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i********f
发帖数: 206 | 2 博士学的生物信息,主要做植物的基因组和表达的分析.有统计的硕士学位,熟悉常用的
统计分析.对建生物的数据库,以及网页工具比较熟悉.
现在工作主要是做人的exome sequencing部分,用于癌症以及遗传疾病的检测.
Keywords:
NGS
exome sequencing
genomics
bioinformatics
谢谢 |
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z******n
发帖数: 2 | 3 第二种的可能性较高。痕量污染的genomic DNA就有可能带来麻烦，应该在逆转录前用
DNAse I处理。 |
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A******u
发帖数: 61 | 4 用eRRBS啊，增强型RRBS 方法见Stadler et al., 2011
我们的实际操作中
70％ reads能map回reference genome
能覆盖90% CGI (10X seq)
40% gene promoter
20-60% LMR／UMR
我的理解，弱点自然是如果DNA 甲基化的变化没在这些区域，你就看不到咯。
However,
. |
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H*****e
发帖数: 120 | 5 Thanks so much!
I had spent the whole afternoon reading this paper. It is very interesting
and encouraging. However, one question puzzling me is that how confident we
can say non-BBRS covered area is not as important. My worry is that, if it
is necessary, we can combine sample to d whole-genome. But in that way, we
lose the individual variation/statistical analysis power. However, if we
can spent same money to do RRBS and not much question, we could do more
samples.
When I was student, my P... 阅读全帖 |
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b******s
发帖数: 1089 | 6 我对genomics不是很懂，有些问题想请教一下。
如果用microarray或RNA-seq做完transcriptional profile，是否可以通过分析有变化
的gene的promoter elements得到high hits的candidates。然后通过这些可能的
element candidates做yeast-1-hybrid筛选，找到他们的binding transcription
factors。
这样在实际中是否不可行？是因为最后很难得到可靠的elements去做筛选吗？这些
elements不是针对一两个特定基因，而是针对有表型的处理组，通过分析基因表达的变
化，找到跟这些表型变化相关的transcriptional regulators。
我的模式材料是植物。谢谢！ |
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b******s
发帖数: 1089 | 8 非常感谢。其实我想的是在genome-wide的层次上来做。通过分析有变化的
transcription的promoter elements找到一些candidates，然后连reporters做进一步
筛选。确定的elements拿去做y1h筛选。所以即便会有很多false negative和false
positive，只要能找到一些有变化的基因，及其他们的调控序列和regulator就很好了。
另外我用的系统是植物，据说植物很多数据库很差。基本用不上。
promoter |
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h********n
发帖数: 4079 | 9 plasmid and genomic DNA may have different PCR efficiency. |
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s******y
发帖数: 17729 | 10 你说这个和楼上说的是两回事
质粒DNA和genome DNA的结构和复杂程度不一样，扩增效率差老鼻子了
你用浓度梯度很难做到你所谓adjustment，浓度梯度调节顶多也就是同类型的模板 |
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k****o
发帖数: 728 | 11 Update: 收到很多volunteer邮件。多谢兴趣！因为我不是这个领域，所以得花
些时间看大家的expertise。这两天非常忙，估计周五晚和周六会选取几个（至少5-6）
reviewers，给大家发invitation emails！
另，请大家写清自己相关publication的citation和article title。
【 以下文字转载自 Immigration 讨论区 】
发信人: kikivo (kikivo), 信区: Immigration
标 题: Proteomics/Genomics杂志一篇生物文章寻reviewers
发信站: BBS 未名空间站 (Wed Nov 27 15:03:42 2013, 美东)
第二次为这个杂志找审稿人。这回是纯生物的，我基本是外行。把abstract摘抄如下：
关键词： FIP-2 (optineurin), Regulator Of Chemokines (e.g. IL-8) and Kinases
...we found FIP-2 altered the expression of the XXX genes f... 阅读全帖 |
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X***n
发帖数: 366 | 12 UCSC genome browser.
Galaxy was for data analysis, right? |
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d****7
发帖数: 109 | 13 用UCSC genome browser
BED文件也得看是什么bed文件，如果是peak calling出来的bed文件，很小，直接上传
就行，但是如果是mapped reads的话，没法上传也没法看
如果是mapped reads的话，一般用bedtools把它转成bedGraph，再用bedGraphTobigWig
转成bigwig(转成bigwig的好处是loading快，只load当前窗口区域的data，而不是整个
file)，如果测序比较深的话，bigwig也比较大，我们的chip-seq出来的bigwig一般都
好几百MB，没法上传，给自己机子架一个ftp或者http，把链接贴上去就行
fasta或者fastq应该是map之前的raw reads，对与chip-seq来说，看的事map之后的
signal track。想看raw reads的quality，有好多软件，fastqc是比较受欢迎还比较傻
瓜的一个，R里面好像也有一些能读raw reads的package
cisgenome可以，而且支持windows，还有图形界面，不过如果只是想看看track的话，
IG... 阅读全帖 |
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x******m
发帖数: 736 | 14 我做计算，不太了解这方面。拿到一个cancer genomics的data，exome平均一个平人在
exome内只有1000不到的snp，这个数据正常吗？ |
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r**********e
发帖数: 587 | 15 我做关于human complex disease尤其是neurological disease的genomics/
bioinformatics/personalized medicine的研究，想请问相关的著名会议有哪些呀？
谢谢 |
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s**a
发帖数: 2138 | 16 比如想看看一个基因（蛋白）被哪些基因（蛋白）调控了,怎么做这种functional
genomic approach啊？
谢谢 |
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m******5
发帖数: 1383 | 17 如题，用motif finder找了一些特征基因，显示在感兴趣的locus周围。
怎么把找出来的这些motif另存成bed file? 想转移到UCSC genome browser里看 |
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h******y
发帖数: 351 | 18 http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgBlat?command=start
Put your sequence in FASTA format, for example
>primer1
AGCTACAGCTACTAGCATCGACTGCGATG
>Primer2
ATGACTAGCTGGATAGCTAGCTACGATCA
>primer3
...
Make sure the primer sequence is longer than 20nt. So far this is the faste
st and most efficienct way I know. You can easily find out where the primer
s locate and whether there is any non-specific binding sites.
For pimer sequence shorter than 20nt, create four sequences by adding [AGCT]
to make it to 20n... 阅读全帖 |
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d*********e
发帖数: 52 | 19 NEW YORK (GenomeWeb) – The Stanley Center at the Broad Institute has
received a promise of $650 million from philanthropist Ted Stanley to fund
genomic research of psychiatric disorders in order to eventually identify
and develop molecularly targeted drugs. |
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a******a
发帖数: 283 | 20 需要提取buffy coat的血液淋巴细胞的genomic DNA。哪种方法最好？谢谢！我们的
buffy coat样品是从5-8ml的血液样品收集来的。 |
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b******s
发帖数: 1089 | 21 有没有人今年参加12th International Symposium on Rice Functional Genomics会议？
男性，Nov 16, 17, 18 and 19 (maybe also 20)。 |
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s****s
发帖数: 16 | 22 实验碰到难题了。最近从原代细胞里提取了genomic DNA，在agarose（ETBR）胶上可以
看到很清楚的band。然后用新购买的Qiagen的Epitech Bilsulte kit作bisulite
treatment。gDNA的input量是2 ug。 一切按照protocol做和DNA clean和column收集。
260／280 ratio 是2左右。但是到最后跑胶（200ng），什么都没有见到。做了几次，
都是这样。犹豫是否继续下一步的PCR。请有经验的大侠帮trouble shooting一下。不
胜感激。 |
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m******5
发帖数: 1383 | 23 看很多文章画出来的Bigwig binding peak，Gene的图都很形象简约，UCSC
genomebrowser截图显得太繁复了，不知大家都用什么genome browser生成publication
用的示意图？
同时要能load Encode project的track |
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y*****0
发帖数: 15 | 24 最近在做genomic DNA的PCR，用的Tm 60Co, Herculase2 DNA polymerase
40uL PCR reaction，全是文章里的条件。但做出来的band总是模模糊糊的，不sharp。
不知道有什么办法可以改进这个PCR？万分感谢！ |
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m*********D
发帖数: 1727 | 25 好多年不作PCR了。上个月也是作genomic PCR,才两三KB，也碰到了同样问题。后来用
NEB的Q5 polymerase加GC enhancer解决。你试试？ |
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m*****u
发帖数: 15526 | 26 genome太大，非特异杂交几率很高，用hotstart PCR。 |
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k***a
发帖数: 636 | 27 看到google在招生命科学的职位诶，不了解他们都招什么样的啊，搜了一下，网上介绍
了几个领头的人物的背景，搜不到具体干活的小工们的信息，有人认识去google
genomics / google[x]工作的吗？难进吗？ |
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e*****r
发帖数: 164 | 28 你确定是genomics吗
为什么我看到的职位是cell biology，immunology |
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S**********l
发帖数: 30 | 29 有意者请直接和我联系， 把 CV 和 cover letter (optional) 发 给我：x i n w e i
_ s h e r @merck.com (去掉空格）
https://merck.taleo.net/careersection/merck_external_career_section/
jobdetail.ftl?job=IT+000402&lang=en
Responsibilities include but are not limited to:
• Develop computational methods and pipeline for vaccine design using
NGS data
• Apply the established methods on Merck data and public data and
identify vaccine candidate genes.
Qualifications
Education Minimum Requirement:
• PhD, or met ... 阅读全帖 |
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a**m
发帖数: 184 | 30 RT,
擅长方向：
1. Structural variants (esp CNV, LOH) by NGS, etc
2. Cancer genomics (mutational profiling by NGS, tumor heterogeneity by bulk
/single-cell sequencing, etc)
methodology 和 data analysis 都做，欢迎站内！包子答谢 |
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h*******1
发帖数: 13 | 31 Single Molecules Meet Genomics
Pinpointing Precision Medicine
http://jama.jamanetwork.com/article.aspx?articleid=2293457&utm_
粗粗看了一遍， 不是很了解这方面的研究。有几个问题请教专家：
关于血液中的肿瘤单细胞测序：如果血液中的肿瘤细胞超过两个并且这些肿瘤细胞之间
也存在基因序列上的不同，如何进行肿瘤鉴定和分析。
关于体外受精的临床试验：从发育的第五天到第六天获取细胞样品进行测序的伦理学问题
关于标题：单细胞测序到底如何使得个人化医学受益，在这方面没有看明白作者的解释 |
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Z******5
发帖数: 435 | 32 想从UCSC genome browser上弄一些ChIP-seq的图片下来，但是view image的分辨率好
低，请问有啥好方法能弄高分辨率的图片下来？最好是矢量图~~~~ |
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f*******3
发帖数: 63 | 33 A special issue for an international genomic journal(IF=1).
Guest Editors are free to contribute a maximum of 4 papers to their Special
Issue. Of these four, one introductory short Editorial and one long Review
Article would be exempted from the regular open access publication charges
of the journal. As for the timeline of the Special Issue, we generally like
to give submitting authors around 6 months from the initial Call for Papers
to the submission deadline, another 3 months to the First Roun... 阅读全帖 |
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v********a
发帖数: 646 | 34 最近想恶补一下Genomics/Epigenomics方面的知识，麻烦哪位推荐两本值得一读的、最
新出版的书籍。
谢谢。 |
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O**********a
发帖数: 317 | 35 测guide RNA，因为整合到genome上了。用通用引物扩增，测里面的gRNA序列。比测
mRNA好。
数据分析很简单，因为序列都是知道的，看哪些序列被富集，就是tatget seq 。要的
通量很小的 |
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y****m
发帖数: 37 | 36 in fact, it better to sequence RNA of expressed gRNA instead of DNA of gRNA
integrated as some integrated gRNA virus won't express at all, which are
common false positives in any genome-wide screens. |
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O**********a
发帖数: 317 | 37 不表达的就不会work，也不会被筛选富集啊
[在 yyadam (sunwind) 的大作中提到：]
：in fact, it better to sequence RNA of expressed gRNA instead of DNA of
gRNA integrated as some integrated gRNA virus won't express at all,
which are
：common false positives in any genome-wide screens.
：........... |
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z*******6
发帖数: 679 | 38 edX上有Harvard的genomic data分析的课程，貌似不错，可以看看... |
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e*******o
发帖数: 4654 | 39 恰恰相反吧 免疫疗法个体差别太大 cancer genomic 很有用处吧 |
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y******8
发帖数: 1764 | 40 是有用。但会不会就是以后几个分子marker就把大分型搞定了，剩下的都是各种免疫疗
法组合
这样cancer genomics不用做得很深。 |
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s******s
发帖数: 13035 | 41 你这个太脱离主流了。
当今最火爆的潜在疗法是啥？neoantigen啊。cancer genomics和
免疫疗法完美结合，虽然还是研究阶段.
另外，随便找一个pancancer的analysis paper，就有mutation load
的图。现在免疫疗法多半要么是血液病，要么就是那图右边那些突变
超多的癌症，比如黑色素瘤，肺癌，其他的你当他们没测试么？ |
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发帖数: 1 | 42 phd做些生信数据分析，博后想换方向，以后去工业界，是做cancer genomics还是去
human genetics以后更容易去pharma/biotech公司？这两个我感觉有时候挺像的，都做
variant calling and functional interpretation, 也许是我的理解太浅薄了，区别
主要在哪里呢? 哪个未来更有前景？ |
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发帖数: 1 | 43 恩，我感觉挺像的。。
看上了几个老板，其中一个做human genetics的是个MD，自己有病人样品，主要做
exome和WGS，后续做mouse model实验，paper档次应该更高一些
一个做cancer genomics的是个PhD，主要是做血液病和breast cancer的WGS， 好像实
验做
得少些。 paper也不错，稍微弱一些 |
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发帖数: 1 | 44 脑部的病，我还在看，不太了解具体的.
关于算法开发的这个make sense，我本身这方面不强，也不知道到底到什么程度才可以
。
感觉MD的lab里没有很强的stats和cs背景的人，另一个lab里老板是做genomics出身的
，不过这个得看project了。 |
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r**********e
发帖数: 587 | 45 我跟楼主一样的background
cancer genomics其实不也就是human genetics的一种么
我觉得你说的是human complex disease，类似糖尿病之类的
坦白说我觉得cancer更好，complex disease目前还处于算命阶段，摸不清病因 |
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发帖数: 1 | 46 我觉得cancer更摸不清病因, genome got messed up... 如果是mendelian遗传的疾病
，找到causal gene的可能性要大多了，但也只是找到了。。 |
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m******q
发帖数: 5 | 47 博后第三年
两次独立审稿经验，帮老板审过十次左右（IF 2-15)，最近几次老板都没怎么改直接发
给editor
方向：regenerative medicine, stem cell (iPSC), cardiac and other direct
lineage reprogramming, cardiology, epigenetics, single cell genomics and
data analysis.
phD training 很全面，基本上分子，细胞，遗传，动物，以及生物信息学分析都会。
请站内。万分感谢！ |
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o*****p
发帖数: 2977 | 48 显然genome editing能极大的加快对你所说的黑匣子的理解。有没有这个工具，效率
差很远。这就很够了吧。 |
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y*******1
发帖数: 164 | 49 直接看影响因子吧，另外上Thompson看行业排行
BMC Genomics一般影响因子略高一些 |
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发帖数: 1 | 50 各位前辈，
我近来在看Functional Genomics的一些文献，在思考有什么新的思路方向或者难题现
在还没有得到很好解决，也许可以以后侧重学习一下做些尝试。大家有什么好建议吗？
谢谢！ |
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