w*****j
发帖数: 49 | 1 我刚入门，请介绍一下，包括bioinformatics，protein structure prediction,
molecular dynamics,各种各样领域的,谢谢 |
w*****j
发帖数: 49 | 2 不会吧，这种帖子没人回，自己顶一下
【在 w*****j 的大作中提到】
: 我刚入门，请介绍一下，包括bioinformatics，protein structure prediction,
: molecular dynamics,各种各样领域的,谢谢
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L**********O
发帖数: 1761 | |
f*********e
发帖数: 1144 | 4 googgle institute of system biology at seattle, 一堆computational 牛人吧
【在 w*****j 的大作中提到】
: 我刚入门，请介绍一下，包括bioinformatics，protein structure prediction,
: molecular dynamics,各种各样领域的,谢谢
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f**********e
发帖数: 1994 | 5 protein structure prediction 和 molecular dynamics? 你如果对失业很感兴趣，欢
迎跳
坑。
【在 w*****j 的大作中提到】
: 我刚入门，请介绍一下，包括bioinformatics，protein structure prediction,
: molecular dynamics,各种各样领域的,谢谢
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f*********e
发帖数: 1144 | 6 FT-ICR based H/D exchange for 3D structure 好像还是不错的？
【在 f**********e 的大作中提到】
: protein structure prediction 和 molecular dynamics? 你如果对失业很感兴趣，欢
: 迎跳
: 坑。
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w*******2
发帖数: 2199 | 7 hahaha
【在 f**********e 的大作中提到】
: protein structure prediction 和 molecular dynamics? 你如果对失业很感兴趣，欢
: 迎跳
: 坑。
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f**********e
发帖数: 1994 | 8 structure prediction 隔一阵子就会有一些边角料出来，SAXS,
cryo-EM, Bayesian... 但这改变不了他们是边角料的事实。几个
创始者拿到一两个位置，然后所有的 followers 就等着做万老。
拜托，请相信我，我和 structure prediction/molecular
dynamics 的大头工作过。这真的是巨型屎坑，学术界工业界都没人要。
【在 f*********e 的大作中提到】
: FT-ICR based H/D exchange for 3D structure 好像还是不错的？
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f*********e
发帖数: 1144 | 9 hehe, if what you said were true, I would be really lucky that I didn't jump
into this 6 years ago. My primary concentration was X-ray crystallography
when applying for the integrated biomedical program. I gave it up in a month
after taking the structural class as I found I am too dumb to understand
the dynamics.
【在 f**********e 的大作中提到】
: structure prediction 隔一阵子就会有一些边角料出来，SAXS,
: cryo-EM, Bayesian... 但这改变不了他们是边角料的事实。几个
: 创始者拿到一两个位置，然后所有的 followers 就等着做万老。
: 拜托，请相信我，我和 structure prediction/molecular
: dynamics 的大头工作过。这真的是巨型屎坑，学术界工业界都没人要。
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f**********e
发帖数: 1994 | 10 请烧高香拜土地公。你做了正确的选择。
jump
crystallography
month
understand
【在 f*********e 的大作中提到】
: hehe, if what you said were true, I would be really lucky that I didn't jump
: into this 6 years ago. My primary concentration was X-ray crystallography
: when applying for the integrated biomedical program. I gave it up in a month
: after taking the structural class as I found I am too dumb to understand
: the dynamics.
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f*********e
发帖数: 1144 | 11 不是我做选择，是我完全听不懂那些东西。
烧高香庆幸土地公让我智商没那么高么：）
【在 f**********e 的大作中提到】
: 请烧高香拜土地公。你做了正确的选择。
:
: jump
: crystallography
: month
: understand
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I*****y
发帖数: 6402 | 12 那protein engineering是不是也比较扯蛋？
【在 f**********e 的大作中提到】
: protein structure prediction 和 molecular dynamics? 你如果对失业很感兴趣，欢
: 迎跳
: 坑。
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f**********e
发帖数: 1994 | 13 directed evolution 不是扯蛋。
【在 I*****y 的大作中提到】
: 那protein engineering是不是也比较扯蛋？
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c**y
发帖数: 127 | 14 能不能给一个directed evolution field目前的发展状况的简单综述，
比如主流技术和面临的比较大的技术难点还有你个人对这个领域的展望。
【在 f**********e 的大作中提到】
: directed evolution 不是扯蛋。
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f**********e
发帖数: 1994 | 15 我所知道的 directed evolution 都是从我和湾区某公司
interview 的过程中学的。
directed evolution 的基本想法就像遗传算法一样，从一个
已知功能的蛋白出发，用一个 move set 给个他引进几个突变，
再看看你要的功能有没有加强。整个基本上就是个人择的进化。
它的优点是：你原则上可以完全不需要知道这蛋白的 structure,
interaction, 等等。你只需要优化最后的目标函数。整个
directed evolution 其实就是个工程优化算法，基本上很难失败。
这就是我说他不是虎烂的原因 -- it just works.
问题是：如果你要优化的是一个自然界没有的反应，你的初始蛋白
序列哪里来？通常大家还是要用 structure 来胡猜。这是第一个难点。
第二是：在第一步做功能筛选时，你需要一个够大的 randomized
set of sequences. 要多大？每一个 round 的 "evolution"
基本上都是以 local regression (partial linear regression)
决定的。如何更有效的 encode 可能的 move set?
【在 c**y 的大作中提到】
: 能不能给一个directed evolution field目前的发展状况的简单综述，
: 比如主流技术和面临的比较大的技术难点还有你个人对这个领域的展望。
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c**y
发帖数: 127 | 16 你说的这个是 计算方面的，
其实我想问的是实验上的：－）
【在 f**********e 的大作中提到】
: 我所知道的 directed evolution 都是从我和湾区某公司
: interview 的过程中学的。
: directed evolution 的基本想法就像遗传算法一样，从一个
: 已知功能的蛋白出发，用一个 move set 给个他引进几个突变，
: 再看看你要的功能有没有加强。整个基本上就是个人择的进化。
: 它的优点是：你原则上可以完全不需要知道这蛋白的 structure,
: interaction, 等等。你只需要优化最后的目标函数。整个
: directed evolution 其实就是个工程优化算法，基本上很难失败。
: 这就是我说他不是虎烂的原因 -- it just works.
: 问题是：如果你要优化的是一个自然界没有的反应，你的初始蛋白
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f**********e
发帖数: 1994 | 17 不好意思，上次做实验是 1993 年的事了。
【在 c**y 的大作中提到】
: 你说的这个是 计算方面的，
: 其实我想问的是实验上的：－）
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f*********e
发帖数: 1144 | 18 这个算BSO每天听汇报么？
【在 f**********e 的大作中提到】
: 不好意思，上次做实验是 1993 年的事了。
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f**********e
发帖数: 1994 | 19 1993 跟上了一个美艳的新进女教授做纯计算去了。什么是听汇报？
【在 f*********e 的大作中提到】
: 这个算BSO每天听汇报么？
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f*********e
发帖数: 1144 | 20 D-level up的人不是每天坐在凳子上听下属汇报，然后“运筹帷幄，决战千里之外么”
。赫赫
【在 f**********e 的大作中提到】
: 1993 跟上了一个美艳的新进女教授做纯计算去了。什么是听汇报？
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