r*****y
发帖数: 3406 | 1 其实问题问错了，这些是预测基因的
序列还得等个把月，一个同事在做
俺是准备用Gilmmer了
但是俺老板让俺搞清别的办法怎么回事
他也从来没做过，帮不上什么
蛋白出来后主要是要跟一个同种的发表了的genome比较
能比较出什么来还不知道
这还只是第一步
俺想的是第二步就是预测蛋白了吧
又是一堆不知道，看不懂的软件，郁闷
the |
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r*****y
发帖数: 3406 | 2 多谢mm，通过我这几天的研究似乎也发现了这个问题。我的genome是在澳洲本地测的，
没发表，看来用不了IMG在线的分析。现在我的理解是得用critica，glimmer，
genemark之类的预测了之后手动fix。 |
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D****g
发帖数: 275 | 3 我们怀疑一个基因的突变可能是某种疾病的致病原因。现在我们有病人的DNA,如何能快
速的sequencing这个基因的genome 序列？我们知道怎样sequencing 质粒，但是
sequencing 一个基因却从没做过。有没有人有standard protocol? 谢谢。 |
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b******n
发帖数: 4225 | 4 找complete genomics，他们擅长干这个
不过费用估计不菲 |
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R****n
发帖数: 708 | 5 I am thinking about randomly break the genomic DNA by multi DNase. Then use
a oligonucleotide probe to capture the target strand. But i am not sure if
there are other smarter way. |
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e*******e
发帖数: 1837 | 6 Many well-known names and seems good coverage on topics. Don't know who can
afford the time and money though...
Mathematical and Computational Approaches in High-Throughput Genomics
http://www.ipam.ucla.edu/programs/gen2011/ |
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w*****j
发帖数: 49 | 7 我想align三个genome，两个是同一个family，另一个不是，应该用什么软件align合适
呢？我align的目的是为了找ncRNA，用mauve合适吗？ |
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l*****g
发帖数: 43 | 8 想用knockin表达一个基因（不同种系），为什么有些人用genomic DNA（intron和exon
），而不是简单的full length cDNA？我不需要高表达，只要right amount， right
place。 |
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O******e
发帖数: 4845 | 9 那就不能叫做knock-in了
我也没听说过用genomic DNA来做KI的，一般的基因都太大了 |
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c*****a
发帖数: 8 | 10 who knows Eric Green in NIH Genome Institue? what's his personality?
Thanks! |
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c*****a
发帖数: 8 | 11 I am planning to apply for a position at the NIH human genome institute, but
found that there is only one Chinese PI. And current director, Eric Green,
and former director, now NIH director, Francis Collins's labs never had
Chinese. Kind of worry about fairness. Any insider providing some opinions
would be really appreciated. |
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i****e
发帖数: 157 | 12 多谢麦地。
对了，你觉得squencing下一代可能会出什么技术？或者现在除了ion和pacific bio外
，还有啥比
较promising的牛东西？
whole
genome sequencing。316 chip因为有100M的通量，所以做whole transcriptome应该也
是能
胜任的。 |
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R******d
发帖数: 1436 | 13 请问进化史上大规模的gene/genome duplication发生在哪个时期？
1，非脊椎到脊椎？
2，冷血到温血？
3，非哺乳到哺乳？
有什么review之类的文章么？
多谢了。 |
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h******n
发帖数: 221 | 14 请问哪个公司做microarray的whole genome expression profiling比较好?
谢谢 |
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u*********1
发帖数: 2518 | 15 我觉得genomics/bioinformatics的和一般的benchwork还是有点不大一样吧？算是一个
比较宽泛的手艺。
而且国内什么BGI测序做的那么红火，很有钱的样子。我觉得找个一般的技术员的工作
或者postdoc什么的还是ok的吧？
当然我很清楚如果希望有更好的事业上的发展，肯定还是要在美国继续混混（postdoc
啦，industry啦），再回国。。
但时代变的那么快。而且中国现在好像很有钱的样子（sequencing）。如果能赶上
personalized medicine的潮流，先赶紧回去占坑也蛮不错的。
另外趁着年轻改行也不错。所以敢问各位有了解中国现在bioinformatics的job market
的吗？美国的fresh phd回去如何？（甚至master？）我想了解的不仅仅是academics，
而是industry的情况。
还有，本人和大部分前辈相比，不同的是，我是同志，所以一方面不会有小孩儿的牵挂
、或者是过多世俗攀比的无奈，因此我不需要太多钱，唯一的牵挂就是能让父母安享晚
年为他们养老送终；另外一方面在美国个人生活实在太糟糕根本找不到男人。而国内的
... 阅读全帖 |
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m******g
发帖数: 69 | 16 感觉genomic study就是在烧钱啊，用一堆RNAi,做出几十个gene出来，感觉一点意义都
没有。最后成果就是一篇CNS的paper,谈论上百个基因的变化。到最后能落实几个？
传统的生理病理免疫学的研究感觉越来越少了。我十分不喜欢这种大规模的gene研究，
感觉结果太忽悠人。 每当看见文章开头解释自己发现多少个因子的时候，我就十分不
爽。都是机器人做的，第一作者不看笔记，能把这七八十个因子的名字背下来就不错了
，根本没有一对一的去探索。发现做这种研究的有2种人，一种是MD，那种比较偏临床
的MD，自己不会做实验，但是有钱，用机器人和博士后做实验，自己取个cancer
sample就够了，另外就是一些年轻的AP，估计这些AP就是我说的那种MD的学生。 |
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k*****d
发帖数: 12 | 17 用SNP array找copy number variation算不算genomic cancer study? 在这一期的
Nature上（Nature. 2008 Oct 16;455(7215)）有四篇文章讲到发现neuroblastoma 有
ALK mutation，其中三篇是用snp array先找到了ALK amplification in
neuroblastoma，然后再对ALK测序，发现还有mutation。另一篇是用传统的lingage
analysis找到了ALK mutation in neuroblastoma。 |
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l***y
发帖数: 638 | 18 I need to extract genomic DNA from animal cells for doing real time PCR, any
good 96-well extract kit to recommend? |
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e*******e
发帖数: 2 | 19 现在手头上有个 patient sample 是一种 rare cancer. 请问一下有相关经验的人,
如果给这个sample 做个100x genomic测序,把所有的存在的突变搞清楚,有无重大意义?
主要担忧是只有单一样本,出来的结果没有统计意义,下一步不好继续研究真正的致病
基因. 同时,想请教正常组织或细胞是不是也有些随机突变? 那样的话给结果带来的干
扰就更大了 |
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d*******j
发帖数: 64 | 20 首先，你需要matched normal，比如此病人的白细胞或正常组织DNA。如果你是给这个
病人服务，那你只要找到这个sample的somatic mutation就可以，有可能成为治疗的靶
或者检测病情的marker。如果你要研究这个rare cancer type，那至少需要8-10对样品
，找找有没有什么新的基因在多个样品中都有突变。genomic测序的话不需要那么高的
coverage，如果只是找突变的话做exome测序也可以。
义? |
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f**********e
发帖数: 1994 | 21 给组织／瘤测序 coverage 也不能太小。在瘤里边很大部分的细胞还是正常的，所以要有
够深的 coverage 才能至少测到一次坏细胞的 genome. |
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h*y
发帖数: 208 | 22 求文章: Three-Dimensional Folding and Functional Organization Principles of
the Drosophila Genome
请将文章发到邮箱: s******************[email protected]
多谢了! |
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K**4
发帖数: 1015 | 23 Don't know exactly the word.
What I have is whole genome sequences for a new model organism. But the annotation hasn't been done. Does anyone know what software or package I should use to define its ORFs, cDNAs, and proteins? Is it easy to achieve? |
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P*****6
发帖数: 273 | 24 http://genome.ucsc.edu/
不过你可能需要不少时间去熟悉这个网站或者其他软件，如果你要求的比较多的话。如
果在学校，上个bioinformatics的入门课会有帮助。这种经验性的东西不难，但是自己
找费时间。
annotation hasn't been done. Does anyone know what software or package I
should use to define its ORFs, cDNAs, and proteins? Is it easy to achieve? |
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g******1
发帖数: 295 | 25 请问NGSillumina whole genome shotgun中 （DNA sequencing),
adaptor和primer的关系？ 我的理解，adaptor是不是primer的reverse complement？
谢谢！ |
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l**********1
发帖数: 5204 | 26 楼主
下次转贴
请不要忘了附上原始的网页:
比如:
//evol.mcmaster.ca/~brian/evoldir/PostDocs/Barcelona.MarieCurie.Chordate.
EvoDevo.Genomics
Chordates
the |
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u*********1
发帖数: 2518 | 27 如题。尤其是和disease相关的；研究strcutural variation/copy number variation在disease（尤其是
neurological disease)相关的牛人有哪些？
我知道的一个是UW的Evan Eichler；一个是BCM的James Lupski
不晓得还有什么牛人？
另外不晓得大家对这个方向（medical genomics）的前景如何看的
谢谢！ |
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n***w
发帖数: 2405 | 28 乍一看还以为是choroidal neovascularization.
心想，这咋和genome structural variation联系上。。。lol |
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u*********1
发帖数: 2518 | 29 啥杂志？
CNS，还是nature genetics还是genome research？
我觉得问题是，CNV detecting的算法都基于不同的algorithm，没有一种algorithm是
完美的，最后的结果都相互冲突，一堆artifact
妒恨 |
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p******n
发帖数: 874 | 30 现在published的disease genome的CNV为啥都不靠谱？很多都很靠谱啊，很多都用了
independent的实验验证了。 |
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x******m
发帖数: 736 | 31 biostat的master，Phd在这个实验室做了３年的bioinfo和genomic，实在不想读了，有
小孩压力大，想早点工作。求推荐。不苛求任何location。非常感谢 |
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G***y
发帖数: 1082 | 32 这个是NIH每两年一次的论坛。请一些领域里的教授们讲讲这两年来基因组学的进展。
好处是讲座和幻灯片都在线，而且因为这个是面向非基因组学专业的人，很多东西讲的
比较容易理解。当然如果你是这个专业的可能会觉得这些讲座比较浅。有兴趣了解这个
领域的同学们可以看看。连接：
http://www.genome.gov/12514288 |
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l******o
发帖数: 103 | 33 I have the following problem. I want to introduce a point mutation to my
plasmid. The plasmid is super big. So I first cut out a fragment(~4kb) with
XbaI and then ligate it to another vector. After introducing mutation with
mutagenesis kit, the sequencing result is as expected.
Next step is to put the XbaI-XbaI fragment containing the mutation back
into the original clone. After ligation and transformation with DH5alpha I
get a number of colonies (~20) but no colonies in the negative control. B... 阅读全帖 |
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r****r
发帖数: 36 | 34 1. It depends on what genes were in your plasmids. for example, it is ok to
manipulate some DNA viruses with large genome using conventional cloning
method but when it comes to some RNA viruses, you can't even clone its
fragments more than 3K.
2. I have no experience on Cosmid/YAC/BAC.
I |
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e****s
发帖数: 1125 | 35 I would check plasmid and expression more carefully before draw a conclusion
of genomic recombination.
1. Have you check the whole 4kb cDNA after site-direct mutagenesis? It will
take you 5 sequencing to check the whole cDNA.
2. How do you check the expression? Have you check both supernatant and
total lysis? by western or just SDS-PAGE. The point is single mutant could
dramatically decrease the expression.
3. Purify plasmid from the expression E.coli, do cutting test and send for
sequencing.
w... 阅读全帖 |
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b******r
发帖数: 111 | 36 Thanks. Can you tell me the name of 'column based' purification of genomic
DNA? |
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g*****n
发帖数: 250 | 37 The question is: does a little NaAc still stay in
purified genomic DNA and inhibit digestion of HindIII?
Maybe. You can use a large volume (e.g., 0.5 ml) of 70% ethanol to wash the
DNA pellet. |
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s*******h
发帖数: 23 | 38 做了一回RNA-seq，但是在差异表达的Tag中有很多都没有找到相应的基因，这个常见吗
？是不是跟选择的reference genome有关？如果有关，该选择那个？
谢谢大牛指教！ |
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C********4
发帖数: 308 | 39 美国基因测序公司Complete Genomics Inc周一宣布，已同意接受深圳华大基因科技有
限公司价值1.18亿美元的收购要约，花旗担任华大基因的财务顾问。
Illumina费了这么大力气把CG搞死，眼看要成功了，结果被BGI救下。搞乱了Illumina
的布局。 |
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u*********1
发帖数: 2518 | 40 我觉得这都算一个大方向吧
comparative genomics或许是更偏evolution？但估计也是和sequence打交道吧？
你说的好发paper的，估计都是和人类疾病有关的把？
所以我觉得你的phd training的东西肯定也可以用上的，只不过evolution是冷门，更
理论。。。 |
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T*********l
发帖数: 298 | 41 Broad applications of single-cell nucleic acid analysis in biomedical
research
Wigler Mnull
Genome Medicine 2012, 4:79
g*******[email protected]
thanks! |
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z**b
发帖数: 192 | 42 Dove Medical Press旗下的Advances in Genomics and Genetics 审稿机会一个,
mitochondria DNA方向。有意者请在明早之前将英文全名, E-mail及研究背景PM我。 |
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x******m
发帖数: 736 | 43 我还没申请，看instruction上是这样说的。你老板帮你的申的吗。如果制作genomics
的话，一般level的数据也够了，但我想做点health方向的，需要control的data。。。 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 44 站内PM 你了 just check your Inbox of mitbbs
有些具体PI full name 不便在bbs 公开。
genomics |
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s*****g
发帖数: 87 | 45 请参见最近的一篇review
TALENs: a widely applicable technology for targeted genome editing
Nat Rev Mol Cell Biol
2013 |
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K**4
发帖数: 1015 | 46 Genome Editing: searching for Deaminase or DNA methylase or Tet1 in PubMed
The TALEN paper listed is about DNA nuclease, for cutting, not editing.
The authors seem to lack an good understanding on DNA modifications, hehe. |
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z*****3
发帖数: 32 | 47 打听一下whole genome检测基因表达的问题，现在有一个蛋白，想检测一下敲除后在
human
cell里边会抑制哪些基因的表达。但是没做过细胞实验，所以不了解，想打听一下：
1.一般的收费是多少？
2. 自己需要做的是什么工作？
3. 如果自己没有这个敲除基因的细胞株的话，哪里可以买到？
4. 一般共需要多久的时间？
因为没做过这方面的实验，不了解，可能问的问题有些幼稚。希望了解这方面的人给予
指点，谢谢！ |
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h******y
发帖数: 351 | 48 There may be many non-specific binding sites for your primers in genomic DNA
. Try to increase the annealing temp and do 3-step PCR instead of 2-step, o
r design better primers.
There
viral
). |
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P*********y
发帖数: 41 | 49 We have no problem to do microarray and RNA-seq with LCM tissue. There are
also a lot of reports regarding this. But couldn't find a literature or
protocol on whole-genome bisulphite sequencing using LCM tissues. |
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P*********y
发帖数: 41 | 50 We have no problem to do microarray and RNA-seq with LCM tissue. There are
also a lot of reports regarding this. But couldn't find a literature or
protocol on whole-genome bisulphite sequencing using LCM tissues. |
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