x********u
发帖数: 430 | 1 Jay Bailey可以称得上现代生化工程的鼻祖，去年AIChE年会上Bailey Awards授给了
Berkeley的Harvey blanch，他把一整套化学工程(动力学，物质传递)/数学分析的方法
用在了生化系统. 以前获得过此奖的人还有Gregory Stephanopoulos, Jay Keasling and
James Liao.
Keasling及门生都玩的很玄乎，smolke在做adaptmer， MIT的Jones Prather做的比较
实在。题外话，keasling实验室没有中国学生，不知道什么原因。此外 keasling是少
数公开的G-professor.
Nielsen也市领域中的牛人，书架还有他老人家的Bioreaction Engineering
Principles，虽然没怎么翻过(汗)。
遗憾的是james liao(台湾人)去年院士评选时没有通过，Keasling则蟾宫折桂，毕竟是
美国白人。Liao做院士也是早晚的事儿。Stepah早已是院士，整天忙得不亦乐乎。很明显
keasling和stepha是最大的两家，徒子徒孙打得很厉害。keas... 阅读全帖 |
|
x********u
发帖数: 430 | 2 Jay Bailey可以称得上现代生化工程的鼻祖，去年AIChE年会上Bailey Awards授给了
Berkeley的Harvey blanch，他把一整套化学工程(动力学，物质传递)/数学分析的方法
用在了生化系统. 以前获得过此奖的人还有Gregory Stephanopoulos, Jay Keasling and
James Liao.
Keasling及门生都玩的很玄乎，smolke在做adaptmer， MIT的Jones Prather做的比较
实在。题外话，keasling实验室没有中国学生，不知道什么原因。此外 keasling是少
数公开的G-professor.
Nielsen也市领域中的牛人，书架还有他老人家的Bioreaction Engineering
Principles，虽然没怎么翻过(汗)。
遗憾的是james liao(台湾人)去年院士评选时没有通过，Keasling则蟾宫折桂，毕竟是
美国白人。Liao做院士也是早晚的事儿。Stepah早已是院士，整天忙得不亦乐乎。很明显
keasling和stepha是最大的两家，徒子徒孙打得很厉害。keas... 阅读全帖 |
|
h**********r
发帖数: 671 | 3 http://stkarnick.com/culture/2011/03/21/national-science-founda
On the February 23rd broadcast, a synthetic biologist from Nebraska named
Jay Keasling was profiled. Keasling’s interests are currently focused on
synthetic biofuels research and, it’s made abundantly clear, having sex
with other men.
Jay Keasling
Keasling admits he’s gay, but because of peer pressure in the Bible-belt
Midwest he didn’t “come out” until he moved to Berkeley to do research.
His father, in a brief insert, says he acce... 阅读全帖 |
|
h**********r
发帖数: 671 | 4 http://stkarnick.com/culture/2011/03/21/national-science-founda
On the February 23rd broadcast, a synthetic biologist from Nebraska named
Jay Keasling was profiled. Keasling’s interests are currently focused on
synthetic biofuels research and, it’s made abundantly clear, having sex
with other men.
Jay Keasling
Keasling admits he’s gay, but because of peer pressure in the Bible-belt
Midwest he didn’t “come out” until he moved to Berkeley to do research.
His father, in a brief insert, says he acce... 阅读全帖 |
|
h**********r
发帖数: 671 | 5 Keasling主要是在yeast中玩的，再说了K先生组在e. coli中偏好arabionose
inducible的Pbad,早期Keasling在这个promoter上花了不少功夫包括模型和实验。
最近WHO已经发现青蒿素的耐药性出现了。这个比较搞，synthetic biology还没有搞好
，人家那边耐药性已经出现了。其实这工作也就这种大组有稳定的funding能玩玩儿。
不过说不定有些enzyme能对前体物修饰，一定程度上对抗这种耐药机制。
以前有篇报道，说这种pathway组装，需要大量的人力来完成（千老的作用显现出来了
），说Keasling的工作（从基因到产量）需要多少个postdoc 50年完成（数字不记得了
）。现在也有人在想发明更高效的pathway assembling的过程。keasling的工作有点像
是“炮轰”式，遇到问题了一堆人来做mutant克服inhibition啊尝试不同的表达量啊。
不喜欢思考形而上学的东东。这么些年来，其实让人印象深刻的东西不太多(scaffold
上蛋白的表达synthetic operon等)。去年发的那篇nature关于... 阅读全帖 |
|
h**********r
发帖数: 671 | 6 Keasling主要是在yeast中玩的，再说了K先生组在e. coli中偏好arabionose
inducible的Pbad,早期Keasling在这个promoter上花了不少功夫包括模型和实验。
最近WHO已经发现青蒿素的耐药性出现了。这个比较搞，synthetic biology还没有搞好
，人家那边耐药性已经出现了。其实这工作也就这种大组有稳定的funding能玩玩儿。
不过说不定有些enzyme能对前体物修饰，一定程度上对抗这种耐药机制。
以前有篇报道，说这种pathway组装，需要大量的人力来完成（千老的作用显现出来了
），说Keasling的工作（从基因到产量）需要多少个postdoc 50年完成（数字不记得了
）。现在也有人在想发明更高效的pathway assembling的过程。keasling的工作有点像
是“炮轰”式，遇到问题了一堆人来做mutant克服inhibition啊尝试不同的表达量啊。
不喜欢思考形而上学的东东。这么些年来，其实让人印象深刻的东西不太多(scaffold
上蛋白的表达synthetic operon等)。去年发的那篇nature关于... 阅读全帖 |
|
|
x********u
发帖数: 430 | 8 承蒙抬爱。不过纠正一下，Keasling实验室中国学生寥寥无几，YinJie Tang (U
Washington)是他的postdoc,现在我知道UCLA Yi Tang (师从Francis Arnold)门下一学
生在Keasling门下做postdoc，以后也会是学术牛人 |
|
x********u
发帖数: 430 | 9 承蒙抬爱。不过纠正一下，Keasling实验室中国学生寥寥无几，YinJie Tang (U
Washington)是他的postdoc,现在我知道UCLA Yi Tang (师从Francis Arnold)门下一学
生在Keasling门下做postdoc，以后也会是学术牛人 |
|
z*h
发帖数: 773 | 10 Most biofuels seemingly "big" papers just cheated laymen.
Example 1. E.J. Steen, Y. Kang, G. Bokinsky, Z. Hu, A. Schirmer, A. McClure,
S.B. del Cardayre, J.D. Keasling, Microbial production of fatty-acid-
derived fuels and chemicals from plant biomass, Nature, 463 (2010) 559-562.
This is a combination of X. Lu, H. Vora, C. Khosla, Overproduction of free
fatty acids in E. coli: Implications for biodiesel production, Metab. Eng.,
10 (2008) 333-339. and a lot of old papers about xylan-utilization.
... 阅读全帖 |
|
z*h
发帖数: 773 | 11 Steve Chu is not a capable scientist in other fields. For example, he
believed his close friend -- Jay Keasling -- for advanced biofuels, which is
another joke. Check Amyris -- no biofuels any more. The fate of Amyris will
be the same as A123. |
|
|
z***a
发帖数: 6 | 13 Math/Systems/Synthetic Biology 人物榜
突然心血来潮也想写几句，文采没有云彩老兄好，大家凑合着看吧。
说起进入Math/Systems/Synthetic Biology这个领域， 我是从学习nonlinear
dynamics开始的。用的书是Steve Strogatz那本经典的Nonlinear dynamics and chaos
.这本书深入浅出，已经慢慢开始成为生物背景的同学学习应用微分方程的标准参考书
了。但是Steve Strogatz 的研究重点还是在应用数学上，但是2005年波士顿ICSB2005
年会依然请他做了一个演讲。
提到他，就要提到他的导师，Arthur Winfree，此人我觉得算得上当代math biology
的开山鼻祖了。Steve Strogatz ICSB2005 的演讲也就是作为对Arthur Winfree 的一
个致敬了 （全部内容都是Arthur Winfree 的研究，没有Steve Strogatz 自己的研究
。Arthur Winfree 2002 年去世的）。
为此，John Tyson & Leo... 阅读全帖 |
|
z*h
发帖数: 773 | 14 Biofuels promise a lot. Craig Venter and its institute do not know some ABC.
Jay Keasling's nature 2010 paper is a joke. |
|
l*******k
发帖数: 361 | 15 做生物的变态太多了，与其说那些恶心的，还不如多说说那些nice学术又做的好的,对
手底下的人很support的。正如这个List的那些Nobel Laureate证明的，聪明的人做科研，是不需要对手底下的人那么残酷剥削的 （not true for all )。正因为这些人的存在，让我们这些投身科学的人相信，有一些聪明善良的人在用自己的头脑挑战人类智慧的极限。 也希望那些有志于科研的同学，像这些前辈们学习，在自己成为PI以后，对人宽容大度一些。
我知道的一些
Thomas Cech, Nobel Laureate，据跟他接触过的同学讲，人超级nice,高山仰止
CSHL
Adrian Krainer
Micheal Wiggler( very supportive to students and postdocs, a little bit proud)
Noria Hernadez, used to be in CSHL/HHMI
Tony Zador
David Spector
David Jackson
Josh Z.Huang
Jerry Workman, Stowers
Ro... 阅读全帖 |
|
l*******k
发帖数: 361 | 16 对于这个人我不是很熟悉，Synthetic biology里面比较牛的人有: S. Liebler/
Rockefeller, Frances Arnold/Caltech （8个3院院士之一，超级偶像）, Chris
Voigt/UCSF, Wendell Lim/UCSF (tough), James Collins/BU （tough), Jay
Keasling/Berkeley (偏实用，而且对手下人很好，可是我无论怎么写信都没回音，其
他人还是给了据信的），Ron Weiss/MIT (给了我面试在我去了波士顿以后又放了我鸽
子，人品...), Pamela Silver/Harvard (听到我是中国人就不考虑了，大概是拿不到
奖学金的问题，当时差点去告她种族歧视，人品....), G. Church/Harvard (big
group, you need to be very independent)
http://syntheticbiology.org/Labs.html
话说我当年几乎把所有做synthetic biology的人都申请了一遍，结果由于推荐信加方 |
|
t*******e
发帖数: 119 | 17 在这个版上潜水已久，刚好自己也在这个领域，就写两句吧。
生物合成这个概念很广，做的人也很多。在这个领域工作，大部分人的目的不是解决科
学问题，主要是
看中它的应用前景。但是这个领域也有一些高人异士，为追求科学而作科学，提的一些
想法也很
fancy。天然产物种类繁多，但是真正有应用价值的不多；并且囿于太多的知识盲点，
能够应用于生物
合成的就更少了。
在微生物这一块，目前主要做的是抗生素和食品添加剂这两块；因为抗生素的重要性，
和它的应用价
值，做这一块的人也相对多一些。植物中天然产物众多，同时它及植物本身和人类生活
相关，大规模利
用植物天然产物又会造成环境等问题，植物天然产物的生物合成在1980年代以后就受到
很多实验室的关
注，现在更是有很多实验室在做这个。这一块，主要是集中在生物碱如长春花碱、萜类
如紫杉醇、黄酮
类和植物油这几块。
说到天然产物合成，不得不说到Berkeley的Jay D. Keasling这个人。这人个头不高，
额头发亮，
人很精明，善于社交。在作AP的时候就有一个想法，就是用微生物来生产植物天然产物
。在一个学生的
提一下，开始尝试用大肠杆菌生产青蒿素。十 |
|
l*********1
发帖数: 351 | 18 欧洲水博第四年,做定向进化的,开始考虑工作的事情了.
monster上看了一下,发现enzyme engineering/enzymology的位置并不多,而且大多是
non-phd的职位.而且PhD的位置所要求的技能似乎比较多.
如果去不了好的实验室,就准备回国转行了.
另外请教一下以下的研究方向:
1. 酶工程,特别是定向进化. FHA这两年似乎没有什么重大突破.当然人还是很牛的,前
两年她的组有个中国大哥三篇Nature子刊最后找到一个业界位置,这样的成功几乎不可
复制.
2. 抗体工程(binder protein).老板的意思是技术很成熟了,不值得跳进去.不是太清楚
这个领域.
3. 代谢工程.看着Keasling的工作很漂亮.觉得很多时候是信息的整合,园创新的东西不
多,但是毕竟有产品做出来.貌似现在还是猎奇的状态,业界的机会好像不是很多.
从大方向来看,这三个领域就业前景如何.求指点,谢谢. |
|
c**********e
发帖数: 694 | 19 Can't agree you more. It is very difficult to discover novel bioactive
molecule nowadays.
Characterizing biosynthetic mechanism and engineering metabolic pathway of
known active products are more promising IMHO. By doing above mentioned
research, you may discover novel enzyme activities and new chemical entities
, or enable large scale production of complicated molecules (like Keasling
is using bacteria to product plant natural products). |
|
l*********1
发帖数: 351 | 20 1g/l很吓人.不过离taxol还早得很, taxadiene是唯一确定的前体.26个酶还有7个不知
道.反应机理和步骤都不清楚,每发现一个新酶就是一篇pnas.我觉着没有个7,8年拿不下
来.跟Keasling那个Prostratin差不多吧.都一团浆糊在那里. |
|
l*********1
发帖数: 351 | 21 今天突然发现keasling那个日本博士弄了个公司，用macroalgae做生物燃料的原料。看
了几篇文章感觉挺靠谱啊，比用木质纤维素之类的在工艺流程上更简单，也不存在什么
肥料，用水的问题。 |
|
C*******e
发帖数: 4348 | 22 歪个楼
刚才看Keasling的实验室网页
现在的+过去的staff、postdoc、graduate student/joint graduate student一起有一
百二十来号人，里面中国人（从链接的个人页面上的介绍以及名字的汉语拼音看，不包
括ABC——本科在美国知名大学上的）只有4、5个。而韩国人还有5个呢（同样看本科受
教育的地方）。我觉得这似乎从一个侧面反应了一种不正常的现象。不敢妄言是不是对
中国人有歧视，但这个比例似乎小得有点不正常啊？
有人8卦么 |
|
z*h
发帖数: 773 | 23 First, Keasling dislikes Chinese and Korean students.
Second, he prefers gay.
Last, his doing is trash. |
|
z*h
发帖数: 773 | 24 Another point is that in academia, some persons are praised like God. In
fact, they are so-so. Given the same chance, you may do better than them.
At least, Keasling's work is not new nor important. His biofuels project
will go to a dead end surely. After 10 years, most will know it. |
|
R*****o
发帖数: 14902 | 25 keasling怎么就prefers gay了？你有证据么？ |
|
|
l*********1
发帖数: 351 | 27 keasling不是拉了几个加州兄弟一起做这个的嘛。
其实想法并不是一家独大的，欧洲也有不少实验室拥有类似的想法，关键是怎么降低成
本。
。。 |
|
k*****o
发帖数: 1486 | 28 试过没用可以让老板联系，应该比较有效，自己draft一个request，让老板改改发出去
。楼主提的就一个实验室有的strain这种情况好多，bioengineer里面更多，按照J
Keasling讲的就是某些实验室发出去的结果作出来的蛋白，自己借过来用就是不好使，
还有干脆说咱俩是竞争对手不给你的 |
|
I*****h
发帖数: 470 | 29 Lee Lynd
Jay Keasling
James Liao
随便去一个你就牛逼了！ |
|
d***y
发帖数: 8536 | 30 Jay Keasling是最NB的，大牛中的战斗机
James Liao是个台湾人，不错貌似组里大陆人也很多。 主要搞butanol isobutanol的
，现在也是很NB的人，拿到过总统啥奖
Lee Lynd也是很牛的人物，组里的工作主要是围绕ethanol的。 |
|
l*********1
发帖数: 351 | 31 Wendell Lim做得很性感,不过理论性稍微强了点,实际应用不给力啊.我觉着还是做代谢
工程的那帮子靠谱点.keasling,liao,stephanopoulos,nielsen之类的 |
|
d***y
发帖数: 8536 | 32 也没见他们有啥产品应用了.keasling从盖茨基金会搞了那么多钱整青蒿素，好像基本
上还在试验阶段。 Liao的那些higher alcohols的产量都低得很。stephanopoulos不大
懂了，好像啥都整，不过随便弄个idea就上CNS了。Nielsen感觉还是做模型拿手些，最
近也不知道整出啥东西来了。我一个师兄在nielsen那干访问学者，对他那现状不敢恭
维。 |
|
h**********r
发帖数: 671 | 33 我老觉得还是已经故去的James Bailey才是真正的NB！后来从Caltech去了ETH，挺多8g
可以8的。虽然做的没那么fancy，还是挺牛的。他老去世的时候，BB也是出了专刊的，
鼓励他这一辈子在辛勤地在BB上灌了上百篇水。liao也写了篇回忆的文章。那一期BB上
还有个进化树，Bailey就是树根，好像中国大陆出来的就有一个真正是Bailey的学生。
liao还是不错的，也算受过挺正统的ME的熏陶，然后逮着一个pathway往死里整，最近
又灌了个NB。让我们这些土鳖烂校千老情何以堪内牛满面！不过人家也想develop一点
新工具的。
keasling：亲爱的你慢慢吹，小心前面带刺的XXX～～～战略忽悠据K局长。
另外Daniel I.C. Wang也挺NB的，不像这些个哥们儿往死里吹。也是默默地在BB上灌水
，在其80大寿的时候，BB也是发过专刊的。stephanopoulos和Nielsen常常往中国跑，
不知道算不算中国人民的老朋友。stephanopoulos感觉挺依赖手下一干postdoc的灵光
一现的，一会儿干个NCS然后就没下文了。Nielsen可能不该从DT... 阅读全帖 |
|
s********n
发帖数: 2939 | 34 Keasling青蒿素产率很高，已经很成熟了，不过这东东本来就不贵，社会影响大于经济
考虑；
Liao最近有一片文号称能到达30 g/l的butanol，已经很高了；
感觉stephanopoulos现在不是很活跃了，不过是老资格了，大家都卖面子；
nielsen主要做yeast，应用好像还不错。 |
|
s********n
发帖数: 2939 | 35 Harvey Blanch最近没有什么好文章了，但是社会活动超多；
Keasling现在处于铺摊子，占地盘的阶段，所以很多pathway都不是很深入有，但现在
他老人家也占地盘站的差不多了，开始发力了；
Liao水品很不错，但感觉他的表达能力不行，可能是大多数中国（台湾）PI的通病。
and |
|
s********n
发帖数: 2939 | 36 Keasling就是靠Gates的funding发家的，呵呵！ |
|
l*********1
发帖数: 351 | 37 关键是青蒿素本来就是给亚非穷兄弟用的,传统的生物提取还是鬼.keasling自称通过他
的方法降低成本到原来的1/10,功德还是有的.
觉着代谢工程么还是盯着香料,药物中间体这种高附加值的东东,短期内更用应用前景点
. |
|
a********k
发帖数: 2273 | 38 传统青蒿素每片成本都到7美分了吧，如果我没记错的话。Keasling的那个成本是他自
己YY的，基本，反正没有公司做过。不知道厂房，发酵罐，物流加起来是不是比中国大
田种植的要便宜。关键大田种植的成本是看土地和人工的，中国现在土地价值也越来越
高。 |
|
s********n
发帖数: 2939 | 39 其实Keasling的NB之处不在于他的学术水平有多高，而在于他的Social的能力顶尖。 |
|
e**s
发帖数: 856 | 40 刚才写信联系keasling的postdoc, 过６分钟就给我回信了,说感谢我的兴趣,但是没位
置,让我联系另外一个教授.好感动啊. |
|
s********n
发帖数: 2939 | 41 Keasling为人是很nice的，Arkin也不错，是LBL Bioscience的头。 |
|
l*********1
发帖数: 351 | 42 看着keasling组里postdoc的出路,觉着人还是恨挺学生的.跟peter schultz一样 |
|
h**********r
发帖数: 671 | 43 Arkin很牛的， eops你背景肯定很好，不然Keasling也不会这么说，搞定了报告一下吧
。 |
|
l*********1
发帖数: 351 | 44 Wendell Lim做得很性感,不过理论性稍微强了点,实际应用不给力啊.我觉着还是做代谢
工程的那帮子靠谱点.keasling,liao,stephanopoulos,nielsen之类的 |
|
d***y
发帖数: 8536 | 45 也没见他们有啥产品应用了.keasling从盖茨基金会搞了那么多钱整青蒿素，好像基本
上还在试验阶段。 Liao的那些higher alcohols的产量都低得很。stephanopoulos不大
懂了，好像啥都整，不过随便弄个idea就上CNS了。Nielsen感觉还是做模型拿手些，最
近也不知道整出啥东西来了。我一个师兄在nielsen那干访问学者，对他那现状不敢恭
维。 |
|
h**********r
发帖数: 671 | 46 我老觉得还是已经故去的James Bailey才是真正的NB！后来从Caltech去了ETH，挺多8g
可以8的。虽然做的没那么fancy，还是挺牛的。他老去世的时候，BB也是出了专刊的，
鼓励他这一辈子在辛勤地在BB上灌了上百篇水。liao也写了篇回忆的文章。那一期BB上
还有个进化树，Bailey就是树根，好像中国大陆出来的就有一个真正是Bailey的学生。
liao还是不错的，也算受过挺正统的ME的熏陶，然后逮着一个pathway往死里整，最近
又灌了个NB。让我们这些土鳖烂校千老情何以堪内牛满面！不过人家也想develop一点
新工具的。
keasling：亲爱的你慢慢吹，小心前面带刺的XXX～～～战略忽悠据K局长。
另外Daniel I.C. Wang也挺NB的，不像这些个哥们儿往死里吹。也是默默地在BB上灌水
，在其80大寿的时候，BB也是发过专刊的。stephanopoulos和Nielsen常常往中国跑，
不知道算不算中国人民的老朋友。stephanopoulos感觉挺依赖手下一干postdoc的灵光
一现的，一会儿干个NCS然后就没下文了。Nielsen可能不该从DT... 阅读全帖 |
|
s********n
发帖数: 2939 | 47 Keasling青蒿素产率很高，已经很成熟了，不过这东东本来就不贵，社会影响大于经济
考虑；
Liao最近有一片文号称能到达30 g/l的butanol，已经很高了；
感觉stephanopoulos现在不是很活跃了，不过是老资格了，大家都卖面子；
nielsen主要做yeast，应用好像还不错。 |
|
s********n
发帖数: 2939 | 48 Harvey Blanch最近没有什么好文章了，但是社会活动超多；
Keasling现在处于铺摊子，占地盘的阶段，所以很多pathway都不是很深入有，但现在
他老人家也占地盘站的差不多了，开始发力了；
Liao水品很不错，但感觉他的表达能力不行，可能是大多数中国（台湾）PI的通病。
and |
|
s********n
发帖数: 2939 | 49 Keasling就是靠Gates的funding发家的，呵呵！ |
|
l*********1
发帖数: 351 | 50 关键是青蒿素本来就是给亚非穷兄弟用的,传统的生物提取还是鬼.keasling自称通过他
的方法降低成本到原来的1/10,功德还是有的.
觉着代谢工程么还是盯着香料,药物中间体这种高附加值的东东,短期内更用应用前景点
. |
|
