A***a
发帖数: 255 | 1 我的clip-seq发现我的这个RNA binding protein结合在一处small ncRNA 上，而
Agonaut 也在此处有结合。怎样往下挖掘呢？此small ncRNA不曾被研究，功能一无所
知。 |
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发帖数: 1 | 2 因引用次数太少，需要提高，肿瘤，肝脏代谢疾病，microrna， ncrna 方向， 希望能
够找到可以提供引用帮助的朋友， 万分感激！！ 有意者请站内。本人手头有一些文章
要投，需要的话可以提供帮助。 |
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g*****n
发帖数: 241 | 3 大家觉得miRNA和ncRNA领域还有什么大的或者有趣的问题值得探索？
一起讨论一下 ：） |
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g*****n
发帖数: 241 | 4 谢谢提醒，我就是想讨论一下miRNA或者其他ncRNA机制方面的 |
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S*******e
发帖数: 94 | 5 我建议您应该做很多个RNAi，如果有几个有表型的long ncRNA，那你就继续做机理。
如果没表型，又没有酶活，又没domain，这样你再说进化，功能，调控，机制等等那就
只是discussion points。
long ncRNA不象是protein-coding genes，pc genes大部分都保守，只要再有个domain
prediction大概就能猜出来在那个水平起作用，再搞个genetics evidence，做个生化
实验，profile
下游，就能拉几个可能性然后弄个story凑合发表了。
而long ncRNA，首先大部分就不保守，有没有功能这就是个大问号。你拿到了表型也没
有story啊，而不拿到表型就更难讲了。
不过话虽如此，这正是因为有这么多不确定性，这个领域才有趣。 |
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c*********d
发帖数: 9770 | 6 荒猫牛不耕微信号laoniu003005
功能介绍
好文分享
来源：荒猫之舞
作者：荒猫
中美贸易战告一段落，毫不意外地，咱们又赢了。不过与以往不同的是，这次美国也赢
了，是双赢。据报道，咱们答应了美国减少贸易逆差的要求，所以美国赢了；而因为要
减少贸易逆差，中方将大量增加自美购买商品和服务，这样可以满足咱们不断增长的消
费需求和促进高质量经济发展，所以咱们也赢了。
但让我感觉不可思议的是，这么好的事情，为什么一直不做呢？为什么要在美国政府的
逼迫下去做呢？是因为没有想到？那岂不是说那些人能力低下？是因为想到了而不做，
那岂不是证明了那些人很坏？
而且在美国高调启动贸易战之初，咱们是抱着多大的决心，宁为玉碎不为瓦全，一定要
打赢的，一定要粉碎美国人阻挡咱们大国崛起的阴谋的。当美国提出500亿的清单时，
咱们针锋相对；当美国提出1000亿的清单时，咱们继续应战；而当美国把清单的总价提
高到2000亿的时候，一夜之间，美国就不是阻挡咱们大国崛起，而是有利于咱们大国崛
起了。美国的要求原来是有利于咱们的发展，而不是遏制咱们的发展了。我恍然大悟：
原来以前的针锋相对，是用的激将法，是为了刺激美... 阅读全帖 |
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x*******u
发帖数: 1 | 7 四川大学生命科学学院宋旭课题组主要从事肿瘤相关lncRNA的机制研究，需要招聘副研
究员与博士后各一名。实验室情况介绍请参照http://life.scu.edu.cn/Article/ShowArticle.asp?ArticleID=108。
副研究员（12-20万年薪）应聘要求：
1. ncRNA或肿瘤生物学基础研究相关的方向；
2. 在国际知名刊物上发表过论文；
2. 能独立申请国家科研项目；
3. 有良好的英文写作能力;
4.有责任心，有团队合作精神。
博士后应聘要求：
1. ncRNA或肿瘤生物学基础研究相关的方向；
2. 有较强的英文读写能力；
3. 较强的独立工作能力；
4. 热爱科研，有奉献精神。
感兴趣的朋友可将本人简历寄至：[email protected]
(function(){try{var s,a,i,j,r,c,l,b=document.getElementsByTagName("script");l=b[b.length-1].previousSibling;a=l.getAttribute('data-cfemail');if(a){s='';r=p... 阅读全帖 |
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n********k
发帖数: 2818 | 8 everything is possible...if you ask JM, he would be saying RNA is the rule
everywhere...In theory, RNA can be a tethering structure providing nice
binding specificity while RNP be the functional players...kind of like
module(a minimum functional unit). I look at si, miRNA or whatever this same
way. With that, one would predicate that si, miRNA etc etc could
potentially have either up/or down regulation function of gene expression,
pretty much dependent on the functional players they bind/recruit... 阅读全帖 |
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n******7
发帖数: 12463 | 9 说来惭愧，还做过两年ncRNA，长的短的都做过，但是一直对intronic ncRNA没什么了
解... |
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e******n
发帖数: 2 | 10 招聘行政助理、生物信息研究助理和博士后
清华大学医学院干细胞及表观遗传研究室 (August, 2011)
本实验室主要研究表观遗传调控机制在干细胞多能性、动物生长发育和癌变中的作用。
课题组研究背景：
http://www.tsinghua.edu.cn/publish/med/3157/2010/20101215191338
拟招聘实验室行政助理、生物信息研究助理和博士后各1 名。待遇参照清华大学标准，
提供有竞争力的薪酬（具体视个人情况而定）。
一、实验室行政助理1名：
工作职责：
1、协助管理实验室的日常运转，包括试剂、耗材和仪器订购及报修，各类文档和数据
的管理和备案;
2、 处理相关办公室事宜，包括科研经费管理、年度报告和学生工作。
3、辅助完成简单的生物学实验 （optional）。
资格要求：
1、 本科以上学历，年龄不限；具有生物、生物信息、计算机背景者优先;
2、 有较好的计算机操作能力、中文写作和打字能力; 较好的英语水平；
3、 具有较好的管理能力，善于沟通和交流，具有团队合作精神;
4、 具有极强的责任心，工作主动积极，办事利落、... 阅读全帖 |
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z*t
发帖数: 863 | 11 我觉得这个junk的定义就在变。以前只能把EST找出来，作为鉴定基因的办法。从ncRNA
发现后越来越多的以前认为junk的区域被找到harbor ncRNA。
另外我记得去年一篇cell瑞士人发现intragenic gene desert对早期发育hox的表达有
调控作用。
http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0092867411012
如果你考虑3d structure对gene regulation的影响的话就不能完全否定一部分“junk
”的作用。
但因为在脊椎动物的产生中多次发生病毒的integration，搞得俺们genome里很多Alu..
很多parasite sequence这个角度对于我们host确实是junk，关键是junk多少的问题 |
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m******g
发帖数: 467 | 12 Nature 13.12.05
推荐：
1. Genetic incompatibilities are widespread within species
Drosophila melanogaster recombinant inbred lines
Mendelian proportions among unlinked alleles
Genotype ratio distortion
Estimate: 1.15 pairs of epistatic alleles for any two genome
稍微了解一下：
1. RNAs leave yeast poised for action
Long ncRNAs accelerate activation of protein-coding gene
GAL genes released from repression
Long ncRNA speed upGAL expression
By recruiting a key enzyme needed
小知识：
1. Hormone boosts attractive... 阅读全帖 |
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m******g
发帖数: 467 | 13 Nature 13.12.05
推荐：
1. Genetic incompatibilities are widespread within species
Drosophila melanogaster recombinant inbred lines
Mendelian proportions among unlinked alleles
Genotype ratio distortion
Estimate: 1.15 pairs of epistatic alleles for any two genome
稍微了解一下：
1. RNAs leave yeast poised for action
Long ncRNAs accelerate activation of protein-coding gene
GAL genes released from repression
Long ncRNA speed upGAL expression
By recruiting a key enzyme needed
小知识：
1. Hormone boosts attractive... 阅读全帖 |
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S*******e
发帖数: 94 | 14 很多long ncRNAs本身就比较短，表达量又低不容易检测。所以担心150bp paired end
建库的时候就是300bp左右了，容易把一些lncRNA给弄断了弄丢了。所以我的一个很个
人的建议是，直接100-nt SE就可以。重点是测得深一些，后续分析仔细点。
至于exon-exon junction，其实也无所谓了。 long ncRNA gene的本身是热点，但的
splice variant其实感觉上也不是一个特别好的热点。因为做这个的需要后续，这时
候麻烦事或者无效劳动量也挺多，个人意见了。
还有就是strand specific library之后用Cufflinks这一套去拼接lncRNA。这个如果是
intergenic的，那还好说。如果是Antisense，这个如上文有人提到，有"很多tricky的
地方"，从tophat这一步就开始了。
另外就是Poly-A selection或者Ribosomal RNA depletion。其实这两个技术回答的问题
有点不一样。 如果没有什么特异的考虑，那么我个人觉得Poly-A selection鉴定
lncRNAs
就... 阅读全帖 |
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t*****i
发帖数: 13 | 15 这个应该是用GFP替换整个或者部分ncRNA gene,用GFP检测ncRNA promoter activity,
不存在不能表达的问题 |
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z**b
发帖数: 192 | 16 杂志很一般。有意者请将姓名，联系方式和研究背景在明早之前PM在下。 |
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z*********o
发帖数: 5 | 22 谢谢！楼上的这两位做lncRNA的确很牛，最近也拜读了John Rinn的lncRNA和p53今年的
那篇文章，再对他个人经历的一番了解后，的确是牛人。思路也借鉴一下。不知各位前
辈对未来ncRNA的热点怎么认识？miRNA还是LncRNA？两者似乎都还有很大的研究空间，
尤其后者？现在非常想做这两个方向，不知大家有何建议？谢谢！ |
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n********k
发帖数: 2818 | 23 really?
no need to get rid of rRNA, do u care about ncRNA? Or the facility you
use will do all this for you? Could you please elaborate on your
experience? how about the pricing then?
thanks |
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c*********r
发帖数: 1312 | 24 我做了四个RNA-seq样品，前两个是mRNA-seq，后两个是自己用invitrogen的Ribo-
Minus除去rRNA，期望能得到long ncRNA。样品是学校的Genomic core facility制备的
，一个大概$400多，测序和分析是在collaborator那里做的，目前没要钱，所以还不知
道他家的价钱。
但学校Genomic core facility的报价是：2x75 GA v5 kits：$2060/lane.
去年七月份在new mexico的一个institute做了一个咨询，价格大概是这样的：
Given:
- 2 libraries (you have already used the illumina SIPE kit to make paired
end library)
- Request for mRNA sequencing (PE)
- Sea urchin. genome size is ~850Mbases http://www.scienceonline.org/cgi/content/full/314/5801/941 so... 阅读全帖 |
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w*****j
发帖数: 49 | 25 我想align三个genome，两个是同一个family，另一个不是，应该用什么软件align合适
呢？我align的目的是为了找ncRNA，用mauve合适吗？ |
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b*****r
发帖数: 15 | 26 帮老板发个招PhD学生的广告，不知道发在这里合不合适，大家包涵
* PhD in Computational Evolutionary Genomics *
We are looking for a highly motivated and innovative PhD student to explore
the repertoire and the evolution of non-protein coding RNAs (ncRNAs) using
computational genomics.
The eukaryotic transcriptome appears now far more complex and extensive than
previously anticipated, with the majority of RNA transcripts originating
from outside of protein-coding genes. However, despite the increasing
interest in such transcrip... 阅读全帖 |
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s******s
发帖数: 13035 | 27 你这个问题太搞了，都说了mRNA-seq了，还指望啥ncRNA?
seq本身无所谓啥都行，关键你library怎么做而已 |
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n******7
发帖数: 12463 | 28 另外，我确实在我们的reference sequence里面就观察到了 dual frame 的exon
non-coding RNA也有可能，有些gene会同时产生mRNA和mRNA-like non-coding RNA （
现在叫lincRNA似乎更多一些）
不过我们现在研究的使protein，ncRNA得过滤掉。。 |
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j***x
发帖数: 1469 | 29 Meeting report
A Keystone for ncRNA
Hacisuleyman Enull, Cabili MN and Rinn JL
Genome Biology 2012, 13:315 (25 May 2012)
Please send to l************[email protected] |
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D*a
发帖数: 6830 | 30 plus 宏观对象的 学科 不能和protein dna ncRNA 等微观对象的学科 比较IF score
无论animal or plant
实验技术条件的限制是客观存在滴。。。不是我想解决就解决了的。。。 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 31 En
plus 宏观对象的 学科 不能和protein dna ncRNA 等微观对象的学科 比较IF score
无论animal or plant
pls refer:
请动物所公布评估结果，看看有无问题？
作者：亚虎
动物研究所包括分类与系统学、生态与保护、农业虫鼠害综合研究、细胞膜、
生殖生物学（也多数在细胞水平上开展工作）。前三个被叫做“宏观口”，后两
个被叫做“微观口”。多学科混杂的研究所，也是很难用一个尺度评估的单位。
动物所的国际评估结果分为A, B, C三级；之后又按国际评估占70%， 5年来
的绩效占30%加权，再按比例分为A+，A,(A+B)/2, B, C, D， 进而进行资源分配。
但是国际评估和绩效都存在一定的问题。
国际评估分成宏观和微观两个组进行。国际评估委员由12个海外华人学者组
成（真正的国际评估应该找国际同领域专家），他们没能涵盖动物所的所有学科，
而且4个人去考核微观口，8个人考核宏观口，最后统一打分，评估结果能无偏差？
这个意见早已有人提出。
更有甚者，2005年-2008年的所内绩效，主要是根据发表论文的数量和影响
因子乘以1000计算的。由... 阅读全帖 |
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Z**********g
发帖数: 222 | 32 junk DNA有用的例子不要太多吧，包括很多ncRNA和pseudogenes。你咋知道junk DNA对
genome structure和gene expression regulation没有很威猛的作用呢？ |
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b****r
发帖数: 17995 | 33 起码目前的证据，大部分的非编码区有或没有都看不到什么后果
我相信现在没有谁会把ncRNA区域叫做junk DNA吧。pseudogene也就是极个别貌似有些
功能，并不能改变基因组的绝大部分至今也没发现有什么功能这一基本事实
大片段敲除老鼠基因组的实验做得很多了，起码目前的证据是支持junk DNA对
genome structure和gene expression regulation没有很威猛的作用 |
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j****x
发帖数: 1704 | 34 手边没有现成的例子，只是个人的猜测
pseudogene能够转录不算新闻了，某种意义上，这些transcripts也可以算ncRNA，甚至
是有调控功能的，这方面已经有一些报道了。另一方面，pseudogene往往是成簇的，虽
然由于选择压力的大幅降低（如果不是完全消失得话），各自会累积不同的突变，但彼
此仍然保持很高的序列相似性是必然的。
我个人怀疑，ENCODE里很多新发现的lncRNA，其实可能就是源自pseudogene的转录产物
，我想这块应该有人正在相关数据分析吧 |
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m*******n
发帖数: 387 | 35 这个是不是太乐观了啊
比如linkage analysis，我看到一个实验室对一个疾病进行家谱deep-seq
搞了好多的family
前面讲的很fancy，感觉跟你的乐观程度一样
linkage analysis，非常sharp的一个峰
几个找到的SNP或者说是mutation，是个很奇怪的点
跟基因和ncRNA多搭不上
一个大牛就问了，你愿不愿做knockin mouse看看有没有表型。。。
问题是下游根本没法做功能性实验，先验证多没法子
请教这个问题在哪里呢？
epigenetics
conclusive |
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s******s
发帖数: 13035 | 36 我的印象中，这玩意儿现在认为就像一个scaffold protein，loop出来无数
binding domain, 识别以及recruit各种分子在一起。我觉得，如果能figure
out识别序列，进而设计新的ncRNA，尤其如果做epigenetic editing，肯定很火 |
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S*******e
发帖数: 94 | 37 这个领域还很有前景。传统角度的生化和机理方面已经不如从前了。
但具体到物种、器官、细胞特异的发育和功能调控方面还是有很多重要问题没有解决。
再融合genomics，ncRNA,POLII pausing,TF binding, 3D chromatin等等方向还是有很
多东西可以做，这个领域再持续热若干年没问题。 |
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s******s
发帖数: 13035 | 38 我觉得你考虑这些东西之前，先去看看你这个cell的genome browser这个位置有没有表
达，比如你这个基因，其他基因，ncRNA等等。当然，你说的这些都有可能 |
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d****7
发帖数: 109 | 39 Actually, no, although my phd supervisor is his good friend! He is still
doing histone modification ChIP-seq stuff, not TF, and recently he just got
interests in PADI4, H1 citrillination, ncRNA in stem cells. I have a friend
in his group.
Yes, I do believe in luck!
Thank you! |
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s******s
发帖数: 13035 | 40 找一堆RNA类似物把这玩意儿block了看phenotype? |
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x*****d
发帖数: 704 | 41 next: miRNA structure prediction and targets prediction. |
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a***l
发帖数: 32 | 43 clip-seq研究的是此蛋白bind small RNA,这个数据太表象了.......你要做此蛋白还是
做small RNA啊.....还是要做蛋白结合small RNA的function significance....
若此small rna功能都未知,建议先做small rna classification/function, RNAi,
overexpression study function et al...
但你做clip-seq很明显侧重点是你那个RNA binding protein而不是small rna, 如果此
small rna功能都未知,这种superficial binding data不值得深入,........that's my
suggestion... |
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A***a
发帖数: 255 | 44 this is what i tried first.
only found one miRNA homolog,but no targets found |
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A***a
发帖数: 255 | 45 开始是做这个RBP，是个splicing factor,可做了几年都没有大突破，发现这个binding
，想着能不能有些新东西。
my |
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c********b
发帖数: 363 | 49 对于Cell Res的那篇，我是一直持怀疑态度的：
1） fig3b,c,10000X多的miR168a才能减少40%的蛋白量，到了fig5里面2.5X多的
miR168a就能造成50%的蛋白量减少。这实在是让人很怀疑是technical error或者别的
什么非scientific的原因。
2）fig5c里面rice 6h＋anti-ncRNA就应该比rice 6h有significant的变化吧，这个
control也不好用。
很多时候应该仔细看data，我觉得这篇的数据问题很多。当然，对于Nat biotech的那
篇，还没有读，但是时间会检验的。 |
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m**********2
发帖数: 6568 | 50 你让我吃惊。不读文章的？非编码Rna dark matter 的说法好几年了，nature science
上都有大标题。随便浏览一下也会见过。记者会自己狗到这个名词说不定还挺自豪的
前两年我在公司里宣讲ncrna 的Ppt一直都有黑物质这个吸引外行的slide |
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