c****1
发帖数: 1095 | 1 我觉得证明对ac-k9的特异性的最好的办法就是过表达k9的mutant， 然后用此抗体检测
。大家说呢？ |
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A******y
发帖数: 2041 | 2 If that's what you want to do, you have to do both positive mutant (Lysine
to arginine) and negative mutant. Although, how many copies of histone H3
are there in human? I know for histone H4 there are more than 14 different
coding regions. |
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n******i
发帖数: 374 | 5 乙酰化是非常简单的，最好一步和醋酸酐反应就行，我曾经合成过很多这样多肽。
现在多肽合成技术已很成熟，不是特殊的多肽序列，15个氨基酸难度应该不大。一般小
公司都能够做，你可以先下单让他们做1-2条看看。
95%以上多肽的纯度是很容易得到的，我们以前合成的多肽纯度都是98%以上。 |
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o****e
发帖数: 1011 | 7 乙酰化“很不麻烦”；
我们只买原料，一般自己合成peptide。还没买过外面合成的peptide。
所以没法推荐了。 |
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x********6
发帖数: 986 | 8 最近计划要开始做一个project是用几个deep sequencing方法来检测一种先天遗传疾病
（已被辨认是由一个控制染色体重构的单基因突变造成的）的基因组层面的缺陷（包括
甲基化，乙酰化，长距离转录等等）， 刚从其他搞临床的实验室获得了三个不同病人
（分别具有该基因的不同突变位点）的细胞样品。
这几天阅读了几篇发表在genome research和Nucleic Acids Research的几篇类似的文
章发现这些工作都测了大概几十个病人的样品。一方面由于我们实验室是一个basic
research lab，无法获得更多的人类临床样本，另外一方面目前的funding也不能支持
做太多样品的deep sequencing。
因此想请教一下各位大侠想genome research， Nucleic Acids Research， genome
biology或者Human Mutation这些期刊对于这种疾病基因组学的研究有没有相关的要求
一定要多少病人的样本才可以接受，或者用我们手上这三种细胞做就可以有足够的代表
性了？ 先谢谢大家啦！ |
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u*********1
发帖数: 2518 | 9 我做ALS的，比如我们要identify一个新的ALS gene，可能需要screen几百甚至上千个
sample
当然我的问题和你的不同，因为这里的screen hundreds samples基本上还是用sanger
sequencing去测某几个位点（当然也在策划deep sequencing）；而且问题是ALS属于
complex disease，找到的基因都只可能是account for 1% of all samples
所以我好奇的是你这种疾病是不是monogenic disease；如果是的话就相对好办吧，哪
怕你只有三个sample，但assumption是所有的病人的致病机理是一样的，你先做着这三
个sample也总是可以发现点规律。当然我不知道甲基化，乙酰化的deep sequencing的
成本，但我相信总归算target sequencing，算算exome sequencing现在的成本降低的
厉害，所以我猜想你的这个也不会太贵吧？
做这种研究的思路我觉得一般都是用deep sequencing测序一部分的重要的样本，找到
一些有趣的candidate，你就... 阅读全帖 |
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s*******s
发帖数: 132 | 10 你要说的是乙酰，不是甲基
你给的文章恰恰说明了Sirt5不是deacetylase，是deacylase |
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A******y
发帖数: 2041 | 12 That's because the ac-p52 antibody is horrible. Same thing for Ac-Hsp90 etc
. It is the best to I.P. the protein and do acetyl-lysine antibody...the
problem is that acetyl-lysine ab is horrible, too. |
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K******S
发帖数: 10109 | 13 do mass spec if you don't have good antibodies. |
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A******y
发帖数: 2041 | 14 Total lysate. If you want to do mass spec., find a good lab to teach you.
Too many horrible mass spec core facility or labs these days.
IP |
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m******t
发帖数: 109 | 16 HDAC inhibitors, NAM+TSA needed in cell lysis buffer, except protease
inhibitor cocktail |
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d****i
发帖数: 2346 | 18
非常感谢！
确认一下：
1）except protease inhibitor cocktail的意思是不加这个吗？我看您用的是except
。。
2）另外，NAM和TSA的浓度有什么最低要求吗？ |
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m*****e
发帖数: 22 | 20 感觉神经的发育，记忆的形成本来需要蛋白质的合成，自然需要对染色体进行修饰启动
基因表达。
如果仅仅从需要基因表达的角度来说，无非验证了表观遗传学里各种修饰对基因表达的
影响(如组蛋白乙酰化促进基因表达），和神经系统里需要基因表达(如长时记忆的形成
需要基因表达)这连个假说。
现在提出不同的修饰方式对应不同的基因表达，从而回答细胞命运，形态的多样性，和
早期不同经历存储为不同记忆的假说。
但是，不能解释的是修饰方式的多样性，远远赶不上细胞类型，形态，和个体经历的多
样性
怎么说 |
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D****o
发帖数: 80 | 22 细菌里类UPS的质谱表现和ubiquitination是截然不同的
。 |
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l****y
发帖数: 398 | 23 I have seen ser/thr acetylation on e.coli expressed recombinant histone once
. It was actually surprisingly abundant (~5%).
It could be modified by e.coli enzymes or in vitro by acetic acid or some
chemicals during sample processing. |
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e*****i
发帖数: 149 | 24 我老婆被老板让去验证一个Science上的一个所谓乙酰化修饰，结果2年，啥也没出结果
郁闷死了。 |
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e*****i
发帖数: 149 | 25 我老婆被老板让去验证一个Science上的一个所谓乙酰化修饰，结果2年，啥也没出结果
郁闷死了。 |
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d****i
发帖数: 2346 | 26
我的问题是sirt下游分子western做不出乙酰化，文献上能。我很郁闷。。。想趁早转
行，但是目前还要赚点钱生活。 |
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m*b
发帖数: 1421 | 27 【 以下文字转载自 Military 讨论区 】
发信人: theislander0 (一天三顿小烧烤), 信区: Military
标 题: 千老们逆袭了！！中国全面启动人类蛋白质组计划
发信站: BBS 未名空间站 (Wed Jun 11 17:23:48 2014, 美东)
http://news.ifeng.com/a/20140611/40694077_0.shtml
原标题：我国全面启动人类蛋白质组计划
新华网北京6月10日电（沈基飞、胥金章）中国人类蛋白质组计划（CNHPP）10日全面启
动实施，主要目标是以我国重大疾病的防治需求为牵引，发展蛋白质组研究相关设备及
关键技术，绘制人类蛋白质组生理和病理精细图谱、构建人类蛋白质组“百科全书”，
全景式揭示生命奥秘，为提高重大疾病防诊治水平提供有效手段，为我国生物医药产业
发展提供原动力。
人类蛋白质组计划（HPP）是继基因组计划之后人类全面探索自我奥秘征程中又一伟大
科技工程，是新世纪第一个国际大型科技合作计划。中国科学家率先倡导并领衔了人类
第一个器官（肝脏）国际蛋白质组计划（HLPP），开中国引领国际大型科技合作计划之... 阅读全帖 |
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t**********0
发帖数: 1323 | 28 【 以下文字转载自 Military 讨论区 】
发信人: theislander0 (一天三顿小烧烤), 信区: Military
标 题: 千老们逆袭了！！中国全面启动人类蛋白质组计划
发信站: BBS 未名空间站 (Wed Jun 11 17:23:48 2014, 美东)
http://news.ifeng.com/a/20140611/40694077_0.shtml
原标题：我国全面启动人类蛋白质组计划
新华网北京6月10日电（沈基飞、胥金章）中国人类蛋白质组计划（CNHPP）10日全面启
动实施，主要目标是以我国重大疾病的防治需求为牵引，发展蛋白质组研究相关设备及
关键技术，绘制人类蛋白质组生理和病理精细图谱、构建人类蛋白质组“百科全书”，
全景式揭示生命奥秘，为提高重大疾病防诊治水平提供有效手段，为我国生物医药产业
发展提供原动力。
人类蛋白质组计划（HPP）是继基因组计划之后人类全面探索自我奥秘征程中又一伟大
科技工程，是新世纪第一个国际大型科技合作计划。中国科学家率先倡导并领衔了人类
第一个器官（肝脏）国际蛋白质组计划（HLPP），开中国引领国际大型科技合作计划之... 阅读全帖 |
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d*p
发帖数: 534 | 29 开中国引领国际大型科技合作计划之先河,(国际都有谁来合作了？）
所形成的理论框架、整体策略和技术标准被国际同行认可和应用，（那些国际同行认可
的？）
为人类蛋白质组计划的全面展开发挥了示范和指导作用，（这个可以随便吹）
近4年，中国在这一领域国际核心刊物发文章1000多篇，跃居世界第二。（少将发了几
篇？）
在乙酰化新的代谢通路调控机制、炎症诱发肿瘤、骨形成调节、疾病易感性等方面取得
系列原创成果。（牛，不是一般的牛！） |
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L****T
发帖数: 169 | 30 “乙酰化新的代谢同路调控机制”应该指的是复旦大学的熊/管/赵/雷的一系列papers
（2篇Science，数篇Mol Cell等）。 |
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O**********a
发帖数: 317 | 31 吓我一跳，还以为Tet被发现还有去乙酰化酶活性了。
原来是募集HDAC啊。这种工作，半真半假，没啥意思。
能发Nature，真的是无聊。当然如你所说，Nature上50%的文章也就这么回事。 |
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n*******3
发帖数: 128 | 32 乖乖不得了，中国包括青蒿素在内的所有原创性药物全部来自于中药“灵感”
中国人天天自卑，天天骂中医，可不复制老外的自己原创的药物全部来自中药的所谓“
灵感”，你们无耻的不肖子孙，就骂中医吧，下面看看中医为中国原创性药物的贡献：
1 青蒿素就不用说了吧，都拿诺贝尔奖了
2 联苯双酯概述联苯双酯是根据中药五味子有效成分五味子丙素经结构改造而人工
合成的一种治疗肝炎药，中国首创
3 中国著名药理学家唐希灿80年代初，通过对民间中草药经验调查，对浙江地区
中药“蛇足石杉”治疗早老性痴呆症，从该植物内发现二个新的强效、高选择性乙酰胆
碱酯酶抑制剂——石杉碱甲及石杉碱乙，证明效果非常好并且近年引起美国人注意更被
运用在禁毒方面
4 张亭栋发现砒霜治疗急性白血病更是直接缘自中医了，上世纪70年代初，黑龙江
省林甸县民主公社出现了一大批癌症患者。省卫生厅派出哈医大一院的5人专家小组前
往调研，致力于研究血液病的张亭栋是组长。在住院的食道癌、子宫癌、胃癌患者纷纷
向省城专家诉说病情时，一位曾被医院“判死刑”的食道癌老人的述说引起了关注，他
说，他的病好多了，不仅能喝水，一顿还能吃两... 阅读全帖 |
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s********n
发帖数: 1124 | 33 “十年磨一剑”，是中国自主创新药物研发的常态。在初期大环境尚未如今日般利好、
研发之路“荆棘遍布”的情况下，已有许多药物研发者义无反顾地投入了创新药物的长
期工作之中。如今，属于他们的收获之季陆续到来。在此，小编特挑选近五年内的重点
原创药物进行盘点。
（1）肿瘤领域：世界瞩目
埃克替尼我国自主研发的小分子靶向抗癌药物埃克替尼于2011年8月正式上市。此药被
原国家卫生部陈竺部长称为民生领域的“两弹一星”，入选2011年“十一五”国家重大
科技成就巡回展；其研究被世界肺癌大会接受为大会报告，亦在美国临床肿瘤学会(
ASCO)年会上被接受为
壁报讨论项目(Poster Discussion)。肿瘤学专家莫树锦(Tony Mok)教授和海斯特(
Rebecca S Heist)教授评价其是继吉非替尼和厄洛替尼之后全球第三个用于晚期肺癌的
表皮生长因子受体(EGFR)-酪氨酸激酶抑制剂(TKI)。
殊荣同至，必有其因，埃克替尼可谓创造了其所在领域的多项“第一”，即全球第一个
TKI互为对照的注册Ⅲ期临床试验、亚洲第一个TKI靶向抗肿瘤药、中国第一个有自主知
识产权的小分子抗肿瘤药以及在中国第... 阅读全帖 |
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x****6
发帖数: 4339 | 34 1）我觉得现在来讲临床应用有点太早，就算是已经被MIT,伯克利这种顶级学院研究了
几年的crispr/cas9都还没有奢望临床应用。
更何况，就如同crispr/cas9现在正在被修改、优化，这个系统也可以被修改和优化。
我自己对蛋白质定向进化比较熟悉，完全可以设想对这个蛋白进行大规模突变，来寻找
只识别带有DNA 5'特殊、人工修饰（比如乙酰化，在生物里不存在）的ssDNA的突变子
，来降低off targeting的风险。
2）关于iPS的意义我和你的理解不太一样。我认为主要不在理论，而在于实现的结果。
据我一个听过山中申弥讲座的朋友介绍，当时有人问他怎么找到那四个TF的，他说完全
是试出来的，试了N多，最后运气好，出来了。就是到现在也没有一个convincing的理
论来解释。那么既然是结果重要，那么这个工作的意义在于1）为研究发育提供了技术
平台，比如james thomson现在基本该行去做老板，开了个cellular dynamics,专门卖
ips的细胞系；2）对于再生医学的临床应用的潜在意义：用病人自己的组织诱导培养出
脏器，移植给自己。 |
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c*********r
发帖数: 1312 | 35 "来寻找只识别带有DNA 5'特殊、人工修饰（比如乙酰化，在生物里不存在）的ssDNA的
突变子，来降低off targeting的风险"
很赞！
这个Natronobacterium本来就是古菌，随着被测序的物种越来越多，在这些奇奇怪怪非
常见的生物里，肯定会有越来越多的新奇的分子、通路被发现，再加上人工改造、筛选
、进化，肯定会有很牛很牛的应用的。做生物的生物信息的一定要联合起来，眼光开阔
一点，肯定有越来越多的有价值的东西被挖掘开发出来。
关于off target，根据你的这点提示，有没有人尝试在一些存在人所不含有的特殊修饰
的动物、植物、细菌、古菌、真菌里找找NgArgonaute的同源或者同功蛋白，看看有没
有哪些有开发价值的。多年做生物的知识积累加上bioinformatics技术，肯定能挖出不
少东西。
如果挖不出来，用你的特长定向进化也是很牛很牛的！ |
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z*y
发帖数: 84 | 36 Posted this in the Chemistry board, but few people responded. See if can get
more suggestions here.
有好办法（相对简单快速）分辨GD2和o-acylated GD2（乙酰化在末端糖基唾液酸9位的
O上）吗?比如说TLC，或简单的修饰一下然后检测。别说做NMR，没现成的条件，行不通
。样品是细胞，我的设想是先萃取分离带电荷的脂类分子，然后跑TLC。但是担心成分
太杂，分辨率不好，而GD2和o-acylated GD2的分子量又相差不大。
GD2的结构可以在wiki找到，这里是链接
https://en.wikipedia.org/wiki/GD2
或者怎样上图？
谢谢！ |
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发帖数: 1 | 37 DNA提取后氧化是非常普遍和难以避免的问题，有文章说当DNA总量大于30微克后才能防
止氧化，当然你可以用未处理的细胞作为对照。至于加水incubate后qpcr下降，你可能
要检查一下你的试剂，有人说neb的BSA过夜时确实会降解DNA，乙酰化BSA会更好一些。 |
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发帖数: 1 | 38 转帖：今天一早打开微信发现“转基因自闭症猴”研究报道刷屏了，两大知名科普微信
公众号“赛先生”和“知识分子”都在第一时间推送了相关报道，同时国内外各大媒体
做了较为详尽的报道。这篇研究论文于今日凌晨在Nature在线发表，标题为《Autism-
like behaviours and germline transmission in transgenic monkeys
overexpressing MeCP2》，同时Nature配发了评论文章《Monkeys genetically
modified to show autism symptoms》。
这项研究是由中科院上海神经科学研究所研究院仇子龙课题组和孙强研究组合作
完成的。这项研究是全球首例利用非人类灵长类动物建立的自闭症研究模型，为后续深
入研究自闭症致病机理和探索治疗自闭症的研究方法奠定了基础。在这里小编就不再重
复今日媒体报道的内容了，今天写这篇文章主要是综合了国外媒体的报道，谈谈这项工
作受到某些人质疑的内容或者说是不足吧。小编首先声明不是来黑这项标志性的具有重
要意义的文章的，本人只是从另一个角度聊聊国内媒... 阅读全帖 |
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发帖数: 1 | 41 仇子龙的数据是否solid？可重复吗？
这个前提不成立的话，何谈高水平？
仇子龙声称能重复出来韩春雨的阿狗，“在基因组水平看到5%的切割效率”
，被质疑就骂街，这幅嘴脸历历在目，他的学风和科研态度可见一斑。他实验室出来的
数据你敢相信吗？ |
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发帖数: 1 | 42 求子龙应该是属于那种奸诈小人，无论是从他的面相和言谈举止都可以看出他这个人是
不可靠的。那么他所编造出来的数据，你还信吗？你还敢信吗？
还有求子龙实验室出来的学生是不是也会把他的这些恶行学得淋漓尽致？各位以后见着
他以及他实验室出来的人能够避开则避开！！！ |
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o*****p
发帖数: 2977 | 43 泼污水的就算了。云彩的id这版的旧人都知道，对生物研究非常热情而且兴趣非常广
泛，不断在版上开各方向的话题讨论，把这个版当志同道合者的讨论场所，比版上的99
%的人都更热爱生物研究。 |
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o*****p
发帖数: 2977 | 44 水平高低不只看杂志。他研究的这个方向极其重要。绝对是神经领域最重要最基础的
方向之一。 |
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d********m
发帖数: 3662 | 45 来晚了，多希望现在也有这样一个人带头讨论
99 |
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发帖数: 1 | 46 大家在质疑他人品的时候，你在讲他的热爱。
大家指责他在韩春雨这件事情上的所作所为的时候，你说是泼污水。
大家不想讨论他的时候，你说版上需要他这样的人。
怎么感觉理都被你占完了。
但是，他求子龙当时确实是向全中国发公告说，并且在这个版上斩钉截铁的说：老子在
基因组层面看到了NgAgo的切割效应。明明他是重复出来了韩春雨的结果，为什么到后
来求子龙急剧的转风向反韩春雨？？？？？这种人还有脸见自己的学生吗？还有脸搞科
研吗？？？？？
99 |
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o*****p
发帖数: 2977 | 47 我开的题，你跑到我的楼下面指责，我还不能跟着自己的话题说话了 ---- 别这么歇
斯底里好不好？
他在韩春雨的问题上错了 --- 我在第一篇上就说了。
“明明他是重复出来了韩春雨的结果，为什么到后来求子龙急剧的转风向反韩春雨？
” --- 也就是说他之前错误的支持了韩春雨，以后他反对也不对了 ---- 你是不是有
毛病啊？
离你远点。你自己注意一下你的精神健康。别被内分泌搞得乱七八糟还烦别人。 |
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s*****j
发帖数: 6435 | 48 能重复出韩春雨的结果的人，不好相信他其他的东西呀。 |
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发帖数: 1 | 49 没有人反对你把求子龙的照片挂墙上祭拜，但是请你不要自己不懂得分辨是非还到处给
求子龙唱赞歌。 |
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m****a
发帖数: 270 | 50 当时他也就是把学生初步的结果当真，想出风头而已。后来没出来解释确实有点怂。
但是如果你怀疑他其他文章有问题，得有证据，否则就是纯粹的个人情绪发泄而已，没
啥意思。 |
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