s******r
发帖数: 1245 | 1 这些方法就是在想要的位点切一刀，用剪刀，水果刀，杀猪刀反正只要把dna切断了，
之后的都是同源重组，没有区别 |
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w********r
发帖数: 1431 | 2 谢谢review
只是大概扫了一眼Zhang Feng的paper，没有仔细挖这个的进展
喽 |
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z*t
发帖数: 863 | 4 我印象中David Allis group用GFP tag过H3.3。是不是indel的关系？
Caspir的indel在feng zhang那篇paper看起来还是挺明显的。 |
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a***o
发帖数: 129 | 5 赞，还以为charpentier 和 doudna 是一伙的，总算明白了。 doudna的human cell
study发在elife只有寥寥四五个图，相比church和张的，被scoop也在情理之中。 |
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b******n
发帖数: 4225 | 6 你牛，一个机器人的帖子还看出门道来了
magazine |
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m**e
发帖数: 857 | 7 Kao, Zhang Feng is SO BULL!!
He is from Deisseroth lab with lots of optogenetics bull paper, then go for
genetic editing area with bull paper.
I am wondering how he learn to pick labs, he must have a huge sense of
science. |
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l**********1
发帖数: 5204 | 8 sure :-)
btw,
bulletin (bulletin)
one ask:
recently discrete math or combinatorial math? applied in Comp Biology?
which is better? for stochastic and deterministic human neural circuit?
what is your suggestion/opinion?
reference:
同主题阅读：Re: 请教一下CS的同学，组合数学和离散数学有什么区别？ (转载
[版面:数学][首篇作者：Aciclovir] , 2008年07月13日16:00:53
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[ 1 ]
发信人: Aciclovir (笨笨), 信区: Mathematics
标 题: Re: 请教一下CS的同学，组合数学和离散数学有什么区别？ (转载)
发信站: BBS 未名空间站 (Sun Jul 13 16:06:24 2008), 转信
侧重点不一样，本质上都在讲同一个东西
combinatorial math and dis... 阅读全帖 |
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o**4
发帖数: 35028 | 9 我想给某个基因加上GFP的marker，用这个技术可以么？
据说这个东西特别贵？ |
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b******k
发帖数: 2321 | 10 现在已经没必要再搞ZFN了 TALE的精度和效率都好得多
要KI的话没有直接的办法，至少目前没有。但是也有几个组报道可以先KI个段序列，
loxP/FRT/AttP这种 然后再插入就容易了 |
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o**4
发帖数: 35028 | 11 用TALE的话，最多能插入多大的片段到基因组呢？
用这个技术加个Flag tag之类的可行吗？ |
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A****A
发帖数: 16 | 12 物种不同难度也不同。TALEN自己做不贵。
可以参考最近的Zebrafish的文章
Nature Methods | Brief Communication
TALEN-mediated precise genome modification by homologous recombination in
zebrafish
Nature Methods
(2013)
doi:10.1038/nmeth.2374 |
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A****A
发帖数: 16 | 14 给你篇review看看：
Nature Reviews Molecular Cell Biology 14, 49-55 (January 2013) | doi:10.1038
/nrm3486
TALENs: a widely applicable technology for targeted genome editing
J. Keith Joung1 & Jeffry D. Sander1 |
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o**4
发帖数: 35028 | 16 方法这么多啊，晕了，
这个能做knockin吗？ |
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a***o
发帖数: 129 | 17 可以，你好好看看最近那几篇crispr有关的paper。 两篇Nat biotech， 两篇Science
，还有一篇cell，都是今年发表的，hot hot hot |
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a***o
发帖数: 129 | 21 他下手比较快，不过idea是从Charpentier那抢来的，也不是什么太光彩的事。不过也
不知道Charpentier在等啥，据说去年夏天开会时就说就已经有genome editing的data
了，结果现在悲剧了。 |
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a***o
发帖数: 129 | 22 人家开会听了一耳朵，半年就发了science，您我就不说啥了，呵呵。 |
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z*t
发帖数: 863 | 23 问个问题哈，talen切割后不是通过引入的片段同源重组来edit genome么？
楼主若是相加个gfp在同时转针对特定序列的taln + 两侧用同源片段flank的GFP
plasimid就可以了？ |
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f**u
发帖数: 346 | 24 我记得在哺乳细胞里面已经做到用GFP去tag内源蛋白了，
忘了是ZFN还是TALEN了，不过应该差不太多吧。
其他物种好像还没看到。 |
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f**u
发帖数: 346 | 25 你确定有人做了knockin吗？修改几个base pair的不算。
这些文章我就算没全看也看了大部分，没记得有楼主问的那种KI。
Science |
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f**u
发帖数: 346 | 26 理论上是这样，但是已经发表了的成功例子寥寥无几。
也许今后一段时间会井喷吧。 |
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s******r
发帖数: 1245 | 27 这些方法就是在想要的位点切一刀，用剪刀，水果刀，杀猪刀反正只要把dna切断了，
之后的都是同源重组，没有区别 |
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w********r
发帖数: 1431 | 28 谢谢review
只是大概扫了一眼Zhang Feng的paper，没有仔细挖这个的进展
喽 |
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z*t
发帖数: 863 | 29 我印象中David Allis group用GFP tag过H3.3。是不是indel的关系？
Caspir的indel在feng zhang那篇paper看起来还是挺明显的。 |
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a***o
发帖数: 129 | 30 赞，还以为charpentier 和 doudna 是一伙的，总算明白了。 doudna的human cell
study发在elife只有寥寥四五个图，相比church和张的，被scoop也在情理之中。 |
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b******n
发帖数: 4225 | 31 你牛，一个机器人的帖子还看出门道来了
magazine |
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m**e
发帖数: 857 | 32 Kao, Zhang Feng is SO BULL!!
He is from Deisseroth lab with lots of optogenetics bull paper, then go for
genetic editing area with bull paper.
I am wondering how he learn to pick labs, he must have a huge sense of
science. |
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l**********1
发帖数: 5204 | 33 sure :-)
btw,
bulletin (bulletin)
one ask:
recently discrete math or combinatorial math? applied in Comp Biology?
which is better? for stochastic and deterministic human neural circuit?
what is your suggestion/opinion?
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同主题阅读：Re: 请教一下CS的同学，组合数学和离散数学有什么区别？ (转载
[版面:数学][首篇作者：Aciclovir] , 2008年07月13日16:00:53
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[ 1 ]
发信人: Aciclovir (笨笨), 信区: Mathematics
标 题: Re: 请教一下CS的同学，组合数学和离散数学有什么区别？ (转载)
发信站: BBS 未名空间站 (Sun Jul 13 16:06:24 2008), 转信
侧重点不一样，本质上都在讲同一个东西
combinatorial math and dis... 阅读全帖 |
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s********8
发帖数: 619 | 34 懂行的来说说这个Crispr相比Talen来说的优点是? |
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j******i
发帖数: 939 | 35 TALEN之前的ZFN已经可以做到定点修饰了 差不多有十年了吧 但是 没火起来 因为zfn
巨难设计 一个repeat识别三个bases 但是 对应性很差 成功率很低 普通实验室根本耗
不起时间 sigma虽有卖 但是一对一万人刀吧 买不起 买了也不是百分百能用 talen才
出现几年 但是因为容易设计 一个repeat识别一个base 对应性很好 自己addgene买个
kit就能鼓捣了 一个星期就能拿到一对有效的talen 当然 那是得有相当经验的人
crispr的文章去年才出来了 敏感的人去年就意识到这个东西厉害了 现在 也不算晚 拿
来放到自己的project里 应该还能发好文章 crispr厉害的地方只要合成20个bases的
oligo就够了－当然为了方便克隆还是两头要加一些东西的 这太逆天了 比较明显的缺
点就是只能识别23个bases 更多缺点还有待发现 |
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b******k
发帖数: 2321 | 36 crispr确实神。要是再有几篇各种动物里PoC的paper出来，TALEN可能也要像ZFN一样进
博物馆了，呵呵
zfn |
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o**4
发帖数: 35028 | 37 crispr这个东西，能用来做knockin插入1-200bp的片段到基因组吗？
zfn |
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o**4
发帖数: 35028 | 38 没太明白，crispr比talen好在哪儿呢？
操作简单一些吗？ |
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b******k
发帖数: 2321 | 39 talen的cloning还是稍微麻烦了点，因为同源重复序列特别的多。目前有几种不同的克
隆路径，大家都能用但是还是花时间比较长，印象里要几周？。crispr基本就是几天的
工作量 |
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o**4
发帖数: 35028 | 40 能做knockin插入1-200bp到基因组吗？ |
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j******i
发帖数: 939 | 41 理论上可以的 原理就是double strand break 然后利用细胞自身的同源重组机制 只要
把你的片段放到一般几百个bp的同源臂之间 就能精确插入 |
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o**4
发帖数: 35028 | 42 不需要1-3kb的同源臂了吧？
很烦扩增基因组片段啊，做cloning好烦，
你说的这个是不是可以直接合成片段就行了呢？
谢谢 |
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j******i
发帖数: 939 | 45 已经有用zf和rep来retarget transposase的文献了 transposase效率是高 但是off
target太多了 除非把它本身dna结合部位去掉 我们这里有人用tal来retarget
transposase 还是有同样的问题 就精确性来讲 还是同源重组最好了 虽然效率低很多 |
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o**4
发帖数: 35028 | 46 效率不关键，可以筛选细胞系吧？
这个有筛选标记吧？
多 |
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