'molecular kung fu' to remove genetic components from a
living system to see how a component works. From this aspect, it is no more
than just a research tool that does bottom-up biological research. However,
it might be a better approach if you attempt to build some molecular devices
, such as ribosome complex and so on. It will be certainly a complementary
research method to traditional molecular biology.
2. Limitation: natural living system is much more complicated than anyone
could imagine. With millions of years evolution, any living system tends to
be optimized very well. The plasticity of a living system is the rock
science, which makes the artificial mimicry of being an almost impossible
mission. This is the true barrier to synthetists. The plasticity requires
complicated control and feedback system that results in a very complex model
though. So then, what can makes 'bottom up' be more special?
3. Future: a) it will probably be fading down to be a engineering tool for
drug industry, but sincerely wish this won't be a case. However, without
solid base on biological mechanism study, it's really questionable how far
this thing can go; b) it will be probable different story by focusing on
just engineering tools or by generating some molecular machines like Drew
Andy does, then this will eventually become the applied biology just like
applied physics. |
m***c
发帖数: 177 | 68 Hello, Demoner,
Thanks for the bonus. However, why my reply didn't show up? |
e**s
发帖数: 856 | 69 刚才写信联系keasling的postdoc, 过６分钟就给我回信了,说感谢我的兴趣,但是没位
置,让我联系另外一个教授.好感动啊. |
h**********r
发帖数: 671 | |
|
|
e**s
发帖数: 856 | 71 不是 是Arkin 他们好像很熟悉
我没有synthetic biology背景的,就是觉得可能以后挺有前途的,就联系看看.
【在 h**********r 的大作中提到】
: 不会让你联系liao吧？
|
s********n
发帖数: 2939 | 72 Keasling为人是很nice的，Arkin也不错，是LBL Bioscience的头。 |
l*********1
发帖数: 351 | 73 看着keasling组里postdoc的出路,觉着人还是恨挺学生的.跟peter schultz一样 |
h**********r
发帖数: 671 | 74 Arkin很牛的， eops你背景肯定很好，不然Keasling也不会这么说，搞定了报告一下吧
。 |
i*****g
发帖数: 11893 | 75 这东西 我不看好，很早就在nature 还是science news上看到的 build to understand
. if you cannot build it, you have NOT really understand it.指生物人，并不真
正知道生物
我觉得还是要走数学和模拟的路子，这种工程学引申过来的， 是半拉子
碰到生物这个复杂系统，会撞死在南墙上。
当然，不妨碍他们忽悠经费。人生苦短，忽悠10年也足够生存了 |
S******G
发帖数: 42 | 76 说到合成生物，怎么没有Elowitz?还是他现在不做了。。 |
i*****g
发帖数: 11893 | 77 大概在2004年，就看见什么 synthetic biology的说法，去caltech的网叶上瞄过， 在
忽悠什么 chemical circuit,
其实都是engineering 的幻想，
真要论复杂度，恐怕一个yeast都要超过航天飞机，我们这个时代，生物学仍然非常粗
陋 |
d*****r
发帖数: 2583 | 78 actually, it's the math tool that is still not available to model
biological system.
【在 i*****g 的大作中提到】
: 大概在2004年，就看见什么 synthetic biology的说法，去caltech的网叶上瞄过， 在
: 忽悠什么 chemical circuit,
: 其实都是engineering 的幻想，
: 真要论复杂度，恐怕一个yeast都要超过航天飞机，我们这个时代，生物学仍然非常粗
: 陋
|
i*****g
发帖数: 11893 | 79 是，我7--8 年前就形成了这样的看法：恐怕我们这个时代数学还没有发展到可以使用在
生物的地步。就等下一个牛顿了
其实，我在那个时候形成了这个看法：恐怕我们这个时代的物理学本身就是不完全的，
incomplete knowledge，要去从量子或经典物理 做一个蛋白的分子模拟都这么困难
我知道这对很多人是不可想象的，那么多数学，物理知识，生物WSN几乎都忙得学不了
这些，居然还不够用？ 嗯，是的，我确实这么认为。 |
i*****g
发帖数: 11893 | 80 其实吧，SYG发些晶体结构就可以成名
这是生物学里面基于物理学的观念，结构解释功能。
这也是个myth，更主要不在于其价值，而在于其话语权，一种来自物理和化学的背景。
可是一旦 开始相信，我们这个时代物理学本身就incomplete knowledge，这个晶体学
的价值就往下崩溃了2个等级 |
|
|
d***y
发帖数: 8536 | 81 现在又有好多人搞circuit了，如那个UCSF的Voigt。连UCSD的Palsson都开始干这个项
目了，大规模的忽悠circuit的时代开始了。呵呵
【在 i*****g 的大作中提到】
: 大概在2004年，就看见什么 synthetic biology的说法，去caltech的网叶上瞄过， 在
: 忽悠什么 chemical circuit,
: 其实都是engineering 的幻想，
: 真要论复杂度，恐怕一个yeast都要超过航天飞机，我们这个时代，生物学仍然非常粗
: 陋
|
h**********r
发帖数: 671 | 82 记得systems biology刚火起来，nature专刊中就有篇文章比较reverse engineering和
航天飞机的复杂程度的，好像是caltech的人写的。太久远了，不记得了。
说到model,前些日子也说到palsson的in silico organisms，网上的达人能ZKSS吗？有
没有好的strain improvement based on systems biology的paper给大家推推？既然不
能做到“俩基因一curve迷倒万千众生”，那我非常想多了解这种simulation。混饭吃
嘛：（
这是前两天和一个professor交流时他的email.
I included FBA as part of my computational biology class, so I am pretty
familiar with the capabilities of the COBRA toolbox. XXXXX has tried using
the COBRA toolbox to analyze experimental data, but without much success. 具
体细节不表. In general, XXXXX is pretty discouraged about FBA modeling but
still thinks that metabolic network reconstruction from genomes is useful
for other reasons, like identifying missing genes.
I take a more pragmatic approach to flux modeling. Constraint-based models
are not the only approach; furthermore, modeling can be useful even if the
model has to include some adjustable parameters to get agreement with
experimental data. When you have some experimental results you would like
to model, we can talk in more detail about the various modeling approaches.
ZKSS：） Thanks！
【在 i*****g 的大作中提到】
: 大概在2004年，就看见什么 synthetic biology的说法，去caltech的网叶上瞄过， 在
: 忽悠什么 chemical circuit,
: 其实都是engineering 的幻想，
: 真要论复杂度，恐怕一个yeast都要超过航天飞机，我们这个时代，生物学仍然非常粗
: 陋
|
i*****g
发帖数: 11893 | 83 没法展开说，系统生物学，就是从那些mechanism的图出发的，大家都很熟悉CNS paper
有时给个作用图，就那个东西，EE的人，很早就认为挺像电路图的。但我很怀疑EE的手
法，生物图里面 那个节点本身就比EE一个元件要复杂，另外生物元件都在细胞里面一
来一去，可不是如同EE电路固死在板上的。
有人问system biology的学法，这个是全新领域，大家都知道这是个方向，但没有定论
的，觉得怎么可以说得过去，就怎么忽悠。
我个人倾向于认为，我们甚至还没有足够的数学工具（不是说，建数学模型这个事情。
我是指，必须要发明一种新的数学分支。OMG，简直是要求再来一个牛顿了）。我猜测
，用数学里面的图论，大概可以试试。
但我不是数学系的，如果我有时间和心情，很想玩票学数学到PHD的水准。
今天我再说一点点个人的想法吧，我7-8年前就开始认为，所谓细胞，就是满足一个数
学构架的东西，柏拉图理念界的数学生命，在地球上可以由DNA或蛋白来执行，这个DNA
和蛋白仅仅是执行者而已。可以是其他执行体，相信在其他星球会是另外的一种碳生物
; 甚至可以是硅化学的生命。甚至也可以在超级的超级计算机中执行这个数学构架，这
就是life in silicon.
在这里，人工生命，生物，进化，融为一体，这个研究的高级阶段才谈得上人工智能。
这是个神的世界，据此，回头一看现在的那些个making story 的CNS，皆秕糠 |
i*****g
发帖数: 11893 | 84 估计会有傻博一 会问这玩意有什么用，嘿，这个是100年或300年后的科学了，
搞定这个，100个美国合力也不会是中国的对手啊，
这是生物WSN能YY的极限了，TNND，早生50年可以去打仗，晚生50年也可以打仗，我们
这个时代，只有上上网，混吃等死了。当然，邓癌团伙可以骑在中国人民脖子上拉屎，
转移资产+外F。邓轮是猪肉控，每天一斤猪肉就以为是幸福的天堂了。米国墙街可以继
续骗钱，米国中产阶级继续做梦老婆孩子车房 投资退休，
我等WSN只能绝望等死了，最多创创业，多赚点钱，然后老了送进火葬场烧成灰灰，和
历史上无数的群氓一个命运 |
M*******s
发帖数: 108 | 85 这个是 Palsson 的学生么
Jason Papin？？
【在 h**********r 的大作中提到】
: 记得systems biology刚火起来，nature专刊中就有篇文章比较reverse engineering和
: 航天飞机的复杂程度的，好像是caltech的人写的。太久远了，不记得了。
: 说到model,前些日子也说到palsson的in silico organisms，网上的达人能ZKSS吗？有
: 没有好的strain improvement based on systems biology的paper给大家推推？既然不
: 能做到“俩基因一curve迷倒万千众生”，那我非常想多了解这种simulation。混饭吃
: 嘛：（
: 这是前两天和一个professor交流时他的email.
: I included FBA as part of my computational biology class, so I am pretty
: familiar with the capabilities of the COBRA toolbox. XXXXX has tried using
: the COBRA toolbox to analyze experimental data, but without much success. 具
|
h**********r
发帖数: 671 | 86 对的。Jason Papin是Palsson的学生。前年还招postdoc准备做光合细菌/microalgae生
物能源相关的项目，说是和Harvard合作。不过不是主要方向。Jennifer Reed from
University of Wisconsin Madison也是Palsson的组里出来的。 |
a*****i
发帖数: 1045 | 87 zan!!
paper
【在 i*****g 的大作中提到】
: 没法展开说，系统生物学，就是从那些mechanism的图出发的，大家都很熟悉CNS paper
: 有时给个作用图，就那个东西，EE的人，很早就认为挺像电路图的。但我很怀疑EE的手
: 法，生物图里面 那个节点本身就比EE一个元件要复杂，另外生物元件都在细胞里面一
: 来一去，可不是如同EE电路固死在板上的。
: 有人问system biology的学法，这个是全新领域，大家都知道这是个方向，但没有定论
: 的，觉得怎么可以说得过去，就怎么忽悠。
: 我个人倾向于认为，我们甚至还没有足够的数学工具（不是说，建数学模型这个事情。
: 我是指，必须要发明一种新的数学分支。OMG，简直是要求再来一个牛顿了）。我猜测
: ，用数学里面的图论，大概可以试试。
: 但我不是数学系的，如果我有时间和心情，很想玩票学数学到PHD的水准。
|
d***y
发帖数: 8536 | 88 nice guy。我认识他。
【在 M*******s 的大作中提到】
: 这个是 Palsson 的学生么
: Jason Papin？？
|
d***y
发帖数: 8536 | 89 你可以等等 mascoma 就要发一个文章，用模型预测 和 strain的improvement的结果很
吻合，今年肯定要发出来。
【在 h**********r 的大作中提到】
: 记得systems biology刚火起来，nature专刊中就有篇文章比较reverse engineering和
: 航天飞机的复杂程度的，好像是caltech的人写的。太久远了，不记得了。
: 说到model,前些日子也说到palsson的in silico organisms，网上的达人能ZKSS吗？有
: 没有好的strain improvement based on systems biology的paper给大家推推？既然不
: 能做到“俩基因一curve迷倒万千众生”，那我非常想多了解这种simulation。混饭吃
: 嘛：（
: 这是前两天和一个professor交流时他的email.
: I included FBA as part of my computational biology class, so I am pretty
: familiar with the capabilities of the COBRA toolbox. XXXXX has tried using
: the COBRA toolbox to analyze experimental data, but without much success. 具
|
z*h
发帖数: 773 | 90 The use of metabolic model for simulation of complicated biological system
is a day dream based on available knowledge. The father of metabolic
engineering -- JE Bailey -- pointed it out in 1998.
Bailey, J. E. (1998) Mathematical modeling and analysis in biochemical
engineering: past accomplishments and future opportunities, Biotechnol. Prog
. 14, 8-20.
Who are really hearing his suggestions? In vivo synthetic biology for
biofuels production will be a dead end surely because of poor efficiencies
and too complicated systems. |
|
|
c**y
发帖数: 127 | 91 What do you think are the promising sub-areas of synthetic biology and bio-
fuel?
Prog
【在 z*h 的大作中提到】
: The use of metabolic model for simulation of complicated biological system
: is a day dream based on available knowledge. The father of metabolic
: engineering -- JE Bailey -- pointed it out in 1998.
: Bailey, J. E. (1998) Mathematical modeling and analysis in biochemical
: engineering: past accomplishments and future opportunities, Biotechnol. Prog
: . 14, 8-20.
: Who are really hearing his suggestions? In vivo synthetic biology for
: biofuels production will be a dead end surely because of poor efficiencies
: and too complicated systems.
|
d***y
发帖数: 8536 | 92 这个最近炒的热的一塌糊涂。我看了一些文章，感觉就是直接合成DNA 或者 RNA 而不
是用传统的方法来获得这些片断，然后能随自己意愿改造序列。对这些工作，还是感到
没有从根本上有所突破。大家都怎么看？ |
k*****o
发帖数: 1486 | 93 工程的人在搞model，想用数学公式解决问题，画条抛物线求最高点。
本质上就是利用biochemistry和enzymology的知识来工业化小分子的生产，个人感觉离
技术成熟还早，因为未知因素实在太多。 |
X******n
发帖数: 914 | 94 这只是synthetic biology的一部分。另一个重要方面是“understand by building”
：其理念是：what I can not create， I can not understand。如果我们看有机化学
的发展历史，最早的化学很象现在的生物学，是纯粹的天然产物化学。直到有机合成的
发展，化学取得了突飞猛进地发展。如果synthetic biology也能发展到有机合成的水
平，估计就可以彻底改变生物学的现状。
很想跳这个坑，可惜没人要啊。
【在 k*****o 的大作中提到】
: 工程的人在搞model，想用数学公式解决问题，画条抛物线求最高点。
: 本质上就是利用biochemistry和enzymology的知识来工业化小分子的生产，个人感觉离
: 技术成熟还早，因为未知因素实在太多。
|
d***y
发帖数: 8536 | 95 synthetic的G点就在，能随心所欲的合成核酸吧。我感觉这个学科是分子的一个分支而
已，它的产生完全是因为化学合成进步的结果， 如果要改变生物现状，能量远远不够。
【在 X******n 的大作中提到】
: 这只是synthetic biology的一部分。另一个重要方面是“understand by building”
: ：其理念是：what I can not create， I can not understand。如果我们看有机化学
: 的发展历史，最早的化学很象现在的生物学，是纯粹的天然产物化学。直到有机合成的
: 发展，化学取得了突飞猛进地发展。如果synthetic biology也能发展到有机合成的水
: 平，估计就可以彻底改变生物学的现状。
: 很想跳这个坑，可惜没人要啊。
|
n*********b
发帖数: 140 | |
k*****o
发帖数: 1486 | 97 所以说知识结构还远远不够，想在十分复杂生物体内optimize一个简单的反应，不是意
见容易的事情。不过话说回来，干什么都不容易，要不就不要搞science了
【在 X******n 的大作中提到】
: 这只是synthetic biology的一部分。另一个重要方面是“understand by building”
: ：其理念是：what I can not create， I can not understand。如果我们看有机化学
: 的发展历史，最早的化学很象现在的生物学，是纯粹的天然产物化学。直到有机合成的
: 发展，化学取得了突飞猛进地发展。如果synthetic biology也能发展到有机合成的水
: 平，估计就可以彻底改变生物学的现状。
: 很想跳这个坑，可惜没人要啊。
|
k*****o
发帖数: 1486 | 98 他们什么都想合成，核酸 蛋白质 油 石油...
够。
【在 d***y 的大作中提到】
: synthetic的G点就在，能随心所欲的合成核酸吧。我感觉这个学科是分子的一个分支而
: 已，它的产生完全是因为化学合成进步的结果， 如果要改变生物现状，能量远远不够。
|
d*****r
发帖数: 2583 | 99 想法不错，Wendell Lim曾经在Nature Chemical Biology上面写了一篇Commentary:
Synthetic biology: lessons from the history of synthetic organic chemistry
http://limlab.ucsf.edu/papers/pdfs/bjy_2007b.pdf
做synthetic biology就要跟Wendell Lim做。
【在 X******n 的大作中提到】
: 这只是synthetic biology的一部分。另一个重要方面是“understand by building”
: ：其理念是：what I can not create， I can not understand。如果我们看有机化学
: 的发展历史，最早的化学很象现在的生物学，是纯粹的天然产物化学。直到有机合成的
: 发展，化学取得了突飞猛进地发展。如果synthetic biology也能发展到有机合成的水
: 平，估计就可以彻底改变生物学的现状。
: 很想跳这个坑，可惜没人要啊。
|
l*********1
发帖数: 351 | 100 Wendell Lim做得很性感,不过理论性稍微强了点,实际应用不给力啊.我觉着还是做代谢
工程的那帮子靠谱点.keasling,liao,stephanopoulos,nielsen之类的 |
|
|
k*****o
发帖数: 1486 | 101 能大致点评一下后两位吗？如果四位一起更好.thanks
【在 l*********1 的大作中提到】
: Wendell Lim做得很性感,不过理论性稍微强了点,实际应用不给力啊.我觉着还是做代谢
: 工程的那帮子靠谱点.keasling,liao,stephanopoulos,nielsen之类的
|
d*****r
发帖数: 2583 | 102 I think it's because he is aiming for big.
He tries to systematically establish the foundation of "synthetic
biology", not just a bunch of CNS papers. You can feel that ambition in
the Nature Chemical Biology paper when he compares synthetic biology with
synthetic organic chemistry.
man, he even named his lab as "Cell Propulsion Lab", think about the "Jet
Propulsion Lab" in 1940-50s...
【在 l*********1 的大作中提到】
: Wendell Lim做得很性感,不过理论性稍微强了点,实际应用不给力啊.我觉着还是做代谢
: 工程的那帮子靠谱点.keasling,liao,stephanopoulos,nielsen之类的
|
d***y
发帖数: 8536 | 103 也没见他们有啥产品应用了.keasling从盖茨基金会搞了那么多钱整青蒿素，好像基本
上还在试验阶段。 Liao的那些higher alcohols的产量都低得很。stephanopoulos不大
懂了，好像啥都整，不过随便弄个idea就上CNS了。Nielsen感觉还是做模型拿手些，最
近也不知道整出啥东西来了。我一个师兄在nielsen那干访问学者，对他那现状不敢恭
维。
【在 l*********1 的大作中提到】
: Wendell Lim做得很性感,不过理论性稍微强了点,实际应用不给力啊.我觉着还是做代谢
: 工程的那帮子靠谱点.keasling,liao,stephanopoulos,nielsen之类的
|
h**********r
发帖数: 671 | 104 我老觉得还是已经故去的James Bailey才是真正的NB！后来从Caltech去了ETH，挺多8g
可以8的。虽然做的没那么fancy，还是挺牛的。他老去世的时候，BB也是出了专刊的，
鼓励他这一辈子在辛勤地在BB上灌了上百篇水。liao也写了篇回忆的文章。那一期BB上
还有个进化树，Bailey就是树根，好像中国大陆出来的就有一个真正是Bailey的学生。
liao还是不错的，也算受过挺正统的ME的熏陶，然后逮着一个pathway往死里整，最近
又灌了个NB。让我们这些土鳖烂校千老情何以堪内牛满面！不过人家也想develop一点
新工具的。
keasling：亲爱的你慢慢吹，小心前面带刺的XXX～～～战略忽悠据K局长。
另外Daniel I.C. Wang也挺NB的，不像这些个哥们儿往死里吹。也是默默地在BB上灌水
，在其80大寿的时候，BB也是发过专刊的。stephanopoulos和Nielsen常常往中国跑，
不知道算不算中国人民的老朋友。stephanopoulos感觉挺依赖手下一干postdoc的灵光
一现的，一会儿干个NCS然后就没下文了。Nielsen可能不该从DTU去瑞典吧。感觉做
metabolic engineering的还是要生化的底子好，触类旁通物我两忘菌人合一。Nielsen
有时候用力太过。做ME的人有时候认识事物太僵化太机械。高通量啊XX组啊XX芯片啊，
“五色、令人目盲。五音、令人耳聋。五味、令人口爽”。还是佩服整俩基因画俩
curve，发个CNS的。当然我不是说systems不重要。抓不住本质P都不是啊都不是啊都不
是啊都不是啊！ |
x********u
发帖数: 430 | 105 I am now trying to switch my PhD project to SynBio area. My current work
focus on creating the best phenotype or genetic background to maximize
carbons flux towards an important intermediate metabolites and ulitmately we
are going to overproduce some natural products. Currently, the volumetric
production of one of our major products has reached 2 g/l.
Although traditional metabolic engineering or metabolic network modeling
holds great promise to engineer better industrially-revelant phenotype, gene
overexpression/silencing/knockout or flux balance models can not lead to
ideal strains for industrial application. Novel approaches such as SynBio
wich aims to harness/unleash the regulatory controls over a specific
phenotype, should have better chance to win this field. Genetic circuit,
synthetic sensors or valves with tunable or reprogrammable characteristics
should be incorporated according to basic engineering principles. A good
example for this subject is a paper published on Nature Biotechnology in
2009 authored by James Collins. They have constructed a genetic circuit form
which they can controlthe timing of yeast sedimentation, an important
phenotype responsible for the types of beer you get.If you like larger beer,
bottom-fermenting yeast or fast-sedimenting yeast strains should be used
for your brewing; otherwise top-fermenting yeast will give you ale beer
which contains more aromatic flavors and tastes totally different. |
x********u
发帖数: 430 | 106 Stephanopoulos is a very nice person. My ShiXiong is now working as a pre-
postdoc in his lab. Peoples in his lab can manage his funding account and
get reimbursement for anything (eating outside) and he never asked it. He is
old (61) but sitll very ambitious. Now most of his energy is focused on the
taxol project. Last October they had a paper published on Science about
cost-efficient produciton of taxadiene, a precursor for taxol. But they
still have a long way from taxol. |
d***y
发帖数: 8536 | 107 分析的深入，俺震精了！
8g
【在 h**********r 的大作中提到】
: 我老觉得还是已经故去的James Bailey才是真正的NB！后来从Caltech去了ETH，挺多8g
: 可以8的。虽然做的没那么fancy，还是挺牛的。他老去世的时候，BB也是出了专刊的，
: 鼓励他这一辈子在辛勤地在BB上灌了上百篇水。liao也写了篇回忆的文章。那一期BB上
: 还有个进化树，Bailey就是树根，好像中国大陆出来的就有一个真正是Bailey的学生。
: liao还是不错的，也算受过挺正统的ME的熏陶，然后逮着一个pathway往死里整，最近
: 又灌了个NB。让我们这些土鳖烂校千老情何以堪内牛满面！不过人家也想develop一点
: 新工具的。
: keasling：亲爱的你慢慢吹，小心前面带刺的XXX～～～战略忽悠据K局长。
: 另外Daniel I.C. Wang也挺NB的，不像这些个哥们儿往死里吹。也是默默地在BB上灌水
: ，在其80大寿的时候，BB也是发过专刊的。stephanopoulos和Nielsen常常往中国跑，
|
d***y
发帖数: 8536 | 108 Really? It's amazing.
is
the
【在 x********u 的大作中提到】
: Stephanopoulos is a very nice person. My ShiXiong is now working as a pre-
: postdoc in his lab. Peoples in his lab can manage his funding account and
: get reimbursement for anything (eating outside) and he never asked it. He is
: old (61) but sitll very ambitious. Now most of his energy is focused on the
: taxol project. Last October they had a paper published on Science about
: cost-efficient produciton of taxadiene, a precursor for taxol. But they
: still have a long way from taxol.
|
h**********r
发帖数: 671 | 109 您P挨着地了灌水更勤了吧。You guys are so young and have a very good starting
point~~! Anyway, stay in touch!
【在 d***y 的大作中提到】
: 分析的深入，俺震精了！
:
: 8g
|
s*******s
发帖数: 623 | 110 这个帖子可以加精了！
超赞12，13，14，15楼的！
收藏了！
谢谢！ |
|
|
h**********r
发帖数: 671 | 111 谢谢demoner，收到包子了。
唉，刚刚还后悔要不要把自己的post删了呢，觉得有点粪青了，还是潜伏着比较好。波
大儿的 James Collins就是牛啊，絮凝酵母floc基因多少年的玩意儿了整整就发NB了。
我老也还真看了点这方面的paper.
microbial flocculation挺有意思的，我们小lab老中也就想克隆个gene表达在不同的
promoter不同的菌里面下干个AEM，看看人家，Genetic and Epigenetic Regulation
of the FLO Gene Family Generates Cell-Surface Variation in Yeast， Cell, Vol
. 116, 405–415, February 6, 2004
FLO1 Is a Variable Green Beard Gene that Drives Biofilm-like Cooperation in
Budding Yeast, Cell 135, 726–737, November 14, 2008 |
x********u
发帖数: 430 | 112 Jay Bailey可以称得上现代生化工程的鼻祖，去年AIChE年会上Bailey Awards授给了
Berkeley的Harvey blanch，他把一整套化学工程(动力学，物质传递)/数学分析的方法
用在了生化系统. 以前获得过此奖的人还有Gregory Stephanopoulos, Jay Keasling and
James Liao.
Keasling及门生都玩的很玄乎，smolke在做adaptmer， MIT的Jones Prather做的比较
实在。题外话，keasling实验室没有中国学生，不知道什么原因。此外 keasling是少
数公开的G-professor.
Nielsen也市领域中的牛人，书架还有他老人家的Bioreaction Engineering
Principles，虽然没怎么翻过(汗)。
遗憾的是james liao(台湾人)去年院士评选时没有通过，Keasling则蟾宫折桂，毕竟是
美国白人。Liao做院士也是早晚的事儿。Stepah早已是院士，整天忙得不亦乐乎。很明显
keasling和stepha是最大的两家，徒子徒孙打得很厉害。keasling守着西海岸，威霸UC
系统，而且向东边进军(Prather MIT)，Stepha则稳据东海岸，门生遍布Top30化工系。
8g
【在 h**********r 的大作中提到】
: 我老觉得还是已经故去的James Bailey才是真正的NB！后来从Caltech去了ETH，挺多8g
: 可以8的。虽然做的没那么fancy，还是挺牛的。他老去世的时候，BB也是出了专刊的，
: 鼓励他这一辈子在辛勤地在BB上灌了上百篇水。liao也写了篇回忆的文章。那一期BB上
: 还有个进化树，Bailey就是树根，好像中国大陆出来的就有一个真正是Bailey的学生。
: liao还是不错的，也算受过挺正统的ME的熏陶，然后逮着一个pathway往死里整，最近
: 又灌了个NB。让我们这些土鳖烂校千老情何以堪内牛满面！不过人家也想develop一点
: 新工具的。
: keasling：亲爱的你慢慢吹，小心前面带刺的XXX～～～战略忽悠据K局长。
: 另外Daniel I.C. Wang也挺NB的，不像这些个哥们儿往死里吹。也是默默地在BB上灌水
: ，在其80大寿的时候，BB也是发过专刊的。stephanopoulos和Nielsen常常往中国跑，
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s*******s
发帖数: 623 | 113 我开始崇拜你了！
and
【在 x********u 的大作中提到】
: Jay Bailey可以称得上现代生化工程的鼻祖，去年AIChE年会上Bailey Awards授给了
: Berkeley的Harvey blanch，他把一整套化学工程(动力学，物质传递)/数学分析的方法
: 用在了生化系统. 以前获得过此奖的人还有Gregory Stephanopoulos, Jay Keasling and
: James Liao.
: Keasling及门生都玩的很玄乎，smolke在做adaptmer， MIT的Jones Prather做的比较
: 实在。题外话，keasling实验室没有中国学生，不知道什么原因。此外 keasling是少
: 数公开的G-professor.
: Nielsen也市领域中的牛人，书架还有他老人家的Bioreaction Engineering
: Principles，虽然没怎么翻过(汗)。
: 遗憾的是james liao(台湾人)去年院士评选时没有通过，Keasling则蟾宫折桂，毕竟是
|
s**********e
发帖数: 2888 | 114 what is G-professor?
and
【在 x********u 的大作中提到】
: Jay Bailey可以称得上现代生化工程的鼻祖，去年AIChE年会上Bailey Awards授给了
: Berkeley的Harvey blanch，他把一整套化学工程(动力学，物质传递)/数学分析的方法
: 用在了生化系统. 以前获得过此奖的人还有Gregory Stephanopoulos, Jay Keasling and
: James Liao.
: Keasling及门生都玩的很玄乎，smolke在做adaptmer， MIT的Jones Prather做的比较
: 实在。题外话，keasling实验室没有中国学生，不知道什么原因。此外 keasling是少
: 数公开的G-professor.
: Nielsen也市领域中的牛人，书架还有他老人家的Bioreaction Engineering
: Principles，虽然没怎么翻过(汗)。
: 遗憾的是james liao(台湾人)去年院士评选时没有通过，Keasling则蟾宫折桂，毕竟是
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x********u
发帖数: 430 | 115 同志
【在 s**********e 的大作中提到】
: what is G-professor?
:
: and
|
h**********r
发帖数: 671 | 116 对的，K就一个中国postdoc,现在已经faculty了。 |
h**********r
发帖数: 671 | 117 http://stkarnick.com/culture/2011/03/21/national-science-founda
On the February 23rd broadcast, a synthetic biologist from Nebraska named
Jay Keasling was profiled. Keasling’s interests are currently focused on
synthetic biofuels research and, it’s made abundantly clear, having sex
with other men.
Jay Keasling
Keasling admits he’s gay, but because of peer pressure in the Bible-belt
Midwest he didn’t “come out” until he moved to Berkeley to do research.
His father, in a brief insert, says he accepts his son’s orientation.
Why it was necessary even to mention Keasling’s homosexuality in the
context of a science program isn’t clear at all. If he were studying sexual
orientation instead of “designer” microbes, then his gayness might have
some relevance.
One may conclude that this was just one more attempt to mainstream the gay
agenda aimed at young people while using tax payer money. |
d***y
发帖数: 8536 | 118 听过jim collins一个研究生的报告，水平很了得。我们组的人羡慕啊。
Vol
in
【在 h**********r 的大作中提到】
: 谢谢demoner，收到包子了。
: 唉，刚刚还后悔要不要把自己的post删了呢，觉得有点粪青了，还是潜伏着比较好。波
: 大儿的 James Collins就是牛啊，絮凝酵母floc基因多少年的玩意儿了整整就发NB了。
: 我老也还真看了点这方面的paper.
: microbial flocculation挺有意思的，我们小lab老中也就想克隆个gene表达在不同的
: promoter不同的菌里面下干个AEM，看看人家，Genetic and Epigenetic Regulation
: of the FLO Gene Family Generates Cell-Surface Variation in Yeast， Cell, Vol
: . 116, 405–415, February 6, 2004
: FLO1 Is a Variable Green Beard Gene that Drives Biofilm-like Cooperation in
: Budding Yeast, Cell 135, 726–737, November 14, 2008
|
d***y
发帖数: 8536 | 119 您老是我版学术8g的rising star.
and
【在 x********u 的大作中提到】
: Jay Bailey可以称得上现代生化工程的鼻祖，去年AIChE年会上Bailey Awards授给了
: Berkeley的Harvey blanch，他把一整套化学工程(动力学，物质传递)/数学分析的方法
: 用在了生化系统. 以前获得过此奖的人还有Gregory Stephanopoulos, Jay Keasling and
: James Liao.
: Keasling及门生都玩的很玄乎，smolke在做adaptmer， MIT的Jones Prather做的比较
: 实在。题外话，keasling实验室没有中国学生，不知道什么原因。此外 keasling是少
: 数公开的G-professor.
: Nielsen也市领域中的牛人，书架还有他老人家的Bioreaction Engineering
: Principles，虽然没怎么翻过(汗)。
: 遗憾的是james liao(台湾人)去年院士评选时没有通过，Keasling则蟾宫折桂，毕竟是
|
x********u
发帖数: 430 | 120 承蒙抬爱。不过纠正一下，Keasling实验室中国学生寥寥无几，YinJie Tang (U
Washington)是他的postdoc,现在我知道UCLA Yi Tang (师从Francis Arnold)门下一学
生在Keasling门下做postdoc，以后也会是学术牛人
【在 d***y 的大作中提到】
: 您老是我版学术8g的rising star.
:
: and
|
|
|
C*******e
发帖数: 4348 | 121 谢谢分享好文！
【在 d*****r 的大作中提到】
: 想法不错，Wendell Lim曾经在Nature Chemical Biology上面写了一篇Commentary:
: Synthetic biology: lessons from the history of synthetic organic chemistry
: http://limlab.ucsf.edu/papers/pdfs/bjy_2007b.pdf
: 做synthetic biology就要跟Wendell Lim做。
|
h**********r
发帖数: 671 | 122 Wilfred Chen,原来也是啊!后来看他玩的不是这套就秒杀了。而且不知道他跑到U.
Delaware了。Ruizhen倒是知道的。 |
X******n
发帖数: 914 | 123 把你的thesis发来拜读一下？我这个synthetic bio的门外汉只有读paper来enjoy其中
的乐趣了。不象这里科班出生的牛人，知道好多内幕。羡慕啊。。。 |
h**********r
发帖数: 671 | 124 赶明儿做个列表，把这帮家伙来个大起底。比如说university of wisconsin madison
的，UIUC的，RICe，MIT,哈佛的，dartmouth,UC系统的，德州系统的，宾州的，GIT的
，明尼苏达的，加州的还有别的地儿的～
Very yellow, very violent!
----By Sanger |
h**********r
发帖数: 671 | 125 我也是门外汉，跟的老板不是化工就是发酵的，系里的seminar不是农业自动化就是食
品包装。可怜啊！！
老板让做strain improvement,都不知道哪儿来的野菌，要不就来个巨robust的真菌，
MD,连个基因转化的paper都没有。
每每看到XXX人又发牛文，心痛啊！真是羡慕啊！没办法，科研血统不行。 |
I*****h
发帖数: 470 | 126 您真是高屋建瓴啊，这么多牛人都被你镇住了！
你的那两篇Science和Nature的paper怎么样了？
听说编辑被你拒了？
.
1186 |
d***y
发帖数: 8536 | 127 说起来是跨学科的系，其实是两眼一行泪啊，俺深有感触。
【在 h**********r 的大作中提到】
: 我也是门外汉，跟的老板不是化工就是发酵的，系里的seminar不是农业自动化就是食
: 品包装。可怜啊！！
: 老板让做strain improvement,都不知道哪儿来的野菌，要不就来个巨robust的真菌，
: MD,连个基因转化的paper都没有。
: 每每看到XXX人又发牛文，心痛啊！真是羡慕啊！没办法，科研血统不行。
|
x********u
发帖数: 430 | 128 我猜你是做生物能源相关的。
【在 h**********r 的大作中提到】
: 我也是门外汉，跟的老板不是化工就是发酵的，系里的seminar不是农业自动化就是食
: 品包装。可怜啊！！
: 老板让做strain improvement,都不知道哪儿来的野菌，要不就来个巨robust的真菌，
: MD,连个基因转化的paper都没有。
: 每每看到XXX人又发牛文，心痛啊！真是羡慕啊！没办法，科研血统不行。
|
h**********r
发帖数: 671 | 129 对的，算是搞biofuel的吧。唉，可惜真的伤不起啊～～～对了，这个会议有人去吧。
33rd Symposium on Biotechnology for Fuels and Chemicals
May 2-5, 2011
Sheraton Seattle
Seattle, WA
到时候好好向大家学习学习。如果版上那位老兄faculty了，跟着做做postdoc.好好过
过metabolic engineering/synthetic biology的瘾。 |
h**********r
发帖数: 671 | |
|
|
I*****h
发帖数: 470 | 131 大家敢做敢当吗
发了帖子又删了干嘛？
搞得人家回帖的有一头没一头的 |
s********n
发帖数: 2939 | 132 Keasling青蒿素产率很高，已经很成熟了，不过这东东本来就不贵，社会影响大于经济
考虑；
Liao最近有一片文号称能到达30 g/l的butanol，已经很高了；
感觉stephanopoulos现在不是很活跃了，不过是老资格了，大家都卖面子；
nielsen主要做yeast，应用好像还不错。
【在 d***y 的大作中提到】
: 也没见他们有啥产品应用了.keasling从盖茨基金会搞了那么多钱整青蒿素，好像基本
: 上还在试验阶段。 Liao的那些higher alcohols的产量都低得很。stephanopoulos不大
: 懂了，好像啥都整，不过随便弄个idea就上CNS了。Nielsen感觉还是做模型拿手些，最
: 近也不知道整出啥东西来了。我一个师兄在nielsen那干访问学者，对他那现状不敢恭
: 维。
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s********n
发帖数: 2939 | 133 个人比较喜欢Cris voigt的风格，他也算是新星了，今年就要转去MIT。 |
s********n
发帖数: 2939 | 134 Harvey Blanch最近没有什么好文章了，但是社会活动超多；
Keasling现在处于铺摊子，占地盘的阶段，所以很多pathway都不是很深入有，但现在
他老人家也占地盘站的差不多了，开始发力了；
Liao水品很不错，但感觉他的表达能力不行，可能是大多数中国（台湾）PI的通病。
and
【在 x********u 的大作中提到】
: Jay Bailey可以称得上现代生化工程的鼻祖，去年AIChE年会上Bailey Awards授给了
: Berkeley的Harvey blanch，他把一整套化学工程(动力学，物质传递)/数学分析的方法
: 用在了生化系统. 以前获得过此奖的人还有Gregory Stephanopoulos, Jay Keasling and
: James Liao.
: Keasling及门生都玩的很玄乎，smolke在做adaptmer， MIT的Jones Prather做的比较
: 实在。题外话，keasling实验室没有中国学生，不知道什么原因。此外 keasling是少
: 数公开的G-professor.
: Nielsen也市领域中的牛人，书架还有他老人家的Bioreaction Engineering
: Principles，虽然没怎么翻过(汗)。
: 遗憾的是james liao(台湾人)去年院士评选时没有通过，Keasling则蟾宫折桂，毕竟是
|
s********n
发帖数: 2939 | 135 现在不少的，包括香港，台湾，ABC和大陆的有5，6个学生。
【在 x********u 的大作中提到】
: 承蒙抬爱。不过纠正一下，Keasling实验室中国学生寥寥无几，YinJie Tang (U
: Washington)是他的postdoc,现在我知道UCLA Yi Tang (师从Francis Arnold)门下一学
: 生在Keasling门下做postdoc，以后也会是学术牛人
|
x********u
发帖数: 430 | 136 不错不错，感谢及时更正信息。
【在 s********n 的大作中提到】
: 现在不少的，包括香港，台湾，ABC和大陆的有5，6个学生。
|
M*****n
发帖数: 16729 | 137 最近Bill Gates好像要投资到synthetic biology.
每个grant $1M |
I*****h
发帖数: 470 | 138 版上几个大牛可以联合请缨弄一个
【在 M*****n 的大作中提到】
: 最近Bill Gates好像要投资到synthetic biology.
: 每个grant $1M
|
s********n
发帖数: 2939 | 139 Keasling就是靠Gates的funding发家的，呵呵！
【在 M*****n 的大作中提到】
: 最近Bill Gates好像要投资到synthetic biology.
: 每个grant $1M
|
l*********1
发帖数: 351 | 140 关键是青蒿素本来就是给亚非穷兄弟用的,传统的生物提取还是鬼.keasling自称通过他
的方法降低成本到原来的1/10,功德还是有的.
觉着代谢工程么还是盯着香料,药物中间体这种高附加值的东东,短期内更用应用前景点
. |
|
|
a********k
发帖数: 2273 | 141 传统青蒿素每片成本都到7美分了吧，如果我没记错的话。Keasling的那个成本是他自
己YY的，基本，反正没有公司做过。不知道厂房，发酵罐，物流加起来是不是比中国大
田种植的要便宜。关键大田种植的成本是看土地和人工的，中国现在土地价值也越来越
高。
【在 l*********1 的大作中提到】
: 关键是青蒿素本来就是给亚非穷兄弟用的,传统的生物提取还是鬼.keasling自称通过他
: 的方法降低成本到原来的1/10,功德还是有的.
: 觉着代谢工程么还是盯着香料,药物中间体这种高附加值的东东,短期内更用应用前景点
: .
|
d***y
发帖数: 8536 | 142 发酵过程中加那么多IPTG，这价格就不可能太便宜。
【在 a********k 的大作中提到】
: 传统青蒿素每片成本都到7美分了吧，如果我没记错的话。Keasling的那个成本是他自
: 己YY的，基本，反正没有公司做过。不知道厂房，发酵罐，物流加起来是不是比中国大
: 田种植的要便宜。关键大田种植的成本是看土地和人工的，中国现在土地价值也越来越
: 高。
|
x********u
发帖数: 430 | 143 The only downside of large-scale fermentation is the energy input.
For a typical 30,000L aerobic fermenter, the motor (agitator) will consume
more than a few hundred thousand Watts, not to mention the downstream
purification process.
IPTG is prohibitivly expensive to be used for large scale fermentaion, some
alternative inducers such as lactose or arabinose will be used.
【在 d***y 的大作中提到】
: 发酵过程中加那么多IPTG，这价格就不可能太便宜。
|
h***e
发帖数: 146 | 144 为啥不用constitutive promoter？
【在 d***y 的大作中提到】
: 发酵过程中加那么多IPTG，这价格就不可能太便宜。
|
s********n
发帖数: 2939 | 145 真正工业化生产不可能用IPTG的，IPTG只是在实验室水平用的。
【在 d***y 的大作中提到】
: 发酵过程中加那么多IPTG，这价格就不可能太便宜。
|
s********n
发帖数: 2939 | 146 他的这个项目根本就没有商业化，其政治（或者说社会）效益远大于经济效益，后面忽
悠的funding那是滚滚的。
就连他的上市公司7年来也没真正赚到钱（股市的不算）。
【在 l*********1 的大作中提到】
: 关键是青蒿素本来就是给亚非穷兄弟用的,传统的生物提取还是鬼.keasling自称通过他
: 的方法降低成本到原来的1/10,功德还是有的.
: 觉着代谢工程么还是盯着香料,药物中间体这种高附加值的东东,短期内更用应用前景点
: .
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h**********r
发帖数: 671 | 147 Keasling主要是在yeast中玩的，再说了K先生组在e. coli中偏好arabionose
inducible的Pbad,早期Keasling在这个promoter上花了不少功夫包括模型和实验。
最近WHO已经发现青蒿素的耐药性出现了。这个比较搞，synthetic biology还没有搞好
，人家那边耐药性已经出现了。其实这工作也就这种大组有稳定的funding能玩玩儿。
不过说不定有些enzyme能对前体物修饰，一定程度上对抗这种耐药机制。
以前有篇报道，说这种pathway组装，需要大量的人力来完成（千老的作用显现出来了
），说Keasling的工作（从基因到产量）需要多少个postdoc 50年完成（数字不记得了
）。现在也有人在想发明更高效的pathway assembling的过程。keasling的工作有点像
是“炮轰”式，遇到问题了一堆人来做mutant克服inhibition啊尝试不同的表达量啊。
不喜欢思考形而上学的东东。这么些年来，其实让人印象深刻的东西不太多(scaffold
上蛋白的表达synthetic operon等)。去年发的那篇nature关于e. coli产fatty-acid-
derived的fuel的，其实就是综合了以前的别人发在AEM,metabolic egineering,
microbiology上的文章。如果他不是K，真的很难想象能灌这个水。 |
X******n
发帖数: 914 | 148 150个postdoc一年的工作量。
scaffold
【在 h**********r 的大作中提到】
: Keasling主要是在yeast中玩的，再说了K先生组在e. coli中偏好arabionose
: inducible的Pbad,早期Keasling在这个promoter上花了不少功夫包括模型和实验。
: 最近WHO已经发现青蒿素的耐药性出现了。这个比较搞，synthetic biology还没有搞好
: ，人家那边耐药性已经出现了。其实这工作也就这种大组有稳定的funding能玩玩儿。
: 不过说不定有些enzyme能对前体物修饰，一定程度上对抗这种耐药机制。
: 以前有篇报道，说这种pathway组装，需要大量的人力来完成（千老的作用显现出来了
: ），说Keasling的工作（从基因到产量）需要多少个postdoc 50年完成（数字不记得了
: ）。现在也有人在想发明更高效的pathway assembling的过程。keasling的工作有点像
: 是“炮轰”式，遇到问题了一堆人来做mutant克服inhibition啊尝试不同的表达量啊。
: 不喜欢思考形而上学的东东。这么些年来，其实让人印象深刻的东西不太多(scaffold
|
h**********r
发帖数: 671 | 149 Thank you for pointing out!
发信人: XBaldwin (Baldwin), 信区: Biology
标 题: Re: 大家讨论一下synthetic biology吧
发信站: BBS 未名空间站 (Fri Apr 1 17:01:26 2011, 美东)
150个postdoc一年的工作量。 |
d***y
发帖数: 8536 | 150 最贵的是蒸汽吧。我在发酵厂实习过的，蒸汽的成本非常高。
some
【在 x********u 的大作中提到】
: The only downside of large-scale fermentation is the energy input.
: For a typical 30,000L aerobic fermenter, the motor (agitator) will consume
: more than a few hundred thousand Watts, not to mention the downstream
: purification process.
: IPTG is prohibitivly expensive to be used for large scale fermentaion, some
: alternative inducers such as lactose or arabinose will be used.
|
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s******9
发帖数: 283 | 151 呵呵，老板私底下对他研究有相似的评价。想当初联系他postdoc的时候email，mail都
石沉大海。现在一看见人说用bacteria合成pharmaceutical，biofuel就觉得boring。
scaffold
【在 h**********r 的大作中提到】
: Keasling主要是在yeast中玩的，再说了K先生组在e. coli中偏好arabionose
: inducible的Pbad,早期Keasling在这个promoter上花了不少功夫包括模型和实验。
: 最近WHO已经发现青蒿素的耐药性出现了。这个比较搞，synthetic biology还没有搞好
: ，人家那边耐药性已经出现了。其实这工作也就这种大组有稳定的funding能玩玩儿。
: 不过说不定有些enzyme能对前体物修饰，一定程度上对抗这种耐药机制。
: 以前有篇报道，说这种pathway组装，需要大量的人力来完成（千老的作用显现出来了
: ），说Keasling的工作（从基因到产量）需要多少个postdoc 50年完成（数字不记得了
: ）。现在也有人在想发明更高效的pathway assembling的过程。keasling的工作有点像
: 是“炮轰”式，遇到问题了一堆人来做mutant克服inhibition啊尝试不同的表达量啊。
: 不喜欢思考形而上学的东东。这么些年来，其实让人印象深刻的东西不太多(scaffold
|
h**********r
发帖数: 671 | 152 其实我哪有资格评价他老啊！还是相当NB的！
【在 s******9 的大作中提到】
: 呵呵，老板私底下对他研究有相似的评价。想当初联系他postdoc的时候email，mail都
: 石沉大海。现在一看见人说用bacteria合成pharmaceutical，biofuel就觉得boring。
:
: scaffold
|
s********n
发帖数: 2939 | 153 其实Keasling的NB之处不在于他的学术水平有多高，而在于他的Social的能力顶尖。
【在 h**********r 的大作中提到】
: 其实我哪有资格评价他老啊！还是相当NB的！
|
s******y
发帖数: 28562 | 154 合成Taxol 其实更重要，不过这个难度挺高。
scaffold
【在 h**********r 的大作中提到】
: Keasling主要是在yeast中玩的，再说了K先生组在e. coli中偏好arabionose
: inducible的Pbad,早期Keasling在这个promoter上花了不少功夫包括模型和实验。
: 最近WHO已经发现青蒿素的耐药性出现了。这个比较搞，synthetic biology还没有搞好
: ，人家那边耐药性已经出现了。其实这工作也就这种大组有稳定的funding能玩玩儿。
: 不过说不定有些enzyme能对前体物修饰，一定程度上对抗这种耐药机制。
: 以前有篇报道，说这种pathway组装，需要大量的人力来完成（千老的作用显现出来了
: ），说Keasling的工作（从基因到产量）需要多少个postdoc 50年完成（数字不记得了
: ）。现在也有人在想发明更高效的pathway assembling的过程。keasling的工作有点像
: 是“炮轰”式，遇到问题了一堆人来做mutant克服inhibition啊尝试不同的表达量啊。
: 不喜欢思考形而上学的东东。这么些年来，其实让人印象深刻的东西不太多(scaffold
|
s********n
发帖数: 2939 | 155 ms植物细胞培养的产率也很高了现在，而且直接得到产物，现在E. coli的只是前体。
【在 s******y 的大作中提到】
: 合成Taxol 其实更重要，不过这个难度挺高。
:
: scaffold
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l*********1
发帖数: 351 | 156 不做pharma,不做biofuel,那做啥呢?如果能分享一下心得的话.做biological tools满
足好奇心?
【在 s******9 的大作中提到】
: 呵呵，老板私底下对他研究有相似的评价。想当初联系他postdoc的时候email，mail都
: 石沉大海。现在一看见人说用bacteria合成pharmaceutical，biofuel就觉得boring。
:
: scaffold
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h**********r
发帖数: 671 | 157 也说不上太boring吧。大多数人不都得这么折腾嘛～～
【在 s******9 的大作中提到】
: 呵呵，老板私底下对他研究有相似的评价。想当初联系他postdoc的时候email，mail都
: 石沉大海。现在一看见人说用bacteria合成pharmaceutical，biofuel就觉得boring。
:
: scaffold
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m***c
发帖数: 177 | 158 I am not a synthetic biology guy. By saying that, my work is not even close
to synthetic biology although we may share tools or knowledge in many
aspects of biological base.
Here are my $0.02.
1. Key difference between traditional molecular biologist or genetist:
Synthetist like to put genetic components into a bulk system to see how the
components work or if a living system can be created, while molecular
biologist uses 'molecular kung fu' to remove genetic components from a
living system to see how a component works. From this aspect, it is no more
than just a research tool that does bottom-up biological research. However,
it might be a better approach if you attempt to build some molecular devices
, such as ribosome complex and so on. It will be certainly a complementary
research method to traditional molecular biology.
2. Limitation: natural living system is much more complicated than anyone
could imagine. With millions of years evolution, any living system tends to
be optimized very well. The plasticity of a living system is the rock
science, which makes the artificial mimicry of being an almost impossible
mission. This is the true barrier to synthetists. The plasticity requires
complicated control and feedback system that results in a very complex model
though. So then, what can makes 'bottom up' be more special?
3. Future: a) it will probably be fading down to be a engineering tool for
drug industry, but sincerely wish this won't be a case. However, without
solid base on biological mechanism study, it's really questionable how far
this thing can go; b) it will be probable different story by focusing on
just engineering tools or by generating some molecular machines like Drew
Andy does, then this will eventually become the applied biology just like
applied physics. |
m***c
发帖数: 177 | 159 Hello, Demoner,
Thanks for the bonus. However, why my reply didn't show up? |
e**s
发帖数: 856 | 160 刚才写信联系keasling的postdoc, 过６分钟就给我回信了,说感谢我的兴趣,但是没位
置,让我联系另外一个教授.好感动啊. |
|
|
h**********r
发帖数: 671 | |
e**s
发帖数: 856 | 162 不是 是Arkin 他们好像很熟悉
我没有synthetic biology背景的,就是觉得可能以后挺有前途的,就联系看看.
【在 h**********r 的大作中提到】
: 不会让你联系liao吧？
|
s********n
发帖数: 2939 | 163 Keasling为人是很nice的，Arkin也不错，是LBL Bioscience的头。 |
l*********1
发帖数: 351 | 164 看着keasling组里postdoc的出路,觉着人还是恨挺学生的.跟peter schultz一样 |
h**********r
发帖数: 671 | 165 Arkin很牛的， eops你背景肯定很好，不然Keasling也不会这么说，搞定了报告一下吧
。 |
i*****g
发帖数: 11893 | 166 这东西 我不看好，很早就在nature 还是science news上看到的 build to understand
. if you cannot build it, you have NOT really understand it.指生物人，并不真
正知道生物
我觉得还是要走数学和模拟的路子，这种工程学引申过来的， 是半拉子
碰到生物这个复杂系统，会撞死在南墙上。
当然，不妨碍他们忽悠经费。人生苦短，忽悠10年也足够生存了 |
S******G
发帖数: 42 | 167 说到合成生物，怎么没有Elowitz?还是他现在不做了。。 |
i*****g
发帖数: 11893 | 168 大概在2004年，就看见什么 synthetic biology的说法，去caltech的网叶上瞄过， 在
忽悠什么 chemical circuit,
其实都是engineering 的幻想，
真要论复杂度，恐怕一个yeast都要超过航天飞机，我们这个时代，生物学仍然非常粗
陋 |
d*****r
发帖数: 2583 | 169 actually, it's the math tool that is still not available to model
biological system.
【在 i*****g 的大作中提到】
: 大概在2004年，就看见什么 synthetic biology的说法，去caltech的网叶上瞄过， 在
: 忽悠什么 chemical circuit,
: 其实都是engineering 的幻想，
: 真要论复杂度，恐怕一个yeast都要超过航天飞机，我们这个时代，生物学仍然非常粗
: 陋
|
i*****g
发帖数: 11893 | 170 是，我7--8 年前就形成了这样的看法：恐怕我们这个时代数学还没有发展到可以使用在
生物的地步。就等下一个牛顿了
其实，我在那个时候形成了这个看法：恐怕我们这个时代的物理学本身就是不完全的，
incomplete knowledge，要去从量子或经典物理 做一个蛋白的分子模拟都这么困难
我知道这对很多人是不可想象的，那么多数学，物理知识，生物WSN几乎都忙得学不了
这些，居然还不够用？ 嗯，是的，我确实这么认为。 |
|
|
i*****g
发帖数: 11893 | 171 其实吧，SYG发些晶体结构就可以成名
这是生物学里面基于物理学的观念，结构解释功能。
这也是个myth，更主要不在于其价值，而在于其话语权，一种来自物理和化学的背景。
可是一旦 开始相信，我们这个时代物理学本身就incomplete knowledge，这个晶体学
的价值就往下崩溃了2个等级 |
d***y
发帖数: 8536 | 172 现在又有好多人搞circuit了，如那个UCSF的Voigt。连UCSD的Palsson都开始干这个项
目了，大规模的忽悠circuit的时代开始了。呵呵
【在 i*****g 的大作中提到】
: 大概在2004年，就看见什么 synthetic biology的说法，去caltech的网叶上瞄过， 在
: 忽悠什么 chemical circuit,
: 其实都是engineering 的幻想，
: 真要论复杂度，恐怕一个yeast都要超过航天飞机，我们这个时代，生物学仍然非常粗
: 陋
|
h**********r
发帖数: 671 | 173 记得systems biology刚火起来，nature专刊中就有篇文章比较reverse engineering和
航天飞机的复杂程度的，好像是caltech的人写的。太久远了，不记得了。
说到model,前些日子也说到palsson的in silico organisms，网上的达人能ZKSS吗？有
没有好的strain improvement based on systems biology的paper给大家推推？既然不
能做到“俩基因一curve迷倒万千众生”，那我非常想多了解这种simulation。混饭吃
嘛：（
这是前两天和一个professor交流时他的email.
I included FBA as part of my computational biology class, so I am pretty
familiar with the capabilities of the COBRA toolbox. XXXXX has tried using
the COBRA toolbox to analyze experimental data, but without much success. 具
体细节不表. In general, XXXXX is pretty discouraged about FBA modeling but
still thinks that metabolic network reconstruction from genomes is useful
for other reasons, like identifying missing genes.
I take a more pragmatic approach to flux modeling. Constraint-based models
are not the only approach; furthermore, modeling can be useful even if the
model has to include some adjustable parameters to get agreement with
experimental data. When you have some experimental results you would like
to model, we can talk in more detail about the various modeling approaches.
ZKSS：） Thanks！
【在 i*****g 的大作中提到】
: 大概在2004年，就看见什么 synthetic biology的说法，去caltech的网叶上瞄过， 在
: 忽悠什么 chemical circuit,
: 其实都是engineering 的幻想，
: 真要论复杂度，恐怕一个yeast都要超过航天飞机，我们这个时代，生物学仍然非常粗
: 陋
|
M*******s
发帖数: 108 | 174 这个是 Palsson 的学生么
Jason Papin？？
【在 h**********r 的大作中提到】
: 记得systems biology刚火起来，nature专刊中就有篇文章比较reverse engineering和
: 航天飞机的复杂程度的，好像是caltech的人写的。太久远了，不记得了。
: 说到model,前些日子也说到palsson的in silico organisms，网上的达人能ZKSS吗？有
: 没有好的strain improvement based on systems biology的paper给大家推推？既然不
: 能做到“俩基因一curve迷倒万千众生”，那我非常想多了解这种simulation。混饭吃
: 嘛：（
: 这是前两天和一个professor交流时他的email.
: I included FBA as part of my computational biology class, so I am pretty
: familiar with the capabilities of the COBRA toolbox. XXXXX has tried using
: the COBRA toolbox to analyze experimental data, but without much success. 具
|
h**********r
发帖数: 671 | 175 对的。Jason Papin是Palsson的学生。前年还招postdoc准备做光合细菌/microalgae生
物能源相关的项目，说是和Harvard合作。不过不是主要方向。Jennifer Reed from
University of Wisconsin Madison也是Palsson的组里出来的。 |
a*****i
发帖数: 1045 | 176 zan!!
paper
【在 i*****g 的大作中提到】
: 没法展开说，系统生物学，就是从那些mechanism的图出发的，大家都很熟悉CNS paper
: 有时给个作用图，就那个东西，EE的人，很早就认为挺像电路图的。但我很怀疑EE的手
: 法，生物图里面 那个节点本身就比EE一个元件要复杂，另外生物元件都在细胞里面一
: 来一去，可不是如同EE电路固死在板上的。
: 有人问system biology的学法，这个是全新领域，大家都知道这是个方向，但没有定论
: 的，觉得怎么可以说得过去，就怎么忽悠。
: 我个人倾向于认为，我们甚至还没有足够的数学工具（不是说，建数学模型这个事情。
: 我是指，必须要发明一种新的数学分支。OMG，简直是要求再来一个牛顿了）。我猜测
: ，用数学里面的图论，大概可以试试。
: 但我不是数学系的，如果我有时间和心情，很想玩票学数学到PHD的水准。
|
d***y
发帖数: 8536 | 177 nice guy。我认识他。
【在 M*******s 的大作中提到】
: 这个是 Palsson 的学生么
: Jason Papin？？
|
d***y
发帖数: 8536 | 178 你可以等等 mascoma 就要发一个文章，用模型预测 和 strain的improvement的结果很
吻合，今年肯定要发出来。
【在 h**********r 的大作中提到】
: 记得systems biology刚火起来，nature专刊中就有篇文章比较reverse engineering和
: 航天飞机的复杂程度的，好像是caltech的人写的。太久远了，不记得了。
: 说到model,前些日子也说到palsson的in silico organisms，网上的达人能ZKSS吗？有
: 没有好的strain improvement based on systems biology的paper给大家推推？既然不
: 能做到“俩基因一curve迷倒万千众生”，那我非常想多了解这种simulation。混饭吃
: 嘛：（
: 这是前两天和一个professor交流时他的email.
: I included FBA as part of my computational biology class, so I am pretty
: familiar with the capabilities of the COBRA toolbox. XXXXX has tried using
: the COBRA toolbox to analyze experimental data, but without much success. 具
|
z*h
发帖数: 773 | 179 The use of metabolic model for simulation of complicated biological system
is a day dream based on available knowledge. The father of metabolic
engineering -- JE Bailey -- pointed it out in 1998.
Bailey, J. E. (1998) Mathematical modeling and analysis in biochemical
engineering: past accomplishments and future opportunities, Biotechnol. Prog
. 14, 8-20.
Who are really hearing his suggestions? In vivo synthetic biology for
biofuels production will be a dead end surely because of poor efficiencies
and too complicated systems. |
c**y
发帖数: 127 | 180 What do you think are the promising sub-areas of synthetic biology and bio-
fuel?
Prog
【在 z*h 的大作中提到】
: The use of metabolic model for simulation of complicated biological system
: is a day dream based on available knowledge. The father of metabolic
: engineering -- JE Bailey -- pointed it out in 1998.
: Bailey, J. E. (1998) Mathematical modeling and analysis in biochemical
: engineering: past accomplishments and future opportunities, Biotechnol. Prog
: . 14, 8-20.
: Who are really hearing his suggestions? In vivo synthetic biology for
: biofuels production will be a dead end surely because of poor efficiencies
: and too complicated systems.
|
|
|
g*******f
发帖数: 427 | 181 Jens Nielsen这么牛B ，怎么藏在 Chalmers University 这种小学校，在瑞典根本都
没有听说过。不过也怪我故奴寡闻、 |
h**********r
发帖数: 671 | 182 原来他在DTU的，后来才去 Chalmers University。
据说和国内的新科院士老谭有点关系（据说～～）。
烤乳牙MS也有的做得不错的
【在 g*******f 的大作中提到】
: Jens Nielsen这么牛B ，怎么藏在 Chalmers University 这种小学校，在瑞典根本都
: 没有听说过。不过也怪我故奴寡闻、
|
h**********r
发帖数: 671 | 183 回答是 artificial photosynthesis
【在 c**y 的大作中提到】
: What do you think are the promising sub-areas of synthetic biology and bio-
: fuel?
:
: Prog
|
h**********r
发帖数: 671 | 184 当年觉得那个基因振荡的circuit很了不起，就是发背靠背的nature的
Weiss也不知道混得怎么样了
忽悠吧～～啊
【在 d***y 的大作中提到】
: 现在又有好多人搞circuit了，如那个UCSF的Voigt。连UCSD的Palsson都开始干这个项
: 目了，大规模的忽悠circuit的时代开始了。呵呵
|
h**********r
发帖数: 671 | 185 paper出来没？
genomatica搞到钱了.例如
Metabolic engineering of Escherichia coli for direct production of 1,4-
butanediol
nature CHEMICAL BIOLOGY | VOL 7 | JULY 2011
【在 d***y 的大作中提到】
: 你可以等等 mascoma 就要发一个文章，用模型预测 和 strain的improvement的结果很
: 吻合，今年肯定要发出来。
|
h**********r
发帖数: 671 | 186 没人说说Khosla啊？MS也是James Bailey的学生。IIT毕业的，也算是混出来了 |
l**********6
发帖数: 262 | 187 Ca,提起我的伤心往事了，C Khosla把关不严阿，当年的导师就是他的学生，当年我们
三个同时quit，都去药厂了，这合成生物学真无聊，就是搞大肠，要不就克隆一堆基因
簇进去，要不就加底物什末的，
建个模型再，号称metabolic engineering，用什末FBA model算出来哪个flux牛叉，然
后再自己画条什末氨基酸拉代谢啦，脂肪酸代谢啦，东搞西搞，增加个啥碳源，酶之类
的，产量就猛增了，说起taxol来了，science那篇文章是一个傻叉老中薄厚当年彻夜不
眠的结果，那印度人太操蛋了，屁也不会，号称合作，监工阿，一个基因一个克隆，没
有的拿钱人工合成，照着pathway就搞大肠阿，可算搞出来了。 感觉作这东西就是体力
活啊。模型也是，同位素标记阿，不知道那博后绝育了没有，号称代谢流计算，一堆人
看着他进去挨放射。可算能最后憋出几篇文章了。感觉真牛叉的还是得化学牛才搞得动，
那时候看文章就是C khosla,还有harvard哪个walsh，有一个华盛顿的老头也是隔三差
五就发jacs.keasling好像就是牛叉阿，他的学生好像轻松就mit,cit这档次的faculty
，ex导师当年薄厚被拒绝就去langer那里了。模型上好像SD那个挺厉害，有一次算模型
,跟哪个palsson的学生jennfer要，给我得东东根本算不了，后来可能去wisconsin当
faculty去了。没办法找他师兄要，就那个UIUC的，可算出来了，跟老板试验结果对不
上。那真叫做灌水啊，先做出来一个，然后增加产量，然后这样，那样的增加产量，然
后模型套一个，yeah你可能这样增加产量，然后哇，用你的模型，我真的可以增加产量
了。为了你能减少麻烦，我基因改造了一下，跟你达到同样的产量。我操，这就是大忽
悠阿。 然后这帮徒子徒孙骗了funding，说细菌里什末都能产，要嘛有嘛阿，工业化，
别阿，咱们不是搞discovery阿。不知道现在如何了，反正n年前,哥觉得这东西没啥前
途，没在那个坑里呆下去。
【在 h**********r 的大作中提到】
: 没人说说Khosla啊？MS也是James Bailey的学生。IIT毕业的，也算是混出来了
|
s****r
发帖数: 736 | 188 圈子不大，都是熟人。哥，你有些话过了。
额外说两句，老中老印，我算都有接触。两人对比，深刻体会了会做不如会说。Aji的
那份功力，普通老中还真比不了。
动，
【在 l**********6 的大作中提到】
: Ca,提起我的伤心往事了，C Khosla把关不严阿，当年的导师就是他的学生，当年我们
: 三个同时quit，都去药厂了，这合成生物学真无聊，就是搞大肠，要不就克隆一堆基因
: 簇进去，要不就加底物什末的，
: 建个模型再，号称metabolic engineering，用什末FBA model算出来哪个flux牛叉，然
: 后再自己画条什末氨基酸拉代谢啦，脂肪酸代谢啦，东搞西搞，增加个啥碳源，酶之类
: 的，产量就猛增了，说起taxol来了，science那篇文章是一个傻叉老中薄厚当年彻夜不
: 眠的结果，那印度人太操蛋了，屁也不会，号称合作，监工阿，一个基因一个克隆，没
: 有的拿钱人工合成，照着pathway就搞大肠阿，可算搞出来了。 感觉作这东西就是体力
: 活啊。模型也是，同位素标记阿，不知道那博后绝育了没有，号称代谢流计算，一堆人
: 看着他进去挨放射。可算能最后憋出几篇文章了。感觉真牛叉的还是得化学牛才搞得动，
|
l**********6
发帖数: 262 | 189 这个啊，有的事儿，老中做得出来，比如说藏着质粒不给人家美国大姐啊，
故意设计错误课题啊，你为了paper不择手段，抢课题，paper在有的人眼里那比亲爹还
亲，有的人
也就无所谓了。出来混迟早要还的。winner又怎样，发了science怎样，你狠这圈子里
有更狠的，
学术江湖阿，不能作武当少林，回河北作天龙门也不错。就是呢，有时候感觉，这哪儿
是science啊，
这哪儿是research阿，忒俗，混饭吃吧。
【在 s****r 的大作中提到】
: 圈子不大，都是熟人。哥，你有些话过了。
: 额外说两句，老中老印，我算都有接触。两人对比，深刻体会了会做不如会说。Aji的
: 那份功力，普通老中还真比不了。
:
: 动，
|
l****3
发帖数: 399 | 190 原来这么回事啊，以前还以为这个Khosla真是大牛呢。
动，
【在 l**********6 的大作中提到】
: Ca,提起我的伤心往事了，C Khosla把关不严阿，当年的导师就是他的学生，当年我们
: 三个同时quit，都去药厂了，这合成生物学真无聊，就是搞大肠，要不就克隆一堆基因
: 簇进去，要不就加底物什末的，
: 建个模型再，号称metabolic engineering，用什末FBA model算出来哪个flux牛叉，然
: 后再自己画条什末氨基酸拉代谢啦，脂肪酸代谢啦，东搞西搞，增加个啥碳源，酶之类
: 的，产量就猛增了，说起taxol来了，science那篇文章是一个傻叉老中薄厚当年彻夜不
: 眠的结果，那印度人太操蛋了，屁也不会，号称合作，监工阿，一个基因一个克隆，没
: 有的拿钱人工合成，照着pathway就搞大肠阿，可算搞出来了。 感觉作这东西就是体力
: 活啊。模型也是，同位素标记阿，不知道那博后绝育了没有，号称代谢流计算，一堆人
: 看着他进去挨放射。可算能最后憋出几篇文章了。感觉真牛叉的还是得化学牛才搞得动，
|
|
|
l**********6
发帖数: 262 | 191 嗯，就佩服这位bailey啊，曾经受邀去您的母校面试Ph.D，被两个答案震撼了，
第一个问题是，毕业后去向如何，人家说，我们这里的学生不会找工作，都是去创造工
作，
第二个答案是，好好干吧，干得好，你能去顶尖的地方做博后，
Prog
【在 z*h 的大作中提到】
: The use of metabolic model for simulation of complicated biological system
: is a day dream based on available knowledge. The father of metabolic
: engineering -- JE Bailey -- pointed it out in 1998.
: Bailey, J. E. (1998) Mathematical modeling and analysis in biochemical
: engineering: past accomplishments and future opportunities, Biotechnol. Prog
: . 14, 8-20.
: Who are really hearing his suggestions? In vivo synthetic biology for
: biofuels production will be a dead end surely because of poor efficiencies
: and too complicated systems.
|
l**********6
发帖数: 262 | 192 擦，他当然大牛了，我没说他不牛，说他学生假牛。
【在 l****3 的大作中提到】
: 原来这么回事啊，以前还以为这个Khosla真是大牛呢。
:
: 动，
|
l****3
发帖数: 399 | 193 哦
大牛手下能混出来的博士和薄厚都会拿到教职，良莠不齐的也可以理解。
【在 l**********6 的大作中提到】
: 擦，他当然大牛了，我没说他不牛，说他学生假牛。
|
x********u
发帖数: 430 | 194 Comments for Aji and Xiao's science paper
(1) the final product is taxadiene and taxadiene-5-O, there are still more
than 10 steps away from taxol
(2) the production reported is misleading. they used two phase fermentation,
taxadiene goes to the upper organic phase (1/10 of the volume of lower
aqueous phase). The real production should be divied by 10, whihc is around
100 mg/L |
l**********1
发帖数: 5204 | 195 基因振荡的circuit
Plus
2010 one PhD dissertation from
the University of Oxford
full text link:
//melykuti.web.elte.hu/doc/melykuti_thesis_screenview.pdf
【在 h**********r 的大作中提到】
: 当年觉得那个基因振荡的circuit很了不起，就是发背靠背的nature的
: Weiss也不知道混得怎么样了
: 忽悠吧～～啊
|
h**********r
发帖数: 671 | 196 Thanks!
我现在主要做代谢工程（不要脸的说，阿猫阿狗都做metabolic engineering,
synthetic biology）,这些circuit够fancy,但是我在想一个能够够好的调控metabolic
engineering里的基因表达的，要够fancy,有模型，有产量。
我总不能说，嘿，我的产物（酶）是oscillation的吧。
感觉吧，synthetic biology有点问题，又说不出来。 |
l**********1
发帖数: 5204 | 197 即使产物（酶）是oscillation的 its 12hr/24 hr average value is constant set
point value
why not ME just try this kind of ME circuit?
Please refer
above Oxford thesis
its pp 24
> This fuctuation in molecular counts around average values that is inherent
to the system due to the above phenomena is called intrinsic (or internal) noise.
plus in vivo one paper:
//www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2654964/
metabolic
【在 h**********r 的大作中提到】
: Thanks!
: 我现在主要做代谢工程（不要脸的说，阿猫阿狗都做metabolic engineering,
: synthetic biology）,这些circuit够fancy,但是我在想一个能够够好的调控metabolic
: engineering里的基因表达的，要够fancy,有模型，有产量。
: 我总不能说，嘿，我的产物（酶）是oscillation的吧。
: 感觉吧，synthetic biology有点问题，又说不出来。
|
l**********1
发帖数: 5204 | 198 看图
from one British book (2007)
//www3.imperial.ac.uk/pls/portallive/docs/1/23357696.PDF
understand
【在 i*****g 的大作中提到】
: 这东西 我不看好，很早就在nature 还是science news上看到的 build to understand
: . if you cannot build it, you have NOT really understand it.指生物人，并不真
: 正知道生物
: 我觉得还是要走数学和模拟的路子，这种工程学引申过来的， 是半拉子
: 碰到生物这个复杂系统，会撞死在南墙上。
: 当然，不妨碍他们忽悠经费。人生苦短，忽悠10年也足够生存了
|
p*******r
发帖数: 4048 | 199 我最近对这个方向很感兴趣，在想办法发展。
我觉得其实最重要的是做出可重复好用的部件，和拼装的方法。
如果能做出类似与非门的东西，然后还能拼接，那意义就大了。
【在 X******n 的大作中提到】
: 这只是synthetic biology的一部分。另一个重要方面是“understand by building”
: ：其理念是：what I can not create， I can not understand。如果我们看有机化学
: 的发展历史，最早的化学很象现在的生物学，是纯粹的天然产物化学。直到有机合成的
: 发展，化学取得了突飞猛进地发展。如果synthetic biology也能发展到有机合成的水
: 平，估计就可以彻底改变生物学的现状。
: 很想跳这个坑，可惜没人要啊。
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h**********r
发帖数: 671 | 200 基因的circuit与非门早就有了，即使这样，往往也得尝试好几种（质粒拷贝数，RBS的
binding的强弱等） |
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l**********1
发帖数: 5204 | 201 Please refer below figure,
cited from Barcelona one PhD thesis (2009)
//www.tesisenred.net/bitstream/handle/10803/7182/tjsc.pdf?sequence=1
【在 p*******r 的大作中提到】
: 我最近对这个方向很感兴趣，在想办法发展。
: 我觉得其实最重要的是做出可重复好用的部件，和拼装的方法。
: 如果能做出类似与非门的东西，然后还能拼接，那意义就大了。
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n******7
发帖数: 12463 | 202 这个早有了吧
几年前PKU的本科团队还去我们那里讲过更复杂的加法器还是什么的，记不清楚了
【在 p*******r 的大作中提到】
: 我最近对这个方向很感兴趣，在想办法发展。
: 我觉得其实最重要的是做出可重复好用的部件，和拼装的方法。
: 如果能做出类似与非门的东西，然后还能拼接，那意义就大了。
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l**********1
发帖数: 5204 | 203 OUYANG QI? his student or doctor?
//ctb.pku.edu.cn/main/en/people/people-faculty-ouyangqi.htm
//www.nature.com/nature/journal/v379/n6561/abs/379143a0.html
his PD PI in France is: Jean-Marc Flesselles PhD
//en.scientificcommons.org/jean-marc_flesselles
2004 retired already.
//www.saint-gobain-recherche.fr/fr/
【在 n******7 的大作中提到】
: 这个早有了吧
: 几年前PKU的本科团队还去我们那里讲过更复杂的加法器还是什么的，记不清楚了
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g*******f
发帖数: 427 | 204 Jens Nielsen这么牛B ，怎么藏在 Chalmers University 这种小学校，在瑞典根本都
没有听说过。不过也怪我故奴寡闻、 |
h**********r
发帖数: 671 | 205 原来他在DTU的，后来才去 Chalmers University。
据说和国内的新科院士老谭有点关系（据说～～）。
烤乳牙MS也有的做得不错的
【在 g*******f 的大作中提到】
: Jens Nielsen这么牛B ，怎么藏在 Chalmers University 这种小学校，在瑞典根本都
: 没有听说过。不过也怪我故奴寡闻、
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h**********r
发帖数: 671 | 206 回答是 artificial photosynthesis
【在 c**y 的大作中提到】
: What do you think are the promising sub-areas of synthetic biology and bio-
: fuel?
:
: Prog
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h**********r
发帖数: 671 | 207 当年觉得那个基因振荡的circuit很了不起，就是发背靠背的nature的
Weiss也不知道混得怎么样了
忽悠吧～～啊
【在 d***y 的大作中提到】
: 现在又有好多人搞circuit了，如那个UCSF的Voigt。连UCSD的Palsson都开始干这个项
: 目了，大规模的忽悠circuit的时代开始了。呵呵
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h**********r
发帖数: 671 | 208 paper出来没？
genomatica搞到钱了.例如
Metabolic engineering of Escherichia coli for direct production of 1,4-
butanediol
nature CHEMICAL BIOLOGY | VOL 7 | JULY 2011
【在 d***y 的大作中提到】
: 你可以等等 mascoma 就要发一个文章，用模型预测 和 strain的improvement的结果很
: 吻合，今年肯定要发出来。
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h**********r
发帖数: 671 | 209 没人说说Khosla啊？MS也是James Bailey的学生。IIT毕业的，也算是混出来了 |
s****r
发帖数: 736 | 210 圈子不大，都是熟人。哥，你有些话过了。
额外说两句，老中老印，我算都有接触。两人对比，深刻体会了会做不如会说。Aji的
那份功力，普通老中还真比不了。
动，
【在 l**********6 的大作中提到】
: Ca,提起我的伤心往事了，C Khosla把关不严阿，当年的导师就是他的学生，当年我们
: 三个同时quit，都去药厂了，这合成生物学真无聊，就是搞大肠，要不就克隆一堆基因
: 簇进去，要不就加底物什末的，
: 建个模型再，号称metabolic engineering，用什末FBA model算出来哪个flux牛叉，然
: 后再自己画条什末氨基酸拉代谢啦，脂肪酸代谢啦，东搞西搞，增加个啥碳源，酶之类
: 的，产量就猛增了，说起taxol来了，science那篇文章是一个傻叉老中薄厚当年彻夜不
: 眠的结果，那印度人太操蛋了，屁也不会，号称合作，监工阿，一个基因一个克隆，没
: 有的拿钱人工合成，照着pathway就搞大肠阿，可算搞出来了。 感觉作这东西就是体力
: 活啊。模型也是，同位素标记阿，不知道那博后绝育了没有，号称代谢流计算，一堆人
: 看着他进去挨放射。可算能最后憋出几篇文章了。感觉真牛叉的还是得化学牛才搞得动，
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l****3
发帖数: 399 | 211 原来这么回事啊，以前还以为这个Khosla真是大牛呢。
动，
【在 l**********6 的大作中提到】
: Ca,提起我的伤心往事了，C Khosla把关不严阿，当年的导师就是他的学生，当年我们
: 三个同时quit，都去药厂了，这合成生物学真无聊，就是搞大肠，要不就克隆一堆基因
: 簇进去，要不就加底物什末的，
: 建个模型再，号称metabolic engineering，用什末FBA model算出来哪个flux牛叉，然
: 后再自己画条什末氨基酸拉代谢啦，脂肪酸代谢啦，东搞西搞，增加个啥碳源，酶之类
: 的，产量就猛增了，说起taxol来了，science那篇文章是一个傻叉老中薄厚当年彻夜不
: 眠的结果，那印度人太操蛋了，屁也不会，号称合作，监工阿，一个基因一个克隆，没
: 有的拿钱人工合成，照着pathway就搞大肠阿，可算搞出来了。 感觉作这东西就是体力
: 活啊。模型也是，同位素标记阿，不知道那博后绝育了没有，号称代谢流计算，一堆人
: 看着他进去挨放射。可算能最后憋出几篇文章了。感觉真牛叉的还是得化学牛才搞得动，
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l**********6
发帖数: 262 | 212 嗯，就佩服这位bailey啊，曾经受邀去您的母校面试Ph.D，被两个答案震撼了，
第一个问题是，毕业后去向如何，人家说，我们这里的学生不会找工作，都是去创造工
作，
第二个答案是，好好干吧，干得好，你能去顶尖的地方做博后，
Prog
【在 z*h 的大作中提到】
: The use of metabolic model for simulation of complicated biological system
: is a day dream based on available knowledge. The father of metabolic
: engineering -- JE Bailey -- pointed it out in 1998.
: Bailey, J. E. (1998) Mathematical modeling and analysis in biochemical
: engineering: past accomplishments and future opportunities, Biotechnol. Prog
: . 14, 8-20.
: Who are really hearing his suggestions? In vivo synthetic biology for
: biofuels production will be a dead end surely because of poor efficiencies
: and too complicated systems.
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l****3
发帖数: 399 | 213 哦
大牛手下能混出来的博士和薄厚都会拿到教职，良莠不齐的也可以理解。
【在 l**********6 的大作中提到】
: 擦，他当然大牛了，我没说他不牛，说他学生假牛。
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x********u
发帖数: 430 | 214 Comments for Aji and Xiao's science paper
(1) the final product is taxadiene and taxadiene-5-O, there are still more
than 10 steps away from taxol
(2) the production reported is misleading. they used two phase fermentation,
taxadiene goes to the upper organic phase (1/10 of the volume of lower
aqueous phase). The real production should be divied by 10, whihc is around
100 mg/L |
l**********1
发帖数: 5204 | 215 基因振荡的circuit
Plus
2010 one PhD dissertation from
the University of Oxford
full text link:
//melykuti.web.elte.hu/doc/melykuti_thesis_screenview.pdf
【在 h**********r 的大作中提到】
: 当年觉得那个基因振荡的circuit很了不起，就是发背靠背的nature的
: Weiss也不知道混得怎么样了
: 忽悠吧～～啊
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h**********r
发帖数: 671 | 216 Thanks!
我现在主要做代谢工程（不要脸的说，阿猫阿狗都做metabolic engineering,
synthetic biology）,这些circuit够fancy,但是我在想一个能够够好的调控metabolic
engineering里的基因表达的，要够fancy,有模型，有产量。
我总不能说，嘿，我的产物（酶）是oscillation的吧。
感觉吧，synthetic biology有点问题，又说不出来。 |
l**********1
发帖数: 5204 | 217 看图
from one British book (2007)
//www3.imperial.ac.uk/pls/portallive/docs/1/23357696.PDF
understand
【在 i*****g 的大作中提到】
: 这东西 我不看好，很早就在nature 还是science news上看到的 build to understand
: . if you cannot build it, you have NOT really understand it.指生物人，并不真
: 正知道生物
: 我觉得还是要走数学和模拟的路子，这种工程学引申过来的， 是半拉子
: 碰到生物这个复杂系统，会撞死在南墙上。
: 当然，不妨碍他们忽悠经费。人生苦短，忽悠10年也足够生存了
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p*******r
发帖数: 4048 | 218 我最近对这个方向很感兴趣，在想办法发展。
我觉得其实最重要的是做出可重复好用的部件，和拼装的方法。
如果能做出类似与非门的东西，然后还能拼接，那意义就大了。
【在 X******n 的大作中提到】
: 这只是synthetic biology的一部分。另一个重要方面是“understand by building”
: ：其理念是：what I can not create， I can not understand。如果我们看有机化学
: 的发展历史，最早的化学很象现在的生物学，是纯粹的天然产物化学。直到有机合成的
: 发展，化学取得了突飞猛进地发展。如果synthetic biology也能发展到有机合成的水
: 平，估计就可以彻底改变生物学的现状。
: 很想跳这个坑，可惜没人要啊。
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h**********r
发帖数: 671 | 219 基因的circuit与非门早就有了，即使这样，往往也得尝试好几种（质粒拷贝数，RBS的
binding的强弱等） |
l**********1
发帖数: 5204 | 220 Please refer below figure,
cited from Barcelona one PhD thesis (2009)
//www.tesisenred.net/bitstream/handle/10803/7182/tjsc.pdf?sequence=1
【在 p*******r 的大作中提到】
: 我最近对这个方向很感兴趣，在想办法发展。
: 我觉得其实最重要的是做出可重复好用的部件，和拼装的方法。
: 如果能做出类似与非门的东西，然后还能拼接，那意义就大了。
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n******7
发帖数: 12463 | 221 这个早有了吧
几年前PKU的本科团队还去我们那里讲过更复杂的加法器还是什么的，记不清楚了
【在 p*******r 的大作中提到】
: 我最近对这个方向很感兴趣，在想办法发展。
: 我觉得其实最重要的是做出可重复好用的部件，和拼装的方法。
: 如果能做出类似与非门的东西，然后还能拼接，那意义就大了。
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l**********1
发帖数: 5204 | 222 OUYANG QI? his student or doctor?
//ctb.pku.edu.cn/main/en/people/people-faculty-ouyangqi.htm
//www.nature.com/nature/journal/v379/n6561/abs/379143a0.html
his PD PI in France is: Jean-Marc Flesselles PhD
//en.scientificcommons.org/jean-marc_flesselles
2004 retired already.
//www.saint-gobain-recherche.fr/fr/
【在 n******7 的大作中提到】
: 这个早有了吧
: 几年前PKU的本科团队还去我们那里讲过更复杂的加法器还是什么的，记不清楚了
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h**********r
发帖数: 671 | 223 http://www.nature.com/msb/journal/v6/n1/full/msb20102.html
OUYANG QI是不是会PKU了？
当时看到这篇paper还是当时nature MSB的top10呢
MS是IGEM的结果，PKU真是不乏好学生啊 |
h**********r
发帖数: 671 | 224 一直有个问题，你说本身就有了解这种所谓的物理本质的需要或者生物体内有这种机制
，还是灌水需要呢？
挺傻的问题 |
l**********1
发帖数: 5204 | 225 水还是王母娘娘的王浆 有的东西 需要 一个世纪或几个～10～dozen 世纪的时光来检验的
比如E=mc^2 对人类移居太阳系外的贡献 地球表面 出了南极大陆 其它怕是都被核平后 新生代晚期了吧 啊
or 哥德巴赫猜 对人类 破译太阳系外 生命体发出的通讯讯号(密码)破译的贡献
please refer:
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0
[ 126 ]
发信人: FlyingFreely (CloudOverHill), 信区: Military
标 题: Re: 从哥德巴赫猜想谈民主
发信站: BBS 未名空间站 (Sat Mar 24 21:40:57 2012, 美东)
那跟王小云用来攻击md5的应该不搭界吧？怎么哥德巴赫猜想被证明了，现有密码体系
会崩溃？
难道我理解错了？
印象当中她的论文好像用了一堆椭圆函数的东西。当然没看懂。
素数乘积的难度：任给两个素数很容易相乘，知道乘积和其中一个之后也很容易求出另
一个，但两个都不知道的情况下做分解以现有算法需要几万年；而如果哥德巴赫猜想得
到证明，或许可以用类似的原理加密（把大偶数分解成素数之和的难度更大）
http://www.mitbbs.com/article_t1/Military/37491767_0_7.html
---- |
d**b
发帖数: 1286 | |
