c****r
发帖数: 199 | 1 想统计microarray里拿到的基因属于那些pathway，有什么软件或者website好
用？另外我的数据取自两个不同的time points, 有什么办法能统计两组基因有多少
overlap。 |
N******n
发帖数: 3003 | 2
R or its website， Gostats google.
library(GOstats)
library("hgu95av2.db")
GO enrichment
KEGG enrichment.
【在 c****r 的大作中提到】
: 想统计microarray里拿到的基因属于那些pathway，有什么软件或者website好
: 用？另外我的数据取自两个不同的time points, 有什么办法能统计两组基因有多少
: overlap。
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l**********1
发帖数: 5204 | 3 LZ pls go to
//idconverter.bioinfo.cnio.es/
then bottom
Functional Level
click it or those icons
then go go go
KEGG Pathways
Reactome Pathway
original post:
http://www.mitbbs.com/article_t/Biology/31649343.html
9th floor
ps: BAO ZI two= W-E-I B-I 20 please?
【在 c****r 的大作中提到】
: 想统计microarray里拿到的基因属于那些pathway，有什么软件或者website好
: 用？另外我的数据取自两个不同的time points, 有什么办法能统计两组基因有多少
: overlap。
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c****r
发帖数: 199 | 4 谢谢楼上的两位。三楼推荐的website看上去很好用，可惜我的organism不在里头。 ：
（（（（（ |
c****r
发帖数: 199 | |
b**********D
发帖数: 145 | 6 David Gene ID Conversion Tool
http://david.abcc.ncifcrf.gov/conversion.jsp
【在 c****r 的大作中提到】
: 谢谢楼上的两位。三楼推荐的website看上去很好用，可惜我的organism不在里头。 ：
: （（（（（
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j*p
发帖数: 411 | 7 BioVenn - a web application for the comparison and visualization of
biological lists using area-proportional Venn diagrams
http://www.cmbi.ru.nl/cdd/biovenn/
David GoTerm 可以做KEGG Pathway，upload gene list 即可。
另外，pathway也可以try IPA
https://apps.ingenuity.com/ingsso/login?service=https%3A%2F%2Fanalysis.
ingenuity.com%2Fpa%2Fj_spring_cas_security_check
不过IPA 要收钱 |
l**********1
发帖数: 5204 | 8 BAOZI got it
Merci
【在 c****r 的大作中提到】
: 唉，能千青就美了。不管怎样，还是谢谢拉。
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l**********1
发帖数: 5204 | 9 then LZ can try this one:
agriGO if your target are plant or pork etc.
links:
//bioinfo.cau.edu.cn/agriGO/index.php
and
//bioinfo.cau.edu.cn/agriGO/FAQ.php
【在 c****r 的大作中提到】
: 谢谢楼上的两位。三楼推荐的website看上去很好用，可惜我的organism不在里头。 ：
: （（（（（
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B****n
发帖数: 22 | 10 找这么一个东西找了很久了,
非常感谢
【在 j*p 的大作中提到】
: BioVenn - a web application for the comparison and visualization of
: biological lists using area-proportional Venn diagrams
: http://www.cmbi.ru.nl/cdd/biovenn/
: David GoTerm 可以做KEGG Pathway，upload gene list 即可。
: 另外，pathway也可以try IPA
: https://apps.ingenuity.com/ingsso/login?service=https%3A%2F%2Fanalysis.
: ingenuity.com%2Fpa%2Fj_spring_cas_security_check
: 不过IPA 要收钱
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l**********1
发帖数: 5204 | 11 Sure plus one paper from CA(gri)U
Yang R et al.(2010)
Analyzing circadian expression data by harmonic regression based on
autoregressive spectral estimation.
Bioinformatics. 26:i168-74.
PubMed link:
//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20529902
and
its Fig. 6.
Area-proportional Venn diagram addresses the predictive power
of three algorithms for identifying Arabidopsis circadian-regulated genes.
The microarray data were originally analyzed by COSOPT in the study of
Edwards et al. (2006), and scored 3504 genes as rhythmic (pMMC-β<0.05).
A total of 4929 genes were identified by ARSER (FDR q<0.05), while
only 536 were found by Fisher’s G-test (FDR q<0.05). Venn diagram was
generated by BioVenn tool (Hulsen et al., 2008).
and R package tool and Python soft:
ARSER
patterns>
link:
//bioinformatics.cau.edu.cn/ARSER/
more pls go to
//bioinformatics.cau.edu.cn/links.htm
【在 B****n 的大作中提到】
: 找这么一个东西找了很久了,
: 非常感谢
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