l**********1
发帖数: 5204 | 1 If Human
try Netpath
//www.netpath.org/
if mouse or rat
try David
//idconverter.bioinfo.cnio.es/
Protein Level
SwissProt
Taken from Ensembl Embl
Taken from Ensembl PDB id
Taken from Ensembl IPI
Taken from Ensembl
OMIM*
Taken from Ensembl
GO
Taken from Ensembl KEGG Pathways
Taken from KEGG Reactome Pathway
Taken from Reactome Reactome Reaction
Taken from Reactome
PubMed id
Taken from NCBI
or
//david.abcc.ncifcrf.gov/conversion.jsp
if crop ... 阅读全帖 |
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G***G
发帖数: 16778 | 2 我做了一个pathway analysis的网站。用户输入一组基因，就可以知道哪些pathway
是enriched的。
这片文章刚刚也录用了。
现在的问题是，老板跟学校的一个校长介绍了这个网站。周五校长要和我们讨论
这个网站商业化的问题。
关键问题：1）可不可能商业化？2）我愿不愿意商业化。
请问我该如何回答呢？
我的网站目前是纯学术目的的。用到了很多免费的公用的数据库（这些不是我创建的）
比如KEGG，biocarta， reactome等。
所以是不是不能商业化？要是商业化的话，我需要买他们的license？
另外一个问题，商业化对我有什么好处？学校会给我投资吗？ |
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l**********1
发帖数: 5204 | 3 LZ pls go to
//idconverter.bioinfo.cnio.es/
then bottom
Functional Level
click it or those icons
then go go go
KEGG Pathways
Reactome Pathway
original post:
http://www.mitbbs.com/article_t/Biology/31649343.html
9th floor
ps: BAO ZI two= W-E-I B-I 20 please? |
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B****m
发帖数: 63 | 4 同意cooldog的观点。其实上游的分析手段都一样的，也是最快的一步。但是到基因列
表之后，bioinfomatician能做的就很有限了，我们做生物的人要查找文献、围绕自己
关注的课题对结果进行解释，这是最困难的过程。
所以建议楼主先把结果拿到，进行下游的结果分析，等你把文章发表了，可以再回头学
习上游的数据分析技术。
下游的生物学分析，你可能要用的软件和工具：cytoscape（安装ClueGO，reactome
FIs等插件）、KEGG、DAVID等。如果你用excel不能做出你想要的图，这时候你要使用R
来作图。如果你想画出你的模型示意图，应该用inkscape。 |
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a******e
发帖数: 119 | 5 RT, 我想从reactome或者kegg（其他的database也可以）下载human 所有的pathways以
及每个pathway所包含的genes。 请问这个应该如何批量下载？ 谢谢！ |
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