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全部话题 - 话题: mothur
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s*****7
发帖数: 96
1
来自主题: Biology版 - Mothur workshop in Detroit
有人参加今年3月份 (24-26)在底特律的Mothur workshop 的吗?本人 (男)想找人
share 一下酒店。有意的话请站内发新,谢谢。
L****e
发帖数: 499
2
来自主题: Biology版 - Mothur workshop in Detroit
请问一下Mothur是啥意思啊,金山词霸竟然查不到 FT
s*****7
发帖数: 96
3
来自主题: Biology版 - Mothur workshop in Detroit
www.mothur.org/
s*****7
发帖数: 96
4
来自主题: Environmental版 - Mothur workshop in Detroit
有人参加今年3月份在底特律的Mothur workshop 的吗?本人 (男)想找人share 一下
酒店。有意的话请站内发新,谢谢。

发帖数: 1
5
来自主题: Biology版 - 16S 序列分析
kraken用法照manual就可以了吧, kraken的方便之处是直接将每条序列分类。 不过
16S的常规做法一般都是先做OTU table.
主流是Qiime和Mothur,使用都很简单,都有SOP. 但如果你没安装qiime的话,安装可
能头大点,直接上虚拟机好了。
还有就是qiime的illumina SOP 初始是没有demultiplex的。
如果你的初始文件是已经demultiplex好的paired end reads, 可以看一看这个教程:
http://bioinformatics-ca.github.io/analysis_of_metagenomic_data_module2_lab_2016/
也就是说可以用 qiime, pear, usearch, 甚至mothur,先把所有的序列合并了, 再输入
qiime pipeline.

发帖数: 1
6
The University of Southern California (USC) Health Sciences Libraries (HSL)
is seeking an innovative service-oriented individual who is passionate about
providing cutting-edge bioinformatics support to our research community.
Since its inception in 2005, the Norris Medical Library (NML) Bioinformatics
Service has provided bioinformatics support to USC faculty, postdoc, staff,
and students, and is now one of the leading library-based bioinformatics
service programs in the nation. Its recent imple... 阅读全帖
w***n
发帖数: 738
7
是用软件mothur做的,我也不清楚算是什么格式
一个包含所有序列名字的文件,每个otu之间用“;”隔开,otu内部不同序列名用“,
”隔开

taxonomy
m******i
发帖数: 73
8
虽然我的问题都很初级, 太感谢您的解答了.
探针设计,看来很复杂的东西, 比如说我想看1000个细菌, 如果
已知到他们的序列 (每个大概 3-400碱基序列),这种情况下,一般
您觉得需要多少个探针呢? 一般需要几个探针来确定一个细菌呢?
如果已知序列, 有没有什么软件,可以优化探针的设计?
另外的话,如果我们做454 pyrosequencing, 测序中心
给我的数据是什么格式的? 是fasta还是其他的呢?
是不是也会给出primer和barcode 的序列?
如果这些都有了, 有没有什么软件能比较样品组之间的细菌种类和强度的差别.
我听说有个东西叫Mothur,不知是干这个用的吗?
很抱歉,太多的问题,好不容易逮着您这个懂行的.

RNA

发帖数: 1
9
The University of Southern California (USC) Health Sciences Libraries (HSL)
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