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s*********e
发帖数: 399 | 2 补充一下，因为细菌的genome比较小，所以一般的NGS,一个round就可以很多次.
这样,bgi不推荐reseq, 更推荐直接de novo. 这样的费用和reseq差不多. |
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j****x
发帖数: 1704 | 3 没直接和BGI打过交道，不过身边直接打过交道的朋友不少，反馈都不是太好。
便宜是便宜，但是质量。。。不过这也都是1-2年前的情况了。
你说得这个情况，究竟是denovo还是reseq，其实差别只在于上不上454（目前的情况），
真正意义上的denovo最终还是需要ABI3730来填gap的。
我不知道BGI推荐直接denove的出发点是什么，如果是我，可能还是会选择reseq的策略 |
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s********n
发帖数: 2939 | 4 de novo和re-sequence有何区别？只是coverage的区别吗？ |
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p******n
发帖数: 874 | 5 20G 5到8万太贵了，现在的cost是10k per genome (human),数据量是30x coverage,
就是100G。 |
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p******n
发帖数: 874 | 6 对了，另外还有就是你是做什么的？人的mRNASeq 2个lane就可以了，但是如果是细菌
，1个lane都多余，需要muliplexing,1一个lane能上16个sample, 但是感觉这个做的都
不太好. |
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s*********e
发帖数: 399 | 8 质量问题,仁者见仁智者见智吧. 我的观点是世界上没有任何一个公司的顾客满意率为
100%.
1,2年前的话,多半是国内的老师,因为那时候bgi还没有大规模打入国际市场. 国内的老
师,还是很难伺候的.最近的一个事情就是一个老师死活不给项目完成以后的尾款.这个
项目最终发表到nature genetics, 老师不爽的原因是项目没有发表到nature, 说bgi以
前忽悠了他. 这种事情,难道华大能保证发nature?
其他的事情,华大有错的也有,比如让测植物根的,测成茎了,这事情是发生过的.关键看
怎么解决了.
华大最近在美国的口碑还不错.9月和merck签了5年的service contract,然后和lily,
pfizer都签了几个mil的合同. 项目的进展都很不错. 美国其它的竞争者,现在大一点的
complete genomics,口碑就不太好.我为华大工作,就不多说了.
www.bgiamericas.com, 华大美洲分部建立就是为了解决美洲客户所遇到的问题.大家可
以按上面的联系方式找我们,或者直接pm我,如果遇到任何问题. 我们尽全力让大家满意
, 总不能坠了中国企业... 阅读全帖 |
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s*********e
发帖数: 399 | 9 华大就是这个差不多这个价钱. 比这个便宜都有可能,取决于多少sample. |
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j****x
发帖数: 1704 | 12 hehe，既然你在华大工作，那么我还能说什么呢
没有公司满意率100%，这个我同意，好比taobao上也没有100%好评的商户。
不过我这里关于BGI的差评实在是不少，我觉得这里玩偷换概念的没什么意义。
我说了，这是1-2前的情况。于是你把责任推到因为国内的老师难伺候。说实话，
这不是一个负责任的公司应有的态度。当然，你是代表你的个人观点。事实上这些
人我都很熟悉，有些还是我的客户，他们的要求都很合理，问题很明确，当时BGI
的测序质量确实很差，无论是传统测序还是NGS，这个“口碑”不是一两个人确立
起来的，几乎是共识了。
BGI这两年也许在质控上作的好的多了，你比我有发言权，而且既然要开发国际市场
自然不能想对付国内客户的那种办法来应付，或者你说得，国际客户比国内的老师
“好伺候”。anyway，我评价的只是1-2年前的BGI，今后如果有机会合作，我还是
很愿意看到他们的变化。 |
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s*********e
发帖数: 399 | 13 同学，我无意和你争执。 我主动说我在华大工作，就是避免因为我说的话有偏见，从
而误导了这里的同学和老师。如果我不提，光说bgi多好多好，至少还有个混淆视听的
作用吧。
至于“不是负责任的公司应有的态度“，我不过是辩解了一下bgi的差评问题，谈不上
你说的那么严重吧。至少，我上来说明我自己不是客观公正的。 我觉得我上来说明自
己的立场，才是负责任的做法。
对于bgi的差评，我这么看待这个问题，很多是双方面的，双方都有责任。我也举例说
明，有些时候确实是客户的责任。 没有客户会主动告诉你，“哎，这事儿，其实是我
自己错了“。 很多情况是双方都有问题，而只有对方的问题才会被提出来。比如说，
国内的回款率不超过50%。 换言之，有50% 左右的老师是赖账的。华大也怕了，现在
都是不全款，不释放数据。 有些老师就会说华大服务不好，但是他们就不会提及自己
没负完钱的问题。当然，很多老师不负全款是因为怕拿到的数据不好，钱负完了，就怕
没有办法在和华大协商解决了。这是国内社会上的一个通病，大家相互缺乏信任，没有
信用体制。 缺乏互信，导致双方的争执和不合。
华大现在整体的名声呢，在我这个员工眼里，我... 阅读全帖 |
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j****x
发帖数: 1704 | 14 恩，我还是认同你这里所说的，但是很明显在上一个帖子中你一开始就把别人对BGI的
差评而且不是个别事例偷换概念成为没有公司是100%好评的，这在我看来是典型的诡辩
，之后又看到“国内的老师很难伺候”这样的表述，实在有点忍不住才会和你计较一下
，可能有点意气了，希望你谅解。
关于你所说责任是双方面的，我不否认你们遇到过很多麻烦。问题是，我这里的反馈，
直接是测序质量上的问题，以及相应的售后服务的问题，而且不止一次。部分数据我经
手过，所以我很清楚问题可能出在哪里。这里没有任何你所说的回款问题。而恰恰是这
些“优质客户”，往往没有得到应有的保障，这些朋友只好转向其他公司并得到了比较
满意的结果，所以在这里我也不方便提供他们的信息。我可以征求一下他们的意见，然
后和你沟通。
华大现在以公司的模式运营，而且如你所说业绩一直在稳步增长，我相信是有目共睹的
。当然，公司的声誉，想要树立起来需要花很多的时间，毁起来确实很容易的事情，相
信你们不会做国内国外客户区别对待的事情。 |
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t*d
发帖数: 1290 | 15 请问人的 RNA-seq 大概需要多少 coverage？能不能同时检测 RNA expression level
，alternative splicing 和 SNPs in expressed RNAs? 大概费用？
样品是送回国做吗？
谢谢！ |
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j****x
发帖数: 1704 | 17 这个实在太多了，商业软件例如DNASTAR，NextGENe，CLC，Genomatix等等都有比较成
熟的模块，界面也相对友好，价格自然不菲。
免费软件更是层出不穷，PeakSeq，F-Seq，USeq，CisGenome，ChromaSig，ChiPDiff，
MACS，SISSRs，ChIP-Seq Simulator，QuEST，FindPeaks，GLITR，WTD/MSP/MTC，
ERANGE3，都出生名门，还有一堆基于R的代码就不提了，自己去看paper吧。
新手的话，个人推荐CisGenome，功能强大，也不用自己编译调试，或者webserver比如
ChIP-Seq Tool Set（http://havoc.genomecenter.ucdavis.edu/cgi-bin/chipseq.cgi）；
ChIP-Seq Analysis Server（http://ccg.vital-it.ch/chipseq/），在线分析，省心省力。 |
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b****r
发帖数: 17995 | 18 就是平均或者最低一个序列被测了50次。nextgen seq是有错误率的，一段序列被测的
次数越多，潜在的错误就越容易被修正
50x基本上已经是天文数字了 |
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l*****a
发帖数: 1431 | 19 不太明白你说的unique的序列指什么。我们实验室主要就是做human exome target resequencing。软件分析用的是NextGENe里的sequence aligment然后找mutation SNP。我们没试过barcode的sample，不过软件里有这个功能。如果你能把你的data传过来，我可以给你试试，但不知道你具体想要找什么。 |
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l*****e
发帖数: 424 | 20 NextGen sequencing storage is a big issue. You will need to purchase 100s of
TB of harddrive if you are generating a lot of reads. The requirement of
other hardware parts are not that high. |
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y******8
发帖数: 1764 | 21 I would say there are two problems.
1. IT support. All previous sequencing data are from short reads, less than
500 bp. Very challenging for IT people to develop effective tools in a
relative short time.
2. Before its scale can handle 10x human genome, no big bonus to attract
current NextGen users.
I think other competitors would have two years to catch up with the
technology, and 3-4 years to adjust marketing strategy.
I think they might keep each chamber small, and increase the module numbers... 阅读全帖 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 22 RE LZ
Did you read that Oxford nanopare NGS any relative paper? then replied with
below sentence?
1)
Nanopore 在
测长的DNA 上面有优势，号称没有 read length 的上限
2)
nanopore不用nuclease切DNA啊，你在哪里看到的。文章里明确说了，测完后还能
recover DNA的。它这个理论上就是靠DNA不同的碱基和那个pore蛋白的物理互作测序，
可能是氢键吧
3)
but now still has assembly problem
[ 47 ]
发信人: yuem0428 (ym), 信区: Biology
标 题: Re: 测序技术的重磅炸弹--Oxford Nanopore
发信站: BBS 未名空间站 (Wed Feb 22 17:43:13 2012, 美东)
I would say there are two problems.
1. IT support. All previous sequencing data are from ... 阅读全帖 |
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l**********q
发帖数: 33 | 23 This training program is in Midwest.
My PhD is from Molecular Genetics and Genomics. I did some human genetics
research in graduate school and functional genomics (NextGen Seq) during my
postdoc.
工资is the same as residents/clinical fellows in the GME of Medical School. |
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s******s
发帖数: 13035 | 24 nextgen-seq普及起来也就这两年吧。不知道你看到的文章是哪篇，
不过多数做的好的都是少量细胞的，这种ng级构建稳定的library还
没有普及呢，也就是说在heterogenearity之前先是一篇技术paper,
花半年解决技术问题，半年测序，说不定还要让肿瘤发展发展再测一
次，然后写文章和editor扯皮，你看到了paper可能idea就是两年前的 |
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T****i
发帖数: 15191 | 26 至少很多genetic screen设计是很精巧的。还有很多经典生化，分子生物学实验。怀疑
你就没怎么做过bench work。搞高通量的吧？
高通量肯定有用，但也有很大的问题。首先大量的correlation，哪些是重要的，哪些
不是重要的，在不知道机理的情况下，很难分辨。比如，并不是变化越大的就越重要，
有些大的变化可能就是bystander，不起多大作用。还有比如信号传导，下游的变化往
往会更大。而你如果不知道该信号通路，你可能就走入歧途。而如果你知道，说明高通
量没产生新知识。其次，系统太敏感，noise的问题就很大。各种因素互相作用，可能
会放大noise。最近做nextgen seq，结果就很烦人。第三，很多高通量实验只是在某个
时间点取样，比如肿瘤基因组学，你能拿到肿瘤的时候，基本是中晚期了，高通量不高
通量得到的都是effect，不是cause。即使primary cause 还在，要想从那么多变化里
找到，恐怕很难，原因还是第一点，下游的变化往往会更大。还有，你怎么知道你的通
量足够大，包括你要找的所有信息？比如，你做基因组，transcriptome，就够了？你
怎... 阅读全帖 |
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T****i
发帖数: 15191 | 27 高通量肯定有用，但也有很大的问题。
首先大量的correlation，哪些是重要的，哪些不是重要的，在不知道机理的情况下，
很难分辨。比如，并不是变化越大的就越重要，有些大的变化可能就是bystander，不
起多大作用。还有比如信号传导，下游的变化往往会更大。而你如果不知道该信号通路
，你可能就走入歧途。而如果你知道，说明高通量没产生新知识。
其次，系统太敏感，noise的问题就很大。最近做nextgen seq，结果就很烦人。
第三，很多高通量实验只是在某个时间点取样，比如肿瘤基因组学，你能拿到肿瘤的时
候，基本是中晚期了，高通量不高
通量得到的都是effect，不是cause。即使primary cause 还在，要想从那么多变化里
找到，恐怕很难，原因还是第一点，下游的变化往往会更大。不过这个不是高通量独有
的问题。
第四，你怎么知道你的通量足够大，包括你要找的关键信息？比如，你做基因组，
transcriptome，就够了？你怎么知道你不用看蛋白组，看看蛋白修饰什么的？
最后，就目前来看，高通量的产出和投入简直不成正比。那点产出，多数时候还是
confirm以前的知识或者产生... 阅读全帖 |
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M*****n
发帖数: 16729 | 28 Nextgen sequencing is the way to go.
在美国开这种公司比中国简单多了，不要声称作临床诊断，就提供sequencing 服务就
可以了，也不要做试剂盒，就不用怕人家山寨了。 |
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M*****n
发帖数: 16729 | 29 NEXTGEN 的reagent全都能买到阿
而且现在致病基因也没有专利了，随便测序。
中国还没有这方面的公司，俺一个亲戚家里有乳腺癌家族史，但是没地方测BRCA基因。
其实普通sanger，测一个基因没多少钱，只是DNA样品很难出国。
如果是做临床诊断，那就是一定要certified lab才能做的，不容易搞，但是如果不是
上临床诊断的，那就简单了。 |
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M*****n
发帖数: 16729 | 30 美国有很多医院本来就有molecular diagnosis, 那些clinical geneticist就是干这个
的。
俺们这儿就有，一下子可以测3000多基因，当然比较贵了，因为是保险公司出
23andme如果这么搞，就没有竞争力了。另一方面，这个测序结果如果给保险公司知道
了，进了病历，你就惨了，因为你的保险费就要涨了。所以这是一个dilemma.
俺们5年前就讨论过这个，没有universal healthcare，这样的公司是不能存活的，这
样的高科技业没办法用到临床上，是科研的可悲之处。
中国这方面不应该管的太死，因为中国的医疗是国家管，所以把nextgen 测序早点用到
临床上是一个超越美国的机会。 |
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C*****s
发帖数: 292 | 31 We have some bioinformatics openings in Atlanta, GA. Interested people with
strong Linux/Unix background and scripting skills, please upload your formal
resume to dropbox.com and send me the download URL. I can refer some
candidates to HR. These positions need to be filled quickly. Phone interview
may begin in next week.
If your experience in NGS is entirely on Galaxy or CLCBio, you can ignore
this.
Openings:
1) Senior Bioinformatics Scientist with team and client management
experience to a... 阅读全帖 |
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T****i
发帖数: 15191 | 32 学术界的大牛有很多是这种，只是大多没到这么无耻。也可能他是MD出身对生物学没有
多少真正的理解，以为生物实验就是试，酸不行，就上ATP。他可能根本没明白，晴子
的实验只要nextgen 结果发布，就已经盖棺定论了，不是技术不完善别人技术不好无法
重复的问题。 |
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h****n
发帖数: 333 | 33 23andme的技术是microarray，唾液没问题
如果用illumina的仪器nextgen sequencing的话，假设做targeted panel，唾液能采到
足够多的DNA吗？ |
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T*G
发帖数: 600 | 34 老大你们那不用 Qxt platform？用bravo automation, nextgen sequencing. |
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p*****e
发帖数: 560 | 35 【 以下文字转载自 Pharmaceutical 讨论区 】
发信人: pandane (大瞌睡虫), 信区: Pharmaceutical
标 题: 两个Job Openings
发信站: BBS 未名空间站 (Wed Jun 1 21:54:59 2016, 美东)
奉领导之命帮自己公司宣传一下，我们公司在NJ中部，几十人规模，主营molecular di
agnostics for personalized medicine and cancer testing。目前R&D部门有两个空缺
，主要做NextGen Sequencing/Assay development/CLIA validation方面的工作，有兴
趣的同学可以去monster搜索admera health,一个的名称是Senior Associate Scientis
t/Scientist I，另一个是Associate Scientist II/Senior Associate Scientist，欢
迎申请！如果有问题可以站内联系。 |
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f**********e
发帖数: 1994 | 36 过来人，先跑到 bioinformatics，再混进 nextgen sequencing，最后进了 IT 行业。
MD 这行如果不是 Karplus 这棵树上出来的，连屎都很难吃到热的。 |
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j******g
发帖数: 171 | 37 Today, I got an email inquiry about the donation methods. Now I am answering
you all.
1. The medical career board and I have exhausted all means (various
resources) to verify the two methods we provided on the board. All
communications are archived at MC board email account for the record.
2. The donation to the earlier method (atlanta168.com/Nextgen) is valid and were verified. The following is one email in this regard and approves the above donation went through. I will keep following up with |
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p*****e
发帖数: 560 | 38 奉领导之命帮自己公司宣传一下，我们公司在NJ中部，几十人规模，主营molecular di
agnostics for personalized medicine and cancer testing。目前R&D部门有两个空缺
，主要做NextGen Sequencing/Assay development/CLIA validation方面的工作，有兴
趣的同学可以去monster搜索admera health,一个的名称是Senior Associate Scientis
t/Scientist I，另一个是Associate Scientist II/Senior Associate Scientist，欢
迎申请！如果有问题可以站内联系。 |
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b********t
发帖数: 5261 | 39 可以看一下startdmj 在food版和nextgen版给我的回复，我不懂的有什么处理，但是我
觉得这个人是成心捣乱的。不知道ta生活上有了什么不爽要在bbs上这么发泄。 |
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c*****g
发帖数: 21627 | 40 聊天归聊天，人家好歹低调，
尼玛这nextgen版把杂种当光荣，恶心极了！ |
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s********2
发帖数: 763 | 41 投诉nextgen版版主lovingGrace的理由：
1，封人理由不充分
即使版规是“攻击宝宝”，那么请版主lovingGrace拿出有效的证据
据我观察，大家只是对版主lovingGrace的治版方案不满
2，封人过严
一些ID，明明是夸奖，结果却遭到封禁14天。版主凭个人喜好随意封人，有违治版方针
3，歧视
在混血儿已经成为优势群体的大语境下，版规只针对“混血”这种特权阶级进行特殊保
护，实际上已经造成对非混血群体的歧视 |
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s********2
发帖数: 763 | 42 所谓的“混血儿”已经在客观上占据了华人社会的特权阶级，
nextgen版版主lovingGrace压迫华人这个弱势群体，
不但没资格当版主，更不应该继续在mitbbs上继续存在 |
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s********2
发帖数: 763 | 43 要求弹劾nextgen版版主lovingGrace的理由：
1，封人理由不充分
即使版规是“攻击宝宝”，那么请版主lovingGrace拿出有效的证据
据我观察，大家只是对版主lovingGrace的治版方案不满
2，封人过严
一些ID，明明是夸奖，结果却遭到封禁14天。版主凭个人喜好随意封人，有违治版方针
3，歧视
在混血儿已经成为优势群体的大语境下，版规只针对“混血”这种特权阶级进行特殊保
护，
实际上已经造成对非混血群体的歧视 |
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g********d
发帖数: 19244 | 44 顶，支持
投诉nextgen版版主lovingGrace的理由：
1，封人理由不充分
即使版规是“攻击宝宝”，那么请版主lovingGrace拿出有效的证据
据我观察，大家只是对版主lovingGrace的治版方案不满
2，封人过严
一些ID，明明是夸奖，结果却遭到封禁14天。
另一些ID,PA扰乱版面制度，版主熟视无睹
版主凭个人喜好随意封人，有违治版方针
3，歧视
在混血儿已经成为优势群体的大语境下，版规只针对“混血”这种特权阶级进行特殊保
护，实际上已经造成对非混血群体的歧视 |
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P***3
发帖数: 1161 | 45 赞理性抗议，要求nextgen改版规，封sugarstar等歧视华人id，lovinggrace有责任对
乱删乱封道歉 |
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l*******s
发帖数: 7316 | 47 我是老顽固，导航还是用iGO。只不过换成了NextGen， 有实时路况。
不喜欢VOIP，只用来打国际电话，基本都是有wifi时打。 |
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u****l
发帖数: 5008 | 48 Under-19: NextGen Series, Inter's group
Inter have been drawn in Group 4 along with FC Basel, Tottenham and PSV
Eindhoven. These are the fixtures:
17 August: Basel v Tottenham;
31 August: Basel v PSV, Tottenham v Inter;
14 September: Inter v PSV;
28 September: Inter v Basel, PSV v Tottenham;
19 October: Basel v Inter; Tottenham v PSV;
2 November: Inter v Tottenham; PSV v Basel;
23 November: Tottenham v Basel; PSV v Inter.
The other groups are as follows:
Group 1: Barcelona, Manchester City, Celt... 阅读全帖 |
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u****l
发帖数: 5008 | 49 当初第一场对热刺输过1-7有模有？那时候俺还以为贝尔被下放了有模有。
决赛对ajax啊，人贩子队。
看官网，我球青年队正在阿森纳处训练，文革来指点江山了，是不是偷窥些可用之才？ |
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u****l
发帖数: 5008 | 50 本次参赛队，宇宙派的是C队么？
Aston Villa
Liverpool
Manchester City
Tottenham Hotspur
VfL Wolfsburg
Internazionale
Olympique de Marseille
Ajax
PSV Eindhoven
Molde FK
Rosenborg
Sporting Clube de Portugal
Celtic
Barcelona
FC Basel
Fenerbahçe |
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