b*s
发帖数: 82482 | 1 ATPase is an enzyme which can hydrolize ATP to release the energy
of the energy molecules (ATPs).
This partucular ATPase use the energy to change the shape of the enzyme,
which can propel a displacement alone another molecule. Then you have
a micro-dynamo, :-)
This is an oversimplified description. For details, check the text book.
You don't need to be a biochem major, you just need some general science
background, and the motivation to understand. |
|
v***o
发帖数: 2975 | 2 第一次接触ATPase 实验室用的一种传统方法灵敏度太低了 想试试commercial的kit
求有经验的童鞋们推荐～大感谢～～～～ |
|
z***q
发帖数: 81 | 3 线粒体的功能是合成ATP。在线粒体上合成ATP的“机器”叫做"ATP synthase"。ATP
synthase由F1和Fo这两部分组成。Fo嵌在细胞膜中，其主要部分成圆环状。F1则成蘑菇状
，中间有一个柄，插在Fo的环中心。合成ATP的能量来自于细胞膜两侧的质子梯度(膜外的
质子浓度比膜内高)。质子从膜外侧经过Fo上的通道进入膜内侧，会引起Fo整个的圆环在
细胞膜上转动，从而带动F1的“蘑菇柄”跟着转。F1的柄转动的能量引起F1其他部分周期
性的形变，并最终转化成把ADP合成ATP的能量。
这个ATP synthase的工作是可逆的。假如细胞膜内的ATP浓度较高，而膜两侧的质子浓度
较低，F1可以把ATP分解成ADP，并利用其能量使其“蘑菇柄”朝相反方向转动，然后Fo利
用这转动能量把质子从膜内泵到膜外。
不过，在实验中人们可以把F1和Fo分开。没有了Fo后，F1就只能分解，而不能合成ATP了
。这时的F1就叫做F1-ATPase。"ase"是指能把它“干掉”(比如分解掉)的东西，所以ATPa
se就是能干掉ATP的东西。
ATP synthase在70年代和90年代各出过一个相关 |
|
g***j
发帖数: 40861 | 4 【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
发信人: yetiti (yeti), 信区: Biology
标 题: 转发：关于进化和起源的一篇文章--我读过的最好的科普作品
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Jul 4 03:33:26 2013, 美东)
神棍请自动绕道，只是和搞生物的同学分享一篇好文
转载：原文链接：http://www.douban.com/group/topic/33656795/?r=1
在以前本小组的讨论中，我曾提到 “比如你如果不理解所有生物共有的膜渗透能量供
应化学原理，你就根本无从评价任何生命起源的理论。”
**********************
一 直觉与反直觉
直觉（intuitive）和反直觉（counterintuitive）是科学讨论在描述一个科学理论或
者发现的时候，经常使用的二分法。这个叫法本身并不那么科学和严谨，但是其中的意
味却是无限深长的。
既然不严谨，我也不去定义它，只看范例：
最简单清楚的直觉理论，在古希腊科学有很多范例。比如“物体排开的水量等于它的体
积”。比如欧几里得平面几何中的公设和简单定理。“凡直角... 阅读全帖 |
|
d****a
发帖数: 655 | 5 【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
发信人: yetiti (yeti), 信区: Biology
标 题: 转发：关于进化和起源的一篇文章--我读过的最好的科普作品
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Jul 4 03:33:26 2013, 美东)
神棍请自动绕道，只是和搞生物的同学分享一篇好文
转载：原文链接：http://www.douban.com/group/topic/33656795/?r=1
在以前本小组的讨论中，我曾提到 “比如你如果不理解所有生物共有的膜渗透能量供
应化学原理，你就根本无从评价任何生命起源的理论。”
**********************
一 直觉与反直觉
直觉（intuitive）和反直觉（counterintuitive）是科学讨论在描述一个科学理论或
者发现的时候，经常使用的二分法。这个叫法本身并不那么科学和严谨，但是其中的意
味却是无限深长的。
既然不严谨，我也不去定义它，只看范例：
最简单清楚的直觉理论，在古希腊科学有很多范例。比如“物体排开的水量等于它的体
积”。比如欧几里得平面几何中的公设和简单定理。“凡直角... 阅读全帖 |
|
g***j
发帖数: 40861 | 6 【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
发信人: yetiti (yeti), 信区: Biology
标 题: 转发：关于进化和起源的一篇文章--我读过的最好的科普作品
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Jul 4 03:33:26 2013, 美东)
神棍请自动绕道，只是和搞生物的同学分享一篇好文
转载：原文链接：http://www.douban.com/group/topic/33656795/?r=1
在以前本小组的讨论中，我曾提到 “比如你如果不理解所有生物共有的膜渗透能量供
应化学原理，你就根本无从评价任何生命起源的理论。”
**********************
一 直觉与反直觉
直觉（intuitive）和反直觉（counterintuitive）是科学讨论在描述一个科学理论或
者发现的时候，经常使用的二分法。这个叫法本身并不那么科学和严谨，但是其中的意
味却是无限深长的。
既然不严谨，我也不去定义它，只看范例：
最简单清楚的直觉理论，在古希腊科学有很多范例。比如“物体排开的水量等于它的体
积”。比如欧几里得平面几何中的公设和简单定理。“凡直角... 阅读全帖 |
|
y****i
发帖数: 2194 | 7 神棍请自动绕道，只是和搞生物的同学分享一篇好文
转载：原文链接：http://www.douban.com/group/topic/33656795/?r=1
在以前本小组的讨论中，我曾提到 “比如你如果不理解所有生物共有的膜渗透能量供
应化学原理，你就根本无从评价任何生命起源的理论。”
**********************
一 直觉与反直觉
直觉（intuitive）和反直觉（counterintuitive）是科学讨论在描述一个科学理论或
者发现的时候，经常使用的二分法。这个叫法本身并不那么科学和严谨，但是其中的意
味却是无限深长的。
既然不严谨，我也不去定义它，只看范例：
最简单清楚的直觉理论，在古希腊科学有很多范例。比如“物体排开的水量等于它的体
积”。比如欧几里得平面几何中的公设和简单定理。“凡直角都相等”，“两点之间直
线最短”，初学几何的人，都会想这不是废话吗。等到用这些废话为基础武器，逐步分
解，证明了其他复杂得可怕的理论，我们才知道废话的精辟之处。这就是直觉理论最原
始的特征：不言而喻。然而，即使在这种萌芽时代的智慧中，也埋下了“反直觉”理论
的种子，比如仅仅... 阅读全帖 |
|
m*********n
发帖数: 28 | 8 没有找到好的模板，来问问大家在PL里面怎么举例证明自己的文章被引用。
比方说，有一个还不错的文章，引用了我的两篇文章十几次，但是大部分都是都是同时
引用了好几篇文章。比方说下面这个例子：
Eukaryotic Vps4 has a beta-domain inserted into the small ATPase domain(
19,20,24) that recruits the VPS4 activator Vta1p/LIP implicated in assembly
and ATPase activity (21,27，28，29，30). Crenarchaeal Vps4 lacks the beta-
domain (29) and the regulatory factors are absent in Crenarcheota(31)。
我的文章是29， 在这两句话里面一共引用了两次，我该怎么写呢？ 这样写可以么？
Eukaryotic Vps4 has a beta-domain inserted into the small ATPase ... 阅读全帖 |
|
m****a
发帖数: 2593 | 9 沃克昭示的ATPase精细结构，简直是一部鬼斧神工的蛋白质机器。我们
在这部分最后来欣赏一下大自然炫目的工程杰作。
ATPase是一个蛋白质复合酶，微小到在一般电子显微镜下也只是隐约可见，像蘑菇一样
星星点点地点缀在线粒体内膜上。它是由很多个微小的、运动的蛋白质部件构成的，各
部件大体上呈同心圆环状排列。结构上，ATPase分成两个部分，一个是蛋白质排列拼合
成的孔道，这个孔道直接从膜内穿透到膜外。孔道的内端是另一个部件：一个轴样的旋
转头。这个旋转头像钟表里的齿轮一样，有三个固定刻度。每个刻度之间角度相差120
度。外部的高浓度质子“水库”产生的势能促使质子从孔道内滑落，大致每三个质子的
滑落的能量会让旋转头转过120度，即一个刻度，10个质子穿过完成一个循环。这个蛋
白质旋转头每次转动一个刻度，它的分子张力都让跟它接触的ATP、ADP分子化学键生成
或者打破。第一个刻度处结合ADP分子，第二个刻度处俘获一个磷酸根离子(p)并把它附
着到ADP上，变成ATP，在生成这个化学键的同时锁定了能量（来自质子的滑落）。第三
个刻度处打破结合键释放ATP分子。
这是一个自然界最微小的轮轴系统（... 阅读全帖 |
|
f*****g
发帖数: 3086 | 10 所有流行的科学理论都是假设，能被证伪的假设，在找到证据证伪之前假设该理论是正
确的。
关于进化论，这样阐述科学界的思路可能有的人好理解一些：
1. “人和猴子一定没有共同祖先” -> 可以被证伪，找到一些古人猿化石，DNA蛋白质
同源性显示，古人猿可能是人和猴子的共同祖先。这就否定了“人和猴子一定没有共同
祖先”。但是不能证明“某某古人猿一定就是人和猴子共同祖先”。（虽然现在这方面
正在进展，越来越多证据排除“人和猴子一定没有共同祖先”这个论点。）
2. “人至少和单细胞生物一定没有共同祖先，因为差异太大了。” -> 一系列化石证
明了不能仅仅因为差异很大就排除“人和单细胞生物有共同祖先”的可能性。这些化石
也不能直接证明就一定是进化来的。
3. “鞭毛一定不是进化出来的，因为没有演化过程中间体”， 找到ATPase，细菌细胞
器，纤毛等一些列中间物，证明了“没有演化过程中间体”是武断的，纤毛等细胞器*
也许*是进化中间体。
4. “地球物种一定没有共同祖先，因为缺乏所有物种相通的同源细胞器”->ATPase机
理的发现证伪了“缺乏同源细胞器”。
虽然同源ATPase不能完全证明地球物... 阅读全帖 |
|
b**y
发帖数: 86 | 11 个人感觉我们对于生物起源的了解实在是太少太少，离我们能够确定的说“生命就是这
样开始的”程度还差的太远太远。作者所说的最多只是一个假说，而作者的很多所谓的
论据都是断章取义，有些故弄玄虚，其实并没有多少说服力：
比如说所谓的“斯皮格曼的怪物”（Spiegelman Monster），没有说清楚实验是在加了
RNA replicase的培养液中；这样经过足够代选择加入的RNA当然最后只剩下和RNA
replicase binding的部分，没什么稀奇；可这和所谓的”原始汤”环境有可比性吗？
氨基酸和其他生命的小分子（核酸、脂类）在地球早期严酷环境中产生（无论在空气、
海洋火山还是火山湖泊中）或者从陨石中带来，这是生命产生的前提，而米勒实验是证
明了这种自然产生的一种可能性。它的意义被作者一句话否定掉了？
又比如说到“黑烟囱”生命起源假说，说到最后是：“只需要用着白给的能量
发明膜就行了。”似乎已经无比简单了。可大哥，你是说要发明含ATPase的lipid膜吗
？大哥，ATpase是个如此复杂的蛋白，怎么说有就有了？而且就算有了，怎么才能遗传
啊？ 是得进化出一个RNA 的ATPase吧，... 阅读全帖 |
|
m***c
发帖数: 637 | 12 鰓的構造與富含粒線體細胞之觀察
吳郭魚的鰓，由鰓弓、鰓耙、鰓絲和鰓薄板所構成，每一條鰓弓上有著鰓耙和
成對的鰓絲，鰓絲上排列有成對的鰓薄板 (圖十)。鰓上的細胞由扁平細胞、黏液細胞
、未分化細胞及MR細胞 (圖二十一) 組成。其中MR細胞與滲透壓調節相關，也是鰓上主
要負責離子調節的細胞(陳金貝，1999)。
利用粒線體染色法，發現長期馴養在海水的吳郭魚，比長期馴養在淡水的吳郭
魚確實有較多的MR細胞，且粒線體的濃度也較高，用以排除過多的鹽份。廣鹽性魚類在
適應海水的過程中，MR細胞的作用機制是以位於管狀系統中的Na+,K+-ATPase為原動力
，維持胞外高鈉、胞內高鉀的狀態，胞外的鈉帶著氯經由頂端細胞膜上的載體進入細胞
內，而後胞內的負電位將氯離子再經頂端細胞膜直接排到外界環境中，鈉離子則經由底
側邊細胞膜上的Na+,K+-ATPase排到細胞外，經細胞間的『滲漏接合』(leaky junction
) 排出到體外 (圖二十二)。至於生活在淡水中的廣鹽性魚類，魚體則以Na+,K+-ATPase
為動力，主動吸收外界環境中的鈉離子。因此維持魚類體液中離 |
|
c*****t
发帖数: 1879 | 13 我有一笨问题:
ATP hydrolysis 出的能量是怎么样产生的? 这里要的不是简单的 equation,
我这里指的是:
当一 ATPase (比如 MT motor proteins) hydrolyze ATP 时, 可以
想象 ATP 和该 ATPase 总是大约处于一定的位置, 那么反应的能量是以什么
形式放在什么原子上, 处于什么方向? 该原子又如何把能量传递? 是否一般
ATPase 的能量传递 (初始) 原理相象?
有什么书/Review paper 么? |
|
b*********n
发帖数: 1607 | 14 这篇文章最重要结论就是
“原始生命的胞膜进出孔道-->ATPase-->III型细菌分泌系统-->细菌粘附装置-->细菌纤
毛-->鞭毛 ”
文章里谈了很多事实和相关理论。唯独到了最重要的结论性内容的时候，只有一句话“
现在
的分子生物学界都明确了ATPase是鞭毛的进化雏形。”
怎么明确的？实验基础是什么？可不可以再现这种进化过程？这个问题和两个化石有相
似性就是进化关系这样的逻辑没有本质区别。只是换一种说法，两个复杂分子结构，功
能上有相似性，于是它们就是进化关系。
事实是有相似性，人的意见就是他们一定是进化关系。那为什么不能说事实是有相似性
，人的意见是他们是被同一个设计者设计出来的？
很感谢这篇文章介绍的很多事实。这么复杂精巧的微观结构，显明设计的伟大。 |
|
Y**L
发帖数: 385 | 15 到这一楼为止，进化论拥护者无人敢承认顶楼文中的缺陷。
都讲点冠冕堂皇话，呵呵
其实今天进化论界的最大问题还不是如原始汤，或ATBase这样单个的进化结论不可靠。
而是全界普遍性的思维缺失。
如果思维健全，那么顶楼的作者肯定会说‘孔道-->ATPase-->III型细菌分泌系统-->细
菌粘附装置-->细菌纤毛-->鞭毛’是一种可能，相对的这个链条上每一个都是智慧设计
的可能仍然不能排除。
你在生物文章里能常读到这样的说法吗？
不可能啊
任何学者想要就生命中的系统现象探索一下创造的可能，就要面临会场里齐刷刷的眼光
，不论是表面礼貌的，还是完全粗鲁的，背后的含义是一样的：‘你这个傻瓜蛋’
就像在这个版上发生的一样
这就是全界普遍的思维缺失，从顶端的大科学家到底端的普通拥趸，整个一帮‘信徒’
，不是科学家，不是中立读者，是不自知的‘信徒’。
信徒表现在他们无理性地维护该理论的大量明显缺陷。不自知表现在他们都以为所信的
理论已经‘科学’。
其实他们已经离开科学一大截了。
看看顶楼的‘孔道-->ATPase。。。-->鞭毛’，和当年‘亩产三万斤’的理论有什么区
别？
亩产三万斤是根据阳光的总能量... 阅读全帖 |
|
l**********t
发帖数: 5754 | 16 炫目的工程杰作 是科学事实。
但是“大自然”的杰作还是 神的杰作， 这是信仰的范畴。
你可也算以下 26aa 随机排列成ATPase蛋白一级结构的概率。
（再从一级结构fold到有功能的ATPase的计算很难。不过第一步的概率已
经很低了。）
120 |
|
k******0
发帖数: 1073 | 17 加入F1-ATPase或其它ATPase，将ATP快速消耗掉。
没有做过，只是建议。 |
|
|
T******y
发帖数: 298 | 19 谢谢Sunnyday!
能告诉几种好用的F1Fo-ATPase 抑制剂吗？另外抑制F1Fo-ATPase会产生ROS（Reactive
oxygen species ）吗？ 如果升高4到6小时的话，需要和其他抑制剂合用吗？如果需
要，那些抑制剂比较合适？ |
|
|
p****n
发帖数: 9263 | 21 another 女老印造假
RETRACTED: VMA21 Deficiency Causes an Autophagic Myopathy by Compromising V-
ATPase Activity and Lysosomal Acidification
Reason: Our paper reported the identification of mutations in the
gene VMA21 in patients with X-linked Myopathy with Excessive Autophagy (XMEA
) and characterized the molecular mechanisms underlying the disease
phenotype. Many of the figure panels in the paper summarize data from
multiple experiments. We have now detected a number of errors in these
panels |
|
r********n
发帖数: 7441 | 22 发信人: conti (conti), 信区: TsinghuaCent
标 题: zz pk饶毅进入第二轮的张旭的背景
发信站: 水木社区 (Sun Aug 28 15:38:09 2011), 站内
如果神经方向就只能上一个候选人，那么张旭入选还真是一点也不出格
发信人: WeiLiao (WeiLiao), 信区: Biology
标 题: 张旭的publications
发信站: BBS 未名空间站 (Sun Aug 28 01:39:20 2011, 美东)
去查了一下，张旭总共发表了90多篇英文文章（不算中文）。回国之后作为联系作者也
有快20篇了。其中有cell, neuron, Journal of neuroscience, PNAS 好多篇。
而且他
1995年就回国了，那个时候国内的环境有多差不用说了吧。这也快20年了。比饶益
2007
年才全职回去多了12年。比起培养的中国学生也多多了，算国内贡献肯定不会小。如果
他一直留在国外，成就未必就比饶差。谁把饶益的文章列一列。国内多少篇，总共多少
篇，培养了多少中国学生？
1. Li KC, Wang F, ... 阅读全帖 |
|
S*******s
发帖数: 13043 | 23 Intel Science Talent Search 2013
Finalists and Research Project Titles
Name
Pr
oject Title
P
age
Paulomi Bhattacharya
A No
vel AAA-ATPase p97/VCP Inhibitor Lead for Multiple
4
My
eloma by Fragment-Based Drug Design: A Computational
Binding Model and NMR/SPR-Based V
alidation
Surya Narayanaraju Bhupatiraju
On the C
omplexity of the Marginal Satisfiability Problem
4
Adam Joseph Bowman
Appar
atus and Analysis Techniques for Portable,
5
L
ow-Voltage Pulsed Plasma Sources
Jennifer Chan
A
ctivation-In... 阅读全帖 |
|
r*s
发帖数: 2555 | 24 【 以下文字转载自 Joke 讨论区 】
发信人: rbs (jay), 信区: Joke
标 题: 诺委会太不像话了
发信站: BBS 未名空间站 (Wed Oct 4 10:23:52 2017, 美东)
尼玛87篇参考文献就不能加一篇施教授或能教授的CNS？
References
1. Ruska, E., Nobel Lectures, Physics 1981-1990, Tore Frängsmyr and
Gösta Ekspong, Eds. (1993) World Scientific Publishing, Singapore
2. Marton, L. (1934) Electron microscopy of biological objects. Nature
133, 911-911
3. Althoff, T., Mills, D. J., Popot, J. L., and Kühlbrandt, W. (2011)
Arrangement of electron transport chain compone... 阅读全帖 |
|
h******h
发帖数: 1257 | 25 搜了下其他几个竞赛，唯一有可能的几个名字列出来了 女性first name的中国娃已经
省掉了
ISEF 2014
Determining the Active Compound in Achyranthes aspera Leaf Extract and Its
Effects on
the Cell Cycle and Growth of Pancreatic Cancer Cells
Nanruoyi Zhou, 18, Senior, American Heritage School, Plantation, Florida, T:
Osmel Rodriguez
2013
Use of Co-Solvents to Enhance Astaxanthin Extraction from L. setiferus
Shells with Vegetable Oils
Shixuan Justin Li, 15, Freshman, Rutherford High School, Panama City,
Florida,
T: Shixuan Justin Li
Sodium ... 阅读全帖 |
|
f******g
发帖数: 1003 | 26 肖俊宇
1. Tagliabracci VS#, Xiao J#, Dixon JE. Phosphorylation of Substrates
Destined for Secretion by the Fam20 Kinases. Biochem Soc Trans. 2013 Aug 1;
41(4):1061-5. (# Equal contribution).
2. Xiao J, Tagliabracci VS, Wen J, Kim SA, Dixon JE. Crystal Structure of
the Golgi Casein Kinase. Proc Natl Acad Sci U S A. 2013 Jun 25;110(26):
10574-9.
6. Xiao J, Engel JL, Zhang J, Chen MJ, Manning G, and Dixon JE.
Structural and functional analysis of PTPMT1, a phosphatase required for
cardiolipin... 阅读全帖 |
|
R******d
发帖数: 5739 | 27
http://en.wikipedia.org/wiki/Sodium
quote
Biological role
This section requires expansion. (May 2012)
Main article: Sodium in biology
In humans, sodium is an essential nutrient that regulates blood volume,
blood pressure, osmotic equilibrium and pH; the minimum physiological
requirement for sodium is 500 milligrams per day.[47] Sodium chloride is the
principal source of sodium in the diet, and is used as seasoning and
preservative, such as for pickling and jerky; most of it comes from
proce... 阅读全帖 |
|
I*********t
发帖数: 5258 | 28 进化论本来就不能解释生命起源，生命的起源可以完全由化学现象产生，化学渗透和
ATPase。 |
|
r*s
发帖数: 2555 | 29 尼玛87篇参考文献就不能加一篇施教授或能教授的CNS？
References
1. Ruska, E., Nobel Lectures, Physics 1981-1990, Tore Frängsmyr and
Gösta Ekspong, Eds. (1993) World Scientific Publishing, Singapore
2. Marton, L. (1934) Electron microscopy of biological objects. Nature
133, 911-911
3. Althoff, T., Mills, D. J., Popot, J. L., and Kühlbrandt, W. (2011)
Arrangement of electron transport chain components in bovine mitochondrial
supercomplex I1III2IV1. The EMBO Journal 30, 4652-4664
4. Letts, J. A., Fied... 阅读全帖 |
|
s***n
发帖数: 1114 | 30 对于楠楠以这样一种出人意料的方式向他传送信息，范闲并不意外。楠楠的研究课题属
于绝密级的，但情侣之间总归会不经意的透露出些许。
楠楠的研究领域是生物电磁学。细胞膜上有无数的离子通道或者ATPase，K+, Na+和Ca2
+离子规律性的穿过这些通道，将细胞膜去极化（depolarization）或复极化（
repolarization），产生了持续的生物电流。聪明的人类通过捕捉大脑皮层的生物电流
，辅以模式识别技术，发明了脑机接口（BCI），意图让人类直接通过思考来控制计算
机。事实上，现在BCI 的发展已经相当成熟，只是实际应用的领域很狭窄，大多在辅助
残疾人方面，所以一直蒙着一层神秘的面纱，不为社会大众所熟悉。
在BCI研究进行的同时，有一些喜欢幻想的人们开始构思CBI。顾名思义，与BCI恰好相
反，CBI是通过电信号的方式向某一生物体传递信息，而终极目标则是控制该生物体的
活动。其实早在07年，某高校便通过CBI初步控制了老鼠的运动。
现有的研究，几乎全都集中于生物电流这一相对容易捕捉的信号，而忽略了电流的“影
子”，那个无处不在并且不需要依存于导体的生物电磁场。事实上，如果假以 |
|
Y**L
发帖数: 385 | 31 不是所有人都相信进化论吧，不然你们还批那个鞭毛理论做啥？
人头脑逻辑不清，不能怨神骗自己，是自己绊倒。
怎么能根据人数多说进化论是正确的呢？科学要求真，不是随大流. 文章刚讲了米切尔
这个少数派最后是正确的，敢情老E没领会文章的精神啊，呵呵
如果要证明一个结论成立，要么你直接证明它成立，要么你证明它的对立面不成立。
这两者都未做到，就宣称该结论成立。可以称之为傻瓜的逻辑吧。
如黑龙弟兄所指，Behe提出鞭毛象是智慧设计的，作者介绍了：
胞膜进出孔道-->ATPase-->III型细菌分泌系统-->细菌粘附装置-->细菌纤毛-->鞭毛
这种可能，然后就觉着鞭毛是进化的。
这个链条里连最原始的ATBase是进化的还是创造的都说不清。大家不是忙着提各种猜想
吗？
后面又有哪一环证明了进化了？
都没有。
也没驳倒鞭毛被设计的可能。
那就吹响胜利号角，是不是傻瓜逻辑啊。
呵呵。
虽是好文，漏洞太多，我看用于说明创造也不错。
有 |
|
Y**L
发帖数: 385 | 32 哭啥呀，这么没guts，呵呵
你就是搞几百万信进化论的搞生物的来，俺还得问他们有什么证据证明ATBase是进化来
的，
没证据就是零啊
几百万个零也还是零啊
其实就是70亿人全信也没用啊
没有证据都是浮云
科学是求真，不是比人多, 米切尔。。。
好，咱打住这死循环...
咱再来看‘原始汤’论这个版上反复被提n次的证明进化的整个理论体系，地质学/“斯
皮格曼的怪物”/化学渗透论，->原始汤论破产。
这东西从俺这些信创造的人口里说出来时，肯定一篇嘲笑声。
至今被到处贩卖的这个理论体系，早已破产。进化论拥护者常不肯承认尔
其实没人敢说化学渗透论基础上的进化体系，是不是明天就成为另一个‘原始
汤’，破产
因为相对于原始汤论时人们所描述的细胞像一个反应容器，一个有结构的容器
里进行着液体化学反应，生命起源无非证明在液态反应中能起源所有生命要素
，DNA,蛋白质，等等
现在看来这个反应器不是一个壳里包着一点化学液体，而是有ATBase这样精妙
的机械结构，原来认为液体反应的过程，后来被发现是精确的机械装配过程，
胞膜进出孔道-->ATPase-->III型细菌分泌系统-->细菌粘附装置-->细菌纤... 阅读全帖 |
|
Y**L
发帖数: 385 | 33 这个是正道，还要加一句，知之为知之，不知为不知。
弄清了生命中那些是进化出来的，再宣称其为进化。否则还是不要当科学来宣称，不诚
实。没根据的各种理论，顶多是信仰尔。
至于龟缩，谈不上啊，阁下觉着基就没受过进化论的基础教育，没受过科学的基本洗礼
？很多非基读的进化论不见得比俺们多啊。小时候信进化论只要信教科书就成了，后来
离开它可是要痛苦地独立思考的。
你觉着那个胞膜进出孔道-->ATPase-->III型细菌分泌系统-->细菌粘附装置-->细菌纤
毛-->鞭毛，已经能证明是进化了吗？ |
|
c****p
发帖数: 6474 | 34 科学和宗教的区别在于，
对于未知的领域，科学说：我不知道，但我会努力弄清楚；我也许会错，但是我有自我
纠错的能力。
宗教说：一定是这样的！然后一点点被科学打脸。
科学理论一直在翻新，基督教还是两千年前的那本古书。
那个进化链条的发端目前为止不能证明是进化，
但是在已知的部分是和进化/演化论相符合的。
ATPase的形成原理弄明白之前，它不证实进化论，但它也不证伪进化论。
所以我说了，，宗教只有在科学还没有搞明白的领域才有市场。 |
|
d**********u
发帖数: 4124 | 35 ☆─────────────────────────────────────☆
CaMKII (不作postdog) 于 (Thu Aug 20 12:39:18 2009, 美东) 提到:
发信人: CaMKII (不作postdog), 信区: Biology
标 题: 最新一期Cell两篇北大的文章（尚永丰&汤超）
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Aug 20 12:38:55 2009, 美东)
http://www.cell.com/abstract/S0092-8674(09)00710-7
Cell, Volume 138, Issue 4, 660-672, 21 August 2009
doi:10.1016/j.cell.2009.05.050
LSD1 Is a Subunit of the NuRD Complex and Targets the Metastasis Programs in
Breast Cancer
Yan Wang1,Hua Zhang1,Yupeng Chen1,Yimin Sun1,Fen Yang1,Wenhua ... 阅读全帖 |
|
g***m
发帖数: 465 | 36 看看现有的database能够弄清哪些程度上的东西.
首先,不考虑codon preference条件下用NCBI的ORF
finder找到8个ORFs(P1-->P6),blastP结果如下:
检索ID:1050437955-05057-3024
P1 +1 ORF:250..13398 4383aa
bovine coronavirus RNA-directed RNA replicase
P2 +3 ORF:13584..21470 2629aa
同上,可能形成polyprotein complex
P3 +3 ORF:21477..25244 1256aa
surface projection glycoprotein of coronavirus
envelope protein
P4 +1 ORF:28105..29373 423aa
murine hepatitis virus nucleocapsid protein
P5 +2 ORF:25253..26077 275aa
Opsin, or malaria parasite Ca ATPase-like |
|
d********r
发帖数: 303 | 37 Finally, Mackinon reveals two configuration of the potassium channel at high
and low potassium concentration. This actually corresponds to the native
configuration of the channel when it is closed or open.
Sorry I cannot find a free figure for this arguement.
One lesson is, how little conformation changes actually take place! Just some
side chain rotations. but it produces two different configuration. This let us
speculate how the Na/K ATPase might work. We know it has different
configurations, |
|
v*****n
发帖数: 133 | 38 SNAREs can be grouped into t-SNARE (target) and v-SNARE (vesicle), or Q-SNARE
and R-SNARE based on sequence. 4 families have been found: syntaxin, SNAP-25-1,
SNAP-25-2 (Q type), and synaptobrevin (R type).
SNARE complex during membrane fusion is actually a 4 helical bundle, 2 from each
membrane location in the ratio of 3Q : 1R.
Besides this, the subunit c of the V0 sector of V-type ATPase, also called
proteolipid, is also shown to facilitate homotypic fusion in yeast, which was
published in Nat |
|
r****o
发帖数: 105 | 39 本文献给YL
（二十）钙调蛋白
纯化胰岛素受体的模块结束之后，我们这一组人进入到最后一个模块，
做钙调蛋白的纯化和分析。钙调蛋白(Calmodulin)十分重要，几乎在所有
真核细胞里面都能找到。这个蛋白只有148个氨基酸，大概16KD，比较
小。有Ca2+结合的情况下，钙调蛋白的构象可以发生较大的改变，从而激
活一系列酶的活性，比如cyclic nucleotide phosphodiesterase, 一些
protein kinases, phosphatases 和ATPase等等。这一个模块的实验中，
我们是从鸡胗里面提取和纯化钙调蛋白，然后再做一些分析。
这一个模块的纯化设计，可以说是最大限度的利用了钙调蛋白的特殊
性质，我觉得设计的很精彩。不过我对这个模块的实验经历并不是很满意。
教员的实验助手只有一个人，而且非常不称职，对实验本身似乎不太了解，
也不是很helpful，感觉比前几个模块的实验助手差多了。教员叫Constantin，
是一个俄罗斯人，在rutgers当教授。我起初对他印象不佳，后来发现这个人
其实很nice,非常和蔼。 |
|
p******n
发帖数: 55 | 40 纯属学术讨论。俺先前写了个帖子，但是才疏学浅。这一写，倒真激起对这一领域排行
榜的兴趣来了。
从诺贝尔看，到现在共有以下结构获化学奖或医学生理奖：
1 DNA
2 Hemoglobin
3 photo reaction center (membrane protein)
4 ATPase (membrane protein)
5 K and water channel (membrane protein)
6 RNA Pol
还有落下的没？
这些获奖的人里，除了Rod Mckinnon还继续高产外，其他还健在的人已经基本不在第一
线了。所以他们统称老一代。
没得奖，但具王者风范的有已过世的Paul Sigler， Dan wiley，尚健在的Steve
Harrison (Harvard)，Wayne Hendrickson (Columbia), Tom Steitz (Yale), Doug
Rees (CalTech).这些算是上一代。不知道Tom Steitz能不能熬上诺奖。
下面是开始的帖子，抛砖引玉用：
以小可有限的知识，我觉得施在当今结构生物学领域可能排前20 |
|
d*****r
发帖数: 2583 | 41 ☆─────────────────────────────────────☆
pipetman (哦,金花!啊,大龙!!) 于 (Sun Jan 4 12:18:20 2009) 提到:
纯属学术讨论。俺先前写了个帖子，但是才疏学浅。这一写，倒真激起对这一领域排行
榜的兴趣来了。
从诺贝尔看，到现在共有以下结构获化学奖或医学生理奖：
1 DNA
2 Hemoglobin
3 photo reaction center (membrane protein)
4 ATPase (membrane protein)
5 K and water channel (membrane protein)
6 RNA Pol
还有落下的没？
这些获奖的人里，除了Rod Mckinnon还继续高产外，其他还健在的人已经基本不在第一
线了。所以他们统称老一代。
没得奖，但具王者风范的有已过世的Paul Sigler， Dan wiley，尚健在的Steve
Harrison (Harvard)，Wayne Hendrickson (Columbia), Tom Steitz (Y |
|
S*****s
发帖数: 287 | 42 我也觉得这个发现纯粹就是哗众取宠。DNA 编码了细胞的整个基因组不假，但是对于整
个细胞的生物功能来说蛋白质和 RNA (rRNA, tRNA etc) 的贡献更大。合成的 DNA 在
酵母菌内利用了酵母菌本身的蛋白和 RNA 才体现了它编码的基因组的功能，但是在报
道的时候片面的突出了合成 DNA 的贡献，结论太偏颇了。发表在 Nucleic Acid
Research 上面的文章反倒上了 ABC CNN 这些新闻，满让我困惑。美国不明真相的群众
太多了。
你提到的合成蛋白，我觉得国内 65 年合成的有生物活性的牛胰岛素比这篇文章更有学
术价值。主要牛在人工合成的蛋白能够折叠成天然蛋白的构型，还能有天然蛋白的活性
。只是牛胰岛素只有 51 个氨基酸，要是什么时候能合成一个大一点的蛋白，比如
ATPase 100kDa，而且在体外能折叠成具有生物活性的蛋白，那绝对是个重大突破。 |
|
j**********k
发帖数: 296 | 43 按说data quality差些无所谓，但这篇真算是极品了。editor该被fire掉，天雷滚滚的谬误竟然也可以送出去给reviewers？reviewers也是吃屎了，即使print out都该能看出一堆问题。
RETRACTED: VMA21 Deficiency Causes an Autophagic Myopathy by Compromising V-
ATPase Activity and Lysosomal Acidification
Reason: Our paper reported the identification of mutations in the
gene VMA21 in patients with X-linked Myopathy with Excessive Autophagy (XMEA
) and characterized the molecular mechanisms underlying the disease
phenotype. Many of the figure panels in the paper summ |
|
F******y
发帖数: 1988 | 44 Trends in Biochemical Sciences, Volume 19, Issue 12, 543-548, 1 December
1994
doi:10.1016/0968-0004(94)90058-2
Cystosolic chaperonin subunits have a conserved ATPase domain but diverged
polypeptide-binding domains
Suwon Kima, Keith R. Willisonb and Arthur L. Horwicha |
|
|
b****n
发帖数: 311 | 46 老大，你鸣不平也要做点homework吧？
郭岩怎么着都有5篇plant cell. 就算他去年review,去掉2010年的2篇, 那也有3篇
plant cell.
1: Zhou Y, Zhang J, Lin H, Guo G, Guo Y. MORPHEUS' MOLECULE1 is required to
prevent aberrant RNA transcriptional read-through in Arabidopsis. Plant
Physiol.
2010 Nov;154(3):1272-80. Epub 2010 Sep 8. PubMed PMID: 20826701; PubMed
Central
PMCID: PMC2971605.
2: Zhang C, Guo H, Zhang J, Guo G, Schumaker KS, Guo Y. Arabidopsis cockayne
syndrome A-like proteins 1A and 1B form a complex with CULLIN4 and damage
DNA
bind... 阅读全帖 |
|
a****m
发帖数: 693 | 47
does ATPase need potassium? |
|
a****m
发帖数: 693 | 48
It make sense that Na/K-ATPase involves a clathrin-dependent pathway, and
depletion of potassium will impair the endocytosis. |
|
|
W*****o
发帖数: 1780 | 50 去查了一下，张旭总共发表了90多篇英文文章（不算中文）。回国之后作为联系作者也
有快20篇了。其中有cell, neuron, Journal of neuroscience, PNAS 好多篇。而且他
1995年就回国了，那个时候国内的环境有多差不用说了吧。这也快20年了。比饶益2007
年才全职回去多了12年。比起培养的中国学生也多多了，算国内贡献肯定不会小。如果
他一直留在国外，成就未必就比饶差。谁把饶益的文章列一列。国内多少篇，总共多少
篇，培养了多少中国学生？
1. Li KC, Wang F, Zhong YQ, Lu YJ, Wang Q, Zhang FX, Xiao HS, Bao L, Zhang X
. (2011) Reduction of follistatin-like 1 in primary afferent neurons
contributes to neuropathic pain hypersensitivity. Cell Res, 21: 697-699.
2. Li KC, Zhang FX, Li CL, Wang F, Yu MY, Z... 阅读全帖 |
|
