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e*n
发帖数: 1511 | 2 给个reference吧，俺很感兴趣
多谢
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w******y
发帖数: 8040 | 3 你说的这片NG文章我听说了，interesting
你能不能贴个附件上来？ 我想仔细读一下， thanks
80
因控
有价 |
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w******y
发帖数: 8040 | 4 软件遍地都是也没有克服瓶颈
alignable的只占50%-80% |
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e*n
发帖数: 1511 | 5 那个应该是化学合成系统的噪音吧，跟align没关系。
不知道有没有人研究过。 |
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x******m
发帖数: 736 | 6 if you have lots of samples for whole genome seq, the computation is very
intensive. i remember some NG paper taking about this. Even for 100 cpu (
newest one), it still take about three days to finish alignment for about 50
genomes. But how many labs have the resources to run on clusters with 100
cpus? not so many! |
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x******m
发帖数: 736 | 7 QTL has been carried out for many years. Just because there were not many
markers available, the mapping is not very accurate, even ppl design
interval mapping. |
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x******m
发帖数: 736 | 10 the problem is the computer programs cannot completely tell it's snp or seq
difference. Some seq is not alignable because there are so many snps,
compared with reference genome. |
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O******e
发帖数: 4845 | 12 光测个DNA序列，用处有限啊。你这个过于乐观了。 |
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p*****m
发帖数: 7030 | 13 我是觉得只要样本足够大 性状记录的足够多 光光测序就够搞出多少个nobel级别的东
西了。。想想看要是有50亿基因组 外加每一个人从身高体重疾病性格到指甲什么颜色
头发多长喜不喜欢黑色用哪只手指挖鼻屎。。。 |
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O******e
发帖数: 4845 | 14 我想说的，其实很简单：性状的体现，由多层次因素决定，除了基因组顺序，还有mRNA
的表达调控，蛋白质的表达调控，蛋白质的翻译后修饰，DNA分子的修饰。
DNA sequence is only part of the picture. |
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g*****a
发帖数: 204 | 15 瓶颈当然不是什么sequence alignment 上。it's a minor problem.
最大的瓶颈是每个maker的effect 太小，同时complex disease 又有多个causal
markers. 一个一个snp的测，计算机还可以handle. 你想找出最佳combination 太难了
。需要统计理论上一个重大的突破才可以解决这个问题，或者要有一个super super
super computer 可以一个一个combination 的测（in your lifetime instead of
infinite time). maker的effect 太小同时还导致multiple testing problem, 你可以
用permutation 去control family-wise error rate, but you'll get nothing.
当然common variants 的假设确实不一定正确。 |
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s******y
发帖数: 28562 | 18 有时候我有点迷惑，这个关于基因对比的研究是不是有点过头了？
其实，我想，有些病比方说Alzheimers和基因的关系比较大,癌症嘛，
只能说有关联，但是不绝对，在我的印象中临床上大部分癌症是由于
外因引起的。至于其他病，比方说什么病毒细菌传染病，和基因几乎没有关系。
虽然不同的人对于某些病原体的易感性稍微的不一样，但是研究那个不是
很靠谱吧？或许唯一我能想起的用途就是对于易感人群要赶着他们做vaccine。
除此之外，还有什么么？
点。
210 |
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l******u
发帖数: 936 | 19 不会吧, cancer 本质上讲就是个genetics disease ,怎么会是只有
"关联，但是不绝对". 我觉得学界关于cancer和gene的关系的共识早都是非常
明确了. 要不是的话, bob 的 "The Biology of Cancer" 等经典都要重写了.
你说的跟gene 有没有关系的意思是不是只局限于 genome DNA 层次? |
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s******y
发帖数: 28562 | 20
对，我的意思就是引起癌症细胞genetic disorder 的来源一般都不在于人的
genome DNA本身。所以我不知道为什么大家那么热衷于比较不同人的基因和外基因 |
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O******e
发帖数: 4845 | 21 都是关于遗传病的－－至少是这么被宣称的，^_^ |
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O******e
发帖数: 4845 | 22 Bob的贡献当然巨大，但你不觉得他的理论现在来看比较过时么？ |
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l******u
发帖数: 936 | 23 你觉得现在cancer领域比较fashion的是什么理论? Cancer stem cell?
Cancer immunology 过时了, cancer genomics 在苟延残喘,
cancer virology 总算才搞出了个疫苗.
Bob现在focus 做 EMT 这块, EMT现在被他搞的很热.
个人觉得, 这本书还是写的非常好的. |
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O******e
发帖数: 4845 | 24 要说时髦的，当然首推cancer stem cell了。但我一直对这个理论不感冒。肿瘤免疫说
过时，但最近又有新的进展，估计又会有一大批人跟进。
其实癌症太复杂，根本就是太多不同的病，所以任何理论想一网打尽，都是不现实的。
EMT了解不多，好像是新东西。你觉得会有大的突破么？ |
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l******u
发帖数: 936 | 25 EMT本身不是新东西, 在动物胚胎学领域已经被研究了好几十年了, 现在只是把这个
phenotype 的概念引入到 epithelial tumor 这个领域. 总的来说属于这个东西
属于tumor microenviroment interaction 的范畴, 这个东西有没有突破不好
说啊, 俺没有这个前瞻性. 反正Bob 老先生是review 和重量级的article一片接
一片的发啊.
Cancer Stem Cell 在液态瘤里做的不错啊, 还比较convincing. 其实Cancer Stem
的概念其实也是1937年就有了, 近十年又炒起来了. |
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e*n
发帖数: 1511 | 27 算三天跟算100天差别不大，这个不是所谓瓶颈。
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s******y
发帖数: 28562 | 28 many of the research are just trying to associate the variation in genome or
epi-genome to a certain disease and I have huge problem to believe the
significance of those results. |
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s******y
发帖数: 28562 | 29 I don't think there are so many true 遗传病 |
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l******u
发帖数: 936 | 30 国人传统意义上说的 "遗传病" 一般是指inherited disease,
是germ line mutation 之类的造成的. 是从父母本遗传来的.
genetic disease 应该包括inherited disease, 但不全是. cancer 这样的
很多DNA 水平的mutation, 甚至真个染色体缺失或者多余, 绝对可以算
genetic disease. cancer也有inherited的, 但不是大多数.
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O******e
发帖数: 4845 | 31 不是吧。很多病都是可以遗传的，当然cancer中的大多数都不是遗传的。但是，即便是
不能传给下一代，癌细胞里面的某些突变跟癌症发生是密切相关的，这个你应该不会
否认吧。 |
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l******u
发帖数: 936 | 33 很简单
germ line mutation 的就是可以遗传.
somatic mutation 的就不能遗传.
反正中文这个"遗传病" 定义跟 "genetic disease" 不太一样,
好像翻译成" inherited disease" 更合适. |
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s******y
发帖数: 28562 | 34 Yes, that is exactly my point.
Plus, there are way too many genetic mutations in the cancer cells, but most
of them has nothing to do with the genetics in germ cells |
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x******m
发帖数: 736 | 35 don't get it. 算三天跟算100天差别不大??? your boss can wait 3 days, not 100
days. it's based on 100 cpus. do you lab has 100 cpu cluster? |
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k****o
发帖数: 589 | 36
我有点记不清了，好像光分析系谱就可以知道是不是germ line mutation对吗？ |
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e*n
发帖数: 1511 | 37 我是说算法上没什么区别，就是耗时长短问题。
100个CPU的cluster是个大学就应该有吧？还是我们这里比较特殊？
100 |
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T***T
发帖数: 107 | 38 表担心,云计算就要来了,只要有钱多少cpu hr都可以买到.可以和老板说,您老想几天算
完就几天算完,就看您舍得花多少钱了$_$. 不用买下和维护那些nodes,算是租用. 以后
估计计算成本也像生物实验成本一样,需要向老板打报告批准了:)
100 |
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a*****g
发帖数: 543 | 39 you have to find the gene that makes us believe everything is because of gen
e..:) |
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h*****q
发帖数: 176 | 40 正好我有个问题在这里问下
我前不久看到有CCR5△32缺陷基因的人对艾滋病有天然的抵抗力，这算不算是一种非常
有用的基因突变呢
如果基因突变有巨大意义的话，那么寻找和发现这些基因突变不是也很有意义吗
不管用的是什么技术，只要我们能找到疾病相关的基因改变，不管是先天遗传的，还是
后天造成的，不都是很有意义么 |
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s*******r
发帖数: 181 | 42 这才是有实践经验的人的观点。基本同意同行的说法。 |
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A****t
发帖数: 141 | 43 总结得很好！
一个问题：
“这两种类型之间的研究的最大区别在于，linkage analysis是case only，
只利用了病人这一个群体的信息，而association study是case-control study,同时利
用了病人与对照组的信息”
这种情况是binary trait，如果是continous trait, linkage study 和association
study在统计分析方法上有没有什么区别呢？ |
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s*****0
发帖数: 357 | 44 倒是不用太灰心，主要是现有的研究还没有积累到可以突破的地步，药厂都追求短期利
益，不会象科研机构那
样大投入搞探索，毕竟化学制药仍是其核心业务 |
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s******y
发帖数: 28562 | 47 对了，既然你就在产业界内，以后多来科普一下吧。比方说美国的产业流程
和逻辑什么的
disability
project |
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v********o
发帖数: 81 | 48 continuous trait,sorry这个我不是很了解。不过大家一般称quantitative trait，网
上搜一下，有相关的文章。 |
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w******y
发帖数: 8040 | 49 这个linkage analysis只用到case的说法不太准确
显然case/control的信息都用了，cosegregating嘛
另外，human上linkage主要是家系， animal上可不是什么家系，
所以家系不家系也不是linkage和assocation的根本区别
除此之外， 是篇好文 |
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