j****x
发帖数: 1704 | 1 太懒啦...
From Wiki:
A splice site mutation is a genetic mutation that inserts or deletes a
number of nucleotides in the specific site at which splicing of an intron
takes place during the processing of precursor messenger RNA into mature
messenger RNA.The
abolishment of the splicing site results in one or more introns remaining in
mature mRNA and may lead to the production of aberrant proteins. |
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m******5
发帖数: 1383 | 2 目前查到大多数主流故事都是认为 intron上的splicing donor/accepter比较重要
熟悉这个领域的同学能讲讲Exon/Intron junction的重要性么？
谢谢！ |
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g******w
发帖数: 852 | 3 1
Bioessays. 1996 May;18(5):351-3.
Do imprinted genes have few and small introns?
Haig D.
2
Nature Genetics 12, 234 - 237 (1996)
doi:10.1038/ng0396-234
Imprinted genes have few and small introns
Laurence D. Hurst Gilean McVean1 & Tom Moore2
发到l************[email protected]
非常感谢 |
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f*****f
发帖数: 195 | 4 首先ncbi上找到该基因 基因组序列和mRNA序列，
两个引物之间的intron越长越好。引物在exon和intron的边界最好，mRNA amplicon长
度我习惯设定100bp左右。
你可以下载一个perlprimer，有real-time pcr的选项，操作界面比较简单，你选择一
个引物看看在genomic/mRNA的哪个位置就应该大致明白了。 |
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h*****G
发帖数: 113 | 5 大家好，小弟最近构件质粒，插入GFP到一个基因的intron，利用endogenous的
promoter来表达GFP。基本的思路是Slice acceptor sequence-2A peptide-GFP, 因为
intron之前的exon没有刚好in frame, 所以需要在SA和2A之间加入几个碱基。现在的问
题不知道具体的SA 序列，在Addgene上看了几个plasmid，都没有把具体的序列位置给
标出来，所以也搞不清楚。比如这段序列是addgene一个plasmid的，表明是SA－2A序列
，也知道［］中的是2A序列。但是前面的话具体那段是SA呢，如果我需要在SA和2A之间
插入连个碱基，应该在哪里插入呢？
gcaagcttctgacctcttctcttcctcccacagggcctcgagagatctggcagcg［
gagagggcagaggaagtcttctaac
atgcggtgacgtggaggagaatcccggccct ］
或者各位大侠有没有常用的SA序列呢？非常感谢帮助指导。 |
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G***G
发帖数: 16778 | 6 where to find all exons/introns for a gene?
I am looking for informations about exons/introns for a gene,
not for one of its transcripts.
For example, given a gene, can we tell how many exons it has totally?
What is exon1 and what is exon2? |
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b****r
发帖数: 17995 | 7 keep in mind： mitochondrial绝大部分的蛋白质是核基因编码
人mitochondrial自己的基因是没有intron的，但是核里面的mitochondrial gene是有
intron的 |
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s******y
发帖数: 28562 | 8 对的，虽然在有些真核生物（酵母，Dictyostelium) 的mitochondria里面确实有
intron, 但是在人的mitochondria里是没有找到intron |
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s*****u
发帖数: 407 | 9 谢谢，第一个的的顺序是不是5＇－CAT－INTRON－PROMOKTER－3＇,而不是５＇
promoter－intron－cat－3＇？ |
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l**********1
发帖数: 5204 | 10 GC contents of that P2 to AscI site if >65% DMSO 5% to buffer or try
Clontech GC rich kit
Cycle time 35 that is no problem
pls refer
GC-rich PCR concerns DNA templates with high GC content, which is defined as
the percentage of guanine-cytosine base pairs. When amplifying templates
with >60% GC content (i.e 5' ends of most mammalian cDNAs), the three
hydrogen bonds shared by GC pairs lead to enhanced thermostability, which is
problematic for un-optimized Taq polymerase systems.
http://www.clon... 阅读全帖 |
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s******r
发帖数: 1245 | 11 他的意思是他们在exon和intron中间插了个loxP，但是sequence出来的exon后面直接就
是intron，那个loxP不见了，看上去就和wt一样。扩4k很正常，保险点的PCR一般是要
flank homo arm的看当时es怎么做的了，当然southern啥的都做了，扩短一点可能问题
也不大。
建议楼主仔细查查这个knockin当时是怎么做的，那个位置是不是应该有这个loxP，这
个设计图看着很奇怪，是不是漏了点啥或者有地方画错了。另外可以用P1测一下看看能
不能测到GFP cassette，这个长度测序末尾应该能测到外源序列的，那就确信测得是
targeted allele了 |
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j**W
发帖数: 89 | 12 You are right about a couple of things.I switch field and learned biology (
not including molecular biology) in English.And I did not make the targeting
vector. I took over the project starting from agouti mouse. Please bear
with me if I could not be clearer. I am sorry about the confusion on the
primer used for sequencing. We did sequencing with both P1 and P2. One came
back with no good sequence at all. From the sequencing result of the other,
it seems to me like P1. The sequencing result cove... 阅读全帖 |
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t**l
发帖数: 109 | 13 现在生物医学界的大热点都是哪些，求讨论一下，激发灵感
1. IPS，一直都是焦点。
2. DNA methylation 加epigenetic , 这个月的cell的cover都是DNA甲基化修饰的主题
， epigenetic在cancer,stem cell, germ cell继续热。
3. CRISPR, 最新的那个rudolf jaenisch刚发的那个crispr KO paper,还有 zhang
feng, 感觉如果genome editing除了KI和inducible，会继续火下去。
4. sequencing: 更多的sequence 新方法，还有intron, promoter sequencing, levi
的TERT promoter是不是要引起一阵promoter and intron region sequencing的热潮？
5. 结构：这个就不多说了，那么多结构还没出来了。
6. signaling: hippo, mTOR,
还有就是以前hot过，现在还有点余热的话题
metabolism: IDH
Circadian rhythm： 最近也开... 阅读全帖 |
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u*********1
发帖数: 2518 | 14 sequencing: 更多的sequence 新方法，还有intron, promoter sequencing, levi
的TERT promoter是不是要引起一阵promoter and intron region sequencing的热潮
关于melanoma promotor mutation的文章，不知道大家有何评价？
70%的sporadic melanoma都有promotor区域的SNP，这也太surprising了
一般我们就是找coding region的SNP，或者noncoding区域的CNV/SV；没想到小小的
promotor的SNP竟然会成为背后杀手。
同样的，对于其他的神经疾病的genetics，会不会也是noncoding region的很多问题呢
？真是越来越难做了。从SNP到SV/CNV到complex region，从coding到noncoding
levi |
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m******g
发帖数: 467 | 15 Nature 13.11.14
推荐：
1. A high-resolution map of the three-dimensional chromatin interactome in
human cells
3C方法（你知道4C,5C等等吗）determined over one million long-range chromatin
interactions at 5-10kb resolution.
知道有这么个资源就好，好像有不少类似产数据的paper,但是感觉physically close离
function还是有很长的距离要走（特别是本来就是连锁在一起的gene），加油~
稍微了解一下：
1. Dedifferentiation of committed epithelial cells into stem cells in vivo
看一下标题，知道有这件事情就好啦
2. RNA catalyses nuclear pre-mRNA splicing
The spliceosome is shown to catalyse splicing through th... 阅读全帖 |
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m******g
发帖数: 467 | 16 Nature 13.11.14
推荐：
1. A high-resolution map of the three-dimensional chromatin interactome in
human cells
3C方法（你知道4C,5C等等吗）determined over one million long-range chromatin
interactions at 5-10kb resolution.
知道有这么个资源就好，好像有不少类似产数据的paper,但是感觉physically close离
function还是有很长的距离要走（特别是本来就是连锁在一起的gene），加油~
稍微了解一下：
1. Dedifferentiation of committed epithelial cells into stem cells in vivo
看一下标题，知道有这件事情就好啦
2. RNA catalyses nuclear pre-mRNA splicing
The spliceosome is shown to catalyse splicing through th... 阅读全帖 |
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i*********0
发帖数: 915 | 17 做cDNA synthesis之前做了DNAse 1的处理。在去qPCR的时候，我同时做了这个gene的
exon，3‘UTR 和2个introns的PCR，exon和3’UTR 有3倍的表达差异，两个intron都没
有差异。 |
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r**********e
发帖数: 587 | 18 请问您是用什么软件？我个人的经验好像microRNA target预测准确率比较高的还是3‘
UTR区域。但我个人关注点都在intron。我觉得intron区域的预测很糟糕。当然我可能
有偏见。所以求赐教！
2 |
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j****x
发帖数: 1704 | 19 你关注的是intron区？我有点糊涂，miRNA默认是靶向细胞质中的成熟mRNA吧，这里应
该没intron什么事，还是你在考虑某种特殊的情形？ |
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M*****n
发帖数: 16729 | 20 最近碰到一个怪事，请版上的大牛小牛们帮俺看看，提点建议。
俺的postdoc用genomic DNA作PCR，是为了genotyping mutant，结果有一个animal 的
genomic DNA 给出的一个PCR 条带，我们sequence 以后发现居然是这个gene 的
partial
cDNA， genotyping primers 其实是跨了几个intron的，但是这个PCR 产物居然是不含任
何intron.我们从来没有克隆这个基因的cDNA，所以不可能是环境中的交叉污染。俺实
在是不得其解。怎么从genomic DNA直接就能扩出cDNA呢？ 而且做了几十个sample，只
有一个有这样的PCR 产物。 颠覆中心法则阿。 |
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s******y
发帖数: 28562 | 21 哎，我怎么觉得好像是反面宣传啊？ 搞得大家在看笑话似的。
从这个稿件看来那个研究还是有一定水平的，因为发现这种分子会把intron 保留着而
且能调节所在染色体位置的基因的转录，这些其实都是很有意义的突破，尤其是后者其
实很有意义。举个例子就是在测序中发现的很多很疾病相关的snp 都是位于intron ，
很少有位于exon的。但是那些snp一般都不会直接影响那个基因的splicing, 所以一直
有猜测这个是通过regulatory RNA 造成的。他们这个文章应该是找到了一种可能的机
制，估计也是他们下面的研究重点。在这个意义上他们的研究的确和很多疾病的机理有
关。但是被说成包治百病的暗物质听起来像是民科骗子似的。 |
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x*****d
发帖数: 704 | 22 "这里的问题就在于snp位于什么位
置，如果在编码区就直接做点突变检测蛋白表达量和功能就好；如果在启动子内就看是
否影响转录活性，做个luciferase就可以，"
对的。可以先这么做。对于在coding region的snp，可以看是不是missense。如果是
missense，可以做SIFT, Polyphen2看看对protein function有没有影响。
“但是如果在intron或者在启动子还上
游呢怎么做呢？要看是否影响转录调控？”
这就比较麻烦一点。intronic snp可以首先看有没有影响splicing，其次看mirna。还
有可以用A Catalog of Published Genome-Wide Association Studies看看有没有和以
前的GWAS有关
“还有一个根本问题就是，有什么网站可以直接
确定snp的位置的吗？”
NCBI dbSNP |
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j****n
发帖数: 3370 | 23 有钱的直接的gBLOCK或者全合成
没钱的 如果intron不多 可以做oe-pcr或者gibson assembly
没钱intron又很多 只能继续摸条件了 |
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s********9
发帖数: 132 | 24 第一次做cre-loxp，在target vector里，loxp在intron中的位置有什么讲究吗？我自
己能想到的是不能在intron的开头或者末尾，怕影响splicing？有什么明确的距离没有？
多谢指点。 |
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r**********e
发帖数: 587 | 25 用qPCR研究一段intron的表达以及功能。intron有两个区域，region1和region2；针对
这两个region分别设计了对应了primer进行扩增，primer长度都是100-200bp左右
提取了同一种cell line的genomic DNA和total RNA
我用genomic DNA作为对照。对于gDNA，region1和region2的Ct值差不多，都是25
我也用了plasmid做对照，也是差不多的Ct值
而对于cDNA，region1和region2的Ct值分别是28和30
两对引物都做了standard curve，在25-30这个范围内efficiency都是100%左右。对于
genomic DNA／plasmid，两个region都是同样的量，引物效率都是100%，所以最后相同
的Ct值。而cDNA有两个cycle的差别，是不是意味着region1产生的RNA的量更多呢？
如果是的话，我能想到的可能性时有：
1.region1除了pre－mRNA之外还存在着其他的RNA比如lncRNA
2.region1在被splice形成RNA lariat之... 阅读全帖 |
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l********e
发帖数: 415 | 26 转录本身不说明任何问题 所有intron都是转录的
: 我的目的就是研究intron序列的功能，因为是疾病相关。而且尤其那个region1是
: TGTGTGTGTG这种重复序列
: 如果能证明确实有noncoding RNA转录出来，也是功能发现啊；对于疾病来说就
是gain-
: of-function
: 你说的knockdown是loss-of-function我也在做
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m*********k
发帖数: 10521 | 27 成功奖励 20 伪币的用户:
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m*********k
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m*********k
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k**********e
发帖数: 643 | 30 其子学位涉及学位买卖交易，其子与媳妇均被特招在其分管部门
据黄鹤本科同学介绍，黄鹤在本科期间上课从来不听都是趴在教室后面睡觉，考试
都是交白卷，但是每门课都是高分，最后被他担任武汉大学研究生院院长的院士候选人
父亲黄从新破格录取读为武大研究生，其硕士毕业论文《冠心病患者IL-1α-889C/T 基
因型的相关性研究》中写名其中研究的血清标本收集于2001年10 月至2003 年5 月武汉
大学人民医院冠心病监护病房，所用的仪器均为武汉大学人民医院检验科设备，而其简
历写到“2002－2006年在德国专家K-H Kuck教授指导下参与各种心律失常的射频消融治
疗”，此时黄鹤已经去了德国根本没法参与血清标本收集和做实验，所以知情人透露其
硕士论文为其导师李庚山的女儿李艳指导的研究生完成，与黄鹤无关。但是黄从新安排
李庚山的女婿蒋学俊担任心内科主任、李艳担任检验科主任，用职权和集体的利益换取
了其子的研究生毕业论文。
黄鹤在其简历写到“2002－2006年在德国专家K-H Kuck教授指导下参与各种心律失
常的射频消融治疗”，而同时写到2002.04-2006.0德国鲁尔波鸿大学医学博士学位... 阅读全帖 |
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K****n
发帖数: 5970 | 31 这样是提cDNA么？岂不是缺失了很多intron的信息 |
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n*******4
发帖数: 2285 | 32 Intron,extron 机制是不是也可以从markup language的角度来理解？DNA有比基因更小
的单元，它们被tag了，如同OO object的polumorphism或decorator pattern。 class
（基因）是同样的那么一些，序列不变，runtime产生的object链却可以不同。 |
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T**********e
发帖数: 29576 | 33
这研究是根据主要根据线粒体测序，还有一个intron，线粒体很容易产生突变，即使一
个细胞内的成百上千线粒体之间序列也可能不同，突变结果对动物表象影响又很小。因
此作为判断数据量严重不足。
真正确定进化亲缘关系，需要全染色体测序比较。 |
|
T**********e
发帖数: 29576 | 34
skunk 更没劲了，连可爱都没有。
这种测三个个线粒体基因和一个intron就决定亲缘的很不可靠，不能成为划分依据。但
是可能动物学的funding 不足，没法大规模染色体测序，实在没办法。 |
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c**********u
发帖数: 29 | 35 发信人: intron (活得好), 信区: GunsAndGears
标 题: Re: 遇到恶邻怎么办？
发信站: BBS 未名空间站 (Fri Apr 5 16:09:39 2013, 美东)
德州军分区的弟兄们一起去趟靶场，靶纸带回来，每人扛一箱啤酒，去她家开个BBQ趴
体，切磋一把枪法，进门出门的时候拉拉枪栓，互相指点一下靶场带回来的靶纸。打着
野猪上她家前院扒皮分肉，大块吃肉大碗喝酒。 |
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p***n
发帖数: 17190 | 36 看了
這人體實驗瞎搞啊....
又不是雙盲實驗
黃金大米得帶著
完整的合成程序的基因
那得多少個酶啊....
就真能保證拆下來的intron 不會跑出去合成 prion 先質???
如果在大陸推行這樣的人體實驗
其中的實驗倫理又會有怎樣的中國特色呢....
會不會不小心跑到誰家小孩的小學去作實驗?????
更慘的是如果背後有國家或某地方政府單位撐腰的話 |
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S*******l
发帖数: 4637 | 37 因为挺方的太多了。
半个小时前还行，贴过来百度微博搜索方的第一页：
戴假发的南瓜st：方舟子被封杀,朋友向我道喜,他们觉得方多次诋毁我,导致我在
公安系统举步维艰,今天被封罪有应得。可是我不仅没高兴,还觉得可悲,能整他就能整
我,我比他还不讲政治。而且法治如果不以保障人权和自由为目的,那不过是人治使用了
美颜相机。于公于私,都是危机四伏,时局若此,喜从何来?查看全文>>
转发(159) | 评论(86)
4小时前 - 新浪微博
仙人指路010：哭方舟子的人,说什么言论自由被打压,我劝你们别装逼了。我昨天
也想装来着,可转念一想,前天我刚写了装逼指南,隔天就装,显得太无耻了。方舟子是打
假周小平吗?他白纸黑字写得很清楚(看图),是因为周小平此前骂过他。他是报复。疯狗
疯得肆无忌惮,一口叉高压线上了,总局一合闸,直接给丫电死了。
查看全文>>
转发(28) | 评论(70)
4小时前 - 新浪微博
网眼八分斋：【谁在为方舟子叫好?】网络的社会性:让陌生社会变成熟人社会;网
络的宗教性:让低智化变成社会现实。方舟子打假周... 阅读全帖 |
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m**********e
发帖数: 12525 | 38 你一廊坊中专生别装了,你给我解释下什么叫intron? |
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y****g
发帖数: 36950 | 39 intron和这个证据有个屁关系，你去找拼图来给你解释吧，她喜欢解释名词
你就和我说那个下吧缝是哪来的吧 |
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m**********e
发帖数: 12525 | 40 你一廊坊中专码农别装大头蒜了,ok
intron和这个证据有个屁关系，你去找拼图来给你解释吧，她喜欢解释名词 |
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f***y
发帖数: 4447 | 41 施一公组首次报道人源剪切体原子分辨率结构
http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2017/5/376111.shtm
2017年5月12日，清华大学生命学院、结构生物学高精尖创新中心施一公研究组于《细
胞》（Cell）在线发表了题为《人源剪接体的原子分辨率结构》（An Atomic
Structure of the Human Spliceosome）。这是第一个高分辨率的人源剪接体结构，也
是首次在近原子分辨率的尺度上观察到酵母以外的、来自高等生物的剪接体的结构，进
一步揭示了剪接体的组装和工作机理，为理解高等生物的RNA剪接过程提供了重要基础。
在真核生物细胞内，大多数基因是不连续的，它们的编码区（exon）被称为“内含子（
intron）”的非编码序列隔断。在基因表达过程中，内含子需要经过“剪”和“接”这
两步化学反应被去除，从而使得编码区可以连接成不同的信使RNA（mRNA）。同一个基
因，因为内含子的边界和数量不同，经过剪接，便可以产生出多种编码蛋白的mRNA。
RNA剪接是所有真核生物特有的过程，是真核生物“中心法则”的关键步骤之一，也被
认... 阅读全帖 |
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t**x
发帖数: 20965 | 42 是的，
因为实验室会说我认为那个突变是安全的， 所以不报出来。 美国医生就是这么欺骗我
的。
我家小孩acad9基因里面有一个insert， 这个书上讲一般来说问题比突变大， 因为挪
位置了， 但是实验室也没有报告。
最可靠的是酶活性， 清华那个不知道有没有人测他们那个霉， 可是最可靠的这个没有
人谈， 没有人研究， 大家都是大谈基因测序，， 你说说是不是王八蛋。
我们证明的是靠酶活性。 这个数据给了cchmc作假的那个主任， 他这么说
你的突变应该不在exon再intron， 就是扯皮。。 他意下已经承认这个病了。 所以我
说我根本不用做了。
你让我看协和看华大， 我看上去都是一群猪头害人的王八蛋， 我还回去看病？！
自己找死啊。 |
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w********2
发帖数: 632 | 43 Mobile genetic elements
MGEs are non-essential (accessory) genomic elements composed of genes and
structural features that facil- itate their spread both within and between
organisms (Doolittle and Sapienza, 1980; Orgel and Crick, 1980). They are
found in the genomes of all prokaryotes and eukaryotes. MGEs share many
features and often share a common ancestry with viruses. The main difference
is that viruses are usually capable of extracellular persis- tence.
MGEs, including defective forms, are... 阅读全帖 |
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w********2
发帖数: 632 | 44 More surprisingly is the apparent rarity of eukary- otic genes in
prokaryotic genomes (Andersson, 2005; Guljamow et al., 2007; Pilhofer et al.
, 2007; Rogers et al., 2007). The abundant opportunities for prokaryotes to
en- counter eukaryotic genetic material suggest that signifi- cant
functional (e.g. the presence of introns in eukaryotic genes, inefficient
gene transfer mechanisms) and selec- tive barriers have restricted the long-
term acquisition of eukaryotic genes by bacteria. |
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S*******l
发帖数: 4637 | 45 人和大猩猩的基因差异很小，不到1%。Genome里的protein coding sequence 其实很小
。98.8%是non-coding sequence.
人类进化和其他灵长类分野的原因还很可能不在基因上，而在基因表达调控上，genome
里大段的non coding region的功能都还不清楚。
比如有很多intron retaining mRNA目前的功能还不清楚，大概率是调控基因表达。
所以，现在对人做基因编辑，还有很大的未知风险。这个阶段上人体试验，是完全没有
底线的疯狂行为。 |
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a******e
发帖数: 36306 | 48 我太佩服你了！！！！！！！
发信人: intron (活得好), 信区: FleaMarket
标 题: Re: 结论出来之前大家还是慎重对待吧
发信站: BBS 未名空间站 (Sun Sep 18 00:36:46 2011, 美东)
很多人很有正义感，的确要赞（绝不是反话）！但也有很多人在街上看见抢劫案以后跑
到老头老太活动室去要人家一起正义地抓坏蛋，不仅要抓坏蛋，还要所有100%的老头们
一起表态要终生正义。 |
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t*******1
发帖数: 4965 | 49 世上有这么脑残的人～～？？
我被他折服了！～～ |
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l*******a
发帖数: 6688 | 50 我是法盲，可是我听说过的情况，真的追究起来，是一种盗窃罪的。。。 |
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