a****m
发帖数: 693 | 1
It make sense that Na/K-ATPase involves a clathrin-dependent pathway, and
depletion of potassium will impair the endocytosis. |
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s******y
发帖数: 28562 | 2 endosome 和 phagosome主要是来源（膜上的蛋白）不同，导致后面的一
系列处理也不同
endosome 一般是由比较小的单分子结合在受体上引起的，一般需要
clathrin 来协助进入细胞
Phagosome是有比较大的复合体结合在细胞表面上引起的，不需要clathrin。
lysosome 是细胞内部包含着大量蛋白酶的泡泡，可以和其他泡泡融合之后来
降解里面的东西。 |
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f*****f
发帖数: 195 | 3 谢谢，不过功能信息很少。
map conservation onto structure 是什么意思？是说interaction surface一般很保
守？
以clathrin 为例，如果仅仅知道heavy chain 和 light chain单独结构，在clathrin
complex结构解析出来之前，如果没有生化实验验证，可以大致预测出两者如何结合么？ |
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c******g
发帖数: 49 | 4 Conventional endocytosis is clathrin dependent.Macropinocytosis needs actin
polymerization. You can differentiate these pathways by combinging knockdown
clathrin/caveolae and actin polymerization inhibitors. |
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B***v
发帖数: 113 | 5 1. clathrin knockdown ---> clathrin dependent endocytosis
2. caveolin knockdown ---> Caveolae-dependent Endocytosis
3. actin polymerization inhibition ---> macropinocytosis
是这个逻辑吧？
actin polymerization inhibition不会影响1和2吗？
actin
knockdown |
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c******g
发帖数: 49 | 6 Actin polymerization 不会影响1，2
：1. clathrin knockdown ---> clathrin dependent endocytosis
：2. caveolin knockdown ---> Caveolae-dependent Endocytosis |
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t****b
发帖数: 695 | 7 今天和一个朋友过FA，看到cell trafficking （FA2013版，75页），然后是clathrin,
COP1, COP2. 朋友坚称不可能考到这么细，最多到I-cell disease。我说FA上明明写
出来clathrin, COP1, COP2是key points. 朋友说Kaplan根本没有提这些。 两人吵起
来， 谁也说不服谁。所以我上来问问。
补充一点，我和朋友都还没有开始UW。
谢谢大家 |
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d*********o
发帖数: 6388 | 8 http://www.weibo.com/1251560221/IBpp2ontJ
子陵在听歌
今天 07:01 来自 iPhone 11 Pro Max
武汉大学人民医院报道了第一个羟氯喹（hydroxychloroquine, HCQ）治疗COVID-19的
随机对照RCT临床试验（ChiCTR2000029559），preprint上传到了medRxiv上。研究入组
了62名COVID-19患者，31人接受5天HCQ（400 mg/d）；另外31人进入对照组。研究主要
评价治疗5天后，临床康复时间（TTCR）、临床特征、影像学表现。
研究发现5天后羟氯喹组患者临床康复时间明显缩短，发热、咳嗽症状缓解更快（p<0.
05）。羟氯喹组81%患者肺炎表现明显改善，而对照组为55%（p<0.05）。所有进展成为
重症患者均在对照组。这项RCT研究非常重要，肯定了羟氯喹的治疗效果。
同时，Nature Nanotech的一篇Comment评述了羟氯喹的潜在作用机制，似乎羟氯喹主要
是作用于宿主细胞，而非病毒本身，羟氯喹可能抑制PICALM蛋白，从而抑制clathrin介
导的SARS-Co... 阅读全帖 |
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B*********a
发帖数: 6244 | 9 武汉大学人民医院报道了第一个羟氯喹（hydroxychloroquine, HCQ）治疗COVID-19的
随机对照RCT临床试验（ChiCTR2000029559），preprint上传到了medRxiv上。研究入组
了62名COVID-19患者，31人接受5天HCQ（400 mg/d）；另外31人进入对照组。研究主
要 评价治疗5天后，临床康复时间（TTCR）、临床特征、影像学表现。
研究发现5天后羟氯喹组患者临床康复时间明显缩短，发热、咳嗽症状缓解更快（p<
;0. 05）。羟氯喹组81%患者肺炎表现明显改善，而对照组为55%（p<0.05）。所有
进展成为 重症患者均在对照组。这项RCT研究非常重要，肯定了羟氯喹的治疗效果。
同时，Nature Nanotech的一篇Comment评述了羟氯喹的潜在作用机制，似乎羟氯喹主要
是作用于宿主细胞，而非病毒本身，羟氯喹可能抑制PICALM蛋白，从而抑制clathrin
介 导的SARS-CoV-2被细胞内吞；羟氯喹还可以抑制endosome-溶酶解介导的S蛋白剪切
和进 入细胞。 |
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w**********s
发帖数: 72 | 10 如果能够很特异的荧光标记上一类vesicles。比如Clathrin Coated vesicle, 用Flow
cytometry 能够分离出来吗？看到有篇文章做，但不知道可信度有多少。非常感谢。 |
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y**u
发帖数: 7459 | 12 我也奇怪来着，一般biological process都是和calcium有关的，而且CME也不是
depolarization-dependent. |
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a****m
发帖数: 693 | 13
does ATPase need potassium? |
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y**u
发帖数: 7459 | 14 is there a Na/K-APTase? it seems to be pretty general though |
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y**u
发帖数: 7459 | 15 classic endocytosis, for cell surface receptors etc.:
clathrin-mediated endocytois --endosome (pH higher, sorting process here)--
lysosome(low pH, protein lysis)
phagocytosis, for large solid material, by forming larger PM ruffles ---
phagosome |
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z********i
发帖数: 610 | 16 最近在一个细胞中发现了一个现象，knockdown 一个与clathrin mediated
endocytosis相关的蛋白后，发现细胞对glucose的转运降低，怎么解释这个想象?
看了一些文献，我觉得抑制这个蛋白的表达，可能会导致细胞表面的转运受体增多，那
么应该是加速glucose吸收啊。
请牛人赐教。多谢 |
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C*******e
发帖数: 4348 | 17 map conservation onto structure参看这个
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/12499312
他们有online server
基本上就是对每个residue position会按照保守－不保守给个grade，0－9
然后每个grade用颜色区分，
应用在pdb结构上以后就能很直观的看到哪些地方更保守，哪些地方不保守
对于protein-protein interaction partners来说
两者共同进化
用这样的方法可能得到一些启发
但如果是抗原－抗体这种，这样的assumption就不成立了
此外不管是什么预测手段，都只是预测，没有别的试验佐证，都不好说到底预测对不对啊
clathrin
么？ |
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w***7
发帖数: 1637 | 18 宋的文章够了，experience不够让人信服。
宋的博士学位在中科院拿的，在us做了3-4 年postdoc。宋在us 待的时间太短，对美国
博士培养体制和科研体制先进之处了解得可能不够。一同面试院长的有几个candidate
文章比宋好。武大可能是看到宋在中科院当个官，搞个管理就把it请过来了。武大应该
找一个在美国拿个PhD，然后在us 做postdoc后海归的当院长。
宋自己的科研做得很好，但对宋领导一个院做出像样的改革，大幅提高整个院科研水平
不太看好。
http://www.bio.whu.edu.cn/News_reads.asp?cid=174&id=2574
学习经历：
1993－1997 南京大学生物科学与技术系，学士
1997－2002 中国科学院上海生命科学研究院生物化学与细胞生物学研究所，博士
主要工作经历与任职情况：
2002－2005 美国德克萨斯大学西南医学中心，博士后
2005－2014 中科院上海生命科学研究院生物化学与细胞生物学研究所，研究组长，研
究员，博士生导师，“百人计划”择优支持，“百人计划”终期评估优秀。分子生物学
国家重点实验室... 阅读全帖 |
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w***7
发帖数: 1637 | 19 宋的文章够了，experience不够让人信服。
宋的博士学位在中科院拿的，在us做了3-4 年postdoc。宋在us 待的时间太短，对美国
博士培养体制和科研体制先进之处了解得可能不够。一同面试院长的有几个candidate
文章比宋好。武大可能是看到宋在中科院当个官，搞个管理就把it请过来了。武大应该
找一个在美国拿个PhD，然后在us 做postdoc后海归的当院长。
宋自己的科研做得很好，但对宋领导一个院做出像样的改革，大幅提高整个院科研水平
不太看好。
http://www.bio.whu.edu.cn/News_reads.asp?cid=174&id=2574
学习经历：
1993－1997 南京大学生物科学与技术系，学士
1997－2002 中国科学院上海生命科学研究院生物化学与细胞生物学研究所，博士
主要工作经历与任职情况：
2002－2005 美国德克萨斯大学西南医学中心，博士后
2005－2014 中科院上海生命科学研究院生物化学与细胞生物学研究所，研究组长，研
究员，博士生导师，“百人计划”择优支持，“百人计划”终期评估优秀。分子生物学
国家重点实验室... 阅读全帖 |
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t****w
发帖数: 130 | 21 细胞的整个膜系统就是动态平衡过程啊。既有你说的从高尔基到表面膜，也有从表面膜
形成clathrin-coated pits内吞回到高尔基体。当然还有直接被吐到细胞外面。 |
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n***w
发帖数: 2405 | 22 You can also do a detergent-free preparation of caveolae using sodium
carbonate. Using Western blot to detect caveolin-1, clathrin light chain and
your protein to see where your protein is primarily located. |
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B***v
发帖数: 113 | 24 谢谢。有现成的protocol我可以照着做吗？
按你说的就是用生化的方法分离出caveolin-1 fraction和no caveolin-1 fraction (
clathrin)，然后western blot这些分子对吧。我分离过ER, nucleus, mitochondria,
fractionation还是挺tricky的。
and |
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B***v
发帖数: 113 | 25 actin/myosin inhibition对clathrin/caveolin coated vesicle的形成没有影响，但
是对这些vesicle的trafficking和early endosome fusion应该有影响吧？ |
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d**u
发帖数: 278 | 26 这个确实是有点细了。
不过你是对的。DO ACCORDING TO FA
clathrin, |
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