x******e
发帖数: 1428 | 1 请问如果要一次性预测很多蛋白质序列（>10,000）的二级结构，有什么比较好的软件
可以用呢？我现在在试Prof这个软件，不过ms比较麻烦，虽然费了一番周折总算装在
Linux上了，但是它的documentation也不太清楚，或者我还没找到？
刚刚开始做这个，还在摸索阶段，请大家多多指教，谢谢了！ |
x******e
发帖数: 1428 | 2 现在最主要的问题是batch submission, 因为数量太多不能手动做……
PROFphd这个软件挺好的，刚刚研究了一下大致知道了怎么回事，但是据我目前的了解
，它也只能一个序列一个序列的提交，郁闷，实在不行写个script也行，不过还是觉得
有点麻烦，要是有现成的最好……
有人做过或者用过这方面的软件么？相关的经验也欢迎。
非常感谢！ |
s********l
发帖数: 1195 | 3 wei guan
xue xi~
good luck!
【在 x******e 的大作中提到】
: 请问如果要一次性预测很多蛋白质序列（>10,000）的二级结构，有什么比较好的软件
: 可以用呢？我现在在试Prof这个软件，不过ms比较麻烦，虽然费了一番周折总算装在
: Linux上了，但是它的documentation也不太清楚，或者我还没找到？
: 刚刚开始做这个，还在摸索阶段，请大家多多指教，谢谢了！
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x******e
发帖数: 1428 | 4 谢谢，自己也顶一下~
实在不行就自己写code去了……
【在 s********l 的大作中提到】
: wei guan
: xue xi~
: good luck!
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C*******e
发帖数: 4348 | 5 Jpred可以
http://www.compbio.dundee.ac.uk/www-jpred/
点“Advanced”，然后在“select type of input”里面选“batch”
上传sequence文件
fasta格式
不过一次200个sequence
不知道你能不能凑合用
【在 x******e 的大作中提到】
: 请问如果要一次性预测很多蛋白质序列（>10,000）的二级结构，有什么比较好的软件
: 可以用呢？我现在在试Prof这个软件，不过ms比较麻烦，虽然费了一番周折总算装在
: Linux上了，但是它的documentation也不太清楚，或者我还没找到？
: 刚刚开始做这个，还在摸索阶段，请大家多多指教，谢谢了！
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x******e
发帖数: 1428 | 6 太谢谢了！这就去试试看 ：）
不过200还是有点少，我大概有3万个序列……
不过好歹除了Prof之外也有别的选择了，谢谢哈！！！
【在 C*******e 的大作中提到】
: Jpred可以
: http://www.compbio.dundee.ac.uk/www-jpred/
: 点“Advanced”，然后在“select type of input”里面选“batch”
: 上传sequence文件
: fasta格式
: 不过一次200个sequence
: 不知道你能不能凑合用
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f**********e
发帖数: 1994 | 7 psipred 是标准吧
【在 x******e 的大作中提到】
: 请问如果要一次性预测很多蛋白质序列（>10,000）的二级结构，有什么比较好的软件
: 可以用呢？我现在在试Prof这个软件，不过ms比较麻烦，虽然费了一番周折总算装在
: Linux上了，但是它的documentation也不太清楚，或者我还没找到？
: 刚刚开始做这个，还在摸索阶段，请大家多多指教，谢谢了！
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x******e
发帖数: 1428 | 8 谢谢！
不过这个也不能批量提交吧？有没啥可以批量提交的软件/server呢？
【在 f**********e 的大作中提到】
: psipred 是标准吧
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i*****i
发帖数: 30 | |
C*********m
发帖数: 213 | 10 以前做过大概800个序列的预测， 写过一个shell script,用wget 往DomSSEA server递
交，不过后来他们的server 改了之后没有再试过。30K条序列的话还是在自己的机器上
算好了。用shell scripting应该是可以做的。
【在 x******e 的大作中提到】
: 谢谢！
: 不过这个也不能批量提交吧？有没啥可以批量提交的软件/server呢？
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C*********m
发帖数: 213 | 11 如果用wget往server递交关键是把http的post method改成get method
firefox有个插件可以帮忙。下载结果也可以用wget
【在 C*********m 的大作中提到】
: 以前做过大概800个序列的预测， 写过一个shell script,用wget 往DomSSEA server递
: 交，不过后来他们的server 改了之后没有再试过。30K条序列的话还是在自己的机器上
: 算好了。用shell scripting应该是可以做的。
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