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发帖数: 65 | 1 清华博士生就家被强拆致维坊市长许立全的公开信
清华大学法学博士 王进文
致工学博士潍坊市长许立全先生有关拆迁问题的公开信
尊敬的潍坊市长许立全先生，首先，请允许我以“尊敬的”字眼称呼您，在对您毫
无认知，从而无法对您个人及工作做出比较客观的评价之前，出于礼貌，更多的是基于
您市长公职的身份和对国家名器的尊重，我觉得用这三个字称呼是比较恰当的。
从更准确的意义上讲，这封公开信并不是专门写给您的，您可以理解成是写给在国
家行政序列中，基于您行政身份及职责所代表的潍坊市人民政府及其所辖的潍城区人民
政府，西关街道办事处，您也可以理解成是写给您所属的山东省人民政府，乃至更高层
负责人。我从网上了解到您具有工学博士学位，长期服务于政府部门，同样，我也服务
于政府工作部门过，也在接受博士阶段的教育，研习法律；基于您所领导的行政序列中
的基层官员曾对我公开承认，“我们就是没有素质！”事实上他们的表现也无愧于这句
话，我觉得与您沟通会比较融洽。
我与您素不相识，从无瓜葛，就像我与国家主席虽属校友，但关系如同你我，唯是
风马牛不相及也。我甚至是直到最近才从网上查潍坊市的市长是您。我与您的联系或关
系仅... 阅读全帖 |
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P****9
发帖数: 2294 | 2 1. 尊敬的潍坊市长许立全先生，首先，请允许我以“尊敬的”字眼称呼您，在对您毫
无认知，从而无法对您个人及工作做出比较客观的评价之前，出于礼貌，更多的是基于
您市长公职的身份和对国家名器的尊重，我觉得用这三个字称呼是比较恰当的。
2. 从更准确的意义上讲，这封公开信并不是专门写给您的，您可以理解成是写给在国
家行政序列中，基于您行政身份及职责所代表的潍坊市人民政府及其所辖的潍城区人民
政府，西关街道办事处，您也可以理解成是写给您所属的山东省人民政府，乃至更高层
负责人。我从网上了解到您具有工学博士学位，长期服务于政府部门，同样，我也服务
于政府工作部门过，也在接受博士阶段的教育，研习法律；基于您所领导的行政序列中
的基层官员曾对我公开承认，“我们就是没有素质！”事实上他们的表现也无愧于这句
话，我觉得与您沟通会比较融洽。
3. 我与您素不相识，从无瓜葛，就像我与国家主席虽属校友，但关系如同你我，唯是
风马牛不相及也。我甚至是直到最近才从网上查潍坊市的市长是您。我与您的联系或关
系仅仅在于：我离家十年，求学京华，并非您治下的百姓，而我的父母与村里的人生活
在您所负责的行政区域之内，用法律... 阅读全帖 |
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g*********d
发帖数: 233 | 3 《Cell》文献翻译:基因表达的小RNA调节因子
Cell 134, 899 – 902, September 19, 2008
Joel R. Neilson and Philip A. Sharp
今年Lasker基金会承认了Victor Ambros、Gary Ruvkun和David Baulcombe在推断
小RNA分子在真核基因表达的转录后调节中所进行的开创性工作。
分子生物学是一门年轻的学科，如同充满了未开发土地的新大陆。有关小RNA在基
因调节中的作用的重要发现是这门年轻学科中还有许多未开发的重要领域的一个例证。
9月26日，几位先驱（麻州大学医学院的Victor Ambros、麻州总医院和哈佛大学医学院
的Gary Ruvkun和剑桥大学的David Bulcombe有关小RNA的发现将被授予2008年Albert
Lasker基础医学研究奖。
历史上先驱者以及他们的发现的意义通常被忽略，只是在很多年之后才被承认。
Ambros和Ruvkun所发表的描述第一个微RNA及其标靶的优秀论文（发表在高深的Cell杂
志上）被忽略了近10年。与此同时，... 阅读全帖 |
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z*x
发帖数: 46 | 4 1. 尊敬的潍坊市长许立全先生，首先，请允许我以“尊敬的”字眼称呼您，在对您毫
无认知，从而无法对您个人及工作做出比较客观的评价之前，出于礼貌，更多的是基于
您市长公职的身份和对国家名器的尊重，我觉得用这三个字称呼是比较恰当的。
2. 从更准确的意义上讲，这封公开信并不是专门写给您的，您可以理解成是
写给在国家行政序列中，基于您行政身份及职责所代表的潍坊市人民政府及其所辖的潍
城区人民政府，西关街道办事处，您也可以理解成是写给您所属的山东省人民政府，乃
至更高层负责人。我从网上了解到您具有工学博士学位，长期服务于政府部门，同样，
我也服务于政府工作部门过，也在接受博士阶段的教育，研习法律；基于您所领导的行
政序列中的基层官员曾对我公开承认，“我们就是没有素质！”事实上他们的表现也无
愧于这句话，我觉得与您沟通会比较融洽。
3. 我与您素不相识，从无瓜葛，就像我与国家主席虽属校友，但关系如同你
我，唯是风马牛不相及也。我甚至是直到最近才从网上查潍坊市的市长是您。我与您的
联系或关系仅仅在于：我离家十年，求学京华，并非您治下的百姓，而我的父母与村里
的人生活... 阅读全帖 |
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c***s
发帖数: 70028 | 5 前不久，意大利考古学家声称，他们在佛罗伦萨一座女修道院下面找到了可能是达?芬奇名作《蒙娜丽莎》人物原型的头骨，目前正试图提取DNA并重建此人的面容。
众所周知，DNA分子涵盖了生物遗传所需要的几乎所有信息，研究者早已发现头色、肤色、有无雀斑，眼耳口鼻的大小位置都是由基因决定的。但是以目前的技术水平，直接反映面容特征的DNA信息是零碎和不完整的。
令人惊喜的是，科学家将利用统计学手段研究人类的多个基因和面部特征的关系，一张脸将被定位成231个数据，而这231个数据都一样的两张脸是几乎不可能存在的。如此，我们便有望建立DNA信息决定面部特征的模型。
DNA虽然为法医鉴定提供了极大的便利，但是事实上，德国、比利时以及美国的印第安纳州和怀俄明州明确规定了该手段的非法性。毕竟DNA推断仍可能百密一疏，更何况DNA信息的本质涉及个人的隐私问题。
据英国《每日邮报》5月19日报道，由意大利考古学家希尔瓦诺?文塞提（Silvano Vinceti）教授所领导的团队日前在佛罗伦萨圣厄休拉修道院遗址下面的地窖中挖掘出了一副头骨，目前正试图提取DNA并重建此人的面容。此人的遗体如此受到重视的原因在于她或许就... 阅读全帖 |
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y**o
发帖数: 8897 | 6 这是其中一部分
不看不知道，汉奸何其多，国军投降日军概述 注：以下所述部队皆为笔者目前所能
查到之资料，按投敌时间顺序排列。如有知悉其他投敌部队的朋友，欢迎补充。个人投
敌未拉起部队者本文不列入。 1、1933年春东北军骑兵第17旅旅长李守信于绥远林
西率部投靠日军。李守信原为热河土匪，东北易帜时投靠东北军，被委任为骑兵第17旅
34团团长。 1933年升任旅长不久后即投靠日军。被日方委任为经林留守司令。9月又改
编为察东警备军，与察哈尔抗日同盟军作战，司令官李守信。下辖两个师又一个炮兵队
。 伪蒙疆政府成立后所部改编为伪蒙疆军第1军，李守信任伪蒙疆军总司令兼第1军军长
。伪蒙疆军总司令部下辖九个师又一个炮兵团、一个直属炮兵队、宪兵队。实际兵力约
五、六千人。所部除炮兵外，全部为骑兵。该总司令部驻绥远。 1939年9月1日所辖之第
1军第1、2、3师被改编为靖安警备军（武装警察），所辖部队缩减为六个师。1944年秋
所改编的靖安警备军又恢复原建制。 1945年10月该部为国民政府收编为新编第10路军，
总司令李守信。 李守信后与德王依靠旧部另组西蒙自治政府，任蒙古军副总司令。... 阅读全帖 |
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l****o
发帖数: 2909 | 7 我写下的这些都可以成为呈堂证供 (2012-01-29 03:51:38)转载▼标签： 杂谈
离这场闹剧大幕的落下到了倒数第二天，我要正经回答一些问题了。
这也许是我倒数第二篇关于此事的文章。
问题1：既然你一直觉得对方是在诽谤你，以这些现在看来很无聊的书在当时也
不那么无聊，加上我偶像钱钟书的力量。后来从学校出去，海阔天空，一下玩疯了，就
很难再读的进去这些书。到了几年前，我已经基本上不读书，但是我阅读大量资讯和杂
志，一直保持阅读习惯，几乎每天的阅读量要好几万字。但是我少年时候度过的那些书
，我基本都忘记了。很肯定的说，如果当时我的书不能出版，以我一直崇拜民国作家的
性格，我很可能会成为一个学者。我很崇拜真学者。这也就是为什么在三篇说民主的文
章出来以后，我对很多只会掉书袋假学者很看不上，因为这都是我初中高中玩的东西，
我深深知道这是怎么一回事情，所以别用掉书袋来糊弄我，我高一的时候都能掉的吓死
你。而且那些民主理论著作基本都是一战二战前后面世，当今世界多有不同，包括科技
也不甚相同，虽然那些著作依然大多没错，但不能用来作为行事和批判他人的准则。
问题3：你的《书店... 阅读全帖 |
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w*********g
发帖数: 30882 | 8 背景资料：
1979年－1990年中越边境冲突[编辑]
维基百科，自由的百科全书
两山战役
老山所在的中国云南省文山壮族苗族自治州
日期： 1979年1月7日 － 1990年2月13日
地点： 中越云南段边境罗家坪大山、扣林山、老山、者阴山、法卡山、八里河东山
地区
結果： 中国胜利，控制老山、者阴山地区，1990年后，中越关系正常化，两国陆地
边界最终划定。
參戰方
中华人民共和国
中国人民解放军第14军
中国人民解放军第11军
中国人民解放军第1军
中国人民解放军第47军
中国人民解放军第67军
中国人民解放军第27军
中国人民解放军第13军 越南社会主义共和国
越南人民军第313师
越南人民军第316师
越南人民军第356师等
指揮官和领导者
张铚秀 文进勇
兵力
昆明军区轮战时期：27229人
南京军区轮战时期：26624人
济南军区轮战时期：31146人
兰州军区轮战时期：不详
北京军区轮战时期：33700人
成都军区轮战时期：不详 老山战役初期约18000余人
伤亡与损失
昆明军区轮战时期：阵亡776人
南京军区轮战时期：阵亡63人，... 阅读全帖 |
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w*******s
发帖数: 285 | 9 2月2日，印度研究人员于1月31日发表在bioRxiv上的有关新型冠状病毒来源于实验室的
论文撤稿。
相关：印度研究人员新冠病毒论文被质疑“扭曲事实” 已撤稿
此前，网上不断有各种版本的流言，或多或少都把此次疫情的发生与国内科研机构的实
验室病毒标本泄露关联在一起。
对此，2月2日下午，中国科学院武汉病毒所研究员石正丽在朋友圈说：“2019新型冠状
病毒是大自然给人类不文明生活习惯的惩罚，我石正丽用我的生命担保，和实验室没有
关系。”
《中国科学报》记者向她本人求证此条朋友圈消息属实，并获准通过本报发布。
石正丽朋友圈截图（经本人授权发布）
同时，1月31日，《科学》也发布最新调查报道称，生物信息学家正努力用科学击败“
阴谋论”。
作为石正丽的长期合作伙伴，美国非盈利组织环保生态健康联盟疾病生态学家Peter
Daszak在接受《科学》采访时表示，每当新疾病、新病毒出现时，都会产生诸如实验室
泄漏或者生物工程制造一类的“阴谋论”。“这令人羞耻！”
中山大学医学院院长郭德银也对《中国科学报》表示：“阴谋论从来不需要提供证据，
但科学需要。”目前，基于基因组序列对病毒在进化上的分析结果，为... 阅读全帖 |
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Y**L
发帖数: 385 | 10 到这一楼为止，进化论拥护者无人敢承认顶楼文中的缺陷。
都讲点冠冕堂皇话，呵呵
其实今天进化论界的最大问题还不是如原始汤，或ATBase这样单个的进化结论不可靠。
而是全界普遍性的思维缺失。
如果思维健全，那么顶楼的作者肯定会说‘孔道-->ATPase-->III型细菌分泌系统-->细
菌粘附装置-->细菌纤毛-->鞭毛’是一种可能，相对的这个链条上每一个都是智慧设计
的可能仍然不能排除。
你在生物文章里能常读到这样的说法吗？
不可能啊
任何学者想要就生命中的系统现象探索一下创造的可能，就要面临会场里齐刷刷的眼光
，不论是表面礼貌的，还是完全粗鲁的，背后的含义是一样的：‘你这个傻瓜蛋’
就像在这个版上发生的一样
这就是全界普遍的思维缺失，从顶端的大科学家到底端的普通拥趸，整个一帮‘信徒’
，不是科学家，不是中立读者，是不自知的‘信徒’。
信徒表现在他们无理性地维护该理论的大量明显缺陷。不自知表现在他们都以为所信的
理论已经‘科学’。
其实他们已经离开科学一大截了。
看看顶楼的‘孔道-->ATPase。。。-->鞭毛’，和当年‘亩产三万斤’的理论有什么区
别？
亩产三万斤是根据阳光的总能量... 阅读全帖 |
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c******e
发帖数: 1351 | 11 国内论坛上的千老有发帖子，看上去像回事儿，版上的内行可以鉴定一下（以下转载）：
昨晚收到的消息，中科院石正丽教授组发现武汉冠状病毒最高同源度蝙蝠亲本株，算是
重大突破，特此刊文。
中科院石正丽教授是从事国内蝙蝠冠状病毒长期研究工作的科学家，其在蝙蝠冠状病毒
领域发文权威性目前业内最高，早前SARS病毒亲本蝙蝠株溯源也是由该组最早完成的。
这次获得的蝙蝠亲本株同源性极高，DNA相似度达到96%以上，可以基本确认这次武汉冠
状病毒来源于中华果蝠，样本分离于云南，具体传播路径，宿主来源有待进一步研究，
需要对传播链条上周边所有蝙蝠及相关动物进行采样，建构完成传播链。
蛇作为中间宿主的研究因为北大组研究方法有问题，导师下了任务，我这边在重复北大
组的实验结果，扩大研究样本，近日会发布，北大组结果可能会被推翻。
接下来看文章，文章标题：
《Discovery of a novel coronavirus associated with the recent pneumonia
outbreak in humans and its potential bat origin》
发表于预印本，原文链接... 阅读全帖 |
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J*****3
发帖数: 4298 | 12 第2章 生物进化论的证据
许多科学分支都为进化论提供佐证
各种各样的证据都为科学地了解生物进化论做出了贡献。有些证据早在19世纪或以
前就为科学家所熟知，例如早就灭绝的动物的化石和物种的地理分布等。另外一些证据
直到20世纪和21世纪才可能得到，例如DNA序列的比较。
进化论的证据不止是来源于生物学，还来源于历史上和现代的其它学科的研究，比
如说人类学、天体物理学、化学、地质学、物理学、数学、以及其它的科学分支，包括
行为和社会科学等。天体物理学和地质学已经证明，地球的年龄足以通过生物进化产生
我们今天所见到的物种。物理学和化学测定年代的技术为进化历史中的关键事件打上了
时间标记。其他物种的研究揭示，物种之间的延续性不仅以物质形式体现，行为也同样
具有延续性。人类学的研究为人类的起源提供了新的见解，使我们更好地了解生物学和
社会人文因素之间的相互作用，这些人文因素是指人类行为及社会体系的总和。
像所有其他活跃的科学领域一样，许多问题仍然有待于回答。生物学家仍在坚持不
竭地继续研究生物之间的进化关系、影响生物形态和功能的遗传变异、生物对于地球物
理环境的影响、智能和社会行为的进化、以及其... 阅读全帖 |
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o***1
发帖数: 592 | 13 宗教社团言论摘录
许多宗教派别和宗教领袖个人发表声明，承认进化的发生，并且指出进化和
信仰并不冲突。
“在有关人类起源的进化论与上帝乃造物主的教条之间没有矛盾。”——基
督教长老会
“学生对进化论的无知将严重危害他们对世界和自然法则的理解，用‘科学
的’面目给他们介绍其他学说将使他们对科学的方法和标准产生错误的概念。”
——美国犹太教教士中心协会
“在他的教皇通谕《Humani Generis》（1950）中， 我的前任庇护十二世
已经肯定，只要我们不丧失某种固定的信念，在进化论和有关人类及其使命的信
仰教条之间没有冲突……今天，在该通谕发表半个多世纪以后，有些新的发现引
导我们承认进化不仅仅是假说。实际上，在不同的科学领域一系列的发现之后，
这个理论不可思议地对研究人员的心灵产生愈来愈大的影响。这些独立研究的结
果综合起来——既不是预先计划，也不是有意为之——构建了对该理论极为有益
的重要论点。”——教皇保罗二世，给教皇科学院的信，1996年10月22日。
“我们，下面签名的，来自许多不同传统的基督教牧师相信，《圣经》的永
恒的真理与现代科学的发现可以和睦地共处。我们相信进化论是科学... 阅读全帖 |
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t*******d
发帖数: 2570 | 14 前两条我就不说了，因为确实有科学实验得出Y染色体“亚当”和线粒体“夏娃”，只
不过科学论文上没有说他们是唯一的。这一点这个网站的作者也承认了。
第三点是这个网站的作者的发明，说人的常染色体第2 染色体上有一段789个碱基序列
在全体球所有人身上是一样的，这可以证明有“唯一”的科学亚当和夏娃。这是他反驳
史上存在
那么我们来看看这一点有没有问题。人身上是有这段序列的，这是科学发现。但是更重
要的问题是作者这个这段789DNA字符在全世界所有人身上都一样的这个观点有没有科学
证明。因为如果这一段序列在全世界的人身上都不一样，那么作者的证明就没有了基础。
那么作者是怎么证明全世界的人身上的这段DNA序列都一样的呢？
想证明全世界的人身上这段序列都一样不是见简单的事，因为你显然没能力把全世界的
人身上这段序列都测一遍。那么是有实验测了几千人身上的这段序列都一样，然后推广
到全世界范围了么，作者也没有跟出这样的实验结果。
作者的推理方法如下。这出现在网站后边的一章里：下面是章节引用
“全世界人的2号常染色体上“第一标记”的789个DNA字符，是否都是相同的呢？这就
涉及到人类的常染色体有多大的差... 阅读全帖 |
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a***k
发帖数: 1038 | 15 2019年12月26日刚上班，还是如往常一样先大概浏览一下这一天的mNGS病原微生物自动
解读结果，没问题的话就开始一天的研发工作了。
意外的是，发现有一个样本报出了敏感病原体——SARS冠状病毒，有几十条的序列，且
这个样本只有这么一个有意义的病原体，如果是普通病毒，这已经是一个相当可靠的结
果了。心头一紧，赶紧后台查看详细的分析数据，发现相似度并不算很高，只有大约94
.5%（这跟卡相似度的阈值有关，相当于只筛选下了相似度比较高的序列）。想到有几
种可能：1、SARS不同毒株基因组有一定差异；2、RNA病毒容易突变，距离SRAS事件17
年了，变异比较大；3、近缘物种的错误比对等等。为了确认结果的可靠性，开始了详
细分析。
好在之前已经遇到过几次这种类似的敏感的病原体确认分析工作，而且领导也曾跟我讨
论过几次能不能做一个新发病原自动挖掘的分析流程，心里一直记着这个事情，在做其
他权重更高优先级更高的项目时也随手做了一个初步的版本出来， 这个样本刚好可以
派上用场。我给它起了个名字，相比于日常生产用的分析流程，它多了个后缀：“探索
版”，包含了几乎所有已测序的病毒基因组。
探索版的分... 阅读全帖 |
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发帖数: 1 | 16 去年爆发自武汉的新型冠状病毒，一个月之内疫情严峻，迄今全球科学家对它的认识依
然有限。
瑞士生物技术公司SunRegen Healthcare AG首席科学官及共同创办人董宇红（Yuhong
Dong，音译）撰文提出武汉新型冠状病毒的科学难题。以下是全文内容。
武汉新型冠状病毒（2019-nCoV）的突然爆发扩散到整个中国，并且震惊全球。这个新
型“病毒”具有极高的传输速度（基本繁殖数R0高）以及高致死率特征，对人类构成前
所未有的巨大威胁。由于目前来自中国的信息有限，科学界对这个病毒的起源、人与人
之间传播持续时间，以及受感染者的临床管理等方面的认识存在很大差距。科学家最近
发表有关该病毒的研究论文，确定它的起源与自然界的基因重组无关以及从动物传播给
人类，但是仍有多项难题待进一步探讨。
新型冠状病毒的起源似乎与自然重组无关
大多数论文指出，2019-nCoV与蝙蝠冠状病毒的相似度为88%，与SARS的冠状病毒的相似
度为79%，与MERS则仅50%。中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所国家生物安全重点
实验室陆柔剑（Roujian Lu）2020年1月30日在《柳叶刀》期刊发表论文... 阅读全帖 |
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a*******m
发帖数: 14194 | 17 看起来是华南农大在人为fit曲线， 蹭热点，抓眼球。
100个数据点， 中有80个， 可以和现有冠状病毒match 99%。
余下的20个数据点，根本match不上。 怎么办呢？ 把这20个数据点
剔除掉， 用那80个数据点match就好了。
这就是他们的99%match的由来， 也太不要脸了。
这个时候了，还搞这种低级下三路的垃圾手段。
研究称穿山甲为新冠潜在中间宿主 专家认为需更多证据
2020年02月07日 14:07 来源于 财新网
华南农业大学发布的最新研究称，穿山甲为新型冠状病毒潜在中间宿主。专家指出，确
定穿山甲是中间宿主还需要实际的穿山甲接触史和流行病调研信息的支持
2月7日凌晨，华南农业大学发布消息称，最新研究表明，穿山甲为新型冠状病毒潜在中
间宿主。专家指出，确定穿山甲是中间宿主还需要实际的穿山甲接触史和流行病调研信
息的支持。
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d*********o
发帖数: 6388 | 18 https://www.weibo.com/ttarticle/p/show?id=2309404475962745028713
新京报
伺机而动的病毒，再一次在人类社会长驱直入。
疫情暴发至今，全球科学家正全力拼凑新型冠状病毒的拼图。
测定病毒全基因组序列、提取病毒毒株，科学家在最短时间内破译了新冠病毒的解锁密
码。新冠肺炎的“解药”也逐渐浮现，疫苗进入动物试验阶段。从实验室到病床前，曙
光初现。
但病毒从何而来、谁是第一个被感染的“零号病人”，还有太多未知和争议，需要时间
找到答案。
病毒突袭
未知病毒出现在2019。
直到今天，躺在武汉金银潭医院病床上的林华（化名）还不知道，自己缘何被病毒偷袭
。她只记得，症状最早出现在12月，憋气、咳嗽、身上没力，体温高高低低。
这是病毒在她体内作祟。在它击垮林华之前，已突破了她身体的三道防线：先是穿透由
皮肤、黏膜和分泌物构成的物理屏障，随后绕过了日常“巡逻”可以发现并“吃掉”入
侵病毒的吞噬细胞，继而挣脱免疫细胞的阻挡。
最终，它通过识别位于肺部上皮细胞表面的ACE2蛋白——这个新冠病毒入侵人体的“门
把手”，病毒通过刺突蛋白（S蛋白）抓住... 阅读全帖 |
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a******a
发帖数: 283 | 19 有个问题需要大牛的智慧。
两个病毒载体，一个是商业卖的做浓度标准曲线（用A序列的primers来测定）；一个是
自己构建的。主要骨架一样，只是我们自己做的除了有A序列之外，还有自己的靶基因B
序列。因此自己构建的载体，除了可以用A序列的primers之外，还可以用B序列的
primers来测浓度。
唯一的问题就是，B序列的测定因为GC成分高，所以primers反应浓度要高于A序列
primers的浓度。
作出来的标准曲线（同一个96孔板），用B序列的primers做的，Ct values要比用A序列
的primers迟上5-6个Ct。作出来的曲线，efficiency （都在90%-100%之间）和R
square（都在0.99以上）都类似。
但是作出来的EQUATION在Y-axis上的截距就不一样，差了有6的样子。这样用B作出来
的equation计算出来的样品浓度就比用A作出来的equation计算出来的样品浓度要高10
倍。
有什么看法吗？
这个B序列的primers反应浓度已经高得太离奇了，2um final concentration，低了就
更加出不了什么好的标准曲线了。... 阅读全帖 |
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l******0
发帖数: 150 | 20 在微生物面前，人类还是一个自以为是的小孩子！
细菌在几十亿年之前就已经在地球上面生存，几十亿年的进化让细菌在地球上大获成功
，如今，细菌无处不在，空气、水、土壤、动植物身上都有细菌的身影！
细菌在地球上持续攻占了山川河流、植物、低等生物、甚至恐龙、哺乳动物，最后攻占
了人类的肚子！
是的，人类从出生那一刻开始就注定和细菌携手一辈子！（见本公众号原创文章Nature
！胎儿到底有没有细菌？）
别以为人类了不起，若是没有细菌在你肚子里面玩耍，你要想愉快地生活那是绝对不可
能的！如今的微生物研究可以揭示一定的道理：你需要伺候好你肚子里面的细菌，否则
它们要是闹腾起来，你的整个身体运转恐怕会出问题！
▲艺术家设计的一种模拟细菌培养皿中绘画艺术（图片来自网络）
看到这里，是不是以为颠覆了你的想象？这是一个细菌统治的世界！
▶噬菌体的进攻◀
然而，好就好在这个地球有一个所有的物种都逃不过的自然规律，那就是：相生相杀！
这正是我们中国的古话说的：一物降一物。
这正是生态平衡的概念！自然界的一切都是维持生态平衡，你细菌若是强大到无人能敌
，强大到肆掠地球，无法无天，那还得了？因... 阅读全帖 |
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发帖数: 1 | 21 只测序了部分DNA序列
7日上午11时，华南农大召开新闻发布会，肖立华教授在会上介绍，联合攻关团队围绕
冠状病毒有可能的动物来源开展了溯源工作，对多种野生动物的宏基因组进行了分析，
通过分析1000多份宏基因组样品，锁定穿山甲为新型冠状病毒的潜在中间宿主；继而通
过分子生物学检测，揭示穿山甲中β冠状病毒的阳性率为70%；进一步对病毒进行分离
鉴定，电镜下观察到典型的冠状病毒颗粒结构；最后通过对病毒的基因组分析，发现分
离的病毒株与目前感染人的毒株序列相似度高达99%。
“以上结果表明，穿山甲是新型冠状病毒的潜在中间宿主。”肖立华说。
关于研究团队是从哪里获得的穿山甲样本，华南农业大学兽医学院教授冯耀宇表示
，“我们并没有大规模获得穿山甲样本的优势，实际是应某些单位之邀，因为疾病诊断
的原因，让我们判断病因而获得的某些样品，样品量目前并不是特别大，我们也希望有
更多样品一道来验证。它是一个特殊的群体。”
中科院一位生物信息学领域的研究员告诉财新记者，他们也刚拿到华南农大团队从
穿山甲中分离到的病毒基因序列，发现其中大约有4000个还没有测序、尚不明确的核苷
酸（新冠病毒约有29410个核... 阅读全帖 |
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O**W
发帖数: 58 | 22 以下无责任转载，请各位将军研判。本人非钱老不保证正确性
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宿主目前可以看到的比较接近的是蝙蝠和穿山甲。
但这两个宿主，其身上携带的病毒，跟这次出现在人类身上的，都有着不一样的地方。
根据SZL课题组于2020年2月3日发表在Nature上的文章（2020年1月23日，该文章发表在
预印本网站BioRxiv）指出，蝙蝠冠状病毒RaTG13 （Bat CoV RaTG13）和新冠病毒在全
基因组层面的序列相同度（sequence identity，也常被称作序列一致性，但不应称作
序列相似性）高达96%。
但在关键的刺突蛋白（图中简称S）上，却又是序列相同度最低的地方，特别是刺突的
受体结合区域（receptor binding domain，简称RBD）。
目前已知的病毒中，蝙蝠冠状病毒RaTG13（上图蓝线）和新冠病毒最近，全基因组层面
的序列相同度达96%。但在关键的刺突蛋白（S）的受体结合区域，序列相同度最低（~
90%）。上图横坐标是新冠病毒基因组核酸位点编号，纵坐标是核酸序列相同度，图片
来自石Zl课题... 阅读全帖 |
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S*******y
发帖数: 575 | 23 他们好像把合同里那个“....we are unable to guarantee the results...”当成护
身法宝了，扯起皮来还狠强势。故事有点长了，内容加时间！！
去年10月中跟他们测DNA 文库，和序列分析（各quote了一个order），我送之前做了很
多前期工作，选取那些有共同序列（PCR并sanger测序确认），并且是overlap的（酶切
验证，互不相同）的fosmid，结果送测序的8个fosmid中，只有半个是我想要的序列，
即便这个测到共同序列的fosmid也只assemble到了一半的插入序列（fosmid应该插入
40kb左右）。11月底拿到序列，12月初拿到assemble的序列，turn around time还是正
常。但是，序列里至少一半左右的data是大肠的genome，更重要的是，对于8个formid
，花费了$10K左右，只有半个是有用序列，确实太让我失望了，所以12月开始基本就跟
他们反馈这个事情（这里我也要承认一点，第一次搞fosmid没经验，确实有E coli
genome污染，也贪心，除了8个fosmid外，还一起测了3个细菌的g... 阅读全帖 |
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B*D
发帖数: 5016 | 24 从北朝转的
http://www.cctvdream.com.cn/bbs/forum.php?mod=viewthread&tid=51
ge%3D1
注：由于之前实验室有同事认为本文对之前实验室的研究细节有泄密嫌疑，因此文章做
了删节处理。当然，公开发表的文献懂行的读者能猜出这些此处已删除的背面都是什么
，就请大家给个面子，不要人肉了。前面一段主要是让大家直观了解一下现代尖端生物
研究中上下游的长度，QA，QC的复杂性和研发技术平台的长期性。花十年，2-3代博士生
打造世界一流技术平台的艰辛，真的很不容易。这也从一个侧面阐述了“引进即落后，
追也追不上”的怪圈的产生原因，并通过一个例子来讲述怎样打破怪圈，建立世界一流
技术平台。
小议生物学研究中的技术平台的作用
上个月，我以前的实验室（后文为了描述方便，称为北大实验室）发表了一篇Cell的封
面文章，这是一个非常难得的成果。关系挺铁的哥们发了好文章，让人激动不已。关于
这篇文章的科学意义，Cell有专文评述，网上也有很多文章讨论，这里就不多谈了。笔
者特别欣慰的是，这篇文章标志着北大实验室相关技术平台达到世界一流水平。这个技
术平... 阅读全帖 |
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i*****s
发帖数: 15215 | 26 罕见的冻尸：这具在俄罗斯发现的非常罕见的小长毛象冻尸距今已有42 000年，包
含大量有用的信息。不过，想要了解这种动物曾经赖以生存的生物机能的精确细节，只
能依靠DNA。
生物技术的发展使我们能够重新构建灭绝动物的古基因，并进而研究古生物机体活
着的时候如何运转。利用这种方法，科学家揭开了史前巨兽长毛象如何适应冰河时代严
酷环境的谜题。
撰文 凯文•L•坎贝尔(Kevin L. Campbell) 迈克尔•霍夫瑞特(
Michael Hofreiter)翻译 黄修远 李辉
150多年以来，科学家一直主要依靠骨骼和牙齿化石，来重塑史前生物。骨架能够
告诉科学家这些古生物的体型大小和身体形态；骨骼上的肌肉附着点显示了这些生物究
竟有多么强壮，以及它们可能的移动方式；牙齿形状和磨损程度则揭示了它们的食物种
类。总而言之，研究者们必须想方设法从这些坚硬的化石中获取大量的信息。在某些偶
然的情况下，他们会有机会获得保存完好的干尸或者冻尸。这使得研究者们能够得到更
多细节用以重塑，例如毛发的长度、耳朵的形状、动物最后一顿晚餐所吃的东西等等。
尽管科学家已经能够... 阅读全帖 |
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a**e
发帖数: 8800 | 27 淞沪会战我军战斗序列
1937年9月21日的序列:
第3战区 司令长官 蒋介石(兼); 副司令长官 顾祝同
左翼作战军 总司令 陈诚
第15集团军 总司令 陈诚(兼)
18军 军长 罗卓英
11师 师长 彭善; 第13师 师长 万耀煌
14师 师长 霍揆彰 ; 44师 师长 陈永
60师 师长 陈沛; 67师 师长 黄维
74军 军长 俞济时
51师 师长 王耀武 ; 58师 师长 俞济时(兼)
1军 军长 胡宗南
1师 师长 李铁军; 78师 师长 李文
39军 军长 刘和鼎
56师 师长 刘尚志; 独立37旅 旅长 陈得法
直属部队; 炮16团; 高炮第1、第10连
第19集团军 总司令 薛岳
4军 军长 吴奇伟
59师 师长 韩汉英; 90师 师长 欧震
66军 军长 叶肇
77师 师长 罗霖; 159师 师长 谭邃
160师 师长 叶肇(兼)
教导旅
75军 军长 周碞
6师 师长 周碞(兼)
独立34旅 旅长 罗启疆
69军 军长 阮肇昌
8师 师长 陶峙岳; 15师 师长 王东原
16师 师长 彭松龄 ; 57师 师长 阮肇昌(兼)
32师 师长 王修身;
中央作战军 总司... 阅读全帖 |
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d*********o
发帖数: 6388 | 29 http://science.caixin.com/2020-03-20/101531574.html
【财新网】（记者 杨睿）新冠病毒在繁殖倍增的过程中若发生了基因突变，会否影响
其感染能力？3月17日，论文预印平台bioRxiv上发表了一篇与新冠病毒的受体结合结构
域（RBD）突变有关的研究，称突变增强了新冠病毒表面刺突蛋白的结构稳定性，突变
病毒株与受体结合的亲和力显著增强。论文作者强调，病毒的传染性还受其他因素的影
响，尽管如此，传染性提高应该是大概率事件。
这篇题为《从流行的新冠病毒序列中发现的RBD突变会增强刺突蛋白结构稳定性及
传染性》的论文，由南方医科大学公共卫生学院教授张其威、暨南大学生命与健康工程
研究院张弓共同担任通讯作者。研究团队从公共数据库（NCBI GenBank和GISAID等）下
载了244条新冠病毒毒株的基因序列全长，并筛选出S蛋白及其RBD区域发生突变的序列
进行分析。从研究者绘制的毒株序列分布地图来看，现阶段这244个新冠病毒毒株中绝
大多数毒株的S蛋白受体结合结构域（RBD）没有发生突变。只有10条序列在RBD区域存
在氨基酸突变，它们分别采集自... 阅读全帖 |
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j**l
发帖数: 2911 | 30 如何序列化一棵常规二叉树(不一定是BST)
方法一：
先序（中序或者后序）遍历这棵二叉树，对于空的左右孩子，也要输出空格或者某种特
殊字符作为delimiter，输出的序列就是序列化的结果
例如先序遍历输出
ABC@@DE@G@@F@@@
其中@表示空格字符
然后可以用递归的方式按先序（中序或者后序）序列建立二叉树（反序列化）
PROC crt_bt_pre(VAR bt:bitreptr)
read a char from the sequence, store it in ch;
IF ch = ' ' THEN bt: = NIL
ELSE [
new(bt);
bt^.data = ch;
crt_bt_pre(bt^.lchild);
crt_bt_pre(bt^.rchild)
]
ENDP
方法二：
利用如下原理
1) 已知一棵二叉树的先序序列和中序序列，可以唯一地重构这棵二叉树
2) 已知一棵二叉树的中序序列和后序序列，可以唯一的重构这棵二叉树
这样就可以输出先序和中序序列（或者中序和后序序列）作为序列化的结果
如果问起如何重构，比如知道先序序列和中序序列，则
从先序序 |
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w******1
发帖数: 520 | 31 是这个么？
DP： dynamic programming 动态程序设计
一般来讲，DP算法适用于
1:有最优的解结构,当前最优解包含了子问题的最优解.
2:有重叠子空间的问题，子空间问题要很小,解原问题的算法可以反复的解同样的子问
题,而不是总是产生新的子问题.
公共子序列的定义如下:
给定一个个序列 X1,X2,......Xn ,如果存在一个严格递增的下标序列 i1,i2,i3,i4...
.ik,使得所有的Zi = Xi 那么Z是X的子序列(注意:子序列和子串不同,子串的小标必须
连续,子序列则可以不连续,但要递增),给定两个序列X,Y,如果Z既是X的子序列,也是Y
的子序列,那么Z是X和Y的公共子序列.
如果xi = xj
Max_Len_LCS[i,j] = Max_Len_LCS[i-1 ,j-1] +1
如果xi != xj
Max_Len_LCS[i,j] = max( Max_Len_LCS[i-1 ,j] , Max_Len_LCS[i, ,j-1] ) |
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d******0
发帖数: 1598 | 32 稍微有点生物学基础的同学都知道what the hell's mutation。
一点没有基础的同学可以去google扫盲。
anyway,许多时候，只要DNA序列上一个碱基发生mutation，整个基因就有可能twisted
或彻底完蛋。
在语言上也有类似的情况。
比如说：
卖火柴的小女孩（正常序列，安徒生）
卖女孩的小火柴（突变序列，porno）
再比如说：
人中吕布，马中赤兔（正常序列，三国）
人中赤兔，马中吕布（突变序列，XXOOXXOOOOO）
再再比如说：
唇红齿白（正常序列，美女）
唇白齿红（突变序列，吸血鬼）
再再再比如说：
穷则独善其身，达则兼济天下（正常序列，儒家理想）
穷则独骟其身，达则鸡奸天下（突变序列，现实reality）
所以，大伙有没有类似的突变序列，拿出来共享一下？ |
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t******n
发帖数: 2939 | 33 ☆─────────────────────────────────────☆
l63 (l63) 于 (Thu May 23 00:34:22 2013, 美东) 提到:
假设素数只有有限个, 记为 p_1,p_2,...,p_k
考察 N = p_1*p_2*...*p_k + 1
可知: 对于任意i = 1,2,3,...,k, p_i 不能整除 N
由素数的定义:
a是素数 <=> a是大于1的自然数, 且a不被任何小于a的素数整除
可知: N是素数
这与素数只有p_1,p_2,...,p_k矛盾.
故假设不成立.
所以素数有无穷多个.
☆─────────────────────────────────────☆
l63 (l63) 于 (Thu May 23 00:37:03 2013, 美东) 提到:
在承认素数的这个等价定义 (即 a是素数 <=> a是大于1的自然数, 且a不被任何小于a
的素数整除) 的前提下, 居然有人会认为这个证明是错的, 或者是不完备的.
我实在不能理解.
求问一下大家, 是不是有的人的脑子天生有缺陷, 根本怎么教都不会明白... 阅读全帖 |
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q***7
发帖数: 144 | 34 看来你不但好多东西没有说，而且表达还真是有问题。你的中文真的很难理解，尤其是
上面的解释。还不如英文清楚，虽然英文也有很多错误。
你说RESULTING SEQUENCE包括。。。。（我们一般从测序引物的那边说起，你这却从离
引物最远的那边说起）说明序列都测过过那个LOXP区域了。但是你中文里又说P２之后
７０BP就停了。
你不是搞分子生物学出身的吧？用P２做引物测序后面都是DOWNSTREAM，应该说P２后７
０BP。这targeting vector也不是你构建的吧？知道为什么要扩那么长吗？你如果能回
答出这个问题 说明你还懂些分子生物学。
你这图比例严重失调，GFP６００BP左右，你EXON１５００BP左右，图中差别却是几倍
。还有，你P３应该在GFP后面离EXON１１００BP左右的地方，你却标到了GFP的中间。
好啦，现在回到你的问题。你不应该用P２来当测序引物，离你需要确定序列的地方太
近。
最早测序时，测序引物后面５０BP左右（甚至到１００BP以上）的序列是读不出来的。
所以那时的测序引物一般设计在需要确定序列的上游至少５０BP以上。大多数引物都
设计在要确定的序列上游１０... 阅读全帖 |
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E******T
发帖数: 59 | 35 microRNA target的预测方法的生物信息学研究
microRNA target的预测工作已经有块10年的历史了，最早的MIT Broad研究所的
TargetScan方法在2005年发表问世，他主要是根据target靶点和生物上的保守性来预测
。 其详细的机制下面来讲。 到后来的Upenn的DIANA-microT,主要是根据计算microRNA
和他的target mRNA的结合能来预测。期间还有其他的，比如PicTar, miRanda, PITA,
等等，大概的方法都大差不差。
大家知道microRNA首先是在一些蛋白的帮助下，比如Dicer,Ago2等，找到相对应的mRNA
target。 microRNA序列很小，大概有20bp作用，但是他们能形成一个特定的二级机构
。其中一个很重要的位置就是target 种子序列（seeds），他是大概10bp左右的序列，
专门用来结合mRNA。而且mRNA上面也有和seeds种子序列想对的序列。 对 每一种
microRNA来说，都有他们特异的seeds序列。当microRNA遇到mRNA的时候，有很多因素
可以影响他们相互结合... 阅读全帖 |
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c*****u
发帖数: 174 | 36 端粒通常是由富含鸟嘌呤核苷酸(G)的短的串联重复序列组成，伸展到染色体的3，端。
一个基
因组内的所有端粒，即一个细胞里不同染色体的端粒都由相同的重复序列组成，但不同
物种的
染色体端粒的重复序列是各异的。哺乳动物和其他脊椎动物染色体端粒的重复序列中有
一个
TTAGGG保守序列，串联重复序列的长度在2 kb到20 kb之间。
端粒的重复序列不是在染色体DNA复制时连续合成的，而是由端粒酶(telomerase)
合成后
添加到染色体的末端。端粒酶最早是在四膜虫(Tetrahymena)中发现的。1985年，
Blackbaurn
和Greider发现人工合成四膜虫端粒的DNA片段(TTGGGG)4，可被四膜虫细胞抽提物中的
一种活
性物质加长，这种活性物质对热、蛋白酶K和RNA酶都敏感。端粒区内的DNA重复序列的
结构是
很特殊的，是一种单链断开的结构，可以不受DNA连接酶的作用。此外，最末端的一些
碱基可
能是“发夹”结构，这样就不会被核酸酶识别而免遭降解。
端粒酶将自身RNA模板合成的DNA重复序列加在后随链亲链的3’端，然后再以延长
了的亲
链为模板，由DNA聚 |
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发帖数: 1 | 37 “年度深度报道”：胡适开启新红学百年骗局（作者篇上）
《石头记》作者是曹頫 红学界隐瞒重大证据？
——陈林认为胡文彬查验清宫档案《娶妻册》关于曹佳氏生日的记载，早已证实小说作
者是曹頫
本报讯 长期以来，红学界关于“《石头记》作者是曹雪芹”的论断几乎成为家喻户晓
、深入人心的“红学常识”。但陈林认为，《石头记》的真正作者是康熙末年、雍正初
年曾任江宁织造的曹頫，曹頫在120回小说之中隐藏了一条真实的年代序列，暗示了作
者本人确切的出生日期和真实身份，也暗示了小说中贾元春的原型人物、曹頫之姐曹佳
氏的确切生日。
陈林表示，中国艺术研究院红楼梦研究所研究员、著名红学家胡文彬早在十多年前就根
据其学术论文提供的线索，查验过中国第一历史档案馆所藏清宫档案《娶妻册》，发现
《娶妻册》所记载的清代平郡王讷尔素嫡福晋（王妃）曹佳氏的生辰八字跟陈林推断的
完全一致。陈林表示，这一项重大史料证明其关于小说作者和隐藏的真实年代序列的论
证完全正确，但胡文彬多年来一直拒绝公开承认和说明，红学界对该项史料也讳莫如深
，从未公开深入讨论。
（小标题）小说隐藏“时间密码”？
陈林在其2006年公开出版的学术论著《... 阅读全帖 |
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O******i
发帖数: 269 | 38 面官后来反馈说，the best O(1) solution I know so far is to use a trie
真的能用trie达到O(1)么？如何实现？
*******************************************************************
给定一个大整数N,比如N = 100, 有如下的初始有序序列位于[0, N - 1]之间
[0 1] [4 5 6] [9 10 11] [20] [50] [90] [95 96] [98 99]
请设计一个数据结构保存这个初始序列，然后写一个函数，接受一个input参数x, 满足
0 <= x <= N - 1
1) 假如x在该结构中不存在，出错处理
2) 假如x在该结构中存在，返回x之后第一个不存在的数，并把该数写入结构中
例如
x = 8, 出错，初始序列中没有8
x = 5, 返回7， 序列变为
[0 1] [4 5 6 7] [9 10 11] [20] [50] [90] [95 96] [98 99]
x = 4, 返回8, 序列变为
[0 1] [4... 阅读全帖 |
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w********9
发帖数: 8613 | 39 这类题目不难，但会变得很繁杂。
立方体的情况很简单。基本解法是把三种颜色排序：1，2，3.
把颜色1放在底面；然后把4个侧面从最小的开始按次序读一遍；最后读最上面。
得到序列（1 1223 3）； 加上2与3置换后的序列
（1 1232 3）； 加上2与3置换后得到的序列
(1 2233 1)； 加上2与3置换后得到的序列
对大多数足球用的那种32块，解法是类似的。只不过它有8层。每层读完后，上面一层
的多边形不一定相邻。
对每个5边形里颜色最小的（最多可能有4个），从它开始读，然后在它上面最近的一层
（5个6边形）选择读出最小的颜色序列。。。 比如，（1 26237。。。）必须转换为
（1 23726 。。。）
如果有多个这种序列，选择最小的序列作为这个颜色组合的表示。
总的组合数是巨大的。
1开头的序列有
1 11122 。。。
1 23268 。。。 等等
其中（1 111 开头的序列就有28！/(（4！）^7)个.这已经是个非常大的数了。 |
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w********9
发帖数: 8613 | 40 这类题目不难，但会变得很繁杂。
立方体的情况很简单。基本解法是把三种颜色排序：1，2，3.
把颜色1放在底面；然后把4个侧面从最小的开始按次序读一遍；最后读最上面。
得到序列（1 1223 3）； 加上2与3置换后的序列
（1 1232 3）； 加上2与3置换后得到的序列
(1 2233 1)； 加上2与3置换后得到的序列
对大多数足球用的那种32块，解法是类似的。只不过它有8层。每层读完后，上面一层
的多边形不一定相邻。
对每个5边形里颜色最小的（最多可能有4个），从它开始读，然后在它上面最近的一层
（5个6边形）选择读出最小的颜色序列。。。 比如，（1 26237。。。）必须转换为
（1 23726 。。。）
如果有多个这种序列，选择最小的序列作为这个颜色组合的表示。
总的组合数是巨大的。
1开头的序列有
1 11122 。。。
1 23268 。。。 等等
其中（1 111 开头的序列就有28！/(（4！）^7)个.这已经是个非常大的数了。 |
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发帖数: 1 | 41 AlphaGo相关技术：蒙特卡罗(Monte Carlo)方法简介
2016-03-13 王晓勇 算法与数据结构
来自：科学网王晓勇博客
链接：http://blog.sciencenet.cn/blog-324394-292355.html（点击尾部阅读原文前往）
AlphaGo能够成功击败专业棋手的功臣之一：蒙特卡罗树搜索（Monte Carlo Tree
Search）。
相关文章阅读：《AlphaGo背后的搜索算法：蒙特卡罗树搜索》
蒙特卡罗(Monte Carlo)方法，也称为计算机随机模拟方法，是一种基于"随机数"的计
算方法。
一、起源
这一方法源于美国在第二次世界大战进研制原子弹的"曼哈顿计划"。Monte Carlo方法
创始人主要是这四位：Stanislaw Marcin Ulam, Enrico Fermi, John von Neumann（
学计算机的肯定都认识这个牛人吧）和 Nicholas Metropolis。
Stanislaw Marcin Ulam是波兰裔美籍数学家，早年是研究拓扑的，后因参与曼哈顿工
程，兴趣遂转向应用数学，他首先提出用Monte... 阅读全帖 |
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发帖数: 1 | 42 AlphaGo相关技术：蒙特卡罗(Monte Carlo)方法简介
2016-03-13 王晓勇 算法与数据结构
来自：科学网王晓勇博客
链接：http://blog.sciencenet.cn/blog-324394-292355.html（点击尾部阅读原文前往）
AlphaGo能够成功击败专业棋手的功臣之一：蒙特卡罗树搜索（Monte Carlo Tree
Search）。
相关文章阅读：《AlphaGo背后的搜索算法：蒙特卡罗树搜索》
蒙特卡罗(Monte Carlo)方法，也称为计算机随机模拟方法，是一种基于"随机数"的计
算方法。
一、起源
这一方法源于美国在第二次世界大战进研制原子弹的"曼哈顿计划"。Monte Carlo方法
创始人主要是这四位：Stanislaw Marcin Ulam, Enrico Fermi, John von Neumann（
学计算机的肯定都认识这个牛人吧）和 Nicholas Metropolis。
Stanislaw Marcin Ulam是波兰裔美籍数学家，早年是研究拓扑的，后因参与曼哈顿工
程，兴趣遂转向应用数学，他首先提出用Monte... 阅读全帖 |
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z**n
发帖数: 22303 | 43 先玉335到底是不是转基因？
已有 3198 次阅读 2011-9-18 23:12 |个人分类:环保呐喊|系统分类:科普集锦|关键词
:face 3 农业部 转基因 环保部
蒋高明
先玉335是转基因的吗？环保部说是，农业部说不是。但农业部承认先玉含有
CaMV35S启动子。如果你坚持怀疑它是转基因，人家会说你是造谣，有关部门早就宣布
它不是。如果你拿出事实证明吃了先玉335的动物(老鼠、猪、鸡)出现异常反应，他们
会说“就算它真的影响了生态，也与转基因品种无关。”既然转基因是好的技术，为什
么那么害怕这三个字呢？
先玉335的父本含有PH4CV。而PH4CV的类别编号包括“800/302”；在美国专利
法的规定中，“302”即指“基因修饰”。长长的专利资料文件显示，PH4CV的开发包括
了使用BT和HT转基因技术——这是用于商业化大宗农作物的仅有的两类转基因技术。美
国农业部在核准PH4CV品种的公告中指出，该品种的种植必须遵循“农作物保护法”的
要求，例如，种子必须是新的、成分稳定的同代同样品种，未经批准不得使用子代作为
种子使用；对转基因作物种植... 阅读全帖 |
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发帖数: 1 | 44 “年度深度报道”：胡适开启新红学百年骗局（作者篇上）
《石头记》作者是曹頫 红学界隐瞒重大证据？
——陈林认为胡文彬查验清宫档案《娶妻册》关于曹佳氏生日的记载，早已证实小说作
者是曹頫
本报讯 长期以来，红学界关于“《石头记》作者是曹雪芹”的论断几乎成为家喻户晓
、深入人心的“红学常识”。但陈林认为，《石头记》的真正作者是康熙末年、雍正初
年曾任江宁织造的曹頫，曹頫在120回小说之中隐藏了一条真实的年代序列，暗示了作
者本人确切的出生日期和真实身份，也暗示了小说中贾元春的原型人物、曹頫之姐曹佳
氏的确切生日。
陈林表示，中国艺术研究院红楼梦研究所研究员、著名红学家胡文彬早在十多年前就根
据其学术论文提供的线索，查验过中国第一历史档案馆所藏清宫档案《娶妻册》，发现
《娶妻册》所记载的清代平郡王讷尔素嫡福晋（王妃）曹佳氏的生辰八字跟陈林推断的
完全一致。陈林表示，这一项重大史料证明其关于小说作者和隐藏的真实年代序列的论
证完全正确，但胡文彬多年来一直拒绝公开承认和说明，红学界对该项史料也讳莫如深
，从未公开深入讨论。
（小标题）小说隐藏“时间密码”？
陈林在其2006年公开出版的学术论著《... 阅读全帖 |
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s******y
发帖数: 28562 | 45 从别人那里要来的质粒序列常常是不可信的。
因为不是每个实验室都很仔细检查他们的序列的。我有一次用了一个大牛实验室
给我的特殊质粒来表达蛋白，表达没有问题，但是后来我想往质粒序列里面塞
一些自己设计的东西，但是发现酶切出来的片断和图里标示的根本就是两码事。
后来索性测了一下序列，发现质粒的真实序列和他们网上写的序列差的不是一点
两点。
我建议你用E.coli来源的那部分的序列设计一个primer 往x 细菌
的序列里面测。看看连进去的到底是什么序列。 |
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D*******a
发帖数: 207 | 46 直观上看FFT应该有效，因为图一的红色序列有大概15个峰，而别的序列都是只有8个峰
。每个序列FFT后的结果应该是这样的，一个高的基波载波和附近的调制信号，然后是
三倍频载波和附近的调制信号，然后是5倍频载波和附近的调制信号。。。偶次载波比
较小。
然后图一的红色序列的基频载波频率大概是别的序列的两倍。
你的FFT没做好。要像这样做：在这个序列后面pad 0；比方原来序列长度是200，则在
后面再跟上4096－200＝3896个0，得到新序列。然后对这个新序列进行FFT。FFT完了，
取前面200个点打印就可以了。 |
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t******l
发帖数: 10908 | 47 虽然这个线程已经成为粪坑了，但我还是贴一下为啥对于简单问题比如 AIME level 的
，google 出来的答案的阐述方式不会太好（从教育学观点而言），是因为大多数人对
于简单问题不会走先看答案后作弊的学习方法，否则就成为自动成为父母版推妈群的一
员（也就是只知道答案，但不知道答案这个小破手绢是如何找出来的）。
对于这道题目，我顺着我前面 dynamic programming 的思路继续寻找优化解了一下，
具体而言：
这个 dynamic programming 里，keep 所有不同的 last number 的递增序列，是必须
的。原因是因为 dynamic programming 所对应的 overlapping subproblem 的问题。
而这个 overlapping subproblem 在这题上，具体就是在从前 n 到前 n+1 时，新读进
来的数是不是能够 update 已有的序列，必须要 keep 不同序列的 last number。
而因为这题的要求只是求序列长度，而不是具体的序列，所以只要保存一个 (序列最后
的数字，序列的长度) 的 pair 即可，这... 阅读全帖 |
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a***k
发帖数: 1038 | 48 。
基因组共线性分析、ORF注释等表明这个未知冠状病毒是典型的BetaCoV（orf1ab、S、M
、N、E等基因）。共线性图里颜色较浅的是S蛋白区域，是差异最大的基因。
经过与WHO官网推荐的SARS 7条PCR验证靶标序列比对，发现平均相似度也只有90%左右
，关键是引物序列也有几个变异，推测SARS的检测试剂盒无法检测这个未知病原体（后
面的很多地方的实验验证也是如此）。
此外还做了很多其他针对基因、蛋白等详细的深入分析，不再赘述了。
分析至此已经基本可以确认这个患者的样本里面确实有一个病毒，但这个病毒与所有已
知基因组信息的病毒都不太像，可能是一种跟Bat SARS like coronavirus类似的新型
病毒。
（现在看回我当时的那句话，真是一语成谶，对不起全国人民了，都怪我这个乌鸦嘴）
这不一定是SARS，传染性、致病性都未知，同时也意识到了问题潜在的严重性，对实验
室做了全面清理消毒，样本无害化销毁，实验操作相关人员进行了相关监测。
接下来就是怎么去报告的问题了，直接报可能会吓着医生，何况这可能是一个新发病毒
，报错了就是重大的事故。有一些必要的信息还是需要先进行排查... 阅读全帖 |
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d*********o
发帖数: 6388 | 50 http://science.caixin.com/2020-03-10/101526576.html?originReferrer=weibo_caixinwang
bioRxiv论文的通讯作者之一、中国科学院西双版纳热带植物园副研究员Alice
Catherine Hughes对财新记者表示，“人工干预没有任何证据，这种病毒显然（
clearly）是从野生动物起源和进化而来的。”
研究认为，来自蝙蝠的冠状病毒可能提供了新冠病毒的基因骨架，与蝙蝠或其他野生动
物的进一步重组事件，则使它获得了S蛋白、RBD和多碱基剪切位点
【财新网】（实习记者 黄晏浩 记者 徐路易）新冠病毒又一项“特殊性”在自然界中
找到了类似物。3月6日，一篇发表在bioRxiv预印本网站的论文称，S蛋白两个亚基S1和
S2间的蛋白酶切位点有多个氨基酸插入，并非新冠病毒独有，一种新的蝙蝠冠状病毒
RmYN02的S蛋白同样存在类似插入。研究团队认为，这一结果有力证明了类似插入可以
自然发生，新冠病毒起源于蝙蝠和其他野生动物中存在病毒之间的多重自然重组。论文
尚未经过同行评议。
该论文题目为《一种新的蝙蝠冠状病毒揭示了... 阅读全帖 |
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