m******g
发帖数: 467 | 1 PNAS 14.03.18
稍微了解一下：
1. Individual letters of the RNA polymerase II CTD code govern distinct gene
expression programs in fission yeast
小知识：
1. Oxygen requirements of the earliest animals
Modern demosponges can endure low oxygen conditions
2. Long-range interaction and correlation between MYC enhancer and oncogenic
long noncoding RNACARLo-5
a case study of a lncRNA |
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l**********1
发帖数: 5204 | 2 Pls check,
i) Trapnell C et al., (2012).
Differential gene and transcript expression analysis of RNA-seq experiments
with TopHat and Cufflinks.
Nat Protoc 7: 562–578.
ii) Li H et al., (2009).
The sequence alignment/Map format and SAMtools.
Bioinformatics 25: 2078–2079.
plus
Weikard R et al., (2013).
Identification of novel transcripts and noncoding RNAs in bovine skin by
deep next generation sequencing.
BMC Genomics. 14: 789. [Epub ahead of print]
>http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24225384
c... 阅读全帖 |
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c***y
发帖数: 615 | 4 刚刚接触这方面的概念. 想问一下, 具体的实验设计是这样.
有RNAseq的数据的话,什么样的package可以用来分析?
多谢了! |
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x*****d
发帖数: 704 | 5 1.RNA提纯。Ribosomal RNA depletion （千万别用poly A selection）
2.RNA-Seq，最好50bp，80million reads以上。推荐Illumina HiSeq
3.Reads alignment，abundance estimation. 用Tuxedo Suite，http://www.nature.com/nprot/journal/v7/n3/full/nprot.2012.016.html
4.分析。这就比较麻烦了，一般是先在cufflink输出的gtf文件找novel transcript，
然后再用IGV看具体的coverage。
5.validation。 |
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c***y
发帖数: 615 | 7 非常感谢。
这里 50bp是什么原因？
IGV coverage看什么？ |
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x*****d
发帖数: 704 | 8
50bp是read length,一定要用paired-end. IGV看的是RPKM.RPKM越高,lncrna表达的程
度就越高. |
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b****r
发帖数: 17995 | 9 好贴
有个问题，hiseq不是一般都有100bp readlength以上吗 |
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D***0
发帖数: 5214 | 10 另外记得作strand specific library。size selection, polya+还是polya-, 看看文
献好好想想。另，RNAseq有个毛病是，即使存在某个转录，如果表达量低，很难被测序
仪读出来。建议LZ，通过别的证据，比如histone marks（这是lncRNA 发现背后的关键
因素），coding frame，已有注释等信息先确定candidate。然后设计引物把它P出来。
★ 发自iPhone App: ChineseWeb 8.2.2 |
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c***y
发帖数: 615 | 12 所以我前面的问题是, 现在一般的RNAseq是100bp, 为什么在检测long non-coding
RNA 时要用50bp? 有什么特别的原因吗? |
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D***0
发帖数: 5214 | 14 如果你们的sequencing facility只提供50bp 请kick their asses
★ 发自iPhone App: ChineseWeb 8.2.2 |
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p**********t
发帖数: 2636 | 15 我每次送RNA-seq library，seqcore的人都反复问我，你确定测paired-end 100 bp,
你真的确定？这个少见啊，你再确定一次？ |
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b****r
发帖数: 17995 | 16 长了还是短了？我们自己做Miseq一般都能保证150bp |
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x*****d
发帖数: 704 | 17
我的意思是最少要50b paired end.100bp,150bp paired end更好.read length越长,就
越有机会cross exon-exon junction从而检测到splice variant. |
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S*******e
发帖数: 94 | 18 很多long ncRNAs本身就比较短，表达量又低不容易检测。所以担心150bp paired end
建库的时候就是300bp左右了，容易把一些lncRNA给弄断了弄丢了。所以我的一个很个
人的建议是，直接100-nt SE就可以。重点是测得深一些，后续分析仔细点。
至于exon-exon junction，其实也无所谓了。 long ncRNA gene的本身是热点，但的
splice variant其实感觉上也不是一个特别好的热点。因为做这个的需要后续，这时
候麻烦事或者无效劳动量也挺多，个人意见了。
还有就是strand specific library之后用Cufflinks这一套去拼接lncRNA。这个如果是
intergenic的，那还好说。如果是Antisense，这个如上文有人提到，有"很多tricky的
地方"，从tophat这一步就开始了。
另外就是Poly-A selection或者Ribosomal RNA depletion。其实这两个技术回答的问题
有点不一样。 如果没有什么特异的考虑，那么我个人觉得Poly-A selection鉴定
lncRNAs
就... 阅读全帖 |
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x*****d
发帖数: 704 | 19
end
问题
很赞同! 用strand-specific library有什么优势,能否展开说说? |
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l**********1
发帖数: 5204 | 20 Pls check,
>This underlines the importance of identifying the presence and
understanding the function of these antisense non-coding RNAs. The
information concerning strand ori-gin is often lost during conventional RNA-
Seq; capturing this information would substantially increase the worth of
any RNA-Seq experiment. By manipulating the input cDNA during the template
preparation stage it is possible to retain this vital information. This
forms the basis of strand-specific RNA-Seq. With an ability ... 阅读全帖 |
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D***0
发帖数: 5214 | 21 为啥strand specific, 其实就一句话：为了得到真相... |
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Q**e
发帖数: 49 | 22 Research fields/interests:
Cardiovascular development & Disease, Development biology, molecular biology
and cell biology, non-coding RNA
本人从事心血管发育和疾病方面的研究工作，主要做过一些noncoding RNA在模式动物
心脏、血管发育以及心肌病发病过程中的功能研究；发表过Cir Res, ATVB, J Cell
Science等杂志文章。以前帮老板审过十来篇JBC, Nucl Acid Res, Cell Res的稿子,
求站内前辈帮忙推荐一些审稿机会!
多谢! |
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z**********8
发帖数: 155 | 23 Long noncoding RNA MALAT1 regulates endothelial cell function and vessel
growth.Circ Res. 2014 Apr 25;114(9):1389-97.
EMAIL:Z**********[email protected]
谢谢。 |
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r**********e
发帖数: 587 | 24 这其实是个很重要的基本问题。
楼上有人说pull down sequence-bound protein然后上mass spec可以打出上千个蛋白
。表示有点惊讶。
我觉得第一步你可以去参考ENCODE project里的数据（ucsc browser里就有），一般
promoter区域都有NNN多的transcription factor binding，所以我估计你通过ENCODE
就可以找到很多有效信息。结合你研究的生物学pathway估计你也应该知道重要的TF,如
果能在ENCODE数据里看到那就非常promising。但注意，所有的epigenome的调控都是非
常tissue-specific的。ENCODE提供了大概9种cell line，很多时候具体到你的生物学/
医学问题，这9种cell line是完全不能说明问题的（尤其对于神经组织）
但anyway你是promoter区域，希望大大的有，比其他的noncoding区域容易做的多了。
in silico的我个人觉得特别不靠谱。。。有很多类似的预测网站。。不靠谱。
总之，基于protein找DNA, 相对于基于DNA找... 阅读全帖 |
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M*P
发帖数: 6456 | 25 不能保证你的剪接产物是和原noncoding 是一样的。
★ 发自iPhone App: ChineseWeb 7.8 |
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m******g
发帖数: 467 | 26 Science 14.09.05
小知识：
1. A long noncoding RNA helps cells divide
2. An edgy way to transform carbon dioxide
catalyst turns CO2 into CO
3. Multiple nutrient stresses at intersecting Pacific Ocean biomes detected
by protein biomarkers
4. The coffee genome provides insight into the convergent evolution of
caffeine biosynthesis |
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m******g
发帖数: 467 | 27 最近忙着写DDIG去了，一直没看新番~
Science 14.09.12
推荐：
1. RNA and dynamic nuclear organization
Long noncoding RNAs may function as organizing factors that shape the cell
nucleus
稍微了解一下：
1. Enhanced killing of antibiotic-resistant bacteria enabled by massively
parallel combinatorial genetics (PNAS) |
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m******g
发帖数: 467 | 28 Science 14.09.05
小知识：
1. A long noncoding RNA helps cells divide
2. An edgy way to transform carbon dioxide
catalyst turns CO2 into CO
3. Multiple nutrient stresses at intersecting Pacific Ocean biomes detected
by protein biomarkers
4. The coffee genome provides insight into the convergent evolution of
caffeine biosynthesis |
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m******g
发帖数: 467 | 29 最近忙着写DDIG去了，一直没看新番~
Science 14.09.12
推荐：
1. RNA and dynamic nuclear organization
Long noncoding RNAs may function as organizing factors that shape the cell
nucleus
稍微了解一下：
1. Enhanced killing of antibiotic-resistant bacteria enabled by massively
parallel combinatorial genetics (PNAS) |
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m******g
发帖数: 467 | 30 Nature 14.10.02
推荐：
1. Promoter sequences direct cytoplasmic localization and translation of
mRNAs during starvation in yeast
稍微了解一下：
1. A long noncoding RNA protects the heart from pathological hypertrophy
小知识：
1. Ancient roots of daily rhythm
2. Molecular basis of adaptation to high soil boron in wheat landraces and
elite cultivars
3. Parent-of-origin-specific allelic associations among 106 genomic loci for
age at menarche |
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r**********e
发帖数: 587 | 32 PhD第五年了要张罗毕业考虑未来了，所以来请教下各位前途选择问题。
我研究方向以及未来的兴趣倒是蛮确定的，就是medical genomics。 我具体是在
neurology系做神经疾病的基因组学，生物信息；简单来说就是寻找neurological
disorder的致病相关的genetic variants；以及找到的variants的深层的分子机制。
所以我具体的training，一方面是bioinformatics相关的计算机的东西以及human
genetics/genome science; 另外一方面则是由此引申出的epigenetics, splicing等等
基因调控的基础生物的东西，所以也做了很多传统的实验。当然了，老板是MD，实验室
主题是neurology，所以自然也了解一些神经相关的东西。
所以我的优势是方向比较热，而且我涉及的范围挺广的。但优势也是劣势，那就是我不
精通某个小方向，比如，相对于专业的bioinformatician我算半路出家远不如他们，当
然对于一般zero 计算经验的同学我还是要强的多，至少有很多分析NGS数据的经验。还
比如，我做实验的... 阅读全帖 |
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x********e
发帖数: 35261 | 34 有认识的人做，用CRIPSR改一个SNP，影响目的基因表达。不过人家的SNP在DNA
binding motif上。 |
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G***y
发帖数: 1082 | 36 Something like this?
Genome Sequencing of Autism-Affected Families Reveals Disruption of Putative
Noncoding Regulatory DNA |
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i*e
发帖数: 352 | 37 我们用WGS忽悠noncoding regulatory，然并卵 |
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c*********r
发帖数: 1312 | 38 多谢科普！学习了。
George C. Williams的Wiki：He [George C. Williams] elaborated this view in
later books and papers, which contributed to the development of a gene-
centered view of evolution; Richard Dawkins built on Williams' ideas in this
area in the book The Selfish Gene.
现在搞清楚了道金斯那本书的理论来源了。这个是不是可以这样理解：一个有科学素养
的好作家（道金斯）把一个优秀科学家（George C. Williams）的理论（基于基因的演
化）写成了一部惊世骇俗的科普作品（自私的基因），并且取得了极其巨大的社会影响。
我觉得现在的科学发展翻天覆地，如果那些有着良好科学素养的好作家能抓住机遇，肯
定能写出优秀的作品，不但是自己的成功，也是对学术和科普的贡献。文学功底不错的
Biologists可以考虑一下哈。
我先开个脑洞想几个题... 阅读全帖 |
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r**********e
发帖数: 587 | 39 说说我自己的体会
纯科学的研究里大家喜欢用model animal；model的根本意思就是生物体太复杂，所以
用一些简单的模式生物来替代研究。
大家用模式生物研究了无数基因，蛋白，pathway，发育，奠定现代生物医学基础
可如今要迈向translational science了，很多模式生物自然要失效。你狂研究yeast和
C elegans来说明XX基因在人类疾病里有作用这不是骗傻子吗？这也是很多yeast，worm
人的funding越来越难拿的原因（当然如果你是Bob Horvitz另当别论）
大医院或者NIH都被MD大牛把持。MD的思维至少我了解到的，他们几乎只信mice以上的
data
大家为了funding都要往disease靠拢，可问题是人体本身的复杂度和疾病本身的复杂度
超乎想象。最好是有直接的病人样本，但病人样本又有很多noise。比如我是做神经疾
病遗传学的，过去一个工作是研究noncoding SNP是否调控XX基因这种eQTL的问题。多
亏老板是MD“大牛”所以我们能搞到大部分人没有的AD patients的brain sample。但
我们仅有的也就是不知... 阅读全帖 |
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发帖数: 1 | 40 Bioinformatics lab http://jjwanglab.org at Mayo Clinic Arizona is recruiting outstanding
candidates for postdoc/staff positions in bioinformatics and computational
genomics. The lab is affiliated with Department of Health Sciences Research
and Center for Individualized Medicine, Mayo Clinic Arizona and Department
of Biomedical Informatics, Arizona State University.
We currently focus on two main areas:
1) integrative analysis of multi-dimensional OMICs data for gene regulatory
network inferenc... 阅读全帖 |
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c*********r
发帖数: 1312 | 41 “particularly these in the noncoding regulatory regions. ”
有意思！
看了实验室网页，有几个问题想请教一下，
1. 关于TFBS和promoter的预测，在人和老鼠以及不同的TF，预测的准确率大概在什么
范围？
2. 你们的预测算法和软件，可以应用在其它生物里吗？比如说海胆。。。。
3. 之所以提海胆是因为 1）海胆里的gene regulatory network（GRN）研究其实很有
历史也很详尽，尤其是早期胚胎发育的TF和signaling对基因表达的调控，但是大多数
做人和老鼠的对这个领域可能不了解。比如Eric Davidson的这些成果：
http://sugp.caltech.edu/endomes/
和一般的GRN研究不同，链接里每个网络的每条线一般都是有严格的实验证据支持的，
比如knockdown，over-expression，cis-regulatory analysis之后的in situ
hybridization, QPCR等等。而不是预测的结果。
还有2）海胆胚胎是经典动物模型，三个胚层分化很简单... 阅读全帖 |
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t*******g
发帖数: 1301 | 42 领域：
Genomics
Computational biology
bioinformatics
RNA research
Noncoding RNA
Next Generation Sequencing
Big Data analysis
Epigenetics
有多年专业杂志审稿经验，如有需要可提供CV。
联系方式：
Dr. Zhou
email: [email protected]/* */
多谢~ |
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发帖数: 1 | 43 paper thanks!
Long Noncoding RNAs in Urine Are Detectable and May Enable Early Detection
of Acute T Cell–Mediated Rejection of Renal Allografts
Clinical Chemistry 2015; v. 61, p.1505-1514. Published October 27, 2015.
please send the papers to email: [email protected]/* */
thanks a lot! |
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发帖数: 1 | 44 Long Noncoding RNAs in Urine Are Detectable and May Enable Early Detection
of Acute T Cell–Mediated Rejection of Renal Allografts
Clinical Chemistry 2015; v. 61, p.1505-1514. Published October 27, 2015.
please send the papers to email: [email protected]/* */
thanks a lot! |
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发帖数: 1 | 45 Critical roles of long noncoding RNAs in Drosophila spermatogenesis
Genome Res. September 2016 26: 1233-1244; Published in Advance August 11,
2016,
my Email: [email protected]/* */
Thank you very much. |
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发帖数: 1 | 46 小弟做某神经疾病关联位点的分子机理，已经做了的东西有：
1.首次发现这个相关位点，这个variants在某个基因的intron区域 （所以难研究诶）
2.把这个variants克隆进luciferase系统研究对表达的影响，有明显影响
3.我们有疾病相关的病人大脑组织样本，直接拿来进行eQTL的研究，但病人样本太
noisy所以结果不够significant，但trend和luciferase系统是一致的
4. 因为大脑样本结果不够明显，我也在用neuroblastoma的cell line做crispr，正在
等待结果
5. 同时合作者弄到了variants所在基因的knockout mice，正在等待结果看这个基因的
敲除是否对老鼠有影响
同时可能打算要做的：
6. 我通过public data计算发现这个variants所在区域可能binding的protein，所以打
算做chip－seq？
7. 最终极的还是直接在ips/stem cell里做crispr产生这个variants，然后诱导成我们
要的neuron。但是我对ips技术实在不懂又要从头学起。
老板是MD,所以思维... 阅读全帖 |
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发帖数: 1 | 47 No.
It's noncoding variants; but well-conserved in different primates
顺便扯一个题外话，大家都喜欢讲“conserved”，但是对于大脑／神经组织，人类在
很短都时间内从猿猴进化成人类，大脑是主要的改变区域，所以我觉得对于神经基因，
我们更应该关注fast－evolution的sequence，不知道这种想法是否有道理？ |
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发帖数: 1 | 48 Methods Mol Biol. 2014;1119:239-65. doi: 10.1007/978-1-62703-788-4_14.
Techniques for characterizing cytomegalovirus-encoded miRNAs.
Hook LM1, Landais I, Hancock MH, Nelson JA.
Author information
Abstract
microRNAs (miRNAs) are small noncoding RNAs that regulate gene expression at
the posttranscriptional level, by binding to sites within the 3'
untranslated regions of messenger RNA (mRNA) transcripts. The discovery of
this completely new mechanism of gene regulation necessitated the
development ... 阅读全帖 |
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发帖数: 1 | 49 研究noncoding序列，因为各种原因无法使用dual luciferase；所以想直接用single
luciferase（比如Renilla）
问题是，对于single luciferase应该如何对照才有说服力呢？翻了半天过去的文献都
没找到
我能想到的一个是细胞使用量，这个用GAPDH就可以control
还有一个就是转染的plasmid的量，这个我转染的时候保证同样molar的就是同样数量的
plasmid进入细胞；具体做法就是nanodrop测得plasmid的质量，然后除以分子量。请问
这样的做法大家买账吗？
谢谢 |
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r**********e
发帖数: 587 | 50 我的目的就是研究intron序列的功能，因为是疾病相关。而且尤其那个region1是
TGTGTGTGTG这种重复序列
如果能证明确实有noncoding RNA转录出来，也是功能发现啊；对于疾病来说就是gain-
of-function
你说的knockdown是loss-of-function我也在做 |
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