s******y
发帖数: 28562 | 1 I am now very confused about the terms of the statistical tests.
Usually, when we are comparing the mean values for two groups, we will
look at the error bar (SEM) and the difference of the mean values.
If the difference of the mean values are greater than 2x SEM (avarage SEM)
then we usually say these groups are significantly different with P<0.05.
Now the question is: what kind of statistical test are such "rules of
error bar" ? Are they a derivative of the unpaired t-test? Or ANOVA test?
Or o |
g*****y
发帖数: 6325 | 2 生物里的stat 不管 是否改用t-test, 一般都是t-test. t-test 也分几种。 paired
t test是用于同一subject, 2组data， 比
如同一只老鼠，吃药前和吃药后比较。这2组数据是dependent的关系。但是如果是2组老鼠，一组不吃药，一组吃药，
就不是paired t test .2组数据是 independent的关系
【在 s******y 的大作中提到】
: I am now very confused about the terms of the statistical tests.
: Usually, when we are comparing the mean values for two groups, we will
: look at the error bar (SEM) and the difference of the mean values.
: If the difference of the mean values are greater than 2x SEM (avarage SEM)
: then we usually say these groups are significantly different with P<0.05.
: Now the question is: what kind of statistical test are such "rules of
: error bar" ? Are they a derivative of the unpaired t-test? Or ANOVA test?
: Or o
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p*****m
发帖数: 7030 | 3 你google一下error bar t-test第一条就有解释:)你说这个2Xsem的说法肯定是不对的
两者没什么关系。而且还有很多statistical analysis不是比较mean
【在 s******y 的大作中提到】
: I am now very confused about the terms of the statistical tests.
: Usually, when we are comparing the mean values for two groups, we will
: look at the error bar (SEM) and the difference of the mean values.
: If the difference of the mean values are greater than 2x SEM (avarage SEM)
: then we usually say these groups are significantly different with P<0.05.
: Now the question is: what kind of statistical test are such "rules of
: error bar" ? Are they a derivative of the unpaired t-test? Or ANOVA test?
: Or o
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i********f
发帖数: 206 | 4 这个应该就是T test，
用两倍是，认为数据是正态分布，mean difference为0
标准正态的95%区间是(-1.96,1.96)接近2
这个SEM应该是pooled se
不过有很多条件可能都不是很注意
比如是不是相互独立
是不是equal variance等等
【在 s******y 的大作中提到】
: I am now very confused about the terms of the statistical tests.
: Usually, when we are comparing the mean values for two groups, we will
: look at the error bar (SEM) and the difference of the mean values.
: If the difference of the mean values are greater than 2x SEM (avarage SEM)
: then we usually say these groups are significantly different with P<0.05.
: Now the question is: what kind of statistical test are such "rules of
: error bar" ? Are they a derivative of the unpaired t-test? Or ANOVA test?
: Or o
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s******y
发帖数: 28562 | 5 Actually the 2x SEM is a very popular way to calculate whether P<0.05 when n
=3
It is widely used in biologists because we often only repeat something for
three times. t-test is more specific and has a lot more parameters, but I
need
to know whether the 2 xSEM thing is derived from t-test.
的
【在 p*****m 的大作中提到】
: 你google一下error bar t-test第一条就有解释:)你说这个2Xsem的说法肯定是不对的
: 两者没什么关系。而且还有很多statistical analysis不是比较mean
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s******y
发帖数: 28562 | 6 Thanks!
【在 i********f 的大作中提到】
: 这个应该就是T test，
: 用两倍是，认为数据是正态分布，mean difference为0
: 标准正态的95%区间是(-1.96,1.96)接近2
: 这个SEM应该是pooled se
: 不过有很多条件可能都不是很注意
: 比如是不是相互独立
: 是不是equal variance等等
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a********k
发帖数: 2273 | 7 正态分布2个标准差以内大概是95%，这就是2Xstandard deviation的来源。
n
【在 s******y 的大作中提到】
: Actually the 2x SEM is a very popular way to calculate whether P<0.05 when n
: =3
: It is widely used in biologists because we often only repeat something for
: three times. t-test is more specific and has a lot more parameters, but I
: need
: to know whether the 2 xSEM thing is derived from t-test.
:
: 的
|
g*****y
发帖数: 6325 | 8 凡是抽样sample算的都叫SEM ， 如果是entire population叫stdev.不同的名称而已。
现实生活中是很难拿到stdev的, 你不可能把全世界的老鼠都拿来做实验。都只是取样。 只要是取样就是sem. 只不过非统
计的人，不论怎样都把sem叫成stdev
吧。
【在 a********k 的大作中提到】
: 正态分布2个标准差以内大概是95%，这就是2Xstandard deviation的来源。
:
: n
|
s******h
发帖数: 47 | 9 SEM is one of the descriptive parameters of your data set, just like other
parameters, mean, sample size, Minimum, Maximum, etc. It has nothing to do
with T-test per se. Student t-test is a statistic tool to compare 2 groups
of data to see whether their means are different or not. P<0.05 is a granted
threshold for the significance in most biological field. Did you get it now
? |
s******y
发帖数: 28562 | 10 Thanks everyone, but now I have another question:
If I have two curves, each curve has five points and each point has its own
SEM. Then how do I run the t-test for these two curves? |
|
|
p*****m
发帖数: 7030 | 11 2way anova就行吧
own
【在 s******y 的大作中提到】
: Thanks everyone, but now I have another question:
: If I have two curves, each curve has five points and each point has its own
: SEM. Then how do I run the t-test for these two curves?
|
s******y
发帖数: 28562 | 12 I am trying to compare four time-course cruves, they are all
decreasing, one faster, the other three slower.
I need to calculate the P value for the comparison.
【在 p*****m 的大作中提到】
: 2way anova就行吧
:
: own
|
p*****m
发帖数: 7030 | 13 2way anova应该是可以的呀 factor1是treatment factor2是time point，然后你就看
factor1先不显著就行了 也可以就factor1做个posthoc看哪个显著
【在 s******y 的大作中提到】
: I am trying to compare four time-course cruves, they are all
: decreasing, one faster, the other three slower.
: I need to calculate the P value for the comparison.
|
s******y
发帖数: 28562 | 14 I am confused because in the Two-way ANOVA there is no way to input the
error bar for the curve. Does it mean when I use this test I don't need
the error bar information?
【在 p*****m 的大作中提到】
: 2way anova应该是可以的呀 factor1是treatment factor2是time point，然后你就看
: factor1先不显著就行了 也可以就factor1做个posthoc看哪个显著
|
s******h
发帖数: 47 | 15 two-way ANOVA is the perfect tool for doing that from a strict statistic
point of view. However, I do know most biological people usually use T-test
to compare 2 groups of data at a certain timepoint. If that way does not
cause reviewers' concern, it does not bother readers too much any way. If it
does, you have to do 2-way ANOVA, then post-hoc. |
s*****0
发帖数: 357 | 16 同一curve上的点不independent. 她的问题类似于四条血药浓度的curve,要看她到底想
要回答什么问题.
【在 p*****m 的大作中提到】
: 2way anova应该是可以的呀 factor1是treatment factor2是time point，然后你就看
: factor1先不显著就行了 也可以就factor1做个posthoc看哪个显著
|
s******y
发帖数: 28562 | 17
Yes! That is exactly what I need to do!!!
【在 s*****0 的大作中提到】
: 同一curve上的点不independent. 她的问题类似于四条血药浓度的curve,要看她到底想
: 要回答什么问题.
|
s*****0
发帖数: 357 | 18 Need you to clarify two points:
1) Does each point on one single curve has only one value?
2) Is this a survival curve (event driven) or just a time series (e.g.,
concentration measure at each data point)?
【在 s******y 的大作中提到】
: I am trying to compare four time-course cruves, they are all
: decreasing, one faster, the other three slower.
: I need to calculate the P value for the comparison.
|
s******y
发帖数: 28562 | 19 This is a time series of protein concentration in the cells.
Each curve is compiled from three repeats. Each point on a single curve has
one mean value with a standard error bar (SEM).
Two representative curves look like the attached photo
【在 s*****0 的大作中提到】
: Need you to clarify two points:
: 1) Does each point on one single curve has only one value?
: 2) Is this a survival curve (event driven) or just a time series (e.g.,
: concentration measure at each data point)?
|
s******y
发帖数: 28562 | 20
has
【在 s******y 的大作中提到】
: This is a time series of protein concentration in the cells.
: Each curve is compiled from three repeats. Each point on a single curve has
: one mean value with a standard error bar (SEM).
: Two representative curves look like the attached photo
|
|
|
s******h
发帖数: 47 | 21 OK, what was the original statistic question raised by the reviewers? must
be exactly what they said. If we know that, we can try to help you in a
direct way. |
s*****0
发帖数: 357 | 22 If this is the case, definitely NO 2-way ANOVA.
I do not know your data or what kind of questions you want to answer through
the statistical test, but I will give you one example, and you try to apply
to your own case.
Suppose you have 10 healthy subjects who are under phase I trial and their
PK/PDs need to be recorded. Each individual has his own PK curve (time
series), and now you want to summarize all the information.
You CANNOT treat different data points on a curve as independent and use "
【在 s******y 的大作中提到】
:
: has
|
s*****0
发帖数: 357 | 23 Sorry, ignore my last reply. I am confused, why do you have 3 data on each time point? Sorry for my misunderstanding of your experimental design. I do not have that experience.
Let me make sure I understand it correctly. For each curve, you have three cells. At each time point, each cell gives you one concentration measurement. In your figure, you just average them? I never worked in your field, so forgive my naiveness if I am wrong.
【在 s******y 的大作中提到】
:
: has
|
s******y
发帖数: 28562 | 24 我都晕了。所以只好打开自己的laptop用中文来解释吧。
是这样的，首先，我们测量的是细胞A和细胞B里面某个蛋白的降解曲线，
在不同的时间点我们会把细胞A, B 拿出来用荧光法测量一次该蛋白的浓度，
然后把这些不同时间测出来的值合成一个降解曲线。但是，只测量一次肯定
是不行的，所以我们总把这个试验重复了好几次，对于A细胞我们重复了4次
试验（也就是一共做了四组数据），对于B细胞我们重复了6次。
所以，我们最终拿到的曲线是多次测量的平均，每个点都是一个平均值，
并带有一个error bar.
time point? Sorry for my misunderstanding of your experimental design. I do
not have that experience.
cells. At each time point, each cell gives you one concentration
measurement. In your figure, you just average them? I never worked in your
field, so
【在 s*****0 的大作中提到】
: Sorry, ignore my last reply. I am confused, why do you have 3 data on each time point? Sorry for my misunderstanding of your experimental design. I do not have that experience.
: Let me make sure I understand it correctly. For each curve, you have three cells. At each time point, each cell gives you one concentration measurement. In your figure, you just average them? I never worked in your field, so forgive my naiveness if I am wrong.
|
s******y
发帖数: 28562 | 25 然后，我们现在要解决的问题其实是这样的：
这两条曲线，我们一眼看过去就觉得是肯定有区别的，因为曲线B下降的
明显比A快，而且error bar也挺小的。所以我们在文章里就很自然的说：
xxx protein in Cell B degraded significantly faster than in Cell A.
这个结论应该是没有问题的，reviewers其实也认同，因为两个曲线的差别还
是挺大的。但是，现在是主编在给我们提意见，她的意见就是当我们在文章
中作任何有关significance 的结论的时候，必须给出P value, statistical
test method. 我们一下子就被这个弄晕了。因为我们以前都是看看error bar
足够小，曲线分的够开，就大方的给一个结论的，还真的不知道怎么就两条
曲线是否有统计差别进行P value 计算。而且，我们文章中还有很多地方是
相反结论，就是我们认为另外的几条曲线之间没有区别等等，这些地方怎么
计算P value我们更是不知所措。
【在 s******h 的大作中提到】
: OK, what was the original statistic question raised by the reviewers? must
: be exactly what they said. If we know that, we can try to help you in a
: direct way.
|
g*****y
发帖数: 6325 | 26 这个你根本不用做任何t-test. 我以前做过几乎相似的cell survival curve, 查过很
多图，只要(同一时间or浓度) 的2个点的
sem bar不重叠，就是significantly different. 根据你的图，最后2个点是不同的。
own
【在 s******y 的大作中提到】
: Thanks everyone, but now I have another question:
: If I have two curves, each curve has five points and each point has its own
: SEM. Then how do I run the t-test for these two curves?
|
s******y
发帖数: 28562 | 27 可是主编要求我们做。。。她没有明说是t-test,她根本就没有说明要我们做什么
test,但是她的原话就是：
When statistical significance is indicated, the statistical test used
MUST be stated.
【在 g*****y 的大作中提到】
: 这个你根本不用做任何t-test. 我以前做过几乎相似的cell survival curve, 查过很
: 多图，只要(同一时间or浓度) 的2个点的
: sem bar不重叠，就是significantly different. 根据你的图，最后2个点是不同的。
:
: own
|
g*****y
发帖数: 6325 | 28 我觉得你的主编不懂行情， 我可以肯定的告诉你，如果2个点的error bar不重叠，用
t-test算绝对是significantly different . 很多做生物的都不懂统计。 如果真的要认真比较，没个点起码也要6个重复数据。
你的主
编就是想看看p -value. 你用excel t-test每个点 算个p-value给他就好了。
【在 s******y 的大作中提到】
: 可是主编要求我们做。。。她没有明说是t-test,她根本就没有说明要我们做什么
: test,但是她的原话就是：
: When statistical significance is indicated, the statistical test used
: MUST be stated.
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s*****0
发帖数: 357 | 29 你的实验在我看来最tricky的地方是同一个细胞测了三次而不是三个细胞在同个时间点
各测了一次,后者很容易用repeated measurement来做test,但前者涉及到了
measurement的precision.还没想成熟怎么来解决,有一个雏形的想法:如果是同一台仪
器同一个人进行的测量,外加不同的时间对precision如果无影响,可以把这个
measurement的影响给remove掉,剩下的就是细胞类型(A或B)和时间因素,问题就大大简
化了.再让我想想.
【在 s******y 的大作中提到】
: 可是主编要求我们做。。。她没有明说是t-test,她根本就没有说明要我们做什么
: test,但是她的原话就是：
: When statistical significance is indicated, the statistical test used
: MUST be stated.
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s******y
发帖数: 28562 | 30 啊，这个，并不是同一个细胞测量了三次，
而是三个不同批次的A类型细胞或者B类型细胞，在不同的三天用同样的方法
重复测量。
【在 s*****0 的大作中提到】
: 你的实验在我看来最tricky的地方是同一个细胞测了三次而不是三个细胞在同个时间点
: 各测了一次,后者很容易用repeated measurement来做test,但前者涉及到了
: measurement的precision.还没想成熟怎么来解决,有一个雏形的想法:如果是同一台仪
: 器同一个人进行的测量,外加不同的时间对precision如果无影响,可以把这个
: measurement的影响给remove掉,剩下的就是细胞类型(A或B)和时间因素,问题就大大简
: 化了.再让我想想.
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s******y
发帖数: 28562 | 31 晕。可是人家是大牛杂志的主编，她要求什么我们只有乖乖的给的份，
不可能和她顶嘴的。
而且对于曲线不可能逐点的算P value, 因为一些开始短时间的点的误差
都会特别大（不管是谁做都会这样），算那些点的P value会误导读者的。
要认真比较，没个点起码也要6个重复数据。
【在 g*****y 的大作中提到】
: 我觉得你的主编不懂行情， 我可以肯定的告诉你，如果2个点的error bar不重叠，用
: t-test算绝对是significantly different . 很多做生物的都不懂统计。 如果真的要认真比较，没个点起码也要6个重复数据。
: 你的主
: 编就是想看看p -value. 你用excel t-test每个点 算个p-value给他就好了。
:
|
s*****0
发帖数: 357 | 32 这不难,具体原理讲起来费劲,简单说说,你不明白再问.
假设你有如下数据 (dataset名字叫做bless_sunnyday)
data bless_sunnyday;
input cell T1 T2 T3 T4;
cards;
1 10 14 8 5
1 16 13 6 7
1 10 14 8 5
1 16 13 6 7
2 10 14 8 5
2 16 13 6 7
2 14 12 8 3
2 11 15 5 2
2 16 13 6 7
2 14 12 8 3
;
run;
proc glm data=bless_sunnyda
【在 s******y 的大作中提到】
: 啊，这个，并不是同一个细胞测量了三次，
: 而是三个不同批次的A类型细胞或者B类型细胞，在不同的三天用同样的方法
: 重复测量。
|
s******y
发帖数: 28562 | 33 大侠啊，你写的太难懂了。
首先，你这个是什么计算机语言？我一句都看不懂。。。
另外，你这个计算的时候是用哪个统计model? Which test?
谢谢了！我从今天下午一直在看网上统计的资料，现在是越来越糊涂了。。。
【在 s*****0 的大作中提到】
: 这不难,具体原理讲起来费劲,简单说说,你不明白再问.
: 假设你有如下数据 (dataset名字叫做bless_sunnyday)
: data bless_sunnyday;
: input cell T1 T2 T3 T4;
: cards;
: 1 10 14 8 5
: 1 16 13 6 7
: 1 10 14 8 5
: 1 16 13 6 7
: 2 10 14 8 5
|
g*****y
发帖数: 6325 | 34 是SAS。 一般学校的计算机都有这个软件。
【在 s******y 的大作中提到】
: 大侠啊，你写的太难懂了。
: 首先，你这个是什么计算机语言？我一句都看不懂。。。
: 另外，你这个计算的时候是用哪个统计model? Which test?
: 谢谢了！我从今天下午一直在看网上统计的资料，现在是越来越糊涂了。。。
|
g*****y
发帖数: 6325 | 35 开始不重要。 重要的是整个curve的走向和趋势。 我做过很多类似的图，如果要求统
计分析，就在认为是不同的点上算个
p-value.不用每个点都计算。 没有人要问你具体统计计算过程。 我觉得你太认真了。
其实主编也就是要个你们认为是
different 的数据的p-value.
【在 s******y 的大作中提到】
: 晕。可是人家是大牛杂志的主编，她要求什么我们只有乖乖的给的份，
: 不可能和她顶嘴的。
: 而且对于曲线不可能逐点的算P value, 因为一些开始短时间的点的误差
: 都会特别大（不管是谁做都会这样），算那些点的P value会误导读者的。
:
: 要认真比较，没个点起码也要6个重复数据。
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s******y
发帖数: 28562 | 36 我倒。。。我们实验室没有这个。。。工程学院的机房倒应该是有这个软件的
但是我们都不会用这个软件。。。
我们总共有几百条曲线所以也不敢求别人帮我们算。
有没有简单一点的方法？而且，最关键的是，这个算法里面的P value是用什么
方法算出来的？
【在 g*****y 的大作中提到】
: 是SAS。 一般学校的计算机都有这个软件。
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g*****y
发帖数: 6325 | 37 用sas几百条线也是小菜。 只要数据模式搞定，code很简单。
【在 s******y 的大作中提到】
: 我倒。。。我们实验室没有这个。。。工程学院的机房倒应该是有这个软件的
: 但是我们都不会用这个软件。。。
: 我们总共有几百条曲线所以也不敢求别人帮我们算。
: 有没有简单一点的方法？而且，最关键的是，这个算法里面的P value是用什么
: 方法算出来的？
|
s*****0
发帖数: 357 | 38 SAS,我以为人人都能认得,呵呵.好久不接触别的统计软件了,挑个最顺手的写写,你只要
把那些input data换成你自己的数据就行了.
统计模型是multivariate ANOVA (or MANOVA), 你要想深入了解,查查MANOVA+repeated
measure. 你想要的效果和答案全在里头,p-value就是那个reviewer想看的.
【在 s******y 的大作中提到】
: 大侠啊，你写的太难懂了。
: 首先，你这个是什么计算机语言？我一句都看不懂。。。
: 另外，你这个计算的时候是用哪个统计model? Which test?
: 谢谢了！我从今天下午一直在看网上统计的资料，现在是越来越糊涂了。。。
|
g*****y
发帖数: 6325 | 39 bso
repeated
【在 s*****0 的大作中提到】
: SAS,我以为人人都能认得,呵呵.好久不接触别的统计软件了,挑个最顺手的写写,你只要
: 把那些input data换成你自己的数据就行了.
: 统计模型是multivariate ANOVA (or MANOVA), 你要想深入了解,查查MANOVA+repeated
: measure. 你想要的效果和答案全在里头,p-value就是那个reviewer想看的.
|
s******y
发帖数: 28562 | 40 谢谢！我可以去查一下看看有没有免费的online window 运算MANOVA.
我们不是专门做bioinfo or statistics 的，所以真的不熟悉SAS.
实在不行的话，下周我就去哭求老板去哭求别的系的人帮我们算好了。
repeated
【在 s*****0 的大作中提到】
: SAS,我以为人人都能认得,呵呵.好久不接触别的统计软件了,挑个最顺手的写写,你只要
: 把那些input data换成你自己的数据就行了.
: 统计模型是multivariate ANOVA (or MANOVA), 你要想深入了解,查查MANOVA+repeated
: measure. 你想要的效果和答案全在里头,p-value就是那个reviewer想看的.
|
|
|
s******y
发帖数: 28562 | 41 我们不敢啊。我们是小实验室，对主编的要求一向都是小心翼翼，不敢造次的。
【在 g*****y 的大作中提到】
: 开始不重要。 重要的是整个curve的走向和趋势。 我做过很多类似的图，如果要求统
: 计分析，就在认为是不同的点上算个
: p-value.不用每个点都计算。 没有人要问你具体统计计算过程。 我觉得你太认真了。
: 其实主编也就是要个你们认为是
: different 的数据的p-value.
|
g*****y
发帖数: 6325 | 42 你可以把数据给我，我帮你在我们学校的机子上run一下然后给你report.
【在 s******y 的大作中提到】
: 谢谢！我可以去查一下看看有没有免费的online window 运算MANOVA.
: 我们不是专门做bioinfo or statistics 的，所以真的不熟悉SAS.
: 实在不行的话，下周我就去哭求老板去哭求别的系的人帮我们算好了。
:
: repeated
|
s******y
发帖数: 28562 | 43 Pr > F G-G H-F
这几个数据，哪一个是我想要的P value?
repeated
【在 s*****0 的大作中提到】
: SAS,我以为人人都能认得,呵呵.好久不接触别的统计软件了,挑个最顺手的写写,你只要
: 把那些input data换成你自己的数据就行了.
: 统计模型是multivariate ANOVA (or MANOVA), 你要想深入了解,查查MANOVA+repeated
: measure. 你想要的效果和答案全在里头,p-value就是那个reviewer想看的.
|
s*****0
发帖数: 357 | 44 一般学校的IT都会提供一些学生版的免费SAS, windows, matlab等等,你去问问,自己
laptop上装一个,以后也能学着写写,很有用.以前整天C++/Perl编程的时候觉得SAS很弱
智,其实真的很好用,不用学得多复杂,只要会input数据生成sas dataset外加一个proc
glm,你所有手头的问题基本都可以解决. 至于你现在这个难题,就把上面的code copy&
paste,除了改动一些具体的measure的值,其他都不用动,直接F8键运行一下. 看你的图,
significance问题不大,如果很strong的话,你还可以加入strong这个词.reviewer说得
也有些道理,因为你用了significant这个词,所以最好有个什么p值来支持一下,要不然
只能说look apparently different.
【在 s******y 的大作中提到】
: 谢谢！我可以去查一下看看有没有免费的online window 运算MANOVA.
: 我们不是专门做bioinfo or statistics 的，所以真的不熟悉SAS.
: 实在不行的话，下周我就去哭求老板去哭求别的系的人帮我们算好了。
:
: repeated
|
l**********n
发帖数: 240 | 45 可以将每个区线拟合一个函数（例如指数函数，如果条件符合的话）。 然后比较两曲
线的时间参数，比如：tau， or time to half original. |
s******y
发帖数: 28562 | 46 汗。。。谢谢好意。我明天到实验室去看一看，大概有多少条曲线是必须运行的。
然后和老板电话商量一下再决定。
非常感谢你的好意，不论最后我老板如何决定。
【在 g*****y 的大作中提到】
: 你可以把数据给我，我帮你在我们学校的机子上run一下然后给你report.
|
s*****0
发帖数: 357 | 47 具体不记得也懒得查了,好像第一个是uncorrected p-value后两种是corrected,只不过
不同的correction. 先别管这个了,要是结果都是什么0.001, 0.002, 直接就说<<0.05
或者随便挑一个报一报, it does not matter,反正结论是strong significant, 说服
对方给你开绿灯就行了. 估计对方也不会特别深究,要不然repeated measure有好几种
方法,各有利弊,如果是Mixed model的话更要吐血.我随便给了个最常用的,它的局限性
没考证.
【在 s******y 的大作中提到】
: Pr > F G-G H-F
: 这几个数据，哪一个是我想要的P value?
:
: repeated
|
s******y
发帖数: 28562 | 48 谢谢！
麻烦你再告诉我一下（我知道我很白痴），我们不同的曲线的重复数目
不一样，有的只重复了３次，有的重复了８次，在这种情况下，
我只要在数据库里修改就好了吧？不需要改其他参数吧？
proc
图,
【在 s*****0 的大作中提到】
: 一般学校的IT都会提供一些学生版的免费SAS, windows, matlab等等,你去问问,自己
: laptop上装一个,以后也能学着写写,很有用.以前整天C++/Perl编程的时候觉得SAS很弱
: 智,其实真的很好用,不用学得多复杂,只要会input数据生成sas dataset外加一个proc
: glm,你所有手头的问题基本都可以解决. 至于你现在这个难题,就把上面的code copy&
: paste,除了改动一些具体的measure的值,其他都不用动,直接F8键运行一下. 看你的图,
: significance问题不大,如果很strong的话,你还可以加入strong这个词.reviewer说得
: 也有些道理,因为你用了significant这个词,所以最好有个什么p值来支持一下,要不然
: 只能说look apparently different.
|
s******y
发帖数: 28562 | 49 谢谢你！ 谢谢给了建议的各位热心人！
得睡觉去了。明天还要起来赶补试验。明天再来。
再次感谢大家！
05
【在 s*****0 的大作中提到】
: 具体不记得也懒得查了,好像第一个是uncorrected p-value后两种是corrected,只不过
: 不同的correction. 先别管这个了,要是结果都是什么0.001, 0.002, 直接就说<<0.05
: 或者随便挑一个报一报, it does not matter,反正结论是strong significant, 说服
: 对方给你开绿灯就行了. 估计对方也不会特别深究,要不然repeated measure有好几种
: 方法,各有利弊,如果是Mixed model的话更要吐血.我随便给了个最常用的,它的局限性
: 没考证.
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s*****0
发帖数: 357 | 50 我的理解是每个细胞在每个时间点只被测量了一次,所以每个细胞(A组或B组)都可以自
成一条曲线. 如果你有三个A细胞和8个B细胞,你的第一列即为
1
1
1
2
2
2
2
2
2
2
2
后面的列跟具体每个时间点的measurement.
【在 s******y 的大作中提到】
: 谢谢！
: 麻烦你再告诉我一下（我知道我很白痴），我们不同的曲线的重复数目
: 不一样，有的只重复了３次，有的重复了８次，在这种情况下，
: 我只要在数据库里修改就好了吧？不需要改其他参数吧？
:
: proc
: 图,
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w******y
发帖数: 8040 | 51 这个可以用mixed model
cell type is a fix effect with two levels
individual subject as a random effect
has
【在 s******y 的大作中提到】
: This is a time series of protein concentration in the cells.
: Each curve is compiled from three repeats. Each point on a single curve has
: one mean value with a standard error bar (SEM).
: Two representative curves look like the attached photo
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a*****v
发帖数: 128 | 52 Paired t-test要求比这个严格，比较的数据每组中的每个位置都要配对。
paired
组老鼠，一组不吃药，一组吃药，
【在 g*****y 的大作中提到】
: 生物里的stat 不管 是否改用t-test, 一般都是t-test. t-test 也分几种。 paired
: t test是用于同一subject, 2组data， 比
: 如同一只老鼠，吃药前和吃药后比较。这2组数据是dependent的关系。但是如果是2组老鼠，一组不吃药，一组吃药，
: 就不是paired t test .2组数据是 independent的关系
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m*******r
发帖数: 4468 | 53 为什么这个问题被你们说得怎么复杂， 你就用那3个sample valeu 做one tailed t-
test算出SEM， 不就是那个error bar吗？ 直接把t-test 的公式放上去就是了
SE= SD/ square root of N, sample standard error 就用 root mean squared (mean
-data value)/ square root (N-1). 不是central limit theorem吗？population SD
不重要， 只要你知道你的sample mean, N, sample, 就可以算出SEM
我理解错了吗？ |
s*****0
发帖数: 357 | 54 Her data were not just cross-sectional, and there is a time effect in it.
mean
SD
【在 m*******r 的大作中提到】
: 为什么这个问题被你们说得怎么复杂， 你就用那3个sample valeu 做one tailed t-
: test算出SEM， 不就是那个error bar吗？ 直接把t-test 的公式放上去就是了
: SE= SD/ square root of N, sample standard error 就用 root mean squared (mean
: -data value)/ square root (N-1). 不是central limit theorem吗？population SD
: 不重要， 只要你知道你的sample mean, N, sample, 就可以算出SEM
: 我理解错了吗？
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m*******r
发帖数: 4468 | 55 每个点是算independent 吗？
it.
【在 s*****0 的大作中提到】
: Her data were not just cross-sectional, and there is a time effect in it.
:
: mean
: SD
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m*******r
发帖数: 4468 | 56 等一下， 我在看看原来那个data， 不是很懂。 |
s*****0
发帖数: 357 | 57 No, not the measurement in the same cell over time. Each cell is
individually independent, so at one time
point (cross-section) you can apply T-test, but this may not be what she
wanted. She is more toward
comparing the slope of each curve.
【在 m*******r 的大作中提到】
: 每个点是算independent 吗？
:
: it.
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m*******r
发帖数: 4468 | 58 哦， 我看懂了。 我说那个plot, 差那么多， 瞎子都能看出来是significant 那个
erorr bar看
上去就直接用t-test 算的， 你把t-test 公式写上去就好了。 很多reviewer 的stats
都不
好， 你给他太难sas程序的他也看不懂，反正给我看， 我是看不懂， reviewer要的只
是你的计算公
式， 没要你justify 你的statistic model. lz就把t-test的公式从excel 里面找出
来， 放
进去就好了， 能让别人更具你的方法能够reproduce 你的结论就好。 |
m*******r
发帖数: 4468 | 59 那个plot 里面几个ERROR BAR是t-test， 现在review要的是t-test 的公式， 我觉得
其他都不
relavent吧. slope 上面又没有error bar， 只是比较relative value.
【在 s*****0 的大作中提到】
: No, not the measurement in the same cell over time. Each cell is
: individually independent, so at one time
: point (cross-section) you can apply T-test, but this may not be what she
: wanted. She is more toward
: comparing the slope of each curve.
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m*******r
发帖数: 4468 | 60 要问你要的是你怎么算出那些error bar 来的， 你怎么算的就怎么给他啊。 这一看就
是t-test，
没什么好解释， 你就说一下t-test level of significance， 他要什么你给他什么。
我没看
懂你的担忧， 还是我完全没理解你的data
【在 s******y 的大作中提到】
: 可是主编要求我们做。。。她没有明说是t-test,她根本就没有说明要我们做什么
: test,但是她的原话就是：
: When statistical significance is indicated, the statistical test used
: MUST be stated.
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s*****0
发帖数: 357 | 61 No, you don't give the reviewer SAS code but only the model and p-value. SAS
is for Sunnyday. There is no
need to provide formula in the article, just mention name T-test, ANOVA,
linear regression etc.
stats
【在 m*******r 的大作中提到】
: 哦， 我看懂了。 我说那个plot, 差那么多， 瞎子都能看出来是significant 那个
: erorr bar看
: 上去就直接用t-test 算的， 你把t-test 公式写上去就好了。 很多reviewer 的stats
: 都不
: 好， 你给他太难sas程序的他也看不懂，反正给我看， 我是看不懂， reviewer要的只
: 是你的计算公
: 式， 没要你justify 你的statistic model. lz就把t-test的公式从excel 里面找出
: 来， 放
: 进去就好了， 能让别人更具你的方法能够reproduce 你的结论就好。
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m*******r
发帖数: 4468 | 62 I think she conclude that "the difference is significant" without citing
which statistic test was used. So you are right, she just need to be more
specific about which was the statistic test was used to calculate the
level of significance, may it be T-test or ANOVA. It looks like to me
thats all the reviewer is asking for, which is a fair ask to me.
SAS
【在 s*****0 的大作中提到】
: No, you don't give the reviewer SAS code but only the model and p-value. SAS
: is for Sunnyday. There is no
: need to provide formula in the article, just mention name T-test, ANOVA,
: linear regression etc.
:
: stats
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s******y
发帖数: 28562 | 63 对，是这样没错。主要是我们作生物的，一般对这种问题也不是特别关心。
而且，实话说，统计学里面很多公式是建立在很多假设条件下的，但是很多
这些假设条件对生物学里面的实际情况不适用。一般来说我们要是看到error
bar没有分开的话，并不会试图去重复很多遍然后用这个什么什么test去强辨
这两者有统计上的区别。我们一般是如果觉得一个assay不好用，马上就换另外
能够测出更大区别的assay了。所以我们一向对统计分析这种东西不是很关心。
这次被他们要求写出所有的统计分析过程，立马就把我们弄傻了。而且我们
又胆小，不敢信口开河, 所以只好苦哈哈的真的就要去算这个P value了。
【在 m*******r 的大作中提到】
: I think she conclude that "the difference is significant" without citing
: which statistic test was used. So you are right, she just need to be more
: specific about which was the statistic test was used to calculate the
: level of significance, may it be T-test or ANOVA. It looks like to me
: thats all the reviewer is asking for, which is a fair ask to me.
:
: SAS
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