g*********d
发帖数: 233 | 1 人们都知道锻炼身体可以促进新陈代谢，有益于心血管健康，但此前科学家对运动究竟如何影响心脏
却所知甚少。美国哈佛大学医学院的研究人员日前报告说，他们首次从分子水平发现运动有益心脏健
康的机理，这一发现将有助于开发出治疗心血管疾病的新疗法。
研究人员通过小鼠实验发现，经常运动可以使小鼠体内的C/EBPβ转录因子水平显著下降，其结果会促
进小鼠心脏肌肉细胞增殖，有益于心脏生长。此外，研究人员还发现，体内C/EBPβ水平较低的小鼠对
心力衰竭具有抵抗能力。
研究人员表示，这项研究对心脏肌肉再生的潜力有了深入理解。参与研究的哈佛大学医学院教授安东
尼·罗森茨魏希表示，通过这项研究可以开发出针对那些无法运动的心脏病患者的疗法。
这项研究成果发表在新一期美国《细胞》杂志上。
C/EBPβ Controls Exercise-Induced Cardiac Growth and Protects against
Pathological Cardiac Remodeling
Cell, Volume 143, Issue 7, 1072-1083, 23 December 2010
10.1016/j... 阅读全帖 |
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W****C
发帖数: 1937 | 2 而且分辨率很差， 至少>500bp， 也就是说就是你测到有bind， 这个bind不但可能是
非直接的， 甚至可能都不在你primer的范围内。crosslink大大降低抗体的识别 （即
便多抗也有影响， 说没影响的， 做个WB试试就知道了）， 所以对抗体要求还特别高
（估计要用全长蛋白做的多抗才好一些， 可是现在很多都是用重组肽段做多抗的）。
唯一的好处， 这个算是in vivo， 要是shift assay的话肯定是 in vitro了。 in
vivo的话 应该还可以用luciferase assay + 1.过表达/抑制 TF, 2. 突变/deletion 结合序列 来做， 我倒觉得这个更可
信。 |
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q*******1
发帖数: 2 | 3 please see below detailed JD:
Executive Director of Discovery Biology
Location: Beijing
Key activities: Oversee biology-related research and drug discovery
activities to execute departmental strategies and meet deliverables.
Successful candidate is also responsible for biology resource allocation,
recruitment and the professional development of biology staff.
Requirements:
• Ph.D. in biology, cell biology, immunology, biochemistry,
virology, pharmacology or a related field with an ou... 阅读全帖 |
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S*****s
发帖数: 287 | 4 谢谢你的回答。这是我心里的一个疑问，而且如果老鼠是在你博后期间做出来的，老板
应该会让你带走一些，这样你自己开张之后也可以启动的快一点。你的计划的确满务实
，怪不得 committee 赞同。我对心血管所知甚少，不过我感觉你说的三年不做老鼠时
间有点久。建议你在做细胞和生化的时候如果可以用到 wildtype 的老鼠尽量先开始在
wildtype 老鼠里面开始做一部分实验，哪怕是培养的 wildtype 组织也好。wildtype
的老鼠一般都不贵，随用随买都不一定花很多钱，但是可以把你的实验尽早展开到 in
vivo 的系统里面。而且培养的细胞做出来的结果很可能和 in vivo 组织里的结果不
一样。我的一点建议。希望前辈科研路上越走越顺利！ |
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m****9
发帖数: 128 | 5 We submitted a paper to Cell and got response, the reviewer asked for in
vivo study data(in zebrafish,xenopus or drosophila)
We identified a tumor suppressor via activating TGF-b signaling, the
reviewer wanted to know how it affects tgf-b signaling in vivo.
Can anyone give some information about this or recommend some nice guys that
we can cooperate with? It is better in Boston area.
Thanks for help. |
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k****o
发帖数: 589 | 6 由于我老板过去灌水的journal改走高端in vivo路线，导致我现在手头一批in vitro数
据得另寻别
处。我简单描述下自己的情况吧：
1.研究性质是molecular cell biology
2.研究对象是一个有潜在治疗作用的小肽
3.绝大部分数据是用人源primary cell做的，小部分是组织培养的ex vivo数据
4.有小规模的expression profiling（不是array）
5.有关于这个小肽signaling pathway的数据
6.没有做molecular cloning
7.这个小肽在我之前没有其他人用在此primary cell或是相关细胞系里
请推荐一个适合我情况的journal。我是俗人，所以想找个IF尽量高的投。不过鉴于水
平关系，10分以
上就不考虑了。越接近10分越好。多谢！！ |
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l******u
发帖数: 936 | 7 There is no real in-vivo model to look at EMT phenotype, that´s why
people
don´t believe it. We are trying to established this in-vivo model now. |
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p*7
发帖数: 45 | 8 There are some rules on how gene regulation is controlled in vivo. The most
basic one was proposed fifty years ago by Monod and Jacob, which was
originally called the "operon model" based on studies in viruses and
bacteria but later proven to be a general rule on the control of gene
expression in all the organisms.
Basically, it says: 1) gene regulation is controlled by cis-elements (i.e.
promoter, enhancer etc.), and trans-regulators (transcription factor,
regulatory RNA etc.). 2), the trans-re... 阅读全帖 |
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M****5
发帖数: 36 | 9 四年前加入现在的实验室，老板是新进的AP，开始了全新的课题，非常努力地工作，晚
上周末加班都是家常便饭了。两年前投文章，因为是新人加入新领域，几经排挤和打击
，加班加点补实验，又在做出了足够一篇文章的数据补到原来的文章后，终于顺利接受
。老板在一年前拿到了NSF的funding后，改变让我5年毕业的计划，告诉我应该争取至
少再发一篇文章再毕业，让我今年年底再毕业多留半年。我当时和老板说如果有进展我
可以多留，如果没有什么实质性的进展可能就不多留了。
今年年初老板招了两个新生，一博士一硕士，暑假刚开始，又找了两个本科生让我带，
回顾一下今年，实验几乎没有什么进展，时间都花费了好多在带学生上了，每个学生至
少花了一个月吧。现在想想，可能老板希望新生能快些接手课题，让我教了博士生各种
实验，蛋白纯化，克隆，测酶活，细胞生长实验，都是我现在不在做的，需要专门抽时
间教，第一次基本上都是我在操作，而且这个学生学习态度实在是太不认真，简单的操
作都要教好多遍，有什么问题自己先不独立思考，都要找我给他分析，总是编各种理由
为自己迟到或者不做实验开脱。我还算有耐心都觉得挺难接受他的做法了，这个且先不
... 阅读全帖 |
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M****5
发帖数: 36 | 10 谢谢Sunnyday的宝贵建议！你帮我从老板的角度分析问题让我也觉得老板也有老板的考
虑。关于合作项目的事情，我当时也是这么说服自己的。
我大部分的不快可以说是来源于快要毕业的压力和现实没有时间去写论文找工作的冲突。
有进展，我不介意呆久，可是我现在没有时间做自己的事情，带三个新手，本科生接下
来全职在我们实验室呆三个月呢，三个月后我再开始找工作写文章是肯定来不急了。。。
In vivo的实验之前做了好多，也花费了很多的时间，接下来要做的技术和原来的也差
不多，但是现在得到的initial data很不明朗，我也担心做下去时间花费了，但是数据
却不能发什么文章。我做的微生物，in vivo一般发 J bact, in vitro做得好些还能发
个 JBC 什么的。
我是蛮愿意教新学生的，也从来没有过什么“教会了徒弟师傅没饭吃”这种想法，其中
的那个硕士生做事情比较认真，和她相处的也挺愉快，博士生人比较独特，找起理由来
飞快的，平时不做实验还好，一做实验我就几乎不用干啥了，和他提的改进效率的建议
从来都不采纳，极品的事情是一串串的。啥大小谎都能撒，出了什么问题总是出在别人
的身上。。。。... 阅读全帖 |
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i*****g
发帖数: 11893 | 11 细胞治疗这里面有几个选项，
他们用了T，
还可以用DC，
还可以直接上CD19 monoclonal Ab，要论杀细胞，我不太明白未什么他们不直接用单抗
治疗呢？
估计大致的回复是：其他方法试验了，都没有好的效果，他们正好撞对了某些东西
还有就是，癌症病人体内有一套机制，遏制免疫反应。有文献报道的，癌人比正常人T
，DC细胞反应弱。理论上，ex vivo culture activating cells before infusion may
not necessary lead to activated cell after infusion.
这些细胞免疫治疗，提高专一性是个大问题。这些个成功报道是有明确的cancer
antigen target。很多时候，做临床试验的，solid tumor Lysis fraction feeding
on immuno cells during ex vivo culture，我个人很是顾忌这种做法，因为这必然用
了正常细胞或广谱的antigen，显然人工制造自身免疫疾病的风险急剧上升。事实上，
有报道的这种自身免疫疾病
挂一漏万，不是这一... 阅读全帖 |
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t****p
发帖数: 1504 | 12 【说明
首先抱歉，标题是为了吸引眼球。而且，读者可以看到，本文介绍的工作并不适合用院
士与否来评价，所以题目应该被批判。本文作为非正规博文一周后，题目将改回以下正
文的标题。正文目前作为征求意见稿，也将适当修改后发表于正式刊物，这相反于我平
时一般先正式发表后请科学网置于博客的习惯。
在科学界，我有双重身份：正在实践的科学家和对历史与现实的评论员。第二身份包括
我对科学史的兴趣。以前以介绍其他人研究过的科学史为主，近年对感兴趣较长的中国
近代科学史，我通过和北大医学部张大庆老师和研究生黎润红的合作，获得了一些史料
、正在写文章。如何呈现本文要讲的工作，也得益于“GSK终身生命科学成就奖”评奖
委员会的同事们的讨论，他们是鲁白、傅新元、马红、王小凡。
因为最近我第一身份出现一些情况，引起了出乎我意料的关注，为了避免继续过度解读
，而将其中无意义的部分转化为较有意义的事情，我为本文加上目前对我博客感兴趣的
外界人士可能注意的标题。
本文主旨是希望中国重视一些在国内做出了杰出工作、而未获适当承认的科学家。本文
要介绍的两位人物年龄都较大，其中一位还在病中。他们做出的贡献，在我（作为科学
的评... 阅读全帖 |
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t*******o
发帖数: 71 | 13 【写在前面的话】
首先抱歉，标题是为了吸引眼球。而且，读者可以看到，本文介绍的工作并不适合用院
士与否来评价，所以题目应该被批判。本文作为非正规博文一周后，题目将改回以下正
文的标题。正文目前作为征求意见稿，也将适当修改后发表于正式刊物，这相反于我平
时一般先正式发表后请科学网置于博客的习惯。
在科学界，我有双重身份：正在实践的科学家和对历史与现实的评论员。第二身份包括
我对科学史的兴趣。以前以介绍其他人研究过的科学史为主，近年对感兴趣较长的中国
近代科学史，我通过和北大医学部张大庆老师和研究生黎润红的合作，获得了一些史料
、正在写文章。如何呈现本文要讲的工作，也得益于“GSK终身生命科学成就奖”评奖
委员会的同事们的讨论，他们是鲁白、傅新元、马红、王小凡。
因为最近我第一身份出现一些情况，引起了出乎我意料的关注，为了避免继续过度解读
，而将其中无意义的部分转化为较有意义的事情，我为本文加上目前对我博客感兴趣的
外界人士可能注意的标题。
本文主旨是希望中国重视一些在国内做出了杰出工作、而未获适当承认的科学家。本文
要介绍的两位人物年龄都较大，其中一位还在病中。他们... 阅读全帖 |
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c********r
发帖数: 1125 | 14
no...some big shot in epigenetics field...
不过epigenetics我觉得有点特殊，竞争太激烈，周期快有时候就是纯拼纯化速度。。
体内功能反正不做的，所以back－to-back很多，被其他人screw或者screw其他人很常
见。有点像结构，晚发表的就彻底完蛋了。。。
做in vivo或者发育遗传的实验室重合的比例比较低，即使同样突变体同样系统也可能
表型不同。。。
反正我见到的同样两个实验室，做in vivo一样结果的接受时间差半年甚至一年基本文
章接受不受太大影响，
做epigenetics的很多就是晚了2个月就从nature变pnas甚至cell research了。。。。
故事都一样。 |
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b****r
发帖数: 17995 | 15 我说的验证是在真正患该肿瘤的人身上 in vivo，你在哪里in vivo？和人类疾病还差
了多远？ |
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l**********1
发帖数: 5204 | 16 RE LZ
just go to
htp://www.mitbbs.com/article_t/Biology/31627067.html
11f
一句话： 要确定某个表达蛋白(A物种) 的真正的5' UTR 范围碱基序列
最好将其包括启动子部分的碱基序列转接到一个非启动子功能的载体
然后转染到异种(B物种: 可以是A物种的近缘) 的Cell line 表达那个目标蛋白
再提取那个表达后的目标蛋白
如果后者同In vivo (A物种) 的生化物理性质完全一致,
那么其包括启动子部分的碱基序列 就是真正的5' UTR 范围碱基序列
[回复]
发信人: lotkaeuler11 (Fibonacci), 信区: Biology
标 题: Re: 急求：怎样从基因组序列中找出基因的5'UTR确切序列？
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Jan 19 05:09:42 2012, 美东)
ZZ
老外的forum 有关的讨论帖 的最精彩的一句推论:
>So if I understood well, you suggest to lengthening the 5' end of th... 阅读全帖 |
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F*Q
发帖数: 3259 | 17 google恢复正常了，根据google上的定义，这种实验叫ex vivo。介于in vivo 和 in
vitro之间。这是不是生物界普遍接受的定义？ |
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M*****n
发帖数: 16729 | 18 ex vivo 不是指tissue culture和organ culture吗？
光是cell 恐怕跟ex vivo还是不一样吧。
除非是blood cells啥的。 |
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c**********5
发帖数: 653 | 19 in vitro( refered to "in glass") as compared to experiments using intact
organisms in vivo (" in living organisms"). But in biochemistry lab, in
vitro means in reacitons in test tube whereas "in vivo" refers to any
reaction occurs inside a living cell |
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l**********1
发帖数: 5204 | 20 搞湿的In Vivo In vitro 水系的筛选的 目前尚不理解搞干的结晶 in vivo vitro X-
ray 数据解析筛选 也可能是一个新行当
361/N行吧? SHI YI Gong 行头within mainland China.
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a****5
发帖数: 10854 | 21 目前还没人做in vivo。
目前的应用主要在1）fixed cell/tissue的multi-color immuno 和 2）culture cell
的live imaging。
1的应用可以很广泛，因为STORM虽然分辨率不如EM，但有很多EM无法完成的功能。2的
例子比如细胞骨架dynamics以及某种蛋白的动态tracking等等。
要做in vivo，挑战在于：PALM的纵身太小，<10microns, 以及sample drifting等等。 |
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a****5
发帖数: 10854 | 22 目前还没人做in vivo。
目前的应用主要在1）fixed cell/tissue的multi-color immuno 和 2）culture cell
的live imaging。
1的应用可以很广泛，因为STORM虽然分辨率不如EM，但有很多EM无法完成的功能。2的
例子比如细胞骨架dynamics以及某种蛋白的动态tracking等等。
要做in vivo，挑战在于：PALM的纵身太小，<10microns, 以及sample drifting等等。 |
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t*****2
发帖数: 213 | 23 1. this paper can't go to CNS because of no supporting wih in vivo data.
Actually you don't have to do so much in vivo work, just to confirm A
regulates phosphorylation of B by immunostaining in mice model.
2. Another point is if the interaction between A and B can link to any type
of disease. in another word, did you find deficiency of A and B in any kind
of disease
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h****s
发帖数: 40 | 24 要有一个自己的实验室了，以前的主要的训练是分子生物学，另外做了一些老鼠的in
vivo的东西，算是in vitro， in vivo都懂一些。现在觉得做蛋白功能是王道。就以前
大学的时候过了几个柱子，现在想重新学习一些蛋白纯化的知识，补补课，什么样的途
径可以补这一课呢？
有什么书可以推荐，中文英文都行。谢谢先。 |
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n********k
发帖数: 2818 | 25 JCB, NCB, MC...if you have a very nice/solid story...BTW, sometimes, in vivo doesn
't cause as much as it seems if you could go for a smart angle...even some
simple in vivo relevance would increase your chance quite a bit... |
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n********k
发帖数: 2818 | 26 that's a different level, for us it is called in vitro (cell lines) and in
vivo (the worm)...I know for many like people in synthetic field, cell line
is in vivo, lol:)) |
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x*****g
发帖数: 82 | 27 Position 1 in Nanotechnology for Cancer Molecular Imaging
Description of project: A postdoctoral position is available immediately to
focus on using pH-activatable fluorescent nanoprobes to amplify tumor
contrast with significant background suppression for image-guided resection
of head and neck tumors (HNCA). Prospective candidates will have the
opportunity to work in a highly productive multi-disciplinary environment
with a team of experts in basic and translational research. In particular,
th... 阅读全帖 |
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i*******9
发帖数: 16 | 28 Jiangsu Hengrui Medicine （恒瑞医药） is a leading innovative pharmaceutical
company in China with annual sales of 4.55 billion Chinese Yuan in 2011 and
is poised to continue its growth in coming years. Under the leadership of
successful and experienced scientists and drug discovery veterans returning
from US/Europe, its R&D force now has over 800 scientists and has developed
the most robust innovative drug discovery pipeline in Chinese pharmaceutical
industry.
Hengrui’s R&D engine, Shanghai Hengrui （... 阅读全帖 |
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k****o
发帖数: 589 | 29
我不是做小分子库的，但据我了解现在各大药企的库都是组合化学的产物，比如Pfizer
就有超过一百万的分子。现有技术下，说难听点就是垃圾筒里找黄金，hit很少，而且
到了in vivo阶段又会枪毙掉绝大多数。所以过去15年来，HTS其实没有带来多少新药上
的突破。现在很多药的来历还是从生物体里提取的。
你提到的那个模型很不错，我想肯定能够提供一个更好的筛药平台。但是in vivo筛药
没有几家承受得住的，做不出来的话还可能会被搞RA的人盯上。
我对HTS现状不乐观，药厂这方面也不断裁人。这个领域需要一些技术上的根本突破才
行。
我倒是觉得靶向给药技术能上个台阶的话，一些癌症就有希望了。现在一些抗癌药过不
了FDA的关卡主要还是副作用太大。所以未来10年我看好这块对抗癌的贡献。 |
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p*****u
发帖数: 276 | 30 生物是一个复杂的系统，单一类型的技术是吃不开的。楼主说的那些方面的技术必须全
部掌握才能相对准确的做生物研究。全基因组扫描，定位了基因后，养动物ko一个基因
引起一系列信号蛋白的in vivo表达失常，然后纯化相关信号蛋白，in vitro做动力学
计算和模拟，顺便做个crystal结构，之后解释信号相互作用引起结构变化和其他的下
游信号变化，反过来对照老鼠的in vivo实验看效果。这才是完整的生物研究。 |
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l***y
发帖数: 4671 | 31 俺是刚开始做 systems biology 这个方向的新人，版上肯定很多大牛或者大牛组的未
来的大牛。
我觉得哈，bio-question -> general hypotheses -> design of profiling ->
profiling -> data mining and hypothesis generation/refining -> design of
experiments -> hypotheses validation and selection -> workable bio- and math
- model -> drug target prediction 已经是条比较成熟的 pipeline 了，不熟悉这个
套路的话可能以后会越来越被动，但做得再好也难以出新意，渐渐沦为苦力活。NIH 有
一些 grant 是专门为了做这些积累性工作的。像俺这样的新人，虽然在这种坑里做苦
力，但要把它当作自己未来方向，俺入行已经嫌太晚了，后面准备跳坑的人就更不用说
了。
真要想解决实际问题，in vivo modeling 比较关键，但很难。是否有前途不好说。... 阅读全帖 |
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l***y
发帖数: 4671 | 32 俺是刚开始做 systems biology 这个方向的新人，版上肯定很多大牛或者大牛组的未
来的大牛。
我觉得哈，bio-question -> general hypotheses -> design of profiling ->
profiling -> data mining and hypothesis generation/refining -> design of
experiments -> hypotheses validation and selection -> workable bio- and math
- model -> drug target prediction 已经是条比较成熟的 pipeline 了，不熟悉这个
套路的话可能以后会越来越被动，但做得再好也难以出新意，渐渐沦为苦力活。NIH 有
一些 grant 是专门为了做这些积累性工作的。像俺这样的新人，虽然在这种坑里做苦
力，但要把它当作自己未来方向，俺入行已经嫌太晚了，后面准备跳坑的人就更不用说
了。
真要想解决实际问题，in vivo modeling 比较关键，但很难。是否有前途不好说。... 阅读全帖 |
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z*t
发帖数: 863 | 33 can u talk more about the in vivo system demethylation？
vivo
hmC, |
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l**********1
发帖数: 5204 | 34 Please DIY from below papers:
a,
DNA Methylation Dynamics during In Vivo Differentiation of Blood and Skin
Stem Cells.
Bock C, Beerman I, Lien WH, Smith ZD, Gu H, Boyle P, Gnirke A, Fuchs E,
Rossi DJ, Meissner A.
Mol Cell. 2012 Aug 24;47(4):633-47. Epub 2012 Jul 26.
PMID: 22841485 [PubMed - in process]
b.
In vivo control of CpG and non-CpG DNA methylation by DNA methyltransferases.
Arand J, Spieler D, Karius T, Branco MR, Meilinger D, Meissner A, Jenuwein T
, Xu G, Leonhardt H, Wolf V, Walter J.... 阅读全帖 |
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l********e
发帖数: 415 | 35 简单答案 最好都做
如果实在不能都做,
问问自己
1) in vivo还是in vitro? in vitro用什么系统? in vivo用什么系统?
2) 有没有好的antibody?
个人觉得chip-seq不好做. TF的Chip-seq不比histone modification的chip-seq 需要
很好的Ab和很多的cell, 多数只能在cell line/primary cell做. |
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s******y
发帖数: 28562 | 36 有啊。
Proc Natl Acad Sci U S A. 1995 Nov 21;92(24):11259-63.
Signal-induced degradation of I kappa B alpha requires site-specific
ubiquitination.
Scherer DC, Brockman JA, Chen Z, Maniatis T, Ballard DW.
Source
The inhibitor protein I kappa B alpha controls the nuclear import of the
transcription factor NF-kappa B. The inhibitory activity of I kappa B alpha
is regulated from the cytoplasmic compartment by signal-induced proteolysis.
Previous studies have shown that signal-dependent phosphorylation ... 阅读全帖 |
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l*******i
发帖数: 153 | 37 iPS本身最大的创新可能是1）技术的简易化，使得其迅速普及；2）其本身机制的研究
促进了epigenetics等领域的发展。
reprogramming这个概念早就存在。就体细胞向ESC逆编程而言，SCNT应该比iPS更好，
可惜的是，到目前为止还无法在人的细胞上完全实现。
iPS细胞刚出来时，几乎所有人都对其临床应用充满了期待，随着研究的深入，该领域
内怀疑其clinical therapy价值的人渐渐增多，其主要弱点有：
1）iPS与ESC的identity：Yamanaka现在似乎仍然坚持iPS与ESC是非常相似的，但是他
本人也承认现在iPS还根本无法取代ESC;相反的一派认为iPS与ESC根本就是两种不同的
细胞，无论是在transcriptome水平，还是epigenetic水平——蛋白组水平的研究，我
只看到两篇文章，不知为啥这方面的研究到目前还少之又少。当然，就目前已有的ESC
株，不同实验室分离的，不同人种来源的，相互之间也有比较大的差别，甚至这种差别
影响到了其pluripotency/分化能力。我个人的看法是，ESC是一个动态变化的cell
population（... 阅读全帖 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 38 >ESC是一个动态变化的cell
population（或者说其heterogeneity非常大），即使subcloning以后，一个cell pool
里，各个细胞之间差别可能比我们想象的要大———无论是transcriptome水平，还是
epigenetic水平——但这一点，估计得靠singel cell analysis来验证的。
Sure
plus Monte Carlo Markov Chain Stochastic approch
pls refer
Hanna J et al. (2009)
Direct cell reprogramming is a stochastic process amenable to acceleration.
Nature. 462: 595-601.
link:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19898493
or
Max Flöttmann et al. (2012)
A Stochastic Model of Epigenetic Dynamics in Somatic Cell R... 阅读全帖 |
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m*******r
发帖数: 202 | 39 Cell Cycle. 2005 Mar;4(3):453-5. Epub 2005 Mar 7.
Cell cycle markers for live cell analyses.
Easwaran HP, Leonhardt H, Cardoso MC.
SourceMax Delbrück Center for Molecular Medicine, Berlin, Germany.
Abstract
Many cellular processes are regulated by cell cycle dependent changes in
protein dynamics and localization. Studying these changes in vivo requires
methods to distinguish the different cell cycle stages. Here we demonstrate
the use of DNA Ligase I fused to DsRed1 as an in situ marker to ident... 阅读全帖 |
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j****x
发帖数: 1704 | 40 正在折腾一个bicistronic vector for in vivo，前后的ORF齐活了，但中间linker
的选择上犯嘀咕啦。
最普通的基本结构：
Tissue-specific promoter + ORF1(membrane protein) + (IRES/2A) + ORF2(nuclear
protein) + pA
困惑在于，前面ORF1膜蛋白（没有信号肽）而后面ORF2偏是个核蛋白（核定位机制不明
）。用2A的话，一是担心2A残留序列会对功能有影响，二是担心in vivo下引发针对2A
peptide的细胞免疫，三是担心前面的膜蛋白表达可能会对后面核蛋白的定位产生影响。
IRES没有了前两个担心，但是体内的表达水平很难保证，手头也没有现成的商业化载体
（哪位能给推荐一个？）。
简单翻看了之前版上的诸多讨论，还是很难抉择。请诸位经验丰富的先行者给支支招吧
。谢谢！ |
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M****o
发帖数: 4860 | 42 研究中药的中医研究院研究员、中国工程院院士李连达发表文章，谈砒霜治疗
白血病是中国人的骄傲（http://blog.sciencenet.cn/blog-715370-650492.html）
李连达的文章写道：“砒 霜制剂治疗白血病问题，早在两千年前我国已经对砒
霜的药用价值及毒性有一定认识，在古人经验基础上，近代科学家又进行了深入的研究
，发现砒霜（三氧化二 砷）及青黛、雄黄（二氧化二砷）组成的“青黄散”可以治疗
白血病，其后进一步将砒霜精制成三氧化二砷制剂，又经一系列制剂学、药理毒理学及
大量临床试验， 证实对白血病确实有疗效，陈竺院士及其夫人等专家对其作用机制作
了高水平的研究并有重大发现，得到国内外学术界的公认，使这个药在世界推广使用”
这样的说法，恐怕陈竺和陈赛娟都受不了。
我相信，陈竺和陈赛娟都不会认为自己是发现砒霜治疗白血病的最大功臣，他们肯定同
意我的写法（见http://blog.sciencenet.cn/blog-2237-478156.html），毫无争议的最大功臣是：张亭栋。
如果到今天，连研究中药的李连达都不清楚事... 阅读全帖 |
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x********e
发帖数: 2275 | 43 请发到：h******[email protected]
先谢过了！
Curr Med Chem. 2012 Dec 1;19(35):6065-71.
Characterisation of a Neural Teratogenicity Assay Based on Human ESCs
Differentiation Following Exposure to Valproic Acid.
Colleoni S, Galli C, Gaspar JA, Meganathan K, Jagtap S, Hescheler J,
Sachinidis A, Lazzari G.
SourceAvantea, Via Porcellasco 7/f, 26100 Cremona, Italy. silviacolleoni@
avantea.it.
Abstract
The development of in vitro testing strategies for chemical and drug
screening is a priority need in order to protect... 阅读全帖 |
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j***x
发帖数: 1469 | 44 1.
Severe Herpesvirus Infections in an Adolescent without Natural Killer Cells
Christine A. Biron, Ph.D., Kevin S. Byron, and John L. Sullivan, M.D.
N Engl J Med 1989; 320:1731-1735June 29, 1989DOI: 10.1056/
NEJM198906293202605
2.
In vivo significance of NK cell on resistance against virus (HSV-1)
infections in mice. J Immunol 1984 133:2743-7
3.
J Immunol. 1984 Nov;133(5):2743-7.
In vivo significance of NK cell on resistance against virus (HSV-1)
infections in mice.
Habu S, Akamatsu K, Tamaoki N... 阅读全帖 |
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s********n
发帖数: 2939 | 45 只是猜测：你这种情况可能像ls有人提到的，形成A-B active complex比较复杂，或者
不稳定，易形成aggregation。可以试试，
1）in vitro reconstitution, 用很低的浓度做试验（ug/ml）；A和B在高盐浓度下的
稳定性如何？如果稳定的话，你可以试试在高盐（1 M even higher）条件下做混合，
高盐可能可以降低non-specific interaction形成aggregation的几率；
2）in vivo，你可以试试用weak promoters表达你的蛋白（Aw+Bw, Aw+Bm, Am+Bw; w,
weak, m, medium），lower temperature，coexpress chaparones。
不过个人更倾向于试in vitro的方法，in vivo的local concentration太高了即使在
low expression的条件下。
BTW: Chaperone的plasmid可以买Takara (Clontech)和Agilent (Stratagene). |
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E**********1
发帖数: 19 | 46 Okay, now I know you really did not read the post carefully...where did I
say the crystal structures of membrane proteins are the same as in vivo
structures? You are a loose cannon--fire before you aim at the target. In
fact, I have stated several times that there are drawbacks of X-ray
crystallography, but it still is the tool available, if not the best one, to
obtain the structural information...like results from other methods are to
be cross-examined by other techniques, such as mutational ... 阅读全帖 |
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l*******s
发帖数: 12 | 47 Jiangsu Hengrui Medicine （恒瑞医药） is a leading innovative pharmaceutical
company in China with annual sales of 5.5 billion Chinese Yuan in 2012 and
is poised to continue its growth in coming years. Under the leadership of
successful and experienced scientists and drug discovery veterans returning
from US/Europe, its R&D force now has over 800 scientists and has developed
the most robust innovative drug discovery pipeline in Chinese pharmaceutical
industry.
Hengrui’s R&D engine, Shanghai Hengrui （上... 阅读全帖 |
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l*******s
发帖数: 12 | 48 Jiangsu Hengrui Medicine （恒瑞医药） is a leading innovative pharmaceutical
company in China with annual sales of 5.5 billion Chinese Yuan in 2012 and
is poised to continue its growth in coming years. Under the leadership of
successful and experienced scientists and drug discovery veterans returning
from US/Europe, its R&D force now has over 800 scientists and has developed
the most robust innovative drug discovery pipeline in Chinese pharmaceutical
industry.
Hengrui’s R&D engine, Shanghai Hengrui （上... 阅读全帖 |
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H*****e
发帖数: 120 | 49 Here are some information that may be interesting to you. But you need to
check the literature yourself since I heard most of them from a friend
working on it.
1. Acetate-T is the synthesized form that chemist believe will be
bioavailable. If you can find some PK/PD data, it will be believable. Succi
-T is the so-called conjugated form in vivo, a product by Phase I and II
enzymes. Many chemicals will be converted to this kind of form in liver to
further process. I am not sure what kind of ex... 阅读全帖 |
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n*********m
发帖数: 38 | 50 I think so far there may be over hundred different lysins. I am not sure
which big bull you talked about. Is it Fischetti VA? No matter whom it is,
it's understandable that some are not effective in vivo. There are several
reasons. It's possible that the plate test results are not solid. It's also
possible that the condition for in vivo is not optimized.or other reasons.
This further reminds us that we need non-biased plate-test data and find the
best condition for each step further.
发信人: desi... 阅读全帖 |
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