发帖数: 1 | 1 【 以下文字转载自 I140 讨论区 】
发信人: vagrantchild (vagrantchild), 信区: I140
标 题: guest editor 机会， gut microbiome
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Jan 7 20:42:02 2016, 美东)
Journal: Evolutionary Bioinformatics (impact factor: 1.452)
Scope: Gut microbiome diversification and relation to disease
Tasks:
Solicit 3-5 manuscripts
Benefits of the role:
The work will be a valuable contribution to guest editors’ CVs and will
also become members of the journal’s editorial board when the supplement is
published. Each guest editor ... 阅读全帖 |
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p*******1
发帖数: 495 | 2 这两年这个东西莫名其妙地火了，从人到植物，究竟这些微生物对人类和植物有没有决
定性的影响，没有这些微生物，人和植物就不能很好地生长了么？？？
个人一直觉得这个东西是新瓶子装旧酒，或者是旧瓶子装新酒，总之对过分夸大
microbiome的影响力就是不能完全苟同。这些微生物和病原物完全不同，病原物致病是
实实在在存在在那里的，可是这些microbiome 并不能致病啊，谁知道它们到底起着多
大的影响力呢？？？
这股浪潮究竟多久会过去呢？还能再火五年么？？？ |
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发帖数: 1 | 4 Journal: Evolutionary Bioinformatics (impact factor: 1.452)
Scope: Gut microbiome diversification and relation to disease
Tasks:
Solicit 3-5 manuscripts
Benefits of the role:
The work will be a valuable contribution to guest editors’ CVs and will
also become members of the journal’s editorial board when the supplement is
published. Each guest editor may assign a discretionary fee waiver to their
own paper or a colleague’s paper solicited by them. The guest editorial
will contain a profile of eac... 阅读全帖 |
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p****s
发帖数: 3153 | 5 长期因为感染服用大量抗生素的病人，体内的肠道菌群会遭到极大破坏，导致某些十分
有害的菌群占主导地位。microbiome的概念就是用健康的肠道菌群植入病人体内，使得
健康菌群重新占据主导地位，从而消灭有害菌群，挽救病人。具体怎么植入有很多方法
，有时候就是直接植入大便啦。 |
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o******n
发帖数: 511 | 6 microbiome is all the genomes of the microbial populations associated with a
host (human, plants, etc)。
常见的植入方法有从肛门导入，或者从鼻子（or嘴巴？）插根管子到肠子里，把粪便悬
浮液灌进去 |
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w*****y
发帖数: 1201 | 8 microbiome真正需要做的是了解功能，不是简单的做个测序，分类就完了，这个纯粹没
啥用。
前几天还有个cell上的文章说，婴儿出生之后，用抗生素，很有可能会导致肥胖，这个
纯粹胡扯。
肥胖做了这么多年，都没搞明白，基因对这个影响到底有多大，更不要说后天的环境了。 |
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D*a
发帖数: 6830 | 9 前几天看到一篇综述题为
Gut microbiome and anticancer immune response: really hot Sh*t!
是否Hot sh*t won't be hot soon? |
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x********e
发帖数: 35261 | 10 上一期CELL SNAPSHOT就是human microbiome。看半天都没看出想传递的信息。 |
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s******y
发帖数: 28562 | 11 现在很多所谓的microbiome的工作做的太表面了。
了。 |
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d********m
发帖数: 3662 | 12 严肃的生物学研究开端就是从分类，类聚开始的，也是一直延续这种模式。microbiome
的现在研究模式还是正确的。贸然的进入所谓的机制性研究，在实验工具不完备的现实
下，出来的又是一堆一堆垃圾。 |
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z*t
发帖数: 863 | 13 我个人觉得很好玩的一个方向，当然很多paper很扯淡（比如之前看过一个亲代饮食影
响microbiome引起子代行为变化……）最近nature上有个新闻说现在好像最
大的问题是可重复性很差。 |
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发帖数: 1 | 15 07 Nov 2019
Just as the clamor about Biogen’s seeking FDA approval for aducanumab with
one positive Phase 3 trial started to die down, a Chinese company garnered a
regulatory thumbs-up for its drug, also with one Phase 3 trial. On November
2, Shanghai Green Valley Pharmaceuticals announced that China’s National
Medical Product Administration (NMPA) had conditionally approved GV-971, aka
oligomannate, for the treatment of mild to moderate Alzheimer’s disease.
Full approval, expected to come in sp... 阅读全帖 |
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P****D
发帖数: 11146 | 16 http://www.sciencemag.org/content/336/6086/1248.full
Published Online June 6 2012
Science 8 June 2012:
Vol. 336 no. 6086 pp. 1248-1250
DOI: 10.1126/science.336.6086.1248
News
News
My Microbiome and Me
Mara Hvistendahl
Zhao Liping combines traditional Chinese medicine and studies of gut
microbes to understand and fight obesity.
Introduction
Perspectives
ScienceIs It Time for a Metagenomic Basis of Therapeutics?
ScienceHonor Thy Gut Symbionts Redux
Science Translational Med... 阅读全帖 |
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p**m
发帖数: 3876 | 17 10 break through of 2010...
Dark Genome
The Dark Genome
Since the publication of the human genome sequence in 2001, scientists have
found that the so-called junk DNA that lies between genes actually carries
out many important functions.
Precision Cosmology
Precision Cosmology
In the past decade, cosmologists have deduced a very precise recipe for the
content of the universe, as well as instructions for putting it together,
transforming cosmology from a largely qualitative endeavor to a precision... 阅读全帖 |
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s******y
发帖数: 28562 | 18 另外，说一个不是很政治正确的话，其实癌症免疫以及microbiome都和中医里的一些用
了很久的治疗思路类似。尤其是microbiome，用健康人的大粪来做药什么什么的，其实
不就是“人中黄”么？方舟子要是知道了该气死了。
还有前几天Nature 还是Science上发了一篇文章，说是diet的构成能够quickly and
reproducibly的改变肠道细菌的构成。我看了一眼，心想，我们的老人们顽固的把一些
食物分为凉，热，平，温什么什么的，也许是有一点道理的吧？
这个版上很多人一说起中医就喊打喊杀的，其实没有必要。中医里面的很多东西还是很
有意思的，只不过我们的老祖宗们不懂得科学，所以很多方法虽然有用，但是解释起来
都是混混谔谔的胡乱编个理由。如果用科学的方法来重新梳理一下里面的东西应该会很
有意思吧。
microbiome) |
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o******n
发帖数: 511 | 19 microbiome没那么玄，但也没那么不堪。我个人觉得只有gut microbiome和疾病/免疫
有很大的关系，但我不喜欢一股脑都往那上头扯，至于身体其它部位的microbiome那多
半是exploratory性质的，忽悠居多。
提到probiotics，其实市售的probiotics很多都不纯，一是时间长了有污染，也因为没
人仔细检查菌源，而很多厂的菌源来自一个地方。另外probiotics不是commensal
bacteria，只是过客而已，所以得不停吃。
用fecal transplant的确可以治c. diff，就是用健康人的菌群把c. diff给竞争死了，
但我不确定那些菌群在病人体内能不能扎根，听说有的人要接受不止一次fecal
transplant治疗。 |
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c****l
发帖数: 53 | 20 最近和几个学生物的朋友聊天,他们是在读PhD或者PhD刚毕业不久, 各自都在弄自己的
公司. 有中国有美国的, 我听了之后还蛮惊讶的, 因为我自己印象中生物不像计算机那
么容易创业. 后来我仔细想想, 其实关键是大家有没有创业这个想法. 如果你有这个想
法, 在做很多事情的时候, 就会琢磨怎么把这个技术或产品卖出去,卖给谁这些问题.
机会只给有准备有想法的人.
相比较而言, 我周围也有很多学生物的朋友, 每天就是想着怎么发CNS, 我有时候劝他
们, 要不要考虑把自己的研究的问题转化成公司, 他们一般都是很干脆的说, 做得太基
础了, 没法转化. 这个我很同意, 有些东西表面看起来确实很难转化, 但我觉得至少要
花点时间思考一下有没有这个可能, 而不是想都不想就觉得没戏. 另外很多东西也可能
只是炒概念, 比如我PhD是做microbiome的, 现在microbiome相关的创业公司也是层出
不穷, 但是能有几个公司技术目前能真正用到临床. 所以我觉得很多东西, 刚开始就是
个概念. 我想很多做生物的朋友, 你们研究的东西, 不比microbiome差吧? 你们做
presentat... 阅读全帖 |
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c*********r
发帖数: 1312 | 21 说点我个人的经历和想法，我博后本来想转微生物偏测序分析方向，但是由于种种原因
没有转过去。
我如果转过去了，本来计划是做几年博后回武大的。我本科在武大微生物学系，PhD和
博后做了发育和进化了，偏测序分析。关于回国找工作，我就说一个我知道的，武大微
生物学系最近九年左右只招到一个新PI，快退休的几个老师特别想招几个年轻的PI回去
培养，以后好把他们的各种资源逐渐交给年轻人。系里做主的老师都和我们联系过。可
惜我们这几届的学生里，我所知道的都没有做微生物的或者没有回去的意向。
如果你以后你找国内的工作，如果武大微生物系是一个可以考虑的选项，可以和我联系。
关于美国的微生物实验，我真是外行。我当时特别想去波士顿的几个做微生物的实验室
。其中一个大牛实验室Ramnik Xavier，前段时间在LinkedIn等地方放了好几个招博后
的广告，都是利用测序做Microbiome和宿主之间的相互作用等方向的研究的。我还想去
Eric Alm实验室来着，但是人家没理我。。。我的PhD background也不是微生物，所以
想转过去很难。。。
这两个PI都是MIT新成立的一个Center for M... 阅读全帖 |
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I******i
发帖数: 203 | 22 尝试着读了些microbiome的文章，感觉挺有意思的。microbiome看上去好牛。可惜我目
前对ngs一无所知，感觉我如果开展这方面的研究挺困难的，主要是没什么ngs的实验和
分析基础。我如果想自学microbiome的
话，大家有没有什么推荐的材料让我可以入门。谢谢！ |
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发帖数: 1 | 23 别的我不知道，我只知道matthew wong同学其他3个作者，哪个都不白给，哪个都不是
民科，事实上这是并列第一作者文章
你是要大家做作业啊，还是听听专家的意见啊
Evidence of recombination in coronaviruses implicating
pangolin origins of nCoV2019
Matthew C. Wong, BS, 1#
Sara J. Javornik Cregeen, PhD, 1#
Nadim J. Ajami, PhD, 2
Joseph F. Petrosino,PhD, 1*
1Alkek Center for Metagenomics and Microbiome Research, Department of
Molecular Virology and Microbiology, Baylo... 阅读全帖 |
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P****D
发帖数: 11146 | 24 http://www.guokr.com/article/221171/
赵立平：我和我的肠道菌群
歙砚 2012-06-11 13:26:12
《科学》刊文，讲述了中国微生物学家赵立平利用自己的肠道菌群破解肥胖症的故事。
（文 / Mara Hvistendahl）说起来是个老套的故事了。1987 年，赵立平跟他的大学同
学藉刘英结婚。两年不到，他们有了一个女儿，赵立平还完成了他的博士学位。新的压
力加上美食——藉刘英做得一手好菜——我们的微生物学家长胖了。到 1990 年，赵立
平在山西太原的中国农业科学院成立环境微生物学实验室时，他的体重已经从之前的
60 公斤增至 80 公斤。后来，在美国康乃尔大学读博士后期间，他又长胖了 10 公斤
。到 1995 年回国时，赵立平的腰围量起来足足有 110 厘米，整个人的健康状况也极
为糟糕。
赵立平减肥前后的对比。赵立平认为，调节肠道菌群是他减肥成功的关键。（图片：赵
立平）
进入平台期的科研
转机出现在 2004 年，赵立平读到了一篇论文，这篇论文最终改变了他的职业生涯，也
重新塑造了他的体型。论文的主要作者、杰弗里·戈登（Jeffre... 阅读全帖 |
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k****r
发帖数: 24 | 25 AGENDA – TUESDAY, SEPTEMBER 20, 2011
8:00 a.m. Welcome and Introductions of the 2011 NIH Director’s Pioneer
Awardees
8:30 a.m. Cheng Chi Lee, Ph.D.
University of Texas Health Science Center at Houston
5’-AMP-Induced Deep Hypometabolism in Mammals: Insight Into Its Mechanism
and Potential Applications
9:00 a.m. Karla Kirkegaard, Ph.D.
Stanford University School of Medicine
Quenching Rainbows: Suppressing Diversity in RNA Viruses
9:30 a.m. Evgeny A. Nudler, Ph.D.
New York University Sc... 阅读全帖 |
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l********k
发帖数: 14844 | 26 http://www.nature.com/nature/journal/v464/n7290/full/nature0893
Transfer of carbohydrate-active enzymes from marine bacteria to Japanese gut
microbiota
"we show that genes coding for these porphyranases, agarases and associated
proteins have been transferred to the gut bacterium Bacteroides plebeius
isolated from Japanese individuals5. Our comparative gut metagenome analyses
show that porphyranases and agarases are frequent in the Japanese
population6 and that they are absent in metagenome data7... 阅读全帖 |
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b******k
发帖数: 2321 | 27 没觉得microbiome折腾出啥来了呀 感觉也是个大坑 什么话题都可以往里面埋
microbiome) |
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t**********8
发帖数: 223 | 28 谁能帮忙帮我找一下这两篇小paper?有包子！非常感谢！我的email是，sheyue@yahoo.
com
1. Author response to comment on "The placenta harbors a unique microbiome".
Aagaard KM
Sci Transl Med. 2014 Sep 17;6(254):254lr3
PMID:25232176[PubMed - in process]
2. Comment on "The placenta harbors a unique microbiome".
Kliman HJ
Sci Transl Med. 2014 Sep 17;6(254):254le4
PMID:25232175[PubMed - in process] |
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c*********r
发帖数: 1312 | 29 多谢科普！学习了。
George C. Williams的Wiki：He [George C. Williams] elaborated this view in
later books and papers, which contributed to the development of a gene-
centered view of evolution; Richard Dawkins built on Williams' ideas in this
area in the book The Selfish Gene.
现在搞清楚了道金斯那本书的理论来源了。这个是不是可以这样理解：一个有科学素养
的好作家（道金斯）把一个优秀科学家（George C. Williams）的理论（基于基因的演
化）写成了一部惊世骇俗的科普作品（自私的基因），并且取得了极其巨大的社会影响。
我觉得现在的科学发展翻天覆地，如果那些有着良好科学素养的好作家能抓住机遇，肯
定能写出优秀的作品，不但是自己的成功，也是对学术和科普的贡献。文学功底不错的
Biologists可以考虑一下哈。
我先开个脑洞想几个题... 阅读全帖 |
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j****n
发帖数: 3370 | 30 上高大上的microbiome
现在美帝投了巨多钱
天朝也马上要跟进搞microbiome initiative |
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d****o
发帖数: 32610 | 32 都跟你说了
多抗性菌株
交叉感染吃到肚子里
就算没病
抗性基因可以在你体内microbiome里横向转移
结果就跟你个人滥用抗生素一样 |
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o******n
发帖数: 511 | 34 I think enema just works in a similar way to probiotics by changing the gut
microbiome. So if you've tried probiotics, enema probably wouldn't work for
you, either. |
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o******n
发帖数: 511 | 35 okay, I have to modify what I just posted. If taking antibiotics works for
you, which I think is killing most bacteria in your gut, then your gut
microbiome has something to do with the odor. Enema works better than
probiotics in sending bacteria to your gut, but you need a healthy donor of
poops. |
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f***y
发帖数: 4447 | 36 The DNA methylation landscape of human early embryos
....Fuchou Tang & Jie Qiao
Affiliations
Contributions
Corresponding authors
Nature (2014) doi:10.1038/nature13544 Received 10 November 2013 Accepted
30 May 2014 Published online 23 July 2014
Alterations of the human gut microbiome in liver cirrhosis
.... S. Dusko Ehrlich, Shusen Zheng & Lanjuan Li
Affiliations
Contributions
Corresponding authors
Nature (2014) doi:10.1038/nature13568 Received 07 April 2013 Accepted 09
June 2... 阅读全帖 |
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x****6
发帖数: 4339 | 37 性高潮不是生命科学的前沿，研究的人不多，而且太主观，现在连性高潮的定义都有分
歧。
我倒是有一同事研究阴道microbiome的，发现XOXO和例假对细菌群落的没什么影响。 |
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z**********e
发帖数: 22064 | 38 http://news.sohu.com/20161129/n474392179.shtml
2016-11-29 07:21:23来源：一财网
瑞典学者乔奇姆·拉尔森(Joakim Larsson)不会想到，他发表的一篇研究论文会在
中国引起广泛关注。近日，一则“北京雾霾中发现耐药菌”消息被传播开来，其中引用
的是拉尔森的研究。
拉尔森作为瑞典哥德堡大学抗生素耐药性研究中心主任，包括他在内的四位学者在
《Microbiome(微生物)》期刊发表了《人、动物和环境耐药基因组的结构与多样性(The
structure and diversity of human，animal and environmental resistomes)》，
其中提到从北京一次雾霾天的14份空气样本中检测出抗生素耐药性基因(下称“耐药性
基因”)。
雾霾里发现耐药性基因，那还能正常呼吸吗?
对此，北京市卫计委相关专家回应，其实在人类周围环境中存在大量细菌，它们对
人体无害，大量细菌和人类是共生共存的关系。细菌的耐药性和致病性是完全不同的概
念，耐药性的增加不意味着致病性的增强。人体自身具有免疫力，这些... 阅读全帖 |
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发帖数: 1 | 41 西医给吃屎起个高大上的名字叫microbiome transplant
: 那是，肯定没有中医放血喝尿牛逼。
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C*I
发帖数: 4736 | 42 最近这些天，lubbock一直拼命宣传病毒不是武汉所泄露出来的，明说暗示可能是美国
人投的毒。因此，刻意从bioRxiv上找来了一个matthew wong的未经正式发表preprint
的paper来佐证。说蝙蝠病毒不是新冠状病毒的initial病毒，穿山甲所带的冠状病毒才
是这次武汉病毒的原始宿主。为此，接二连三的在买买提开贴，带领一帮大小男女五毛
，乎着号子制造舆论风潮，误导视听，百般为病毒所解脱。
既然lubbock过来过去都是这个什么马来西亚人matthew wong的论文，那我们就看看这
matthew wong到底是个什么人物了。
按照bioRxiv的公开介绍，这watthew wong，只是一个大学本科/bs的学生，既没有硕士
学位，也不是phd candidate, 而是在 Alkek Center for Metagenomics and
Microbiome Research, Department of Molecular Virology and Microbiology,
Baylor College of Medicine上学或者工作。
至于他对新冠病毒的... 阅读全帖 |
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C*I
发帖数: 4736 | 43 lubbock34，又名“胡汉三又回来了”，从名字判断，其年龄在53岁以上，职业应当是
个5毛。因为其马甲连续系列被多少穿戴使用，难说不是个5毛团伙。
最近这些天，lubbock一直拼命宣传病毒不是武汉所泄露出来的，明说暗示可能是美国
人投的毒。因此，刻意从bioRxiv上找来了一个matthew wong的未经正式发表preprint
的paper来佐证。说蝙蝠病毒不是新冠状病毒的initial病毒，穿山甲所带的冠状病毒才
是这次武汉病毒的原始宿主。为此，接二连三的在买买提开贴，带领一帮大小男女五毛
，乎着号子制造舆论风潮，误导视听，百般为病毒所解脱。
既然lubbock过来过去都是这个什么马来西亚人matthew wong的论文，那我们就看看这
matthew wong到底是个什么人物了。
按照bioRxiv的公开介绍，这watthew wong，只是一个大学本科/bs的学生，既没有硕士
学位，也不是phd candidate, 而是在 Alkek Center for Metagenomics and
Microbiome Research, Department of Mole... 阅读全帖 |
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C*I
发帖数: 4736 | 44 lubbock34，又名“胡汉三又回来了”，从名字判断，其年龄在53岁以上，职业应当是
个5毛。因为其马甲连续系列被多少穿戴使用，难说不是个5毛团伙。
最近这些天，lubbock一直拼命宣传病毒不是武汉所泄露出来的，明说暗示可能是美国
人投的毒。因此，刻意从bioRxiv上找来了一个matthew wong的未经正式发表preprint
的paper来佐证。说蝙蝠病毒不是新冠状病毒的initial病毒，穿山甲所带的冠状病毒才
是这次武汉病毒的原始宿主。为此，接二连三的在买买提开贴，带领一帮大小男女五毛
，乎着号子制造舆论风潮，误导视听，百般为病毒所解脱。
既然lubbock过来过去都是这个什么马来西亚人matthew wong的论文，那我们就看看这
matthew wong到底是个什么人物了。
按照bioRxiv的公开介绍，这watthew wong，只是一个大学本科/bs的学生，既没有硕士
学位，也不是phd candidate, 而是在 Alkek Center for Metagenomics and
Microbiome Research, Department of Mole... 阅读全帖 |
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C*I
发帖数: 4736 | 45 lubbock34，又名“胡汉三又回来了”，从名字判断，其年龄在53岁以上，职业应当是
个5毛。因为其马甲连续系列被多少穿戴使用，难说不是个5毛团伙。
最近这些天，lubbock一直拼命宣传病毒不是武汉所泄露出来的，明说暗示可能是美国
人投的毒。因此，刻意从bioRxiv上找来了一个matthew wong的未经正式发表preprint
的paper来佐证。说蝙蝠病毒不是新冠状病毒的initial病毒，穿山甲所带的冠状病毒才
是这次武汉病毒的原始宿主。为此，接二连三的在买买提开贴，带领一帮大小男女五毛
，乎着号子制造舆论风潮，误导视听，百般为病毒所解脱。
既然lubbock过来过去都是这个什么马来西亚人matthew wong的论文，那我们就看看这
matthew wong到底是个什么人物了。
按照bioRxiv的公开介绍，这watthew wong，只是一个大学本科/bs的学生，既没有硕士
学位，也不是phd candidate, 而是在 Alkek Center for Metagenomics and
Microbiome Research, Department of Mole... 阅读全帖 |
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B***o
发帖数: 549 | 46 哈哈，都是灌水，
咱们是该相信来自于海外华人第一网站匿名千老[email protected]，
还是该相信四个人实名的、来自于知名大学的教授[email protected]？
哪个是民科？
咱们外行不禁陷入沉思！
: 别的我不知道，我只知道matthew wong同学其他3个作者，哪个都不白给
，哪个
都不是
: 民科，事实上这是并列第一作者文章
: 你是要大家做作业啊，还是听听专家的意见啊
: Evidence of recombination in coronaviruses
implicating
: pangolin origins of nCoV2019
: Matthew C. Wong, BS, 1#
: Sara J. Javornik Cregeen, PhD, 1#
: Nadim J. Ajami, PhD, ... 阅读全帖 |
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z*******4
发帖数: 285 | 47 算了，你脑子大概也被活摘过
懒得跟你解释，贴个清单吧：
累计研究数量 注册号 注册日期 研究者单位 研究者单位（英文） 注
册题目 注册题目（英文) 预计纳入参试者日期
1 ChiCTR2000029308 1/23/2020 武汉市金银潭医院（武汉市传染病医院）
Wuhan Jinyintan Hospital (Wuhan Infectious Diseases Hospital) 一项评价
洛匹那韦/利托那韦和干扰素-α2b联合治疗武汉新型冠状病毒肺炎(COVID-19)住院患者
的疗效和安全性随机、开放、空白对照的研究 A randomized, open-label, blank-
controlled trial for the efficacy and safety of lopinavir-ritonavir and
interferon-alpha 2b in hospitalization patients with novel coronavirus
pneumonia (COVID-1... 阅读全帖 |
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发帖数: 1 | 48 西医说了，吃粪可以调理肠道菌落，microbiome ，不用去中国，就地吃粪就可以。
所以很多美国人就不麻烦中国了。
: 到美国看病生孩子的中国人一大堆，你能举出几个非华人的美国人到中国吃中药
的例子？
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发帖数: 1 | 49 屎是 microbiome treatment，大补！
---大咪咪 |
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s**u
发帖数: 9035 | 50 Faculty position in human genomics at the Institute for Genome Sciences,
University of Maryland, Baltimore
The Institute for Genome Sciences is seeking a new faculty member at
the Assistant/Associate/ Professor level in the area of human genomics/
bioinformatics.
The Institute currently has 23 highly collaborative faculty working on
the human microbiome, human genome sequencing, genetic variation,
cancer genomics, host/pathogen interactions, and other areas of
interest related to modern genomics... 阅读全帖 |
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