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h********n
发帖数: 4079 | 2 U6 is higher in cancer than normal tissue.
There is no perfect one. Try a few control and select one. |
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p********i
发帖数: 116 | 3 谢谢回复，promoter是H1或者U6在序列的设计上有差异吗？ |
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m*********n
发帖数: 56 | 4 都是Pol III promotor，但是H1比U6表达弱 |
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a********k
发帖数: 2273 | 5 花了一个小时，深深的鄙视一下自己的无聊行径！！
125 蔡亮 男 1980年11月 复旦大学 生命
科学 2007年12月毕业于[美国]北卡大学 [美国]加州大学旧金山分校 博士后
Cai L, Mostov K. Polarity is destiny. Cell. 2009 Nov 13;139(4):660-2. PubMed
PMID: 19914162; PubMed Central PMCID: PMC2900917.
Cai L, Makhov AM, Schafer DA, Bear JE. Coronin 1B antagonizes cortactin and
remodels Arp2/3-containing actin branches in lamellipodia. Cell. 2008 Sep
5;134(5):828-42. PubMed PMID: 18775315; PubMed Central PMCID: PMC2570342.
Cai L, Makhov AM, Bear JE. F-actin... 阅读全帖 |
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j*****d
发帖数: 787 | 6 this one may be not right.
i guess they two share the same name Zhao Chen.
One is working in Tianjin, another one working in Nanjin.
Correct me if I am not right. and I will delet this post.
4: Zhao C, Bellur DL, Lu S, Zhao F, Grassi MA, Bowne SJ, Sullivan LS, Daiger
SP,
Chen LJ, Pang CP, Zhao K, Staley JP, Larsson C. Autosomal-dominant retinitis
pigmentosa caused by a mutation in SNRNP200, a gene required for unwinding
of
U4/U6 snRNAs. Am J Hum Genet. 2009 Nov;85(5):617-27. Epub 2009 Oct 29.
P... 阅读全帖 |
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s**u
发帖数: 9035 | 7 发信人: shmu (shmu), 信区: Returnee
标 题: 留学生牛津"镀金"7个月 归来月薪仅1500元(ZZ)
发信站: BBS 未名空间站 (Sat Aug 27 18:35:49 2011, 美东)
留学生牛津"镀金"7个月 归来月薪仅1500元
Support NIU
文章来源: 厦门网 于 2011-08-26 20:21:12 - 新闻取自各大新闻媒体，新闻内容并不
代表本网。: Z( m2 k5 @- Q" p; q
核心提示：章涛(化名)到英国牛津大学药理学系做学术交流，每个月还能拿到当地政府
500英镑的生活补贴。可他回到厦门从事科研技术工作，每月工资仅1500。
留学镀金到底值不值？
海归求职大军据厦门网报道 眼下，不少家长正忙着张罗孩子出国留学。其中，工薪阶
层占不小的比例。
由于目前多数家庭都只有一个孩子，不少家长希望孩子学成后能回国工作。相关数据
显示，2010年，我国海归人数达50万，厦门也成为海归回国发展的热门城市。) i- k+
^! t6 x$ B
在成功留学后，海归们能否获得事业成功？他们的薪酬情况、职业生态如何？找工作
是否更有竞争... 阅读全帖 |
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s**********r
发帖数: 1120 | 8 我用SYBR做QPCR检测细胞中shRNA的表达．因为对照细胞的CT没有数值（ＮＴ），所以
只能算deltaCT,(用U6miRNA做control)．我的shRNA的CT分别是29.43,31.56, U6 CT分
别是29.84,29.74，deltaCT就分别是-0.41, 1.82，对吧？那做图的时候直接用这个数
值就行了，还是要计算2(-deltaCT)？有明白的同学给解释一下吧，非常感谢． |
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l**********1
发帖数: 5204 | 9 please go to
//www.proteinguru.com/protocols/IP%20guide2.pdf
or
//webdoc.nyumc.org/nyumc/files/parasitology/u6/UF_2002_MM.pdf
more:
//webdoc.nyumc.org/nyumc/files/sun-lab/attachments/CPCB.ch03.Cell%
20Fractionation.pdf |
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l**********1
发帖数: 5204 | 10 please go to
//www.proteinguru.com/protocols/IP%20guide2.pdf
or
//webdoc.nyumc.org/nyumc/files/parasitology/u6/UF_2002_MM.pdf
more:
//webdoc.nyumc.org/nyumc/files/sun-lab/attachments/CPCB.ch03.Cell%
20Fractionation.pdf |
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g*********5
发帖数: 2533 | 11 去年有篇cell文章作者改装plko.1表达cDNA.
他去掉u6启动子，然后装上CMV启动子和基因表达。
问题是加尾信号咋办
有人说不能有加尾信号，会中止病毒RNA的...
搞糊涂了... |
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b**********8
发帖数: 349 | 12 因为最近要用Plenti lox3.7这个载体设计shRNA,找了一些paper作参考，无意中看到这
篇paper，里面给出的shRNA序列如下
sh1, upper strand: TGNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTCAAGAGANNNNNNNNNNNNNNNNNNCTTTTTTC;
N代表反向互补的shRNA序列。问题是第二个碱基G，按照U6启动子的要求这样做没错，
但是必须也在poly T序列之前加一个互补的C碱基吗？
附上另一个shRNA表达载体的说明书，似乎不用在poly TZ之前再加多一个互补的C碱基
。到底是否必须加一个互补的C呢？请大家给点经验。
谢谢 |
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i*********0
发帖数: 915 | 13 我用的是U6 promotor 的载体，不知道能不能拿到stable 的ES cell line，我准备以
后拿这些line做定向分化用。 |
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x****u
发帖数: 530 | 14 我用的pRRL-U6-hPGK-GFP
效果还不错，可是我的细胞shRNA组成型表达后就死了。
如果你的细胞不会死的话，我倒是推荐这个载体。
到。 |
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l*******i
发帖数: 153 | 15 circulating miRNA这个基本没争议，张的文章引用率高的文章也主要是一块。
现在有争议的是“在动物体内测到有功能的植物miRNA”，注意，是有“功能”的。这
个发现是最具颠覆性的，到目前为止，也只有张辰宇实验室报道的是positive结果，而
其他几个实验室（包括孟山都）则全是negative。MITBBS上的争议也在这一方面。
就上面当事人的回应，并没有讲清楚为什么别人重复不出来，而他们则可以做出来。因
此，我建议他们可以把实验技术细节发表出来，写成像nature protocols的那样，或者
在某个合适的媒介完全公开，让反对者去重复。
另外，就作者指出的“没有qPCR raw CT values”的问题，在他们的Cell Res文章中，
他们同样也仅是show的“relative level”，没有raw CT values(除了内参U6)。核心
问题扔没有理清：动物体内的植物miRNA测不到的原因，到底是不存在，还是测序方法
有问题？如果是后者，关键问题是什么，能否详细说明一下？ |
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m******g
发帖数: 467 | 16 Nature 13.11.14
推荐：
1. A high-resolution map of the three-dimensional chromatin interactome in
human cells
3C方法（你知道4C,5C等等吗）determined over one million long-range chromatin
interactions at 5-10kb resolution.
知道有这么个资源就好，好像有不少类似产数据的paper,但是感觉physically close离
function还是有很长的距离要走（特别是本来就是连锁在一起的gene），加油~
稍微了解一下：
1. Dedifferentiation of committed epithelial cells into stem cells in vivo
看一下标题，知道有这件事情就好啦
2. RNA catalyses nuclear pre-mRNA splicing
The spliceosome is shown to catalyse splicing through th... 阅读全帖 |
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m******g
发帖数: 467 | 17 Nature 13.11.14
推荐：
1. A high-resolution map of the three-dimensional chromatin interactome in
human cells
3C方法（你知道4C,5C等等吗）determined over one million long-range chromatin
interactions at 5-10kb resolution.
知道有这么个资源就好，好像有不少类似产数据的paper,但是感觉physically close离
function还是有很长的距离要走（特别是本来就是连锁在一起的gene），加油~
稍微了解一下：
1. Dedifferentiation of committed epithelial cells into stem cells in vivo
看一下标题，知道有这件事情就好啦
2. RNA catalyses nuclear pre-mRNA splicing
The spliceosome is shown to catalyse splicing through th... 阅读全帖 |
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S*********s
发帖数: 304 | 18 非常困难。
lenti的U6 promoter表达不高。
siRNA转不进去。
也许可试试电转siRNA.
快，省时，容易,看来不太可能。 |
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c******g
发帖数: 49 | 19 可以试试psiren system，转染后cell sortingn或者mission system ，转染后获得
stable cell linesnn［在 Summerwinds (summerwinds) 的大作中提到：］n :非常困
难。n:lenti的U6 promoter表达不高。n:siRNA转不进去。n:...........n n[发自未名
空间iPhone版] |
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s******n
发帖数: 47 | 20 请教版上的大侠，
pol III 转录终止信号一般是TTTTT，现在想用U6 promoter drive shRNA 的表达，而
shRNA的最后两个核苷酸是TT， 比如hairpin的seq是这样的-AAxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx-
loop-yyyyyyyyyyyyyyyyyyyyTT-。 现在的问题是转录产物的3‘到底有几个T？ 如果转
录终止信号是TTTTT，那么 转录产物的3‘就可能不是T，因为最后的两个T会被pol III
默认为是转录终止信号的两个TT。
请问大侠，这样的转录产物到底是什么呢？
非常感谢！！ |
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j****x
发帖数: 1704 | 21 首先你需要5'的mG cap，这个是核糖体结合的识别信号对吧？U6/H1都没戏。当然你可
以搞个IRES，但是效率是个问题。polyA自己加？这个不现实吧，合并IRES，基本上就
超过POL III的理想转录本长度范围了，何必冒险呢，既然要做表达载体，这么折腾没
任何意义啊，你要的这类载体满天飞，不行几百块买一个或者直接序列合成了 |
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a****d
发帖数: 1919 | 22 H1和U6 promotor 都不能用来过表达蛋白。
FUW TetO是常用的dox inducible overexpression lentivector.这个载体有多个酶切
位点，方便subcloning。我建议sunny老师找Stanford的Wernig lab要一下。 |
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L****T
发帖数: 169 | 23 1，把shRNA质粒送去测一下序列（国内公司一般测不出来不收钱），很可能在你把质粒
带回国重新转化抽质粒过程搞混了。
2，另外，你puromycin杀了几天？有些shRNA筛选时间长了虽然细胞还耐受puromycin但
U6会被silence。
3，自己重新再做几个shRNA呗，国内引物合成便宜。 |
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C****n
发帖数: 79 | 24 这个考虑过，不过我想如果是这个话，所需要的工作和U6是一样的。得先证明我们这个
物种里的对应ortholog有活性。 |
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b******9
发帖数: 102 | 25 看你是用什么载体，有直接将oligo退火然后GoldenGate克隆的（比如张峰lab的）；也
有把整个U6 expression cassette 通过overlap PCR 或者 Gibson 拼起来插到载体里
的（比如Church lab） |
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b******9
发帖数: 102 | 26 1. Gibson assemble,这个就是设计引物的时候两个PCR片段之间（U6 expression
cassette可以分成一个固定的，一个包含 target sequence的可变的），PCR片段和载
体之间要有overlap。
2.ovrelap PCR：两个PCR片段之间有overlap，先单独扩，分别扩增完之后再用Taq酶拼
起来，记得加3%DMSO。回收完了直接连T载体。 |
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K********g
发帖数: 58 | 27 还有，构建了几个gRNA质粒，U6 Promoter 第一个不是G，要重新构建吗？THANKS |
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c****1
发帖数: 1095 | 28 有人做过lenti-CRISPR么？有没有同时用两个gRNA的？好像没看到这方面的文章。
是不是最好一个U6，一个H1？有没有现成的质粒？
多谢！！ |
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C****n
发帖数: 79 | 29 谢谢，我们这个是Diploid.
你说的问题这个也是我所纠结的地方，因为没法采用一个 well-established的系统，
比如U6 promoter。 |
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a*****i
发帖数: 2108 | 30 Diploid应该还好了。不过我们用的不是U6 promoter，是SNR52的。也许你可以做个
rtpcr看下gRNA的表达？ |
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C****n
发帖数: 79 | 31 情况是这样的。当然在我们这个物种里，我找到了U6(100多个copy，这个就很诡异)，
然后Northern blot也是有signal的，但是克隆后的promoter不work。所以我现在是基
本上give up pol III了。 |
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p******n
发帖数: 55 | 32 刚刚查了一下，看投稿日期：老施是去年10月，几个礼拜以后Nagai投，一般这种情况
有个可能是老施的论文在审稿时被reviewer漏出去了。施的1月7日早就online了，
The 3.8 Å structure of the U4/U6.U5 tri-snRNP: Insights into
spliceosome assembly and catalysis.
Wan R, Yan C, Bai R, Wang L, Huang M, Wong CC, Shi Y.
Science. 2016 Jan 29;351(6272):466-75. doi: 10.1126/science.aad6466. Epub
2016 Jan 7.
洋洋洒洒十来页长文，Nagai的文章看图有点粗糙，猜测是仓促投稿。Nature和Science
这两家也够拼的。其实Nagai毕竟去年发了5.9埃的同一个结构，这个credit会落到他头
上比较多，不过施一个spliceosome的结构足以笑傲江湖了。
我是做结构的，但从来不觉得程亦凡和施一公有什么好比的，本来就各有侧重，程从方
法出身，... 阅读全帖 |
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c********b
发帖数: 363 | 33 我做的植物细胞，在植物里面一般都是说取多少gram的叶子或者苗做起始材料，到了核
这一步不像你们那样再计数的，所以我也不知道该怎么回答。我一般放NEB的MNase，5-
10g的起始材料，拿到核以后放5000-10000 gel units。
我做RNA-IP是拿特异抗体处理，非特异抗体做negative control。如果是一般的WB，
histone和ADK kinase分别做marker。如果是RNA，就是U2或者U6。 |
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发帖数: 1 | 34 try U6 and its terminator, or H1 |
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h*****G
发帖数: 113 | 35 只要是mamalian codon optimized的Cas9就可以，最好带GFP or antibiotic
selection，这样可以sort transfected的细胞。
Cas9-2A-GFP/Puro-U6/H1-gRNA的最好。
对于knock-in cassette, 如果你只是single or a few nucleotide mutation, 那么
最方便的应该是直接order single stranded DNA, 长度 ～ 100 nt. Homology arms >
40 nt 就足够了。
如果是要knockin比较大的insert，比如说GFP reporter，那么可以需要克隆到质粒上,
homology arm > 500 bp，就可以了。可以有antibiotic selection，也可以不用，取
决于你的效率。 效率低的情况用antibiotic selection，之后还需要一个step，用cre
-loxp把antibiotic selection cassette给去掉，否则在很多情况下会影响你gene的表
达。
在两种情况都要... 阅读全帖 |
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t******s
发帖数: 378 | 36 11月18日，清华大学研究生特等奖学金评选结果公示，其中医学院直博生万蕊雪在本科
毕业三年内以第一作者身份在《Science》上发表5篇文章的成绩吸引了大量关注。报道
中“学霸”“牛人”和“大神”等描述频出，那么到底她是“骨骼清奇”还是有“高人
指点”？小研专访万蕊雪，带你揭开学神背后的秘密！
2015年9月11日
两篇阐释生命大分子剪接体结构的文章以杂志当期封面的形式，“背靠背”发表在国际
顶尖期刊《Science》上，震惊了学术界。
2016年1月8日
施一公教授研究组在《Science》就剪接体的结构与机理研究再发长文，题为《U4/U6.
U5 三小核核糖核蛋白复合物3.8埃的结构：对剪接体组装及催化的理解》。
2016年7月22日
施一公教授研究组获取了剪接体激活和剪接反应催化过程中两个重要状态的剪接体复合
物，成果再次“背靠背”发表在国际顶尖期刊《Science》上的新闻又刷爆朋友圈。
90后女孩、2016年清华大学研究生特等奖学金得主万蕊雪是这五篇《Science》论文的
共同第一作者。很难想象，三年前，她初次进入施一公课题组时，曾觉得自己“笨到家
了”。
“我觉得自己笨到... 阅读全帖 |
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j***h
发帖数: 4412 | 37 标题: Civil Engineering土木工程申请讨论集中营
作者: dainytracy 时间: 2008-12-26 13:07
首先抱怨一下，工程类这个区的人气还真是，所以借鉴寄托一同仁的做法，只好把这个
帖子改头换面
了 , 因为本人准备申请工程类的版主，而没有工程类的精华帖子，特开此帖，方便同
仁参与讨论，
并且本人会try my best为广大土木同胞答疑解惑，希望得到大家的支持，以通过此帖
的精华设
置。
另外，如果大家愿意的话，报下自己的AD或OFFER或Rej吧～;
[ 本帖最后由 dainytracy 于 2008-12-28 00:54 编辑 ]
作者: zyrbn 时间: 2008-12-26 21:43
和LZ一个方向哦，暂时只拿了英国cardiff的，继续等待加国的decisions
作者: ccdtz 时间: 2008-12-26 22:19
我也civil的， 报个道
作者: hopefulli 时间: 2008-12-26 22:26
嘛，被归类为civil了，报道。
作者: 无乐不作 时间: ... 阅读全帖 |
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p*******g
发帖数: 2976 | 38 【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
发信人: albertsmwk (.)(.), 信区: Biology
标 题: 第一批“青年千人计划”生物类@publication列表@
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Aug 18 15:04:16 2011, 美东)
花了一个小时，深深的鄙视一下自己的无聊行径！！
125 蔡亮 男 1980年11月 复旦大学 生命
科学 2007年12月毕业于[美国]北卡大学 [美国]加州大学旧金山分校 博士后
Cai L, Mostov K. Polarity is destiny. Cell. 2009 Nov 13;139(4):660-2. PubMed
PMID: 19914162; PubMed Central PMCID: PMC2900917.
Cai L, Makhov AM, Schafer DA, Bear JE. Coronin 1B antagonizes cortactin and
remodels Arp2/3-containing actin branche... 阅读全帖 |
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h*******e
发帖数: 68 | 39 ☆─────────────────────────────────────☆
GoooG (FBI) 于 (Tue Apr 3 19:28:37 2007) 提到:
how to test a null hypothesis
such as:
h0: u1=u2=u3=u4 AND u5<>u6
<> means 'not equal'
☆─────────────────────────────────────☆
oloolo (老了) 于 (Tue Apr 3 20:00:21 2007) 提到:
may be a LR test?
correct me if wrong
☆─────────────────────────────────────☆
newkids (waiting for godot) 于 (Tue Apr 3 22:45:14 2007) 提到:
h0: Lb=m
L=(1 1 1 1 0 0; 0 0 0 0 1 1)
m=(0;a)
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m****s
发帖数: 18160 | 40 ☆─────────────────────────────────────☆
mitbbs (未名空间) 于 (Fri Jan 20 20:13:05 2012, 美东) 提到:
各位网友，
mitbbs 全体工作人员给大家拜年了!中国新年-龙年即将来到，mitbbs全体工作人员祝
大家新年快乐，新年家庭美满，工作顺利，事事顺心，财源滚滚来...
mitbbs 会按国家规定，放年假，与家人欢聚，与朋友叙旧。
故放假期间，有一些事务会推迟到年后进行处理，请大家理解。
谢谢您们一直一来对未名空间的支持与厚爱。
（PS：请大家回复此帖，并写下新年祝福语，留言的网友mitbbs都会发放 龙年拜年饺
子，年后一并发放）
mitbbs 站务组
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DUV (毒物) 于 (Fri Jan 20 20:23:43 2012, 美东) 提到:
祝福站务
祝福自己
龙年更上一层楼！
☆─────────────────────────────────────☆
BUV (yaz无耻，欠债不还) 于 ... 阅读全帖 |
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m****s
发帖数: 18160 | 41 成功奖励 10 伪币的用户: DUV, BUV, EUV, wxx033000, Unstoppable, iForpus,
blueforpus, xiangmoni, bamboo2000, tempuser, peipei2008, Joyapple, caoyu,
pepsifan2, bigbread, kqsm, goldmetal, kaylaxu, alovely, Ametc9, yym, faniu,
Grad, LOV, moneybull, sioc, ladyred, xhzhou, donthurtme, wetpoet, miluo,
mihu, tellmenot, minibread, mmengg, Orcus, daolang, chrisfly, Ann, zhijier,
meiguohuaren, lisafly, softknife, donttell, cressida, Rosmarinus, FIBA,
alliah, woa, hateorlove, meflying, netll, faner, lxinzheng, Fundin... 阅读全帖 |
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U*********r
发帖数: 5610 | 42 我吹的第一场比赛我现在还记得。
是2003年3月，吹U6（under 6 years old)的比赛，四对四。规则是任意球如果直接踢
进门里不算进球。好象是踢四节，每节10分钟。我跑得很勤快，经常比球跑得还快。很
快比赛就结束了，我自我感觉挺好的，原来吹裁判这么简单啊？
那个Youth League的负责裁判工作的大哥过来恭喜了我一番，同时给我了一点feedback
.他说他很高兴看到当一方把任意球直接罚进对方门里之后，我正确地判了被进球方开
球门球，进球无效。但是，我吹哨子的声音太弱，只有某方进球之后我的哨子吹得最响
。其实如果是很明显的进球，裁判是不需要吹哨的，只要手指向中圈就可以了。我晃然
大悟，心里很感谢这大哥。
大家喜欢踢球的，下次如果有比较正式的比赛，可以注意一下吹裁判的哥们到底会不会
吹：
1) 吹哨的力气够不够
2)（很明显的）进球之后有没有吹哨
他是我读书那所大学的一个技术员，结了婚没有小孩，他老婆也特耐丝，有一次我搭他
们的顺风车到60麦以外的一个镇吹了一天的tournament,回来的路上我突然小腿抽筋，
痛苦得不行。当时是他老婆开车，他坐在副驾驶的位置，我和另外... 阅读全帖 |
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A****T
发帖数: 3501 | 43 哈哈，U6。话说我一个朋友的小孩6岁学足球，还邀请我去当教练。说，不难，有手册
，照着教就行。裁判却这么正式 。
feedback |
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U*********r
发帖数: 5610 | 44 碰上我比较认真而已。很多这种级别的比赛都让十三,四岁的小屁孩吹了.
哈哈，U6。话说我一个朋友的小孩6岁学足球，还邀请我去当教练。说，不难，有手册
，照着教就行。裁判却这么正式 。
feedback |
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X*****s
发帖数: 2767 | 45 By Michael Sedacca Jun 28, 2013 3:50 pm
Another extremely volatile week continued where we left off last week. The S
&P 500 (INDEXSP:.INX) traded in the very large range of 1560-1620 and US
Treasuries were subject to intense volatility throughout the week with one
buyer or seller enough to move the 10-year yield more than five basis points
. In fact, the Merrill-Lynch Treasury Options Volatility index (MOVE), or
the bond market's version of the VIX (INDEXCBOE:VIX), peaked at 110.98 on
Monday aft... 阅读全帖 |
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w****2
发帖数: 12072 | 46 中国的反导工程/反导计划
（直接从网页上拷贝粘贴的，一些网页上不可见字符也贴进来了，地方太多不能一一删
除，不好意思）
其实早在很久以前我们国家就进行过多次反导反卫星研究和试验了.
以下内容来源于网易某位版主的博客,现在那位版主的博客不知为何被关闭了,幸好我截
留下了这些资料,
现在在此发上来让大家一起回顾一下过去毛泽东时代的反导反卫星计划.
中国的导弹防御计划与卫星战计划在时间上，分为三个阶段：
; t d5 Z; p0 [" E
1.60年代的640工程。
2.80年代的863计划，主要进行基础技术的可行性论与技术储备。
3.面对美国的TMD与NMD的威胁，现阶段主要进行对抗美国导弹防御计划的可行性论
与方案规划。显然，当时的中国力有不济，一个原子弹估计已经用掉
200亿人民币，国家的资源配置捉襟见肘，但是考虑到当时的国家安全，提出设想令人
佩服。里根的星球大战，也是不现实的，但是美国人现在对里根推崇备至。
1967年1月，召开"640"工程会议，确定5个分系统代号、各研究单位与全系统的研
制，加快反导靶场与反导核弹头的研制。计划1973年--1975年试验。]
196... 阅读全帖 |
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b****f
发帖数: 1692 | 47 我们是shin guard 是required, cleat是recommanded. 我看儿子当年踢，u5, u6的小
朋友都没穿。 |
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