r**********e
发帖数: 587 | 1 现在要做一个实验：研究g－quadruplex对transcription的影响
我的设计大概是：
pcr product为template，加入kcl，95度，然后cool overnight；从而加强g－
quadruplex的结构
然后用上面的产物，做in vitro transcription，然后检测最后的rna yield
1. 不知道有没有这种做法的。
2. 我应该用多少pcr product作为template呢？
研究g－quadruplex一般用4-10uM的oligo，加入100mM kcl。。。貌似4-10uM的oligo大
概也是700ng/ul，我觉得我的pcr 产物都达不到这么高的浓度 |
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r**********e
发帖数: 587 | 2 对照组的话，我是比较不同长度的G4，比如5个G4和10个G4的区别
RNA yield，我就是In vitro transcription，然后用bio-spin column purify RNA，
去除比如single nucleotide；然后直接nano-drop来测量。不知道nanodrop行不行？
另外，关于初始浓度
文献上是30nt的oligo，用100mM KCL 稀释成4uM；
而我的pcr 产物有300nt，那么是不是使用的浓度直接是 （30nt * 4uM）/ 300nt = 0.
4uM就可以了？
也就是，我的pcr 产物直接用100mM KCL稀释成0.4uM？
换句话说，还是看最后的质量浓度 ng/ul ？长度长的template，molecular weight大
，需要的摩尔浓度低
关键是，我不知道如何搭配DNA vs KCL的浓度，来获得一个induce g-quadruplex最好
的环境，所以只能根据已有的文献进行换算 |
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A********e
发帖数: 354 | 4 【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
发信人: albertsmwk (.)(.), 信区: Biology
标 题: 第一批“青年千人计划”生物类@publication列表@
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Aug 18 15:04:16 2011, 美东)
花了一个小时，深深的鄙视一下自己的无聊行径！！
125 蔡亮 男 1980年11月 复旦大学 生命
科学 2007年12月毕业于[美国]北卡大学 [美国]加州大学旧金山分校 博士后
Cai L, Mostov K. Polarity is destiny. Cell. 2009 Nov 13;139(4):660-2. PubMed
PMID: 19914162; PubMed Central PMCID: PMC2900917.
Cai L, Makhov AM, Schafer DA, Bear JE. Coronin 1B antagonizes cortactin and
remodels Arp2/3-containing actin branche... 阅读全帖 |
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p*******g
发帖数: 2976 | 5 【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
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Cai L, Mostov K. Polarity is destiny. Cell. 2009 Nov 13;139(4):660-2. PubMed
PMID: 19914162; PubMed Central PMCID: PMC2900917.
Cai L, Makhov AM, Schafer DA, Bear JE. Coronin 1B antagonizes cortactin and
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t******e
发帖数: 196 | 6 也想请大家帮帮忙，给推荐一下审稿的机会。
关键词是: phosphoramidite 的合成， 寡核苷酸/修饰寡核苷酸的合成 （液相，固相
），纯化 （small scale, large scale），鉴定，结构及杂质分析 (UPLC, HPLC,
MALDI, LC-MS, UV, CD...)，荧光探针，quadruplex的形成/分析/生物应用，树状分子
设计。
及oligonucleotide cholesterol conjugates, oligonucleotide peptide conjugates
, triphosphate oligonucleotide的合成。
请大牛们帮帮忙推荐一下！有可能的话，请站内联系。
包子答谢！ |
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O***n
发帖数: 13127 | 7 【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
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Cai L, Mostov K. Polarity is destiny. Cell. 2009 Nov 13;139(4):660-2. PubMed
PMID: 19914162; PubMed Central PMCID: PMC2900917.
Cai L, Makhov AM, Schafer DA, Bear JE. Coronin 1B antagonizes cortactin and
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a********k
发帖数: 2273 | 9 花了一个小时，深深的鄙视一下自己的无聊行径！！
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Cai L, Mostov K. Polarity is destiny. Cell. 2009 Nov 13;139(4):660-2. PubMed
PMID: 19914162; PubMed Central PMCID: PMC2900917.
Cai L, Makhov AM, Schafer DA, Bear JE. Coronin 1B antagonizes cortactin and
remodels Arp2/3-containing actin branches in lamellipodia. Cell. 2008 Sep
5;134(5):828-42. PubMed PMID: 18775315; PubMed Central PMCID: PMC2570342.
Cai L, Makhov AM, Bear JE. F-actin... 阅读全帖 |
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r**********e
发帖数: 587 | 10 在用psicheck2这个dual luciferase研究我的5‘UTR的SNP对于基因表达的影响；
Renilla和Firefly都是在一个plasmid上的，但被两个不同的promoter驱动。5’UTR放
在Renilla前面，而Firefly作为internal control可以控制sample amount之类的因素
Plasmid1: PromoterA---5'UTR-SNP1---Renilla---PromoterB---Firefly
Plasmid2: PromoterA---5'UTR-SNP2---Renilla---PromoterB---Firefly
现在的问题是，我用“同样量”的Plasmid1和Plasmid2来转染，也是大致“同样数量”
的细胞，可总是发现Plasmid1的Firefly level总是Plasmid2的两倍多；换句话说，我
觉得我作为internal control的Firefly也受到SNP的影响。
另外，其实我的这个5'UTR是类似G-quadruplex的区域，大概2KB（占了整个plasmid的1
/4），我很肯定... 阅读全帖 |
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r**********e
发帖数: 587 | 11 请教有人熟悉Circular dichroism吗？
我打算用Circular dichroism来研究DNA G-quadruplexes
我看paper很多人都是对比如（ATATAT)n 这样的probe进行研究
我现在是想对一段900bp的DNA进行研究，用CD Spectra可行吗？
另外不知道这个CD难不难做？有没有啥公司或者core帮着做？
谢谢 |
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发帖数: 1 | 12 Collie GW, Parkinson GN. (2011) The application of DNA and RNA G-
quadruplexes to therapeutic medicines.
Chem Soc Rev. 2011 Dec;40(12):5867-92
非常感谢！ |
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发帖数: 1 | 13
PCR产物要多少有多少吧。你这个实验对照是啥，不行成G4的PCR产物？
RNAyield怎么检测？同位素？ |
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y***o
发帖数: 416 | 15 Dalton Trans., 2010, 39, 7214 - 7216, DOI: 10.1039/c0dt00211a
1,10-Phenanthroline platinum(II) complex: a simple molecule for efficient G-
quadruplex stabilization
Jin-Tao Wang, Xiao-Hui Zheng, Qing Xia, Zong-Wan Mao, Liang-Nian Ji and Kui
Wang
Please email to x********[email protected]. Thanks. |
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t******e
发帖数: 196 | 16 也想请大家帮帮忙，给推荐一下审稿的机会。
关键词是: phosphoramidite 的合成， 寡核苷酸/修饰寡核苷酸的合成 （液相，固相
），纯化 （small scale, large scale），鉴定，结构及杂质分析 (UPLC, HPLC,
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谢谢！ |
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p*******g
发帖数: 2976 | 17 【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
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