y*****6
发帖数: 88 | 1 哪里可以买到非常纯的nucleotides 或者nucleotides standards? 谢谢！ |
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g*********d
发帖数: 233 | 2 1. Mutant Substitutions at Linked Nucleotide Sites.
Watterson, G A
ADV. APPL. PROB. Vol. 14, no. 2, pp. 206-224. 1982
Approximate results are obtained for the probability distribution of the
number of mutant substitutions over a given number of generations. The
distribution is a compound Poisson distribution havign a variance which
is greater than the mean. The substitutions occur in clusters. The most
extreme case of clustering is studied in this paper, which assumes that
there is no recombina... 阅读全帖 |
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t*********1
发帖数: 418 | 4 I am trying to clone a promoter sequence to a Vector. Now I have a question
on designing primers. I want to add a restriction enzyme at the end of each
primer, and I also heard that it is better to add a few bp around the
restriction enzyme for it to be cleaved. Does anyone know where I can find
such information on which nucleotide to be added to different restriction
enzyme?
(I read New England catalog book and did not find such information.)
Thank you! |
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h******1
发帖数: 50 | 5 Ref. 1 7102347; Journal; Cappellacci, L.; Franchetti, P.; Vita, P.;
Petrelli, R.; Grifantini, M.; NNNAFY; Nucleosides, Nucleotides and Nucleic
Acids; English; 27; 5; 2008; 460 - 468; DOI: 10.1080/15257770802088787;
ISSN: 1525-7770.
Thanks a lot! |
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C*I
发帖数: 4736 | 6 一直在误导，现在还在误导。 说说明corona virus 不可以从蝙蝠直接传染给人，必须
经过一个中间宿体性的其它动物才能传染给人。所以，病毒发生后，就故意误导全国人
民去海鲜市场找证据，找其它野生动物的麻烦。 而且还是病毒所去找的，找完了还装
模做样化验呀，分离呀什么的。最后把责任全部推给了海鲜市场的动物。可是那种动物
，一直不敢说，说了其它相关已经在人就会去早那种动物监测。 所以压根不说，打马
虎眼。
事实上，早在2013 年，就是这个武汉病毒研究所，已经从来自云南的蝙蝠身上所携带
的corona virus中分离出第一株蝙蝠SARS类似样的冠状病毒的活病毒，其中就包含了类
似于S类型的基因。从而证实这株病毒能够使其接受和SARS病毒相同的受体，并能够感
染人的细胞。对此新发现，武汉病毒所还把它以武汉病毒研究所的英文简称命名“WIV1
”，以彰显这一发现的重要价值和属于自己第一个发现的巨大研究成果。这个成果刊载
于2013年11月的《自然》杂志。
就是说，从云南弄回来的这种蝙蝠所携带的类似于sars的 corona virus， 可以不经过
其它受体/宿体，而直接传染给人。 他们... 阅读全帖 |
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C*I
发帖数: 4736 | 7 一直在误导，现在还在误导。 说说明corona virus 不可以从蝙蝠直接传染给人，必须
经过一个中间宿体性的其它动物才能传染给人。所以，病毒发生后，就故意误导全国人
民去海鲜市场找证据，找其它野生动物的麻烦。 而且还是病毒所去找的，找完了还装
模做样化验呀，分离呀什么的。最后把责任全部推给了海鲜市场的动物。可是那种动物
，一直不敢说，说了其它相关已经在人就会去早那种动物监测。 所以压根不说，打马
虎眼。
事实上，早在2013 年，就是这个武汉病毒研究所，已经从来自云南的蝙蝠身上所携带
的corona virus中分离出第一株蝙蝠SARS类似样的冠状病毒的活病毒，其中就包含了类
似于S类型的基因。从而证实这株病毒能够使其接受和SARS病毒相同的受体，并能够感
染人的细胞。对此新发现，武汉病毒所还把它以武汉病毒研究所的英文简称命名“WIV1
”，以彰显这一发现的重要价值和属于自己第一个发现的巨大研究成果。这个成果刊载
于2013年11月的《自然》杂志。
就是说，从云南弄回来的这种蝙蝠所携带的类似于sars的 corona virus， 可以不经过
其它受体/宿体，而直接传染给人。 他们... 阅读全帖 |
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C*I
发帖数: 4736 | 8 Published: 30 October 2013
Isolation and characterization of a bat SARS-like coronavirus that uses the
ACE2 receptor
Xing-Yi Ge, Jia-Lu Li, Xing-Lou Yang, Aleksei A. Chmura, Guangjian Zhu,
Jonathan H. Epstein, Jonna K. Mazet, Ben Hu, Wei Zhang, Cheng Peng, Yu-Ji
Zhang, Chu-Ming Luo, Bing Tan, Ning Wang, Yan Zhu, Gary Crameri, Shu-Yi
Zhang, Lin-Fa Wang, Peter Daszak & Zheng-Li Shi
Nature volume 503, pages535–538(2013)Cite this article
Abstract
The 2002–3 pandemic caused by severe acute respirator... 阅读全帖 |
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s****l
发帖数: 10462 | 9 有人愿意讨论这里面提及的测序技术吗？优缺点，可行性，第一手经验等等
这里面谁现在是赢家很清楚，但是可见的将来和更远的将来谁会赢？
http://cen.acs.org/articles/92/i33/Next-Gen-Sequencing-Numbers-
全文拷贝如下
试试看图能不能贴上
/1407973177171.jpg
/1408028636124.jpg
OVER STORY
Next-Gen Sequencing Is A Numbers Game
As technical and cost barriers fall, instrument firms move their systems
into research and clinical markets
By Ann M. Thayer
Department: Business
Keywords: instrumentation, gene sequencing, diagnostics, genomics, cancer
[+]Enlarge
09233-cover-Openercxd_17647969-690
A... 阅读全帖 |
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j*****9
发帖数: 716 | 10 http://scienceblogs.com/webeasties/2010/12/guest_post_arsenate-based_dna.php
In the wake of the NASA excitement over the new arsenic study, and my
promise to give a detailed review of the paper itself, I have recruited a
colleague with strong opinons about the work, a solid chemistry and
microbiology background, and "Dr." in front of his name to share his
analysis. I will be posting have posted my personal and less-technical take
on the whole thing soon, so stay tuned as well.
Dr. Alex Bradley u... 阅读全帖 |
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w********2
发帖数: 632 | 11 Anomalous nucleotide composition
HGT inferred from anomalous nucleotide composition is based on the premise
that genomes evolve to species- specific values due to replication,
transcription and trans- lation biases, variations in nucleotide and amino
acid pools, and different DNA repair preferences. Thus, if codon usage, GC
content or oligonucleotide signatures differ significantly from the mean for
a given genome, then HGT may be invoked (Dufraigne et al., 2005; Hooper and
Berg, 2002; Kanaya et... 阅读全帖 |
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C*I
发帖数: 4736 | 12 最近这些天，lubbock一直拼命宣传病毒不是武汉所泄露出来的，明说暗示可能是美国
人投的毒。因此，刻意从bioRxiv上找来了一个matthew wong的未经正式发表preprint
的paper来佐证。说蝙蝠病毒不是新冠状病毒的initial病毒，穿山甲所带的冠状病毒才
是这次武汉病毒的原始宿主。为此，接二连三的在买买提开贴，带领一帮大小男女五毛
，乎着号子制造舆论风潮，误导视听，百般为病毒所解脱。
既然lubbock过来过去都是这个什么马来西亚人matthew wong的论文，那我们就看看这
matthew wong到底是个什么人物了。
按照bioRxiv的公开介绍，这watthew wong，只是一个大学本科/bs的学生，既没有硕士
学位，也不是phd candidate, 而是在 Alkek Center for Metagenomics and
Microbiome Research, Department of Molecular Virology and Microbiology,
Baylor College of Medicine上学或者工作。
至于他对新冠病毒的... 阅读全帖 |
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C*I
发帖数: 4736 | 13 lubbock34，又名“胡汉三又回来了”，从名字判断，其年龄在53岁以上，职业应当是
个5毛。因为其马甲连续系列被多少穿戴使用，难说不是个5毛团伙。
最近这些天，lubbock一直拼命宣传病毒不是武汉所泄露出来的，明说暗示可能是美国
人投的毒。因此，刻意从bioRxiv上找来了一个matthew wong的未经正式发表preprint
的paper来佐证。说蝙蝠病毒不是新冠状病毒的initial病毒，穿山甲所带的冠状病毒才
是这次武汉病毒的原始宿主。为此，接二连三的在买买提开贴，带领一帮大小男女五毛
，乎着号子制造舆论风潮，误导视听，百般为病毒所解脱。
既然lubbock过来过去都是这个什么马来西亚人matthew wong的论文，那我们就看看这
matthew wong到底是个什么人物了。
按照bioRxiv的公开介绍，这watthew wong，只是一个大学本科/bs的学生，既没有硕士
学位，也不是phd candidate, 而是在 Alkek Center for Metagenomics and
Microbiome Research, Department of Mole... 阅读全帖 |
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C*I
发帖数: 4736 | 14 lubbock34，又名“胡汉三又回来了”，从名字判断，其年龄在53岁以上，职业应当是
个5毛。因为其马甲连续系列被多少穿戴使用，难说不是个5毛团伙。
最近这些天，lubbock一直拼命宣传病毒不是武汉所泄露出来的，明说暗示可能是美国
人投的毒。因此，刻意从bioRxiv上找来了一个matthew wong的未经正式发表preprint
的paper来佐证。说蝙蝠病毒不是新冠状病毒的initial病毒，穿山甲所带的冠状病毒才
是这次武汉病毒的原始宿主。为此，接二连三的在买买提开贴，带领一帮大小男女五毛
，乎着号子制造舆论风潮，误导视听，百般为病毒所解脱。
既然lubbock过来过去都是这个什么马来西亚人matthew wong的论文，那我们就看看这
matthew wong到底是个什么人物了。
按照bioRxiv的公开介绍，这watthew wong，只是一个大学本科/bs的学生，既没有硕士
学位，也不是phd candidate, 而是在 Alkek Center for Metagenomics and
Microbiome Research, Department of Mole... 阅读全帖 |
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C*I
发帖数: 4736 | 15 lubbock34，又名“胡汉三又回来了”，从名字判断，其年龄在53岁以上，职业应当是
个5毛。因为其马甲连续系列被多少穿戴使用，难说不是个5毛团伙。
最近这些天，lubbock一直拼命宣传病毒不是武汉所泄露出来的，明说暗示可能是美国
人投的毒。因此，刻意从bioRxiv上找来了一个matthew wong的未经正式发表preprint
的paper来佐证。说蝙蝠病毒不是新冠状病毒的initial病毒，穿山甲所带的冠状病毒才
是这次武汉病毒的原始宿主。为此，接二连三的在买买提开贴，带领一帮大小男女五毛
，乎着号子制造舆论风潮，误导视听，百般为病毒所解脱。
既然lubbock过来过去都是这个什么马来西亚人matthew wong的论文，那我们就看看这
matthew wong到底是个什么人物了。
按照bioRxiv的公开介绍，这watthew wong，只是一个大学本科/bs的学生，既没有硕士
学位，也不是phd candidate, 而是在 Alkek Center for Metagenomics and
Microbiome Research, Department of Mole... 阅读全帖 |
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k****o
发帖数: 728 | 16 一个Proteomics/Genomics 方面的open access journal，我正在handle一个稿子，需
要寻找几个reviewers。文章title/abstract如下。杂志也不是多好，但也能派上用场
。感兴趣的可站内联系，我需要尽快发出邀请，已经拖了几天了。
请给出name, institute, position, email, expertise, and representative
publications related to this manuscript.
Article Title : Classification of non-animals and invertebrates based on
amino acid composition of complete mitochondrial genomes
Abstract :
Amino acid compositions were predicted from data sets of 47 non-animal and
58 invertebrate animal complete mit... 阅读全帖 |
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J*****3
发帖数: 4298 | 17 笑死我了，还来玩黑白颠倒的吗？
我给你全文吧，这么撒谎的话，是耶稣教的吗？撒谎神不喜悦
这篇文章是基督教手册用来歪曲人类进化不成立的，是JAMES给我了文章的一个LINK，但是文章看不全，我根据作者名字找到了全文，也读了，发现，文章根本没有说进化不成立，他们断章取义，黑白颠倒地撒谎。我BS这种恶心的行为。
“5、大概在97年，一个著名的非基督徒考古学家，在非洲发现的所谓人类化石，把一
直以来公认的人类进化顺序，猿人——直立人——能人——智人，给彻底推翻了。目前
人类进化链条重新归零，变为空白。”
原文
http://news.nationalgeographic.com/news/2010/05/100506-science-
翻译：
“Even if the new result doesn't quite settle the debate about whether
Neandertals mixed with modern humans, it does underscore how different they
were from our own lineage. And t... 阅读全帖 |
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c*******d
发帖数: 192 | 18 这几天看了toptip的高通量DNA测序技术在生物学研究中的应用,,受益匪浅.. 俺们实验
室的研究也focus这种应用..所以平时也作了很多数据分析.. 这里比较一下两种测序的
平台(solid和solexa),,相关的软件,,也讨论一下他们的应用.. 本人经验有限,,本文权
当抛砖引玉,,希望各位大侠多多指教:
1. raw sequence 编码
SOLiD: Solid采用color-coded序列输出. 所以输出的序列除了首位以外,,都是数字(0-
3). 没两位编码一个nucleotide.. T0132123. 然后根据一个编码表,,可以转换成
nucleotide序列.
Solexa: 输出采用nucleotide编码, 不需要任何转换..
2. yield
两种测序技术每个单位的yield都在15M左右 (最近一次solexa平均yield约20M per
Lane).. 好像solid是spot,, solexa叫lane..solid每次可以测8个spot,, solexa每次
可以测序8个lane.. 所以从raw输出的数量来说,,两个没有大的差别..
3. S |
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l**********1
发帖数: 5204 | 19 GTP→GDP already
please go to new book
"New Insights into the Mechanisms
of Cytomotive Actin and Tubulin
Filaments" 2011 Elsevier Inc.
by Christopher H.S. Aylett, Jan Lo¨we, and Linda A. Amos
full text link:
//www2.mrc-lmb.cam.ac.uk/groups/JYL/PDF/AmosReview2011.pdf
its pp20
On phosphate release, Wang and Nogales proposed that the contact
between T7 and the nucleotide of the adjacent subunit within the E-site
interface becomes disrupted, leaving contacts only on the side of the
subunit–subunit ... 阅读全帖 |
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k****o
发帖数: 728 | 20 一个Proteomics/Genomics 方面的open access journal，我正在handle一个稿子，需
要寻找几个reviewers。文章title/abstract如下。杂志也不是多好，但也能派上用场
。感兴趣的可站内联系，我需要尽快发出邀请，已经拖了几天了。
请给出name, institute, position, email, expertise, and representative
publications related to this manuscript.
Article Title : Classification of non-animals and invertebrates based on
amino acid composition of complete mitochondrial genomes
Abstract :
Amino acid compositions were predicted from data sets of 47 non-animal and
58 invertebrate animal complete mit... 阅读全帖 |
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K**4
发帖数: 1015 | 21 这个文章提出的DNA-guidedDNAinterference by bacterial Argonaute (or PIWI) 好
像不是很充分阿。首先他自己的实验也表明，Argonaute即结合RNA也结合DNA。
Analysis of co-purifiednucleicacidsrevealedthatTtAgo-associatedRNA (10–150
nucleotides) is preferentially 32 P-labelled in a polynucleotide kinase (PNK
) forward reaction, indicating the presence of 5' hydroxyl groups (Extended
Data Fig. 1c). By contrast, co-purified DNA has a more defined length (13–
25 nucleotides), and is preferentially labelled in a PNKexchangereaction,
indicatingph... 阅读全帖 |
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P*****e
发帖数: 25 | 22 今天有空去查了一下CRISPR专利的历史，UCB的专利已经有claim通过了审查（allow）
，只是还没有issue（时间问题）。我在后面列出来了其中一个通过了的claim，同时把
张锋issue了的专利里面的一个claim也列了出来。大家看能避开不？张锋后来的Cpf1看
着能避开UCB的Cas9。
有意思的是发现最早的一篇CRISPR相关专利申请其实是Luciano A. Marraffini（张锋
合作者）在Northwestern University时申请的，priority date Sep 23, 2008，早了
好几年。看看claim，只有interference，还没进化到切割，可惜一个claim也没批，居
然华丽丽的被一堆112给毙了，也就是审查员觉得那专利写的不清不楚，业内普通人士
看着不可能做出claim的结果，连101，102，103都没用上就挂了。西北也是早早的
abandon了，当年连PCT都没申请，可见并不重视。张锋专利里也没有Marraffini，虽然
science文章有他，我猜可能也是他只做真核interference方面的工作吧，张跟他合作
并进... 阅读全帖 |
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a****o
发帖数: 1786 | 23 【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
发信人: cnDiehard (半杯), 信区: Biology
标 题: 也谈next-generation sequencing technology
发信站: BBS 未名空间站 (Sun Nov 29 14:41:44 2009, 美东)
这几天看了toptip的高通量DNA测序技术在生物学研究中的应用,,受益匪浅.. 俺们实验
室的研究也focus这种应用..所以平时也作了很多数据分析.. 这里比较一下两种测序的
平台(solid和solexa),,相关的软件,,也讨论一下他们的应用.. 本人经验有限,,本文权
当抛砖引玉,,希望各位大侠多多指教:
1. raw sequence 编码
SOLiD: Solid采用color-coded序列输出. 所以输出的序列除了首位以外,,都是数字(0-
3). 没两位编码一个nucleotide.. T0132123. 然后根据一个编码表,,可以转换成
nucleotide序列.
Solexa: 输出采用nucleotide编码, 不需要任何转换..
2. yield
两种测序技术每个单 |
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t*******a
发帖数: 4055 | 25 院士惊人揭示：中国“非典”来自转基因 点击：294 作者：陈慰中 来源：汉报
发布时间:2017-08-06 09:38:01
【吕永岩按语】：陈慰中最早是美国生物化学博士，后来被选为英国伦敦帝国
癌症研究员，还被授予英国牛津显微学终身院士。他用自己的专业知识分析转基因，指
出转基因会导致“超级称霸无敌病毒”，导致人类的大瘟疫。并且他还指出了转基因与
震惊中国的非典型肺炎的关联。“非典”来无影，去无踪，十分诡异。至今也没找出其
究竟来自何方。但陈慰中先生揭示的其“来自突变种的基因。突变种基因来自转基因工
程之意外。”也就是说，“非典”来自转基因。陈慰中博士称之为转基因的“意外”。
但也有人怀疑是转基因对中国的量身定做，是一次转基因瘟疫打击中国的预演。从这个
意义上说，“两会”解放军代表罗援将军提出的防止转基因生物武器打击的建议是十分
重要的，应该引起有关方面的足够重视，并加以落实。不然的话，类似“非典”这样的
超级无敌瘟疫随时可能卷土重来。
附：陈慰中《转基因与新瘟疫》
2007年1月11日
序言
圣经和易经都指出，万物的来源是“各从其类”。最近的转基因工作是跨... 阅读全帖 |
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w********2
发帖数: 632 | 26 There are several approaches to identify genetic changes due to HGT,
including:
(1) experimental evidence, whereby a genetic marker is monitored for gene
transfer to a recipient organism;
(2) phylogenetic analysis of gene sequences to identify topological
inconsistencies between different gene families;
(3) nucleotide compositional analysis to identify any gene that has a
nucleotide pattern that differs signifi- cantly from the overall genome; and
(4) evolutionary scenarios to explain the patchy... 阅读全帖 |
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w********2
发帖数: 632 | 27 Phylogenetic analysis
Phylogenetic analysis of gene or protein sequences for the presence of an
incongruent phylogenetic signal is considered to represent the most rigorous
method for de- tecting past HGT events (Koonin et al., 2001; Syvanen, 1994)
. Smith et al. (1992) established the basic require- ments for application
of the phylogenetic congruency test to identify and support cases of HGT.
The test com- pares the phylogenetic tree constructed from a specific
protein or gene sequence with th... 阅读全帖 |
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发帖数: 1 | 28 Moderately Strong Confirmation of a Laboratory Origin of 2019-nCoV
jameslyonsweiler in Cures February 2, 2020 585 Words
Moderately Strong Confirmation of a Laboratory Origin of 2019-nCoV
On the Origins of the 2019-nCoV Virus, Wuhan, China
James Lyons-Weiler, PhD
Dr. Marc Wathelet commented that he was puzzled about my report of a spike
protein gene homologous to part of the pShuttle-SN vector, given that spike
glycoproteins are found in bat coronavirus. He urged me to analyze the
homology (seque... 阅读全帖 |
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G****e
发帖数: 1912 | 29 https://www.theepochtimes.com/scientific-puzzles-surrounding-the-wuhan-novel
-coronavirus_3225405.html
Scientific Puzzles Surrounding the Wuhan Novel Coronavirus
BY YUHONG DONG February 3, 2020 Updated: February 6, 2020FONT BFONT SText
size Print
Analysis
The sudden outbreak of the Wuhan Novel Coronavirus (2019-nCoV) has resulted
in all of China’s Hubei Province and three major cities in Zhejiang
Province being subjected to quarantine. Other nations are anxiously trying
to get their people out o... 阅读全帖 |
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A********e
发帖数: 354 | 30 【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
发信人: albertsmwk (.)(.), 信区: Biology
标 题: 第一批“青年千人计划”生物类@publication列表@
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Aug 18 15:04:16 2011, 美东)
花了一个小时，深深的鄙视一下自己的无聊行径！！
125 蔡亮 男 1980年11月 复旦大学 生命
科学 2007年12月毕业于[美国]北卡大学 [美国]加州大学旧金山分校 博士后
Cai L, Mostov K. Polarity is destiny. Cell. 2009 Nov 13;139(4):660-2. PubMed
PMID: 19914162; PubMed Central PMCID: PMC2900917.
Cai L, Makhov AM, Schafer DA, Bear JE. Coronin 1B antagonizes cortactin and
remodels Arp2/3-containing actin branche... 阅读全帖 |
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p*******g
发帖数: 2976 | 31 【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
发信人: albertsmwk (.)(.), 信区: Biology
标 题: 第一批“青年千人计划”生物类@publication列表@
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Aug 18 15:04:16 2011, 美东)
花了一个小时，深深的鄙视一下自己的无聊行径！！
125 蔡亮 男 1980年11月 复旦大学 生命
科学 2007年12月毕业于[美国]北卡大学 [美国]加州大学旧金山分校 博士后
Cai L, Mostov K. Polarity is destiny. Cell. 2009 Nov 13;139(4):660-2. PubMed
PMID: 19914162; PubMed Central PMCID: PMC2900917.
Cai L, Makhov AM, Schafer DA, Bear JE. Coronin 1B antagonizes cortactin and
remodels Arp2/3-containing actin branche... 阅读全帖 |
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d******8
发帖数: 1972 | 32 Recent advances in whole-genome sequencing have brought the vision of
personal genomics and genomic medicine
closer to reality. However, current methods lack clinical accuracy and the
ability to describe the context (haplotypes) in
which genome variants co-occur in a cost-effective manner. Here we describe
a low-cost DNA sequencing and
haplotyping process, long fragment read (LFR) technology, which is similar
to sequencing long single DNA molecules
without cloning or separation of metaphase chro... 阅读全帖 |
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O***n
发帖数: 13127 | 33 【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
发信人: albertsmwk (.)(.), 信区: Biology
标 题: 第一批“青年千人计划”生物类@publication列表@
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Aug 18 15:04:16 2011, 美东)
花了一个小时，深深的鄙视一下自己的无聊行径！！
125 蔡亮 男 1980年11月 复旦大学 生命
科学 2007年12月毕业于[美国]北卡大学 [美国]加州大学旧金山分校 博士后
Cai L, Mostov K. Polarity is destiny. Cell. 2009 Nov 13;139(4):660-2. PubMed
PMID: 19914162; PubMed Central PMCID: PMC2900917.
Cai L, Makhov AM, Schafer DA, Bear JE. Coronin 1B antagonizes cortactin and
remodels Arp2/3-containing actin branche... 阅读全帖 |
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d**********2
发帖数: 831 | 34 Rate of de novo mutations and the importance of father’s age to disease
risk
Nature 488, 471–475 (23 August 2012)
Mutations generate sequence diversity and provide a substrate for selection.
The rate of de novo mutations is therefore of major importance to evolution
. Here we conduct a study of genome-wide mutation rates by sequencing the
entire genomes of 78 Icelandic parent–offspring trios at high coverage. We
show that in our samples, with an average father’s age of 29.7, the average
de novo ... 阅读全帖 |
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J*****3
发帖数: 4298 | 35 纪念查尔斯•达尔文诞辰200周年
作者简介：龙漫远，美国芝加哥大学生态与演化学系终身教授，北京大学生物信息中心
长江学者讲座教授，主要从事遗传学与演化论研究；陈振夏，北京大学生物信息中心博
士研究生, 主要研究兴趣是基因演化和生物信息学。
一千年前的中原，凡有水井处，皆唱柳词；今天的世界，凡有科学之处，皆说达尔文。
http://www.plob.org/2011/12/14/971.html
一 超越时空界限与学科藩篱
1809年2月12日，查尔斯·达尔文（Charles Robert Darwin）出生在英国什罗普郡的历
史名城什鲁斯伯里（Shrewsbury）。1859年11月24日，他的不朽名著《物种起源》出版
，一时洛阳纸贵而影响历久不衰。从他的家乡到世界各地，不同信仰的人们或欢呼，或
沉思，或惊愕，或暴怒，谈论的中心议题就是以自然选择理论为基础的演化学说（
Evolution based on the Theory of Natural Selection）。200年后的今天，世界上
许多国家和地区的学者和民众都投入了纪念这位科学伟人的盛事：英国、法国、德国、
... 阅读全帖 |
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k**e
发帖数: 2728 | 36 en?
非极性溶剂是destablize nucleotides的啊。我没有做过跟RNA相关的实验，但是RNA是
应该避免碱性条件，至于用水还是用乙醇，我认为用水好点。因为水是极性的分子，可以
稳定RNA的结构
还有nucleotides之类的东西，以及NTP、dNTPs啦等溶液的储存，应该是根据自己每次实验
大概需要的量，aliquot到separate tubes里头。每次实验只拿出一个tube来解冻，争取1
次到2次的实验就能把那个tube的样品用完。 |
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j***3
发帖数: 142 | 37 请问main 里的这一段不是已经 考虑了new line的问题了吗，因为用window size 小于
行字符数时程序没有问题啊？
/** continue processing **/
while ((ch = getc(in)) != EOF)
{
/* remove contribution for nucleotide freq for first char */
index1 = indexMinus(win[0], &a, &c, &g, &t);
index2 = index(win[1]);
/* remove contribution for nucleotide freq for first char */
pair[index1][index2]--;
/* move things down in window */
for (i=0;i
if |
|
j***3
发帖数: 142 | 38 但是在 if 里面已经用ungetc push 了一次，在while 里又要 push一次吗？象这样：
/** continue processing **/
while ((ch = getc(in)) != EOF)
{
ungetc(ch, in);
/* remove contribution for nucleotide freq for first char */
index1 = indexMinus(win[0], &a, &c, &g, &t);
index2 = index(win[1]);
/* remove contribution for nucleotide freq for first char */
pair[index1][index2]--;
/* move things down in window */
for (i=0;i
|
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A**H
发帖数: 4797 | 39 谢谢分析
今年早些时候Genome Biology有一篇文章做了三家的比较，大致的结论是Illumina得最
好。观点是否有失偏颇尚待其他研究佐证。
Evaluation of NGS platforms for population targeted sequencing studies
我认为SOLiD的问题在它的color-space上面：它最终要死在它的这个color-code上面。
它这个color-code让搞生物的人很糊涂，甚至让搞数据分析的人也难把握其中奥妙。比
如说楼上所说的“b. solid用所有35bp作alignment,,最多允许6个mismatches”，我的
理解肯定是6个color space mismatches，而不是nucleotide space mismatches，大概
地说，一个nucleotide space mismatch 小于或这等于 2个 color space mismatches
。当然即便如此，允许6个color space mismatches in 35-bp 还是太多了。
SOLiD的技术小组已经注意到了这个问题，但是 |
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a********k
发帖数: 2273 | 40 Gel purification下限是70吧，PCR purification kit下限100，nucleotide removal
kit下限40。
胶回收短片段可以用QG buffer溶胶，加isopropanol,再用nucleotide removal的柱子
就行了。反正三个柱子都是通用 的。 |
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G***G
发帖数: 16778 | 41 i am asking some questions about the principle of pyrosequencing.
there are four types of deoxynucleotide triphosphates (dNTP).
each time one of them will be incorporated with the DNA strand.
but we don't know what type of nucleotide is in the DNA strand.
My question is the following.
1) Do we add all the four dNTPs to the reaction each time?
by 'each time' I mean each position of unknown nucleotide in the DNA strand.
2) or we add dATP, then dGTP, then dCTP, then dTTP each time?
3) do we need to... 阅读全帖 |
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x***m
发帖数: 184 | 42 http://en.wikipedia.org/wiki/Pyrosequencing
"The template DNA is immobile, and solutions of A, C, G, and T nucleotides are added and removed after the reaction, sequentially. Light is produced only when the nucleotide solution complements the first unpaired base of the template. The sequence of solutions which produce chemiluminescent signals allows the determination of the sequence of the template."
strand. |
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a********k
发帖数: 2273 | 44 花了一个小时，深深的鄙视一下自己的无聊行径！！
125 蔡亮 男 1980年11月 复旦大学 生命
科学 2007年12月毕业于[美国]北卡大学 [美国]加州大学旧金山分校 博士后
Cai L, Mostov K. Polarity is destiny. Cell. 2009 Nov 13;139(4):660-2. PubMed
PMID: 19914162; PubMed Central PMCID: PMC2900917.
Cai L, Makhov AM, Schafer DA, Bear JE. Coronin 1B antagonizes cortactin and
remodels Arp2/3-containing actin branches in lamellipodia. Cell. 2008 Sep
5;134(5):828-42. PubMed PMID: 18775315; PubMed Central PMCID: PMC2570342.
Cai L, Makhov AM, Bear JE. F-actin... 阅读全帖 |
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y******8
发帖数: 1764 | 45 才开张的新所吧。在北大，所是和学院平行的单位，据我所知，北大给新的所都会给一个5年一个亿的启
动支持。
夫妻店开的好才是好，学校也不用担心培养的人才什么时候为了家庭原因就飞走了。另
外，这个所的人才引进不错啊。这一位在千青中也是翘楚。
132 汪阳明 男 1979年12月 北京大学 生命
科学 2006年02月毕业于[美国]伊利诺伊大学厄巴纳－尚佩恩分校 [美国]加州大
学旧金山分校 博士后
1: Wang Y, Blelloch R. Cell cycle regulation by microRNAs in stem cells.
Results
Probl Cell Differ. 2011;53:459-72. PubMed PMID: 21630156.
2: Wang Y, Blelloch R. Cell cycle regulation by MicroRNAs in embryonic stem
cells. Cancer Res. 2009 May 15;69(10):4093-6. Epub 2009 May 12.... 阅读全帖 |
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S*****3
发帖数: 720 | 46 “中国百篇最具影响优秀国际学术论文” 评选所选论文代表了我国科技论文发展的最
高水平。论文源为前一年被SCI（科学引文索引）收录的中国论文。评选综合考虑发表
论文的期刊水平（影响因子和单篇引用次数）、论文类型、热点论文、论文的合作强度
、参考文献数和论文的完整性等方面。
其中生物类包括：
论文题目: Acute promyelocytic leukemia: from highly fatal to highly
curable
论文作者: Wang, Zhen-Yi; Chen, Zhu
所属机构: 上海交通大学医学院瑞金医院
来源期刊: BLOOD, 2008, 111(5):2505-2515
被引次数: 29
作者简介：
陈竺
卫生部部长，中国科学院院士，博士生导师
白血病系统生物学研究组组长
论文题目: Sorting of small RNAs into Arabidopsis argonaute complexes
is directed by the 5 ' terminal nucleotide
论... 阅读全帖 |
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d**********2
发帖数: 831 | 47 Rate of de novo mutations and the importance of father’s age to disease
risk
Nature 488, 471–475 (23 August 2012)
Mutations generate sequence diversity and provide a substrate for selection.
The rate of de novo mutations is therefore of major importance to evolution
. Here we conduct a study of genome-wide mutation rates by sequencing the
entire genomes of 78 Icelandic parent–offspring trios at high coverage. We
show that in our samples, with an average father’s age of 29.7, the average
de novo ... 阅读全帖 |
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A******y
发帖数: 2041 | 48 Na, nucleotides synthesized in solution phase could be very cheap, too. The
cost of the drug is never an issue. There are recombinant protein
therapies that cost more than 300k a year and medicare/medicaid pays for
them.
The delivery just too difficult. Nature over billions of years evolution
only given virus as only effective way to deliver nucleotides. I think we
are still not at the point of out-smart nature. Also, the idea of magic
bullet is fading, you need a magic shotgun that can hit... 阅读全帖 |
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t****b
发帖数: 47 | 49 2012年11月13日，新的生物学刊物eLife发表论文：中国科学家攻克了一个长期困扰国
际科学界的难题，而这一基础科学问题也与人类、特别是中国人民的健康相关。
过去，世界和中国忽略了1980年代我国科学家在条件艰苦时代做出重要贡献，我们现在
应该赞广西肿瘤防治研究所的严瑞琪和苏建家等、北京第二传染病院的余昌晏等和中国
医学科学院的庞其方等建立乙肝动物模型；
现在，我国已经有条件和能力改革科学管理体制机制、提供适当环境，让一些科研机构
年富力强的科学家心无旁骛，如北京生命科学研究所的李文辉带领学生和同事发现乙肝
病毒受体；
将来，希望全国科研机构能推广适合各个学科和机构自身规律的体制机制改革，使大批
年轻人集中精力在专业上充分发挥作用，他们大有作为才能使中国的科学大有希望。
肝炎和肝炎病毒
肝炎在全世界有广泛的危害，中国人群肝炎患病率尤其高。多种病毒导致病毒性肝炎：
甲、乙、丙、丁、戊（A、B、C、D、E）等。
全球二十亿人曾感染乙型肝炎病毒（HBV），慢性乙肝感染超过3.5亿人。即使在乙肝疫
苗已经研制成功多年以后，我国还有逾九千万人感染过乙肝病毒，上千万乙肝患者，每
年感染超过百万... 阅读全帖 |
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s******9
发帖数: 283 | 50 Single-molecule技术，怎么才能robust...
Helicos Seeks Approval to Sell Assets, IP to Employee to Form New Company
March 11, 2013
NEW YORK (GenomeWeb News) – Helicos BioSciences, currently in Chapter 11
bankruptcy protection, is seeking approval from bankruptcy court to sell its
assets to an employee who plans to form a new company using Helicos'
technology, the company said in a court filing last week.
The US Bankruptcy Court for the District of Massachusetts Eastern Division
will hold a hearing on Heli... 阅读全帖 |
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